From 4e97a8b69643ac91387514f0589669270235bbc2 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: jamesemery Date: Fri, 23 Dec 2022 17:22:47 -0500 Subject: [PATCH] removed two ancient and unused test files that are probably no-longer needed (#7634) --- ...ted.testVCFMode.gatk3.5.alleleSpecific.vcf | 285 ------------------ .../expected.testVCFMode.gatk3.5.vcf | 277 ----------------- 2 files changed, 562 deletions(-) delete mode 100644 src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/haplotypecaller/expected.testVCFMode.gatk3.5.alleleSpecific.vcf delete mode 100644 src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/haplotypecaller/expected.testVCFMode.gatk3.5.vcf diff --git a/src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/haplotypecaller/expected.testVCFMode.gatk3.5.alleleSpecific.vcf b/src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/haplotypecaller/expected.testVCFMode.gatk3.5.alleleSpecific.vcf deleted file mode 100644 index 734fae46aaf..00000000000 --- a/src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/haplotypecaller/expected.testVCFMode.gatk3.5.alleleSpecific.vcf +++ /dev/null @@ -1,285 +0,0 @@ -##fileformat=VCFv4.2 -##FILTER= -##FORMAT= -##FORMAT= -##FORMAT= -##FORMAT= -##FORMAT= -##INFO= -##INFO= -##INFO= -##INFO= -##INFO= -##INFO= -##INFO= -##INFO= -##INFO= -##INFO= -##INFO= -##INFO= -##INFO= -##INFO= -##INFO= -##INFO= -##INFO= -##INFO= -##INFO= -##INFO= -##INFO= -##INFO= -##INFO= -##INFO= -##INFO= -##INFO= -##contig= -##contig= -##reference=file:///Users/akiezun/IdeaProjects/gatk-protected/src/test/resources/large/human_g1k_v37.20.21.fasta -#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT NA12878 -20 10000117 . 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AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-7.011;AS_FS=1.955;AS_MQ=59.48;AS_MQRankSum=-7.304;AS_ReadPosRankSum=-6.797;AS_SOR=0.848;BaseQRankSum=-7.011;ClippingRankSum=-7.304;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=1.955;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQRankSum=-7.304;QD=17.08;ReadPosRankSum=-6.797;SOR=0.848 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,36:72:99:1258,0,1236 -20 10005723 . A G 3062.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;AS_FS=0.000;AS_MQ=59.78;AS_SOR=0.947;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.78;QD=30.97;SOR=0.947 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:3091,258,0 -20 10006291 . G A 978.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-7.332;AS_FS=0.853;AS_MQ=58.64;AS_MQRankSum=-7.620;AS_ReadPosRankSum=-7.323;AS_SOR=0.659;BaseQRankSum=-7.332;ClippingRankSum=-7.620;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQRankSum=-7.620;QD=11.65;ReadPosRankSum=-7.323;SOR=0.659 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,31:84:99:1007,0,1905 -20 10006404 . A C 2928.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;AS_FS=0.000;AS_MQ=59.39;AS_SOR=1.432;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;QD=29.43;SOR=1.432 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2957,228,0 -20 10006682 . T A 2874.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;AS_FS=0.000;AS_MQ=59.43;AS_SOR=1.179;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.43;QD=28.18;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2903,219,0 -20 10006819 . AAAAC A 2531.73 . AC=2;AF=1.00;AN=2;AS_FS=0.000;AS_MQ=61.48;AS_SOR=0.762;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.13;QD=28.32;SOR=0.762 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:2569,176,0 -20 10007150 . G C 669.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-6.385;AS_FS=5.048;AS_MQ=60.00;AS_MQRankSum=-6.680;AS_ReadPosRankSum=-6.132;AS_SOR=0.746;BaseQRankSum=-6.385;ClippingRankSum=-6.680;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=5.048;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-6.680;QD=10.63;ReadPosRankSum=-6.132;SOR=0.746 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,25:63:99:698,0,1479 -20 10007175 . C T 1350.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-6.124;AS_FS=2.211;AS_MQ=60.00;AS_MQRankSum=-6.496;AS_ReadPosRankSum=-6.034;AS_SOR=0.434;BaseQRankSum=-6.124;ClippingRankSum=-6.511;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=2.211;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQRankSum=-6.496;QD=22.14;ReadPosRankSum=-6.034;SOR=0.434 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,38:61:99:1379,0,780 -20 10007352 . C T 2764.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;AS_FS=0.000;AS_MQ=59.67;AS_SOR=1.054;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;QD=29.65;SOR=1.054 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2793,208,0 -20 10007531 . A G 2920.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;AS_FS=0.000;AS_MQ=59.74;AS_SOR=1.577;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;QD=35.03;SOR=1.577 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2949,217,0 -20 10007980 . A C 3524.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;AS_FS=0.000;AS_MQ=60.72;AS_SOR=0.990;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.72;QD=25.82;SOR=0.990 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:3553,270,0 -20 10008029 . T TA 1986.73 . AC=2;AF=1.00;AN=2;AS_BaseQRankSum=-2.934;AS_FS=0.000;AS_MQ=61.07;AS_MQRankSum=-2.934;AS_ReadPosRankSum=-2.204;AS_SOR=0.788;BaseQRankSum=-2.934;ClippingRankSum=-2.934;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.98;MQRankSum=-2.934;QD=26.49;ReadPosRankSum=-2.204;SOR=0.788 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,72:75:99:2024,145,0 -20 10008146 . TA T 2141.73 . AC=2;AF=1.00;AN=2;AS_FS=0.000;AS_MQ=60.62;AS_SOR=0.874;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.59;QD=30.60;SOR=0.874 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2179,211,0 -20 10008221 . T C 3224.61 . AC=2;AF=1.00;AN=2;AS_FS=0.000;AS_MQ=60.17;AS_SOR=0.850;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.17;QD=32.17;SOR=0.850 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:3253,240,0 -20 10008458 . T G 2654.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;AS_FS=0.000;AS_MQ=52.73;AS_SOR=0.980;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.54;QD=32.77;SOR=0.980 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2683,207,0 -20 10008742 . G T 715.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-4.738;AS_FS=0.000;AS_MQ=34.13;AS_MQRankSum=-5.760;AS_ReadPosRankSum=-3.516;AS_SOR=0.741;BaseQRankSum=-4.738;ClippingRankSum=-6.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.22;MQRankSum=-5.760;QD=14.61;ReadPosRankSum=-3.516;SOR=0.741 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,26:49:99:744,0,580 -20 10008758 . C CA 684.14 . AC=2;AF=1.00;AN=2;AS_BaseQRankSum=-2.981;AS_FS=2.160;AS_MQ=34.84;AS_MQRankSum=-3.085;AS_ReadPosRankSum=-2.722;AS_SOR=0.249;BaseQRankSum=-2.981;ClippingRankSum=-3.240;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=2.160;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.24;MQRankSum=-3.085;QD=19.55;ReadPosRankSum=-2.722;SOR=0.249 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,31:35:10:721,10,0 -20 10008921 . C CA 253.73 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-3.399;AS_FS=0.000;AS_MQ=52.32;AS_MQRankSum=-4.986;AS_ReadPosRankSum=-2.294;AS_SOR=0.512;BaseQRankSum=-3.399;ClippingRankSum=-4.986;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.34;MQRankSum=-4.986;QD=7.46;ReadPosRankSum=-2.294;SOR=0.512 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,16:34:99:291,0,366 -20 10008948 . TA T 2057.73 . AC=2;AF=1.00;AN=2;AS_BaseQRankSum=-1.189;AS_FS=0.000;AS_MQ=51.85;AS_MQRankSum=-1.529;AS_ReadPosRankSum=-1.732;AS_SOR=0.818;BaseQRankSum=-1.189;ClippingRankSum=-1.732;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.30;MQRankSum=-1.529;QD=30.77;ReadPosRankSum=-1.732;SOR=0.818 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,50:51:99:2095,107,0 -20 10008952 . CACACACACACA C,CCACACACACA 1666.73 . AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-1.067;AS_FS=0.000;AS_MQ=26.32,46.90;AS_MQRankSum=-1.467;AS_ReadPosRankSum=0.267;AS_SOR=1.112;BaseQRankSum=-1.067;ClippingRankSum=-1.733;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=50.81;MQRankSum=-1.467;QD=28.07;ReadPosRankSum=0.267;SOR=1.112 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:1,17,18:36:99:1704,525,844,582,0,531 -20 10009227 . A G 1369.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-6.295;AS_FS=9.110;AS_MQ=58.29;AS_MQRankSum=-6.485;AS_ReadPosRankSum=-6.324;AS_SOR=0.281;BaseQRankSum=-6.295;ClippingRankSum=-6.543;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=9.110;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.16;MQRankSum=-6.485;QD=22.09;ReadPosRankSum=-6.324;SOR=0.281 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,39:62:99:1398,0,740 -20 10009246 . A G 3002.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;AS_FS=0.000;AS_MQ=56.09;AS_SOR=0.887;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.09;QD=27.93;SOR=0.887 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:3031,231,0 -20 10009400 . T A 2998.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;AS_FS=0.000;AS_MQ=60.00;AS_SOR=0.804;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=25.91;SOR=0.804 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:3027,223,0 -20 10009512 . C G 3039.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;AS_FS=0.000;AS_MQ=58.47;AS_SOR=1.223;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.47;QD=26.83;SOR=1.223 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:3068,231,0 -20 10009719 . A G 1895.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;AS_FS=0.000;AS_MQ=59.29;AS_SOR=0.950;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;QD=32.13;SOR=0.950 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1924,175,0 -20 10009795 . A G 1880.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;AS_FS=0.000;AS_MQ=59.60;AS_SOR=1.514;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;QD=30.42;SOR=1.514 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1909,141,0 -20 10009842 . G GAA 532.73 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-3.295;AS_FS=0.000;AS_MQ=49.70;AS_MQRankSum=-4.960;AS_ReadPosRankSum=-3.122;AS_SOR=0.738;BaseQRankSum=-3.295;ClippingRankSum=-4.960;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.25;MQRankSum=-4.960;QD=15.67;ReadPosRankSum=-3.122;SOR=0.738 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,15:34:99:570,0,690 -20 10009844 . G A 661.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-3.957;AS_FS=0.000;AS_MQ=52.24;AS_MQRankSum=-4.917;AS_ReadPosRankSum=-3.295;AS_SOR=0.793;BaseQRankSum=-3.957;ClippingRankSum=-5.050;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.72;MQRankSum=-4.917;QD=18.91;ReadPosRankSum=-3.295;SOR=0.793 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,19:35:99:690,0,586 -20 10009871 . A G 658.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-4.088;AS_FS=2.798;AS_MQ=52.24;AS_MQRankSum=-5.007;AS_ReadPosRankSum=-3.169;AS_SOR=0.553;BaseQRankSum=-4.088;ClippingRankSum=-5.133;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=2.798;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.95;MQRankSum=-5.007;QD=18.30;ReadPosRankSum=-3.169;SOR=0.553 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,19:36:99:687,0,594 -20 10009875 . A G,AGGGAGG 2369.73 . AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-2.370;AS_FS=6.794;AS_MQ=51.77,45.51;AS_MQRankSum=-2.370;AS_ReadPosRankSum=-1.372;AS_SOR=0.599;BaseQRankSum=-2.370;ClippingRankSum=-2.370;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=6.794;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=50.44;MQRankSum=-2.370;QD=24.50;ReadPosRankSum=-1.372;SOR=0.599 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:2,15,13:30:99:2407,645,533,697,0,574 -20 10009879 . A G 2244.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;AS_BaseQRankSum=-1.743;AS_FS=9.369;AS_MQ=50.31;AS_MQRankSum=-2.400;AS_ReadPosRankSum=-1.288;AS_SOR=1.474;BaseQRankSum=-1.743;ClippingRankSum=-2.400;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=9.369;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.85;MQRankSum=-2.400;QD=29.65;ReadPosRankSum=-1.288;SOR=1.474 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,47:49:99:2273,150,0 -20 10009883 . A G 2151.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;AS_FS=0.000;AS_MQ=52.12;AS_SOR=1.659;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.56;QD=34.02;SOR=1.659 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:2180,147,0 -20 10010393 . T G 1464.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-7.339;AS_FS=11.600;AS_MQ=58.92;AS_MQRankSum=-7.624;AS_ReadPosRankSum=-7.437;AS_SOR=0.606;BaseQRankSum=-7.339;ClippingRankSum=-7.624;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=11.600;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQRankSum=-7.624;QD=18.54;ReadPosRankSum=-7.437;SOR=0.606 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,43:79:99:1493,0,1230 -20 10010536 . G GA 2462.73 . AC=2;AF=1.00;AN=2;AS_FS=0.000;AS_MQ=61.76;AS_SOR=0.881;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.63;QD=31.17;SOR=0.881 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2500,243,0 -20 10010766 . T G 2411.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;AS_FS=0.000;AS_MQ=60.00;AS_SOR=0.818;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=28.35;SOR=0.818 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2440,199,0 -20 10010832 . T C 2951.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;AS_FS=0.000;AS_MQ=59.50;AS_SOR=1.091;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;QD=28.36;SOR=1.091 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2980,226,0 -20 10011075 . C T 1325.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-7.468;AS_FS=1.800;AS_MQ=60.00;AS_MQRankSum=-7.833;AS_ReadPosRankSum=-7.623;AS_SOR=0.968;BaseQRankSum=-7.468;ClippingRankSum=-7.833;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=1.800;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-7.833;QD=15.97;ReadPosRankSum=-7.623;SOR=0.968 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,39:83:99:1354,0,1333 -20 10011309 . T C 2692.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;AS_FS=0.000;AS_MQ=60.00;AS_SOR=1.223;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=34.97;SOR=1.223 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2721,231,0 -20 10011517 . GA G 490.73 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-6.511;AS_FS=2.130;AS_MQ=59.08;AS_MQRankSum=-6.869;AS_ReadPosRankSum=-4.021;AS_SOR=0.412;BaseQRankSum=-6.511;ClippingRankSum=-6.869;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=2.130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQRankSum=-6.869;QD=6.46;ReadPosRankSum=-4.021;SOR=0.412 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,30:76:99:528,0,875 -20 10011666 . C T 2961.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;AS_FS=0.000;AS_MQ=59.05;AS_SOR=1.103;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;QD=33.10;SOR=1.103 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2990,220,0 -20 10011939 . C T 2513.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;AS_FS=0.000;AS_MQ=56.32;AS_SOR=1.329;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.32;QD=30.82;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2542,187,0 -20 10012021 . CA C 1975.73 . AC=2;AF=1.00;AN=2;AS_FS=0.000;AS_MQ=57.20;AS_SOR=1.196;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.08;QD=29.94;SOR=1.196 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2013,198,0 -20 10012362 . G T 835.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;AS_FS=0.000;AS_MQ=53.78;AS_SOR=4.003;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.78;QD=30.58;SOR=4.003 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:69:864,69,0 -20 10012384 . T C 229.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-3.065;AS_FS=7.375;AS_MQ=50.87;AS_MQRankSum=-3.332;AS_ReadPosRankSum=-2.799;AS_SOR=0.044;BaseQRankSum=-3.065;ClippingRankSum=-3.599;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=7.375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.75;MQRankSum=-3.332;QD=12.76;ReadPosRankSum=-2.799;SOR=0.044 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,8:18:99:258,0,355 -20 10012387 . T C 533.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;AS_FS=0.000;AS_MQ=52.49;AS_SOR=3.258;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.96;QD=33.36;SOR=3.258 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:50:562,50,0 -20 10012479 . A G 592.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;AS_FS=0.000;AS_MQ=52.01;AS_SOR=0.804;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.01;QD=34.87;SOR=0.804 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:50:621,50,0 -20 10012498 . C G 466.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;AS_FS=0.000;AS_MQ=45.03;AS_SOR=1.270;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.03;QD=28.92;SOR=1.270 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33:495,33,0 -20 10012518 . T C 406.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;AS_FS=0.000;AS_MQ=40.96;AS_SOR=0.892;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.96;QD=34.62;SOR=0.892 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:30:435,30,0 -20 10012521 . C T 46.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=0.566;AS_FS=0.000;AS_MQ=41.96;AS_MQRankSum=-1.708;AS_ReadPosRankSum=0.715;AS_SOR=1.179;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=-2.262;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.77;MQRankSum=-1.708;QD=4.25;ReadPosRankSum=0.715;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,3:11:75:75,0,224 -20 10012570 . G GCA 457.73 . AC=2;AF=1.00;AN=2;AS_FS=0.000;AS_MQ=37.62;AS_SOR=3.056;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.55;QD=33.23;SOR=3.056 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:33:495,33,0 -20 10012572 . GT G 457.73 . AC=2;AF=1.00;AN=2;AS_FS=0.000;AS_MQ=39.52;AS_SOR=3.442;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.52;QD=26.88;SOR=3.442 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33:495,33,0 -20 10012631 . C CG 484.73 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-3.440;AS_FS=8.822;AS_MQ=44.53;AS_MQRankSum=-3.802;AS_ReadPosRankSum=-2.426;AS_SOR=0.048;BaseQRankSum=-3.440;ClippingRankSum=-3.802;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=8.822;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.53;MQRankSum=-3.802;QD=23.08;ReadPosRankSum=-2.426;SOR=0.048 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,13:21:99:522,0,297 -20 10012636 . G C 527.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-2.901;AS_FS=5.959;AS_MQ=45.81;AS_MQRankSum=-3.856;AS_ReadPosRankSum=-2.082;AS_SOR=0.058;BaseQRankSum=-2.901;ClippingRankSum=-3.856;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=5.959;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.93;MQRankSum=-3.856;QD=23.99;ReadPosRankSum=-2.082;SOR=0.058 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,14:22:99:556,0,294 -20 10012714 . G C 1300.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;AS_FS=0.000;AS_MQ=53.04;AS_SOR=2.964;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.04;QD=29.64;SOR=2.964 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:99:1329,105,0 -20 10012751 . T C 937.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;AS_FS=0.000;AS_MQ=51.17;AS_SOR=0.976;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.56;QD=31.26;SOR=0.976 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:89:966,89,0 -20 10013119 . C T 1011.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-6.027;AS_FS=2.248;AS_MQ=49.96;AS_MQRankSum=-6.254;AS_ReadPosRankSum=-5.997;AS_SOR=0.405;BaseQRankSum=-6.027;ClippingRankSum=-6.603;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=2.248;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.48;MQRankSum=-6.254;QD=17.15;ReadPosRankSum=-5.997;SOR=0.405 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,30:59:99:1040,0,936 -20 10013574 . G A 1050.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-6.520;AS_FS=7.109;AS_MQ=57.95;AS_MQRankSum=-7.111;AS_ReadPosRankSum=-6.412;AS_SOR=1.675;BaseQRankSum=-6.520;ClippingRankSum=-7.111;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=7.109;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQRankSum=-7.111;QD=15.23;ReadPosRankSum=-6.412;SOR=1.675 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,31:69:99:1079,0,1301 -20 10014990 . C CAT 1237.73 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-7.090;AS_FS=3.297;AS_MQ=62.24;AS_MQRankSum=-7.485;AS_ReadPosRankSum=-6.560;AS_SOR=0.403;BaseQRankSum=-7.090;ClippingRankSum=-7.506;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=3.297;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.78;MQRankSum=-7.485;QD=16.29;ReadPosRankSum=-6.560;SOR=0.403 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,38:76:99:1275,0,1248 -20 10015679 . C T 140.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-1.268;AS_FS=0.000;AS_MQ=60.00;AS_MQRankSum=-2.450;AS_ReadPosRankSum=-2.148;AS_SOR=0.693;BaseQRankSum=-1.268;ClippingRankSum=-2.450;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-2.450;QD=14.08;ReadPosRankSum=-2.148;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:99:169,0,166 -20 10015761 . T C 344.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-3.406;AS_FS=0.000;AS_MQ=60.00;AS_MQRankSum=-3.873;AS_ReadPosRankSum=-3.606;AS_SOR=0.352;BaseQRankSum=-3.406;ClippingRankSum=-3.940;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQRankSum=-3.873;QD=15.67;ReadPosRankSum=-3.606;SOR=0.352 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,13:22:99:373,0,284 -20 10018158 . G C 1639.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-7.647;AS_FS=0.808;AS_MQ=60.00;AS_MQRankSum=-8.041;AS_ReadPosRankSum=-7.789;AS_SOR=0.834;BaseQRankSum=-7.647;ClippingRankSum=-8.049;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQRankSum=-8.041;QD=18.63;ReadPosRankSum=-7.789;SOR=0.834 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,48:88:99:1668,0,1165 -20 10018555 . G A 1567.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-7.604;AS_FS=4.241;AS_MQ=60.00;AS_MQRankSum=-7.642;AS_ReadPosRankSum=-7.371;AS_SOR=0.627;BaseQRankSum=-7.604;ClippingRankSum=-7.642;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=4.241;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-7.642;QD=19.60;ReadPosRankSum=-7.371;SOR=0.627 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,45:80:99:1596,0,1211 -20 10019093 . A G 1244.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-6.853;AS_FS=1.990;AS_MQ=60.00;AS_MQRankSum=-7.129;AS_ReadPosRankSum=-6.577;AS_SOR=0.665;BaseQRankSum=-6.853;ClippingRankSum=-7.141;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=1.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQRankSum=-7.129;QD=18.04;ReadPosRankSum=-6.577;SOR=0.665 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,36:69:99:1273,0,1104 -20 10020229 . G A 1538.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-7.435;AS_FS=0.833;AS_MQ=59.48;AS_MQRankSum=-7.769;AS_ReadPosRankSum=-7.416;AS_SOR=0.573;BaseQRankSum=-7.435;ClippingRankSum=-7.779;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.833;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQRankSum=-7.769;QD=18.77;ReadPosRankSum=-7.416;SOR=0.573 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,44:82:99:1567,0,1130 -20 10023689 . G A 1852.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-7.306;AS_FS=0.877;AS_MQ=60.00;AS_MQRankSum=-7.396;AS_ReadPosRankSum=-7.166;AS_SOR=0.549;BaseQRankSum=-7.306;ClippingRankSum=-7.406;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQRankSum=-7.396;QD=23.16;ReadPosRankSum=-7.166;SOR=0.549 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,51:80:99:1881,0,946 -20 10024107 . C T 1694.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-7.396;AS_FS=0.817;AS_MQ=58.94;AS_MQRankSum=-7.935;AS_ReadPosRankSum=-7.709;AS_SOR=0.823;BaseQRankSum=-7.396;ClippingRankSum=-7.935;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQRankSum=-7.935;QD=19.71;ReadPosRankSum=-7.709;SOR=0.823 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,48:86:99:1723,0,1086 -20 10024300 . C CTT 87.76 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=0.382;AS_FS=3.090;AS_MQ=50.65;AS_MQRankSum=-2.262;AS_ReadPosRankSum=-0.546;AS_SOR=1.773;BaseQRankSum=0.382;ClippingRankSum=-2.262;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.90;MQRankSum=-2.262;QD=5.16;ReadPosRankSum=-0.546;SOR=1.773 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,8:17:99:103,0,137 -20 10026357 . T C 1166.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-6.549;AS_FS=8.911;AS_MQ=58.38;AS_MQRankSum=-6.757;AS_ReadPosRankSum=-6.536;AS_SOR=0.722;BaseQRankSum=-6.549;ClippingRankSum=-6.785;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=8.911;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.46;MQRankSum=-6.757;QD=18.52;ReadPosRankSum=-6.536;SOR=0.722 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,35:63:99:1195,0,932 -20 10026794 . C T 1084.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-5.283;AS_FS=2.399;AS_MQ=59.30;AS_MQRankSum=-5.967;AS_ReadPosRankSum=-5.644;AS_SOR=0.428;BaseQRankSum=-5.283;ClippingRankSum=-5.967;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=2.399;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQRankSum=-5.967;QD=20.86;ReadPosRankSum=-5.644;SOR=0.428 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,33:52:99:1113,0,529 -20 10027234 . A ATTAG 1320.73 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-7.015;AS_FS=3.248;AS_MQ=55.09;AS_MQRankSum=-7.147;AS_ReadPosRankSum=-5.287;AS_SOR=0.926;BaseQRankSum=-7.015;ClippingRankSum=-7.147;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=3.248;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.33;MQRankSum=-7.147;QD=19.14;ReadPosRankSum=-5.287;SOR=0.926 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,35:69:99:1358,0,1964 -20 10027868 . A G 1739.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-8.030;AS_FS=6.868;AS_MQ=59.49;AS_MQRankSum=-8.128;AS_ReadPosRankSum=-7.783;AS_SOR=0.881;BaseQRankSum=-8.030;ClippingRankSum=-8.128;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=6.868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQRankSum=-8.128;QD=19.55;ReadPosRankSum=-7.783;SOR=0.881 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,45:89:99:1768,0,3201 -20 10027872 . A G 1724.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-7.761;AS_FS=8.870;AS_MQ=59.49;AS_MQRankSum=-7.928;AS_ReadPosRankSum=-7.585;AS_SOR=0.826;BaseQRankSum=-7.761;ClippingRankSum=-7.928;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=8.870;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQRankSum=-7.928;QD=20.29;ReadPosRankSum=-7.585;SOR=0.826 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,45:85:99:1753,0,3136 -20 10028867 . A ATG 1106.73 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-7.055;AS_FS=4.652;AS_MQ=62.18;AS_MQRankSum=-7.217;AS_ReadPosRankSum=-5.148;AS_SOR=0.336;BaseQRankSum=-7.055;ClippingRankSum=-7.217;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=4.652;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.69;MQRankSum=-7.217;QD=15.59;ReadPosRankSum=-5.148;SOR=0.336 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,39:71:99:1144,0,916 -20 10030188 . T A 1372.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-7.699;AS_FS=9.186;AS_MQ=59.41;AS_MQRankSum=-7.746;AS_ReadPosRankSum=-7.500;AS_SOR=1.105;BaseQRankSum=-7.699;ClippingRankSum=-7.746;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=9.186;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQRankSum=-7.746;QD=16.95;ReadPosRankSum=-7.500;SOR=1.105 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,39:81:99:1401,0,1524 -20 10031254 . A AT 1463.73 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-7.606;AS_FS=9.250;AS_MQ=59.83;AS_MQRankSum=-7.898;AS_ReadPosRankSum=-6.351;AS_SOR=0.211;BaseQRankSum=-7.606;ClippingRankSum=-7.898;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=9.250;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQRankSum=-7.898;QD=17.22;ReadPosRankSum=-6.351;SOR=0.211 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,47:85:99:1501,0,1159 -20 10031342 . G A 1834.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-8.051;AS_FS=1.714;AS_MQ=59.56;AS_MQRankSum=-8.253;AS_ReadPosRankSum=-6.767;AS_SOR=0.955;BaseQRankSum=-8.051;ClippingRankSum=-8.253;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=1.714;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQRankSum=-8.253;QD=19.73;ReadPosRankSum=-6.767;SOR=0.955 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,52:93:99:1863,0,1375 -20 10031798 . G A 4296.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;AS_FS=0.000;AS_MQ=59.60;AS_SOR=0.900;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;QD=31.35;SOR=0.900 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:4325,313,0 -20 10031827 . C T 2004.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-8.716;AS_FS=4.729;AS_MQ=59.67;AS_MQRankSum=-8.956;AS_ReadPosRankSum=-8.765;AS_SOR=0.382;BaseQRankSum=-8.716;ClippingRankSum=-8.956;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=4.729;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQRankSum=-8.956;QD=18.56;ReadPosRankSum=-8.765;SOR=0.382 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,56:108:99:2033,0,1798 -20 10032094 . G A 1220.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-7.411;AS_FS=6.039;AS_MQ=60.00;AS_MQRankSum=-7.778;AS_ReadPosRankSum=-7.475;AS_SOR=0.260;BaseQRankSum=-7.411;ClippingRankSum=-7.778;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=6.039;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-7.778;QD=14.71;ReadPosRankSum=-7.475;SOR=0.260 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,36:83:99:1249,0,1497 -20 10032413 . T G 869.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-6.964;AS_FS=10.444;AS_MQ=59.40;AS_MQRankSum=-6.977;AS_ReadPosRankSum=-6.720;AS_SOR=1.293;BaseQRankSum=-6.964;ClippingRankSum=-6.977;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=10.444;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQRankSum=-6.977;QD=13.18;ReadPosRankSum=-6.720;SOR=1.293 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,31:66:99:898,0,1277 -20 10032882 . A T 1202.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-7.450;AS_FS=4.673;AS_MQ=59.36;AS_MQRankSum=-7.450;AS_ReadPosRankSum=-7.195;AS_SOR=0.338;BaseQRankSum=-7.450;ClippingRankSum=-7.450;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=4.673;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQRankSum=-7.450;QD=16.04;ReadPosRankSum=-7.195;SOR=0.338 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,36:75:99:1231,0,1406 -20 10032972 . C CAT 1122.73 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-6.709;AS_FS=5.062;AS_MQ=59.23;AS_MQRankSum=-6.819;AS_ReadPosRankSum=-5.030;AS_SOR=1.300;BaseQRankSum=-6.709;ClippingRankSum=-6.819;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=5.062;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQRankSum=-6.819;QD=17.82;ReadPosRankSum=-5.030;SOR=1.300 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,30:63:99:1160,0,1477 -20 10034306 . T C 782.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-7.012;AS_FS=0.890;AS_MQ=60.00;AS_MQRankSum=-7.240;AS_ReadPosRankSum=-6.609;AS_SOR=0.685;BaseQRankSum=-7.012;ClippingRankSum=-7.262;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.890;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQRankSum=-7.240;QD=10.44;ReadPosRankSum=-6.609;SOR=0.685 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,29:75:99:811,0,1593 -20 10036930 . CGATAGCCCTAGCCCTAGATA C 1036.73 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-6.448;AS_FS=11.152;AS_MQ=44.81;AS_MQRankSum=-7.006;AS_ReadPosRankSum=-4.719;AS_SOR=0.269;BaseQRankSum=-6.448;ClippingRankSum=-7.019;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=11.152;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.36;MQRankSum=-7.006;QD=15.25;ReadPosRankSum=-4.719;SOR=0.269 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,29:68:99:1074,0,5569 -20 10037037 . C T 1436.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-6.782;AS_FS=1.943;AS_MQ=59.71;AS_MQRankSum=-7.727;AS_ReadPosRankSum=-6.735;AS_SOR=0.495;BaseQRankSum=-6.782;ClippingRankSum=-7.746;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=1.943;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=-7.727;QD=17.74;ReadPosRankSum=-6.735;SOR=0.495 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,42:81:99:1465,0,1124 -20 10037110 . T TGATA 2780.73 . AC=2;AF=1.00;AN=2;AS_FS=0.000;AS_MQ=56.31;AS_SOR=1.022;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.98;QD=28.92;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:2818,189,0 -20 10037144 . T TGATAGATA 1823.73 . AC=2;AF=1.00;AN=2;AS_FS=0.000;AS_MQ=39.95;AS_SOR=1.061;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.73;QD=29.91;SOR=1.061 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:99:1861,127,0 -20 10037709 . A T 1003.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-6.986;AS_FS=0.000;AS_MQ=60.00;AS_MQRankSum=-7.205;AS_ReadPosRankSum=-6.593;AS_SOR=0.608;BaseQRankSum=-6.986;ClippingRankSum=-7.217;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQRankSum=-7.205;QD=14.14;ReadPosRankSum=-6.593;SOR=0.608 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,32:71:99:1032,0,1354 -20 10039371 . T G 1324.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-7.197;AS_FS=6.144;AS_MQ=60.00;AS_MQRankSum=-7.381;AS_ReadPosRankSum=-7.186;AS_SOR=1.031;BaseQRankSum=-7.197;ClippingRankSum=-7.381;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=6.144;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-7.381;QD=17.90;ReadPosRankSum=-7.186;SOR=1.031 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,40:74:99:1353,0,1194 -20 10040772 . C CT 1995.73 . AC=2;AF=1.00;AN=2;AS_FS=0.000;AS_MQ=50.52;AS_SOR=0.811;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.69;QD=28.51;SOR=0.811 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2033,210,0 -20 10040812 . AT A 2607.73 . AC=2;AF=1.00;AN=2;AS_FS=0.000;AS_MQ=49.58;AS_SOR=0.721;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.73;QD=26.34;SOR=0.721 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2645,214,0 -20 10040821 . T A 1171.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-7.343;AS_FS=0.000;AS_MQ=50.42;AS_MQRankSum=-7.602;AS_ReadPosRankSum=-5.673;AS_SOR=0.688;BaseQRankSum=-7.343;ClippingRankSum=-7.602;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.60;MQRankSum=-7.602;QD=15.02;ReadPosRankSum=-5.673;SOR=0.688 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,40:78:99:1200,0,1099 -20 10041304 . C T 2765.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;AS_FS=0.000;AS_MQ=59.39;AS_SOR=0.693;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.40;QD=31.37;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2794,204,0 -20 10041701 . A ATATG 1403.73 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-4.180;AS_FS=3.477;AS_MQ=55.15;AS_MQRankSum=-4.507;AS_ReadPosRankSum=-4.039;AS_SOR=0.260;BaseQRankSum=-4.180;ClippingRankSum=-4.507;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=3.477;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQRankSum=-4.507;QD=24.20;ReadPosRankSum=-4.039;SOR=0.260 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,49:58:58:1441,0,58 -20 10042319 . C T 2658.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;AS_FS=0.000;AS_MQ=59.01;AS_SOR=1.033;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;QD=33.28;SOR=1.033 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2687,199,0 -20 10042761 . A G 3553.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;AS_FS=0.000;AS_MQ=60.00;AS_SOR=1.389;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=30.73;SOR=1.389 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:3582,272,0 -20 10042829 . A G 3055.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;AS_FS=0.000;AS_MQ=59.76;AS_SOR=0.855;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;QD=24.88;SOR=0.855 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:3084,235,0 -20 10043002 . A T 1287.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-7.552;AS_FS=2.877;AS_MQ=60.00;AS_MQRankSum=-7.935;AS_ReadPosRankSum=-7.787;AS_SOR=0.434;BaseQRankSum=-7.552;ClippingRankSum=-7.935;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=2.877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-7.935;QD=14.97;ReadPosRankSum=-7.787;SOR=0.434 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,38:86:99:1316,0,1659 -20 10044849 . A G 2091.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;AS_FS=0.000;AS_MQ=59.61;AS_SOR=1.316;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;QD=30.99;SOR=1.316 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:2120,177,0 -20 10045078 . G T 3271.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;AS_FS=0.000;AS_MQ=58.73;AS_SOR=0.876;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;QD=28.90;SOR=0.876 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:3300,244,0 -20 10045642 . G C 3138.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;AS_FS=0.000;AS_MQ=59.49;AS_SOR=0.846;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.49;QD=31.47;SOR=0.846 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:3167,246,0 -20 10046178 . AAGAAAGAAAG A 2159.73 . AC=2;AF=1.00;AN=2;AS_FS=0.000;AS_MQ=44.93;AS_SOR=0.859;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.22;QD=30.91;SOR=0.859 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:2197,153,0 -20 10046537 . A G 819.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-6.233;AS_FS=3.724;AS_MQ=55.04;AS_MQRankSum=-6.489;AS_ReadPosRankSum=-6.169;AS_SOR=1.262;BaseQRankSum=-6.233;ClippingRankSum=-6.489;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=3.724;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.50;MQRankSum=-6.489;QD=14.38;ReadPosRankSum=-6.169;SOR=1.262 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,29:57:99:848,0,902 -20 10050828 . T C 1227.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-7.711;AS_FS=2.887;AS_MQ=60.00;AS_MQRankSum=-7.902;AS_ReadPosRankSum=-7.667;AS_SOR=0.521;BaseQRankSum=-7.711;ClippingRankSum=-7.911;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=2.887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQRankSum=-7.902;QD=14.28;ReadPosRankSum=-7.667;SOR=0.521 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,37:86:99:1256,0,1768 -20 10051448 . T C 1134.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-6.754;AS_FS=3.687;AS_MQ=58.80;AS_MQRankSum=-7.200;AS_ReadPosRankSum=-6.883;AS_SOR=0.302;BaseQRankSum=-6.754;ClippingRankSum=-7.200;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=3.687;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQRankSum=-7.200;QD=16.21;ReadPosRankSum=-6.883;SOR=0.302 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,35:70:99:1163,0,1150 -20 10052688 . C A 1062.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-7.447;AS_FS=3.135;AS_MQ=60.00;AS_MQRankSum=-7.437;AS_ReadPosRankSum=-7.075;AS_SOR=0.379;BaseQRankSum=-7.447;ClippingRankSum=-7.447;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=3.135;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQRankSum=-7.437;QD=13.80;ReadPosRankSum=-7.075;SOR=0.379 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,32:77:99:1091,0,1645 -20 10058022 . T C 975.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-6.936;AS_FS=0.920;AS_MQ=59.28;AS_MQRankSum=-7.071;AS_ReadPosRankSum=-6.997;AS_SOR=0.849;BaseQRankSum=-6.936;ClippingRankSum=-7.083;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.920;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQRankSum=-7.071;QD=14.35;ReadPosRankSum=-6.997;SOR=0.849 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,32:68:99:1004,0,1261 -20 10062935 . C CA 92.84 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-2.388;AS_FS=0.000;AS_MQ=49.91;AS_MQRankSum=-3.123;AS_ReadPosRankSum=-0.851;AS_SOR=0.743;BaseQRankSum=-2.388;ClippingRankSum=-3.123;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.23;MQRankSum=-3.123;QD=4.04;ReadPosRankSum=-0.851;SOR=0.743 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,10:23:99:130,0,101 -20 10067049 . TAAAAAAA T 614.73 . AC=2;AF=1.00;AN=2;AS_BaseQRankSum=-1.061;AS_FS=0.000;AS_MQ=25.58;AS_MQRankSum=-2.239;AS_ReadPosRankSum=-1.393;AS_SOR=0.892;BaseQRankSum=-1.061;ClippingRankSum=-2.239;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.41;MQRankSum=-2.239;QD=27.94;ReadPosRankSum=-1.393;SOR=0.892 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,20:22:29:546,29,0 -20 10067090 . C A 2004.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;AS_FS=0.000;AS_MQ=54.93;AS_SOR=0.729;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.57;QD=28.90;SOR=0.729 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:2033,164,0 -20 10067264 . G A 2922.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;AS_FS=0.000;AS_MQ=59.37;AS_SOR=0.776;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.37;QD=32.97;SOR=0.776 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2951,219,0 -20 10067722 . A C 2146.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;AS_FS=0.000;AS_MQ=60.00;AS_SOR=0.846;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=28.56;SOR=0.846 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:2175,163,0 -20 10068158 . GTGTATATATATA G 66.73 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-0.937;AS_FS=3.680;AS_MQ=47.12;AS_MQRankSum=-1.754;AS_ReadPosRankSum=-0.720;AS_SOR=0.061;BaseQRankSum=-0.937;ClippingRankSum=-1.754;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.74;MQRankSum=-1.754;QD=9.53;ReadPosRankSum=-0.720;SOR=0.061 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:57:104,0,57 -20 10068981 . G A 2503.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;AS_FS=0.000;AS_MQ=60.00;AS_SOR=0.941;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=29.84;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:2532,184,0 -20 10070602 . T C 2691.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;AS_FS=0.000;AS_MQ=58.71;AS_SOR=0.749;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.74;QD=31.04;SOR=0.749 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2720,216,0 -20 10070936 . T A 3631.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;AS_FS=0.000;AS_MQ=58.76;AS_SOR=0.876;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.76;QD=29.30;SOR=0.876 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:3660,247,0 -20 10070938 . G GA 3656.73 . AC=2;AF=1.00;AN=2;AS_FS=0.000;AS_MQ=59.10;AS_SOR=0.881;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.10;QD=24.97;SOR=0.881 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:3694,250,0 -20 10071135 . C T 3257.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;AS_FS=0.000;AS_MQ=59.12;AS_SOR=1.003;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.12;QD=25.71;SOR=1.003 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:3286,238,0 -20 10071187 . G A 3410.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;AS_FS=0.000;AS_MQ=59.72;AS_SOR=1.367;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;QD=32.40;SOR=1.367 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:3439,246,0 -20 10071890 . T C 1974.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;AS_FS=0.000;AS_MQ=59.67;AS_SOR=0.728;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;QD=34.65;SOR=0.728 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:2003,171,0 -20 10072505 . A G 2099.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;AS_FS=0.000;AS_MQ=60.00;AS_SOR=0.822;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=32.81;SOR=0.822 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2128,191,0 -20 10074187 . A G 3101.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;AS_FS=0.000;AS_MQ=59.12;AS_SOR=0.881;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.12;QD=32.52;SOR=0.881 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:3130,238,0 -20 10074240 . T C 3406.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;AS_FS=0.000;AS_MQ=59.78;AS_SOR=0.922;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.78;QD=27.36;SOR=0.922 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:3435,255,0 -20 10074716 . G A 2400.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;AS_FS=0.000;AS_MQ=59.64;AS_SOR=1.214;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;QD=29.05;SOR=1.214 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2429,192,0 -20 10074806 . G A 2817.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;AS_FS=0.000;AS_MQ=59.35;AS_SOR=0.840;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.35;QD=31.56;SOR=0.840 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2846,213,0 -20 10075043 . T C 2405.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;AS_FS=0.000;AS_MQ=59.62;AS_SOR=1.107;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;QD=29.40;SOR=1.107 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:2434,184,0 -20 10075168 . C T 3612.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;AS_FS=0.000;AS_MQ=59.35;AS_SOR=0.997;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;QD=24.02;SOR=0.997 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:3641,264,0 -20 10075508 . GA G 1928.73 . AC=2;AF=1.00;AN=2;AS_FS=0.000;AS_MQ=61.29;AS_SOR=1.085;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.17;QD=27.55;SOR=1.085 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1966,210,0 -20 10076250 . A G 1107.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-7.487;AS_FS=7.546;AS_MQ=58.76;AS_MQRankSum=-7.653;AS_ReadPosRankSum=-7.487;AS_SOR=0.344;BaseQRankSum=-7.487;ClippingRankSum=-7.653;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=7.546;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQRankSum=-7.653;QD=14.02;ReadPosRankSum=-7.487;SOR=0.344 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,39:79:99:1136,0,1339 -20 10076339 . A G 1309.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-7.190;AS_FS=1.992;AS_MQ=59.42;AS_MQRankSum=-7.258;AS_ReadPosRankSum=-6.930;AS_SOR=0.446;BaseQRankSum=-7.190;ClippingRankSum=-7.258;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=1.992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQRankSum=-7.258;QD=18.19;ReadPosRankSum=-6.930;SOR=0.446 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,40:72:99:1338,0,1035 -20 10076399 . G A 1807.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-8.339;AS_FS=1.680;AS_MQ=60.00;AS_MQRankSum=-8.339;AS_ReadPosRankSum=-8.271;AS_SOR=0.952;BaseQRankSum=-8.339;ClippingRankSum=-8.339;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=1.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-8.339;QD=19.23;ReadPosRankSum=-8.271;SOR=0.952 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,50:94:99:1836,0,1544 -20 10076989 . CA C 221.73 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-3.090;AS_FS=0.000;AS_MQ=50.99;AS_MQRankSum=-3.645;AS_ReadPosRankSum=-0.555;AS_SOR=0.666;BaseQRankSum=-3.090;ClippingRankSum=-3.645;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQRankSum=-3.645;QD=5.28;ReadPosRankSum=-0.555;SOR=0.666 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,18:42:99:218,0,332 -20 10077752 . T C 1345.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-7.490;AS_FS=4.458;AS_MQ=60.00;AS_MQRankSum=-7.580;AS_ReadPosRankSum=-7.421;AS_SOR=1.251;BaseQRankSum=-7.490;ClippingRankSum=-7.580;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=4.458;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-7.580;QD=17.04;ReadPosRankSum=-7.421;SOR=1.251 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,45:79:99:1374,0,1187 -20 10081750 . C A 1353.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-7.587;AS_FS=0.824;AS_MQ=60.00;AS_MQRankSum=-7.833;AS_ReadPosRankSum=-7.495;AS_SOR=0.664;BaseQRankSum=-7.587;ClippingRankSum=-7.833;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-7.833;QD=16.31;ReadPosRankSum=-7.495;SOR=0.664 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,39:83:99:1382,0,1525 -20 10081800 . C T 1109.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-6.810;AS_FS=11.086;AS_MQ=60.00;AS_MQRankSum=-7.093;AS_ReadPosRankSum=-6.847;AS_SOR=0.143;BaseQRankSum=-6.810;ClippingRankSum=-7.093;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=11.086;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-7.093;QD=16.32;ReadPosRankSum=-6.847;SOR=0.143 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,33:68:99:1138,0,1222 -20 10082892 . C T 1712.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;AS_FS=0.000;AS_MQ=59.48;AS_SOR=0.883;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;QD=28.81;SOR=0.883 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1741,132,0 -20 10085211 . A T 1210.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-7.277;AS_FS=0.870;AS_MQ=59.36;AS_MQRankSum=-7.495;AS_ReadPosRankSum=-7.131;AS_SOR=0.723;BaseQRankSum=-7.277;ClippingRankSum=-7.495;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.870;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQRankSum=-7.495;QD=15.93;ReadPosRankSum=-7.131;SOR=0.723 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,36:76:99:1239,0,1443 -20 10086110 . G A 1274.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-7.566;AS_FS=1.810;AS_MQ=58.78;AS_MQRankSum=-7.737;AS_ReadPosRankSum=-7.405;AS_SOR=0.495;BaseQRankSum=-7.566;ClippingRankSum=-7.737;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=1.810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQRankSum=-7.737;QD=15.74;ReadPosRankSum=-7.405;SOR=0.495 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,38:81:99:1303,0,1506 -20 10086283 . G T 1025.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-7.272;AS_FS=0.855;AS_MQ=60.00;AS_MQRankSum=-7.668;AS_ReadPosRankSum=-7.254;AS_SOR=0.529;BaseQRankSum=-7.272;ClippingRankSum=-7.668;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.855;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-7.668;QD=12.21;ReadPosRankSum=-7.254;SOR=0.529 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,32:84:99:1054,0,1771 -20 10086619 . T A 796.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-6.533;AS_FS=0.958;AS_MQ=59.07;AS_MQRankSum=-6.901;AS_ReadPosRankSum=-6.153;AS_SOR=0.846;BaseQRankSum=-6.533;ClippingRankSum=-6.901;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQRankSum=-6.901;QD=11.38;ReadPosRankSum=-6.153;SOR=0.846 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,25:70:99:825,0,1603 -20 10086853 . G A 1002.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-7.165;AS_FS=0.000;AS_MQ=59.28;AS_MQRankSum=-7.288;AS_ReadPosRankSum=-7.032;AS_SOR=0.767;BaseQRankSum=-7.165;ClippingRankSum=-7.299;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQRankSum=-7.288;QD=13.74;ReadPosRankSum=-7.032;SOR=0.767 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,32:73:99:1031,0,1280 -20 10086954 . G A 1095.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-6.801;AS_FS=4.812;AS_MQ=60.00;AS_MQRankSum=-7.096;AS_ReadPosRankSum=-6.764;AS_SOR=1.185;BaseQRankSum=-6.801;ClippingRankSum=-7.096;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=4.812;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-7.096;QD=16.11;ReadPosRankSum=-6.764;SOR=1.185 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,34:68:99:1124,0,1051 -20 10087230 . A G 1842.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-8.246;AS_FS=3.860;AS_MQ=59.65;AS_MQRankSum=-8.364;AS_ReadPosRankSum=-8.128;AS_SOR=0.960;BaseQRankSum=-8.246;ClippingRankSum=-8.379;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=3.860;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQRankSum=-8.364;QD=19.20;ReadPosRankSum=-8.128;SOR=0.960 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,54:96:99:1871,0,1428 -20 10087394 . T G 1688.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-7.649;AS_FS=4.225;AS_MQ=60.00;AS_MQRankSum=-7.776;AS_ReadPosRankSum=-7.458;AS_SOR=0.436;BaseQRankSum=-7.649;ClippingRankSum=-7.785;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=4.225;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQRankSum=-7.776;QD=20.10;ReadPosRankSum=-7.458;SOR=0.436 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,49:84:99:1717,0,1186 -20 10087754 . T G 1347.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-7.405;AS_FS=0.869;AS_MQ=61.31;AS_MQRankSum=-7.595;AS_ReadPosRankSum=-6.484;AS_SOR=0.562;BaseQRankSum=-7.405;ClippingRankSum=-7.595;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=-7.595;QD=17.28;ReadPosRankSum=-6.484;SOR=0.562 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,41:78:99:1376,0,1239 -20 10087804 . C T 1619.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-8.138;AS_FS=3.847;AS_MQ=61.77;AS_MQRankSum=-8.600;AS_ReadPosRankSum=-7.118;AS_SOR=0.369;BaseQRankSum=-8.138;ClippingRankSum=-8.621;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=3.847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.77;MQRankSum=-8.600;QD=16.20;ReadPosRankSum=-7.118;SOR=0.369 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,50:100:99:1648,0,1511 -20 10087820 . C CAG 428.73 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-5.400;AS_FS=0.000;AS_MQ=59.57;AS_MQRankSum=-5.925;AS_ReadPosRankSum=-3.803;AS_SOR=0.850;BaseQRankSum=-5.400;ClippingRankSum=-5.925;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.53;MQRankSum=-5.925;QD=7.80;ReadPosRankSum=-3.803;SOR=0.850 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,18:55:99:466,0,1169 -20 10088063 . C T 1417.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-7.329;AS_FS=2.739;AS_MQ=59.58;AS_MQRankSum=-8.284;AS_ReadPosRankSum=-8.099;AS_SOR=1.053;BaseQRankSum=-7.329;ClippingRankSum=-8.299;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=2.739;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQRankSum=-8.284;QD=15.24;ReadPosRankSum=-8.099;SOR=1.053 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,44:93:99:1446,0,1403 -20 10088699 . C T 776.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-5.899;AS_FS=16.952;AS_MQ=52.45;AS_MQRankSum=-6.669;AS_ReadPosRankSum=-6.355;AS_SOR=1.914;BaseQRankSum=-5.899;ClippingRankSum=-6.683;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=16.952;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.31;MQRankSum=-6.669;QD=12.53;ReadPosRankSum=-6.355;SOR=1.914 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,26:62:99:805,0,1088 -20 10088730 . G A 972.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-5.361;AS_FS=15.383;AS_MQ=43.72;AS_MQRankSum=-6.154;AS_ReadPosRankSum=-3.556;AS_SOR=1.592;BaseQRankSum=-5.361;ClippingRankSum=-6.154;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=15.383;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.06;MQRankSum=-6.154;QD=18.71;ReadPosRankSum=-3.556;SOR=1.592 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,23:52:99:1001,0,1152 -20 10088736 . A C 1081.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-5.564;AS_FS=9.673;AS_MQ=42.55;AS_MQRankSum=-6.372;AS_ReadPosRankSum=-4.436;AS_SOR=0.851;BaseQRankSum=-5.564;ClippingRankSum=-6.372;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=9.673;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.85;MQRankSum=-6.372;QD=19.67;ReadPosRankSum=-4.436;SOR=0.851 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,27:55:99:1110,0,1194 -20 10088747 . A G 1111.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-5.864;AS_FS=7.653;AS_MQ=43.71;AS_MQRankSum=-6.297;AS_ReadPosRankSum=-4.268;AS_SOR=1.092;BaseQRankSum=-5.864;ClippingRankSum=-6.297;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=7.653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.25;MQRankSum=-6.297;QD=20.59;ReadPosRankSum=-4.268;SOR=1.092 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,29:54:99:1140,0,995 -20 10088799 . G A 1018.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-5.497;AS_FS=10.098;AS_MQ=49.23;AS_MQRankSum=-6.056;AS_ReadPosRankSum=-5.370;AS_SOR=1.003;BaseQRankSum=-5.497;ClippingRankSum=-6.164;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=10.098;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.86;MQRankSum=-6.056;QD=19.22;ReadPosRankSum=-5.370;SOR=1.003 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,31:53:99:1047,0,617 -20 10088895 . C T 532.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-4.085;AS_FS=0.000;AS_MQ=57.92;AS_MQRankSum=-5.346;AS_ReadPosRankSum=-2.377;AS_SOR=0.653;BaseQRankSum=-4.085;ClippingRankSum=-5.451;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.86;MQRankSum=-5.346;QD=12.99;ReadPosRankSum=-2.377;SOR=0.653 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,18:41:99:561,0,673 -20 10088968 . C CAAA 1175.73 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-5.518;AS_FS=1.078;AS_MQ=42.97;AS_MQRankSum=-6.200;AS_ReadPosRankSum=-3.024;AS_SOR=1.012;BaseQRankSum=-5.518;ClippingRankSum=-6.200;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=1.078;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.55;MQRankSum=-6.200;QD=22.18;ReadPosRankSum=-3.024;SOR=1.012 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,23:53:99:1213,0,1367 -20 10088980 . T C 1247.77 . 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AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-6.853;AS_FS=0.927;AS_MQ=60.00;AS_MQRankSum=-7.129;AS_ReadPosRankSum=-6.817;AS_SOR=0.518;BaseQRankSum=-6.853;ClippingRankSum=-7.141;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.927;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQRankSum=-7.129;QD=18.23;ReadPosRankSum=-6.817;SOR=0.518 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,36:69:99:1286,0,1092 -20 10091214 . C T 1249.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-7.071;AS_FS=0.000;AS_MQ=59.50;AS_MQRankSum=-7.189;AS_ReadPosRankSum=-7.024;AS_SOR=0.625;BaseQRankSum=-7.071;ClippingRankSum=-7.189;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQRankSum=-7.189;QD=17.85;ReadPosRankSum=-7.024;SOR=0.625 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,37:70:99:1278,0,1110 -20 10092415 . A G 1635.77 . 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AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-6.876;AS_FS=0.000;AS_MQ=60.00;AS_MQRankSum=-7.429;AS_ReadPosRankSum=-7.068;AS_SOR=0.690;BaseQRankSum=-6.876;ClippingRankSum=-7.439;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQRankSum=-7.429;QD=13.82;ReadPosRankSum=-7.068;SOR=0.690 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,35:75:99:1065,0,1282 -20 10095432 . GTGATGATGA G 839.73 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-5.470;AS_FS=1.102;AS_MQ=39.33;AS_MQRankSum=-6.034;AS_ReadPosRankSum=-2.988;AS_SOR=0.460;BaseQRankSum=-5.470;ClippingRankSum=-6.054;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=1.102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.39;MQRankSum=-6.034;QD=16.79;ReadPosRankSum=-2.988;SOR=0.460 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,23:50:99:877,0,2108 -20 10095741 . A G 1075.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-6.857;AS_FS=4.721;AS_MQ=55.06;AS_MQRankSum=-7.197;AS_ReadPosRankSum=-6.986;AS_SOR=0.515;BaseQRankSum=-6.857;ClippingRankSum=-7.197;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=4.721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQRankSum=-7.197;QD=15.37;ReadPosRankSum=-6.986;SOR=0.515 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,34:70:99:1104,0,1233 -20 10096293 . C T 1355.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-7.084;AS_FS=0.000;AS_MQ=59.39;AS_MQRankSum=-7.445;AS_ReadPosRankSum=-7.042;AS_SOR=0.638;BaseQRankSum=-7.084;ClippingRankSum=-7.455;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQRankSum=-7.445;QD=18.08;ReadPosRankSum=-7.042;SOR=0.638 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,38:75:99:1384,0,1258 -20 10096596 . C T 1562.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-7.593;AS_FS=0.000;AS_MQ=59.01;AS_MQRankSum=-8.001;AS_ReadPosRankSum=-7.746;AS_SOR=0.640;BaseQRankSum=-7.593;ClippingRankSum=-8.010;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQRankSum=-8.001;QD=17.96;ReadPosRankSum=-7.746;SOR=0.640 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,47:87:99:1591,0,1273 -20 10096768 . A C 1682.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-8.077;AS_FS=3.983;AS_MQ=58.58;AS_MQRankSum=-8.196;AS_ReadPosRankSum=-7.878;AS_SOR=0.445;BaseQRankSum=-8.077;ClippingRankSum=-8.196;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=3.983;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQRankSum=-8.196;QD=18.49;ReadPosRankSum=-7.878;SOR=0.445 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,49:91:99:1711,0,1452 -20 10096899 . G T 1614.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-7.653;AS_FS=9.606;AS_MQ=59.06;AS_MQRankSum=-7.653;AS_ReadPosRankSum=-6.055;AS_SOR=1.707;BaseQRankSum=-7.653;ClippingRankSum=-7.653;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=9.606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQRankSum=-7.653;QD=20.44;ReadPosRankSum=-6.055;SOR=1.707 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,40:79:99:1643,0,1520 -20 10096905 . TA T 1600.73 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-7.705;AS_FS=11.159;AS_MQ=58.58;AS_MQRankSum=-7.842;AS_ReadPosRankSum=-6.065;AS_SOR=1.775;BaseQRankSum=-7.705;ClippingRankSum=-7.842;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=11.159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQRankSum=-7.842;QD=19.29;ReadPosRankSum=-6.065;SOR=1.775 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,43:83:99:1638,0,1623 -20 10096933 . G C 1511.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-7.761;AS_FS=23.320;AS_MQ=58.51;AS_MQRankSum=-7.937;AS_ReadPosRankSum=-6.319;AS_SOR=1.534;BaseQRankSum=-7.761;ClippingRankSum=-7.937;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=23.320;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQRankSum=-7.937;QD=17.79;ReadPosRankSum=-6.319;SOR=1.534 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,41:85:99:1540,0,1770 -20 10096958 . G A 1766.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-7.920;AS_FS=16.778;AS_MQ=58.71;AS_MQRankSum=-8.264;AS_ReadPosRankSum=-7.222;AS_SOR=1.387;BaseQRankSum=-7.920;ClippingRankSum=-8.264;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=16.778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQRankSum=-8.264;QD=19.20;ReadPosRankSum=-7.222;SOR=1.387 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,47:92:99:1795,0,1629 -20 10097075 . T G 1445.77 . 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AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-7.357;AS_FS=1.851;AS_MQ=42.30;AS_MQRankSum=-7.793;AS_ReadPosRankSum=-5.972;AS_SOR=0.948;BaseQRankSum=-7.357;ClippingRankSum=-7.802;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=1.851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.27;MQRankSum=-7.793;QD=11.85;ReadPosRankSum=-5.972;SOR=0.948 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,32:89:99:1092,0,2241 -20 10097437 . TTTTC T 796.73 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-5.571;AS_FS=4.241;AS_MQ=60.60;AS_MQRankSum=-6.237;AS_ReadPosRankSum=-1.357;AS_SOR=1.382;BaseQRankSum=-5.571;ClippingRankSum=-6.288;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=4.241;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.48;MQRankSum=-6.237;QD=14.49;ReadPosRankSum=-1.357;SOR=1.382 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,23:55:99:834,0,1193 -20 10097626 . C A 626.77 . 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AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-3.637;AS_FS=0.000;AS_MQ=29.97;AS_MQRankSum=-3.995;AS_ReadPosRankSum=-3.458;AS_SOR=0.515;BaseQRankSum=-3.637;ClippingRankSum=-4.055;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.94;MQRankSum=-3.995;QD=12.70;ReadPosRankSum=-3.458;SOR=0.515 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,9:24:99:333,0,603 -20 10099055 . T C 256.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_BaseQRankSum=-3.260;AS_FS=0.000;AS_MQ=29.12;AS_MQRankSum=-3.841;AS_ReadPosRankSum=-2.614;AS_SOR=0.665;BaseQRankSum=-3.260;ClippingRankSum=-3.905;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.46;MQRankSum=-3.841;QD=11.16;ReadPosRankSum=-2.614;SOR=0.665 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,8:23:99:285,0,673 -20 10099079 . C T 116.77 . 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C T 2764.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;QD=29.65;SOR=1.054 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2793,208,0 -20 10007531 . A G 2920.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;QD=35.03;SOR=1.577 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2949,217,0 -20 10007980 . A C 3524.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.72;QD=25.82;SOR=0.990 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:3553,270,0 -20 10008029 . T TA 1986.73 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.934;ClippingRankSum=-2.934;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.98;MQRankSum=-2.934;QD=26.49;ReadPosRankSum=-2.204;SOR=0.788 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,72:75:99:2024,145,0 -20 10008146 . TA T 2141.73 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.59;QD=30.60;SOR=0.874 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2179,211,0 -20 10008221 . T C 3224.61 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.17;QD=32.17;SOR=0.850 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:3253,240,0 -20 10008458 . T G 2654.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.54;QD=32.77;SOR=0.980 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2683,207,0 -20 10008742 . G T 715.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.738;ClippingRankSum=-6.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.22;MQRankSum=-5.760;QD=14.61;ReadPosRankSum=-3.516;SOR=0.741 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,26:49:99:744,0,580 -20 10008758 . C CA 684.14 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.981;ClippingRankSum=-3.240;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=2.160;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.24;MQRankSum=-3.085;QD=19.55;ReadPosRankSum=-2.722;SOR=0.249 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,31:35:10:721,10,0 -20 10008921 . C CA 253.73 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.399;ClippingRankSum=-4.986;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.34;MQRankSum=-4.986;QD=7.46;ReadPosRankSum=-2.294;SOR=0.512 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,16:34:99:291,0,366 -20 10008948 . TA T 2057.73 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.189;ClippingRankSum=-1.732;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.30;MQRankSum=-1.529;QD=30.77;ReadPosRankSum=-1.732;SOR=0.818 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,50:51:99:2095,107,0 -20 10008952 . CACACACACACA C,CCACACACACA 1666.73 . AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.067;ClippingRankSum=-1.733;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=50.81;MQRankSum=-1.467;QD=28.07;ReadPosRankSum=0.267;SOR=1.112 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:1,17,18:36:99:1704,525,844,582,0,531 -20 10009227 . A G 1369.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.295;ClippingRankSum=-6.543;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=9.110;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.16;MQRankSum=-6.485;QD=22.09;ReadPosRankSum=-6.324;SOR=0.281 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,39:62:99:1398,0,740 -20 10009246 . A G 3002.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.09;QD=27.93;SOR=0.887 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:3031,231,0 -20 10009400 . T A 2998.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=25.91;SOR=0.804 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:3027,223,0 -20 10009512 . C G 3039.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.47;QD=26.83;SOR=1.223 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:3068,231,0 -20 10009719 . A G 1895.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;QD=32.13;SOR=0.950 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1924,175,0 -20 10009795 . A G 1880.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;QD=30.42;SOR=1.514 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1909,141,0 -20 10009842 . G GAA 532.73 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.295;ClippingRankSum=-4.960;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.25;MQRankSum=-4.960;QD=15.67;ReadPosRankSum=-3.122;SOR=0.738 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,15:34:99:570,0,690 -20 10009844 . G A 661.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.957;ClippingRankSum=-5.050;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.72;MQRankSum=-4.917;QD=18.91;ReadPosRankSum=-3.295;SOR=0.793 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,19:35:99:690,0,586 -20 10009871 . A G 658.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.088;ClippingRankSum=-5.133;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=2.798;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.95;MQRankSum=-5.007;QD=18.30;ReadPosRankSum=-3.169;SOR=0.553 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,19:36:99:687,0,594 -20 10009875 . A G,AGGGAGG 2369.73 . AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.370;ClippingRankSum=-2.370;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=6.794;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=50.44;MQRankSum=-2.370;QD=24.50;ReadPosRankSum=-1.372;SOR=0.599 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:2,15,13:30:99:2407,645,533,697,0,574 -20 10009879 . A G 2244.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.743;ClippingRankSum=-2.400;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=9.369;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.85;MQRankSum=-2.400;QD=29.65;ReadPosRankSum=-1.288;SOR=1.474 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,47:49:99:2273,150,0 -20 10009883 . A G 2151.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.56;QD=34.02;SOR=1.659 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:2180,147,0 -20 10010393 . T G 1464.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.339;ClippingRankSum=-7.624;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=11.600;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQRankSum=-7.624;QD=18.54;ReadPosRankSum=-7.437;SOR=0.606 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,43:79:99:1493,0,1230 -20 10010536 . G GA 2462.73 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.63;QD=31.17;SOR=0.881 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2500,243,0 -20 10010766 . T G 2411.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=28.35;SOR=0.818 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2440,199,0 -20 10010832 . T C 2951.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;QD=28.36;SOR=1.091 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2980,226,0 -20 10011075 . C T 1325.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.468;ClippingRankSum=-7.833;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=1.800;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-7.833;QD=15.97;ReadPosRankSum=-7.623;SOR=0.968 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,39:83:99:1354,0,1333 -20 10011309 . T C 2692.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=34.97;SOR=1.223 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2721,231,0 -20 10011517 . GA G 490.73 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.511;ClippingRankSum=-6.869;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=2.130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQRankSum=-6.869;QD=6.46;ReadPosRankSum=-4.021;SOR=0.412 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,30:76:99:528,0,875 -20 10011666 . C T 2961.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;QD=33.10;SOR=1.103 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2990,220,0 -20 10011939 . C T 2513.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.32;QD=30.82;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2542,187,0 -20 10012021 . CA C 1975.73 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.08;QD=29.94;SOR=1.196 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2013,198,0 -20 10012362 . G T 835.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.78;QD=30.58;SOR=4.003 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:69:864,69,0 -20 10012384 . T C 229.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.065;ClippingRankSum=-3.599;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=7.375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.75;MQRankSum=-3.332;QD=12.76;ReadPosRankSum=-2.799;SOR=0.044 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,8:18:99:258,0,355 -20 10012387 . T C 533.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.96;QD=33.36;SOR=3.258 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:50:562,50,0 -20 10012479 . A G 592.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.01;QD=34.87;SOR=0.804 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:50:621,50,0 -20 10012498 . C G 466.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.03;QD=28.92;SOR=1.270 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33:495,33,0 -20 10012518 . T C 406.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.96;QD=34.62;SOR=0.892 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:30:435,30,0 -20 10012521 . C T 46.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=-2.262;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.77;MQRankSum=-1.708;QD=4.25;ReadPosRankSum=0.715;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,3:11:75:75,0,224 -20 10012570 . G GCA 457.73 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.55;QD=33.23;SOR=3.056 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:33:495,33,0 -20 10012572 . GT G 457.73 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.52;QD=26.88;SOR=3.442 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33:495,33,0 -20 10012631 . C CG 484.73 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.440;ClippingRankSum=-3.802;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=8.822;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.53;MQRankSum=-3.802;QD=23.08;ReadPosRankSum=-2.426;SOR=0.048 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,13:21:99:522,0,297 -20 10012636 . G C 527.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.901;ClippingRankSum=-3.856;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=5.959;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.93;MQRankSum=-3.856;QD=23.99;ReadPosRankSum=-2.082;SOR=0.058 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,14:22:99:556,0,294 -20 10012714 . G C 1300.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.04;QD=29.64;SOR=2.964 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:99:1329,105,0 -20 10012751 . T C 937.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.56;QD=31.26;SOR=0.976 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:89:966,89,0 -20 10013119 . C T 1011.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.027;ClippingRankSum=-6.603;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=2.248;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.48;MQRankSum=-6.254;QD=17.15;ReadPosRankSum=-5.997;SOR=0.405 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,30:59:99:1040,0,936 -20 10013574 . G A 1050.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.520;ClippingRankSum=-7.111;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=7.109;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQRankSum=-7.111;QD=15.23;ReadPosRankSum=-6.412;SOR=1.675 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,31:69:99:1079,0,1301 -20 10014990 . C CAT 1237.73 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.090;ClippingRankSum=-7.506;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=3.297;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.78;MQRankSum=-7.485;QD=16.29;ReadPosRankSum=-6.560;SOR=0.403 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,38:76:99:1275,0,1248 -20 10015679 . C T 140.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.268;ClippingRankSum=-2.450;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-2.450;QD=14.08;ReadPosRankSum=-2.148;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:99:169,0,166 -20 10015761 . T C 344.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.406;ClippingRankSum=-3.940;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQRankSum=-3.873;QD=15.67;ReadPosRankSum=-3.606;SOR=0.352 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,13:22:99:373,0,284 -20 10018158 . G C 1639.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.647;ClippingRankSum=-8.049;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQRankSum=-8.041;QD=18.63;ReadPosRankSum=-7.789;SOR=0.834 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,48:88:99:1668,0,1165 -20 10018555 . G A 1567.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.604;ClippingRankSum=-7.642;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=4.241;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-7.642;QD=19.60;ReadPosRankSum=-7.371;SOR=0.627 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,45:80:99:1596,0,1211 -20 10019093 . A G 1244.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.853;ClippingRankSum=-7.141;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=1.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQRankSum=-7.129;QD=18.04;ReadPosRankSum=-6.577;SOR=0.665 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,36:69:99:1273,0,1104 -20 10020229 . G A 1538.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.435;ClippingRankSum=-7.779;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.833;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQRankSum=-7.769;QD=18.77;ReadPosRankSum=-7.416;SOR=0.573 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,44:82:99:1567,0,1130 -20 10023689 . G A 1852.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.306;ClippingRankSum=-7.406;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQRankSum=-7.396;QD=23.16;ReadPosRankSum=-7.166;SOR=0.549 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,51:80:99:1881,0,946 -20 10024107 . C T 1694.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.396;ClippingRankSum=-7.935;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQRankSum=-7.935;QD=19.71;ReadPosRankSum=-7.709;SOR=0.823 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,48:86:99:1723,0,1086 -20 10024300 . C CTT 87.76 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.382;ClippingRankSum=-2.262;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.90;MQRankSum=-2.262;QD=5.16;ReadPosRankSum=-0.546;SOR=1.773 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,8:17:99:103,0,137 -20 10026357 . T C 1166.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.549;ClippingRankSum=-6.785;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=8.911;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.46;MQRankSum=-6.757;QD=18.52;ReadPosRankSum=-6.536;SOR=0.722 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,35:63:99:1195,0,932 -20 10026794 . C T 1084.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.283;ClippingRankSum=-5.967;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=2.399;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQRankSum=-5.967;QD=20.86;ReadPosRankSum=-5.644;SOR=0.428 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,33:52:99:1113,0,529 -20 10027234 . A ATTAG 1320.73 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.015;ClippingRankSum=-7.147;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=3.248;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.33;MQRankSum=-7.147;QD=19.14;ReadPosRankSum=-5.287;SOR=0.926 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,35:69:99:1358,0,1964 -20 10027868 . A G 1739.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.030;ClippingRankSum=-8.128;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=6.868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQRankSum=-8.128;QD=19.55;ReadPosRankSum=-7.783;SOR=0.881 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,45:89:99:1768,0,3201 -20 10027872 . A G 1724.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.761;ClippingRankSum=-7.928;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=8.870;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQRankSum=-7.928;QD=20.29;ReadPosRankSum=-7.585;SOR=0.826 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,45:85:99:1753,0,3136 -20 10028867 . A ATG 1106.73 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.055;ClippingRankSum=-7.217;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=4.652;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.69;MQRankSum=-7.217;QD=15.59;ReadPosRankSum=-5.148;SOR=0.336 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,39:71:99:1144,0,916 -20 10030188 . T A 1372.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.699;ClippingRankSum=-7.746;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=9.186;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQRankSum=-7.746;QD=16.95;ReadPosRankSum=-7.500;SOR=1.105 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,39:81:99:1401,0,1524 -20 10031254 . A AT 1463.73 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.606;ClippingRankSum=-7.898;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=9.250;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQRankSum=-7.898;QD=17.22;ReadPosRankSum=-6.351;SOR=0.211 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,47:85:99:1501,0,1159 -20 10031342 . G A 1834.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.051;ClippingRankSum=-8.253;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=1.714;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQRankSum=-8.253;QD=19.73;ReadPosRankSum=-6.767;SOR=0.955 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,52:93:99:1863,0,1375 -20 10031798 . G A 4296.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;QD=31.35;SOR=0.900 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:4325,313,0 -20 10031827 . C T 2004.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.716;ClippingRankSum=-8.956;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=4.729;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQRankSum=-8.956;QD=18.56;ReadPosRankSum=-8.765;SOR=0.382 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,56:108:99:2033,0,1798 -20 10032094 . G A 1220.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.411;ClippingRankSum=-7.778;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=6.039;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-7.778;QD=14.71;ReadPosRankSum=-7.475;SOR=0.260 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,36:83:99:1249,0,1497 -20 10032413 . T G 869.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.964;ClippingRankSum=-6.977;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=10.444;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQRankSum=-6.977;QD=13.18;ReadPosRankSum=-6.720;SOR=1.293 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,31:66:99:898,0,1277 -20 10032882 . A T 1202.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.450;ClippingRankSum=-7.450;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=4.673;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQRankSum=-7.450;QD=16.04;ReadPosRankSum=-7.195;SOR=0.338 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,36:75:99:1231,0,1406 -20 10032972 . C CAT 1122.73 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.709;ClippingRankSum=-6.819;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=5.062;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQRankSum=-6.819;QD=17.82;ReadPosRankSum=-5.030;SOR=1.300 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,30:63:99:1160,0,1477 -20 10034306 . T C 782.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.012;ClippingRankSum=-7.262;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.890;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQRankSum=-7.240;QD=10.44;ReadPosRankSum=-6.609;SOR=0.685 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,29:75:99:811,0,1593 -20 10036930 . CGATAGCCCTAGCCCTAGATA C 1036.73 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.448;ClippingRankSum=-7.019;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=11.152;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.36;MQRankSum=-7.006;QD=15.25;ReadPosRankSum=-4.719;SOR=0.269 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,29:68:99:1074,0,5569 -20 10037037 . C T 1436.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.782;ClippingRankSum=-7.746;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=1.943;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=-7.727;QD=17.74;ReadPosRankSum=-6.735;SOR=0.495 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,42:81:99:1465,0,1124 -20 10037110 . T TGATA 2780.73 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.98;QD=28.92;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:2818,189,0 -20 10037144 . T TGATAGATA 1823.73 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.73;QD=29.91;SOR=1.061 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:99:1861,127,0 -20 10037709 . A T 1003.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.986;ClippingRankSum=-7.217;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQRankSum=-7.205;QD=14.14;ReadPosRankSum=-6.593;SOR=0.608 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,32:71:99:1032,0,1354 -20 10039371 . T G 1324.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.197;ClippingRankSum=-7.381;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=6.144;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-7.381;QD=17.90;ReadPosRankSum=-7.186;SOR=1.031 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,40:74:99:1353,0,1194 -20 10040772 . C CT 1995.73 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.69;QD=28.51;SOR=0.811 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2033,210,0 -20 10040812 . AT A 2607.73 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.73;QD=26.34;SOR=0.721 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2645,214,0 -20 10040821 . T A 1171.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.343;ClippingRankSum=-7.602;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.60;MQRankSum=-7.602;QD=15.02;ReadPosRankSum=-5.673;SOR=0.688 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,40:78:99:1200,0,1099 -20 10041304 . C T 2765.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.40;QD=31.37;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2794,204,0 -20 10041701 . A ATATG 1403.73 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.180;ClippingRankSum=-4.507;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=3.477;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQRankSum=-4.507;QD=24.20;ReadPosRankSum=-4.039;SOR=0.260 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,49:58:58:1441,0,58 -20 10042319 . C T 2658.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;QD=33.28;SOR=1.033 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2687,199,0 -20 10042761 . A G 3553.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=30.73;SOR=1.389 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:3582,272,0 -20 10042829 . A G 3055.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;QD=24.88;SOR=0.855 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:3084,235,0 -20 10043002 . A T 1287.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.552;ClippingRankSum=-7.935;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=2.877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-7.935;QD=14.97;ReadPosRankSum=-7.787;SOR=0.434 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,38:86:99:1316,0,1659 -20 10044849 . A G 2091.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;QD=30.99;SOR=1.316 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:2120,177,0 -20 10045078 . G T 3271.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;QD=28.90;SOR=0.876 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:3300,244,0 -20 10045642 . G C 3138.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.49;QD=31.47;SOR=0.846 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:3167,246,0 -20 10046178 . AAGAAAGAAAG A 2159.73 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.22;QD=30.91;SOR=0.859 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:2197,153,0 -20 10046537 . A G 819.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.233;ClippingRankSum=-6.489;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=3.724;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.50;MQRankSum=-6.489;QD=14.38;ReadPosRankSum=-6.169;SOR=1.262 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,29:57:99:848,0,902 -20 10050828 . T C 1227.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.711;ClippingRankSum=-7.911;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=2.887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQRankSum=-7.902;QD=14.28;ReadPosRankSum=-7.667;SOR=0.521 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,37:86:99:1256,0,1768 -20 10051448 . T C 1134.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.754;ClippingRankSum=-7.200;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=3.687;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQRankSum=-7.200;QD=16.21;ReadPosRankSum=-6.883;SOR=0.302 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,35:70:99:1163,0,1150 -20 10052688 . C A 1062.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.447;ClippingRankSum=-7.447;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=3.135;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQRankSum=-7.437;QD=13.80;ReadPosRankSum=-7.075;SOR=0.379 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,32:77:99:1091,0,1645 -20 10058022 . T C 975.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.936;ClippingRankSum=-7.083;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.920;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQRankSum=-7.071;QD=14.35;ReadPosRankSum=-6.997;SOR=0.849 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,32:68:99:1004,0,1261 -20 10062935 . C CA 92.84 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.388;ClippingRankSum=-3.123;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.23;MQRankSum=-3.123;QD=4.04;ReadPosRankSum=-0.851;SOR=0.743 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,10:23:99:130,0,101 -20 10067049 . TAAAAAAA T 614.73 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.061;ClippingRankSum=-2.239;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.41;MQRankSum=-2.239;QD=27.94;ReadPosRankSum=-1.393;SOR=0.892 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,20:22:29:546,29,0 -20 10067090 . C A 2004.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.57;QD=28.90;SOR=0.729 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:2033,164,0 -20 10067264 . G A 2922.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.37;QD=32.97;SOR=0.776 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2951,219,0 -20 10067722 . A C 2146.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=28.56;SOR=0.846 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:2175,163,0 -20 10068158 . GTGTATATATATA G 66.73 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.937;ClippingRankSum=-1.754;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.74;MQRankSum=-1.754;QD=9.53;ReadPosRankSum=-0.720;SOR=0.061 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:57:104,0,57 -20 10068981 . G A 2503.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=29.84;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:2532,184,0 -20 10070602 . T C 2691.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.74;QD=31.04;SOR=0.749 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2720,216,0 -20 10070936 . T A 3631.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.76;QD=29.30;SOR=0.876 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:3660,247,0 -20 10070938 . G GA 3656.73 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.10;QD=24.97;SOR=0.881 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:3694,250,0 -20 10071135 . C T 3257.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.12;QD=25.71;SOR=1.003 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:3286,238,0 -20 10071187 . G A 3410.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;QD=32.40;SOR=1.367 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:3439,246,0 -20 10071890 . T C 1974.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;QD=34.65;SOR=0.728 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:2003,171,0 -20 10072505 . A G 2099.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=32.81;SOR=0.822 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2128,191,0 -20 10074187 . A G 3101.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.12;QD=32.52;SOR=0.881 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:3130,238,0 -20 10074240 . T C 3406.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.78;QD=27.36;SOR=0.922 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:3435,255,0 -20 10074716 . G A 2400.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;QD=29.05;SOR=1.214 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2429,192,0 -20 10074806 . G A 2817.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.35;QD=31.56;SOR=0.840 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2846,213,0 -20 10075043 . T C 2405.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;QD=29.40;SOR=1.107 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:2434,184,0 -20 10075168 . C T 3612.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;QD=24.02;SOR=0.997 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:3641,264,0 -20 10075508 . GA G 1928.73 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.17;QD=27.55;SOR=1.085 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1966,210,0 -20 10076250 . A G 1107.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.487;ClippingRankSum=-7.653;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=7.546;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQRankSum=-7.653;QD=14.02;ReadPosRankSum=-7.487;SOR=0.344 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,39:79:99:1136,0,1339 -20 10076339 . A G 1309.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.190;ClippingRankSum=-7.258;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=1.992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQRankSum=-7.258;QD=18.19;ReadPosRankSum=-6.930;SOR=0.446 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,40:72:99:1338,0,1035 -20 10076399 . G A 1807.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.339;ClippingRankSum=-8.339;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=1.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-8.339;QD=19.23;ReadPosRankSum=-8.271;SOR=0.952 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,50:94:99:1836,0,1544 -20 10076989 . CA C 221.73 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.090;ClippingRankSum=-3.645;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQRankSum=-3.645;QD=5.28;ReadPosRankSum=-0.555;SOR=0.666 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,18:42:99:218,0,332 -20 10077752 . T C 1345.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.490;ClippingRankSum=-7.580;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=4.458;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-7.580;QD=17.04;ReadPosRankSum=-7.421;SOR=1.251 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,45:79:99:1374,0,1187 -20 10081750 . C A 1353.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.587;ClippingRankSum=-7.833;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-7.833;QD=16.31;ReadPosRankSum=-7.495;SOR=0.664 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,39:83:99:1382,0,1525 -20 10081800 . C T 1109.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.810;ClippingRankSum=-7.093;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=11.086;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-7.093;QD=16.32;ReadPosRankSum=-6.847;SOR=0.143 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,33:68:99:1138,0,1222 -20 10082892 . C T 1712.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;QD=28.81;SOR=0.883 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1741,132,0 -20 10085211 . A T 1210.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.277;ClippingRankSum=-7.495;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.870;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQRankSum=-7.495;QD=15.93;ReadPosRankSum=-7.131;SOR=0.723 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,36:76:99:1239,0,1443 -20 10086110 . G A 1274.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.566;ClippingRankSum=-7.737;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=1.810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQRankSum=-7.737;QD=15.74;ReadPosRankSum=-7.405;SOR=0.495 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,38:81:99:1303,0,1506 -20 10086283 . G T 1025.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.272;ClippingRankSum=-7.668;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.855;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-7.668;QD=12.21;ReadPosRankSum=-7.254;SOR=0.529 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,32:84:99:1054,0,1771 -20 10086619 . T A 796.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.533;ClippingRankSum=-6.901;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQRankSum=-6.901;QD=11.38;ReadPosRankSum=-6.153;SOR=0.846 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,25:70:99:825,0,1603 -20 10086853 . G A 1002.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.165;ClippingRankSum=-7.299;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQRankSum=-7.288;QD=13.74;ReadPosRankSum=-7.032;SOR=0.767 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,32:73:99:1031,0,1280 -20 10086954 . G A 1095.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.801;ClippingRankSum=-7.096;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=4.812;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-7.096;QD=16.11;ReadPosRankSum=-6.764;SOR=1.185 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,34:68:99:1124,0,1051 -20 10087230 . A G 1842.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.246;ClippingRankSum=-8.379;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=3.860;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQRankSum=-8.364;QD=19.20;ReadPosRankSum=-8.128;SOR=0.960 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,54:96:99:1871,0,1428 -20 10087394 . T G 1688.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.649;ClippingRankSum=-7.785;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=4.225;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQRankSum=-7.776;QD=20.10;ReadPosRankSum=-7.458;SOR=0.436 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,49:84:99:1717,0,1186 -20 10087754 . T G 1347.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.405;ClippingRankSum=-7.595;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=-7.595;QD=17.28;ReadPosRankSum=-6.484;SOR=0.562 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,41:78:99:1376,0,1239 -20 10087804 . C T 1619.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.138;ClippingRankSum=-8.621;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=3.847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.77;MQRankSum=-8.600;QD=16.20;ReadPosRankSum=-7.118;SOR=0.369 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,50:100:99:1648,0,1511 -20 10087820 . C CAG 428.73 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.400;ClippingRankSum=-5.925;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.53;MQRankSum=-5.925;QD=7.80;ReadPosRankSum=-3.803;SOR=0.850 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,18:55:99:466,0,1169 -20 10088063 . C T 1417.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.329;ClippingRankSum=-8.299;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=2.739;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQRankSum=-8.284;QD=15.24;ReadPosRankSum=-8.099;SOR=1.053 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,44:93:99:1446,0,1403 -20 10088699 . C T 776.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.899;ClippingRankSum=-6.683;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=16.952;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.31;MQRankSum=-6.669;QD=12.53;ReadPosRankSum=-6.355;SOR=1.914 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,26:62:99:805,0,1088 -20 10088730 . G A 972.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.361;ClippingRankSum=-6.154;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=15.383;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.06;MQRankSum=-6.154;QD=18.71;ReadPosRankSum=-3.556;SOR=1.592 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,23:52:99:1001,0,1152 -20 10088736 . A C 1081.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.564;ClippingRankSum=-6.372;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=9.673;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.85;MQRankSum=-6.372;QD=19.67;ReadPosRankSum=-4.436;SOR=0.851 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,27:55:99:1110,0,1194 -20 10088747 . A G 1111.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.864;ClippingRankSum=-6.297;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=7.653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.25;MQRankSum=-6.297;QD=20.59;ReadPosRankSum=-4.268;SOR=1.092 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,29:54:99:1140,0,995 -20 10088799 . G A 1018.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.497;ClippingRankSum=-6.164;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=10.098;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.86;MQRankSum=-6.056;QD=19.22;ReadPosRankSum=-5.370;SOR=1.003 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,31:53:99:1047,0,617 -20 10088895 . C T 532.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.085;ClippingRankSum=-5.451;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.86;MQRankSum=-5.346;QD=12.99;ReadPosRankSum=-2.377;SOR=0.653 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,18:41:99:561,0,673 -20 10088968 . C CAAA 1175.73 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.518;ClippingRankSum=-6.200;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=1.078;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.55;MQRankSum=-6.200;QD=22.18;ReadPosRankSum=-3.024;SOR=1.012 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,23:53:99:1213,0,1367 -20 10088980 . T C 1247.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.539;ClippingRankSum=-7.068;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.93;MQRankSum=-7.068;QD=18.35;ReadPosRankSum=-5.714;SOR=0.709 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,31:68:99:1276,0,1627 -20 10088985 . T C 1178.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.628;ClippingRankSum=-7.338;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.890;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.91;MQRankSum=-7.327;QD=15.93;ReadPosRankSum=-5.701;SOR=0.742 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,32:74:99:1207,0,1729 -20 10089441 . A G 1179.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.243;ClippingRankSum=-7.503;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=6.071;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQRankSum=-7.503;QD=15.52;ReadPosRankSum=-7.171;SOR=1.363 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,39:76:99:1208,0,1313 -20 10089525 . C T 1548.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.923;ClippingRankSum=-7.737;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=4.260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQRankSum=-7.718;QD=19.12;ReadPosRankSum=-7.557;SOR=0.617 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,43:81:99:1577,0,1088 -20 10090289 . CA C 384.73 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.622;ClippingRankSum=-4.916;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=1.377;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=-4.916;QD=10.12;ReadPosRankSum=-2.192;SOR=1.127 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,24:38:99:422,0,230 -20 10090764 . A G 840.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.723;ClippingRankSum=-6.805;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=4.975;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-6.805;QD=13.35;ReadPosRankSum=-6.336;SOR=0.310 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,29:63:99:869,0,1207 -20 10090970 . T C 1257.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.853;ClippingRankSum=-7.141;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.927;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQRankSum=-7.129;QD=18.23;ReadPosRankSum=-6.817;SOR=0.518 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,36:69:99:1286,0,1092 -20 10091214 . C T 1249.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.071;ClippingRankSum=-7.189;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQRankSum=-7.189;QD=17.85;ReadPosRankSum=-7.024;SOR=0.625 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,37:70:99:1278,0,1110 -20 10092415 . A G 1635.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.586;ClippingRankSum=-8.660;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-8.660;QD=16.20;ReadPosRankSum=-8.470;SOR=0.665 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,49:101:99:1664,0,1902 -20 10092927 . G T 106.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.348;ClippingRankSum=-5.622;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=60.191;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQRankSum=-5.622;QD=1.48;ReadPosRankSum=-5.461;SOR=5.279 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,13:72:99:135,0,1864 -20 10093568 . GT G 326.73 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.582;ClippingRankSum=-4.994;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQRankSum=-4.994;QD=7.60;ReadPosRankSum=-2.652;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,21:43:99:364,0,386 -20 10093923 . T A 1075.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.860;ClippingRankSum=-7.036;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.924;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQRankSum=-6.998;QD=16.06;ReadPosRankSum=-6.872;SOR=0.772 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,32:67:99:1104,0,1257 -20 10094251 . T A 1270.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.213;ClippingRankSum=-6.683;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=11.483;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-6.683;QD=20.50;ReadPosRankSum=-6.255;SOR=1.211 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,36:62:99:1299,0,781 -20 10094582 . A G 923.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.688;ClippingRankSum=-7.087;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQRankSum=-7.063;QD=13.39;ReadPosRankSum=-6.555;SOR=0.772 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,30:69:99:952,0,1350 -20 10094774 . C T 1036.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.876;ClippingRankSum=-7.439;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQRankSum=-7.429;QD=13.82;ReadPosRankSum=-7.068;SOR=0.690 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,35:75:99:1065,0,1282 -20 10095432 . GTGATGATGA G 839.73 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.470;ClippingRankSum=-6.054;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=1.102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.39;MQRankSum=-6.034;QD=16.79;ReadPosRankSum=-2.988;SOR=0.460 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,23:50:99:877,0,2108 -20 10095741 . A G 1075.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.857;ClippingRankSum=-7.197;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=4.721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQRankSum=-7.197;QD=15.37;ReadPosRankSum=-6.986;SOR=0.515 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,34:70:99:1104,0,1233 -20 10096293 . C T 1355.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.084;ClippingRankSum=-7.455;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQRankSum=-7.445;QD=18.08;ReadPosRankSum=-7.042;SOR=0.638 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,38:75:99:1384,0,1258 -20 10096596 . C T 1562.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.593;ClippingRankSum=-8.010;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQRankSum=-8.001;QD=17.96;ReadPosRankSum=-7.746;SOR=0.640 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,47:87:99:1591,0,1273 -20 10096768 . A C 1682.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.077;ClippingRankSum=-8.196;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=3.983;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQRankSum=-8.196;QD=18.49;ReadPosRankSum=-7.878;SOR=0.445 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,49:91:99:1711,0,1452 -20 10096899 . G T 1614.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.653;ClippingRankSum=-7.653;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=9.606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQRankSum=-7.653;QD=20.44;ReadPosRankSum=-6.055;SOR=1.707 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,40:79:99:1643,0,1520 -20 10096905 . TA T 1600.73 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.705;ClippingRankSum=-7.842;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=11.159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQRankSum=-7.842;QD=19.29;ReadPosRankSum=-6.065;SOR=1.775 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,43:83:99:1638,0,1623 -20 10096933 . G C 1511.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.761;ClippingRankSum=-7.937;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=23.320;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQRankSum=-7.937;QD=17.79;ReadPosRankSum=-6.319;SOR=1.534 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,41:85:99:1540,0,1770 -20 10096958 . G A 1766.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.920;ClippingRankSum=-8.264;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=16.778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQRankSum=-8.264;QD=19.20;ReadPosRankSum=-7.222;SOR=1.387 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,47:92:99:1795,0,1629 -20 10097075 . T G 1445.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.133;ClippingRankSum=-8.258;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=6.613;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQRankSum=-8.258;QD=15.71;ReadPosRankSum=-6.960;SOR=0.628 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,48:92:99:1474,0,1482 -20 10097101 . C CTTT 1091.73 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.183;ClippingRankSum=-6.601;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=7.156;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.62;MQRankSum=-6.571;QD=16.54;ReadPosRankSum=-3.260;SOR=0.501 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,32:66:99:1129,0,1306 -20 10097436 . CTTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTT C 1054.73 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.357;ClippingRankSum=-7.802;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=1.851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.27;MQRankSum=-7.793;QD=11.85;ReadPosRankSum=-5.972;SOR=0.948 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,32:89:99:1092,0,2241 -20 10097437 . TTTTC T 796.73 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.571;ClippingRankSum=-6.288;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=4.241;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.48;MQRankSum=-6.237;QD=14.49;ReadPosRankSum=-1.357;SOR=1.382 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,23:55:99:834,0,1193 -20 10097626 . C A 626.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.134;ClippingRankSum=-5.866;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=2.701;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQRankSum=-5.866;QD=13.06;ReadPosRankSum=-5.029;SOR=0.324 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,20:48:99:655,0,957 -20 10097789 . T C 688.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.124;ClippingRankSum=-6.368;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=5.374;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.89;MQRankSum=-6.368;QD=12.08;ReadPosRankSum=-5.831;SOR=0.756 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,23:57:99:717,0,1190 -20 10097928 . G A 570.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.658;ClippingRankSum=-5.133;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=1.315;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQRankSum=-5.133;QD=15.85;ReadPosRankSum=-4.753;SOR=0.951 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,19:36:99:599,0,586 -20 10098110 . G C 586.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.436;ClippingRankSum=-5.133;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=6.658;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQRankSum=-5.133;QD=16.30;ReadPosRankSum=-3.327;SOR=0.069 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,17:36:99:615,0,727 -20 10098135 . C A 471.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.494;ClippingRankSum=-5.099;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=4.337;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQRankSum=-5.099;QD=12.41;ReadPosRankSum=-2.708;SOR=0.075 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,14:38:99:500,0,964 -20 10098219 . TATATATA T 295.73 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.305;ClippingRankSum=-3.873;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.94;MQRankSum=-3.873;QD=14.08;ReadPosRankSum=-0.959;SOR=0.465 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,9:21:99:333,0,461 -20 10098237 . A T 244.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.016;ClippingRankSum=-3.016;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.40;MQRankSum=-3.016;QD=18.83;ReadPosRankSum=1.408;SOR=0.836 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,7:13:99:273,0,273 -20 10098265 . T C 133.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.380;ClippingRankSum=-1.380;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.96;MQRankSum=-1.380;QD=22.29;ReadPosRankSum=0.358;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:59:162,0,59 -20 10098885 . C CA 433.73 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.267;ClippingRankSum=-4.743;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.89;MQRankSum=-4.743;QD=13.99;ReadPosRankSum=-1.766;SOR=0.518 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,14:31:99:471,0,572 -20 10098945 . T C 407.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.471;ClippingRankSum=-3.940;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=3.882;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.15;MQRankSum=-3.873;QD=18.53;ReadPosRankSum=-1.803;SOR=2.368 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,13:22:99:436,0,248 -20 10098987 . C T 379.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.244;ClippingRankSum=-4.171;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=7.005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.88;MQRankSum=-4.113;QD=15.82;ReadPosRankSum=-1.622;SOR=2.925 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,13:24:99:408,0,350 -20 10099029 . T C 334.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.764;ClippingRankSum=-4.339;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=2.032;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.32;MQRankSum=-4.339;QD=11.96;ReadPosRankSum=-1.990;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,10:28:99:363,0,768 -20 10099034 . C A 334.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.757;ClippingRankSum=-4.339;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=4.265;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.32;MQRankSum=-4.339;QD=11.96;ReadPosRankSum=-3.236;SOR=1.721 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,10:28:99:363,0,768 -20 10099044 . A C 334.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.803;ClippingRankSum=-4.055;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.94;MQRankSum=-3.995;QD=13.95;ReadPosRankSum=-3.101;SOR=0.515 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,9:24:99:363,0,768 -20 10099046 . T C 304.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.637;ClippingRankSum=-4.055;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.94;MQRankSum=-3.995;QD=12.70;ReadPosRankSum=-3.458;SOR=0.515 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,9:24:99:333,0,603 -20 10099055 . T C 256.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.260;ClippingRankSum=-3.905;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.46;MQRankSum=-3.841;QD=11.16;ReadPosRankSum=-2.614;SOR=0.665 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,8:23:99:285,0,673 -20 10099079 . C T 116.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.534;ClippingRankSum=-3.742;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.862;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.09;MQRankSum=-3.634;QD=4.03;ReadPosRankSum=1.373;SOR=1.289 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,6:29:99:145,0,886 -20 10099111 . T TTTTGTTTG 656.73 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.182;ClippingRankSum=-4.899;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.12;MQRankSum=-4.899;QD=18.76;ReadPosRankSum=-2.851;SOR=0.511 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,13:35:99:694,0,802 -20 10099140 . G T 1005.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.627;ClippingRankSum=-6.768;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=2.241;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.72;MQRankSum=-6.768;QD=16.22;ReadPosRankSum=-4.754;SOR=1.114 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,32:62:99:1034,0,931 -20 10099190 . G T 1034.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.935;ClippingRankSum=-6.935;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQRankSum=-6.935;QD=15.92;ReadPosRankSum=-6.725;SOR=0.776 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,32:65:99:1063,0,1154 -20 10099220 . A G 577.77 . 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C T 1098.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.554;ClippingRankSum=-6.935;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=2.074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQRankSum=-6.922;QD=16.90;ReadPosRankSum=-6.607;SOR=0.446 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,32:65:99:1127,0,1148 -20 10099832 . A G 1073.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.052;ClippingRankSum=-7.278;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=4.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQRankSum=-7.278;QD=14.91;ReadPosRankSum=-6.634;SOR=0.871 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,33:72:99:1102,0,1430