From ffd4c836c5e073e7617b444ba320fcd6083a99f4 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Michael L Heuer Date: Wed, 11 Sep 2019 11:08:34 -0500 Subject: [PATCH] add tests for SAM files that corrupt with adam + htsjdk 0.20.x --- .../hadoop_bam/TestSAMInputFormat.java | 46 ++ src/test/resources/flag-values.sam | 701 ++++++++++++++++++ src/test/resources/small.sam | 24 + 3 files changed, 771 insertions(+) create mode 100644 src/test/resources/flag-values.sam create mode 100644 src/test/resources/small.sam diff --git a/src/test/java/org/seqdoop/hadoop_bam/TestSAMInputFormat.java b/src/test/java/org/seqdoop/hadoop_bam/TestSAMInputFormat.java index f1ac677..b6693b2 100644 --- a/src/test/java/org/seqdoop/hadoop_bam/TestSAMInputFormat.java +++ b/src/test/java/org/seqdoop/hadoop_bam/TestSAMInputFormat.java @@ -106,4 +106,50 @@ public void testMapReduceJob() throws Exception { } br.close(); } + + @Test + public void testCorruptedReadNameSAM() throws Exception { + // override setup with different input + 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