3º Lugar: Desafio LBB-Mendelics 2021

• Nome aleatório gerado para o projeto: x880rsfvj

Instruções para o uso do pipeline automatizado de Variant Calling desenvolvido no desafio

É necessário respeitar o parentesco do diretório data. Exemplo:

$pwd 
/home/x880rsfvj

$tree data

data/
├── amostra-lbb_R1.fq 
├── amostra-lbb_R2.fq 
├── bwa
│   ├── grch38.chr22.fasta 

Uso

Para rodar o pipeline automatizado, basta atualizar o arquivo config.yaml com o path para os softwares necessários e executar o seguinte comando:

$pwd 
/home/x880rsfvj

$cd workflow

$snakemake -np --cores 1