diff --git a/packages/core/util/index.ts b/packages/core/util/index.ts index 16984c4a62..bc44ef4669 100644 --- a/packages/core/util/index.ts +++ b/packages/core/util/index.ts @@ -1121,3 +1121,15 @@ export function viewBpToPx({ return undefined } + +export function getBpDisplayStr(totalBp: number) { + let displayBp + if (Math.floor(totalBp / 1000000) > 0) { + displayBp = `${parseFloat((totalBp / 1000000).toPrecision(3))}Mbp` + } else if (Math.floor(totalBp / 1000) > 0) { + displayBp = `${parseFloat((totalBp / 1000).toPrecision(3))}Kbp` + } else { + displayBp = `${Math.floor(totalBp)}bp` + } + return displayBp +} diff --git a/plugins/comparative-adapters/src/ChainAdapter/ChainAdapter.ts b/plugins/comparative-adapters/src/ChainAdapter/ChainAdapter.ts index 13ea07daf8..6ae58e5622 100644 --- a/plugins/comparative-adapters/src/ChainAdapter/ChainAdapter.ts +++ b/plugins/comparative-adapters/src/ChainAdapter/ChainAdapter.ts @@ -1,20 +1,8 @@ import { BaseOptions } from '@jbrowse/core/data_adapters/BaseAdapter' -import { NoAssemblyRegion } from '@jbrowse/core/util/types' import { openLocation } from '@jbrowse/core/util/io' -import { readConfObject } from '@jbrowse/core/configuration' import { unzip } from '@gmod/bgzf-filehandle' import PAFAdapter from '../PAFAdapter/PAFAdapter' -interface PafRecord { - records: NoAssemblyRegion[] - extra: { - blockLen: number - mappingQual: number - numMatches: number - strand: number - } -} - function isGzip(buf: Buffer) { return buf[0] === 31 && buf[1] === 139 && buf[2] === 8 } @@ -45,29 +33,31 @@ function isGzip(buf: Buffer) { */ function generate_record( - q_name: string, - q_start: number, - q_end: number, - q_strand: string, - t_name: string, - t_start: number, - t_end: number, + qname: string, + qstart: number, + qend: number, + qstrand: string, + tname: string, + tstart: number, + tend: number, cigar: string, - num_matches: number, + numMatches: number, ) { return { - records: [ - { refName: q_name, start: q_start, end: q_end }, - { refName: t_name, start: t_start, end: t_end }, - ], + qname, + qstart, + qend, + tname, + tstart, + tend, + strand: qstrand === '-' ? -1 : 1, extra: { - numMatches: num_matches, - blockLen: Math.max(q_end - q_start, t_end - t_start), - strand: q_strand === '-' ? -1 : 1, + numMatches, + blockLen: Math.max(qend - qstart, tend - tstart), mappingQual: 0, cg: cigar, }, - } as PafRecord + } } function paf_chain2paf(lines: string[]) { @@ -179,11 +169,8 @@ function paf_chain2paf(lines: string[]) { export default class ChainAdapter extends PAFAdapter { async setupPre(opts?: BaseOptions) { - const chainLocation = openLocation( - readConfObject(this.config, 'chainLocation'), - this.pluginManager, - ) - const buffer = (await chainLocation.readFile(opts)) as Buffer + const loc = openLocation(this.getConf('chainLocation'), this.pluginManager) + const buffer = (await loc.readFile(opts)) as Buffer const buf = isGzip(buffer) ? await unzip(buffer) : buffer // 512MB max chrome string length is 512MB if (buf.length > 536_870_888) { diff --git a/plugins/comparative-adapters/src/ChainAdapter/configSchema.ts b/plugins/comparative-adapters/src/ChainAdapter/configSchema.ts index 8fb1fb521c..daef4423ea 100644 --- a/plugins/comparative-adapters/src/ChainAdapter/configSchema.ts +++ b/plugins/comparative-adapters/src/ChainAdapter/configSchema.ts @@ -6,6 +6,18 @@ export default ConfigurationSchema( assemblyNames: { type: 'stringArray', defaultValue: [], + description: + 'Target is the first value in the array, query is the second', + }, + targetAssembly: { + type: 'string', + defaultValue: '', + description: 'Alternative to assemblyNames array: the target assembly', + }, + queryAssembly: { + type: 'string', + defaultValue: '', + description: 'Alternative to assemblyNames array: the query assembly', }, chainLocation: { type: 'fileLocation', diff --git a/plugins/comparative-adapters/src/DeltaAdapter/DeltaAdapter.ts b/plugins/comparative-adapters/src/DeltaAdapter/DeltaAdapter.ts index 584430bc4d..d86b728184 100644 --- a/plugins/comparative-adapters/src/DeltaAdapter/DeltaAdapter.ts +++ b/plugins/comparative-adapters/src/DeltaAdapter/DeltaAdapter.ts @@ -1,20 +1,8 @@ import { BaseOptions } from '@jbrowse/core/data_adapters/BaseAdapter' -import { NoAssemblyRegion } from '@jbrowse/core/util/types' import { openLocation } from '@jbrowse/core/util/io' -import { readConfObject } from '@jbrowse/core/configuration' import { unzip } from '@gmod/bgzf-filehandle' import PAFAdapter from '../PAFAdapter/PAFAdapter' -interface PafRecord { - records: NoAssemblyRegion[] - extra: { - blockLen: number - mappingQual: number - numMatches: number - strand: number - } -} - function isGzip(buf: Buffer) { return buf[0] === 31 && buf[1] === 139 && buf[2] === 8 } @@ -101,24 +89,27 @@ function paf_delta2paf(lines: string[]) { } cigar.push((re - rs - x) << 4) for (let i = 0; i < cigar.length; ++i) { - blen += cigar[i] >> 4 - cigar_str.push((cigar[i] >> 4) + 'MID'.charAt(cigar[i] & 0xf)) + const rlen = cigar[i] >> 4 + blen += rlen + cigar_str.push(rlen + 'MID'.charAt(cigar[i] & 0xf)) } records.push({ - records: [ - { refName: qname, start: qs, end: qe }, - { refName: rname, start: rs, end: re }, - ], + qname, + qstart: qs, + qend: qe, + tname: rname, + tstart: rs, + tend: re, + strand, extra: { numMatches: blen - NM, blockLen: blen, - strand, mappingQual: 0, NM, cg: cigar_str.join(''), }, - } as PafRecord) + }) } else if (d > 0) { const l = d - 1 x += l + 1 @@ -151,11 +142,8 @@ function paf_delta2paf(lines: string[]) { export default class DeltaAdapter extends PAFAdapter { async setupPre(opts?: BaseOptions) { - const deltaLocation = openLocation( - readConfObject(this.config, 'deltaLocation'), - this.pluginManager, - ) - const buffer = (await deltaLocation.readFile(opts)) as Buffer + const loc = openLocation(this.getConf('deltaLocation'), this.pluginManager) + const buffer = (await loc.readFile(opts)) as Buffer const buf = isGzip(buffer) ? await unzip(buffer) : buffer // 512MB max chrome string length is 512MB if (buf.length > 536_870_888) { diff --git a/plugins/comparative-adapters/src/DeltaAdapter/configSchema.ts b/plugins/comparative-adapters/src/DeltaAdapter/configSchema.ts index 7bf4b82d4f..b8499f84bd 100644 --- a/plugins/comparative-adapters/src/DeltaAdapter/configSchema.ts +++ b/plugins/comparative-adapters/src/DeltaAdapter/configSchema.ts @@ -6,6 +6,18 @@ export default ConfigurationSchema( assemblyNames: { type: 'stringArray', defaultValue: [], + description: + 'Array of assembly names to use for this file. The target assembly name is the first value in the array, query assembly name is the second', + }, + targetAssembly: { + type: 'string', + defaultValue: '', + description: 'Alternative to assemblyNames: the target assembly name', + }, + queryAssembly: { + type: 'string', + defaultValue: '', + description: 'Alternative to assemblyNames: the query assembly name', }, deltaLocation: { type: 'fileLocation', diff --git a/plugins/comparative-adapters/src/MCScanAnchorsAdapter/MCScanAnchorsAdapter.test.ts b/plugins/comparative-adapters/src/MCScanAnchorsAdapter/MCScanAnchorsAdapter.test.ts index 60172105ab..2637eef08a 100644 --- a/plugins/comparative-adapters/src/MCScanAnchorsAdapter/MCScanAnchorsAdapter.test.ts +++ b/plugins/comparative-adapters/src/MCScanAnchorsAdapter/MCScanAnchorsAdapter.test.ts @@ -1,10 +1,4 @@ -import { ObservableCreate } from '@jbrowse/core/util/rxjs' -import SimpleFeature, { Feature } from '@jbrowse/core/util/simpleFeature' -import { Region } from '@jbrowse/core/util/types' import { toArray } from 'rxjs/operators' -import { getSubAdapterType } from '@jbrowse/core/data_adapters/dataAdapterCache' -import { ConfigurationSchema } from '@jbrowse/core/configuration/configurationSchema' -import { BaseFeatureDataAdapter } from '@jbrowse/core/data_adapters/BaseAdapter' import Adapter from './MCScanAnchorsAdapter' import { TextEncoder, TextDecoder } from 'web-encoding' import configSchema from './configSchema' @@ -16,85 +10,42 @@ if (!window.TextDecoder) { window.TextDecoder = TextDecoder } -class CustomAdapter extends BaseFeatureDataAdapter { - async getRefNames() { - return [] - } - - freeResources() {} - - getFeatures(region: Region) { - return ObservableCreate(async observer => { - if (region.assemblyName === 'peach') { - observer.next( - new SimpleFeature({ - uniqueId: '1', - start: 0, - end: 100, - refName: 'peach_chr1', - syntenyId: 1, - name: 'GSVIVT01012253001', - }), - ) - } - if (region.assemblyName === 'grape') { - observer.next( - new SimpleFeature({ - start: 0, - uniqueId: '2', - end: 100, - refName: 'grape_chr1', - syntenyId: 1, - name: 'Prupe.1G290800.1', - }), - ) - } - observer.complete() - }) - } -} - -const getSubAdapter: getSubAdapterType = async () => { - return { - dataAdapter: new CustomAdapter(ConfigurationSchema('empty', {}).create()), - sessionIds: new Set(), - } -} -test('adapter can fetch features from volvox.bam', async () => { +test('adapter can fetch features from mcscan anchors file', async () => { const adapter = new Adapter( configSchema.create({ mcscanAnchorsLocation: { - localPath: require.resolve('./test_data/grape.peach.anchors'), + localPath: require.resolve('./test_data/grape.peach.anchors.gz'), locationType: 'LocalPathLocation', }, - subadapters: [ - ConfigurationSchema('empty', {}).create(), - ConfigurationSchema('empty', {}).create(), - ], + bed1Location: { + localPath: require.resolve('./test_data/grape.bed.gz'), + locationType: 'LocalPathLocation', + }, + bed2Location: { + localPath: require.resolve('./test_data/peach.bed.gz'), + locationType: 'LocalPathLocation', + }, + assemblyNames: ['grape', 'peach'], }), - getSubAdapter, ) const features1 = adapter.getFeatures({ - refName: 'peach_chr1', + refName: 'Pp01', start: 0, - end: 20000, + end: 200000, assemblyName: 'peach', }) const features2 = adapter.getFeatures({ - refName: 'grape_chr1', + refName: 'chr1', start: 0, - end: 20000, + end: 200000, assemblyName: 'grape', }) const fa1 = await features1.pipe(toArray()).toPromise() const fa2 = await features2.pipe(toArray()).toPromise() - expect(fa1.length).toBe(2) - expect(fa2.length).toBe(1) - expect(fa1[0].get('refName')).toBe('peach_chr1') - expect(fa2[0].get('refName')).toBe('grape_chr1') - expect(fa1[0].get('syntenyId')).toEqual(fa2[0].get('syntenyId')) + expect(fa1.length).toBe(7) + expect(fa2.length).toBe(8) }) diff --git a/plugins/comparative-adapters/src/MCScanAnchorsAdapter/MCScanAnchorsAdapter.ts b/plugins/comparative-adapters/src/MCScanAnchorsAdapter/MCScanAnchorsAdapter.ts index da116a3316..d360d441a7 100644 --- a/plugins/comparative-adapters/src/MCScanAnchorsAdapter/MCScanAnchorsAdapter.ts +++ b/plugins/comparative-adapters/src/MCScanAnchorsAdapter/MCScanAnchorsAdapter.ts @@ -2,69 +2,31 @@ import { BaseFeatureDataAdapter, BaseOptions, } from '@jbrowse/core/data_adapters/BaseAdapter' -import { GenericFilehandle } from 'generic-filehandle' import { Region } from '@jbrowse/core/util/types' -import { tap } from 'rxjs/operators' import { openLocation } from '@jbrowse/core/util/io' +import { doesIntersect2 } from '@jbrowse/core/util' import { ObservableCreate } from '@jbrowse/core/util/rxjs' import SimpleFeature, { Feature } from '@jbrowse/core/util/simpleFeature' -import { AnyConfigurationModel } from '@jbrowse/core/configuration' -import { unzip } from '@gmod/bgzf-filehandle' +import { readFile, parseBed } from '../util' -type RowToGeneNames = { - name1: string - name2: string +interface BareFeature { + refName: string + start: number + end: number score: number -}[] - -interface GeneNameToRows { - [key: string]: number[] + name: string } -function isGzip(buf: Buffer) { - return buf[0] === 31 && buf[1] === 139 && buf[2] === 8 -} +type Row = [BareFeature, BareFeature, number, number] export default class MCScanAnchorsAdapter extends BaseFeatureDataAdapter { private setupP?: Promise<{ assemblyNames: string[] - subadapters: BaseFeatureDataAdapter[] - mcscanAnchorsLocation: GenericFilehandle + feats: Row[] }> - private geneNameToRows: GeneNameToRows = {} - - private rowToGeneName: RowToGeneNames = [] - public static capabilities = ['getFeatures', 'getRefNames'] - public async configure(_opts: BaseOptions) { - const getSubAdapter = this.getSubAdapter - if (!getSubAdapter) { - throw new Error('Need support for getSubAdapter') - } - const assemblyNames = this.getConf('assemblyNames') as string[] - const mcscanAnchorsLocation = openLocation( - this.getConf('mcscanAnchorsLocation'), - this.pluginManager, - ) - - const confs = this.getConf('subadapters') as AnyConfigurationModel[] - const subadapters = await Promise.all( - confs.map(async subadapter => { - const res = await getSubAdapter(subadapter) - if (res.dataAdapter instanceof BaseFeatureDataAdapter) { - return res.dataAdapter - } - throw new Error( - `invalid subadapter type '${this.config.subadapter.type}'`, - ) - }), - ) - - return { assemblyNames, subadapters, mcscanAnchorsLocation } - } - async setup(opts: BaseOptions) { if (!this.setupP) { this.setupP = this.setupPre(opts).catch(e => { @@ -75,28 +37,35 @@ export default class MCScanAnchorsAdapter extends BaseFeatureDataAdapter { return this.setupP } async setupPre(opts: BaseOptions) { - const conf = await this.configure(opts) + const assemblyNames = this.getConf('assemblyNames') as string[] - const buffer = await conf.mcscanAnchorsLocation.readFile(opts) - const buf = isGzip(buffer) ? await unzip(buffer) : buffer - new TextDecoder('utf8', { fatal: true }) - .decode(buf) + const pm = this.pluginManager + const bed1 = openLocation(this.getConf('bed1Location'), pm) + const bed2 = openLocation(this.getConf('bed2Location'), pm) + const mcscan = openLocation(this.getConf('mcscanAnchorsLocation'), pm) + const [bed1text, bed2text, mcscantext] = await Promise.all( + [bed1, bed2, mcscan].map(r => readFile(r, opts)), + ) + + const bed1Map = parseBed(bed1text) + const bed2Map = parseBed(bed2text) + const feats = mcscantext .split('\n') .filter(f => !!f && f !== '###') - .forEach((line: string, index: number) => { + .map((line, index) => { const [name1, name2, score] = line.split('\t') - if (this.geneNameToRows[name1] === undefined) { - this.geneNameToRows[name1] = [] + const r1 = bed1Map.get(name1) + const r2 = bed2Map.get(name2) + if (!r1 || !r2) { + throw new Error(`feature not found, ${name1} ${name2} ${r1} ${r2}`) } - if (this.geneNameToRows[name2] === undefined) { - this.geneNameToRows[name2] = [] - } - this.geneNameToRows[name1].push(index) - this.geneNameToRows[name2].push(index) - this.rowToGeneName[index] = { name1, name2, score: +score } + return [r1, r2, +score, index] as Row }) - return conf + return { + assemblyNames, + feats, + } } async hasDataForRefName() { @@ -113,33 +82,30 @@ export default class MCScanAnchorsAdapter extends BaseFeatureDataAdapter { getFeatures(region: Region, opts: BaseOptions = {}) { return ObservableCreate(async observer => { - const { subadapters, assemblyNames } = await this.setup(opts) + const { assemblyNames, feats } = await this.setup(opts) // The index of the assembly name in the region list corresponds to // the adapter in the subadapters list const index = assemblyNames.indexOf(region.assemblyName) if (index !== -1) { - await subadapters[index] - .getFeatures(region, opts) - .pipe( - tap(feature => { - const subfeatures = feature.get('subfeatures') || [] - ;[...subfeatures, feature].forEach(f => { - // We first fetch from the NCList and connect each result with - // the anchor file via geneNameToRows. Note that each gene name - // can correspond to multiple rows - this.geneNameToRows[f.get('name')]?.forEach(row => { - observer.next( - new SimpleFeature({ - ...f.toJSON(), - syntenyId: row, - }), - ) - }) - }) - }), - ) - .toPromise() + feats.forEach(f => { + const [r1, r2, score, rowNum] = f + const [f1, f2] = index === 1 ? [r2, r1] : [r1, r2] + if ( + f1.refName === region.refName && + doesIntersect2(region.start, region.end, f1.start, f1.end) + ) { + observer.next( + new SimpleFeature({ + ...f1, + uniqueId: `${index}-${rowNum}`, + syntenyId: rowNum, + score, + mate: f2 as BareFeature, + }), + ) + } + }) } observer.complete() diff --git a/plugins/comparative-adapters/src/MCScanAnchorsAdapter/configSchema.ts b/plugins/comparative-adapters/src/MCScanAnchorsAdapter/configSchema.ts index 39b4e51605..3af6b98754 100644 --- a/plugins/comparative-adapters/src/MCScanAnchorsAdapter/configSchema.ts +++ b/plugins/comparative-adapters/src/MCScanAnchorsAdapter/configSchema.ts @@ -10,10 +10,21 @@ export default ConfigurationSchema( locationType: 'UriLocation', }, }, - subadapters: { - type: 'frozen', - defaultValue: [], + bed1Location: { + type: 'fileLocation', + defaultValue: { + uri: '/path/to/file.bed', + locationType: 'UriLocation', + }, }, + bed2Location: { + type: 'fileLocation', + defaultValue: { + uri: '/path/to/file.bed', + locationType: 'UriLocation', + }, + }, + assemblyNames: { type: 'stringArray', defaultValue: [], diff --git a/plugins/comparative-adapters/src/MCScanAnchorsAdapter/test_data/grape.bed.gz b/plugins/comparative-adapters/src/MCScanAnchorsAdapter/test_data/grape.bed.gz new file mode 100644 index 0000000000..64aed5926b Binary files /dev/null and b/plugins/comparative-adapters/src/MCScanAnchorsAdapter/test_data/grape.bed.gz differ diff --git a/plugins/comparative-adapters/src/MCScanAnchorsAdapter/test_data/grape.peach.anchors b/plugins/comparative-adapters/src/MCScanAnchorsAdapter/test_data/grape.peach.anchors deleted file mode 100644 index 80959fad33..0000000000 --- a/plugins/comparative-adapters/src/MCScanAnchorsAdapter/test_data/grape.peach.anchors +++ /dev/null @@ -1,14966 +0,0 @@ -### -GSVIVT01012255001 Prupe.1G290900.1 1160 -GSVIVT01012253001 Prupe.1G290800.1 389 -GSVIVT01012252001 Prupe.1G290700.1 147 -GSVIVT01012250001 Prupe.1G290600.1 629 -GSVIVT01012249001 Prupe.1G290500.1 553 -GSVIVT01012248001 Prupe.1G290400.1 153 -GSVIVT01012247001 Prupe.1G290200.2 617 -GSVIVT01012246001 Prupe.1G290100.2 451 -GSVIVT01012245001 Prupe.1G290000.1 612 -GSVIVT01012244001 Prupe.1G289800.1 908 -GSVIVT01012239001 Prupe.1G289700.1 300 -GSVIVT01012237001 Prupe.1G289300.1 1300 -GSVIVT01012236001 Prupe.1G289200.2 795 -GSVIVT01012234001 Prupe.1G289100.1 571 -GSVIVT01012233001 Prupe.1G289000.1 1620 -GSVIVT01012231001 Prupe.1G288900.1 944 -GSVIVT01012230001 Prupe.1G288700.1 256 -GSVIVT01012229001 Prupe.1G288600.1 653 -GSVIVT01012228001 Prupe.1G288300.1 1330 -GSVIVT01012225001 Prupe.1G288000.1 408 -GSVIVT01012223001 Prupe.1G287500.1 202 -GSVIVT01012222001 Prupe.1G287300.2 1050 -GSVIVT01012220001 Prupe.1G287100.2 1880 -GSVIVT01012219001 Prupe.1G286800.1 1510 -GSVIVT01012218001 Prupe.1G286700.2 1220 -GSVIVT01012216001 Prupe.1G285700.1 1120 -GSVIVT01012215001 Prupe.1G286600.2 568 -GSVIVT01012214001 Prupe.1G286500.1 922 -GSVIVT01012213001 Prupe.1G286400.1 882 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-GSVIVT01007280001 Prupe.6G215900.1 1230 -### -GSVIVT01002279001 Prupe.6G219600.1 632 -GSVIVT01002329001 Prupe.6G218900.1 139 -GSVIVT01002339001 Prupe.6G218100.1 300 -GSVIVT01002340001 Prupe.6G217900.2 417 -### -GSVIVT01002533001 Prupe.6G202800.1 601 -GSVIVT01002536001 Prupe.6G203000.1 541 -GSVIVT01002581001 Prupe.6G201800.1 296 -GSVIVT01002582001 Prupe.6G201700.1 723 -### -GSVIVT01002630001 Prupe.6G219500.2 106 -GSVIVT01002631001 Prupe.6G219400.1 221 -GSVIVT01002632001 Prupe.6G219300.1 342 -GSVIVT01002665001 Prupe.6G219600.1 636 -### -GSVIVT01003761001 Prupe.7G146400.1 1220 -GSVIVT01003762001 Prupe.7G146300.1 283 -GSVIVT01003765001 Prupe.7G146200.1 327 -GSVIVT01003766001 Prupe.7G146100.1 1030 -GSVIVT01003767001 Prupe.7G146000.1 354 -GSVIVT01003772001 Prupe.7G145800.1 618 -GSVIVT01003773001 Prupe.7G145600.2 403 -GSVIVT01003774001 Prupe.7G145400.1 841 -GSVIVT01003777001 Prupe.7G145200.1 626 -### -GSVIVT01005038001 Prupe.7G052200.1 901 -GSVIVT01005041001 Prupe.7G052300.1 1370 -GSVIVT01005042001 Prupe.7G052400.1 291 -GSVIVT01005044001 Prupe.7G052600.1 719 -GSVIVT01005045001 Prupe.7G052700.1 1210 -GSVIVT01005048001 Prupe.7G052800.1 650 -GSVIVT01005051001 Prupe.7G053100.1 528 -### -GSVIVT01005053001 Prupe.7G140200.1 300 -GSVIVT01005054001 Prupe.7G140500.1 1560 -GSVIVT01005055001 Prupe.7G140600.1 1380 -GSVIVT01005057001 Prupe.7G140700.1 353 -GSVIVT01005060001 Prupe.7G140800.1 620 -GSVIVT01005064001 Prupe.7G140900.1 416 -GSVIVT01005065001 Prupe.7G142200.1 438 -GSVIVT01005067001 Prupe.7G141300.1 318 -### -GSVIVT01005189001 Prupe.7G174700.2 780 -GSVIVT01005190001 Prupe.7G174800.2 2920 -GSVIVT01005191001 Prupe.7G174900.1 781 -GSVIVT01005193001 Prupe.7G175000.1 142 -GSVIVT01005194001 Prupe.7G175100.1 323 -GSVIVT01005195001 Prupe.7G175400.1 1460 -GSVIVT01005197001 Prupe.7G175500.2 435 -GSVIVT01005198001 Prupe.7G175600.1 806 -### -GSVIVT01006329001 Prupe.7G172600.2 897 -GSVIVT01006330001 Prupe.7G173000.1 253 -GSVIVT01006332001 Prupe.7G173300.1 153 -GSVIVT01006333001 Prupe.7G173400.1 361 -### -GSVIVT01006890001 Prupe.7G174300.1 802 -GSVIVT01006892001 Prupe.7G174200.1 762 -GSVIVT01006893001 Prupe.7G174100.1 204 -GSVIVT01006894001 Prupe.7G174000.2 952 -### -GSVIVT01007223001 Prupe.7G173500.1 436 -GSVIVT01007224001 Prupe.7G173600.1 566 -GSVIVT01007225001 Prupe.7G173700.1 376 -GSVIVT01007226001 Prupe.7G173800.1 1060 -GSVIVT01007227001 Prupe.7G173900.1 305 -### -GSVIVT01007446001 Prupe.7G137700.1 1030 -GSVIVT01007448001 Prupe.7G137500.1 541 -GSVIVT01007452001 Prupe.7G137100.1 531 -GSVIVT01007479001 Prupe.7G136800.2 304 -### -GSVIVT01003105001 Prupe.8G235300.2 527 -GSVIVT01003109001 Prupe.8G235500.2 136 -GSVIVT01003111001 Prupe.8G235300.5 283 -GSVIVT01003114001 Prupe.8G235100.1 2730 -GSVIVT01003117001 Prupe.8G235000.2 1490 -GSVIVT01003118001 Prupe.8G234900.1 351 -GSVIVT01003119001 Prupe.8G234800.1 583 -GSVIVT01003121001 Prupe.8G234700.1 803 -GSVIVT01003122001 Prupe.8G234600.1 432 -GSVIVT01003123001 Prupe.8G234500.2 2670 -GSVIVT01003124001 Prupe.8G234400.1 482 -GSVIVT01003131001 Prupe.8G234100.1 288 -GSVIVT01003132001 Prupe.8G234000.1 410 -GSVIVT01003133001 Prupe.8G233900.1 909 -GSVIVT01003135001 Prupe.8G233800.1 783 -GSVIVT01003136001 Prupe.8G233700.1 1100 -GSVIVT01003137001 Prupe.8G233400.1 383 -GSVIVT01003138001 Prupe.8G233300.1 471 -GSVIVT01003139001 Prupe.8G233200.1 400 -GSVIVT01003141001 Prupe.8G233100.2 598 -### -GSVIVT01003250001 Prupe.8G198700.1 435 -GSVIVT01003251001 Prupe.8G198800.1 395 -GSVIVT01003252001 Prupe.8G198900.1 419 -GSVIVT01003255001 Prupe.8G199900.1 378 -GSVIVT01003256001 Prupe.8G200000.1 492 -GSVIVT01003307001 Prupe.8G201100.1 277 -GSVIVT01003308001 Prupe.8G201500.1 155 -### -GSVIVT01003922001 Prupe.8G197700.1 805 -GSVIVT01003923001 Prupe.8G197600.1 346 -GSVIVT01003925001 Prupe.8G197400.1 460 -GSVIVT01003927001 Prupe.8G197500.1 207 -### -GSVIVT01005666001 Prupe.8G076900.1 405 -GSVIVT01005667001 Prupe.8G077000.1 1630 -GSVIVT01005668001 Prupe.8G076500.1 980 -GSVIVT01005670001 Prupe.8G077700.1 1180 -### -GSVIVT01006226001 Prupe.8G190300.2 1010 -GSVIVT01006231001 Prupe.8G190500.1 75 -GSVIVT01006232001 Prupe.8G190600.1 204 -GSVIVT01006234001 Prupe.8G191000.1 852 -GSVIVT01006251001 Prupe.8G191400.1 637 -GSVIVT01006254001 Prupe.8G191900.1 308 diff --git a/plugins/comparative-adapters/src/MCScanAnchorsAdapter/test_data/grape.peach.anchors.gz b/plugins/comparative-adapters/src/MCScanAnchorsAdapter/test_data/grape.peach.anchors.gz new file mode 100644 index 0000000000..dcb2c16ea0 Binary files /dev/null and b/plugins/comparative-adapters/src/MCScanAnchorsAdapter/test_data/grape.peach.anchors.gz differ diff --git a/plugins/comparative-adapters/src/MCScanAnchorsAdapter/test_data/peach.bed.gz b/plugins/comparative-adapters/src/MCScanAnchorsAdapter/test_data/peach.bed.gz new file mode 100644 index 0000000000..30880a4cca Binary files /dev/null and b/plugins/comparative-adapters/src/MCScanAnchorsAdapter/test_data/peach.bed.gz differ diff --git a/plugins/comparative-adapters/src/MCScanSimpleAnchorsAdapter/MCScanSimpleAnchorsAdapter.ts b/plugins/comparative-adapters/src/MCScanSimpleAnchorsAdapter/MCScanSimpleAnchorsAdapter.ts new file mode 100644 index 0000000000..ec97689908 --- /dev/null +++ b/plugins/comparative-adapters/src/MCScanSimpleAnchorsAdapter/MCScanSimpleAnchorsAdapter.ts @@ -0,0 +1,152 @@ +import { + BaseFeatureDataAdapter, + BaseOptions, +} from '@jbrowse/core/data_adapters/BaseAdapter' +import { Region } from '@jbrowse/core/util/types' +import { openLocation } from '@jbrowse/core/util/io' +import { doesIntersect2 } from '@jbrowse/core/util' +import { ObservableCreate } from '@jbrowse/core/util/rxjs' +import SimpleFeature, { Feature } from '@jbrowse/core/util/simpleFeature' +import { readFile, parseBed } from '../util' + +interface BareFeature { + refName: string + start: number + end: number + score: number + name: string +} + +type Row = [ + BareFeature, + BareFeature, + BareFeature, + BareFeature, + number, + number, + number, +] + +export default class MCScanAnchorsAdapter extends BaseFeatureDataAdapter { + private setupP?: Promise<{ + assemblyNames: string[] + feats: Row[] + }> + + public static capabilities = ['getFeatures', 'getRefNames'] + + async setup(opts: BaseOptions) { + if (!this.setupP) { + this.setupP = this.setupPre(opts).catch(e => { + this.setupP = undefined + throw e + }) + } + return this.setupP + } + async setupPre(opts: BaseOptions) { + const assemblyNames = this.getConf('assemblyNames') as string[] + const pm = this.pluginManager + const bed1 = openLocation(this.getConf('bed1Location'), pm) + const bed2 = openLocation(this.getConf('bed2Location'), pm) + const mcscan = openLocation(this.getConf('mcscanSimpleAnchorsLocation'), pm) + const [bed1text, bed2text, mcscantext] = await Promise.all( + [bed1, bed2, mcscan].map(r => readFile(r, opts)), + ) + const bed1Map = parseBed(bed1text) + const bed2Map = parseBed(bed2text) + const feats = mcscantext + .split('\n') + .filter(f => !!f && f !== '###') + .map((line, index) => { + const [n11, n12, n21, n22, score, strand] = line.split('\t') + const r11 = bed1Map.get(n11) + const r12 = bed1Map.get(n12) + const r21 = bed2Map.get(n21) + const r22 = bed2Map.get(n22) + if (!r11 || !r12 || !r21 || !r22) { + throw new Error( + `feature not found, ${n11} ${n12} ${n21} ${n22} ${r11} ${r12} ${r21} ${r22}`, + ) + } + return [ + r11, + r12, + r21, + r22, + +score, + strand === '-' ? -1 : 1, + index, + ] as Row + }) + + return { + assemblyNames, + feats, + } + } + + async hasDataForRefName() { + // determining this properly is basically a call to getFeatures + // so is not really that important, and has to be true or else + // getFeatures is never called (BaseFeatureDataAdapter filters it out) + return true + } + + async getRefNames() { + // we cannot determine this accurately + return [] + } + + getFeatures(region: Region, opts: BaseOptions = {}) { + return ObservableCreate(async observer => { + const { assemblyNames, feats } = await this.setup(opts) + + // The index of the assembly name in the region list corresponds to + // the adapter in the subadapters list + const index = assemblyNames.indexOf(region.assemblyName) + if (index !== -1) { + feats.forEach(f => { + const [f11, f12, f21, f22, score, strand, rowNum] = f + let r1 = { + refName: f11.refName, + start: Math.min(f11.start, f12.start), + end: Math.max(f11.end, f12.end), + } + let r2 = { + refName: f21.refName, + start: Math.min(f21.start, f22.start), + end: Math.max(f21.end, f22.end), + } + if (index === 1) { + ;[r2, r1] = [r1, r2] + } + if ( + r1.refName === region.refName && + doesIntersect2(r1.start, r1.end, region.start, region.end) + ) { + observer.next( + new SimpleFeature({ + ...r1, + uniqueId: `${rowNum}`, + syntenyId: rowNum, + score, + strand, + mate: r2 as BareFeature, + }), + ) + } + }) + } + + observer.complete() + }) + } + + /** + * called to provide a hint that data tied to a certain region + * will not be needed for the forseeable future and can be purged + * from caches, etc + */ + freeResources(/* { region } */): void {} +} diff --git a/plugins/comparative-adapters/src/MCScanSimpleAnchorsAdapter/configSchema.ts b/plugins/comparative-adapters/src/MCScanSimpleAnchorsAdapter/configSchema.ts new file mode 100644 index 0000000000..145554454d --- /dev/null +++ b/plugins/comparative-adapters/src/MCScanSimpleAnchorsAdapter/configSchema.ts @@ -0,0 +1,34 @@ +import { ConfigurationSchema } from '@jbrowse/core/configuration' + +export default ConfigurationSchema( + 'MCScanSimpleAnchorsAdapter', + { + mcscanSimpleAnchorsLocation: { + type: 'fileLocation', + defaultValue: { + uri: '/path/to/mcscan.anchors.simple', + locationType: 'UriLocation', + }, + }, + bed1Location: { + type: 'fileLocation', + defaultValue: { + uri: '/path/to/file.bed', + locationType: 'UriLocation', + }, + }, + bed2Location: { + type: 'fileLocation', + defaultValue: { + uri: '/path/to/file.bed', + locationType: 'UriLocation', + }, + }, + + assemblyNames: { + type: 'stringArray', + defaultValue: [], + }, + }, + { explicitlyTyped: true }, +) diff --git a/plugins/comparative-adapters/src/MCScanSimpleAnchorsAdapter/index.ts b/plugins/comparative-adapters/src/MCScanSimpleAnchorsAdapter/index.ts new file mode 100644 index 0000000000..68a154f4c8 --- /dev/null +++ b/plugins/comparative-adapters/src/MCScanSimpleAnchorsAdapter/index.ts @@ -0,0 +1,22 @@ +import PluginManager from '@jbrowse/core/PluginManager' +import AdapterType from '@jbrowse/core/pluggableElementTypes/AdapterType' + +import AdapterClass from './MCScanSimpleAnchorsAdapter' +import configSchema from './configSchema' + +export default (pluginManager: PluginManager) => { + pluginManager.addAdapterType( + () => + new AdapterType({ + name: 'MCScanSimpleAnchorsAdapter', + configSchema, + adapterMetadata: { + category: null, + hiddenFromGUI: true, + displayName: null, + description: null, + }, + AdapterClass, + }), + ) +} diff --git a/plugins/comparative-adapters/src/MashMapAdapter/MashMapAdapter.ts b/plugins/comparative-adapters/src/MashMapAdapter/MashMapAdapter.ts new file mode 100644 index 0000000000..16e75f72ce --- /dev/null +++ b/plugins/comparative-adapters/src/MashMapAdapter/MashMapAdapter.ts @@ -0,0 +1,48 @@ +import { BaseOptions } from '@jbrowse/core/data_adapters/BaseAdapter' +import { openLocation } from '@jbrowse/core/util/io' +import { unzip } from '@gmod/bgzf-filehandle' +import PAFAdapter from '../PAFAdapter/PAFAdapter' + +function isGzip(buf: Buffer) { + return buf[0] === 31 && buf[1] === 139 && buf[2] === 8 +} + +export default class MashMapAdapter extends PAFAdapter { + async setupPre(opts?: BaseOptions) { + const outLoc = openLocation(this.getConf('outLocation'), this.pluginManager) + const buffer = (await outLoc.readFile(opts)) as Buffer + const buf = isGzip(buffer) ? await unzip(buffer) : buffer + // 512MB max chrome string length is 512MB + if (buf.length > 536_870_888) { + throw new Error('Data exceeds maximum string length (512MB)') + } + const text = new TextDecoder('utf8', { fatal: true }).decode(buf) + + // mashmap produces PAF-like data that is space separated instead of tab + return text + .split('\n') + .filter(line => !!line) + .map(line => { + const fields = line.split(' ') + if (fields.length < 9) { + // xref https://github.com/marbl/MashMap/issues/38 + throw new Error('improperly formatted line: ' + line) + } + const [qname, , qstart, qend, strand, tname, , tstart, tend, mq] = + fields + + return { + tname, + tstart: +tstart, + tend: +tend, + qname, + qstart: +qstart, + qend: +qend, + strand: strand === '-' ? -1 : 1, + extra: { + mappingQual: +mq, + }, + } + }) + } +} diff --git a/plugins/comparative-adapters/src/MashMapAdapter/configSchema.ts b/plugins/comparative-adapters/src/MashMapAdapter/configSchema.ts new file mode 100644 index 0000000000..47e0280357 --- /dev/null +++ b/plugins/comparative-adapters/src/MashMapAdapter/configSchema.ts @@ -0,0 +1,31 @@ +import { ConfigurationSchema } from '@jbrowse/core/configuration' + +export default ConfigurationSchema( + 'MashMapAdapter', + { + assemblyNames: { + type: 'stringArray', + defaultValue: [], + description: + 'Target is the first value in the array, query is the second', + }, + targetAssembly: { + type: 'string', + defaultValue: '', + description: 'Alternative to assemblyNames array: the target assembly', + }, + queryAssembly: { + type: 'string', + defaultValue: '', + description: 'Alternative to assemblyNames array: the query assembly', + }, + outLocation: { + type: 'fileLocation', + defaultValue: { + uri: '/path/to/mashmap.out', + locationType: 'UriLocation', + }, + }, + }, + { explicitlyTyped: true }, +) diff --git a/plugins/comparative-adapters/src/MashMapAdapter/index.ts b/plugins/comparative-adapters/src/MashMapAdapter/index.ts new file mode 100644 index 0000000000..20f0d05538 --- /dev/null +++ b/plugins/comparative-adapters/src/MashMapAdapter/index.ts @@ -0,0 +1,22 @@ +import PluginManager from '@jbrowse/core/PluginManager' +import AdapterType from '@jbrowse/core/pluggableElementTypes/AdapterType' + +import AdapterClass from './MashMapAdapter' +import configSchema from './configSchema' + +export default (pluginManager: PluginManager) => { + pluginManager.addAdapterType( + () => + new AdapterType({ + name: 'MashMapAdapter', + configSchema, + adapterMetadata: { + category: null, + hiddenFromGUI: true, + displayName: null, + description: null, + }, + AdapterClass, + }), + ) +} diff --git a/plugins/comparative-adapters/src/PAFAdapter/PAFAdapter.ts b/plugins/comparative-adapters/src/PAFAdapter/PAFAdapter.ts index c114dd5c41..6b98808b9b 100644 --- a/plugins/comparative-adapters/src/PAFAdapter/PAFAdapter.ts +++ b/plugins/comparative-adapters/src/PAFAdapter/PAFAdapter.ts @@ -2,21 +2,25 @@ import { BaseFeatureDataAdapter, BaseOptions, } from '@jbrowse/core/data_adapters/BaseAdapter' -import { NoAssemblyRegion, Region } from '@jbrowse/core/util/types' +import { Region } from '@jbrowse/core/util/types' import { doesIntersect2 } from '@jbrowse/core/util/range' import { openLocation } from '@jbrowse/core/util/io' import { ObservableCreate } from '@jbrowse/core/util/rxjs' import SimpleFeature, { Feature } from '@jbrowse/core/util/simpleFeature' -import { readConfObject } from '@jbrowse/core/configuration' import { unzip } from '@gmod/bgzf-filehandle' -interface PafRecord { - records: NoAssemblyRegion[] +export interface PAFRecord { + qname: string + qstart: number + qend: number + tname: string + tstart: number + tend: number + strand: number extra: { - blockLen: number + blockLen?: number mappingQual: number - numMatches: number - strand: number + numMatches?: number } } @@ -25,7 +29,7 @@ function isGzip(buf: Buffer) { } export default class PAFAdapter extends BaseFeatureDataAdapter { - private setupP?: Promise + private setupP?: Promise public static capabilities = ['getFeatures', 'getRefNames'] @@ -41,7 +45,7 @@ export default class PAFAdapter extends BaseFeatureDataAdapter { async setupPre(opts?: BaseOptions) { const pafLocation = openLocation( - readConfObject(this.config, 'pafLocation'), + this.getConf('pafLocation'), this.pluginManager, ) const buffer = (await pafLocation.readFile(opts)) as Buffer @@ -52,28 +56,25 @@ export default class PAFAdapter extends BaseFeatureDataAdapter { } const text = new TextDecoder('utf8', { fatal: true }).decode(buf) - // mashmap produces PAF-like data that is space separated instead of tab - const hasTab = text.indexOf('\t') - const splitChar = hasTab !== -1 ? '\t' : ' ' return text .split('\n') .filter(line => !!line) .map(line => { const [ - chr1, + qname, , - start1, - end1, + qstart, + qend, strand, - chr2, + tname, , - start2, - end2, + tstart, + tend, numMatches, blockLen, mappingQual, ...fields - ] = line.split(splitChar) + ] = line.split('\t') const rest = Object.fromEntries( fields.map(field => { @@ -85,18 +86,20 @@ export default class PAFAdapter extends BaseFeatureDataAdapter { ) return { - records: [ - { refName: chr1, start: +start1, end: +end1 }, - { refName: chr2, start: +start2, end: +end2 }, - ], + tname, + tstart: +tstart, + tend: +tend, + qname, + qstart: +qstart, + qend: +qend, + strand: strand === '-' ? -1 : 1, extra: { numMatches: +numMatches, blockLen: +blockLen, - strand: strand === '-' ? -1 : 1, mappingQual: +mappingQual, ...rest, }, - } as PafRecord + } as PAFRecord }) } @@ -107,16 +110,31 @@ export default class PAFAdapter extends BaseFeatureDataAdapter { return true } + getAssemblyNames() { + let assemblyNames = this.getConf('assemblyNames') as string[] + if (assemblyNames.length === 0) { + const query = this.getConf('queryAssembly') as string + const target = this.getConf('targetAssembly') as string + assemblyNames = [query, target] + } + return assemblyNames + } + async getRefNames(opts: BaseOptions = {}) { // @ts-ignore const r1 = opts.regions?.[0].assemblyName const feats = await this.setup() - const assemblyNames = readConfObject(this.config, 'assemblyNames') - const idx = assemblyNames.indexOf(r1) + + const idx = this.getAssemblyNames().indexOf(r1) if (idx !== -1) { const set = new Set() for (let i = 0; i < feats.length; i++) { - set.add(feats[i].records[idx].refName) + const f = feats[i] + if (idx === 0) { + set.add(f.qname) + } else { + set.add(f.tname) + } } return Array.from(set) } @@ -127,7 +145,7 @@ export default class PAFAdapter extends BaseFeatureDataAdapter { getFeatures(region: Region, opts: BaseOptions = {}) { return ObservableCreate(async observer => { const pafRecords = await this.setup(opts) - const assemblyNames = readConfObject(this.config, 'assemblyNames') + const assemblyNames = this.getAssemblyNames() const { assemblyName } = region // The index of the assembly name in the region list corresponds to the @@ -135,23 +153,44 @@ export default class PAFAdapter extends BaseFeatureDataAdapter { const index = assemblyNames.indexOf(assemblyName) if (index !== -1) { for (let i = 0; i < pafRecords.length; i++) { - const { extra, records } = pafRecords[i] - const { start, end, refName } = records[index] + const r = pafRecords[i] + let start = 0 + let end = 0 + let refName = '' + let mateName = '' + let mateStart = 0 + let mateEnd = 0 + if (index === 0) { + start = r.qstart + end = r.qend + refName = r.qname + mateName = r.tname + mateStart = r.tstart + mateEnd = r.tend + } else { + start = r.tstart + end = r.tend + refName = r.tname + mateName = r.qname + mateStart = r.qstart + mateEnd = r.qend + } + const { extra, strand } = r + if ( refName === region.refName && doesIntersect2(region.start, region.end, start, end) ) { - const mate = records[+!index] - const syntenyId = i observer.next( new SimpleFeature({ uniqueId: `${i}`, start, end, refName, + strand, assemblyName, - syntenyId, - mate, + syntenyId: i, + mate: { start: mateStart, end: mateEnd, refName: mateName }, ...extra, }), ) diff --git a/plugins/comparative-adapters/src/PAFAdapter/configSchema.ts b/plugins/comparative-adapters/src/PAFAdapter/configSchema.ts index 07753df7fd..4b9bc9f6d3 100644 --- a/plugins/comparative-adapters/src/PAFAdapter/configSchema.ts +++ b/plugins/comparative-adapters/src/PAFAdapter/configSchema.ts @@ -6,6 +6,18 @@ export default ConfigurationSchema( assemblyNames: { type: 'stringArray', defaultValue: [], + description: + 'Array of assembly names to use for this file. The target assembly name is the first value in the array, query assembly name is the second', + }, + targetAssembly: { + type: 'string', + defaultValue: '', + description: 'Alternative to assemblyNames: the target assembly name', + }, + queryAssembly: { + type: 'string', + defaultValue: '', + description: 'Alternative to assemblyNames: the query assembly name', }, pafLocation: { type: 'fileLocation', diff --git a/plugins/comparative-adapters/src/index.ts b/plugins/comparative-adapters/src/index.ts index 744c0a4989..451ab31975 100644 --- a/plugins/comparative-adapters/src/index.ts +++ b/plugins/comparative-adapters/src/index.ts @@ -4,6 +4,8 @@ import { FileLocation } from '@jbrowse/core/util/types' import PAFAdapterF from './PAFAdapter' import MCScanAnchorsAdapterF from './MCScanAnchorsAdapter' +import MCScanSimpleAnchorsAdapterF from './MCScanSimpleAnchorsAdapter' +import MashMapAdapterF from './MashMapAdapter' import DeltaAdapterF from './DeltaAdapter' import ChainAdapterF from './ChainAdapter' @@ -21,6 +23,8 @@ export default class ComparativeAdaptersPlugin extends Plugin { DeltaAdapterF(pluginManager) ChainAdapterF(pluginManager) MCScanAnchorsAdapterF(pluginManager) + MCScanSimpleAnchorsAdapterF(pluginManager) + MashMapAdapterF(pluginManager) pluginManager.addToExtensionPoint( 'Core-guessAdapterForLocation', diff --git a/plugins/comparative-adapters/src/util.ts b/plugins/comparative-adapters/src/util.ts new file mode 100644 index 0000000000..dc30a49578 --- /dev/null +++ b/plugins/comparative-adapters/src/util.ts @@ -0,0 +1,36 @@ +import { BaseOptions } from '@jbrowse/core/data_adapters/BaseAdapter' +import { GenericFilehandle } from 'generic-filehandle' +import { unzip } from '@gmod/bgzf-filehandle' + +export function isGzip(buf: Buffer) { + return buf[0] === 31 && buf[1] === 139 && buf[2] === 8 +} + +export function parseBed(text: string) { + return new Map( + text + .split('\n') + .filter(f => !!f || f.startsWith('#')) + .map(line => { + const [refName, start, end, name, score, strand] = line.split('\t') + return [ + name, + { + refName, + start: +start, + end: +end, + score: +score, + name, + strand: strand === '-' ? -1 : 1, + }, + ] + }), + ) +} + +export async function readFile(file: GenericFilehandle, opts?: BaseOptions) { + const buffer = (await file.readFile(opts)) as Buffer + return new TextDecoder('utf8', { fatal: true }).decode( + isGzip(buffer) ? await unzip(buffer) : buffer, + ) +} diff --git a/plugins/dotplot-view/src/DotplotDisplay/index.ts b/plugins/dotplot-view/src/DotplotDisplay/index.ts index 35d6b73f38..ec9244b038 100644 --- a/plugins/dotplot-view/src/DotplotDisplay/index.ts +++ b/plugins/dotplot-view/src/DotplotDisplay/index.ts @@ -130,7 +130,7 @@ export function stateModelFactory(configSchema: any) { self.renderingComponent = undefined renderInProgress = undefined }, - setRendered(args: { + setRendered(args?: { data: any reactElement: React.ReactElement renderingComponent: React.Component diff --git a/plugins/dotplot-view/src/DotplotRenderer/DotplotRenderer.ts b/plugins/dotplot-view/src/DotplotRenderer/DotplotRenderer.ts index 647a1f6009..466cc8abb4 100644 --- a/plugins/dotplot-view/src/DotplotRenderer/DotplotRenderer.ts +++ b/plugins/dotplot-view/src/DotplotRenderer/DotplotRenderer.ts @@ -6,15 +6,13 @@ import { import { viewBpToPx, renameRegionsIfNeeded } from '@jbrowse/core/util' import { AnyConfigurationModel } from '@jbrowse/core/configuration' import { Region } from '@jbrowse/core/util/types' -import { getSnapshot, Instance } from 'mobx-state-tree' +import { getSnapshot } from 'mobx-state-tree' import ComparativeServerSideRendererType, { RenderArgsDeserialized as ComparativeRenderArgsDeserialized, RenderArgs as ComparativeRenderArgs, } from '@jbrowse/core/pluggableElementTypes/renderers/ComparativeServerSideRendererType' import { MismatchParser } from '@jbrowse/plugin-alignments' -import { Dotplot1DView } from '../DotplotView/model' - -type Dim = Instance +import { Dotplot1DView, Dotplot1DViewModel } from '../DotplotView/model' const { parseCigar } = MismatchParser @@ -23,7 +21,10 @@ export interface DotplotRenderArgsDeserialized height: number width: number highResolutionScaling: number - view: { hview: Dim; vview: Dim } + view: { + hview: Dotplot1DViewModel + vview: Dotplot1DViewModel + } } interface DotplotRenderArgs extends ComparativeRenderArgs { @@ -35,6 +36,17 @@ interface DotplotRenderArgs extends ComparativeRenderArgs { } } +function drawCir( + ctx: CanvasRenderingContext2D, + x: number, + y: number, + fill = true, + r = 1, +) { + ctx.beginPath() + ctx.arc(x, y, r / 2, 0, 2 * Math.PI) + fill ? ctx.fill() : ctx.stroke() +} export default class DotplotRenderer extends ComparativeServerSideRendererType { async renameRegionsIfNeeded(args: DotplotRenderArgs) { const assemblyManager = @@ -60,24 +72,27 @@ export default class DotplotRenderer extends ComparativeServerSideRendererType { ).regions return args } - async makeImageData(props: DotplotRenderArgsDeserialized & { views: Dim[] }) { - const { - highResolutionScaling: scale = 1, - width, - height, - config, - views, - } = props + async makeImageData( + props: DotplotRenderArgsDeserialized & { views: Dotplot1DViewModel[] }, + ) { + const { highResolutionScaling = 1, width, height, config, views } = props - const canvas = createCanvas(Math.ceil(width * scale), height * scale) - const ctx = canvas.getContext('2d') - const lineWidth = readConfObject(config, 'lineWidth') + const canvas = createCanvas( + Math.ceil(width * highResolutionScaling), + height * highResolutionScaling, + ) + const ctx = canvas.getContext('2d') as CanvasRenderingContext2D const color = readConfObject(config, 'color') + const posColor = readConfObject(config, 'posColor') + const negColor = readConfObject(config, 'negColor') + const colorBy = readConfObject(config, 'colorBy') + const lineWidth = readConfObject(config, 'lineWidth') ctx.lineWidth = lineWidth - ctx.scale(scale, scale) + ctx.scale(highResolutionScaling, highResolutionScaling) const [hview, vview] = views const db1 = hview.dynamicBlocks.contentBlocks[0].offsetPx const db2 = vview.dynamicBlocks.contentBlocks[0].offsetPx + const unableToDraw = [] as string[] // we operate on snapshots of these attributes of the hview/vview because // it is significantly faster than accessing the mobx objects @@ -92,8 +107,6 @@ export default class DotplotRenderer extends ComparativeServerSideRendererType { ...getSnapshot(vview), width: vview.width, } - ctx.fillStyle = color - ctx.strokeStyle = color hview.features?.forEach(feature => { let start = feature.get('start') let end = feature.get('end') @@ -106,6 +119,32 @@ export default class DotplotRenderer extends ComparativeServerSideRendererType { ;[end, start] = [start, end] } + let r + if (colorBy === 'identity') { + const numMatches = feature.get('numMatches') + const blockLen = feature.get('blockLen') + const identity = numMatches / blockLen + const thresholds = readConfObject(config, 'thresholds') + const palette = readConfObject(config, 'thresholdsPalette') + for (let i = 0; i < thresholds.length; i++) { + if (identity > +thresholds[i]) { + r = palette[i] + break + } + } + } else if (colorBy === 'mappingQuality') { + const mq = feature.get('mappingQual') + r = `hsl(${mq},50%,50%)` + } else if (colorBy === 'strand') { + r = strand === -1 ? negColor : posColor + } else if (colorBy === 'default') { + r = color + } else if (colorBy === 'callback') { + r = readConfObject(config, 'color', { feature }) + } + ctx.fillStyle = r + ctx.strokeStyle = r + const b10 = viewBpToPx({ self: hvsnap, refName, @@ -136,27 +175,21 @@ export default class DotplotRenderer extends ComparativeServerSideRendererType { const b2 = b20 - db1 const e1 = e10 - db2 const e2 = e20 - db2 - if (Math.abs(b1 - b2) < 3 && Math.abs(e1 - e2) < 3) { - ctx.fillRect( - b1 - lineWidth / 2, - height - e1 - lineWidth / 2, - lineWidth, - lineWidth, - ) + if (Math.abs(b1 - b2) <= 4 && Math.abs(e1 - e2) <= 4) { + drawCir(ctx, b1, height - e1, true, lineWidth) } else { let currX = b1 let currY = e1 const cigar = feature.get('cg') || feature.get('CIGAR') + if (cigar) { const cigarOps = parseCigar(cigar) + ctx.beginPath() + ctx.moveTo(currX, height - currY) for (let i = 0; i < cigarOps.length; i += 2) { const val = +cigarOps[i] const op = cigarOps[i + 1] - - const prevX = currX - const prevY = currY - if (op === 'M' || op === '=' || op === 'X') { currX += (val / hBpPerPx) * strand currY += val / vBpPerPx @@ -165,9 +198,8 @@ export default class DotplotRenderer extends ComparativeServerSideRendererType { } else if (op === 'I') { currY += val / vBpPerPx } - ctx.moveTo(prevX, height - prevY) - ctx.lineTo(currX, height - currY) } + ctx.lineTo(currX, height - currY) ctx.stroke() } else { ctx.beginPath() @@ -177,11 +209,21 @@ export default class DotplotRenderer extends ComparativeServerSideRendererType { } } } else { - console.warn( - `feature at ${refName}:${start}-${end} ${mateRef}:${mate.start}-${mate.end} not plotted, fell outside of range ${b10} ${b20} ${e10} ${e20}`, - ) + if (unableToDraw.length <= 5) { + unableToDraw.push( + `feature at ${refName}:${start}-${end} ${mateRef}:${mate.start}-${mate.end} not plotted, fell outside of range ${b10} ${b20} ${e10} ${e20}`, + ) + } } }) + if (unableToDraw.length) { + console.warn( + unableToDraw.length > 5 + ? 'Many features fell outside the boundaries of the contigs...sample' + : unableToDraw, + unableToDraw.join('\n'), + ) + } return createImageBitmap(canvas) } @@ -197,15 +239,12 @@ export default class DotplotRenderer extends ComparativeServerSideRendererType { view.setVolatileWidth(dimensions[idx]) return view }) - await Promise.all( - realizedViews.map(async view => { - const feats = await this.getFeatures({ - ...renderProps, - regions: view.dynamicBlocks.contentBlocks, - }) - view.setFeatures(feats) - }), - ) + const target = realizedViews[0] + const feats = await this.getFeatures({ + ...renderProps, + regions: target.dynamicBlocks.contentBlocks, + }) + target.setFeatures(feats) const imageData = await this.makeImageData({ ...renderProps, views: realizedViews, diff --git a/plugins/dotplot-view/src/DotplotRenderer/configSchema.ts b/plugins/dotplot-view/src/DotplotRenderer/configSchema.ts index faaee145f0..501bd2b91f 100644 --- a/plugins/dotplot-view/src/DotplotRenderer/configSchema.ts +++ b/plugins/dotplot-view/src/DotplotRenderer/configSchema.ts @@ -4,32 +4,50 @@ import { types } from 'mobx-state-tree' export default ConfigurationSchema( 'DotplotRenderer', { - drawMode: { - type: 'stringEnum', - description: 'drawing mode', - model: types.enumeration('Rendering', ['normal']), - defaultValue: 'normal', - }, color: { type: 'color', - description: 'the color of each feature in a synteny', + description: + 'the color of each feature in a synteny, used with colorBy:default or colorBy:callback', defaultValue: 'black', contextVariable: ['feature'], }, posColor: { type: 'color', - description: 'the color for forward alignments', - defaultValue: 'blue', + description: 'the color for forward alignments, used with colorBy:strand', + defaultValue: 'black', }, negColor: { type: 'color', - description: 'the color for reverse alignments', + description: 'the color for reverse alignments, used with colorBy:strand', defaultValue: 'red', }, lineWidth: { type: 'number', description: 'width of the lines to be drawn', - defaultValue: 1.5, + // 2.5 is similar to D-GENIES + defaultValue: 2.5, + }, + colorBy: { + type: 'stringEnum', + model: types.enumeration('colorBy', [ + 'identity', + 'mappingQuality', + 'strand', + 'default', + 'callback', + ]), + description: `Color by. Setting "identity" (similar to D-GENIES, use thresholds and thresholds palette to define colors for this setting), setting "mappingQuality" (uses mapping quality from PAF, some adapters don't have this setting), setting "strand" colors negative alignments with negColor and positive alignments with posColor, default uses the 'color' field, callback uses the 'color' field as a callback`, + defaultValue: 'default', + }, + thresholdsPalette: { + type: 'stringArray', + defaultValue: ['#094b09', '#2ebd40', '#d5670b', '#ffd84b'], + description: 'threshold colors, used with colorBy:identity', + }, + thresholds: { + type: 'stringArray', + defaultValue: ['0.75', '0.5', '0.25', '0'], + description: 'threshold breakpoints, used with colorBy:identity', }, }, { explicitlyTyped: true }, diff --git a/plugins/dotplot-view/src/DotplotView/components/Axes.tsx b/plugins/dotplot-view/src/DotplotView/components/Axes.tsx index daceb641da..b794a7966c 100644 --- a/plugins/dotplot-view/src/DotplotView/components/Axes.tsx +++ b/plugins/dotplot-view/src/DotplotView/components/Axes.tsx @@ -1,7 +1,9 @@ import React from 'react' import { makeStyles } from '@material-ui/core' import { observer } from 'mobx-react' -import { getBlockLabelKeysToHide, makeTicks } from './util' +import { getSnapshot } from 'mobx-state-tree' +import { getBlockLabelKeysToHide } from './util' +import { viewBpToPx } from '@jbrowse/core/util' import { DotplotViewModel } from '../model' const useStyles = makeStyles(() => ({ @@ -31,19 +33,14 @@ const useStyles = makeStyles(() => ({ export const HorizontalAxis = observer( ({ model }: { model: DotplotViewModel }) => { const classes = useStyles() - const { viewWidth, borderY, hview, htextRotation } = model - const hide = getBlockLabelKeysToHide( - hview.dynamicBlocks.contentBlocks, - viewWidth, - hview.offsetPx, - ) - const ticks = - hview.staticBlocks.contentBlocks.length > 5 - ? [] - : makeTicks(hview.staticBlocks.contentBlocks, hview.bpPerPx) + const { viewWidth, borderX, borderY, hview, htextRotation, hticks } = model + const { offsetPx, width, dynamicBlocks } = hview + const dblocks = dynamicBlocks.contentBlocks + const hide = getBlockLabelKeysToHide(dblocks, viewWidth, offsetPx) + const hviewSnap = { ...getSnapshot(hview), width } return ( - {hview.dynamicBlocks.contentBlocks + {dblocks .filter(region => !hide.includes(region.key)) .map(region => { const x = region.offsetPx @@ -68,10 +65,13 @@ export const HorizontalAxis = observer( ) })} - {ticks.map(tick => { + {hticks.map(tick => { const x = - (hview.bpToPx({ refName: tick.refName, coord: tick.base }) || 0) - - hview.offsetPx + (viewBpToPx({ + refName: tick.refName, + coord: tick.base, + self: hviewSnap, + })?.offsetPx || 0) - offsetPx return ( ) })} - {ticks + {hticks .filter(tick => tick.type === 'major') .map(tick => { const x = - (hview.bpToPx({ refName: tick.refName, coord: tick.base }) || 0) - - hview.offsetPx + (viewBpToPx({ + refName: tick.refName, + coord: tick.base, + self: hviewSnap, + })?.offsetPx || 0) - offsetPx const y = 0 return ( ) })} + {hview.assemblyNames.length === 1 ? ( + + {hview.assemblyNames[0]} + + ) : null} ) }, @@ -117,19 +130,14 @@ export const HorizontalAxis = observer( export const VerticalAxis = observer( ({ model }: { model: DotplotViewModel }) => { const classes = useStyles() - const { borderX, viewHeight, vview, vtextRotation } = model - const hide = getBlockLabelKeysToHide( - vview.dynamicBlocks.contentBlocks, - viewHeight, - vview.offsetPx, - ) - const ticks = - vview.staticBlocks.contentBlocks.length > 5 - ? [] - : makeTicks(vview.staticBlocks.contentBlocks, vview.bpPerPx) + const { borderX, viewHeight, borderY, vview, vtextRotation, vticks } = model + const { offsetPx, width, dynamicBlocks } = vview + const dblocks = dynamicBlocks.contentBlocks + const hide = getBlockLabelKeysToHide(dblocks, viewHeight, offsetPx) + const vviewSnap = { ...getSnapshot(vview), width } return ( - {vview.dynamicBlocks.contentBlocks + {dblocks .filter(region => !hide.includes(region.key)) .map(region => { const y = region.offsetPx @@ -139,7 +147,7 @@ export const VerticalAxis = observer( transform={`rotate(${vtextRotation},${x},${y})`} key={JSON.stringify(region)} x={x} - y={viewHeight - y + vview.offsetPx} + y={viewHeight - y + offsetPx} fill="#000000" textAnchor="end" > @@ -152,10 +160,13 @@ export const VerticalAxis = observer( ) })} - {ticks.map(tick => { + {vticks.map(tick => { const y = - (vview.bpToPx({ refName: tick.refName, coord: tick.base }) || 0) - - vview.offsetPx + (viewBpToPx({ + refName: tick.refName, + coord: tick.base, + self: vviewSnap, + })?.offsetPx || 0) - offsetPx return ( ) })} - {ticks + {vticks .filter(tick => tick.type === 'major') .map(tick => { const y = - (vview.bpToPx({ refName: tick.refName, coord: tick.base }) || 0) - - vview.offsetPx + (viewBpToPx({ + refName: tick.refName, + coord: tick.base, + self: vviewSnap, + })?.offsetPx || 0) - offsetPx return ( ) })} + {vview.assemblyNames.length === 1 ? ( + + {vview.assemblyNames[0]} + + ) : null} ) }, diff --git a/plugins/dotplot-view/src/DotplotView/components/DotplotView.tsx b/plugins/dotplot-view/src/DotplotView/components/DotplotView.tsx index 77da42963b..ebf48b65c7 100644 --- a/plugins/dotplot-view/src/DotplotView/components/DotplotView.tsx +++ b/plugins/dotplot-view/src/DotplotView/components/DotplotView.tsx @@ -2,7 +2,6 @@ import React, { useState, useEffect, useRef } from 'react' import { observer } from 'mobx-react' import { transaction } from 'mobx' import { makeStyles, LinearProgress } from '@material-ui/core' -import { getConf } from '@jbrowse/core/configuration' import { Menu, ResizeHandle } from '@jbrowse/core/ui' import normalizeWheel from 'normalize-wheel' import { DotplotViewModel } from '../model' @@ -42,6 +41,7 @@ const useStyles = makeStyles(theme => ({ }, content: { + position: 'relative', gridColumn: '2/2', gridRow: '1/2', }, @@ -58,14 +58,13 @@ const useStyles = makeStyles(theme => ({ })) type Coord = [number, number] | undefined -type Timer = ReturnType type Rect = { left: number; top: number } const Grid = observer( ({ model, children, - stroke = '#000a', + stroke = '#0003', }: { model: DotplotViewModel children: React.ReactNode @@ -75,9 +74,10 @@ const Grid = observer( const hblocks = hview.dynamicBlocks.contentBlocks const vblocks = vview.dynamicBlocks.contentBlocks const htop = hview.displayedRegionsTotalPx - hview.offsetPx - const hbottom = hblocks[0]?.offsetPx - hview.offsetPx const vtop = vview.displayedRegionsTotalPx - vview.offsetPx + const hbottom = hblocks[0]?.offsetPx - hview.offsetPx const vbottom = vblocks[0]?.offsetPx - vview.offsetPx + return ( { + const classes = useStyles() + return ( +
+ {model.tracks.map(track => { + const [display] = track.displays + const { RenderingComponent } = display + + return RenderingComponent ? ( + + ) : null + })} +
+ ) +}) + const DotplotViewInternal = observer( ({ model }: { model: DotplotViewModel }) => { const { hview, vview, viewHeight } = model @@ -152,8 +171,6 @@ const DotplotViewInternal = observer( const distanceY = useRef(0) const lref = useRef(null) const rref = useRef(null) - const timeout = useRef() - const delta = useRef(0) const scheduled = useRef(false) const blank = { left: 0, top: 0, width: 0, height: 0 } const svg = ref.current?.getBoundingClientRect() || blank @@ -182,50 +199,21 @@ const DotplotViewInternal = observer( function onWheel(origEvent: WheelEvent) { const event = normalizeWheel(origEvent) origEvent.preventDefault() - if (origEvent.ctrlKey === true) { - delta.current += event.pixelY / 500 - model.vview.setScaleFactor( - delta.current < 0 ? 1 - delta.current : 1 / (1 + delta.current), - ) - model.hview.setScaleFactor( - delta.current < 0 ? 1 - delta.current : 1 / (1 + delta.current), - ) - if (timeout.current) { - clearTimeout(timeout.current) - } - timeout.current = setTimeout(() => { - transaction(() => { - model.hview.setScaleFactor(1) - model.vview.setScaleFactor(1) - model.hview.zoomTo( - delta.current > 0 - ? model.hview.bpPerPx * (1 + delta.current) - : model.hview.bpPerPx / (1 - delta.current), - ) - model.vview.zoomTo( - delta.current > 0 - ? model.vview.bpPerPx * (1 + delta.current) - : model.vview.bpPerPx / (1 - delta.current), - ) - }) - delta.current = 0 - }, 300) - } else { - distanceX.current += event.pixelX - distanceY.current -= event.pixelY - if (!scheduled.current) { - scheduled.current = true - window.requestAnimationFrame(() => { - transaction(() => { - model.hview.scroll(distanceX.current) - model.vview.scroll(distanceY.current) - }) - scheduled.current = false - distanceX.current = 0 - distanceY.current = 0 + distanceX.current += event.pixelX + distanceY.current -= event.pixelY + if (!scheduled.current) { + scheduled.current = true + + window.requestAnimationFrame(() => { + transaction(() => { + model.hview.scroll(distanceX.current) + model.vview.scroll(distanceY.current) }) - } + scheduled.current = false + distanceX.current = 0 + distanceY.current = 0 + }) } } if (ref.current) { @@ -285,144 +273,126 @@ const DotplotViewInternal = observer( onMouseLeave={() => setMouseOvered(false)} onMouseEnter={() => setMouseOvered(true)} > -
-
- - -
- {mouseOvered && mouserect ? ( -
- {`x - ${locstr(mouserect[0], hview)}`} -
- {`y - ${locstr(viewHeight - mouserect[1], vview)}`} -
-
- ) : null} - {mousedown && - mouserect && - Math.abs(mousedown[0] - mouserect[0]) > 3 && - Math.abs(mousedown[1] - mouserect[1]) > 3 ? ( -
- {`x - ${locstr(mousedown[0], hview)}`} -
- {`y - ${locstr(viewHeight - mousedown[1], vview)}`} -
-
- ) : null} - +
+ + +
+ {mouseOvered && mouserect ? (
{ - if (event.button === 0) { - setMouseDownClient([event.clientX, event.clientY]) - setMouseCurrClient([event.clientX, event.clientY]) - } + ref={lref} + className={classes.popover} + style={{ + left: + mouserect[0] - + (mousedown && mouserect[0] - mousedown[0] < 0 + ? lrect.width + : 0), + top: + mouserect[1] - + (mousedown && mouserect[1] - mousedown[1] < 0 + ? lrect.height + : 0), }} > - - {mousedown && mouserect ? ( - - ) : null} - + {`x - ${locstr(mouserect[0], hview)}`} +
+ {`y - ${locstr(viewHeight - mouserect[1], vview)}`} +
-
-
-
- {model.tracks.map(track => { - const [display] = track.displays - const { RenderingComponent } = display + ) : null} + {mousedown && + mouserect && + Math.abs(mousedown[0] - mouserect[0]) > 3 && + Math.abs(mousedown[1] - mouserect[1]) > 3 ? ( +
+ {`x - ${locstr(mousedown[0], hview)}`} +
+ {`y - ${locstr(viewHeight - mousedown[1], vview)}`} +
+
+ ) : null} - return RenderingComponent ? ( - { + if (event.button === 0) { + setMouseDownClient([event.clientX, event.clientY]) + setMouseCurrClient([event.clientX, event.clientY]) + } + }} + > + + {mousedown && mouserect ? ( + - ) : null - })} + ) : null} +
- { - callback() - setMouseUpClient(undefined) - setMouseDownClient(undefined) - }} - onClose={() => { - setMouseUpClient(undefined) - setMouseDownClient(undefined) - }} - anchorReference="anchorPosition" - anchorPosition={ - mouseupClient - ? { - top: mouseupClient[1] + 30, - left: mouseupClient[0] + 30, - } - : undefined - } - style={{ zIndex: 1000 }} - menuItems={[ - { - label: 'Zoom in', - onClick: () => { - if (mousedown && mouseup) { - model.zoomIn(mousedown, mouseup) - } - }, +
+
+ + { + callback() + setMouseUpClient(undefined) + setMouseDownClient(undefined) + }} + onClose={() => { + setMouseUpClient(undefined) + setMouseDownClient(undefined) + }} + anchorReference="anchorPosition" + anchorPosition={ + mouseupClient + ? { + top: mouseupClient[1] + 30, + left: mouseupClient[0] + 30, + } + : undefined + } + style={{ zIndex: 10000 }} + menuItems={[ + { + label: 'Zoom in', + onClick: () => { + if (mousedown && mouseup) { + model.zoomIn(mousedown, mouseup) + } }, - { - label: 'Open linear synteny view', - onClick: () => { - if (mousedown && mouseup) { - model.onDotplotView(mousedown, mouseup) - } - }, + }, + { + label: 'Open linear synteny view', + onClick: () => { + if (mousedown && mouseup) { + model.onDotplotView(mousedown, mouseup) + } }, - ]} - /> -
+ }, + ]} + />
model.setHeight(model.height + n)} diff --git a/plugins/dotplot-view/src/DotplotView/components/Header.tsx b/plugins/dotplot-view/src/DotplotView/components/Header.tsx index f3fbb3774a..a438f0941a 100644 --- a/plugins/dotplot-view/src/DotplotView/components/Header.tsx +++ b/plugins/dotplot-view/src/DotplotView/components/Header.tsx @@ -1,6 +1,8 @@ -import React from 'react' +import React, { useState } from 'react' import { IconButton, Typography, makeStyles } from '@material-ui/core' +import { getBpDisplayStr } from '@jbrowse/core/util' +import { Menu } from '@jbrowse/core/ui' // icons import ZoomOut from '@material-ui/icons/ZoomOut' @@ -35,6 +37,7 @@ const useStyles = makeStyles({ const DotplotControls = observer(({ model }: { model: DotplotViewModel }) => { const classes = useStyles() + const [menuAnchorEl, setMenuAnchorEl] = useState(null) return (
{ setMenuAnchorEl(event.currentTarget)} className={classes.iconButton} title="Square view" color="secondary" > + + {menuAnchorEl ? ( + { + callback() + setMenuAnchorEl(null) + }} + menuItems={[ + { + onClick: () => model.squareView(), + label: 'Square view - same base pairs per pixel', + }, + { + onClick: () => model.squareViewProportional(), + label: 'Rectanglular view - same total bp', + }, + ]} + onClose={() => { + setMenuAnchorEl(null) + }} + /> + ) : null}
) }) -function px(bpPerPx: number, width: number) { - return Math.round(bpPerPx * width).toLocaleString('en-US') -} - const Header = observer( ({ model, @@ -130,6 +154,7 @@ const Header = observer( selection?: { width: number; height: number } }) => { const classes = useStyles() + const { hview, vview } = model return (
@@ -138,10 +163,9 @@ const Header = observer( variant="body2" color="textSecondary" > - x: {model.hview.assemblyNames.join(',')}{' '} - {Math.round(model.hview.totalBp).toLocaleString('en-US')}bp y:{' '} - {model.vview.assemblyNames.join(',')}{' '} - {Math.round(model.vview.totalBp).toLocaleString('en-US')}bp + x: {hview.assemblyNames.join(',')} {getBpDisplayStr(hview.currBp)} +
+ y: {vview.assemblyNames.join(',')} {getBpDisplayStr(vview.currBp)} {selection ? ( - {`width:${px(model.hview.bpPerPx, selection.width)}bp`}{' '} - {`height:${px(model.vview.bpPerPx, selection.height)}bp`} + {`width:${getBpDisplayStr(hview.bpPerPx * selection.width)}`}
+ {`height:${getBpDisplayStr(vview.bpPerPx * selection.height)}`} ) : null}
diff --git a/plugins/dotplot-view/src/DotplotView/components/ImportForm.tsx b/plugins/dotplot-view/src/DotplotView/components/ImportForm.tsx index a63d9bba2a..25fca24559 100644 --- a/plugins/dotplot-view/src/DotplotView/components/ImportForm.tsx +++ b/plugins/dotplot-view/src/DotplotView/components/ImportForm.tsx @@ -23,6 +23,10 @@ const useStyles = makeStyles(theme => ({ padding: theme.spacing(4), margin: '0 auto', }, + assemblySelector: { + width: '75%', + margin: '0 auto', + }, })) function getName( @@ -45,9 +49,11 @@ const DotplotImportForm = observer(({ model }: { model: DotplotViewModel }) => { const session = getSession(model) const { assemblyNames, assemblyManager } = session const [trackData, setTrackData] = useState() - const [selected1, setSelected1] = useState(assemblyNames[0]) - const [selected2, setSelected2] = useState(assemblyNames[0]) - const selected = [selected1, selected2] + const [bed2Location, setBed2Location] = useState() + const [bed1Location, setBed1Location] = useState() + const [targetAssembly, setTargetAssembly] = useState(assemblyNames[0]) + const [queryAssembly, setQueryAssembly] = useState(assemblyNames[0]) + const selected = [queryAssembly, targetAssembly] const [error, setError] = useState() const [value, setValue] = useState('') const fileName = getName(trackData) @@ -65,25 +71,45 @@ const DotplotImportForm = observer(({ model }: { model: DotplotViewModel }) => { return { type: 'PAFAdapter', pafLocation: trackData, - assemblyNames: selected, + queryAssembly, + targetAssembly, } } else if (radioOption === '.out') { return { - type: 'PAFAdapter', - pafLocation: trackData, - assemblyNames: selected, + type: 'MashMapAdapter', + outLocation: trackData, + queryAssembly, + targetAssembly, } } else if (radioOption === '.delta') { return { type: 'DeltaAdapter', deltaLocation: trackData, - assemblyNames: selected, + queryAssembly, + targetAssembly, } } else if (radioOption === '.chain') { return { type: 'ChainAdapter', chainLocation: trackData, - assemblyNames: selected, + queryAssembly, + targetAssembly, + } + } else if (radioOption === '.anchors') { + return { + type: 'MCScanAnchorsAdapter', + mcscanAnchorsLocation: trackData, + bed1Location, + bed2Location, + assemblyNames: [queryAssembly, targetAssembly], + } + } else if (radioOption === '.anchors.simple') { + return { + type: 'MCScanSimpleAnchorsAdapter', + mcscanSimpleAnchorsLocation: trackData, + bed1Location, + bed2Location, + assemblyNames: [queryAssembly, targetAssembly], } } else { throw new Error('Unknown type') @@ -103,7 +129,7 @@ const DotplotImportForm = observer(({ model }: { model: DotplotViewModel }) => { session.addTrackConf({ trackId: trackId, name: fileName, - assemblyNames: selected, + assemblyNames: [targetAssembly, queryAssembly], type: 'SyntenyTrack', adapter: getAdapter(), }) @@ -113,7 +139,7 @@ const DotplotImportForm = observer(({ model }: { model: DotplotViewModel }) => { { bpPerPx: 0.1, offsetPx: 0 }, { bpPerPx: 0.1, offsetPx: 0 }, ]) - model.setAssemblyNames([selected1, selected2]) + model.setAssemblyNames(targetAssembly, queryAssembly) }) } catch (e) { console.error(e) @@ -131,7 +157,7 @@ const DotplotImportForm = observer(({ model }: { model: DotplotViewModel }) => { spacing={1} justifyContent="center" alignItems="center" - style={{ width: '50%', margin: '0 auto' }} + className={classes.assemblySelector} > @@ -145,18 +171,26 @@ const DotplotImportForm = observer(({ model }: { model: DotplotViewModel }) => { alignItems="center" > - Query + + {value === '.anchors' || value === '.anchors.simple' + ? 'Left column of anchors file' + : 'Query'} + setSelected1(val)} + selected={queryAssembly} + onChange={val => setQueryAssembly(val)} session={session} /> - Target + + {value === '.anchors' || value === '.anchors.simple' + ? 'Right column of anchors file' + : 'Target'} + setSelected2(val)} + selected={targetAssembly} + onChange={val => setTargetAssembly(val)} session={session} /> @@ -165,11 +199,12 @@ const DotplotImportForm = observer(({ model }: { model: DotplotViewModel }) => { - Optional: Add a .paf, .out (MashMap), .delta (Mummer), or - .chain file to view in the dotplot. These file types can also be - gzipped. The first assembly should be the query sequence (e.g. - left column of the PAF) and the second assembly should be the - target sequence (e.g. right column of the PAF) + Optional: Add a .paf, .out (MashMap), .delta (Mummer), + .chain, .anchors or .anchors.simple (MCScan) file to view in the + dotplot. These file types can also be gzipped. The first assembly + should be the query sequence (e.g. left column of the PAF) and the + second assembly should be the target sequence (e.g. right column + of the PAF) { } - label="PAF" + label=".paf" /> } - label="Out" + label=".out" /> } - label="Delta" + label=".delta" /> } - label="Chain" + label=".chain" + /> + + + } + label=".anchors" + /> + + + } + label=".anchors.simple" /> - setTrackData(loc)} - /> + {value === '.anchors' || value === '.anchors.simple' ? ( +
+
+ Open the {value} and .bed files for both genome assemblies + from the MCScan (Python verson) pipeline{' '} + + (more info) + +
+
+
+ setTrackData(loc)} + /> +
+
+ setBed1Location(loc)} + /> +
+
+ setBed2Location(loc)} + /> +
+
+
+ ) : ( + setTrackData(loc)} + /> + )} diff --git a/plugins/dotplot-view/src/DotplotView/components/util.ts b/plugins/dotplot-view/src/DotplotView/components/util.ts index dad562d16e..0fbcf84249 100644 --- a/plugins/dotplot-view/src/DotplotView/components/util.ts +++ b/plugins/dotplot-view/src/DotplotView/components/util.ts @@ -1,10 +1,18 @@ import { BaseBlock } from '@jbrowse/core/util/blockTypes' import { Dotplot1DViewModel } from '../model' -export function locstr(px: number, view: Dotplot1DViewModel) { - const { refName, start, offset, oob } = view.pxToBp(px) +export function locstr( + px: number, + view: Dotplot1DViewModel, + includeAsm = true, +) { + const { assemblyName, refName, start, offset, oob } = view.pxToBp(px) const coord = Math.floor(start + offset) - return oob ? 'out of bounds' : `${refName}:${coord.toLocaleString('en-US')}` + return oob + ? 'out of bounds' + : `${ + includeAsm ? '{' + assemblyName + '}' : '' + }${refName}:${coord.toLocaleString('en-US')}` } export function getBlockLabelKeysToHide( diff --git a/plugins/dotplot-view/src/DotplotView/model.ts b/plugins/dotplot-view/src/DotplotView/model.ts index db429736e3..d2c7fa0c03 100644 --- a/plugins/dotplot-view/src/DotplotView/model.ts +++ b/plugins/dotplot-view/src/DotplotView/model.ts @@ -10,6 +10,8 @@ import { getRoot, } from 'mobx-state-tree' +import { TrackSelector as TrackSelectorIcon } from '@jbrowse/core/ui/Icons' +import { makeTicks } from './components/util' import BaseViewModel from '@jbrowse/core/pluggableElementTypes/models/BaseViewModel' import { ReturnToImportFormDialog } from '@jbrowse/core/ui' import FolderOpenIcon from '@material-ui/icons/FolderOpen' @@ -130,20 +132,39 @@ export default function stateModelFactory(pluginManager: PluginManager) { .join(', ') }, get assembliesInitialized() { + const { assemblyNames } = self const { assemblyManager } = getSession(self) - return self.assemblyNames.every(assemblyName => { - const assembly = assemblyManager.get(assemblyName) - return assembly !== undefined ? assembly.initialized : true - }) + return assemblyNames.every( + n => assemblyManager.get(n)?.initialized ?? true, + ) }, + })) + .views(self => ({ get initialized() { return ( self.volatileWidth !== undefined && self.hview.displayedRegions.length > 0 && self.vview.displayedRegions.length > 0 && - this.assembliesInitialized + self.assembliesInitialized ) }, + + get hticks() { + const { hview } = self + const { dynamicBlocks, staticBlocks, bpPerPx } = hview + return dynamicBlocks.contentBlocks.length > 5 + ? [] + : makeTicks(staticBlocks.contentBlocks, bpPerPx) + }, + + get vticks() { + const { vview } = self + const { dynamicBlocks, staticBlocks, bpPerPx } = vview + return dynamicBlocks.contentBlocks.length > 5 + ? [] + : makeTicks(staticBlocks.contentBlocks, bpPerPx) + }, + get loading() { return self.assemblyNames.length > 0 && !this.initialized }, @@ -286,8 +307,8 @@ export default function stateModelFactory(pluginManager: PluginManager) { this.showTrack(trackId) } }, - setAssemblyNames(assemblyNames: string[]) { - self.assemblyNames = cast(assemblyNames) + setAssemblyNames(target: string, query: string) { + self.assemblyNames = cast([target, query]) }, setViews(arr: SnapshotIn[]) { self.hview = cast(arr[0]) @@ -388,16 +409,17 @@ export default function stateModelFactory(pluginManager: PluginManager) { addDisposer( self, autorun( - () => { + function initializer() { const session = getSession(self) if (self.volatileWidth === undefined) { return } - const axis = [self.viewWidth, self.viewHeight] - const views = [self.hview, self.vview] + if (self.initialized) { return } + const axis = [self.viewWidth, self.viewHeight] + const views = [self.hview, self.vview] self.assemblyNames.forEach((name, index) => { const assembly = session.assemblyManager.get(name) if (assembly) { @@ -423,14 +445,15 @@ export default function stateModelFactory(pluginManager: PluginManager) { ) addDisposer( self, - autorun(() => { + autorun(function borderSetter() { // make sure we have a width on the view before trying to load + const { vview, hview } = self if (self.volatileWidth === undefined) { return } const padding = 10 - const vblocks = self.vview.dynamicBlocks.contentBlocks - const hblocks = self.hview.dynamicBlocks.contentBlocks + const vblocks = vview.dynamicBlocks.contentBlocks + const hblocks = hview.dynamicBlocks.contentBlocks const len = (a: string) => measureText(a.slice(0, 30)) const by = hblocks.reduce((a, b) => Math.max(a, len(b.refName)), 0) const bx = vblocks.reduce((a, b) => Math.max(a, len(b.refName)), 0) @@ -441,13 +464,25 @@ export default function stateModelFactory(pluginManager: PluginManager) { ) }, squareView() { - const bpPerPxs = self.views.map(v => v.bpPerPx) - const avg = bpPerPxs.reduce((a, b) => a + b, 0) / bpPerPxs.length - self.views.forEach(view => { - const { coord, refName, index } = view.pxToBp(view.width / 2) - view.setBpPerPx(avg) - view.centerAt(coord, refName, index) - }) + const { hview, vview } = self + const avg = (hview.bpPerPx + vview.bpPerPx) / 2 + const hpx = hview.pxToBp(hview.width / 2) + const vpx = vview.pxToBp(vview.width / 2) + hview.setBpPerPx(avg) + hview.centerAt(hpx.coord, hpx.refName, hpx.index) + vview.setBpPerPx(avg) + vview.centerAt(vpx.coord, vpx.refName, vpx.index) + }, + squareViewProportional() { + const { hview, vview } = self + const ratio = hview.width / vview.width + const avg = (hview.bpPerPx + vview.bpPerPx) / 2 + const hpx = hview.pxToBp(hview.width / 2) + const vpx = vview.pxToBp(vview.width / 2) + hview.setBpPerPx(avg / ratio) + hview.centerAt(hpx.coord, hpx.refName, hpx.index) + vview.setBpPerPx(avg) + vview.centerAt(vpx.coord, vpx.refName, vpx.index) }, })) .views(self => ({ @@ -464,11 +499,20 @@ export default function stateModelFactory(pluginManager: PluginManager) { }, icon: FolderOpenIcon, }, + { + label: 'Square view - same bp per pixel', + onClick: () => self.squareView(), + }, + { + label: 'Rectangular view - same total bp', + onClick: () => self.squareView(), + }, ...(isSessionModelWithWidgets(session) ? [ { label: 'Open track selector', onClick: self.activateTrackSelector, + icon: TrackSelectorIcon, }, ] : []), diff --git a/plugins/linear-comparative-view/src/LinearSyntenyView/components/ImportForm.tsx b/plugins/linear-comparative-view/src/LinearSyntenyView/components/ImportForm.tsx index 57109e6ce8..80ad52cdbf 100644 --- a/plugins/linear-comparative-view/src/LinearSyntenyView/components/ImportForm.tsx +++ b/plugins/linear-comparative-view/src/LinearSyntenyView/components/ImportForm.tsx @@ -24,7 +24,6 @@ const useStyles = makeStyles(theme => ({ }, formPaper: { - maxWidth: 600, margin: '0 auto', padding: 12, marginBottom: 10, @@ -53,6 +52,8 @@ const ImportForm = observer(({ model }: { model: LinearSyntenyViewModel }) => { const { assemblyNames, assemblyManager } = session const [selected, setSelected] = useState([assemblyNames[0], assemblyNames[0]]) const [trackData, setTrackData] = useState() + const [bed2Location, setBed2Location] = useState() + const [bed1Location, setBed1Location] = useState() const [numRows] = useState(2) const [error, setError] = useState() @@ -76,8 +77,8 @@ const ImportForm = observer(({ model }: { model: LinearSyntenyViewModel }) => { } } else if (radioOption === '.out') { return { - type: 'PAFAdapter', - pafLocation: trackData, + type: 'MashMapAdapter', + outLocation: trackData, assemblyNames: selected, } } else if (radioOption === '.delta') { @@ -92,6 +93,22 @@ const ImportForm = observer(({ model }: { model: LinearSyntenyViewModel }) => { chainLocation: trackData, assemblyNames: selected, } + } else if (radioOption === '.anchors') { + return { + type: 'MCScanAnchorsAdapter', + mcscanAnchorsLocation: trackData, + bed1Location, + bed2Location, + assemblyNames: selected, + } + } else if (radioOption === '.anchors.simple') { + return { + type: 'MCScanSimpleAnchorsAdapter', + mcscanSimpleAnchorsLocation: trackData, + bed1Location, + bed2Location, + assemblyNames: selected, + } } else { throw new Error('Unknown type') } @@ -178,11 +195,11 @@ const ImportForm = observer(({ model }: { model: LinearSyntenyViewModel }) => { - Optional: Add a .paf, .out (MashMap), .delta (Mummer), or - .chain file to view in the dotplot. These file types can also be - gzipped. The first assembly should be the query sequence (e.g. left - column of the PAF) and the second assembly should be the target - sequence (e.g. right column of the PAF) + Optional: Add a .paf, .out (MashMap), .delta (Mummer), .chain, + .anchors or .anchors.simple (MCScan) file to view in the synteny view. + These file types can also be gzipped. The first assembly should be the + query sequence (e.g. left column of the PAF) and the second assembly + should be the target sequence (e.g. right column of the PAF) { > - } label="PAF" /> + } label=".paf" /> - } label="Out" /> + } label=".out" /> } - label="Delta" + label=".delta" /> } - label="Chain" + label=".chain" + /> + + + } + label=".anchors" + /> + + + } + label=".anchors.simple" /> - setTrackData(loc)} - /> + {value === '.anchors' || value === '.anchors.simple' ? ( +
+
+ Open the {value}, and .bed files for both genome assemblies + from the MCScan (Python verson) pipeline{' '} + + (more info) + +
+
+
+ setTrackData(loc)} + /> +
+
+ setBed1Location(loc)} + /> +
+
+ setBed2Location(loc)} + /> +
+
+
+ ) : ( + setTrackData(loc)} + /> + )} diff --git a/plugins/linear-genome-view/src/LinearGenomeView/components/LinearGenomeViewSvg.tsx b/plugins/linear-genome-view/src/LinearGenomeView/components/LinearGenomeViewSvg.tsx index b98a765d26..f6e986456d 100644 --- a/plugins/linear-genome-view/src/LinearGenomeView/components/LinearGenomeViewSvg.tsx +++ b/plugins/linear-genome-view/src/LinearGenomeView/components/LinearGenomeViewSvg.tsx @@ -3,7 +3,7 @@ import { renderToStaticMarkup } from 'react-dom/server' import { when } from 'mobx' import { getParent } from 'mobx-state-tree' import { getConf, readConfObject } from '@jbrowse/core/configuration' -import { getSession } from '@jbrowse/core/util' +import { getSession, getBpDisplayStr } from '@jbrowse/core/util' import { AnyConfigurationModel } from '@jbrowse/core/configuration/configurationSchema' import Base1DView from '@jbrowse/core/util/Base1DViewModel' @@ -18,18 +18,6 @@ import { Polygon, Cytobands } from './OverviewScaleBar' type LGV = LinearGenomeViewModel -function getBpDisplayStr(totalBp: number) { - let displayBp - if (Math.floor(totalBp / 1000000) > 0) { - displayBp = `${parseFloat((totalBp / 1000000).toPrecision(3))}Mbp` - } else if (Math.floor(totalBp / 1000) > 0) { - displayBp = `${parseFloat((totalBp / 1000).toPrecision(3))}Kbp` - } else { - displayBp = `${Math.floor(totalBp)}bp` - } - return displayBp -} - function ScaleBar({ model, fontSize }: { model: LGV; fontSize: number }) { const { offsetPx, diff --git a/products/jbrowse-web/src/rootModel.ts b/products/jbrowse-web/src/rootModel.ts index 06c3256acc..7f4784ed9a 100644 --- a/products/jbrowse-web/src/rootModel.ts +++ b/products/jbrowse-web/src/rootModel.ts @@ -493,8 +493,7 @@ export default function RootModel( { label: 'Open track...', icon: StorageIcon, - // eslint-disable-next-line @typescript-eslint/no-explicit-any - onClick: (session: any) => { + onClick: (session: SessionWithWidgets) => { if (session.views.length === 0) { session.notify('Please open a view to add a track first') } else if (session.views.length >= 1) { @@ -515,14 +514,12 @@ export default function RootModel( { label: 'Open connection...', icon: Cable, - onClick: () => { - if (self.session) { - const widget = self.session.addWidget( - 'AddConnectionWidget', - 'addConnectionWidget', - ) - self.session.showWidget(widget) - } + onClick: (session: SessionWithWidgets) => { + const widget = session.addWidget( + 'AddConnectionWidget', + 'addConnectionWidget', + ) + session.showWidget(widget) }, }, { type: 'divider' }, @@ -608,9 +605,11 @@ export default function RootModel( * @returns The new length of the top-level menus array */ insertMenu(menuName: string, position: number) { - const insertPosition = - position < 0 ? self.menus.length + position : position - self.menus.splice(insertPosition, 0, { label: menuName, menuItems: [] }) + self.menus.splice( + (position < 0 ? self.menus.length : 0) + position, + 0, + { label: menuName, menuItems: [] }, + ) return self.menus.length }, /** @@ -724,8 +723,7 @@ export function createTestSession(snapshot = {}, adminMode = false) { const pluginManager = new PluginManager(corePlugins.map(P => new P())) pluginManager.createPluggableElements() - const JBrowseRootModel = RootModel(pluginManager, adminMode) - const root = JBrowseRootModel.create( + const root = RootModel(pluginManager, adminMode).create( { jbrowse: { configuration: { rpc: { defaultDriver: 'MainThreadRpcDriver' } }, @@ -743,5 +741,5 @@ export function createTestSession(snapshot = {}, adminMode = false) { pluginManager.setRootModel(root) pluginManager.configure() - return root.session as AbstractSessionModel + return root.session } diff --git a/test_data/config_dotplot.json b/test_data/config_dotplot.json index a7bee40cb5..5da7b0dd9f 100644 --- a/test_data/config_dotplot.json +++ b/test_data/config_dotplot.json @@ -31,38 +31,61 @@ ], "tracks": [ { - "trackId": "grape_peach_synteny_mcscan", "type": "SyntenyTrack", + "trackId": "grape_peach_synteny_mcscan", + "name": "Grape peach synteny (MCScan, anchors)", "assemblyNames": ["peach", "grape"], - "trackIds": [], - "renderDelay": 100, + "category": ["Annotation"], "adapter": { + "type": "MCScanAnchorsAdapter", "mcscanAnchorsLocation": { - "uri": "grape.peach.anchors", + "uri": "https://s3.amazonaws.com/jbrowse.org/genomes/synteny/grape.peach.anchors.gz" + }, + "bed1Location": { + "uri": "https://s3.amazonaws.com/jbrowse.org/genomes/synteny/grape_vs_peach/grape.bed.gz" + }, + "bed2Location": { + "uri": "https://s3.amazonaws.com/jbrowse.org/genomes/synteny/grape_vs_peach/peach.bed.gz" + }, + "assemblyNames": ["grape", "peach"] + } + }, + { + "type": "SyntenyTrack", + "trackId": "grape_peach_synteny_mcscan_simple", + "name": "Grape peach synteny (MCScan, simple anchors)", + "assemblyNames": ["peach", "grape"], + "category": ["Annotation"], + "adapter": { + "type": "MCScanSimpleAnchorsAdapter", + "mcscanSimpleAnchorsLocation": { + "uri": "https://s3.amazonaws.com/jbrowse.org/genomes/synteny/grape_vs_peach/grape.peach.anchors.simple.gz" + }, + "bed1Location": { + "uri": "https://s3.amazonaws.com/jbrowse.org/genomes/synteny/grape_vs_peach/grape.bed.gz" + }, + "bed2Location": { + "uri": "https://s3.amazonaws.com/jbrowse.org/genomes/synteny/grape_vs_peach/peach.bed.gz" + }, + "assemblyNames": ["grape", "peach"] + } + }, + + { + "trackId": "grape_peach_nucmer", + "type": "SyntenyTrack", + "name": "Grape vs Peach (nucmer)", + "assemblyNames": ["peach", "grape"], + "adapter": { + "type": "DeltaAdapter", + "deltaLocation": { + "uri": "https://s3.amazonaws.com/jbrowse.org/genomes/synteny/grape_vs_peach/out1.delta.gz", "locationType": "UriLocation" }, - "subadapters": [ - { - "type": "NCListAdapter", - "rootUrlTemplate": { - "uri": "https://jbrowse.org/genomes/synteny/peach_gene/{refseq}/trackData.json", - "locationType": "UriLocation" - } - }, - { - "type": "NCListAdapter", - "rootUrlTemplate": { - "uri": "https://jbrowse.org/genomes/synteny/grape_gene/{refseq}/trackData.json", - "locationType": "UriLocation" - } - } - ], - "assemblyNames": ["peach", "grape"], - "type": "MCScanAnchorsAdapter" - }, - "name": "Grape peach synteny (MCScan)", - "category": ["Annotation"] + "assemblyNames": ["peach", "grape"] + } }, + { "trackId": "grape_peach_paf", "type": "SyntenyTrack", diff --git a/test_data/config_synteny_grape_peach.json b/test_data/config_synteny_grape_peach.json index a9c9b361e7..dd065f292a 100644 --- a/test_data/config_synteny_grape_peach.json +++ b/test_data/config_synteny_grape_peach.json @@ -49,7 +49,7 @@ "connections": [], "defaultSession": { "id": "Afiay0eI1", - "name": "Grape vs Peach Demo", + "name": "Grape vs Peach Demo 3/7/2022, 6:01:44 PM", "margin": 0, "drawerWidth": 384, "views": [ @@ -62,6 +62,7 @@ "showIntraviewLinks": true, "linkViews": false, "interactToggled": false, + "middleComparativeHeight": 100, "tracks": [ { "id": "J4VCa6xoWN", @@ -81,8 +82,8 @@ { "id": "test1_1", "type": "LinearGenomeView", - 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