From c055559f3e851e749fda9a805d66cca9f9576e8f Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Fabian Engelniederhammer Date: Wed, 9 Oct 2024 16:02:32 +0200 Subject: [PATCH] feat(lapis): adapt to new generalized lineage system See https://github.com/GenSpectrum/LAPIS-SILO/issues/458 resolves #961 --- README.md | 1 + .../complexVariantQuery.json | 2 +- .../singleSegmented/lineage_definitions.yaml | 18840 ++++++++++++++++ .../singleSegmented/pangolineage_alias.json | 259 - .../singleSegmented/preprocessingConfig.yaml | 2 +- .../protectedTestDatabaseConfig.yaml | 5 +- .../singleSegmented/small_metadata_set.tsv | 2 +- .../singleSegmented/testDatabaseConfig.yaml | 5 +- .../lapis/config/DatabaseConfig.kt | 4 +- .../lapis/config/SequenceFilterFields.kt | 39 +- .../lapis/model/SiloFilterExpressionMapper.kt | 12 +- .../lapis/model/VariantQueryCustomListener.kt | 4 +- .../genspectrum/lapis/openApi/OpenApiDocs.kt | 3 +- .../org/genspectrum/lapis/silo/SiloQuery.kt | 4 +- .../lapis/DummySequenceFilterFields.kt | 2 +- .../lapis/config/DatabaseConfigTest.kt | 4 +- .../lapis/config/SequenceFilterFieldsTest.kt | 43 +- .../model/SiloFilterExpressionMapperTest.kt | 22 +- .../lapis/model/VariantQueryFacadeTest.kt | 16 +- .../genspectrum/lapis/silo/SiloQueryTest.kt | 12 +- .../resources/config/testDatabaseConfig.yaml | 3 +- .../testDatabaseConfigWithoutFeatures.yaml | 3 +- 22 files changed, 18957 insertions(+), 330 deletions(-) create mode 100644 lapis-e2e/testData/singleSegmented/lineage_definitions.yaml delete mode 100644 lapis-e2e/testData/singleSegmented/pangolineage_alias.json diff --git a/README.md b/README.md index 411ee9277..876c67279 100644 --- a/README.md +++ b/README.md @@ -43,6 +43,7 @@ Higher versions will also work if they are not specified in the table. | LAPIS | SILO | |--------|--------| +| 0.3.5 | 0.3.0 | | 0.2.10 | 0.2.14 | | 0.2.1 | 0.2.0 | | 0.1 | 0.1.0 | diff --git a/lapis-e2e/test/aggregatedQueries/complexVariantQuery.json b/lapis-e2e/test/aggregatedQueries/complexVariantQuery.json index 54a2ebfcb..8401f6f46 100644 --- a/lapis-e2e/test/aggregatedQueries/complexVariantQuery.json +++ b/lapis-e2e/test/aggregatedQueries/complexVariantQuery.json @@ -1,7 +1,7 @@ { "testCaseName": "complex variant query", "lapisRequest": { - "variantQuery": "300G & (400-|500B) & !600&MAYBE(700B|800-) & [3-of:123A,234T,345G] & A.1.2.3*" + "variantQuery": "300G & (400-|500B) & !600&MAYBE(700B|800-) & [3-of:123A,234T,345G] & B.1.1.7*" }, "expected": [ { diff --git a/lapis-e2e/testData/singleSegmented/lineage_definitions.yaml b/lapis-e2e/testData/singleSegmented/lineage_definitions.yaml new file mode 100644 index 000000000..63bffdad1 --- /dev/null +++ b/lapis-e2e/testData/singleSegmented/lineage_definitions.yaml @@ -0,0 +1,18840 @@ +A: {} +A.1: + parents: + - A +A.11: + parents: + - A +A.12: + parents: + - A +A.15: + parents: + - A +A.16: + parents: + - A +A.17: + parents: + - A +A.18: + parents: + - A +A.19: + parents: + - A +A.2: + parents: + - A +A.2.2: + parents: + - A.2 +A.2.3: + parents: + - A.2 +A.2.4: + parents: + - A.2 +A.2.5: + parents: + - A.2 +A.2.5.1: + parents: + - A.2.5 +A.2.5.2: + parents: + - A.2.5 +A.2.5.3: + parents: + - A.2.5 +A.21: + parents: + - A +A.22: + parents: + - A +A.23: + parents: + - A +A.23.1: + parents: + - 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name: pangoLineage - type: pango_lineage + type: string + generateIndex: true + lineageIndex: true + lapisAllowsRegexSearch: true - name: division type: string lapisAllowsRegexSearch: true diff --git a/lapis-e2e/testData/singleSegmented/small_metadata_set.tsv b/lapis-e2e/testData/singleSegmented/small_metadata_set.tsv index d22f28a77..663323fdd 100644 --- a/lapis-e2e/testData/singleSegmented/small_metadata_set.tsv +++ b/lapis-e2e/testData/singleSegmented/small_metadata_set.tsv @@ -12,7 +12,7 @@ key_1749960 B.1.1.7 2021-04-15 Europe Switzerland Basel-Land 2021-02-03 59 0.89 key_1361468 B.1.1.7 2021-03-06 Europe Switzerland Zürich 2021-01-20 50 0.98 false key_1408062 B.1.1.7 2021-03-03 Europe Switzerland Valais 2020-11-24 50 0.97 key_1597890 B.1.1.7 2021-03-21 Switzerland Vaud 2021-01-25 51 0.96 true -key_1682849 XA.1 2020-12-17 Europe Switzerland Thurgau 2021-01-21 52 0.95 false +key_1682849 GL.1 2020-12-17 Europe Switzerland Thurgau 2021-01-21 52 0.95 false key_1408805 B.1.221 2020-11-24 Europe Switzerland Schwyz 2020-12-09 53 0.94 key_1750868 B.1.1.189 2020-12-15 Europe Switzerland Solothurn 2021-01-20 54 0.93 true key_2019350 B.1.1.7 2021-04-27 Europe Switzerland Valais 2020-12-21 55 0.92 false diff --git a/lapis-e2e/testData/singleSegmented/testDatabaseConfig.yaml b/lapis-e2e/testData/singleSegmented/testDatabaseConfig.yaml index c35021b77..e437034f4 100644 --- a/lapis-e2e/testData/singleSegmented/testDatabaseConfig.yaml +++ b/lapis-e2e/testData/singleSegmented/testDatabaseConfig.yaml @@ -15,7 +15,10 @@ schema: lapisAllowsRegexSearch: true generateIndex: true - name: pangoLineage - type: pango_lineage + type: string + generateIndex: true + lineageIndex: true + lapisAllowsRegexSearch: true - name: division type: string lapisAllowsRegexSearch: true diff --git a/lapis/src/main/kotlin/org/genspectrum/lapis/config/DatabaseConfig.kt b/lapis/src/main/kotlin/org/genspectrum/lapis/config/DatabaseConfig.kt index c474a4f21..21c2189c6 100644 --- a/lapis/src/main/kotlin/org/genspectrum/lapis/config/DatabaseConfig.kt +++ b/lapis/src/main/kotlin/org/genspectrum/lapis/config/DatabaseConfig.kt @@ -20,15 +20,13 @@ data class DatabaseMetadata( val type: MetadataType, val valuesAreUnique: Boolean = false, val lapisAllowsRegexSearch: Boolean = false, + val lineageIndex: Boolean = false, ) enum class MetadataType { @JsonProperty("string") STRING, - @JsonProperty("pango_lineage") - PANGO_LINEAGE, - @JsonProperty("date") DATE, diff --git a/lapis/src/main/kotlin/org/genspectrum/lapis/config/SequenceFilterFields.kt b/lapis/src/main/kotlin/org/genspectrum/lapis/config/SequenceFilterFields.kt index ad7b54b71..ca8c4dbf9 100644 --- a/lapis/src/main/kotlin/org/genspectrum/lapis/config/SequenceFilterFields.kt +++ b/lapis/src/main/kotlin/org/genspectrum/lapis/config/SequenceFilterFields.kt @@ -38,29 +38,32 @@ data class SequenceFilterField( private fun mapToSequenceFilterField(databaseMetadata: DatabaseMetadata) = when (databaseMetadata.type) { - MetadataType.STRING -> listOf( - SequenceFilterField( - name = databaseMetadata.name, - type = SequenceFilterFieldType.String, - ), - ).let { + MetadataType.STRING -> { + val baseField = when (databaseMetadata.lineageIndex) { + true -> SequenceFilterField( + name = databaseMetadata.name, + type = SequenceFilterFieldType.Lineage, + ) + + false -> SequenceFilterField( + name = databaseMetadata.name, + type = SequenceFilterFieldType.String, + ) + } + when (databaseMetadata.lapisAllowsRegexSearch) { - true -> it + SequenceFilterField( - name = "${databaseMetadata.name}.regex", - type = SequenceFilterFieldType.StringSearch(databaseMetadata.name), + true -> listOf( + baseField, + SequenceFilterField( + name = "${databaseMetadata.name}.regex", + type = SequenceFilterFieldType.StringSearch(databaseMetadata.name), + ), ) - false -> it + false -> listOf(baseField) } } - MetadataType.PANGO_LINEAGE -> listOf( - SequenceFilterField( - name = databaseMetadata.name, - type = SequenceFilterFieldType.PangoLineage, - ), - ) - MetadataType.DATE -> listOf( SequenceFilterField(name = databaseMetadata.name, type = SequenceFilterFieldType.Date), SequenceFilterField( @@ -122,7 +125,7 @@ private fun mapToSequenceFilterFieldsFromFeatures(databaseFeature: DatabaseFeatu sealed class SequenceFilterFieldType(val openApiType: kotlin.String) { data object String : SequenceFilterFieldType("string") - data object PangoLineage : SequenceFilterFieldType("string") + data object Lineage : SequenceFilterFieldType("string") data object Date : SequenceFilterFieldType("string") diff --git a/lapis/src/main/kotlin/org/genspectrum/lapis/model/SiloFilterExpressionMapper.kt b/lapis/src/main/kotlin/org/genspectrum/lapis/model/SiloFilterExpressionMapper.kt index dff279b92..9c4344b1c 100644 --- a/lapis/src/main/kotlin/org/genspectrum/lapis/model/SiloFilterExpressionMapper.kt +++ b/lapis/src/main/kotlin/org/genspectrum/lapis/model/SiloFilterExpressionMapper.kt @@ -21,11 +21,11 @@ import org.genspectrum.lapis.silo.HasAminoAcidMutation import org.genspectrum.lapis.silo.HasNucleotideMutation import org.genspectrum.lapis.silo.IntBetween import org.genspectrum.lapis.silo.IntEquals +import org.genspectrum.lapis.silo.LineageEquals import org.genspectrum.lapis.silo.Maybe import org.genspectrum.lapis.silo.NucleotideInsertionContains import org.genspectrum.lapis.silo.NucleotideSymbolEquals import org.genspectrum.lapis.silo.Or -import org.genspectrum.lapis.silo.PangoLineageEquals import org.genspectrum.lapis.silo.SiloFilterExpression import org.genspectrum.lapis.silo.StringEquals import org.genspectrum.lapis.silo.StringSearch @@ -104,7 +104,7 @@ class SiloFilterExpressionMapper( is SequenceFilterFieldType.DateFrom -> Pair(type.associatedField, Filter.DateBetween) is SequenceFilterFieldType.DateTo -> Pair(type.associatedField, Filter.DateBetween) SequenceFilterFieldType.Date -> Pair(field.name, Filter.DateBetween) - SequenceFilterFieldType.PangoLineage -> Pair(field.name, Filter.PangoLineage) + SequenceFilterFieldType.Lineage -> Pair(field.name, Filter.PangoLineage) is SequenceFilterFieldType.StringSearch -> Pair(type.associatedField, Filter.StringSearch) SequenceFilterFieldType.String -> Pair(field.name, Filter.StringEquals) SequenceFilterFieldType.VariantQuery -> Pair(field.name, Filter.VariantQuery) @@ -281,14 +281,14 @@ class SiloFilterExpressionMapper( ) = Or( values[0].values.map { when { - it.isNullOrBlank() -> PangoLineageEquals(column, null, includeSublineages = false) - it.endsWith(".*") -> PangoLineageEquals(column, it.substringBeforeLast(".*"), includeSublineages = true) - it.endsWith('*') -> PangoLineageEquals(column, it.substringBeforeLast('*'), includeSublineages = true) + it.isNullOrBlank() -> LineageEquals(column, null, includeSublineages = false) + it.endsWith(".*") -> LineageEquals(column, it.substringBeforeLast(".*"), includeSublineages = true) + it.endsWith('*') -> LineageEquals(column, it.substringBeforeLast('*'), includeSublineages = true) it.endsWith('.') -> throw BadRequestException( "Invalid pango lineage: $it must not end with a dot. Did you mean '$it*'?", ) - else -> PangoLineageEquals(column, it, includeSublineages = false) + else -> LineageEquals(column, it, includeSublineages = false) } }, ) diff --git a/lapis/src/main/kotlin/org/genspectrum/lapis/model/VariantQueryCustomListener.kt b/lapis/src/main/kotlin/org/genspectrum/lapis/model/VariantQueryCustomListener.kt index b644cf0d2..ae9522056 100644 --- a/lapis/src/main/kotlin/org/genspectrum/lapis/model/VariantQueryCustomListener.kt +++ b/lapis/src/main/kotlin/org/genspectrum/lapis/model/VariantQueryCustomListener.kt @@ -26,13 +26,13 @@ import org.genspectrum.lapis.silo.AminoAcidSymbolEquals import org.genspectrum.lapis.silo.And import org.genspectrum.lapis.silo.HasAminoAcidMutation import org.genspectrum.lapis.silo.HasNucleotideMutation +import org.genspectrum.lapis.silo.LineageEquals import org.genspectrum.lapis.silo.Maybe import org.genspectrum.lapis.silo.NOf import org.genspectrum.lapis.silo.Not import org.genspectrum.lapis.silo.NucleotideInsertionContains import org.genspectrum.lapis.silo.NucleotideSymbolEquals import org.genspectrum.lapis.silo.Or -import org.genspectrum.lapis.silo.PangoLineageEquals import org.genspectrum.lapis.silo.SiloFilterExpression import org.genspectrum.lapis.silo.StringEquals @@ -187,7 +187,7 @@ class VariantQueryCustomListener(val referenceGenomeSchema: ReferenceGenomeSchem val pangolineage = ctx.pangolineage().text val includeSublineages = ctx.pangolineageIncludeSublineages() != null - val expr = PangoLineageEquals(pangoLineageColumnName, pangolineage, includeSublineages) + val expr = LineageEquals(pangoLineageColumnName, pangolineage, includeSublineages) expressionStack.addLast(expr) } } diff --git a/lapis/src/main/kotlin/org/genspectrum/lapis/openApi/OpenApiDocs.kt b/lapis/src/main/kotlin/org/genspectrum/lapis/openApi/OpenApiDocs.kt index 7cd5a9d92..9872743f3 100644 --- a/lapis/src/main/kotlin/org/genspectrum/lapis/openApi/OpenApiDocs.kt +++ b/lapis/src/main/kotlin/org/genspectrum/lapis/openApi/OpenApiDocs.kt @@ -329,7 +329,6 @@ private fun detailsMetadataFieldSchemas(databaseConfig: DatabaseConfig) = private fun mapToOpenApiType(type: MetadataType): String = when (type) { MetadataType.STRING -> "string" - MetadataType.PANGO_LINEAGE -> "string" MetadataType.DATE -> "string" MetadataType.INT -> "integer" MetadataType.FLOAT -> "number" @@ -343,7 +342,7 @@ private fun primitiveSequenceFilterFieldSchemas(sequenceFilterFields: SequenceFi private fun filterFieldSchema(fieldType: SequenceFilterFieldType) = when (fieldType) { - SequenceFilterFieldType.String, SequenceFilterFieldType.PangoLineage -> + SequenceFilterFieldType.String, SequenceFilterFieldType.Lineage -> Schema().anyOf( listOf( nullableStringSchema(fieldType.openApiType), diff --git a/lapis/src/main/kotlin/org/genspectrum/lapis/silo/SiloQuery.kt b/lapis/src/main/kotlin/org/genspectrum/lapis/silo/SiloQuery.kt index 62a46be39..12d2e847b 100644 --- a/lapis/src/main/kotlin/org/genspectrum/lapis/silo/SiloQuery.kt +++ b/lapis/src/main/kotlin/org/genspectrum/lapis/silo/SiloQuery.kt @@ -218,8 +218,8 @@ data class StringEquals(val column: String, val value: String?) : SiloFilterExpr data class BooleanEquals(val column: String, val value: Boolean?) : SiloFilterExpression("BooleanEquals") -data class PangoLineageEquals(val column: String, val value: String?, val includeSublineages: Boolean) : - SiloFilterExpression("PangoLineage") +data class LineageEquals(val column: String, val value: String?, val includeSublineages: Boolean) : + SiloFilterExpression("Lineage") @JsonInclude(JsonInclude.Include.NON_NULL) data class NucleotideSymbolEquals(val sequenceName: String?, val position: Int, val symbol: String) : diff --git a/lapis/src/test/kotlin/org/genspectrum/lapis/DummySequenceFilterFields.kt b/lapis/src/test/kotlin/org/genspectrum/lapis/DummySequenceFilterFields.kt index d72ff59c4..bd242db51 100644 --- a/lapis/src/test/kotlin/org/genspectrum/lapis/DummySequenceFilterFields.kt +++ b/lapis/src/test/kotlin/org/genspectrum/lapis/DummySequenceFilterFields.kt @@ -21,7 +21,7 @@ val dummySequenceFilterFields = SequenceFilterFields( DATE_FIELD to SequenceFilterFieldType.Date, "dateTo" to SequenceFilterFieldType.DateTo(DATE_FIELD), "dateFrom" to SequenceFilterFieldType.DateFrom(DATE_FIELD), - PANGO_LINEAGE_FIELD to SequenceFilterFieldType.PangoLineage, + PANGO_LINEAGE_FIELD to SequenceFilterFieldType.Lineage, "some_metadata" to SequenceFilterFieldType.String, "some_metadata.regex" to SequenceFilterFieldType.StringSearch("some_metadata"), "other_metadata" to SequenceFilterFieldType.String, diff --git a/lapis/src/test/kotlin/org/genspectrum/lapis/config/DatabaseConfigTest.kt b/lapis/src/test/kotlin/org/genspectrum/lapis/config/DatabaseConfigTest.kt index 4266c4f36..3554726d7 100644 --- a/lapis/src/test/kotlin/org/genspectrum/lapis/config/DatabaseConfigTest.kt +++ b/lapis/src/test/kotlin/org/genspectrum/lapis/config/DatabaseConfigTest.kt @@ -25,7 +25,7 @@ class DatabaseConfigTest { DatabaseMetadata(name = "date", type = MetadataType.DATE), DatabaseMetadata(name = "region", type = MetadataType.STRING), DatabaseMetadata(name = "country", type = MetadataType.STRING), - DatabaseMetadata(name = "pangoLineage", type = MetadataType.PANGO_LINEAGE), + DatabaseMetadata(name = "pangoLineage", type = MetadataType.STRING, lineageIndex = true), DatabaseMetadata(name = "test_boolean_column", type = MetadataType.BOOLEAN), ), ) @@ -56,7 +56,7 @@ class DatabaseConfigWithoutFeaturesTest { DatabaseMetadata(name = "date", type = MetadataType.DATE), DatabaseMetadata(name = "region", type = MetadataType.STRING), DatabaseMetadata(name = "country", type = MetadataType.STRING), - DatabaseMetadata(name = "pangoLineage", type = MetadataType.PANGO_LINEAGE), + DatabaseMetadata(name = "pangoLineage", type = MetadataType.STRING, lineageIndex = true), ), ) assertThat(underTest.schema.features, `is`(emptyList())) diff --git a/lapis/src/test/kotlin/org/genspectrum/lapis/config/SequenceFilterFieldsTest.kt b/lapis/src/test/kotlin/org/genspectrum/lapis/config/SequenceFilterFieldsTest.kt index f0ae0045e..9bf5e1471 100644 --- a/lapis/src/test/kotlin/org/genspectrum/lapis/config/SequenceFilterFieldsTest.kt +++ b/lapis/src/test/kotlin/org/genspectrum/lapis/config/SequenceFilterFieldsTest.kt @@ -57,15 +57,52 @@ class SequenceFilterFieldsTest { } @Test - fun `given database config with a pango_lineage field then contains a pango_lineage field`() { - val input = databaseConfigWithFields(listOf(DatabaseMetadata("pangoLineage", MetadataType.PANGO_LINEAGE))) + fun `GIVEN database config with a field with lineage index THEN contains a lineage field`() { + val input = databaseConfigWithFields( + listOf( + DatabaseMetadata( + name = "pangoLineage", + type = MetadataType.STRING, + lineageIndex = true, + ), + ), + ) val underTest = SequenceFilterFields.fromDatabaseConfig(input) assertThat(underTest.fields, aMapWithSize(1)) assertThat( underTest.fields, - hasEntry("pangolineage", SequenceFilterField("pangoLineage", SequenceFilterFieldType.PangoLineage)), + hasEntry("pangolineage", SequenceFilterField("pangoLineage", SequenceFilterFieldType.Lineage)), + ) + } + + @Test + fun `GIVEN config with a field with lineage index and regex search THEN contains a lineage and regex field`() { + val input = databaseConfigWithFields( + listOf( + DatabaseMetadata( + name = "pangoLineage", + type = MetadataType.STRING, + lineageIndex = true, + lapisAllowsRegexSearch = true, + ), + ), + ) + + val underTest = SequenceFilterFields.fromDatabaseConfig(input) + + assertThat(underTest.fields, aMapWithSize(2)) + assertThat( + underTest.fields, + hasEntry("pangolineage", SequenceFilterField("pangoLineage", SequenceFilterFieldType.Lineage)), + ) + assertThat( + underTest.fields, + hasEntry( + "pangolineage.regex", + SequenceFilterField("pangoLineage.regex", SequenceFilterFieldType.StringSearch("pangoLineage")), + ), ) } diff --git a/lapis/src/test/kotlin/org/genspectrum/lapis/model/SiloFilterExpressionMapperTest.kt b/lapis/src/test/kotlin/org/genspectrum/lapis/model/SiloFilterExpressionMapperTest.kt index 0715b9e55..30cd28fc5 100644 --- a/lapis/src/test/kotlin/org/genspectrum/lapis/model/SiloFilterExpressionMapperTest.kt +++ b/lapis/src/test/kotlin/org/genspectrum/lapis/model/SiloFilterExpressionMapperTest.kt @@ -23,11 +23,11 @@ import org.genspectrum.lapis.silo.HasAminoAcidMutation import org.genspectrum.lapis.silo.HasNucleotideMutation import org.genspectrum.lapis.silo.IntBetween import org.genspectrum.lapis.silo.IntEquals +import org.genspectrum.lapis.silo.LineageEquals import org.genspectrum.lapis.silo.Maybe import org.genspectrum.lapis.silo.NucleotideInsertionContains import org.genspectrum.lapis.silo.NucleotideSymbolEquals import org.genspectrum.lapis.silo.Or -import org.genspectrum.lapis.silo.PangoLineageEquals import org.genspectrum.lapis.silo.SiloFilterExpression import org.genspectrum.lapis.silo.StringEquals import org.genspectrum.lapis.silo.StringSearch @@ -69,7 +69,7 @@ class SiloFilterExpressionMapperTest { val result = underTest.map(filterParameter) val expected = - And(Or(PangoLineageEquals(FIELD_WITH_UPPERCASE_LETTER, SOME_VALUE, includeSublineages = false))) + And(Or(LineageEquals(FIELD_WITH_UPPERCASE_LETTER, SOME_VALUE, includeSublineages = false))) assertThat(result, equalTo(expected)) } @@ -80,7 +80,7 @@ class SiloFilterExpressionMapperTest { val result = underTest.map(filterParameter) val expected = - And(Or(PangoLineageEquals(FIELD_WITH_UPPERCASE_LETTER, SOME_VALUE, includeSublineages = false))) + And(Or(LineageEquals(FIELD_WITH_UPPERCASE_LETTER, SOME_VALUE, includeSublineages = false))) assertThat(result, equalTo(expected)) } @@ -582,23 +582,23 @@ class SiloFilterExpressionMapperTest { ), Arguments.of( mapOf("pangoLineage" to listOf("A.1.2.3")), - And(Or(PangoLineageEquals("pangoLineage", "A.1.2.3", includeSublineages = false))), + And(Or(LineageEquals("pangoLineage", "A.1.2.3", includeSublineages = false))), ), Arguments.of( mapOf("pangoLineage" to listOf("")), - And(Or(PangoLineageEquals("pangoLineage", null, includeSublineages = false))), + And(Or(LineageEquals("pangoLineage", null, includeSublineages = false))), ), Arguments.of( mapOf("pangoLineage" to listOf(null)), - And(Or(PangoLineageEquals("pangoLineage", null, includeSublineages = false))), + And(Or(LineageEquals("pangoLineage", null, includeSublineages = false))), ), Arguments.of( mapOf("pangoLineage" to listOf("A.1.2.3*")), - And(Or(PangoLineageEquals("pangoLineage", "A.1.2.3", includeSublineages = true))), + And(Or(LineageEquals("pangoLineage", "A.1.2.3", includeSublineages = true))), ), Arguments.of( mapOf("pangoLineage" to listOf("A.1.2.3.*")), - And(Or(PangoLineageEquals("pangoLineage", "A.1.2.3", includeSublineages = true))), + And(Or(LineageEquals("pangoLineage", "A.1.2.3", includeSublineages = true))), ), Arguments.of( mapOf( @@ -608,7 +608,7 @@ class SiloFilterExpressionMapperTest { ), And( listOf( - Or(PangoLineageEquals("pangoLineage", "A.1.2.3", includeSublineages = false)), + Or(LineageEquals("pangoLineage", "A.1.2.3", includeSublineages = false)), Or(StringEquals("some_metadata", "ABC")), Or(StringEquals("other_metadata", "DEF")), ), @@ -801,8 +801,8 @@ class SiloFilterExpressionMapperTest { ), And( Or( - PangoLineageEquals("pangoLineage", "A.1.2.3", includeSublineages = false), - PangoLineageEquals("pangoLineage", "B.1.2.3", includeSublineages = false), + LineageEquals("pangoLineage", "A.1.2.3", includeSublineages = false), + LineageEquals("pangoLineage", "B.1.2.3", includeSublineages = false), ), ), ), diff --git a/lapis/src/test/kotlin/org/genspectrum/lapis/model/VariantQueryFacadeTest.kt b/lapis/src/test/kotlin/org/genspectrum/lapis/model/VariantQueryFacadeTest.kt index c4ae5b08c..8e4b13787 100644 --- a/lapis/src/test/kotlin/org/genspectrum/lapis/model/VariantQueryFacadeTest.kt +++ b/lapis/src/test/kotlin/org/genspectrum/lapis/model/VariantQueryFacadeTest.kt @@ -8,13 +8,13 @@ import org.genspectrum.lapis.silo.AminoAcidSymbolEquals import org.genspectrum.lapis.silo.And import org.genspectrum.lapis.silo.HasAminoAcidMutation import org.genspectrum.lapis.silo.HasNucleotideMutation +import org.genspectrum.lapis.silo.LineageEquals import org.genspectrum.lapis.silo.Maybe import org.genspectrum.lapis.silo.NOf import org.genspectrum.lapis.silo.Not import org.genspectrum.lapis.silo.NucleotideInsertionContains import org.genspectrum.lapis.silo.NucleotideSymbolEquals import org.genspectrum.lapis.silo.Or -import org.genspectrum.lapis.silo.PangoLineageEquals import org.genspectrum.lapis.silo.StringEquals import org.hamcrest.MatcherAssert.assertThat import org.hamcrest.Matchers.equalTo @@ -44,8 +44,8 @@ class VariantQueryFacadeTest { val expectedResult = And( - PangoLineageEquals(PANGO_LINEAGE_COLUMN, "A.1.2.3", true), - PangoLineageEquals(NEXTCLADE_PANGO_LINEAGE_COLUMN, "jn.1", true), + LineageEquals(PANGO_LINEAGE_COLUMN, "A.1.2.3", true), + LineageEquals(NEXTCLADE_PANGO_LINEAGE_COLUMN, "jn.1", true), NOf( 3, matchExactly = false, @@ -183,7 +183,7 @@ class VariantQueryFacadeTest { val result = underTest.map(variantQuery) - val expectedResult = PangoLineageEquals(PANGO_LINEAGE_COLUMN, "A.1.2.3", false) + val expectedResult = LineageEquals(PANGO_LINEAGE_COLUMN, "A.1.2.3", false) assertThat(result, equalTo(expectedResult)) } @@ -194,7 +194,7 @@ class VariantQueryFacadeTest { val result = underTest.map(variantQuery) - val expectedResult = PangoLineageEquals(PANGO_LINEAGE_COLUMN, "A.1.2.3", true) + val expectedResult = LineageEquals(PANGO_LINEAGE_COLUMN, "A.1.2.3", true) assertThat(result, equalTo(expectedResult)) } @@ -205,7 +205,7 @@ class VariantQueryFacadeTest { val result = underTest.map(variantQuery) - val expectedResult = PangoLineageEquals(NEXTCLADE_PANGO_LINEAGE_COLUMN, "A.1.2.3", true) + val expectedResult = LineageEquals(NEXTCLADE_PANGO_LINEAGE_COLUMN, "A.1.2.3", true) assertThat(result, equalTo(expectedResult)) } @@ -216,7 +216,7 @@ class VariantQueryFacadeTest { val result = underTest.map(variantQuery) - val expectedResult = PangoLineageEquals(NEXTCLADE_PANGO_LINEAGE_COLUMN, "A.1.2.3", true) + val expectedResult = LineageEquals(NEXTCLADE_PANGO_LINEAGE_COLUMN, "A.1.2.3", true) assertThat(result, equalTo(expectedResult)) } @@ -505,7 +505,7 @@ class VariantQueryFacadeTest { assertThat( result, - equalTo(PangoLineageEquals(NEXTCLADE_PANGO_LINEAGE_COLUMN, "jn.1", true)), + equalTo(LineageEquals(NEXTCLADE_PANGO_LINEAGE_COLUMN, "jn.1", true)), ) } diff --git a/lapis/src/test/kotlin/org/genspectrum/lapis/silo/SiloQueryTest.kt b/lapis/src/test/kotlin/org/genspectrum/lapis/silo/SiloQueryTest.kt index 2fb440943..189a02bd8 100644 --- a/lapis/src/test/kotlin/org/genspectrum/lapis/silo/SiloQueryTest.kt +++ b/lapis/src/test/kotlin/org/genspectrum/lapis/silo/SiloQueryTest.kt @@ -372,10 +372,10 @@ class SiloQueryTest { """, ), Arguments.of( - PangoLineageEquals("fieldName", "ABC", includeSublineages = false), + LineageEquals("fieldName", "ABC", includeSublineages = false), """ { - "type": "PangoLineage", + "type": "Lineage", "column": "fieldName", "value": "ABC", "includeSublineages": false @@ -383,10 +383,10 @@ class SiloQueryTest { """, ), Arguments.of( - PangoLineageEquals("fieldName", "ABC", includeSublineages = true), + LineageEquals("fieldName", "ABC", includeSublineages = true), """ { - "type": "PangoLineage", + "type": "Lineage", "column": "fieldName", "value": "ABC", "includeSublineages": true @@ -394,10 +394,10 @@ class SiloQueryTest { """, ), Arguments.of( - PangoLineageEquals("fieldName", null, includeSublineages = false), + LineageEquals("fieldName", null, includeSublineages = false), """ { - "type": "PangoLineage", + "type": "Lineage", "column": "fieldName", "value": null, "includeSublineages": false diff --git a/lapis/src/test/resources/config/testDatabaseConfig.yaml b/lapis/src/test/resources/config/testDatabaseConfig.yaml index 07fc9366d..2f879a32f 100644 --- a/lapis/src/test/resources/config/testDatabaseConfig.yaml +++ b/lapis/src/test/resources/config/testDatabaseConfig.yaml @@ -11,7 +11,8 @@ schema: - name: country type: string - name: pangoLineage - type: pango_lineage + type: string + lineageIndex: true - name: test_boolean_column type: boolean features: diff --git a/lapis/src/test/resources/config/testDatabaseConfigWithoutFeatures.yaml b/lapis/src/test/resources/config/testDatabaseConfigWithoutFeatures.yaml index 56bb6c3c9..6d54192f0 100644 --- a/lapis/src/test/resources/config/testDatabaseConfigWithoutFeatures.yaml +++ b/lapis/src/test/resources/config/testDatabaseConfigWithoutFeatures.yaml @@ -11,5 +11,6 @@ schema: - name: country type: string - name: pangoLineage - type: pango_lineage + type: string + lineageIndex: true primaryKey: primaryKey