diff --git a/galaxy/mzml2isa/mzml2isa.xml b/galaxy/mzml2isa/mzml2isa.xml index 4ea0349..4bdfe4a 100644 --- a/galaxy/mzml2isa/mzml2isa.xml +++ b/galaxy/mzml2isa/mzml2isa.xml @@ -142,6 +142,8 @@ python $__tool_directory__/wrapper.py #if $input.format == "zip_file" -inputzip "$input.source" + #else if $input.format == "tar_file" + -inputzip "$input.source" #else if $input.format == "data_collection" -folder "temp" #end if @@ -206,6 +208,7 @@ + @@ -213,6 +216,9 @@ + + + diff --git a/galaxy/mzml2isa/wrapper.py b/galaxy/mzml2isa/wrapper.py index a3a0ae5..3cb8e43 100644 --- a/galaxy/mzml2isa/wrapper.py +++ b/galaxy/mzml2isa/wrapper.py @@ -44,7 +44,7 @@ def main(): ''')) - p.add_argument('-inputzip', dest='inputzip', required=False) + p.add_argument('-inputzip', dest='inputzip', required=False, help="Provide a Zip or TAR file") p.add_argument('-folder', dest='folder', required=False) p.add_argument('-out_dir', dest='out_dir', required=True) p.add_argument('-html_file', dest='html_file', required=True) @@ -228,13 +228,6 @@ def main(): inp = args.inputzip else: inp = args.folder - print inp - print os.listdir(inp) - print "=====================================================" - print "=====================================================" - print "=====================================================" - print "=====================================================" - print "=====================================================" os.system("mzml2isa -i %s -o %s -s %s -m %s" % (inp, args.out_dir, args.study_title, temp.name)) temp.close()