diff --git a/tools/sylph/.shed.yml b/tools/sylph/.shed.yml new file mode 100644 index 0000000000..515e17b97e --- /dev/null +++ b/tools/sylph/.shed.yml @@ -0,0 +1,13 @@ +name: sylph +owner: bgruening +description: sylph - fast and precise species-level metagenomic profiling with ANIs +long_description: sylph is a program that performs ultrafast (1) ANI querying or (2) metagenomic profiling for metagenomic shotgun samples. +homepage_url: https://github.com/bluenote-1577/sylph +remote_repository_url: https://github.com/bgruening/galaxytools/main/tools/sylph +categories: + - Metagenomics +type: unrestricted +auto_tool_repositories: + name_template: "{{ tool_id }}" + description_template: "{{ tool_name }} from the sylph suite" + diff --git a/tools/sylph/README.md b/tools/sylph/README.md new file mode 100644 index 0000000000..e1cacc5def --- /dev/null +++ b/tools/sylph/README.md @@ -0,0 +1,10 @@ +For Galaxy admins and local runs: + +The databases for sylph have associated metadata files. These files MUST be paired with the correct databases to output correctly. Here is the easiest location to download databases and metadata files: +For databases: https://github.com/bluenote-1577/sylph/wiki/Pre%E2%80%90built-databases +For metadata: https://github.com/bluenote-1577/sylph-utils + +The tool assumes the directory the data_table references to be + + - database.syldb + - metadata.tsv.gz \ No newline at end of file diff --git a/tools/sylph/macros.xml b/tools/sylph/macros.xml new file mode 100644 index 0000000000..331715fee5 --- /dev/null +++ b/tools/sylph/macros.xml @@ -0,0 +1,147 @@ + + 0.6.1 + 0 + MIT + + + + + + + + sylph + python + pandas + + + + + 10.1038/s41587-024-02412-y + + + + + + + + + + + sylph + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + \ No newline at end of file diff --git a/tools/sylph/sylph_profile.xml b/tools/sylph/sylph_profile.xml new file mode 100644 index 0000000000..333626bd13 --- /dev/null +++ b/tools/sylph/sylph_profile.xml @@ -0,0 +1,226 @@ + + Profile a metagenome including taxonomic and sequence abundances + + macros.xml + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + outputs and 'metaphlan' in outputs + + + + outputs and 'krona' in outputs + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + `_ + +---- + +**Output** + +Sylph profile outputs a TSV (tab-separated values) file. Each row is one genome detected in the metagenome sample. + - Sample_file: the filename of the reads/sample. + - Genome_file: the filename of the detected genome. + - Taxonomic_abundance: normalized taxonomic abundance as a percentage. Coverage-normalized - same as MetaPhlAn abundance + - Sequence_abundance: normalized sequence abundance as a percentage. The "number of reads" assigned to each genome - same as Kraken abundance + - Adjusted_ANI: adjusted containment ANI estimate. + - If coverage adjustment is possible (cov is < 3x cov): returns coverage-adjusted ANI + - If coverage is too low/high: returns Naive_ANI (see below) + - Eff_cov/True_cov: an estimate of the effective, or if -u specified, the true coverage. Always a decimal number. + - ANI_5-95_percentile: [5%,95%] confidence intervals. Not always a decimal number. + - If coverage adjustment is possible: float-float e.g. 98.52-99.55 + - If coverage is too low/high: NA-NA is given. + - Eff_lambda: estimate of the effective coverage parameter. Not always a decimal number. + - If coverage adjustment is possible: lambda estimate is given + - If coverage is too low/high: LOW or HIGH is output + - Lambda_5-95_percentile: [5%, 95%] confidence intervals for lambda. Same format rules as ANI_5-95_percentile. + - Median_cov: median k-mer multiplicity for k-mers with >= 1 multiplicity. + - Mean_cov_geq1: mean k-mer multiplicity for k-mers with >= 1 multiplicity. + - Containment_ind: int/int showing the containment index (number of k-mers found in sample divided by total k-mers), e.g. 959/1053. + - Naive_ANI: containment ANI without coverage adjustment. + - kmers_reassigned: the number of k-mers reassigned away from the genome. + - Contig_name: name of the first contig in the genome + +Additional files are able to be output. The metaphlan-style output is formatted similarly to that output by the `[Metaphlan `_ +This output is *NOT* compatible with Krona directly. For that, please select the Krona-style output option. + + + ]]> + + diff --git a/tools/sylph/sylph_query.xml b/tools/sylph/sylph_query.xml new file mode 100644 index 0000000000..f3b176af2a --- /dev/null +++ b/tools/sylph/sylph_query.xml @@ -0,0 +1,181 @@ + + compare metagenome similarity to a reference genome + + macros.xml + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + `_ + +---- + +**Output** + +Sylph Query outputs a TSV (tab-separated values) file. Each row is one genome detected in the metagenome sample. + - Sample_file: the filename of the reads/sample. + - Genome_file: the filename of the detected genome. + - Adjusted_ANI: adjusted containment ANI estimate. + - If coverage adjustment is possible (cov is < 3x cov): returns coverage-adjusted ANI + - If coverage is too low/high: returns Naive_ANI (see below) + - Eff_cov/True_cov: an estimate of the effective, or if -u specified, the true coverage. Always a decimal number. + - ANI_5-95_percentile: [5%,95%] confidence intervals. Not always a decimal number. + - If coverage adjustment is possible: float-float e.g. 98.52-99.55 + - If coverage is too low/high: NA-NA is given. + - Eff_lambda: estimate of the effective coverage parameter. Not always a decimal number. + - If coverage adjustment is possible: lambda estimate is given + - If coverage is too low/high: LOW or HIGH is output + - Lambda_5-95_percentile: [5%, 95%] confidence intervals for lambda. Same format rules as ANI_5-95_percentile. + - Median_cov: median k-mer multiplicity for k-mers with >= 1 multiplicity. + - Mean_cov_geq1: mean k-mer multiplicity for k-mers with >= 1 multiplicity. + - Containment_ind: int/int showing the containment index (number of k-mers found in sample divided by total k-mers), e.g. 959/1053. + - Naive_ANI: containment ANI without coverage adjustment. + - Contig_name: name of the first contig in the genome + +Additional files are able to be output. The metaphlan-style output is formatted similarly to that output by the `[Metaphlan `_ +This output is *NOT* compatible with Krona directly. For that, please select the Krona-style output option. + + + ]]> + + diff --git a/tools/sylph/sylph_to_taxprof.py b/tools/sylph/sylph_to_taxprof.py new file mode 100644 index 0000000000..caa5412b5f --- /dev/null +++ b/tools/sylph/sylph_to_taxprof.py @@ -0,0 +1,101 @@ +import argparse +import gzip +from collections import defaultdict + +import pandas as pd + + +def genome_file_to_gtdb_acc(file_name): + return (file_name.split('/')[-1].split("_genomic")[0]) + + +parser = argparse.ArgumentParser(description='Convert a sylph output tsv file to a set of output files in MetaPhlAn format.') +parser.add_argument("-s", "--sylph", help="sylph output file", type=str, required=True) +parser.add_argument("-o", "--output-prefix", help="prefix of the outputs. Output files will be prefix + Sample_file +.sylphmpa", type=str, default="") +parser.add_argument("-m", "--metadata", help="metadata file converting genome files to taxnomic identifiers.", type=str, required=True) +args = parser.parse_args() + +# Read sylph's output TSV file into a Pandas DataFrame +df = pd.read_csv(args.sylph, sep='\t') + +# This is a dictionary that contains the genome_file +# to taxonomy string mapping. It should be like +# {'my_genome.fna.gz' : b__Bacteria;...} +genome_to_taxonomy = dict() + +# Process gzip file instead if extension detected +if '.gz' in args.metadata or '.gzip' in args.metadata: + f = gzip.open(args.metadata, 'rt') +else: + f = open(args.metadata, 'r') + +# Tag each taxonomy string with a t__ strain level identifier +for row in f: + spl = row.rstrip().split() + accession = spl[0] + taxonomy = ' '.join(spl[1:]).rstrip() + ';t__' + accession + genome_to_taxonomy[accession] = taxonomy + +# Group by sample file. Output one file fo reach sample file. +grouped = df.groupby('Sample_file') + +for sample_file, group_df in grouped: + out = sample_file.split('/')[-1] + out_file = args.output_prefix + out + '.sylphmpa' + of = open(out_file, 'w') + + tax_abundance = defaultdict(float) + seq_abundance = defaultdict(float) + ani_dict = defaultdict(float) + + # Iterate over each row in the DataFrame + for idx, row in group_df.iterrows(): + + # Parse the genome file... assume the file is in gtdb format. + # This can be changed. + genome_file = genome_file_to_gtdb_acc(row['Genome_file']) + ani = float(row['Adjusted_ANI']) + + if genome_file in genome_to_taxonomy: + tax_str = genome_to_taxonomy[genome_file] + elif genome_file + '.gz' in genome_to_taxonomy: + tax_str = genome_to_taxonomy[genome_file + '.gz'] + else: + tax_str = 'NO_TAXONOMY;t__' + genome_file + + abundance = float(row['Sequence_abundance']) + rel_abundance = float(row['Taxonomic_abundance']) + + # Split taxonomy string into levels and update abundance + tax_levels = tax_str.split(';') + cur_tax = '' + for level in tax_levels: + if cur_tax: + cur_tax += '|' + cur_tax += level + tax_abundance[cur_tax] += rel_abundance + seq_abundance[cur_tax] += abundance + if 't__' in cur_tax: + ani_dict[cur_tax] = ani + + # Print the CAMI BioBoxes profiling format + of.write(f"#SampleID\t{sample_file}\n") + of.write("#clade_name\trelative_abundance\tsequence_abundance\tANI (if strain-level)\n") + + level_to_key = dict() + for key in tax_abundance.keys(): + level = len(key.split('|')) + if level not in level_to_key: + level_to_key[level] = [key] + else: + level_to_key[level].append(key) + + sorted_keys = sorted(level_to_key.keys()) + + for level in sorted_keys: + keys_for_level = sorted(level_to_key[level], key=lambda x: tax_abundance[x], reverse=True) + for tax in keys_for_level: + if tax in ani_dict: + of.write(f"{tax}\t{tax_abundance[tax]}\t{seq_abundance[tax]}\t{ani_dict[tax]}\n") + else: + of.write(f"{tax}\t{tax_abundance[tax]}\t{seq_abundance[tax]}\tNA\n") diff --git a/tools/sylph/sylphformatoutput.py b/tools/sylph/sylphformatoutput.py new file mode 100644 index 0000000000..94e35a725e --- /dev/null +++ b/tools/sylph/sylphformatoutput.py @@ -0,0 +1,63 @@ +#!/usr/bin/env python +# -*- coding: utf-8 -*- + +import argparse +import re +from pathlib import Path + +taxo_level = { + 'd': 'domain', + 'k': 'kingdom', + 'p': 'phylum', + 'c': 'class', + 'o': 'order', + 'f': 'family', + 'g': 'genus', + 's': 'species', + 't': 'strains'} + + +def format_for_krona(metaphlan_output_fp, krona_out_fp): + ''' + Split default MetaPhlAn into a report for each taxonomic levKRONAel + + :param metaphlan_output_fp: Path default MetaPhlAn output + :param krona_out: Path to output file for Krona + ''' + re_replace = re.compile(r"\w__") + re_bar = re.compile(r"\|") + re_underscore = re.compile(r"_") + + with open(metaphlan_output_fp, 'r') as metaphlan_output_f: + with open(krona_out_fp, 'w') as krona_out_f: + for line in metaphlan_output_f.readlines(): + if "s__" in line: + x = line.rstrip().split('\t') + x.pop() + lineage = re.sub(re_bar, '', x[0]) + lineage = re.sub(re_replace, '\t', lineage) + lineage = re.sub(re_underscore, ' ', lineage) + krona_out_f.write("%s\t%s\n" % (x[-1], lineage)) + + +if __name__ == '__main__': + parser = argparse.ArgumentParser(description='Format MetaPhlAn output') + subparsers = parser.add_subparsers(dest='function') + # split_levels + split_levels_parser = subparsers.add_parser('split_levels', help='Split default MetaPhlAn into a report for each taxonomic level') + split_levels_parser.add_argument('--metaphlan_output', help="Path to default MetaPhlAn output") + split_levels_parser.add_argument('--outdir', help="Path to output directory") + split_levels_parser.add_argument('--legacy-output', dest='legacy_output', action='store_true', help="Old MetaPhlAn2 two columns output") + split_levels_parser.set_defaults(legacy_output=False) + # format_for_krona + format_for_krona_parser = subparsers.add_parser('format_for_krona', help='Split default MetaPhlAn into a report for each taxonomic level') + format_for_krona_parser.add_argument('--metaphlan_output', nargs='*', help="Path to default MetaPhlAn output") + format_for_krona_parser.add_argument('--krona_output', help="Path to Krona output directory") + + args = parser.parse_args() + krona_out = args.krona_output + for i in args.metaphlan_output: + krona_outfile = i + "_" + krona_out + format_for_krona( + Path(i), + Path(krona_outfile)) diff --git a/tools/sylph/test-data/output_1.tabular b/tools/sylph/test-data/output_1.tabular new file mode 100644 index 0000000000..4d3f0af5af --- /dev/null +++ b/tools/sylph/test-data/output_1.tabular @@ -0,0 +1,2 @@ +Sample_file Genome_file Taxonomic_abundance Sequence_abundance Adjusted_ANI Eff_cov ANI_5-95_percentile Eff_lambda Lambda_5-95_percentile Median_cov Mean_cov_geq1 Containment_ind Naive_ANI kmers_reassigned Contig_name +single_1.fastq.gz e.coli-o157.fasta 100.0000 100.0000 99.88 0.047 98.57-101.14 0.047 0.03-0.07 1 1.023 996/21899 90.51 0 NZ_CP017438.1 Escherichia coli O157:H7 strain 2159 chromosome, complete genome diff --git a/tools/sylph/test-data/output_2.tabular b/tools/sylph/test-data/output_2.tabular new file mode 100644 index 0000000000..1bd80a2a9e --- /dev/null +++ b/tools/sylph/test-data/output_2.tabular @@ -0,0 +1,3 @@ +Sample_file Genome_file Taxonomic_abundance Sequence_abundance Adjusted_ANI Eff_cov ANI_5-95_percentile Eff_lambda Lambda_5-95_percentile Median_cov Mean_cov_geq1 Containment_ind Naive_ANI kmers_reassigned Contig_name +single_1.fastq.gz e.coli-o157.fasta 100.0000 100.0000 99.88 0.047 98.57-101.14 0.047 0.03-0.07 1 1.023 996/21899 90.51 0 NZ_CP017438.1 Escherichia coli O157:H7 strain 2159 chromosome, complete genome +single_2.fastq.gz e.coli-o157.fasta 100.0000 100.0000 99.88 0.047 98.57-101.14 0.047 0.03-0.07 1 1.023 996/21899 90.51 0 NZ_CP017438.1 Escherichia coli O157:H7 strain 2159 chromosome, complete genome diff --git a/tools/sylph/test-data/output_3.tabular b/tools/sylph/test-data/output_3.tabular new file mode 100644 index 0000000000..8143a5c66c --- /dev/null +++ b/tools/sylph/test-data/output_3.tabular @@ -0,0 +1,2 @@ +Sample_file Genome_file Taxonomic_abundance Sequence_abundance Adjusted_ANI Eff_cov ANI_5-95_percentile Eff_lambda Lambda_5-95_percentile Median_cov Mean_cov_geq1 Containment_ind Naive_ANI kmers_reassigned Contig_name +test_R1.fq.fastq e.coli-o157.fasta 100.0000 100.0000 97.02 0.031 94.93-97.86 0.031 0.02-0.06 1 1.015 265/21899 86.73 0 NZ_CP017438.1 Escherichia coli O157:H7 strain 2159 chromosome, complete genome diff --git a/tools/sylph/test-data/output_4.tabular b/tools/sylph/test-data/output_4.tabular new file mode 100644 index 0000000000..c4ceb573d6 --- /dev/null +++ b/tools/sylph/test-data/output_4.tabular @@ -0,0 +1,2 @@ +Sample_file Genome_file Taxonomic_abundance Sequence_abundance Adjusted_ANI Eff_cov ANI_5-95_percentile Eff_lambda Lambda_5-95_percentile Median_cov Mean_cov_geq1 Containment_ind Naive_ANI kmers_reassigned Contig_name +test.fastq e.coli-o157.fasta 100.0000 100.0000 97.02 0.031 94.93-97.86 0.031 0.02-0.06 1 1.015 265/21899 86.73 0 NZ_CP017438.1 Escherichia coli O157:H7 strain 2159 chromosome, complete genome diff --git a/tools/sylph/test-data/output_5.tabular b/tools/sylph/test-data/output_5.tabular new file mode 100644 index 0000000000..4f09108537 --- /dev/null +++ b/tools/sylph/test-data/output_5.tabular @@ -0,0 +1,2 @@ +Sample_file Genome_file Adjusted_ANI Eff_cov ANI_5-95_percentile Eff_lambda Lambda_5-95_percentile Median_cov Mean_cov_geq1 Containment_ind Naive_ANI Contig_name +single_1.fastq.gz e.coli-o157.fasta 99.88 0.047 98.57-101.14 0.047 0.03-0.07 1 1.023 996/21899 90.51 NZ_CP017438.1 Escherichia coli O157:H7 strain 2159 chromosome, complete genome diff --git a/tools/sylph/test-data/output_6.tabular b/tools/sylph/test-data/output_6.tabular new file mode 100644 index 0000000000..d2d59da6c0 --- /dev/null +++ b/tools/sylph/test-data/output_6.tabular @@ -0,0 +1,3 @@ +Sample_file Genome_file Adjusted_ANI Eff_cov ANI_5-95_percentile Eff_lambda Lambda_5-95_percentile Median_cov Mean_cov_geq1 Containment_ind Naive_ANI Contig_name +single_1.fastq.gz e.coli-o157.fasta 99.88 0.047 98.57-101.14 0.047 0.03-0.07 1 1.023 996/21899 90.51 NZ_CP017438.1 Escherichia coli O157:H7 strain 2159 chromosome, complete genome +single_2.fastq.gz e.coli-o157.fasta 99.88 0.047 98.57-101.14 0.047 0.03-0.07 1 1.023 996/21899 90.51 NZ_CP017438.1 Escherichia coli O157:H7 strain 2159 chromosome, complete genome diff --git a/tools/sylph/test-data/output_7_8.tabular b/tools/sylph/test-data/output_7_8.tabular new file mode 100644 index 0000000000..7f7c8a3c28 --- /dev/null +++ b/tools/sylph/test-data/output_7_8.tabular @@ -0,0 +1,2 @@ +Sample_file Genome_file Adjusted_ANI Eff_cov ANI_5-95_percentile Eff_lambda Lambda_5-95_percentile Median_cov Mean_cov_geq1 Containment_ind Naive_ANI Contig_name +test_R1.fq.fastq e.coli-o157.fasta 97.02 0.031 94.93-97.86 0.031 0.02-0.06 1 1.015 265/21899 86.73 NZ_CP017438.1 Escherichia coli O157:H7 strain 2159 chromosome, complete genome diff --git a/tools/sylph/test-data/single_1.fastq.gz b/tools/sylph/test-data/single_1.fastq.gz new file mode 100644 index 0000000000..ce3ae15dbc Binary files /dev/null and b/tools/sylph/test-data/single_1.fastq.gz differ diff --git a/tools/sylph/test-data/single_2.fastq.gz b/tools/sylph/test-data/single_2.fastq.gz new file mode 100644 index 0000000000..ca3ae8d9b8 Binary files /dev/null and b/tools/sylph/test-data/single_2.fastq.gz differ diff --git a/tools/sylph/test-data/sylph_databases.loc b/tools/sylph/test-data/sylph_databases.loc new file mode 100644 index 0000000000..87b992956c --- /dev/null +++ b/tools/sylph/test-data/sylph_databases.loc @@ -0,0 +1 @@ +sylph_db sylph_db ${__HERE__}/sylph_db version_string \ No newline at end of file diff --git a/tools/sylph/test-data/sylph_db/database.syldb b/tools/sylph/test-data/sylph_db/database.syldb new file mode 100644 index 0000000000..6613f086df Binary files /dev/null and b/tools/sylph/test-data/sylph_db/database.syldb differ diff --git a/tools/sylph/test-data/sylph_db/database.tsv.gz b/tools/sylph/test-data/sylph_db/database.tsv.gz new file mode 100644 index 0000000000..11d43029f4 Binary files /dev/null and b/tools/sylph/test-data/sylph_db/database.tsv.gz differ diff --git a/tools/sylph/test-data/test R1.fq b/tools/sylph/test-data/test R1.fq new file mode 100644 index 0000000000..e4084ca5af --- /dev/null +++ b/tools/sylph/test-data/test R1.fq @@ -0,0 +1,10000 @@ +@NC_007779.1_2104702_2105250_1:0:0_2:0:0_0/1 +GTGGTGCGGTGCGGCAAGGCGCTATCCAGGGATAACCGGGCAAACAGACGCATGGAGGCGATTTCGTACA ++ +2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 +@NC_007779.1_3843327_3843872_2:0:0_0:0:0_1/1 +CGTGATGATAAACACTGGCCGGAAGAACACTGGCGAGAATTGATTGGTTTACTGGCTGATTCAGGAATAC ++ 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+2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 +@NC_007779.1_4443918_4444463_2:0:0_1:0:0_9ac/2 +TCTGTTTGCAGACGCATAACCTGACGGTTAACTTCGGACATCACTGACAAATGCAGCTTATCCTTCAGTT ++ +2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 +@NC_007779.1_2892653_2893118_1:0:1_2:0:0_9ad/2 +GGTACTGATAATGCCGTCCGGCTGGGTCACCAGTTTCAAAAACTGAATAACGACTTCTTTATTTGACGCG ++ +2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 +@NC_007779.1_4528619_4529197_0:0:0_0:0:0_9ae/2 +CATTCCGGCATTCATGGTCATACCGAACAGATCCCCGCTCGGGCGGTTGATAAGCATCTCTGCGGTTAAT ++ +2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 +@NC_007779.1_641104_641580_2:0:0_3:0:0_9af/2 +TGTTAATCATGAACAAATCATTCGCCATGATTATAATATATATCCCTGATATATGTCTGGTTCTTTTTCC ++ +2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 +@NC_007779.1_1012221_1012703_3:0:0_1:0:0_9b0/2 +TCAGCAAAAAGCACGCCGGGAATTTCCAGTAATGTAATTTCACTGGTAACTCCTGCAACGTTCATATTCA ++ +2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 +@NC_007779.1_940612_941053_0:1:0_2:0:0_9b1/2 +CTGCAACCAGCGTACGACCAACAGCCAGACCATAACCGTTCAGGGTATGAACCAGACGGGTTTACTTGTC ++ +2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 +@NC_007779.1_2946961_2947507_2:0:0_3:0:0_9b2/2 +TCAAATCGTCAGCTGAAATATAAGCCGTTCGCGTTGAGTAACCCTGAACGCGTTGTGGTGGATATCGACG ++ +2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 +@NC_007779.1_781157_781657_2:0:0_1:0:0_9b3/2 +TTGATGTTCAAACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTA ++ +2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 +@NC_007779.1_2917566_2918156_3:0:0_1:0:0_9b4/2 +GCTTTGCGATTACCGCCGAAGAACAGATAACCTAGCATATCGACTTCGCTACGCTGTTGACCATCGCCCA ++ +2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 +@NC_007779.1_2854885_2855315_2:0:0_2:0:0_9b5/2 +GGCCGCCTGCCGCAACGGTTGTCGCCCTGGAGGGCGAAGATGAATATCAGTTGATTGTGCGCGTGCAGAA ++ +2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 +@NC_007779.1_228455_228938_1:0:0_4:0:0_9b6/2 +GTCATGCCAATGGCACTGCCCGGTCGCTAAATGCGGAAGAGATAAGTGCTGAAAGCATCTAAGCACGAAA ++ +2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 +@NC_007779.1_2878967_2879460_4:0:0_1:0:0_9b7/2 +AAATGCCATAATCCCTGGTTAAGTTGGTAAAGAACCCTGCTCCCGGCCCTGGCAATGATGACTTTACTTA ++ +2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 +@NC_007779.1_1259434_1259958_1:0:0_0:0:0_9b8/2 +TTCTTTGGTTATACTTCGCGAGTCACTCTTGGAGGCGAAGATGTCCGCCTGTTAGTCCCGACTACATTTA ++ +2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 +@NC_007779.1_833021_833463_0:0:0_0:0:0_9b9/2 +CCAATATTGTGGCATTTTTCGGTTTTCAGGGGTAATGGTTTTTCTGTTTCTGGAAAGCGGCTCGCAATAA ++ +2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 +@NC_007779.1_3582421_3582932_3:0:0_1:0:0_9ba/2 +TTCCAGCATAATGACTCTCCCCTTTTTCCGGGCAAGATCATACTGAACTTATCGGAACAGTAAAGCGTAA ++ +2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 +@NC_007779.1_4331672_4332053_2:0:0_0:0:0_9bb/2 +CTGCTTTCATGGTACCGACAATTGCAAGCACCATTTCCAGTCGGGAAATTTTACGCAACTCATTATTCAG ++ +2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 +@NC_007779.1_2898611_2899169_1:0:0_1:0:0_9bc/2 +GCTTACAAATACCGGCATTGTTAACCAGAATATCAACTGTACCGAAACGCTCACAGCAAGCCGCGATAAT ++ +2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 +@NC_007779.1_1789722_1790222_0:0:0_4:0:0_9bd/2 +TACCGTATCGCGAGTTCGGGGGGCGTTACCAGGCTGTCAATACGCGCAGTACGTAGTTCGTCAGTTCTGT ++ +2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 +@NC_007779.1_1161657_1162156_1:0:0_1:0:0_9be/2 +ACACTGAATGCCACCCACTCTGAAGTCGAATTTGACAGCAAAATGATGTATGTCGATGCCTATGTAACCA ++ +2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 +@NC_007779.1_244738_245194_1:0:0_1:0:0_9bf/2 +CTTTGAGCAAACCCGTAAGCCACCAACCGTTTCTGTGTTCAATGGTCGTTACGTGGTCAGCAAGCCGTTA ++ +2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 +@NC_007779.1_357217_357699_3:0:0_3:0:0_9c0/2 +ACAGGAACTGGGGTCGGGTCAACGGGCGATTCATGATGTTGCCGATCTGACGCGAGGATCGGTGCGTATC ++ +2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 +@NC_007779.1_1958826_1959263_2:0:0_1:0:0_9c1/2 +ATGGCGCACATATTTATCCATTCAAAACTTCTCACATAGGCGAGCTGGCTACCGTGAATCCTGGAACCGA ++ +2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 +@NC_007779.1_1481280_1481763_2:0:0_0:0:0_9c2/2 +GTTTAAATTGTATGTGCCGCTGGCACGTCCTGCGCTGGCGTTATGGCATCGTCTGCGTTGTCTGTTTTTT ++ +2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 +@NC_007779.1_4536676_4537125_0:0:0_1:0:0_9c3/2 +GCCCGGTAACAACAGGTTCCCGGTATTTCTGGCTGGCAATATCGAGGCTTTACCTTTGCTTTGATCTGAT ++ +2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 diff --git a/tools/sylph/test-data/test.sylphmpa b/tools/sylph/test-data/test.sylphmpa new file mode 100644 index 0000000000..a963d3bb58 --- /dev/null +++ b/tools/sylph/test-data/test.sylphmpa @@ -0,0 +1,4 @@ +#SampleID single_1.fastq.gz +#clade_name relative_abundance sequence_abundance ANI (if strain-level) +NO_TAXONOMY 100.0 100.0 NA +NO_TAXONOMY|t__e.coli-o157.fasta 100.0 100.0 99.88 diff --git a/tools/sylph/tool-data/sylph_databases.loc.sample b/tools/sylph/tool-data/sylph_databases.loc.sample new file mode 100644 index 0000000000..6568adadf2 --- /dev/null +++ b/tools/sylph/tool-data/sylph_databases.loc.sample @@ -0,0 +1,9 @@ +# Expect four columns, tab separated, as follows: +# - value (Galaxy records this in the Galaxy DB) +# - name (Galaxy shows this in the UI) +# - path (folder name containing directory containing the Sylph DB and associated metadata file) +# - version (identifying version string to the admin) + +# +# e.g. +# plants2018Plant genomes (2018)/path/to/sylphDB/<[syldb, metdata file]>version_string \ No newline at end of file diff --git a/tools/sylph/tool_data_table_conf.xml.sample b/tools/sylph/tool_data_table_conf.xml.sample new file mode 100644 index 0000000000..c03e977758 --- /dev/null +++ b/tools/sylph/tool_data_table_conf.xml.sample @@ -0,0 +1,8 @@ + + + + + value, name, path, version + +
+ \ No newline at end of file diff --git a/tools/sylph/tool_data_table_conf.xml.test b/tools/sylph/tool_data_table_conf.xml.test new file mode 100644 index 0000000000..9bb757a99a --- /dev/null +++ b/tools/sylph/tool_data_table_conf.xml.test @@ -0,0 +1,8 @@ + + + + + value, name, path, version + +
+ \ No newline at end of file