diff --git a/HISTORY.md b/HISTORY.md index 76c218d..7ef24b8 100644 --- a/HISTORY.md +++ b/HISTORY.md @@ -1,6 +1,13 @@ History ======= +1.6.0 (2024-01-11) +------------------ + +* Fixes a variety of bugs (#300 `pharokka_proteins.py` crashing if it found VFDB hits, #303 errors in the `.tbl` format, #316 errors with types and where custom HMM dbs had identical scored hits, #317 types and #320 deprecated GC function) +* Adds `--mash_distance` and `--minced_args` as parameters (#299 thanks @iferres). + + 1.5.1 (2023-10-26) ------------------ diff --git a/README.md b/README.md index 6337f77..d6c3db3 100644 --- a/README.md +++ b/README.md @@ -33,6 +33,7 @@ If you are looking for rapid standardised annotation of bacterial genomes, pleas - [Paper](#paper) - [Pharokka with Galaxy Europe Webserver](#pharokka-with-galaxy-europe-webserver) - [Brief Overview](#brief-overview) + - [Pharokka v 1.6.0 Update (11 January 2024)](#pharokka-v-160-update-11-january-2024) - [Pharokka v 1.5.0 Update (20 September 2023)](#pharokka-v-150-update-20-september-2023) - [Pharokka v 1.4.0 Update (27 August 2023)](#pharokka-v-140-update-27-august-2023) - [Pharokka v 1.3.0 Update](#pharokka-v-130-update) @@ -96,6 +97,11 @@ So if you can't get `pharokka` to install on your machine for whatever reason or `pharokka` uses [PHANOTATE](https://github.com/deprekate/PHANOTATE), the only gene prediction program tailored to bacteriophages, as the default program for gene prediction. [Prodigal](https://github.com/hyattpd/Prodigal) implemented with [pyrodigal](https://github.com/althonos/pyrodigal) and [Prodigal-gv](https://github.com/apcamargo/prodigal-gv) implemented with [pyrodigal-gv](https://github.com/althonos/pyrodigal-gv) are also available as alternatives. Following this, functional annotations are assigned by matching each predicted coding sequence (CDS) to the [PHROGs](https://phrogs.lmge.uca.fr), [CARD](https://card.mcmaster.ca) and [VFDB](http://www.mgc.ac.cn/VFs/main.htm) databases using [MMseqs2](https://github.com/soedinglab/MMseqs2). As of v1.4.0, `pharokka` will also match each CDS to the PHROGs database using more sensitive Hidden Markov Models using [PyHMMER](https://github.com/althonos/pyhmmer). Pharokka's main output is a GFF file suitable for using in downstream pangenomic pipelines like [Roary](https://sanger-pathogens.github.io/Roary/). `pharokka` also generates a `cds_functions.tsv` file, which includes counts of CDSs, tRNAs, tmRNAs, CRISPRs and functions assigned to CDSs according to the PHROGs database. See the full [usage](#usage) and check out the full [documentation](https://pharokka.readthedocs.io) for more details. +## Pharokka v 1.6.0 Update (11 January 2024) + +* Fixes a variety of bugs (#300 `pharokka_proteins.py` crashing if it found VFDB hits, #303 errors in the `.tbl` format, #316 errors with types and where custom HMM dbs had identical scored hits, #317 types and #320 deprecated GC function) +* Adds `--mash_distance` and `--minced_args` as parameters (#299 thanks @iferres). + ## Pharokka v 1.5.0 Update (20 September 2023) * Adds support for `pyrodigal-gv` implementing `prodigal-gv` as a gene predictor for alternate genetic codes ([pyrodigal-gv](https://github.com/althonos/pyrodigal-gv) and [prodigal-gv](https://github.com/apcamargo/prodigal-gv)). This can be specified with `-g prodigal-gv` and is recommended for metagenomic input datasets. Thanks to @[althonos](https://github.com/althonos) and @[apcamargo](https://github.com/apcamargo) for making this possible, and to @[asierFernandezP](https://github.com/asierFernandezP) for raising this as an issue in the first place [here](https://github.com/gbouras13/pharokka/issues/290). @@ -280,9 +286,10 @@ For a full explanation of all arguments, please see [usage](docs/run.md). pharokka defaults to 1 thread. ``` -usage: pharokka.py [-h] [-i INFILE] [-o OUTDIR] [-d DATABASE] [-t THREADS] [-f] [-p PREFIX] [-l LOCUSTAG] [-g GENE_PREDICTOR] [-m] [-s] [-c CODING_TABLE] [-e EVALUE] [--fast] [--mmseqs2_only] - [--meta_hmm] [--dnaapler] [--custom_hmm CUSTOM_HMM] [--genbank] [--terminase] [--terminase_strand TERMINASE_STRAND] [--terminase_start TERMINASE_START] - [--skip_extra_annotations] [--skip_mash] [-V] [--citation] +usage: pharokka.py [-h] [-i INFILE] [-o OUTDIR] [-d DATABASE] [-t THREADS] [-f] [-p PREFIX] [-l LOCUSTAG] [-g GENE_PREDICTOR] [-m] [-s] + [-c CODING_TABLE] [-e EVALUE] [--fast] [--mmseqs2_only] [--meta_hmm] [--dnaapler] [--custom_hmm CUSTOM_HMM] [--genbank] + [--terminase] [--terminase_strand TERMINASE_STRAND] [--terminase_start TERMINASE_START] [--skip_extra_annotations] + [--skip_mash] [--minced_args MINCED_ARGS] [--mash_distance MASH_DISTANCE] [-V] [--citation] pharokka: fast phage annotation program @@ -331,6 +338,10 @@ options: --skip_extra_annotations Skips tRNAscan-se, MINced and Aragorn. --skip_mash Skips running mash to find the closest match for each contig in INPHARED. + --minced_args MINCED_ARGS + extra commands to pass to MINced (please omit the leading hyphen for the first argument). You will need to use quotation marks e.g. --minced_args "minNR 2 -minRL 21" + --mash_distance MASH_DISTANCE + mash distance for the search against INPHARED. Defaults to 0.2. -V, --version Print pharokka Version --citation Print pharokka Citation ``` diff --git a/bin/create_custom_hmm.py b/bin/create_custom_hmm.py index 4193d68..ef8738a 100644 --- a/bin/create_custom_hmm.py +++ b/bin/create_custom_hmm.py @@ -118,28 +118,32 @@ def main(): # loop over each PHROG for file in file_list: - # check if MSA - if is_fasta_msa(f"{MSA_dir}/{file}"): - # read in each msa - with pyhmmer.easel.MSAFile( - f"{MSA_dir}/{file}", digital=True, alphabet=alphabet - ) as msa_file: - msa = msa_file.read() - # split the file into root and suffix - root, _ = os.path.splitext(file) - name = root - # convert to bytes - msa.name = name.encode("utf-8") - # build the HMM - builder = pyhmmer.plan7.Builder(alphabet) - background = pyhmmer.plan7.Background(alphabet) - hmm, _, _ = builder.build_msa(msa, background) - with open(f"{HMM_dir}/{name}.hmm", "wb") as output_file: - hmm.write(output_file) + # check if hidden - skip + if file.startswith("."): + continue else: - logger.warning( - f"{MSA_dir}/{file} does not seem to be a FASTA formatted MSA. Skipping." - ) + # check if MSA + if is_fasta_msa(f"{MSA_dir}/{file}"): + # read in each msa + with pyhmmer.easel.MSAFile( + f"{MSA_dir}/{file}", digital=True, alphabet=alphabet + ) as msa_file: + msa = msa_file.read() + # split the file into root and suffix + root, _ = os.path.splitext(file) + name = root + # convert to bytes + msa.name = name.encode("utf-8") + # build the HMM + builder = pyhmmer.plan7.Builder(alphabet) + background = pyhmmer.plan7.Background(alphabet) + hmm, _, _ = builder.build_msa(msa, background) + with open(f"{HMM_dir}/{name}.hmm", "wb") as output_file: + hmm.write(output_file) + else: + logger.warning( + f"{MSA_dir}/{file} does not seem to be a FASTA formatted MSA. Skipping." + ) # to concatenate all hmms diff --git a/bin/custom_db.py b/bin/custom_db.py index 93ed740..1b3b487 100644 --- a/bin/custom_db.py +++ b/bin/custom_db.py @@ -55,7 +55,7 @@ def run_custom_pyhmmer(custom_hmm, out_dir, threads, gene_predictor, evalue): best_results[result.protein] = result keep_protein.add(result.protein) elif result.bitscore == previous_bitscore: - if best_results[result.protein].custom_hmm_id != hit.custom_hmm_id: + if best_results[result.protein].custom_hmm_id != hit.name.decode(): keep_protein.remove(result.protein) else: best_results[result.protein] = result diff --git a/bin/input_commands.py b/bin/input_commands.py index cd7cbe0..670706c 100644 --- a/bin/input_commands.py +++ b/bin/input_commands.py @@ -149,6 +149,18 @@ def get_input(): help="Skips running mash to find the closest match for each contig in INPHARED.", action="store_true", ) + parser.add_argument( + "--minced_args", + help='extra commands to pass to MINced (please omit the leading hyphen for the first argument). You will need to use quotation marks e.g. --minced_args "minNR 2 -minRL 21"', + default="", + type=str, + ) + parser.add_argument( + "--mash_distance", + help="mash distance for the search against INPHARED. Defaults to 0.2.", + default=0.2, + type=float, + ) parser.add_argument( "-V", "--version", diff --git a/bin/pharokka.py b/bin/pharokka.py index bce6a6c..bcb6275 100755 --- a/bin/pharokka.py +++ b/bin/pharokka.py @@ -9,42 +9,21 @@ from custom_db import run_custom_pyhmmer from databases import check_db_installation from hmm import run_pyhmmer -from input_commands import ( - check_dependencies, - get_input, - instantiate_dirs, - instantiate_split_output, - validate_and_extract_genbank, - validate_custom_hmm, - validate_fasta, - validate_gene_predictor, - validate_meta, - validate_terminase, - validate_threads, -) +from input_commands import (check_dependencies, get_input, instantiate_dirs, + instantiate_split_output, + validate_and_extract_genbank, validate_custom_hmm, + validate_fasta, validate_gene_predictor, + validate_meta, validate_terminase, + validate_threads) from loguru import logger from post_processing import Pharok, remove_post_processing_files -from processes import ( - concat_phanotate_meta, - concat_trnascan_meta, - convert_gff_to_gbk, - reorient_terminase, - run_aragorn, - run_dnaapler, - run_mash_dist, - run_mash_sketch, - run_minced, - run_mmseqs, - run_phanotate, - run_phanotate_fasta_meta, - run_phanotate_txt_meta, - run_pyrodigal, - run_pyrodigal_gv, - run_trna_scan, - run_trnascan_meta, - split_input_fasta, - translate_fastas, -) +from processes import (concat_phanotate_meta, concat_trnascan_meta, + convert_gff_to_gbk, reorient_terminase, run_aragorn, + run_dnaapler, run_mash_dist, run_mash_sketch, + run_minced, run_mmseqs, run_phanotate, + run_phanotate_fasta_meta, run_phanotate_txt_meta, + run_pyrodigal, run_pyrodigal_gv, run_trna_scan, + run_trnascan_meta, split_input_fasta, translate_fastas) from util import count_contigs, get_version @@ -181,9 +160,7 @@ def main(): ) if dnaapler_success == True: - input_fasta = os.path.join( - out_dir, "dnaapler/dnaapler_reoriented.fasta" - ) + input_fasta = os.path.join(out_dir, "dnaapler/dnaapler_reoriented.fasta") destination_file = os.path.join( out_dir, f"{prefix}_dnaapler_reoriented.fasta" ) @@ -321,7 +298,7 @@ def main(): logger.info("Starting tRNA-scanSE.") run_trna_scan(input_fasta, args.threads, out_dir, logdir) # run minced and aragorn - run_minced(input_fasta, out_dir, prefix, logdir) + run_minced(input_fasta, out_dir, prefix, args.minced_args, logdir) run_aragorn(input_fasta, out_dir, prefix, logdir) # running mmseqs2 on the 3 databases @@ -460,7 +437,7 @@ def main(): logger.info("Finding the closest match for each contig in INPHARED using mash.") # in process.py run_mash_sketch(input_fasta, out_dir, logdir) - run_mash_dist(out_dir, db_dir, logdir) + run_mash_dist(out_dir, db_dir, args.mash_distance, logdir) # part of the class pharok.inphared_top_hits() else: diff --git a/bin/pharokka_proteins.py b/bin/pharokka_proteins.py index 11e4f30..ee5937c 100755 --- a/bin/pharokka_proteins.py +++ b/bin/pharokka_proteins.py @@ -6,20 +6,12 @@ from pathlib import Path from databases import check_db_installation -from input_commands import ( - check_dependencies, - instantiate_dirs, - validate_fasta, - validate_threads, -) +from input_commands import (check_dependencies, instantiate_dirs, + validate_fasta, validate_threads) from loguru import logger from post_processing import remove_directory, remove_file -from proteins import ( - Pharok_Prot, - get_input_proteins, - run_mmseqs_proteins, - run_pyhmmer_proteins, -) +from proteins import (Pharok_Prot, get_input_proteins, run_mmseqs_proteins, + run_pyhmmer_proteins) from util import get_version diff --git a/bin/plot.py b/bin/plot.py index 3103b88..f3425c6 100644 --- a/bin/plot.py +++ b/bin/plot.py @@ -586,4 +586,4 @@ def create_plot( fig.savefig(outfile, dpi=dpi) # Save the image as an SVG - fig.savefig(svg_plot_file, format='svg', dpi=dpi) + fig.savefig(svg_plot_file, format="svg", dpi=dpi) diff --git a/bin/post_processing.py b/bin/post_processing.py index 0a6b20c..4a9ba86 100644 --- a/bin/post_processing.py +++ b/bin/post_processing.py @@ -9,7 +9,7 @@ import numpy as np import pandas as pd from Bio import SeqIO -from Bio.SeqUtils import GC +from Bio.SeqUtils import gc_fraction from loguru import logger from processes import convert_gff_to_gbk from util import remove_directory, remove_file, touch_file @@ -353,10 +353,12 @@ def process_results(self): # process vfdb results # handles empty files without a problem - (merged_df, vfdb_results) = process_vfdb_results(self.out_dir, merged_df) + (merged_df, vfdb_results) = process_vfdb_results( + self.out_dir, merged_df, proteins_flag=False + ) # process CARD results (merged_df, card_results) = process_card_results( - self.out_dir, merged_df, self.db_dir + self.out_dir, merged_df, self.db_dir, proteins_flag=False ) self.merged_df = merged_df @@ -437,8 +439,8 @@ def get_contig_name_lengths(self): for record in fasta_sequences: contig_names.append(record.id) lengths.append(len(record.seq)) - gc.append(round(GC(record.seq), 2)) - # pyrodigal-gv lookup from teh dict + gc.append(round(gc_fraction(record.seq), 2)) + # pyrodigal-gv lookup from the dict if self.gene_predictor == "prodigal-gv": transl_table = transl_table_dict[record.id] @@ -646,10 +648,13 @@ def create_gff(self): ) # get all contigs - contigs = self.length_df["contig"].astype("string") + contigs = self.length_df["contig"].astype(str) + self.merged_df["contig"] = self.merged_df["contig"].astype(str) # add the translation table + # typing transl_table_df = self.length_df.drop(columns=["length", "gc_perc"]) + transl_table_df["contig"] = transl_table_df["contig"].astype(str) self.merged_df = self.merged_df.merge(transl_table_df, how="left", on="contig") ############ locus tag ######### @@ -812,6 +817,7 @@ def create_gff(self): index_col=False, names=col_list, ) + trna_df["contig"] = trna_df["contig"].astype(str) # convert the method to update with version trna_df["Method"] = f"tRNAscan-SE_{self.trna_version}" @@ -911,6 +917,7 @@ def create_gff(self): names=col_list, comment="#", ) + minced_df["contig"] = minced_df["contig"].astype(str) minced_df.start = minced_df.start.astype(int) minced_df.stop = minced_df.stop.astype(int) minced_df[["attributes", "rpt_unit_seq"]] = minced_df[ @@ -986,6 +993,7 @@ def create_gff(self): index_col=False, names=col_list, ) + tmrna_df["contig"] = tmrna_df["contig"].astype(str) tmrna_df.start = tmrna_df.start.astype(int) tmrna_df.stop = tmrna_df.stop.astype(int) @@ -1157,6 +1165,7 @@ def create_tbl( self.total_gff["Method"] == f"tRNAscan-SE_{self.trna_version}" ] # keep only trnas and pseudogenes + trna_df.contig = trna_df.start.astype(str) trna_df.start = trna_df.start.astype(int) trna_df.stop = trna_df.stop.astype(int) trna_df[["attributes", "locus_tag"]] = trna_df["attributes"].str.split( @@ -1175,6 +1184,7 @@ def create_tbl( #### CRISPRs if self.crispr_count > 0: crispr_df = self.total_gff[self.total_gff["Region"] == "repeat_region"] + crispr_df.contig = crispr_df.contig.astype(str) crispr_df.start = crispr_df.start.astype(int) crispr_df.stop = crispr_df.stop.astype(int) crispr_df[["attributes", "locus_tag"]] = crispr_df["attributes"].str.split( @@ -1187,6 +1197,7 @@ def create_tbl( ### TMRNAs if self.tmrna_flag is True: tmrna_df = self.total_gff[self.total_gff["Region"] == "tmRNA"] + tmrna_df.contig = tmrna_df.contig.astype(str) tmrna_df.start = tmrna_df.start.astype(int) tmrna_df.stop = tmrna_df.stop.astype(int) tmrna_df[["attributes", "locus_tag"]] = tmrna_df["attributes"].str.split( @@ -1195,9 +1206,8 @@ def create_tbl( with open(os.path.join(self.out_dir, self.prefix + ".tbl"), "w") as f: for index, row in self.length_df.iterrows(): - contig = row["contig"] + contig = str(row["contig"]) f.write(">Feature " + contig + "\n") - subset_df = self.merged_df[self.merged_df["contig"] == contig] for index, row in subset_df.iterrows(): start = str(row["start"]) @@ -1227,7 +1237,7 @@ def create_tbl( + "\t" + "locus_tag" + "\t" - + row["locus_tag"] + + str(row["locus_tag"]) + "\n" ) f.write( @@ -1239,7 +1249,7 @@ def create_tbl( + "\t" + "transl_table" + "\t" - + str(subset_df["transl_table"]) + + str(row["transl_table"]) + "\n" ) if self.trna_empty == False: @@ -1272,19 +1282,7 @@ def create_tbl( + "\t" + "locus_tag" + "\t" - + row["locus_tag"] - + "\n" - ) - f.write( - "" - + "\t" - + "" - + "\t" - + "" - + "\t" - + "transl_table" - + "\t" - + str(subset_df["transl_table"]) + + str(row["locus_tag"]) + "\n" ) if self.crispr_count > 0: @@ -1305,7 +1303,7 @@ def create_tbl( + "\t" + "locus_tag" + "\t" - + row["locus_tag"] + + str(row["locus_tag"]) + "\n" ) f.write( @@ -1320,18 +1318,6 @@ def create_tbl( + str(row["rpt_unit_seq"]) + "\n" ) - f.write( - "" - + "\t" - + "" - + "\t" - + "" - + "\t" - + "transl_table" - + "\t" - + str(subset_df["transl_table"]) - + "\n" - ) if self.tmrna_flag == True: subset_tmrna_df = tmrna_df[tmrna_df["contig"] == contig] for index, row in subset_tmrna_df.iterrows(): @@ -1350,7 +1336,7 @@ def create_tbl( + "\t" + "locus_tag" + "\t" - + row["locus_tag"] + + str(row["locus_tag"]) + "\n" ) f.write( @@ -1365,18 +1351,6 @@ def create_tbl( + "transfer-messenger RNA, SsrA" + "\n" ) - f.write( - "" - + "\t" - + "" - + "\t" - + "" - + "\t" - + "transl_table" - + "\t" - + str(subset_df["transl_table"]) - + "\n" - ) def create_gff_singles(self): """ @@ -2003,13 +1977,15 @@ def inphared_top_hits(self): ] # get contigs - convert to string to make the match work for integer contigs - contigs = self.length_df["contig"].astype("string") + contigs = self.length_df["contig"].astype(str) # instantiate tophits list tophits_mash_df = [] # read in the mash output mash_df = pd.read_csv(mash_tsv, delimiter="\t", index_col=False, names=col_list) + # as string to match the contigs + mash_df["contig"] = mash_df["contig"].astype(str) # instantiate tophits list tophits = [] @@ -2320,11 +2296,12 @@ def process_custom_pyhmmer_results(merged_df, custom_pyhmmer_results_dict): #### process vfdb files -def process_vfdb_results(out_dir, merged_df): +def process_vfdb_results(out_dir, merged_df, proteins_flag=False): """ Processes VFDB results :param out_dir: output directory path :param merged_df: merged_df in process_results + :proteins_flag bool, True if pharokka_proteins is run because we need to strip off everything before the first space :return: merged_df merged_df updated with VFDB results """ ##vfdb @@ -2370,6 +2347,9 @@ def process_vfdb_results(out_dir, merged_df): # left join vfdb to merged_df tophits_df["gene"] = tophits_df["gene"].astype(str) + # error #300 - bad merge on gene + if proteins_flag is True: + tophits_df["gene"] = tophits_df["gene"].str.split(" ").str.get(0) # merge top hits into the merged df merged_df = merged_df.merge(tophits_df, on="gene", how="left") @@ -2420,11 +2400,12 @@ def process_vfdb_results(out_dir, merged_df): #### process CARD files -def process_card_results(out_dir, merged_df, db_dir): +def process_card_results(out_dir, merged_df, db_dir, proteins_flag=False): """ Processes card results :param out_dir: output directory path :param merged_df: merged_df in process_results + :proteins_flag bool, True if pharokka_proteins is run because we need to strip off everything before the first space :return: merged_df merged_df updated with card results """ ##card @@ -2467,6 +2448,11 @@ def process_card_results(out_dir, merged_df, db_dir): # left join tophits_df to merged_df tophits_df["gene"] = tophits_df["gene"].astype(str) + # error #300 - bad merge on gene in proteins, as it takes the entire FASTA headers (which may include spaces) + # therefore take only everything before the space + if proteins_flag is True: + tophits_df["gene"] = tophits_df["gene"].str.split(" ").str.get(0) + # merge top hits into the merged df merged_df = merged_df.merge(tophits_df, on="gene", how="left") merged_df["CARD_hit"] = merged_df["CARD_hit"].replace(nan, "None", regex=True) diff --git a/bin/processes.py b/bin/processes.py index 8aa1f11..96322f5 100644 --- a/bin/processes.py +++ b/bin/processes.py @@ -430,7 +430,7 @@ def tidy_prodigal_output(out_dir, gv_flag): prod_filt_df.loc[ixs, cols].reindex(columns=cols[::-1]).values ) prod_filt_df["gene"] = ( - prod_filt_df["contig"] + prod_filt_df["contig"].astype(str) + prod_filt_df.index.astype(str) + " " + prod_filt_df["start"].astype(str) @@ -739,10 +739,13 @@ def convert_gff_to_gbk(filepath_in, input_dir, out_dir, prefix, prot_seq_df): gff_file = os.path.join(input_dir, f"{prefix}.gff") gbk_file = os.path.join(out_dir, f"{prefix}.gbk") + prot_seq_df["contig"] = prot_seq_df["contig"].astype(str) + with open(gbk_file, "wt") as gbk_handler: fasta_handler = SeqIO.to_dict(SeqIO.parse(filepath_in, "fasta")) for record in GFF.parse(gff_file, fasta_handler): # sequence in each contig (record) + record.id = str(record.id) subset_seqs_df = prot_seq_df.loc[prot_seq_df["contig"] == record.id] # get all the seqs in the contigs - and drop the index to reset for 0 indexed loop subset_seqs = subset_seqs_df["sequence"].reset_index(drop=True) @@ -773,12 +776,13 @@ def convert_gff_to_gbk(filepath_in, input_dir, out_dir, prefix, prot_seq_df): SeqIO.write(record, gbk_handler, "genbank") -def run_minced(filepath_in, out_dir, prefix, logdir): +def run_minced(filepath_in, out_dir, prefix, minced_args, logdir): """ Runs MinCED :param filepath_in: input fasta file :param out_dir: output directory :param logger: logger + :param minced_args: str with extra arguments to pass to MINced :params prefix: prefix :return: """ @@ -788,11 +792,14 @@ def run_minced(filepath_in, out_dir, prefix, logdir): output_spacers = os.path.join(out_dir, prefix + "_minced_spacers.txt") output_gff = os.path.join(out_dir, prefix + "_minced.gff") + if minced_args != "": + minced_args = f"-{minced_args}" + minced_fast = ExternalTool( tool="minced", input=f"", - output=f"{output_spacers} {output_gff}", - params=f" {filepath_in}", # need strange order for minced params go first + output=f" {output_spacers} {output_gff}", + params=f" {minced_args} {filepath_in}", # need strange order for minced params go first logdir=logdir, outfile="", ) @@ -907,11 +914,12 @@ def run_mash_sketch(filepath_in, out_dir, logdir): logger.error("Error with mash sketch\n") -def run_mash_dist(out_dir, db_dir, logdir): +def run_mash_dist(out_dir, db_dir, mash_distance, logdir): """ Runs mash :param filepath_in: input filepath :param out_dir: output directory + :param mash_distance: mash distance - float :param logger logger :return: """ @@ -924,7 +932,7 @@ def run_mash_dist(out_dir, db_dir, logdir): tool="mash", input="", output="", - params=f" dist {mash_sketch} {phrog_sketch} -d 0.2 -i ", + params=f" dist {mash_sketch} {phrog_sketch} -d {mash_distance} -i ", logdir=logdir, outfile=mash_tsv, ) diff --git a/bin/proteins.py b/bin/proteins.py index 246d8fb..54f030c 100644 --- a/bin/proteins.py +++ b/bin/proteins.py @@ -14,17 +14,14 @@ import pandas as pd import pyhmmer from Bio import SeqIO -from Bio.SeqUtils import GC from external_tools import ExternalTool from loguru import logger -from post_processing import ( - process_card_results, - process_pyhmmer_results, - process_vfdb_results, -) +from post_processing import (process_card_results, process_pyhmmer_results, + process_vfdb_results) from pyhmmer.easel import SequenceFile from pyhmmer.plan7 import HMM, HMMFile -from util import count_contigs, get_contig_headers, get_version, remove_directory +from util import (count_contigs, get_contig_headers, get_version, + remove_directory) Result = collections.namedtuple("Result", ["protein", "phrog", "bitscore", "evalue"]) @@ -525,10 +522,12 @@ def process_dataframes(self): # process vfdb results # handles empty files without a problem - (tophits_df, vfdb_results) = process_vfdb_results(self.out_dir, tophits_df) + (tophits_df, vfdb_results) = process_vfdb_results( + self.out_dir, tophits_df, proteins_flag=True + ) # process CARD results (tophits_df, card_results) = process_card_results( - self.out_dir, tophits_df, self.db_dir + self.out_dir, tophits_df, self.db_dir, proteins_flag=True ) # Rename the "gene" column to "id" diff --git a/bin/version.py b/bin/version.py index 0f228f2..e4adfb8 100644 --- a/bin/version.py +++ b/bin/version.py @@ -1 +1 @@ -__version__ = "1.5.1" +__version__ = "1.6.0" diff --git a/docs/run.md b/docs/run.md index 868a8b5..a788c89 100644 --- a/docs/run.md +++ b/docs/run.md @@ -143,14 +143,28 @@ pharokka.py \ --terminase_strand neg ``` - Of course, you can also use this functionality to reorient your phage however you wish! +As of v1.6.0 you can specify a custom mash distance threshold vs the INPHARED database with `--mash_distance` + +``` +pharokka.py -i -o -d -t --mash_distance 0.05 +``` + +You can also specify custom arguments to be passed to [MINced](https://doi.org/10.1186/1471-2105-8-209) with `--minced_args` + +Note 2 things: (1) that you need to leave off the leading hyphen (i.e. `"minNR 2"` not `"-minNR 2"`) and (2) you will need to use quotation marks (as you extra arguments will contain spaces) + +``` +pharokka.py -i -o -d -t --minced_args "minNR 2 -minRL 21" +``` + ``` -usage: pharokka.py [-h] [-i INFILE] [-o OUTDIR] [-d DATABASE] [-t THREADS] [-f] [-p PREFIX] [-l LOCUSTAG] [-g GENE_PREDICTOR] [-m] [-s] [-c CODING_TABLE] [-e EVALUE] [--fast] [--mmseqs2_only] - [--meta_hmm] [--dnaapler] [--custom_hmm CUSTOM_HMM] [--genbank] [--terminase] [--terminase_strand TERMINASE_STRAND] [--terminase_start TERMINASE_START] - [--skip_extra_annotations] [--skip_mash] [-V] [--citation] +usage: pharokka.py [-h] [-i INFILE] [-o OUTDIR] [-d DATABASE] [-t THREADS] [-f] [-p PREFIX] [-l LOCUSTAG] [-g GENE_PREDICTOR] [-m] [-s] + [-c CODING_TABLE] [-e EVALUE] [--fast] [--mmseqs2_only] [--meta_hmm] [--dnaapler] [--custom_hmm CUSTOM_HMM] [--genbank] + [--terminase] [--terminase_strand TERMINASE_STRAND] [--terminase_start TERMINASE_START] [--skip_extra_annotations] + [--skip_mash] [--minced_args MINCED_ARGS] [--mash_distance MASH_DISTANCE] [-V] [--citation] pharokka: fast phage annotation program @@ -199,6 +213,10 @@ options: --skip_extra_annotations Skips tRNAscan-se, MINced and Aragorn. --skip_mash Skips running mash to find the closest match for each contig in INPHARED. + --minced_args MINCED_ARGS + extra commands to pass to MINced (please omit the leading hyphen for the first argument). You will need to use quotation marks e.g. --minced_args "minNR 2 -minRL 21" + --mash_distance MASH_DISTANCE + mash distance for the search against INPHARED. Defaults to 0.2. -V, --version Print pharokka Version --citation Print pharokka Citation ``` \ No newline at end of file diff --git a/scripts/convert_genbank.py b/scripts/convert_genbank.py index c13e5dd..fa915aa 100644 --- a/scripts/convert_genbank.py +++ b/scripts/convert_genbank.py @@ -6,14 +6,14 @@ """ -import os -from loguru import logger import argparse import os import sys from argparse import RawTextHelpFormatter + from Bio import SeqIO -from Bio.SeqFeature import SeqFeature, FeatureLocation +from Bio.SeqFeature import FeatureLocation, SeqFeature +from loguru import logger def get_input(): @@ -55,20 +55,17 @@ def update_records(records): for feature in record.features: if feature.type == "CDS": - # Access specific qualifiers if needed id = feature.qualifiers.get("ID", ["N/A"])[0] product = feature.qualifiers.get("product", ["N/A"])[0] new_id = f"{id}_{product}" feature.qualifiers["id"] = [new_id] - # Create a new feature with the updated 'gene' qualifier new_feature = SeqFeature( - location=FeatureLocation( - feature.location.start, - feature.location.end + location=FeatureLocation( + feature.location.start, feature.location.end ), type=feature.type, qualifiers={ @@ -82,7 +79,7 @@ def update_records(records): "source": feature.qualifiers.get("source"), "top_hit": feature.qualifiers.get("top_hit"), "transl_table": feature.qualifiers.get("transl_table"), - "translation": feature.qualifiers.get("translation") + "translation": feature.qualifiers.get("translation"), }, ) new_features.append(new_feature) diff --git a/setup.py b/setup.py index 65a553a..2686bea 100644 --- a/setup.py +++ b/setup.py @@ -19,7 +19,7 @@ def package_files(directory): setup( name="Pharokka", - version="1.5.1", + version="1.6.0", author="George Bouras", author_email="george.bouras@adelaide.edu.au", description="Fast phage annotation tool", diff --git a/tests/test_data/overall/Meta_example/combined_meta_unicycler_headers.fasta b/tests/test_data/overall/Meta_example/combined_meta_unicycler_headers.fasta new file mode 100644 index 0000000..ed72b04 --- /dev/null +++ b/tests/test_data/overall/Meta_example/combined_meta_unicycler_headers.fasta @@ -0,0 +1,5429 @@ +>1 NC_051700.1 Mycobacterium phage Polka14, complete genome +TGCGGATTTTGGTCTGTACGGAACCCGGGGGTTTCGCGGTTTCCCCGAAATGGGGTCTGACCTGCGGTTT +TCGCCAGCACTTGTTGATTCCCGAAATGGGAGGAAGTCATGCCACCTGTACCTAAAGATCCTTCTGTGCG +TGCTCGTCGCAATAAGTCTGCGACGCGGGCTACGTTGTCTGCGGATCATGATGTGGTGGCTCCAGACTTG +CCAGATGGTGTTGCGTGGCATCCGTTGACGGTGCGCTGGTGGAATGACATTTGGGCGTCGCCGATGGCCC +CGGAGTACACAGACTCGGATATCAACGGGTTGTTCCGTGTGGCGATGTTGTACAACGATTTTTGGACTGC +CGATAACGCGAAGGCGCGTGCGGAGGCTCAGGTTCGGTTGGAGAAGGCCGACACTGATTACGGGACGAAT +CCGCTGGCCCGTCGCCGACTGGAATGGCAGATTGAGGCGACCGAGGATTCGAAGGCTAAGGGGTCGAAGC +GGCGGAAGTCTGAGGCTGCGCCGGTGTGCCCACCGGAGCCTGGTGACGATCCTCGTTTGAAGCTTGTGAC +CTGACGGCCTTATGGCTGTCTTGCAGGTCCCTGCTGTGGATTTAGCGTTTCCTACGTTAGGTCCGCAGGT +GTGTGACTTCATTGAGGATCGGATGGTGTTCGGCCCTGGCTCACTGTCGGGGCAGGCCGCACGTCTCGAT +GATGAGAAGCGCGCGCTGGTGTATCGCCTGTACGAGCTGTATCCGCGTGGGCACCGTTTGGCTGGCCGTC +GGCGGTTCGAGCGGGCTGGTGTCGAACTCAGGAAGGGCGTAGCCAAGACCGAGTTCGCGGCGTGGATTTG +CGGTGTGGAGCTGCACCCGGAGGCGCCGGTTCGGTGTGACGGGTTCGATGCTGCCGGCAATCCGGTGGGG +CGTCCGGTGCGTTCTCCTGTGATTCCGATGATGGCGGTCACCGAGGAACAGGTGTCGGAGCTGGCGTTCG +GTGTGCTGAAGTACATCCTGGAGAACGGCCCCGATGCTGATCTGTTTGATATCAGCAAGGAGCGGATCGT +CCGGTTGTCACCTTCGGGTGGTGAGGATGGGTTCGCTGTTGCTGTGTCGAATGCTCCGGGGTCCCGCGAT +GGCGCGCGGACGACGTTTCAGCATTTCGATGAGCCGCACCGGTTGTTTATGCCGAGGCATCGTGATGCGC +ACGAGACGATGTTGCAGAACATGCCGAAGCGGCCGATGGAGGACCCGTGGACGTTGTACACGTCCACGGC +TGGGCAGCCGGGGCAGGGCAGCATTGAAGAGGATGTGCTTGCCGAGGCGGAGTCTATCGCCAGGGGCGAG +CGGCAGGACCCGTCGCTGTTCTTTTTCCGCCGTTGGGCTGGCGATGAGCATGATGATTTGTCGACGGTGG +AGAAGCGGGTTGCTGCTGTCGCGGATGCTACCGGCCCTATTGGGGAGTGGGGTCCGGGTCAGTTTGAGCG +GATCGCGAAGGACTACGACCGTACTGGTATTGATCGCGCGTACTGGGAGCGGGTCTATCTGAATCGGTGG +CGTAAGTCGGGCTCGCAGGCGTTCGATATGACACGCCTGGTGCAGTGTGATGAGACGGTCCCAGATGGAG +CGTTCGTCACCGCTGGGTTTGACGGGTCGCGGTGGAGAGATGCGACGGCTGTCGTGGTCACTGAGATTGC +GACGGGACGCCAGATGTTGTTGGGCTGTTGGGAGCGGCCCGAGAACGTCGAAGAGTGGGAAGTCCCTGAG +CATGAGGTGACAGCGCTCGTTGTGGACATGATGTCGCGGTTTGAGGTGTGGCGCATGTACTGCGATCCGT +GGGGCTGGGATTCGACGATCGCCGCGTGGGCGGGCCGTTTCCCGGATCGGGTTGTGGAGTGGGCTGTTGG +CGGCGGCGGCAGTTTGAGGCGTGTGGCTGCTGCGACGCAGGGTTATGCCGATGCATTGGCGACTGGTGAC +GCGGCGCTGGCTGCCAATGTGTGGCGGCCGAAGTTTGTTGAGCATATGGGTCATGCGGGTCGGCGTGAGC +TGAAGCTGGTGGACGATACGGGCCAGCCTCTGTGGGTTATGCAGAAGCAGGATGGCCGTTTGGCCGACAA +GTTTGATGCTGCGATGGCGGGGATGTTGTCGTGGGAGGCGTGTGTTGATGCGCGTCGTGATGGTGCGCGT +CCGCGCCCGAAAGTGTTTGCGCCTAGACGGATCTACTAGTCGACATAGAGACAGAGAGGGGGTCAGCTGT +TGACTGCTTCAACGCCAGCGGAATGGCTCCCGGTATTGACGAAGCGTATCGACGACGGAATGTCGCGGGT +GCGTTTGTTGGCGCGTTACTCCAATGGGGATGCTCCGTTGCCCGAGTTGACAAGGAACACGTCTGCGGCG +TGGCGTTCGTTTCAGCGTGAGGCGCGCACCAACTGGGGTCTGATGGTGCGTGACTCTGTTGCTGACCGAA +TCATCCCGAATGGCATCACGGTTGGTGGTTCCGCCGATAGTGATTTGGCGTTACGTGCCCGGCGCATTTG +GCGGGATAACCGCATGGACTCTGTGTGTAAGCAGTGGGTCAAGTATGGGCTGGACTTCGGCGAGTCGTAT +TTGACGTGCTGGCGTCGTGATGACGGTACGGCGACGATCACAGCTGACTCTCCTGAGACGATGGTTGTCA +GCGTTGACCCGCTGCAGCCGTGGCGGATCAGGGCCGCTATGCGGTGGTGGCGGGACCTCGATGCCGAGTC +GGATTTTGCGATTGTGTGGTCGGGTGACGGGTGGCAGAAGTTCGCCCGTCCGTGCTTTGTGCAGTCATCG +TCCCGGCGCAGGCTGGTGACGCGAATCTCAGACTCGTGGGTTCCGGTTGGTGATGCTGTAGTGACCGGTT +CGCCGCCGCCGGTGGTGGTGTACCAGAACCCTGATGGCATGGGCGAGGTGGAGCCTCACATTGACATCAT +CAACCGGATCAACCGGGCTGAGCTTCAGTTGTTGTCCACGATGGCGATTCAGGCTTTCCGGCAGCGGGCG +TTGAAGTCGACGGAGCATGGGTTGCCGAAGGTCGATGAGAACGGCAACGCGATCGACTACGCCTCGATCT +TTGAGGCCGCGCCGGGAGCGTTGTGGGAGTTGCCACCTGGGGTTGATATCTGGGAGTCCCAGGCGAACGA +CTTCACTCCGATGTTGTCGGCGATCAAGGAGCATATTCGACAGCTGTCGTCGGCGACCAAGACTCCGCTG +CCGATGCTGATGCCGGACAGCGCGAACCAGTCAGCTGAGGGTGCGCACAACATTGAGAAGGGCTTCCTGT +TCAAGTGTGAGGATCGGTTGTCGATAGCGAAGATCGGCCTGGAGGCCATCTTGGTTAAGGCGTTGCAGAT +TGAGGGCGAATCGGTTGAGGACACCGTTGATGTGTCGTTTGAGTCGCCTGACCGTGTGACGCTGGGGGAG +AAGTATTCCGCAGCATCTCTGGCTAAGGCGGCCGGCGAGTCGTGGGCGTCTATCCGGCGGAACATCCTGA +ACTACAACGCCGATCAGATCAAGCAGGACGATCTTGATAGGGCGCGTGAGCAGATAACCCTGTTCGCCGG +CAATCCGGTGCAGCGTCCCCAGGAAGATGGATCACGCTGAGTATGCGGCTGCGACCGCTGAACTGAGGCG +CAGACTGCTCGAATATGTGTCCGCAGCGTGGACATCGGTAACGCTGTCTGACAGTGGACTGCAAGAGCTG +ACATCTTCGGTGGCACCGGTTGTCCAAGCGGCCCAAGAGTCGATGGCTGCCATGACTTCGGTTTACATCG +CAGAAGTCACCCAGCAGTCACCGGTGCAGGCCGTCGAGGTCTCCAAGATTCGCGGTGTGCCGTCGGAGAA +TGTGTACGCGCGACCTGTGATCACAGCACGTACGGCACTGTCGGAAGGTAAGAGCGTCGCAGCGGCACTC +CGGGCCGGTCAGCGTCGTATCGAGAACCTGGCGGGCACCGACCTGCAACTTGCAAAGACGCACCAGGCTA +GGGCGTCGTTCGCCCGCAGCGGCGTCCAGTTCTACCGCCGCGTCTTGACCGGCAACGAGAACTGCGCGCT +GTGCGTCATCGCATCAACCATGCGGTACCGCAAAAACTCGTTGATGCCCATTCATCCGGGCTGTGATTGC +GATATTGACGTGATCCCGCCGGGGATGGACTTCGACACGATCAGCACGGAGCTTCTCAACGAGACGCATG +ACCAGGTGAAGGCGTTCGCGAGTATCGCGGATCGCGGCGGACGCGCCGTTGACTACCGAAAGTTGATCGT +CACTCGGGAGCACGGCGAGGTTGGACCCGTCCTCGCATGGCGTGACCAGAAGTTCTCAGGCCCCAGAAGC +ATCCAGCGCTGACCCCCGGCGGTCTGGATAACGCACACATGGCCCGTAACGGGCATGTCACAAAGAAAAC +CCATCCGCAAAGGAAACAAACCCTCATGTCTGATGATGTGACAGCAGAAACGTCGGAACACAGCGCCGTA +ACGGAGCCAGTGGAACCGGCAGGCGACCAGGACGCAACCGCCACGGTTGAGGAGCCCACGCAAGCTCCGA +AACCAACCGAGACGGTCGAGTTCTGGAAGAAAATGGCCCGCAAGAACGAGGCGCAAGCCAAGGAGAACTT +CGCGGACGCCAAGAAGTGGCGCGAGTCGCAGGAAAAGATCGGCGACGACCCGCTGTCCCGGATCGAAGAA +CTGGAACGAAAGTTCGAGACGGCTGAGCGTGAACGCATCCGCAGCAATGTGGCGCGCGAAACGAAAGTCG +ACCCGGAGTTCATTCATGGCGATACCGAGGAAGAGATGCGCGAATCCGCCGACAGGTGGAACGAATTCGT +CAACAAGCGGATCGAAGAAGCGCTGAAGGCCAAAACGGCATCGTCGGCCGTGCCGACGTCGGAAGTCACA +TCAGACAAGAAGGTTGAAGGCCCGAAGCCTCTCACCCCGGCTGAGTACGCGGCGCTGCCGCCTGCCGAGC +GCAAGAAGGCGCGCGAAGAGGGCCGACTTGACAGCTATCTACGTGGAGAACTCCACTAACACAGAAGGGA +GCCAAAAATGGCTTTCAACAACTTCATTCCAGAACTCTGGTCGGACATGCTCCTGGAGGAGTGGGCCGCC +CAGACCGTTTTCGCCAACCTCGTCAACCGCGAGTACGAAGGCATCGCAAACAAGGGCAACGTGGTCCACA +TCGCCGGCGTGGTGTCACCTACCGTCAAGGACTACAAGGCCGCTGGCCGGCAGACCTCGGCGGACGCGAT +TTCCGACACCGGCGTCGATCTGCTCATCGATCAGGAAAAGTCGATCGACTTCTTGGTCGATGACATCGAC +CGTGTTCAGGTTGCGGGTTCGCTGGAGGCGTACACCCGTGCTGGTGCCACGGCCCTGGCAATTGATACCG +ACAAGTTCATCGCTGACATGCTGGTGGACAACGGGACCGCGCTTACCGGTTCGGCGCCTACGGATGCTGA +TGATGCGTTCGACCTGATCGCCAAGGCGCTCAAGGAGCTGACGAAGGCGAACGTCCCGAACGTGGGGCGT +GTCGTTGTCGTGAACGCGGAGATGGCGTACTGGCTGCGGTCGTCCGGGTCGAAGCTGACCAGCGCGGACA +CCTCCGGCGACGCTGCTGGTCTGCGCGCGGGCACCATCGGGAACCTGCTGGGTGCCCGGATCGTGGAGTC +GAACAACCTGCGGGACACTGACGATGAGCAGTTCGTCGCGTTCCATCCGTCGGCTGCTGCGTATGTGTCG +CAGATCGACACCGTCGAGGCGCTGCGCGACCAGGACAGCTTCTCTGACCGTATCCGCGCTCTGCACGTGT +ACGGCGGCAAGGTTGTTCGCCCGACTGGTGTGGTCGTCTTCAATAAGACGGGCAGCTAGCCACAGCGATG +TTGCTTGCTACCGCCGATGACGTTGCTGCGGCGCTCGGATTGCCGAGCGCCGCAGCGCTAACACCGGAGC +AGTCTTCCCGTGTGGATGGCGTGCTGGGCCGTGTCAGTGACACCTTCCAGCGCGTCACCGGGCGGGTGTT +CACCACCGGGGCCACTCGGGTGCGGGCGCAGGTCGTCAATGGGCGCGTGTGGCTGCCTGGCGTGGTGGAT +GAAGTCGAAGCAGTCACGCTTACCGGTGGAGAAGAAGTCGACTTCAACCAAGACGGTAACTATGTGGATG +TCACCCGAAATGGGTGTTCACTCGTTACCGGCACAGTGGTGATCGTCGAATATGTTGGCGGAGGTGTGCC +CGACTCTGTAACAGAGTTCGTGGCTGCGGTCGCTGCACGTCACCTTACGGTGACGCCGGGTTCGGTTTCA +TCGCAGGCGGTATCGCTGACGGCAGGGCCGTTCACCCAGCGGAACGCAGAGTGGGTGTCCGGGACGGCAG +TGTTCACCCGGGACGAGTTGGAAGATGCGAAACGGTTCGCCAACCCTGCACCTACGATCACGATTCACCG +GCTATGACGTTTCCAACCGCGTACACGGTGACGCACTATCCGCACGTCGGTGACTCGTCGGATGGTTTGG +GTAACACGGTTCCCCAGTTCGGTTCTGGGGTGTCTGTTCCAGTGATCCAACTTGCCCCGCATGTGCAGGT +GGTGGGGACGTATTCGATTGTGGAGACCGAAACGATCGATGTTGACCTGTACTTGCCGCCCGGTTCACCG +GTGAAGGTGAAAGACCGTGTGGGGTACGGGCCGGATGTGTTCGATGTGGTTGCGGTTCGTGACTGGAACA +TGGGTTTTCACGGTTGGGCGCCGGGTTTGGTGGCAGAACTTCGGAAGGTGTGATGAATCGTGGCTAACGG +TCCAACGAGGAAGAACCCTTTGGCGAAGTTCGGTGTGCGGCTGGACGATTTCGACAAACTGCCTGAGGTG +AATCAGGGCGTCAACGAGTTCATGGACGAGGTTGTTGCCGCGTGGAAGAACAATTCTCCCGTGGGCACCG +GCGCTTACCGTGATTCTGTTCAGGTGACGGAACGGTCCACGAACAAGGGTCGCGGGAAGGTCGGCGCGAC +TGATCCGCAAGCGCATCTCGTGGAGTTCGGGTCGGCGCACAACGACGAGTACGCGCCTGCCCAGAAGACA +GCTAAACAGTTCGGCGGCAACGCGTATGGCGACTGATTCAGCGCCGAGTATCCACCGTGTACTGGTGGCG +TGGCTGTCCCCTTTGGGGAAGGTTTCCACTCGCCGTTTGTCGGGTGATCCGTTGCCGCACCGTGTGGTGC +GTCGTGTCGATGGGCGTGATGTTCCCGAGGAAGGCAGCGATGTGGCTGTCGTGTCGGTGCATACGTTCGC +GGCGTCTGATGAGGCCGCCGAGAATGAGGCCGAGTTGACGCACCAACGAATGCTGGAGCTCGTCGTTAAC +CCGCTGACGGAGATACCGGTCGGCGGTGGTGTTGTTGCGCGTATCGACTATGCGCGTGTGCTGATGAAAC +CGGTCCTTGTCGAGTATGACGACGACGGCCACTTGGTGCGGCATGTGGGCCGCTACGAGATCGGTGTTCA +GTACATCTAGTTGAAGGTTTCAGCCCTGACAAGGGGCCTGGCGGATAGTGCCGGGTCCCTTTTTGTTCGC +CGGAAATTTTCGCAATCCGGTCCCTTATCCAAATGAGAGGAGCGTCCCTATGACGCAGCCATTGACCGGC +ACCGACTGGAGCGCCGGCGGATTCACTGACATTCACAAGCCGTTCATCGAGCGTGGCGGCCTGCAGGCGG +TTTTCATCCGCGACAACCGCGGTGCCGCGACGGACATGTCGCCGTTCGAGGATGATTGCGTGACGGTGAA +GTGGTCGCCGTTTGCGCAGGACGGGAAGCTTCGCGACGACCTGTTCATCCGCCGGAAGGTGAACGGCAAG +TACGAGTACAACACCGATCCGAATGAGGGCTGGTGGCACATCGGCTGCAACCCCGAGGATGGTGGCGCGG +AACGTGAACCGGACGTCACCTCTGACGATCTGATGGTGTTGCAGTCGAAGTTCCCGGTCGATTCTGAGGT +GACGGAAAAGTCGTACTCGGTGCGGTTCGTGGCGCTCGGTACTGCTGATCCGCTGATTCACCGGCTGGAG +TCGGAACTTCCGTTGTGCGACAACGCCGGTAATCCGCTGGTGGCTCTTCCCGGTACCCCTGACTACGGTG +AGGGTCCGCTGCTGGACGCTGACTCGGCGGAGTACCAGCTGCTGCTGCTGTACGCGCGCCGCACCTCGGG +CGGGTTCATTTACCGCGCTGAGGGTTACCCGGCGGTGAAGCTGGACGACCAGGCGTCGAAGCAGCGGTCG +AAGACCGACCCGGACACGGCGGACCTGACGTACAAGGTGCTGCCGAATGAGTACTTCATGCGGCCCGACC +CGGCGGGAACGATCGCTCTGGTGCCCGGCTACTTCTATGTGTGGATGGGTGGCCCCGGCTGGGCTGAGCA +GTACTCGGACGGCAGCTAGCCGGTGAATCGTCCTGCCGGGTGGGTTGGTTTGGGGCTGGCACCCACCCGG +CAGGCACCACACAAAGCCAGCCCACCGCCCCTGTATCAACCCCTTTTTGAAGGAAGCCCCTGATGTCTGT +GAAGAAACCTGAAAACAATGGTGCCGCCGCGCGTGAACAGGCCACCGAGTTCGACTCACCATTCGCTGAT +CGTGTCCTTCAGTTCGACGACGGCACCACCATGACGATCCCCCCGCACCCCAACTTGCGGATGCTCGACG +ATGATGCGCTGGAAGCCTACGAGGCGTACCTCGAAGAGATCGAAACCTATGACCGGGAGCCTGACCTGTA +CATCCCGGAGCAGACCGTGAAGGACCGCGACGGCAACGAGATGGTCCTGCCGGCGGAGACCCGTCCCGGC +GCGGTGAAAGGTCCCCCGTACTACAAGGACGGTAAGCGTGTGTCGCCGCCGCGTGAGGTGCGGATCGTTC +AGGTCGTGCTGGGCATGGACAACTACGAGGTCCTGCGGTCGAAGAAGATCAACGGTCGTGCTGCCGGTGC +CCGGGATGTGTGGCGGGCGTGGACCGAGCAAGGTTTCACGATCGCGGAACGAGCTGAGTCCGACTCGAAA +AGTGATGGAAGCTCAGTGGTTCTGGAGACTGTACCCGAGGCAGATAGCGAGTGACCTGCGGCGCTTCTTC +GGGCTGAGCGTCGCCGATTGGCATCAGGGCAGGTTGTCCAGTTTGGAGTTGCTGGACCTGTTCGGGGTGC +GGTTCGTGGACAATCCTGAAGAACATGTTCGGGAGTTGTATGTGGATTTCGCGCCGGTTGATGGTGCGGT +GGCGCGGGCTGTTCGCGGGGGCCGCTGGTCTGAGTCGGAGTTGATCGCGGCGGAAACATACAACGAGATA +GCCCGGTTCAGGGCGTCATTCCATGCATCGAAGAGCCGTAAAGCGGCGTATGAGCCGTTCGCTTTCGAGG +ACCCGGTTGATCGGCTGGAGAAGGCGCGTGCGTCGGTTGAGGCGCACGAGTTGCAGCGTGAGGTTGAGGC +CGATCTGTTCGGCTGGTGACGGGAGGTGAGTGTCTGATGTGTGCTATTGATGGATGCGATCGACGAGTCT +TCTCCCATAAGAACGGGCTGTGCGCAACACATGACCGATACCTGCGCCGGTTTGGCATTGCGGAGCCGAC +GCTCCAGCAGAGATTGTTTGCGAAGGTGGACAAGTCTGCGCCAGGTGGGTGCTGGCTTTGGACGGGCGGA +ACTACTAACCATGGGTATGGGAGGTTTAATAACCTTTCGCCGCACCGTCTTTGCTATGAGTGGGCGCACG 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+MLRTTTATVFAIAALALGIPAVADAAPAHCANHGTGHGQIYKHACATGSGGAGADWTYAT +HADGTPKMDGTKHIYKCVRHCGGGRHHVETTDTW* +>1_CDS_0028 hypothetical protein +MTKPTVKRIAGALGTGLLGGIALTSVLSWMFATGNPAIDFFIERDTLFYF* +>1_CDS_0029 hypothetical protein +MDRLGIILLKLLGPLADRIADRIADRITENLPDLSNLDDQIVAKLPDLTNLPAQVMDIID +GALRSIPVLGGILGSKR* +>1_CDS_0030 endolysin +MSFTWFADKPLRTREQVAREVHAVSLARGLDELATVIALMTISTEVGTGTGDDRKWWCPA +NDRVPATKNYPHDSRSDDNRSSGYFQQQPGPNGEPWWGTPENMMTLPQAANTFLERLSDD +YRRAANNPRLAGEFAQRVQQSAYPDRYADKWDEAWSVLRRALNETTPEEPVTENRPAYNE +FPIWSANNSARSGKPTMFLIHTQEGGGGDAAAENLAKWFQNANGVSYHYTISQASDGGVT +VVDCVDTDRAAWSVGNANSISINLCFAGSRASWTLDQWMKQSNAIDVAAYLAVQDAKKYG +FEPLVVPPPYVNGRPGISDHRWVTDVFKWGTHTDVGANFPWDYFTERVNHWAAGGKTEPE +PPKVKRFPDDWTDRELAVETLRQQRGYTLNGWPQLGGRTVVDVLGAIGAKLGVEGCYDVK +DKS* +>1_CDS_0031 endolysin +MRIDGQYVGLGLGDSSDEIRKIKAFMRRKFASYAGDLADTPLYDEQMTAAVAEMQARYSA +AGQLRAGLYIPGIINAETKYVMGYLPRPVVDTRPVLITVCGTGVPWWIGPDADTARAVED +KYLWQPIGYPAAPFPMGKSITAAITETHNQANRWRERIETHGAALAGYSQGAVVVSELWM 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+>1_CDS_0037 hypothetical protein +MAISFGGIQVLACVVHWGKCVDHCLPVFERLTAPAATIIGVHQLHISHPWPVG* +>1_CDS_0038 excisionase and transcriptional regulator +MGDAPTPRRFVKLAEAAAYLDVTPRTIRQMIADGRLTGYRAGARLVRVDLNEIDAAMQPF +GGAD* +>1_CDS_0039 hypothetical protein +MRLAENLRLGVVVIGRVAAVLAGGSPPASWRFPGEIPYRVTFRVIPPEAYGL* +>1_CDS_0040 integrase +MATKKRRTRGDGAFFQRADGKWMGRVELPPDRNGNRRYKWVSSVDRNTAMSKLKQLRRDV +EEGRIATTSSTTVEKWMLHWIDNIHAKRKVRPGVLNDYRAAIHNHINPILGAKRIDKLTP +QHVRDLHSEIGASRTAELVHVIVQKALDDAVAEGVATRNVAALVDKPEYRKKKRNGFPAD +VAQHIIHTAFQVCDEPDAVRIAAGFLTGARRGELLGLRWPYVDNPAQGWITIAWQLQSET +RVHGCGDPLPEPSPLSRPDRMPKKPPYWPCGKTRAWACPQSRWDLPAHFEYQECEGSLLF +TRPKTDAGWREVPLLPPLYVAMQKLRADNPHDLVWHKEGKPIDPRSDYDVWRGVFRAAGV +IGPTESLPPHNSRHTTSTLLRAAGVDEQTRMEILGHASVDAQRIYAHADRARHLEAMQGL +SELLPSTFALETK* +>1_CDS_0041 hypothetical protein +MVTALAVLAVVGIVSARNNNDDDDRSASQTTTPTTTTTRPNPYRTIPGDGTHNMGGADGY +DWGTYTATIPPSSPGCTWAVVSIADYRGGETLREGEAPSGTVRANIQPDGVASWTGTING +DHRIVFRTSGCGTWTMTE* +>1_CDS_0042 transcriptional repressor +MPPTVLRTSANRKSSRAVRANNAVTCNVRKLQARNCKELGLCKQWTLHLFAREHVGVNEN +KEHREDWPFGPELKRHRERVGLSQREASRRTTPPGSDKPAVSAGRWKQLETGWQINKGTL +IPIGTTASTVAAAARAVQWDVNEALAIAGFQQSDIPPPLPEPAIVRYSDDELLAEVRRRL +KEARDVMEAQTEKRTPREARQDQEGDLDAAASDTTQPRQPRTGETVGAEIRDRVARSVRA +RQRRKD* +>1_CDS_0043 hypothetical protein +MSELQHTGDQSPFDAGRIPCTQGGECRWSFYAEPTQILKRGHGGVTVGLGENNGSELAYL +YVGDGYREGDVLLDADELTDLIDQLTIIRNAMRETR* +>1_CDS_0044 excisionase and transcriptional regulator +MSTPRWATFKEAASYLRLKSDVLIREAVKNDGLKAYPIGNGREARVDLNEVDEWMKSRSY +EPRSA* +>1_CDS_0045 hypothetical protein +MSDVVERAKRSLNIYEYCRAAGVEMGAYPDNLVRELVAEVERLRAEKLGLEISESNLLVE +LRNEVERLRPRVIETVEQLDALPEGSIVEAVIGVPEVKWDGCWYAMTADAFEPDLPAHVL +YIPEVGK* +>1_CDS_0046 hypothetical protein +MSTSAPKHRSVCQLSGEVRPSGLWKALAELDAKQMKEAAELDALREENARLRCRLQELGE +TA* +>1_CDS_0047 hypothetical protein +MSNPTKANAEAIYRATNRAFDYLMRAQGELRCALALAENDYEYNDEKIRDLYGSVRLVAS +VANLEAGTWRGYARNRKGEAEALTGE* +>1_CDS_0048 hypothetical protein +MSDPAVEATARAWEWYPVPKDNPLLVRSVPLTAAREMAKPIRKLHHPIDEHGDSVEECSE +CRHRWPCDTAKLIYTSEELQR* +>1_CDS_0049 hypothetical protein +MNLVERLNARFNNVIHDGLALLGAVVDPWLARLERQAMSNALGRDFGLDYADSLVAVEAE +VEVHEPSVGHRVSADPSSTLVGDIGPGAGMVPPPPAPGPSNGWDELHKQVGPNSPKWIHD +AIDSTKQYCLSFAREFLDDDEFMELGEFLDSATAEELAAMRHQHATAAELERHLSYFTTA +PGASGVNPGVVAQSLLETYHITPK* +>1_CDS_0050 hypothetical protein +MSIQDSKPSWWDHHQTNWADLPVTTNPPMADLSHLQEFEDLAAAVMSELDRVGGWPFIPP +WHWETEPTIWEQVNGDAVVALLRDYLTEGDAA* +>1_CDS_0051 hypothetical protein +MRRNEKSWRYWWTMPLLIAAGIIGPGLTAPEAKADINSDAFVMALDSEGIPYTSKNDAIK +AGKAVCTILDTGLSMYEASIVVHENTDLSMYDSGYVVGAATAAFCPEHLSGTGWA* +>1_CDS_0052 hypothetical protein +MANSPFIQLAEVHTSDWRSRALCTHKDGDIWFLNESGHYTNDAARRICWTCPVQPQCLQW +ALKHNELGVWGGFSEKERQRIKRGELAPVKPARFTDKKCQQCGNVFEPVTQRARFCSPKC +KKRAANALRSQPSLKICTQCGGEFMGTYAKTCSNECRRAQRWGA* +>1_CDS_0053 hypothetical protein +MSIDWFAVECAVNGTPMRLNTEERRMLVRRRPKLPEVELARRAHCTVRTIERDRAELPAA +KLQSCPVCGEDAWVTTDGNMEAHPDRLFQECPLSETDWESRIAATVIWLSRRIRSGDSLP +VWAYLTSLPETERTQLLMAALAGVPDVEDPFAWITELESAA* +>1_CDS_0054 hypothetical protein +MTDLSHLLVIINEDRHSWRDKALCAQVDVGDMFFPGKGESAKPAKRICARCEVRAECLEF +ALANRENYGVFGGLSERERRPLLKANGEDQVA* +>1_CDS_0055 DNA binding protein +MSNGNRLTPEQVQTILLMTREGCSAKHIGEVVGCSARTVVRVRAAGDARLASPDQFVPLS +QEQKDFAQYLLDDGAPYNEVARTLGVSRTTVEKYFPGYGWSKKQAAEFRALVKKFRWLEA +S* +>1_CDS_0056 hypothetical protein +MCVCGHNRSRHRYQWDKFRGRWDTGCDATNYHGPAGHERCHCSKYQDKDET* +>1_CDS_0057 hypothetical protein +MIIDTKSQADMRPIWQRMESAAATIRTAARIHGDAPEHLQETWEWLRNWAEQWEESPPPP +PPRDAVVDSRILNAYGDAKAAAAAADDARCRLYELLHEGPELEFLDREAIELDLEVLNTS +VSRINAVIGSLDRLADRWTA* +>1_CDS_0058 hypothetical protein +MSTETQTLTWEWFTGFVGPGRWRAELPGDRRNAWINPSDVAGDFRWSVEDNTCARVLAWG +YEETLDAAMAAAAAAAEVTE* +>1_CDS_0059 hypothetical protein +MSLKTRPPTGAVPWPLILVEGGEKAGKSWAAAVLSSSDKVGRTLWIDWAEGAADEYGAIP +GARYEVIEHDGTWTSIMEQVRAARDEAQRAIDAGEKPVVLVIDSMTAEWDDLKEWVDNKA +RRREANLKKLERDPEAEIVISTDLWNLATARHKELMRILMRFPGIVVMIARGADQVAMEN +GKPTSQRTWKVEGQKNLAFDASVWVRLNRGEHPQIIGARSVHAGIIPGEDKPRRVPDLTL +EQLVFDILKCDPKTAHVRELESVQDRVLELMDLIAAAESRDVLTGLWRDAKAGELLNVGV +ADGPTVQEALAARAQELEAKQADAS* +>1_CDS_0060 hypothetical protein +MSDPFQMLQVSTQNHQMTILRDEGLYRHIRFQEPGTGIWRFDLVTWPGHLVITGDLEDYH +FARIDDMFEFFRNPVGYINPQYWAEKLRGPVQAKTFSEEVFKRRVYEVFRDWCEWNDGPH +RWLWRDICDRVLRDDYGDVASEDQAHRALMDFRHTNAAGNQFEFNESWEWDLKDFDWHYL +VSLHAIVWGINQYDQARQQANA* +>1_CDS_0061 HNH endonuclease +MSRRYTGFPPEVKELIWTRAQGRCERCNEYASDATAHHRRPRGLGSTRREETNFASNGGW +LCGSCHRHVESYRTQAFADGWLVRQSQSPITVPVLYRGNWVLLDDDGFVYRIPTEAAK* +>1_CDS_0062 DNA methyltransferase +MNPYYQDDQVTLYHGDCLDVLAELPDRSVDAVVCDPPYGLEFMGKEWDRLGDIGKASHQG +FTDGSGFKGFKLPASYNASANVKCQRCSRWRFDHIGRKCECAEPQWPNVRAQQGRTMQEW +HHQWAAECLRVLKPGGHLLAFGGSRTWHRLAAAIEDAGFEIRDSIAWLYGSGMPKSLDVS +KAIDKRPGVASHAEFAAHLRERREAAGLSAADVSEAVVGTRSGACWNWEHHQFPEAKWWP +KLRDLLDLDEARWGHVIAEAERETVGVGTSGKTANMGGLRGVETSTGVFDITASATDAAK +RWEGWGTALKPSHEPIVVARKPLVGTVAANVLEHGTGALNIDACRIHTSGSEGRAYTVKR +FKPGAELNRTGGNWRPDEGVEYQGETKDGRWPTNVVLDEDQAAELDAQTGVQKSGTAVQR +NGGGQKIFGGIAGGERSAGARPDAGYGDEGGASRFFPVFRYEAKAPGAERPSVVTTKLRL +RADLTPEQVDHVVARLREAGVEID* +>1_CDS_0063 hypothetical protein +MRDFNVDEIPADIRPYFEEVRGASVAHPT* +>1_CDS_0064 methyltransferase +MRPWRTPPRAVKPLTLMRWLVRLVTPPNGVVLDPFAGSGTTAEACIHEHKRCITIEREAD +YLPLIVNRLSKPIEIGFDFEEPA* +>1_CDS_0065 hypothetical protein +MSNRPHFYVDQWETLSKCTFWWTVSRPNGQIILTSEMYNRRSDAKRAARMFIREVFSSIV +FRYYNRDGERVQENIRDWLRR* +>1_CDS_0066 hypothetical protein +MYTVSGTWPHYIVTGGTEPPKCFNSTVTVVKYLEQILQQGDTINWQVP* +>1_CDS_0067 hypothetical protein +MITVVCGECARTQGRPVSAEFTSTDEAEAFIRRHHALADHRAHIPEEAASDRLSVV* +>1_CDS_0068 hypothetical protein +MTDCLLCDHPRSSHAPQCRVRMGVNRDDMNTYTICLCPGFEGAEEENDHLA* +>1_CDS_0069 Rnase H +MPDVHIGFTGTRDAMPQVRRPDGDDPAMSRPIYAYDTEFLEDGRTIELISIGIVCEDGRE +YYAVNNDMDQERIRRDRWLLANVWPHLPLRGYKTKPATVGGTIKDIIDTTGHLDTTSVLV +KPKWVIANEVREFLLAVDPPQLWANYAAYDHVVLAQLWGRMISLPKGLPMFTHDLQQLLE +TMADFEKPEQDGTEHNALEDARWVMKVLRAAGKVPSA* +>1_CDS_0070 hypothetical protein +MNATEDGLEPLGEAPDLGAPHYPMSAEVTFHRARCTKCGDIETDYGDFSAYGDPGGAINA +VLAAADWFGRSAPTGELIDFGGGRMGQRYQLVELLCPDCRRCEVCGTAKAYPIDDHLVCE +DHEDHEFEAAP* +>1_CDS_0071 DNA methyltransferase +MKLGSLFSGAGGLDIAVEQFFGARTVWHCELNPAASKVLAHRWPGVPNLGDITAVDWSEV +EPVDILAGGFPCQDVSAAGRRAGIAEGHPLGPVGAVRRSH* +>1_CDS_0072 DNA methyltransferase +MVIENVRGLLSARAYRAMESEEAAVGDGADGPVLRALGAVLGDLADLGYDAQWITLAASD +VGAPHRRERVFILATPVASSASLGELARGASAQETGTQPSDGSGDHRREQPAGDSDGHQN +TLPGTVRDLLPTPSASDGTGGGQHPDRREGHSRQLCDYALLDGTSRWGKYAAAIARWEAV +AGPAPSPTEPNKNGNPRLTAAFPEWMMGWPAGWVTAVPGISRNDALRICGNGVCPQQAYA +ALQILVRVSACEVAE* +>1_CDS_0073 hypothetical protein +MDAAELAAWRRKRRYHRSAWGRPRMPIPNETKPQPTEAKR* +>1_CDS_0074 hypothetical protein +MNDPAIEAAYRYRQQQYPNADGLVGLAREALKPVRGVHERWAARYADRYSGGALLIKALL +DELAPLLYTSEELES* +>1_CDS_0075 DNA methyltransferase +MSDRNHPYYQDDQVTLYHGDCLEITEWLAADVLVTDPPYGMSYQSGQRAEKFQAIAGDKD +VQCRDRALAVWGTERPAAVFGTWRVAKPANVRQCLIWDKRGAGPGMGDLTTAFGTSHEEI +YLIGHWAKRSTRRGSVITTESSPSALTSRIGHPTPKPIGLMETIIAAAPEGVVADPFAGS +GSTLVAARNLGRRAIGVELEERYCEIAAKRLDQMCLDFGGAS* +>1_CDS_0076 hypothetical protein +MSDPRIRLLFSRRELIAMQRCELCGWHPKTQNHHPDCPRYETEE* +>1_CDS_0077 replication initiation protein +MPWFYVDDAFADSKPVMQLDSRIRNEAVGLWVRCGAWSAKEETDGHVPLDVVKGFGGTPR +LIRALQEQAGLWQKQGCDNTQYKDETTVDTTRQSQPKSREIVFANWEKWQKTKAENEARR +RREAKKKSTWRAGKKGRDYVAQDGQVSTGDMVVDTDLLSTGDSMGESRYPDPTRPDPTLI +PLVTSSRGVTSVDANVDSPRPECPDHETNSETTNCIPCMKRRKWDKEHPDYFKRLEAEQR +RRQAEARQAAIDACSLCDEFGDIEIDDAVKKCDHPNVRKAGSL* +>1_CDS_0078 hypothetical protein +MRDWRGTTVHQEALRVRCRDCLAGIGEPCVVRDEKGRVVKVLEAFPAHSHRIADSRSAGS +RGTDTSPAPKVAQRGVQPPQSTPGDK* +>1_CDS_0079 hypothetical protein +MAQRKGGFDWIRSNYGVPAKRGMRVIFDGRPGRIVSVDGPYLMLHLDGDPWDWRTRVHPT +WRMEYLT* +>1_CDS_0080 hypothetical protein +MGLAHSCTSDVAHGVPDMTMFVSSPDDPRVLEAVSCRSCDICKAPKGQPCSNTILPGKPL +PGRVIHFGRLTDRNREPKGDE* +>1_CDS_0081 hypothetical protein +MNNQEKLARIREFCNSVPERDPGYEVACDIRDFIDGHADLMEE* +>1_CDS_0082 hypothetical protein +MAVHNHGPDDPAHPFCGESMVGGKLTGECLKSELARAYYNAWVWSGCDGSRWDRLSEEAR +SDWVRQAHRWLFVIRATGEEA* +>1_CDS_0083 hypothetical protein +MSSEAQNLMIEVIDAHTYNGADRGFLGEHRVEYCICGWSEEGDGVHTAHVASEVDKALGQ +RPQPDSLPTGRRYLMSDVVERAKATLEGVTEGPWTFQHWGGQNQNGDYAESILFDGAGES +MTYGLPDRDGEFIAQARTLVPELVAEVEELRLVVAAAAVALRGETR* +>1_CDS_0084 site-specific recombination directionality factor RDF +MTLSDAIDRINAERVAWLRFCEAATARGDKEDCLVSGGRASGLADALVILSKVGSR* +>1_CDS_0085 hypothetical protein +MSTPWWIVFWVILTIELFSFALTFAPMSLWRRIDQRNPNLAGGLWGFSHPYGPRLRVGEI +KPWYRED* +>1_CDS_0086 hypothetical protein +MGLDTTHDSEAQNLMIEVIDAHTYNGADRGFLGEHRVEYCICGWSEEGDGVHTAHVASEV +DKALGGLRPEYIARHESGGGTIHGTRVNAEIAMRSYVVFPPGVDDPGSGRLTGIESRWVS +GWSEA* +>1_CDS_0087 hypothetical protein +MSDADTARRNGWTVGTRLAGDEGRGETIIEITAIGEQHVLAKTISHAGRPAPYGESLWTF +VCRDWREVPR* +>1_CDS_0088 hypothetical protein +MDVRVPGLAGGSAVIQVHCRECNRVWDQSCTDCAEWKADRHSINTGHTDIHIIPDTTPPR +PVVDQGWAEWLTKGKP* +>1_CDS_0089 hypothetical protein +MTTPERADLVERAAQAICETTSSGRMFPWNTLTEQEKDAWLRMADAAFDVLVEAWFPPF* +>1_CDS_0090 hypothetical protein +MSLEEVENTRMIRTEHGWTPEPELDPAWPDLVKLRWNAALIRDETGLSVTVHEANYSIGG +VQQTGWYSVRLRYGMTSSVSVAHSYDSAWTYLNGIRAGAQAVQNQ* +>1_CDS_0091 hypothetical protein +MTRTLFPILMIQYGQFVLRPMIDSGVDPWVVGTVFAAPLVGFLVGCVREPQLLNTKDQP* +>1_CDS_0092 hypothetical protein +MSVYALKQPRPDGGEWIQEHDSLEDALEFQSHSGGILVRREAVPGQPGLWWVEVNTELPS +DVGSVVQSEPNQEGITDV* +>1_CDS_0093 hypothetical protein +MSDARVGAWIAAWDNLNQVNETLKAQYSRGRIEDPDEYRAVLQMSADIYTHLADVPAEVG +VAAAELLEHREKELQEQEAMFRKAFDDE* +>1_CDS_0094 hypothetical protein +MTQPIDTDTHVETPTKPKHMDPNKLRHTLYRLTIDWLQLHIQLPTPPHRQTPRRTKTHTY +GHPAEWASDTTALIADVMTSWHDYLAEQRNETPPPKGNEQTRIIAAWKYLEPRCEQLTQL +VTYDDLKELPDLHHRIIRTLGYTKTPKYTLPVPCPSCGLLSMERTIGMGGNDYIACGNPD +CTYIVRDDPDGKNYKWLIRVCLDTLIESEQQQAG* +>1_CDS_0095 MerR-like transcriptional regulator +MAGTAVLTPDGIDTLVTAAEAAALCGVTTSTIYVWVNRGTLAPSGKNRTGHNVYRVLDVA +KAEHATRVKARRHR* +>1_CDS_0096 hypothetical protein +MSAFPPPRTLTERIEGAYFNLKLARQSGNPDIIAAAERILNQLLDRLPRPTRQE* +>1_CDS_0097 hypothetical protein +MPTKHLRVCPAPCGKVRFSACSKACRLPNDIDPESWRINLQDGAGTIGGRQE* +>1_CDS_0098 hypothetical protein +MNLTEFLTETLNNLVHPGDENTKPFPILLPGLRTVSVPPELAGQFAEEAGLPHLDTPKLV +AEALAAAITQNYVILTREEHEQLRQQAADAPTGHRVINIRTTPTGQPVLSITIDKASNDV +VVPAKALQKAAEQ* +>1_CDS_0099 hypothetical protein +MIHIEVDGKVLMHSDPGEWITTPPDIPAVQKAGPNEPWMLLVQAALAKAATLAMAGKRPE +ETTICVTTRKNGWIVDYTNG* +>1_CDS_0100 glycosyltransferase +MDVVVNGTRYVPETTSGATTIGIGVTTRNRHTIADRTIEHIRSRTPNAKLVIVDDASDQP +YPAATYRFPQRAGIARAKNKCLELLNGCEHIFLFDDDCYPIADNWFQPYIDSPEPHLMYQ +FVDLANGHRLNDVTKVYDDGHHFALTGARGCMIYVHRSVIETVGGLDPEFGGWGWEHPSW +SDRIYNAGLTTFRYGDVCGSNKLIHSMDEHLEVKRSVPTEERKAVAARNADLYWQHHYTS +SHHIPIVEPDRRVVLTCLLSNKPDPQRNTRMRPDVKLLETLITSIADAETVVLCDNPLTH +PQASFERVTSPVDNPYFARWYLYYQWLRANPDVQWVWCVDGTDVEMLNAPWKHMETGKLY +VGHEPAVVGIDWMRDNHKATHLQTFIDTHADHTLLNAGIVGGDRETVLTFTHDMIADHED +QQRRIWHKEDTKGTIIGDMATLNYVAYTKHADRLVYGPRVATIFKANERNPWSWWRHK* +>1_CDS_0101 hypothetical protein +MDQNLKPGDDVWVDFDGLEHEGTVEKIQAGGWVRCSIVIDPEYDYGSITPRLAPHITVAV +KTTRIRPR* +>1_CDS_0102 glucosyltransferase +MNHTIGIVAHTTRAEQAHQLMETVGAAYMNIDNGALGCESNHRKVWQHLTKFNTDWLVVL +EDDAIPCNNFRDQLHAALTAAPTPVVSLYLGRERPREYQQRIAKAADTTAHWLTCRRLLH +AVGTAIHTDLVPHMLNNLPNGKPIDEAITAWARRAGHTIAYTWPSLVDHADTPPVIATRN +DNQPRPPGRVAWQHGGRDTWTTDTQPI* +>1_CDS_0103 hypothetical protein +APSGAAQTPPRGGCWGGVSAGQRLAGGSAFAQVGAHFGPPANFRPAFDQVFDLGPAFDQV +FDPCASARDLGAWHALHRVRRLSSVSAPPRDRGCMWSAWSSPVLGCAWRPHCWQVQLSRR +NVACCRRCGTLRPWWLPQRCVVCWGHVPVVVSVVQLGCRQTLGARGIRLVGCQWSRCLVR +RVAMRRVLVVVVGCRFWLR* +>2_CDS_0001 integrase +MKTRCYDGKKWQYEFKHEGKRYRKKGFRTKREANSAGLDKLNELRSGFNIDNYITLAEYF +ENWIKTYKQPVVKENTYRHYRNALQHIQKHKIGKMELSKINRQVYQKFINDYSKEHAKET +IRKTNGAIRSALDDALYDGLIFKNPAYKVNYKAGKPTKSEQEKFISVTEYEILKDHVRKK +RTRSSLALFIMICTGCRVSGARNIKIEHINQVKNTIFIDERKTDTSPRYISIAKSDMKHI +MDVISTFAISYDGYIFKEAGSIINLQAINNALKSACRVNNIPIITSHALRHTHCSYLLAK +GVSIHYISKRLGHKNIAITTSVYSHLLEEKFNEEDKKTTKILESM* +>2_CDS_0002 Na/K ATPase +MTQFLGALLLTGVLGYIPYKYLTMIGLVSEKNKIINTPVLLIFSIETCLIWFYTFIIFNN +VDLKNLSLLQLLTGLKANIWFLIIFVLTVLVFNPLIVKFIIWLINETRKFMNLDCISLLD +KRDKLFNNNGKPVFIVIKDFENRIIEEGELKTYNSAGSDFDLLEVERQDFKVSDLPSNDE +LYIKHTLVDLKQQIKLDLYLMNEY* +>2_CDS_0003 hypothetical protein +MADKNKKQEATRSNPINKSFEKPGASENLKSTLSEKAKKKD* +>2_CDS_0004 transcriptional regulator +MREKVSNRLKHIMKIRNLKQVDIINKSKPYQKKLGISLSKSTLSQYINDVQSPDQDRIYL +LSKTLNVGEAWLMGYDVDSYRVPDEERQDETIMSKINNIFSQLTPPRQENVLNYANEQLE +EQNKVTSIDGYKESKLVSYIACGATGAGIGEELYDDILHEEVFFKEDETPSNADFCILVN +GDSMEPMLKQGTYAFIKKEDSIKDGTIALVVLDGVSLIKRVDICEDYINLVSLNPKYDDI +KVASFSDIKVMGKVVL* +>2_CDS_0005 hypothetical protein +MCYDYSRLSGKIVEKYGTQYNFAIAMKLSERSLSLKLNGKVGWKDSEIWKAIQLLDIPVE +KIHLYFFKEKVHVI* +>2_CDS_0006 hypothetical protein +MEQITLTKEECVEQCINKDLKLLDYRVQQILEGVLSESTTYGDARNKLETLKIIAESHFK +TEHASVIYKLALKKLDEKINATPIKE* +>2_CDS_0007 hypothetical protein +MDIIAICIAIFSFLLTALKYYLDYMKDSINIDVIPTRSFNYLVDDKSSYNDITFINFTKF +PISVIDVEFDIKNKVNEQKTFKPIRYKDKNYSIPFTLGPYESVECTFLLEEYPVIWEWDV +TIKVTTNKGIYIKPVIIESRTEHRESEPQVTELTSANKVSALSNPKDGFLKKFLYHLKP* +>2_CDS_0008 anti-repressor +MQALKTKSNIGEMFNIQEKENGEIAISARELYKALEVKKRFSAWAEINLKHFKENRDFTS +VLTSTVVNNGAVRQLEDYALTLDVAKHVAMMSGTEKGFDFREYFIQVEKAWNSPEMIMKR +ALKIANNTINQLETKIERDKPKIVFADAVATTKTSILVGELAKIIKQNGINIGQRRLFEW +LRQNGFLIKRKGVDYNMPTQYSMERELFEIKETSITHSDGHTSISKTPKVTGKGQQYFVN +KFLGEKQTS* +>2_CDS_0009 hypothetical protein +MQAQNKKVIYYYYDEAGNRRPVNIQYNDGYDLMIDPRFIEMTLERHPHLKNNFYGLIDGK +EFKLD* +>2_CDS_0010 hypothetical protein +MLQKFRIAKEKNKLKLKLLKHASYCLERSNNPELLRAVAELLKKVN* +>2_CDS_0011 hypothetical protein +MYIDPLKNVRFSINNVISNVEISKSMAIKQSLKPKYQLDIINRNNINLFSDFKVDFHLNN +LIEMNFNLRNSFSSLTFQRNLFSEETIKSFKELYRFDDEIVLQAQQTIRDFYINPTAIST +LAEAINSTYPINEQSTYKRHDEFVKRIENDFPHPFKKLIRWSNGIAAGADIQIFVTNYIN +ENDLHIQNSLIVAIVCLLSFLSTYCSHSKK* +>2_CDS_0012 hypothetical protein +MPHILNVTVPIPETHVLITKDEYDELIGYSLDPVWNMSDLKKKLKIASDETIKDRLLFHP +RFEKELRAQGIVHYPDENFNRWRFNARKMNKFVDEHFNEIYKERIK* +>2_CDS_0013 hypothetical protein +MYYKIGDVCQKVINVDGFDFKLAVKKQDYSILVNVLDLEDRFIDGINITDENDLYTALDI +LNQSIYEWIEENTDERDRLINLVMRW* +>2_CDS_0014 hypothetical protein +MKQTVTYLIKHKDENLFITNRPTEVNDTVKYSTDMRDAREFDGLDKTVIDMSKHKAIKKT +VTETIEYEKVEHD* +>2_CDS_0015 hypothetical protein +MTEKTNQDVDILTQLGVKDISKQNANKFYKFAIYGKFGTGKTTFLTKDNNALVLDINEDG +TTVTEDGAVVQIKNYKHFSAVIKMLPKIIEQLRENGKQIDVVVIETIQKLRDITMDDIMD +GKLKKPTFNDWGECATRIVSIYRYISKLQEHYQFHLAISGHEGINKDKDDEGSTINPTIT +IEAQDQIKKAVISQSDVLARMTIEEHEQDGEKAYQYVLNAEPSNLFETKIRHSSNIKINN +KRFINPSINDVVQAIRNGN* +>2_CDS_0016 single strand DNA binding protein +MKITGQAQFTKETNQEKFYNGSAGFQAGEFTVKVKNIEFNDRENRYFTIVFENDEGKQYK +HNQFVPPYKYDFQEKQLIELVTRLGIKLNLPSLDFDTNDLIGKFCHLVLKWKFNEDEGKY +FTDFSFIKPYKKGDDVVNKPIPKTDKQKAEENNGAQQQTSMSQQSNPFESSGQFGYDDQD +LAF* +>2_CDS_0017 hypothetical protein +MQYITRYQKDNDGTYSVVATGVELEQSHIDLLENGYPLKAEVEVPDNKKLSIEQRKKIFA +MCRDIELHWGEPVESIRKLLQTELEIMKGYEEISLRDCSMKVARELIELIIAFMFHHQIP +MSIETSKLLSEDKALLYWATINRNCVICGKPHADLAHYEAVGRGMNRNKMNHYNKHVLAL +CREHHNQQHAIGVKSFDDKYHLHDSWIKVDERLNKMLKGEKKE* +>2_CDS_0018 hypothetical protein +MNRLRIIKIALLIVILAEEIRSAKKIKKFTPEDSKGFPDITKDSIKEPK* +>2_CDS_0019 hypothetical protein +MLTYDLNSPGQKYEELRNVIKKEISNGHCNYWKSSFLFRSSLSTSEMIEKLKPYLDSGDK +LFVTEIVNNKQGWLTKEQWDFINHNIFI* +>2_CDS_0020 replication initiation protein +MATFRVYKESGNFVTVHKDFIHDSNISWKAKGILLYLLSRPDNWQIYETELEQHSTDGLS +GLKSGIKELEEIGYIQRSRKRDKSGRLNGYEYLVYEQPHHIRFSNVGKTVNGKTNNGKTV +NGKSHTTNNNSTNNDLTNNNNTNNEGSILSGNPTVSSIPYKEIIEYLNKKAGKHFKHNTA +KTKDFIKARWNQDFRLEDFKKVIDIKTAEWLNTDSDKYLRPETLFGSKFEGYLNQKIQPT +GTDQLERMKYDESYWD* +>2_CDS_0021 DnaC-like helicase loader +MKPLFSEKINESLKKYQPTHVEKGLKCERCGSEYDLYKFAPTKKHPNGYEYKDGCKCEIY +EEYKRNKQRKINNIFNQSNVNPSLRDATVKNYKPQNEKQVHAKQTAIEYVQGFSTKEPKS +LILQGSYGTGKSHLAYAIAKAVKAKGHTVAFMHIPMLMDRIKATYNKNAVETTDELVRLL +SDIDLLVLDDMGVENTEHTLNKLFSIVDNRVGKNNIFTTNFSDKELNQNMNWQRINSRMK +HNARKVRVIGDDFRERDAW* +>2_CDS_0022 transcriptional regulator +MVTKEFLKIKLECSDMYAQKLIDEAQGDENKLYDLFIQKLAERHTRPAVVEY* +>2_CDS_0023 hypothetical protein +MPKEKYYLYREDGTEDIKVIKYKDNVNEVYSLTGAHFSDEKKIMTDRDLKRFKGAHGLLY +EQELGLQATIFDI* +>2_CDS_0024 hypothetical protein +MSKYNAKKVEYKGIVFDSKVECEYYQYLESNMNGTNYDRIELQPKFELQPKFGKQRPITY +IADFSLWKEGKLVEVIDVKGKATEVANIKAKIFRYQYRDVNLTWICKAPKYTGQEWMVYE +DLVKVRRKRKREMK* +>2_CDS_0025 hypothetical protein +MQQQAYINATIDIRIPTEVEYHHFDDVDDEKDMLAKRLDDNPDELLKYDNITIRHAYIEV +E* +>2_CDS_0026 Panton-Valentine leukocicin +MAKAARIVRIHDKPYRFSKFEMELIESHGITAGMVSKRVKDGWELHEAMDAPEGTRLSEY +REKKTIERLEQARLERKLERKRKREAELRRKKPHLFNVPQKHSRDPYWFDNTYNQMFKKW +QEV* +>2_CDS_0027 virulence associated +MPKTDSACKEYLNQFFGSKRYLYQDNERVAHIHVVNGTYYFHGHIVPGWQGVKKTFDTTE +ELETYIKQHGLEYEEQKQLTLF* +>2_CDS_0028 hypothetical protein +MMPKFRAWDKDKKVMSFIDEIDFNSGYILISTGYKSFNEVKLLQYTGFKDVHGVEIYEGD +IVQDSYSGEVSFIEFKEGAFYITFSNVTELISENDDIIEIIGNIFENEELLEVMR* +>2_CDS_0029 acetyltransferase +MTVTLSDEQYKNLCTKLNKLLGKFHKALKERDEYKKQQDELIVDIGKLRERNKELENMWR +TLKNELLGRYEHYCFKFRELHPESKANRIGALYIGGKSTADIIMSRMEELDGTNEFYEFL +GQMEEDTNE* +>2_CDS_0030 hypothetical protein +MNNREQIEQSVISASAYNGNDTEGLLKEIEDVYKKAQAFDEILEGMTNAIQHSVKEGIEL +DEAIGIMVSQVIYEYKEELENEKI* +>2_CDS_0031 hypothetical protein +MKKFNVQITYTGMIEEAIEAESLEEAEFEAHDIARMEVPFDCDEFEINVEVEQENE* +>2_CDS_0032 hypothetical protein +MNNTLTIDQLQELLQIQKEFDDRIPTLNLRDSKIAYVVEFFEWFNTLETFKNWKKKPGKP +LDVQLDELADMLAFGLSIANQVGVSSEEIKEAIESSFKNTEFHKMFNFKDKEFAQDAVVS +TPQIIFKEFYPDQLAIVIVIDIAYNLYSIDQLIDAYKKKMKRNHERQDGTADAGKGYV* +>2_CDS_0033 hypothetical protein +MRERTKIIYRGWNKEIFILQGKNMNVIGLRQIFDELKRLYEGYKIVVIPIEVDFEIK* +>2_CDS_0034 transcriptional regulator +MTQYLVTTFKDSSGLPHEHFTAARDNQTFTVVEAESKEEAKEKYEAQVKRDAVIKLGQLF +ENIRECGK* +>2_CDS_0035 RinB-like transcriptional activator +MIKQILRLLFLLAMYELGKYVTEQVYIMMTANDDVEAPSDYVFRAEVSE* +>2_CDS_0036 hypothetical protein +MWITMTIVFAILLLVCISINSDRAREIQALRYMNDYLLDEVVKTKGYNGLEEYRIELKRI +NNDIKK* +>2_CDS_0037 hypothetical protein +MYNRKEIREMIDNYKWMKNIIDSKVYDNESTSIAQYGYQSAMPKAKGTTSNKVLVKVINK +NKALRKYDYLIKKIAFIDEYEEYITNEKDYHILQMLKQRESHNRIMSILDIGRDNFYSRV +KDIVNILYNLQQETDSSDTSYSSDTSYSSDTSYSSD* +>2_CDS_0038 MazG-like pyrophosphatase +MEISKYQEIATRTHNDELNLNEYITCYGLGLTQSTGNVTDLIKQHMFCNVPIDKGIMINE +LSEALWNIANLTNVLGINLDEIAGHSVNTILMNKPNQTINLDNGIKRGDKVLFQGSKYLV +DGSIGNLLLISNDKDDRQVTVQDVKKVDKE* +>2_CDS_0039 HNH endonuclease +MKRCGHPTCNVLINHNESYCDKHKQYANENYNDLRRRNDPEYLRFYKSKTWQNMRRIVLL +EHDFICVSCGNQATMVDHIVPTKIDWARRLDKSNLQPLCDACHNQKTKEDLKKY* +>2_CDS_0040 terminase small subunit +MAGRPKKLLSNSNKNYTKEEIIEKERQEAQLNKFSKIDTEPPHFLDEIAKQEYLRILPHM +QELPISNLDKAQLAQYCSFYSDFVKASLILEREDLILEDDKGNQKVNPAFNIKEKAGIRL +QQTANTLGLTIDSRLRIMVPDEKEDDDPYMEFVSD* +>2_CDS_0041 terminase large subunit +MTDYVTKYAKKVVSGEILASLKNIQVCKRHLSFMENPPNGCHWDNHLSNKAIKFVEMLPD +PKTNQPMPLMEFQKFIVGSLYGWRRGQYRMFTKAYISMARKQGKSLIVSGMSVNELLFGQ +YPKFNRQIYVASSTYKQAQTIFKMASQQVNLMRSKSKFIREKTDVRKTDIEDVLSSSVFA +PLSNNPDAVDGKDPTVAILDELASMPDDEMYSRFKTGMTLQKNPLTLLVSTAGDNLNSQM +YQEYKYIKRILNEEVRADNYFVYCAEMDSQEEVQDETKWIKAMPLLESKEHRKTILQNVK +ADIQDELEKGTSYHKILIKNFNLWQAQREDSLLDISDWEQVITPMPNINGKDVYIGVDLS +RLDDLTSVGFIFPNDDKKVFLHSHSFIGLRTNLEQKSKRDKINYELAIERGEAETTQSDS +GMIDYKQVIDFIVKFITTHDLNVQAVCYDPWNAQSFITTIESMALDWPLIEVGQSFKALS +QSIKEFRMWVADERIQHNDNMLLTTSVNNAVLIRDGEDNVKINKKMNRQKIDPIISIITA +FTEARMHEFQENWTEKYESEEFGF* +>2_CDS_0042 hypothetical protein +MKAKNSDFKGGDKMDLNKINVFFNFLVANLVSILFLLGLFVVNVSVYKAFGQNIGLLCIG +ITLIVISLILNHESNQERS* +>2_CDS_0043 portal protein +MGIFYKNEKRDLQYNEDDLQMMVQTLPGFQGTKLRQYKDIEAIRHSDIFTAVMMIASDLA +RMPIRVTVNGQINYSDRIVNLLNTRPNPMYNGYIFKLVVFVSALLTSHGYIEITRDKTGE +PMNLTFRKTSEIELKSDARGRLYYFHQRIDSNGNNIERNVKFEDMLDIKFYSLDGINGLS +LLDTLSRTIESDNNGKDFLNNFLRNGTHAGGILKMKGVLDNKKARDRAREEFHKSFSGTK +QAGKVVVLDESMTFDQLEVDTEVLKLIRENKSSTREIAGVFGIPLHKFGIETANMSITDA +NLDYLSTLKPYITCVCAELNFKFNDEYVNREFKFDTTEIRVVDEKTQAEIDKINIDSGKM +NIDEIRQRDGLAPIPGGNGSIHRVDLNHVNIELVDEYQMNKSRATDKKLKGGEENE* +>2_CDS_0044 head maturation protease +MSKETRVGNIIEVRSNDNNEMVIEGYALKFDTWSENLGGFKETISRRALENTDLSDVRCL +VDHIPSQIIGRTKSGTLELETDDVGLKYRCKLPNTTFARDLYENMRVGNINQCSFGFMLD +DKGDEVRFDEQENIYKRTLTAIRELTDVSVVTYPAYKDTDVKPALRSIETVKKEQRKKEL +EIRLKKHSILNNIW* +>2_CDS_0045 major head protein 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terminator +MINVTKLIRNAIIANNITDEVNVFNYTIDDHFHEKTDKPIIRIYPLPFNPDTYADDNEIS +REYHYQIDVWWSQDEPNEQAEKIVELLKVINFQCYYREPLYESDVMSFRHIIRAKGSILS +MKLEEN* +>2_CDS_0051 major tail protein +MIEKLKQAPRFLKLNLQHFADTGVSGIAIGVSNFYYAPILKDTENEWETGAGTRIRFLKE +IEVDRPQDTEEDYGDDMVAATAVSNGKLSVKTTFVTVPADDKAFLNGAKKGVGGYKYGAK +DIPPDVAIVFERRNHDESSEWVGLFKGKFTRSSIKGQTKQDKVEFQNDDVEGNFIDRLFD +ESSHVTGYDKKGSTTGRDYVFMETFGKTYDEFMSSRGEQNMEPVEKEMKKTEKVEVTSVN +VTDEQVTVKVDATKQLSATTEPSGQKVTYAVTEGQTYASVTSTGLVKGLAEGNATVTATA +GKQTDTVQITVQSNLEM* +>2_CDS_0052 head-tail adaptor +MERTSIELITGFTKTGKPQYQKYLAKPIITLFETIQGSKLGLKLNKAFKGADFKDLTEEE +FNNLSVTEQEEYKNKQEEYENNMAVQMEVLEEVLDFIVEAFDNQFTSIELQKGLPNGQEG +IEKIGQLIGRITGGEPSDTKKFVTENQK* +>2_CDS_0053 tail length tape measure protein +MPNPIGNMVIKVDLDGSGFNRGVTGLNRQMKMVSRELSANLSQFSRYDNSLEKSKIKVEG +LSKKQKVQAQITKELKDSYDKLSKETGENSAKTQAAAAKYNEAYAKLNQYERELNQATQE +LKDMQREQKALNTAMGKLGTNFNNFGPKLQEIGNSMKNVGRNMTMYVTAPVVAGFAVAAK +KGIEFDDSMRKVKATSGATGEEFEALKKKAREMGATTKFSASDSAEALNYMALAGWDSKQ 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+MDKEINNLVSQVETIKSKIQEGNYIDRGTFKDLEVEVAELRKMIVSIDKDVAVNSEKQSA +IYVQLERLDEKISELAESTKTKDTEKKDTTEKVLLLVLGAILSFVFNKFA* +>3_CDS_0004 hypothetical protein +MIKYKDILKLEFKDALAHFKRDRRYFHVYRIDRVLINGSIIYFDYYYLPSDDPNIVIKEL +DLQSFGKLRFEIDTKTSYGKVVTDNYMEIINDFLENYDIHSESETVRP* +>3_CDS_0005 membrane protein +MTYFIFGGIVSNVALTVTDKFLLKKEDPLPEYVLKKVEINDKEIRIIKKIIESNYGITAE +EIKVRAKAQRRVEEDSKKEDYNENKERN* +>3_CDS_0006 hypothetical protein +MKTKKEIKEQRKELKDGATSVSLVKKGDKRIASPSRICSLCGQQLSGMNYTKGKALSKVN +HFHLQYSKYIYFDICADINNCYKNLRKRGEMDWVQKILEI* +>3_CDS_0007 terminase small subunit +MSAENIRDIINKKKLEEEDTRKYIADGFMNGIGKLMYEFNKKVDNKEIEVKDPNDLYKLF +VIFSQMQNMVNETSEGGAIPQLSRPQQELFDEITTEDSNGESTVDLQKISEMSAEDITAM +ISEKEKVMNEENSETF* +>3_CDS_0008 terminase large subunit +MDGKELIKIAQETFQTEKITREQIDHIINMLNPSTYMLKYHTLRGHPITFSIPNRDRSKA +QAHRP* +>3_CDS_0009 HNH endonuclease +MTLEKRKQEYLKKLKQIKNDEFELLGGFTKTREKALFKHKVCGYEWYTTPYNLLKSKGTG +CPKCQYRDKSYTTDEFKKKLKDKFGYEYELIEGQEYKNSREKLLFIHNKCGTEFKITSDS 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+MQDNWIEIVDYYRQIGGKHVAVFIALNKVKYMILEATKDNKVILVDKDNNILLEDYDIVM +ESKKMFYYIEEPFEVKINIPQHIRDVTYNNTVVLTTVRGSRGD* +>3_CDS_0016 portal protein +MADLFKQFRLGKDYGNNSTIAQVPIDEGLQANIKKIEQDNKEYQDLTKSLYGQQQAYAEP +FIEMMDTNPEFRDKRSYMKNEHNLHDILKKFGNNPILNAIILTRSNQVAMYCQPARYSEK +GLGFEVRLRDLDAEPGRKEKEEMKRIEDFIVNTGKDKDVDRDSFQTFCKKIVRDTYIYDQ +VNFEKVFNKNNKTKLEKFIAVDPSTIFYATDKKGKIIKGGKRFVQVVDKRVVASFTSREL +AMGIRNPRTELSSSGYGLSEVEIAMKEFIAYNNTESFNDRFFSHGGTTRGILQIRSDQQQ +SQHALENFKREWKSSLSGINGSWQIPVVMADDIKFVNMTPTANDMQFEKWLNYLINIISA +LYGIDPAEIGFPNRGGATGSKGGSTLNEADPGKKQQQSQNKGLQPLLRFIEDLVNRHIIS +EYGDKYTFQFVGGDTKSATDKLNILKLETQIFKTVNEAREEQGKKPIEGGDIILDASFLQ +GTAQLQQDKQYNDGKQKERLQMMMSLLEGDNDDSEEGQSTDSSNDDKEIGTDAQIKGDDN +VYRTQTSNKGQGRKGEKSSDFKH* +>3_CDS_0017 head maturation protease +MEEIKFNAFVPMDLKKSVSTASDTNEYSIVSGWASTPSMDLQNDIVNPKGIDIEYFKSQG +YINYEHQSDKVVGIPTENCYVDIEKGLFIEAKLWKNDENVVKMLDLAEKLEKSGSGRRLG +FSIEGAVKKRNINDNRVIDEVMITGVALVKNPANPEATWESFMKSFLTGHGTSPDTQVDA 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+ATRTQKEIDGGIDEKQMGLKASATQKVINAVTPKLNDTNTGLIVINQARDDMNAGMYGDP +IKSTGGRAFEHSASLRIKVHKASQLKQKSELTGKDEYHGHIMRIETKKSKLSRPGQKAEA +DLLSDYMVGKEDDPILLNGIDLEHTVYKEAVERGLITKGAWRNYVTLNGEEIKLRDAEWV +PVLKDNKELYLELFSRVYGEHFPNGYSPLLNNKVIVTQLEEYQALENYYKEWATDNKQEE +QEEELKGESQEKDSE* +>3_CDS_0078 hypothetical protein +MDNLIDKNMNQVKESLGNANSSDVLPLPYKDIAKKFEEVKEKGESIIIEEGGFPYTDSTV +MYIEHVTDRWAGGYSLIRHEGEEVKVPKTIHFSDIYVKDKSHKVRIIFEGANPYEES* +>3_CDS_0079 RNA polymerase sigma factor +MKKANNGNRYVIDIDGIPVDFERDLDSLLNRYKNLRWSLYHRYAGILSNDFERQELREYI +DEQFIKLVKEYNIRSKVDFPGYIKAKLTLRVQNSYVKKNEKYKRTEIIGKKDYTVESLTE +DLNEDFEDNQIMSYVFDDIEFTEVQSELLKELLINPEREDDAFIVSQVAEKFDMKRKEVA +SELTELRDYVRFKINAYHEYYAKKELNNHRVNTENHIWEN* +>3_CDS_0080 Ig domain containing protein +MAKKNVNDVLQQESVTVADKYLQVKVNRDGYTRTHEGQYAYKVVSEGEELFLYPVQTDGK +GTLNVMKKSPIAYTDGDNIHFVVNTVVDPYNHSFIRTEDIKGLDKGKQLIQAFLAFVEDR +FKFGVYNVFVANNKEDVLSIVDPTDNDADEVKDSLEHAHEDVIADFPASPARKDVKGVDS +GEGQGDTSEPSAPKNVQVTPKEDVSAE* +>3_CDS_0081 major tail protein +MVNLAKLNLYKGNELLNSVEKTEGKSTITIENLDANTDYPKGTFKVSFSNDSGESEKVDV +PQFKTKAIKVISVTLDVDSLDLTVGDTHQLSTTITPSEASNKNVSFESDKSGVASVTSEG +LIEAVSAGTANVTVTTEDGSHTDIVVVTVKEPIPEAPADVTVEPGENSADITV* +>3_CDS_0082 major tail protein +MEKTLKVYSNGEVVGSQVANNDGATTVSITGLEAGKTYAKGDFKVAFANDSGESEKVDVP +EFTTKTPTEEPSGDA* +>3_CDS_0083 hypothetical protein +MDIPTILFRNPYDYTKVKKLMENKEQYIVVKFDSVSVHNLNVQGMMNVIQDYLHIYGYRV +KEYGQENSSKDDERDVKGYLYERVGE* +>3_CDS_0084 hypothetical protein +MGIIVNSNHIQSDTLYEYDSFFDIEKVDTFEEGLLSIQDEPTVLAGFIYDDITFNKVINS +NSDIDDYIKNNDIYYVSDIGLLPDTFITVDSDRKYYSLLQQITELSKDPFPKWVEDDAKG +LTKYYNFQDFEDVFDLNSFYKKEVDMVREKCYNNGNVYLLYEVLPDYKLPLAYSLLSNKE +HGIVIIGSQTRSNNDILTFYVKGMDAKAIASMFNVEHDYDSNIFHTFVNSHINILGNQIT +KFIREKGSSYE* +>3_CDS_0085 exonuclease +MSNYKTIEEVQAVIIGVLFKDEGKIVTSKFNKITKEFGLDRIGKDDLKEIVEDIRQDAYL +NELKNKAIKGKVTLGDLKDVADNQVFEGNNYHEEVSTYVVAKEKELSHLREQRKHNRHTA +YPQIMFDELKEHMVKELQGETLVEHHGSKANINDTELIVLLSDFHIGSIVSDMTNGKYDF +EVLKSRLNHFINTTVKEIEDREISNVTVYFVGDLVEHINMRDVNQAFETEFTLAEQISKG +TRLLIDILNVLSNVVSGELRFGIIGGNHDRMQGNKNQKIYNDNIAYVVLDSLLLFQEQGL +LNGVDIIDNREDIYTIRDTFGGKSIIINHGDGLKGKGNHINKFILDSHIDLLITGHVHHF +SVKQEDFNRMHIVASSPMGYNNYAKELHLSKTKPSQQLLFVNKENKDIDIKTVFLD* +>3_CDS_0086 hypothetical protein +MDTIFIIGVAFITFATFNIVFRLFDLWTTEKKMVSQGQPPLSNFEYYHVIVPYLVGVIVI +ILSIIFRDSLYSAQSGFGVIITSFIYMLVYVIIGLVGSFVLTIFQARKARQYQTQEDNNE +VQWYLWAIN* +>3_CDS_0087 hypothetical protein +MKFNDIYEQLIKNDTVQNIHESQDDKGNIYTIQFDKGNDKYLFNVINDGFLKEMTNGMVD +HPEGQPYSVSLINKETPSMSVKQYLTDVEDIVPTIRKMEKDFL* +>3_CDS_0088 hypothetical protein +MDFNFSAFDNSSLAMRISEGVYYFNDTPYYFIEHVEEEMSEYVIVYDIHDREEKENPQKK +YRIEPYQRTIPGGTPLSNLIKSMMPQRKYPKKVTEDPIFVANVIPLGTDTVTGKTGKGFF +ERDKDRTIYSQKEPTKVVHGQYTGVFIGLTSVKWNRTYTPLESVVEYYKRVKGDRLNV* +>3_CDS_0089 hypothetical protein +MSNDVVKFYEKDIKDLIRTKKHMFKDDEITSDINDIRIFNEKVICQGKCRTDCLVLDRNG +TVMGIEIKTERDSTQRLNNQLKYYSLVCKYVYVMCHDKHVPKVEQILKRYKHNHVGIMSY +ISFKGKPVVGKYKDATPSPHRSPYHTMNILWKTNLMTILRLIRDPHTYRTGYSYNVSGRY +SGGEGNFSQTTQSKRMKKPAIINQIIHYVGVDNTYKLFTRGVIYGYNNRWEVIEEDFFNT +MKNGVRVINEQRQTK* +>3_CDS_0090 hypothetical protein +MSKDKPNRRKEIQHQPVNFAPTNTLTGANNSFFAKKPSEPKDATSVIEYRILFIKRFDNV +TSTDVKLQKKYALNLISEALDVKETYLSLKQKGKKTESILHTDRVYYVHRGKKLIGKCSI +REQRTFKGKHLIFIFKTRHRVKAERKDK* +>3_CDS_0091 hypothetical protein +MLKGFSEHVDKPTTIKTLYKTLTSGKVELLGVSYDSDYFPSGVTVQSYIEDIGNEDEGLQ +FVNKVNVVESMKQAVVGMNNQLGSSGLGYVRTEQLKKELEETGLMTDLLARGTNLTSTKK +VDIVSTFIEPEVTYQNITIAKDIKLRLYKVEEESPLNGYTHIVYLLTTEKLYDGQTLFGM +LSKKDKLSKGDTDKLLAFFRNNSLISKSVFCVKLLSKDYYFNLYNTHETGIFFLEDTDVI +TIACGQSYVKVNTKDIKSSYVKIEDKTHKLTELVINLKGDDTLTILF* +>3_CDS_0092 hypothetical protein +MARKKNLRNKNSDIKVVPDKEKESILSKLYHNKLLRSKVDNALDEDMSYDDIIELCKEYD +LELSKSAITRYKSKRKEAIENGWDLGELIDKRKKTSVKDIKEKETPILEEEQLSPFEQSK +HHTQTIYDDIQVLDMIISKGAKGLEFVETLDPALMIRAMETKDKITGNQLKGMSFIGLRE +LQLKQTAQDTAMSEVLLEFIPEEKHEEVLQRLEELQNEFYKNLDLDEESRKLKEALDRVG +YTI* +>3_CDS_0093 virion structural protein +MADEISLNPIQDAKPIDDIVDIMTYLKNGKVLRVKQDNQGDILVRMSPGKHKFTEVSRDL +DKESFYYKRHWVLYNVSVNSLITFDVYLDEEYSETTKVKYPKDTIVEYTREDQEKDVAMI +KEILTDNNGNYFYALTGETILFDENKLNKVKD* +>3_CDS_0094 DNA binding protein +MFISLNQEEKELLTKEESKYTPLETSREFNTPKEEFIVTSYNEGKPLDYIAKEAKVSMGL +IYTVLNYYKVGKRNKKSPVEERIAHILKDKNLVKEIIKDYQYMNLQDIYSKYNLHKNGLY +YILDLYHVERKSELKDKALEEDNIVVE* +>3_CDS_0095 hypothetical protein +MRNKKSFQEQLNDMRNKEKWVSEEEFTEEVAPPEEPEVEEEKLYTLNELKESLLDAQGLK +DVVADFPASKDLYEPNKLYICTIPKGYQSTEVQPGQYIGISTGLLSESEDFSHLRGQMPR +NLYETSHVLKPLIRINNTNIEYQQHELLEDIKDDKKIYDVELEDLRLATGEEVSHLEIVD +NKFFESRINEVLDRYTELTDSNDLLKYYSKLRELVGSDKMIYCSLLDKCVKIID* +>3_CDS_0096 hypothetical protein +MSRKASIFYILVVIVLAFSISSYYISSFMYHDKAKNEVSTELSNTGKIKEEKNVEFVGDY +TLKKVEDNKAYFMETLPTYLPGRTGDNSIDMRYYKTSRFKEGVNFKLIRVYTEDGEDNPI +HKYRFEAVPTKK* +>3_CDS_0097 hypothetical protein +MEMADLERFDAFVRLISDDELSEERILELSVDLLNPILEGGTAYKAKKRIKSKFGKLEAK +NFKRNYKFLLKSIAQIDQRR* +>3_CDS_0098 hypothetical protein +MTEREKLIKDIEEANRDIQLQLKEVDNYKDSIRSKGTRNYISTKVLDSIMVGFIWWSRYC +IKT* +>3_CDS_0099 DNA sliding clamp inhibitor; arrest of S.aureus DNA synthesis +MVIPSIKAQNKFKNELEYYKQGHISESKMLELAFDYIQELEQNNEYVTNLLEEERYGE* +>3_CDS_0100 ribulose-1;5-bisphosphate carboxylase/oxygenase small subunit +MVSKFIGVYLFNLLIAIILTLTLIGTITDSIESTLAQIIVGMFIIITIYGILSALIPILV +HKAVSPGWSYTEWNESYYIRLPGEENYKYYSKWYLDLLGVKEFYYKRDNGEEVKEKNISW +AFQAEVKRPEDVNHWKNQLLTNRPLTILEYKKLKKLDKESEIRKQEDLEEYKQYNSN* +>3_CDS_0101 hypothetical protein +MISSFDSILLVIYIIIAFAVAMAIIYLVFKGMTILLDKLMMLLLSKTTLDVEACSMIMAV +ISTIVFGIIVLLIWLAVNNILL* +>3_CDS_0102 hypothetical protein +MDFNDFINSESDRVGKPKQKKKVENKLPSSTPIEDKEKKLKEIRKKSLYIDLRRKRND* +>3_CDS_0103 hypothetical protein +MTKETNVLYKDKYRDYTIVVRLAGNIIVTEVDKKHKTAFTPIIFDNGVEGVELVMRIGSV +ELNMTDLREFTKEVSTAQKALEYFNKKLYIKGLTDEAF* +>3_CDS_0104 membrane protein +MLLGILWFIWGFVSYFVLMFGIEFWKDRWMPGVIGAGTLLLFLFWIMKSIHNAMTVVYLY +* +>3_CDS_0105 hypothetical protein +MDILIIHYKETNKRVLKETIQTIQNHLNDEHGLVKMTATKLSRENIEKRFNNYNIVIAED +DPDNSYHYGEAVEDADFIIDIPISYLDIHAGIEWDVDNPVDMLDRNPDFIEAVNKLNEDL +ML* +>3_CDS_0106 hypothetical protein +MLNEKLKNLEDTKVYMINSIASLLSASTGKSSKVFFDEGTIKIVSGETKAVEVIDNLVHP +HSGRLPIKTTERIALGRLTDSLQFVISEIEVVKDQIIDEENEAYIDFVMEDWNWD* +>3_CDS_0107 hypothetical protein +MPMDLLTIASVAFIAVVIVDLINDDMSYMLTGTAILINIWAGFYGWFFLLQAGMLLFLLL +ARKVKDDKESILYSSASLICALGMIINLLSFS* +>3_CDS_0108 hypothetical protein +MSKETIRRQFSNAIEIMATTKEWWNFPKSFDTNKEFKIKTFKNDTLVFEVREGSRNLGSF +VVFTNIDFDYDKLEGTSTQYMINYFAKKLTKDMFNYHKLQL* +>3_CDS_0109 hypothetical protein +MREELKPFNRKQVNVKGYLDDVKYSKRRRHKGNQHGCVKITVTDVKINGIPIDHVNIEVG +ISFYEKLKELQGKRIQFVGTVYKYVKHARGRKGRIKGFYKEDYSVTLDKKLQKEEK* +>3_CDS_0110 HNH endonuclease +MIKRRKHLDHSLQPEKGWRTVPFNGYYEAHPTGLIRNKVTKKLIKGTQTRKNHPKWTAHE +IVYLINPKKTSYSRGVVIAHTFPEMISQSRGDLKNGHVCFKDGDRSNCHVDNMFIGKGNV +NKNIYKLNDSYLTRKDIEEDVNNLVNERLFSQLELLIKKNEPERITPSNHFIKRDNNVFS +ITDLSKNSLVEFELEIKNIK* +>3_CDS_0111 hypothetical protein +MNEWYALCYYNKIGKKKIPRQIKAHRDVSVLEDLKDRLEEQNPKEEYKIKTTKEFDKER* +>3_CDS_0112 membrane protein +MKLEDKVLERIDSLGNKAGNLSNQVMESLVKYQITYGIIDIVVSILVIALTIFLGKVYLK +EYKKVKMDLKESLLYDDYDDLSGIGWCYTILLILLTLFSLYAIVAGIPTDIMRLINPEVY +AVKDLIEQVKGGN* +>3_CDS_0113 hypothetical protein +MKQRDFEFEEDFVLTYECEDCKHFEDWGHDEEPEECSECGSSDLISIIQVMKILSVICVE +GILICGKMDIDIWEIIKSILKKRNQVWFVKIVMRN* +>3_CDS_0114 membrane protein +MNKAVEQASNALGQGFSAMVWHQVLVGLGFILLGLVLSLLVWVLVKKFHVPFNHPTAFVV +YSIMLVSIVASFIWGGLHVINPEYYAILELKGFIK* +>3_CDS_0115 transcription factor +MTKEELEQKVKELEAENKELKKQIERFEDEGGKTKDEQ* +>3_CDS_0116 hypothetical protein +MNSREKKILTLTVNNFLMLALDIVALVRYKKGKIKQENYNTGQISRTIVTTANSLGILYL +EEQERKEKKSVKIGTLESGTLRGFKNK* +>3_CDS_0117 hypothetical protein +MKHFILILGIVILVIALGIVLPAWILQLVLSAFGVKVSIWVCIGIFILISAIGSMFSRN* +>3_CDS_0118 hypothetical protein +MAKYESNINGENYIATPSQALREALAKLITEEKSFAEYQTKGEEQYESQLQLRHFDTMIS +QYEEAIRVLEDKYRPQIFIPKDNKEEN* +>3_CDS_0119 hypothetical protein +MKAESIARFFNDKVLQIEGYKVRFLQASSSYILDIDTIDESVLFLEAQVSTLSGKHLLDT +AITIERPETLSAKELYTEISNKLQAIVGDQTKTTIELSRYFKEEK* +>3_CDS_0120 hypothetical protein +MSNKTITNYLLNLEGIKGETYSIIAHINKQTGWGDKGDYFEISISYKADKDPRTTRYITT +EIFVDYGSNNPKEILLQLRDKIFSIVEEQVETDNDFIESIKEINSTKELEKLKPYINNEY +YSMFKSSIEKEIPVALSSEVLNRCTGKTSTLAYLALEKDLPLVVSNEPMRKMLKNKFPHL +RVASAEDYSNYDIKGEIVLIDEVDIDQLYSADKVSVDALLVGIIKN* +>3_CDS_0121 hypothetical protein +MIPVIVILIGLILFLSSGYKLVLGKYYDDVDLKILFTIFGVGIALLLGGFIL* +>3_CDS_0122 hypothetical protein +MNYRDFITDCISGGYNVHISVTEKRVHIISEMTSASYPKKEINLDELQAYVYYMNNFGSQ +ITTEGL* +>3_CDS_0123 hypothetical protein +MELVINIVAVLVGMYAIYFYVTKFSTGLSGILIVLGMAIGLYFYLDYLNVRENVIRLVSV +MFGAFLFSIEMIYNKIMFEIKKSNVQKTVRVYDKEQ* +>3_CDS_0124 hypothetical protein +MYPEIDVEELAYKLKSTREYLESITTKEVEIYEIYHLKTGKLVFKGEYIEVKELLRKMYK +ENLTLVDVDTMLSIGKGFIDVIKNISAENVFQITYKKELSTKWLKYFQK* +>3_CDS_0125 ribose-phosphate pyrophosphokinase +MIKIFSEVDKEYKPIITEKFPNGEINFKYDDLKYLVEEDLRFDVFFKWENDADLMHLYMF +TKYLEQLGIKDKAEFLEIAYLPYSRMDRVEEGHNNMFSLKYITEFINNLNYKSVWVAEPH +SPVTEELLTNSFAIDVTLKLLNQYIEMSEEPVTIVLPDKGAYDRYLFDVERILMESNIES +YSIVYGEKKRDFETGKIKGIKIIKDKNTLYDNCIILDDLTSYGGTFVGCKKALDKLKVSS +VSLILTHAERAFAEGALLSSGFKDIIVTDSMFPKNNWEKAIAKHRARINGTELQIKDIER +YL* +>3_CDS_0126 nicotinamide phosphoribosyl transferase +MLNPTLMCDFYKLSHREQYPEGTEIVYSTLVPRSNKYYEHSDNIVVFGIQSLVKKYFIDM +FNKEFFNRPKEEVINEYKRTVKFTLGQENPDAKHLEQLHDLGYLPIDVRALKEGTVVHPN +TPVMTIENTHSDFFWLTNYLETIISTQTWQAMTSATLAYDMRKMLDKYAMETVGNIEAVD +FQGHDFSMRGMSSLETAQLSSAGHAISFKGSDTVPVVDFLESYYNADVEKEMVVASIPAT +EHSVMCANGNYETMDEYETYKRMLTEIYPTGIFSIVSDTWDFWGNMTKTLPRLKDIIMER +NGKVVIRPDSGDPVKIICGDPDADTEYERKGAVEVLWDTFGGTETEKGYKVLDEHVGLIY +GDSINYERAQQICEGLKEKGFASINVVLGVGSFSYQFNTRDTHGFAIKATYAKIKNEEKL +IYKNPKTDSGKRSHKGRVAVYKDGSWEDNLTLHQWLNKQNVNQLERVFEDGKLYRDQSLS +EIREIIKNN* +>3_CDS_0127 hypothetical protein +MIYKISKHNYYSRFEHSTYPPDEGFAYVDYVDVILIGVDNPRKRKIITLKVNEFNPDDYR +VGHKYNIIKILWFEKWEWLKP* +>3_CDS_0128 hypothetical protein +MIIDKLNGVKLEIGGHVVSFSVRKFNTINGERQLIDYHHIKRNRQQYFRTTEEFYNEYKE +IKPDKNEIDEMFESLGYVDTELDDVVRNQEKVTEILGVSEQYLNQLSYKAIEEYVDKVVT +LEIKELKGEK* +>3_CDS_0129 hypothetical protein +MNNNWEKEGVNYWEKEGVNYWENEDCPREYLEKAFIDLVEYVEGVTVPPKDVKQLREDKL +REDIGFYEYVADK* +>3_CDS_0130 hypothetical protein +MKKLIVLLTITISLLLGGCSPDNHEGKVVGVGEYREPTTYIKSGSVTVPVIGEMKYYVDL +ETDKGEDRVYLNKEVYHKFDKGDDFSNVGEKVYKNDELIYKGD* +>3_CDS_0131 endolysin +MYLNDYVGKFIKEDNYYGYQSTDLVSNYVQRLTLGRYKTKLNANKMKYERLPSSWKIIKA +KDLLRTDDYREGDIFVSERISVFGFNGIIVYNHDFNNVTVITQNRDGKATNPVEEHLYPK +KDIDYIIRPIERDYREYFKKSDSKEKVTLSKQEYKKLLEAYNKMKEVFK* +>3_CDS_0132 hypothetical protein +MNSTKLVEYFTNKQGKSLILPDENKVELYRVDVTPYTMRLNFTYNTEVVAIDIDKLHSDS +IEMHIPQGLYITTVVKITSTQSISSVLHKVLEEWVRQVQNDGIFGFVWE* +>3_CDS_0133 hypothetical protein +MISIEHDYTIRTVDNRKYTYYSKYESLVTLYENIMSKDCIEVTKYGKDKKVIIDTRHIVS +IERW* +>3_CDS_0134 hypothetical protein +MINAGHAKYLSEIYEDDVHYETIDSIVEDILDNINDGIIEEAMKGNTSYQYVLRDLRVDN +EVEYRVIEELTNQGYSVNHISNDIEYPSISTNNLAGLDYLNIKW* +>3_CDS_0135 hypothetical protein +MINKYKKLWDEITQQIVNVEIINFKNETVTIESTDDSGLSEIRGFEEVEFIDYYG* +>3_CDS_0136 hypothetical protein +MDLFAKIIIMSIGVVPLLTIIVAQLITDYHDNH* +>3_CDS_0137 hypothetical protein +MLTNEEDIEWEPNQVKLSTFVMYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYY +YYYYYYY* +>3_CDS_0138 hypothetical protein +MIDIYLGEGYNKEYLSKALRLINDHAPRELSYDFNNVEADVNIHTMLYVKPEDRFIYKDI +SYYFPGDLIICIVDDDAIVYHQGEQISGISILRILEEIF* +>3_CDS_0139 hypothetical protein +MIGITILITIMSISTISMYIYFLVDLIQSIRYNSFDKVINVITFVLMTVIIASGILAILG +I* +>3_CDS_0140 hypothetical protein +MIHIFVKEDYNKETLRSLLEYINDTVGRELTYGINTDYDKDVVIETDDPIDEEDTIELSG +TNMFKDDLCILIEELYCKAFVNGEPVIIRKYVEEML* +>3_CDS_0141 hypothetical protein +MIIIFLTEKYDAKALKKVLEHIDNCSSRGLSYLMGKGEADVCIEKNVFRERDDVRINSNI +IDEGKLCILINRHGLECSYYRGISCNIGSFVKERL* +>3_CDS_0142 hypothetical protein +MIEIYLSENYDKNLLKAELKWIKETASRELTYDVNRSPGLDVYVNPYRCTKDEVEEWSTL +PPFEDDILVFIAETWIHEYLKGESIGVDSMEEYVKEM* +>3_CDS_0143 hypothetical protein +MFKVYYTVYHRGSMKTIKDKLDRSSLIYFLYDTWYKDISNVFPNHYNKEFGSKSDDIDID +KLIEAVNEEGILLINRGNYVTIREW* +>3_CDS_0144 hypothetical protein +MDTLTYTIIHKESDRVIASGLNETETMNLVQRMINTNLVTDISLDDYKRRPHGKIDVVNL +LVDIRRQGVFDFNHIWHVG* +>3_CDS_0145 hypothetical protein +MIVIYTDVSKDYLKDEFLPWLNERDRYLEYYKDELPEDIDSSYIVSVVYCKDMEGLLERK +DIVLDNSYNEPVALLGVPEFFGNYSNYFYYRGESISKHDLGEIVRLKAWQRMGGDWLSSS +P* +>3_CDS_0146 hypothetical protein +MKINYIPMWDNEDVLQYAKSQLLVNELETKEIIFKNYQISDDLDGGTDKKYYEIYESKFY +VDEETTKEEFNNLIIENEKLIKEYKTQNGLIKNLIKSQHEVNEFEYNVINIL* +>3_CDS_0147 hypothetical protein +MDVKEIANTIMELWQMDGYRCAEPPLYESTLNHTRTHTALIVSINGNYDTVQMFRKTPIM +SMRGQSQPASMLVNVIDDVIIIVYENVVYGVQNKEIKFIEEI* +>3_CDS_0148 hypothetical protein +MTNKNYLYEETHTVQGQDITAFRIPNDANGNPRYVVHFMDLDIKLADYDNINKLYGFKKY +TAKWFGGGVVFQSYNIADTLEYAYTQVKTNRISQ* +>3_CDS_0149 hypothetical protein +MKFKIEKNNSDIKTLWNLAKNGYMSYQTVHNIFKNESDEFIIFNSKQTYNKFMKLRYNRS +AIQ* +>3_CDS_0150 HNH endonuclease +MVENKINEIWKPIKKEYFNKYNFYVSNLGRVKINDRLSKVHQDRDGYLTVRVNNKKHMVH +RLVYEYFGNDFIKSNHVHHIDGNKQNNCIDNLECISPSEHNKRHHKDNTFNRYNRGYALT +EDERKAIASKYKPRKYTQPMLAKEYNISEITVRRIIKKYKKD* +>3_CDS_0151 TreN-like membrane protein +MIKFKWKNKTIKSTQKTDNILLLIIGGLVATVTPKLVNWFLLLQDNINIFLR* +>3_CDS_0152 hypothetical protein +MKKITTTLNLIGMKNNERFTEELKNYRQDVTFLKANKIVKYSK* +>3_CDS_0153 hypothetical protein +MKLINRDNEIVISIATLESVKQALIWEYIDHLDNNILDKEIHDQEAVVITSDTLQSLKFA +DTMEELEEYVNDIGWKLV* +>3_CDS_0154 hypothetical protein +MTNTIQAFLQGQEASTVKDVATHGVQSGAIGKLIYTSDVVNFFDSYEQDIEAVITEYIEE +VTGQQYYDLLNYELMRDLENYANVEFEDEDEYNNIQFDLAENIASDEVEGFEDMDEADRA +EAIYEAMDDVELELQETDKVQYVNLAVEIVAQRMAL* +>3_CDS_0155 hypothetical protein +MNNNTTSYSNSPYGSLEELREAYDLSSLSTGEIKELIQTFV* +>3_CDS_0156 hypothetical protein +MRNLLEQEQLEKDVKDIIWVLDRMIAKGEQYTEAYDILVNKLERQEKRIVEIKKQNGIF* +>3_CDS_0157 hypothetical protein +MKLYQVEHDNCEPYEDNFHFREDKIYTDKENLIKRIKEEGYKEETNHRGEQEFIKGDPRD +FYGMDMITIHELEFVNNT* +>3_CDS_0158 hypothetical protein +MNKEQAKLKLETSIINYENQIKFLDPASMYTRGLIDAKGYSKLALKELEDTGKHSYEDTT +WKDSYAKVFTDEEILEFLLSKPRVTFKGNQEKLDEIKKEREKIQKEATKDLPKGSPLGDL +SKENYEKFWGALQWSREEREKLTQESRAYYENYLKKIKENK* +>3_CDS_0159 hypothetical protein +MGLDFEVIGVTLSNRKVEQKGLQHFINNARYRHILEKNYYKGFNFEDDFRKPGYFMDLLL +RDAETYYDEFEEWCEGVFVLTKDKLVNLMKNEFNEKTFKGTHDAEYYYRLMSHIYNVEQY +EGKFYDFYLIMSVNV* +>3_CDS_0160 hypothetical protein +MENYKNFIIEEMNKAHILVTKAEQIKRNRKLAETELEEVYKKAEAFDEIVNELLYQLQNL +ESWDTLDQKDCQTLKQILEENIKEEKQLKRYKVKRTITTEEVRYIDAETEEDAWYSVEYE +DEGADTAHYNAEYGTWSYEEEEK* +>3_CDS_0161 hypothetical protein +MIEISISWTYLISFLLLWSAGILYINYLVYRIRLTNKERKEMSKEHHRNREEIKQRIENR +RDK* +>3_CDS_0162 hypothetical protein +MNKTFFKFLGKNTLEYSKQGLGFLVALPIMLIIFSVFLAFIIGIPAVIIYALHALNVDND +FIIQLVPVMWFIILYGIVRTGEHKKPFVKLKLKDYLLSILYLTTITAISVLENYLLFQSL +PFTGDVRAVITLLSFIVFVAVNRGICKIAIKSYKEYKEDSQW* +>3_CDS_0163 hypothetical protein +MNIKYIDLVLENCDVVRLEPKDVSRFHISGITEGIDYYGTYKGTSSISRTRHCTYFGILI +DKPMEIPQVGFAYPDNTNAYEMITAYSDITAIDIIYENDANEYIYVDFNEYNDNYNINQK +NDYYNNMLEITITESNSKEEEDE* +>3_CDS_0164 hypothetical protein +MDKINLNKKHEGSTVVNISNNITLKIQCTDLRKECDDSEAPTTYTHFKAYIVYNIFIVVN +DRKQKKKVKYDCYNDHVGRGNVKDLLKVKDVIFQLSTQLNTNEIIKISGADERRYKIYKY +FIEKDIRFEDNMYYSKSNIWIINNFSLLQKFQWNTVVTKDGDYNKKELKKVDKEWKELLI +* +>3_CDS_0165 hypothetical protein +MRETREYIMFWGKEDIYSNFYPIKFKHQGRTFNNSEQAFMWRKARYFNDFQIAGEILNAK +NPNHAKSLGRKVRNFNEEQWNKVRYNIMVEVVKDKFMTTHLKQRILDTDVRKDFVEASPY +DKIWGVGLKANDPKILEQSNWKGQNLLGKVMEDVRVHCIYNK* +>3_CDS_0166 hypothetical protein +MNDFEKEVFGIKKNKKYKKMKKKLGRNEPKYWNYDMSFFIQLYADLNAFIESSNHVDMEY +HTFVDVDGKERTQIDMIKHILSLIKYYHKEMDDFDMDKYDELEQVQSKILDNFKIVLPSL +WN* +>3_CDS_0167 NinI-like serine-threonine phosphatase +MAIYVVPDIYGEYQKLLTIMDKINNERKPEETIVFLGDYVDRGKRSKDVVNYIFDLMSND +DNVVTLLGNHDDEFYNIMENVDRLSIYDIEWLSRYCIETLNSYGVSTVTLKYSSVEENLR +NNYDFIKSELKKLKESDDYRKFKILMVNCRKYYKEDKYIFSHSGGVSWKPVEEQTIDQLI +WSRDFQPRKDGFTYVCGHTPTDSGEVEINGDMLMCDVGAVFRNIDFPFIKLEVKKWRKNI +LKVLNWMTLKKKFLG* +>3_CDS_0168 hypothetical protein +MMVNVLPSVYDAEKGEWVTLLAKPIAEEVLKIMKADYLEHKGNIGFFISKYKDGDSSIEQ +PNVVVFYNEKDYDTMELTESELTNALNEYIDYTLDGKYKPFSLNNFINYLEDYGYRLPVN +FEVDVTIILSDGQKFTYPRTSSITNNASIVDALKSEDQYIEVKYIYNDHAIDDKKLAHGN +DTLK* +>3_CDS_0169 major tail protein +MERTLNLYDSKGKLLKSSEKITGASAKIIIEKLTPNTVYSQGSFKISWTINGKESILTDV +PEFTTKSNEDKQEIVFNTLNIDSNSFVVSETEPSDKSKLWFKPIN* +>3_CDS_0170 hypothetical protein +MKKIYILEEEIEEMDYDLWEEDTVYTTSYEILGYTDSLEDAEYIRDNYGTSNPIFINEYP +YITKEKLIEEQRYFRYNSYIELKRVNGYFEISEINDLQVTEDFSINKDDKNFDSPFSINM +FSHNRNSIGIEFIMFSEYDDKEDIIEKEKNSFLMKLKYLLKHSKEADIRSTSKIIDSIDK +LTWH* +>3_CDS_0171 hypothetical protein +MKNIINFLVDYNINFSYSEDSLNVMNNSYLVDKHGTQDYEIVGNYEHITGVFSYQTEEEV +IAKLKNLIGVWE* +>3_CDS_0172 hypothetical protein +MRDKRIHSELLYDIIGKHIQEEENITPYIEAIYVDMMNIIVVEYTFYNENGTRMLGQYPI +GEVM* +>3_CDS_0173 nucleotidyltransferase +MNLEKSFLLSTIEFGSTYQGTSDEHSDKDYMSLVVQPLSDTIFRNNEKASKHTEVSRYYA +VERFISLVLKSGFDNVLNLCAQLEQAKNTRFNKTVLDLFYDDFIFLTYVRANFKPIAYSV +IGNINNILKKGELTGKDLVKFYTFYNHLEYYNDLLDDLDNLNVSYKDFAKVKYMPKEVLD +NKRSNVSIEKKKDLVNKVEPLIQEVKDKLKSNESNIKHYKDAMELVEKSLKDKTVEFLTE +VYNER* +>3_CDS_0174 hypothetical protein +MKYILGLITLGIILFKVYEHFKYKQDEVDTEEDI* +>3_CDS_0175 hypothetical protein +MDFYQFLNHENVRVNSITPSQKNFIRENLELTNLEDTDIDFISSKQAKEEIEKIIRIKNE +EEYDIAMDALAGWVTKHGY* +>3_CDS_0176 hypothetical protein +MFKKAPQYIMEKVEKENNILGEDLSLDIYYKGVKLTVKRHPETGHLNGYITLPSDINEKE +YDSLERRAHRGITYDDYDYEGKRVLGFDCAHAWDMTPYAIIGSLDDQYRDLEYVLSILKD +MAEYVKKDE* +>3_CDS_0177 hypothetical protein +MEKVNHEFLAELAKSNSPVLNSKPLQDGDYNIEFDYDGFHFEFSQKNGYWRWSYNAK* +>3_CDS_0178 hypothetical protein +MANEKEIIRMVNYLIDNMSMWHINYARAVLIPSEVEKIIKEHEKFDDLLKKRGEWLVKGS +DTDNIDDLETYNQIMNNQKDEMMIQEIDIYTQGKTITIDNEHYSSDDLGEVLNKLEQSED +IKIKSNYKSLYVGYTNVVGYEVTYASSYEETFKNDLEKDLWYISTVRIIRRNKPYGKSKS +WVSSRIGKE* +>3_CDS_0179 hypothetical protein +MDRIIGKHNLTQDLRLGDKVEVYDAHKFKENEDGTIELGDKITEGIVVDYKGDFTGNTSG +LVTLDSSEKELIIGEYNFKLIEEGNLQAVYDSVSKNKVESLSEDYDMYRKLLGVKSGELA +GIEDELEYLVRQYNSKVDNYNGLLTLSKEKARELSLLTGDKKMIPHMKNRRLELGTEADF +* +>3_CDS_0180 hypothetical protein +MVYDSIISRTMAVSILNKWIAELITDVDLDKCKFTEEEYGKVVTNSINKIQDVLIEKNYE +VTDGELYDIVCTELINPIKNNTEEEKHNEKNDLLEHLEDLAFRHDIDLGYVSDGSYNLTV +THWLMQDEFTDVNIKVNNDEDFYTVTIPESKYFWLPITKENLEMFLTQDPINKGEVK* +>3_CDS_0181 RinB-like transcriptional activator +MKNLIKLLSMVVVTILTFSLTYVILKKETNNKRNGVAPFDFSLEDHIHLNKEIK* +>3_CDS_0182 membrane protein +MANNIWAVVLSIVILLIILLILWFLFRKKVNGSSKNVEIQKAEEDNDNKEQEVEEAQYRE +LNEEEKEKNENSSKDYKYDKEKVKNKLKELE* +>3_CDS_0183 hypothetical protein +MGRRLIDNSELNVIKYDGLPDFFSALKKNRVSGRDNSSDTGSYDFTGTHSFQEAYNLMVK +GDRESYDMVVKLKKMTDALFRMDKSVKRKPVVAPEGYQPHVPNAIKGLPNSMMSQQRVKA +EKKVIDVFYNSSISWMEDPENLAYRGAIMLSAIQTLETKGYSINLYLGKLSNSGYEDKLT +GFVVNIKHSYQRLNVFKSSFYLVNPSFLRRISFRVLEVEPDMVDLTNHGYGSVVSKSSYG +NKLTEHILDNAVIFDSSVGIDINNDSSENLRAVKKLFGGRL* +>3_CDS_0184 hypothetical protein +MAKQDTIERLERLVEQQMETTKDLADKLGEKNSNPYEQAIVDAIVEKAGTESREIIITDV +KKQIEEYVEEQLSNLPVKIELQQEGKTIKDISGIFHYRYQDILKLVNQNIPVFLKGGAGS +GKNHVLEQVAEALDLDFYFSNAITQEFKLTGFIDANGKFHETQFYKAFTKGGLFFLDEMD +ASIPEVLLILNSAIANKYFDFPIGRVTAHEDFRVVSAGNTMGTGADHIYVGRQQLDGATL +DRFAQVEFDYDTKVEHQLSSNEDLVNFVQQLRHENDEKGLPYVFSMRAIINGSKLDGVME +DEFVVESIIFKSVPKDEINQFISSLPEGNRYTEATRKLLGMQQEPKQEPRKSDSTSKDSM +DFDTIMDKLGLE* +>3_CDS_0185 hypothetical protein +MSKRTDNFIYFCKYYFSEYLPSLGVEVLNHNETSHGTMEGVRKYYIANILYEGQELTVTI +DLEEFNNATSMHNMLEIMNNHTYNCMFMYDMDTHETKDIDDFFKLMYF* +>3_CDS_0186 nucleotide kinase +MNAKEFMKTQAQVEDYLDKLKVTIIEDALSVSKEWSNDSNDLGYALSSLGESIGLLEDYY +NIQVDAHLPEHYKGSKDVISFLEEHFSYDGFVDSMIFNIVKYTTRLGRKDAVDKEVQKIK +TYYVRLERNIKYGDSTRV* +>3_CDS_0187 MazG-like pyrophosphatase +MEKVELIKQWAKDRNLQTGKPEGQMLKLLEEAGELASGIAKSNDHVTRDSVGDIFVVLTV +LCLQLDIDIEECIDMAYDEIKDRKGKLINGVFVKEEDLKK* +>3_CDS_0188 hypothetical protein +MEKFQEDYVNIDIRVKAYVRVGYRYEEDITNNLHELVEDNLNVTSDSDNLIIKDTEIKGD +IE* +>3_CDS_0189 hypothetical protein +MVKPVITLEPEDVKVLLDYLSFLEDDMRNYEGMRELYEELHKKYQLAKGNYSD* +>3_CDS_0190 hypothetical protein +MAITYKQKGLTEQEIINLPKVNKGCIYIGEEDVFLKKKKNNIINLGSKELFRDIHNIFSF +DTATEIHLFLALCGNKEVTNFEGNPYETVEKLVEGVVDDNKGRSYKEYIESNREERKDFP +VYGYKSRRRIQSKGYVEEKIKELEGNDHLWRNESRQLEEYKKVVDSLNNDIMDVLDQGKY +GLIKSSIIVMNEDIEKGSSEYYSAMTDELYSRVWYMHPSTENYSSFGLKVKHIRDKHNMG +NKWVLENKSSFDVKTGEVKVFLTDSLVNKEITLNLYKDDISKSEYKNELTLSVLLNVILK +NYAQPNLTRGIIIKIIEQTLEHHNFDFSSWCPDNTDVYGHINYRGDKYRIFIGENSTSNY +LITLTDIVKNIDKINNLEEFGLFERNALLFHIPKKPKWKVHEAFNLTKQTYKKLLTLNKF +EQGNYLRFANILYKHYNHLHNEVNLHQLFDDTFLMVRDSRDVTDALKVKPIVNQILSISF +ANYKKMTHYLDVDAQDRQRITGYALDNYYLDYLHDLSILIREGYRTLESVSLTPFSLKLE +HDIVTDEKQSIQQQLDDAELKAKYDNKLEKIIDKTYKLKDGRKVKFLPADTVSKLKDEGK +MLSHCVGGYANRILKNSCLILLARLEEDLDNSWFTVEIRITDNGYVLGQQQSIDAYKLPN +ELKEALEKDIKKINKEEFKEVA* +>3_CDS_0191 virion structural protein +MSIEKKEEVIAHNEVVFRSLTQGLYVKEVDIYSDVVSYTKDVDEALAMPNTINFKNSRKY +KKLIMNLDLEPLNKIQKVIYETHLEGL* +>3_CDS_0192 lysM motif protein +MNDLIKEGNKYYHKVRAGETLWTISKNYDVEIKKLQELNNIKSVSLTNLEYVLVCVE* +>3_CDS_0193 hypothetical protein +MDNLSHYLSILYAILITVGYIPGLVALVKAESVKGVSNYFWYLIVATVGISFYNLLLTDA +SVFQIVSVGLNLTLGIVCLLVASYRKKDYFSIPFIIVFSLLLFLLSDFTALTQTVATITI +ILAYVTQITTFYKTKSAEGTNRFLFLIIGLGLASLIVSMVLTHTYVHIIATEFVNFVLIL +ICYLQANYYSRG* +>3_CDS_0194 nucleoside 2-deoxyribosyltransferase +MGNKIKDKVIYMGGHILNEAMVDYRDKQHKEVDGIVGVTPYSPHKDKSINDKANAEQTKL +AERILTNDFKAMQESDIFVFDILNEGLGTIAELGILLGMKHQAEETINHIYDNGEEYFNY +FTNKFETSLNTEEELIVDKLENIVNKPVLIYCSDIRQGHGKPYNDPDRAEFSTNQFVYGM +VLELTDGEGFISWEEVINRLEKLGEQDG* +>3_CDS_0195 RNA ligase +MKSYTKVKNKGIVLDKFKERGLVVQEKLDGSNASFTVENGELVCFSRRKKLNENETLNGF +YDWVHENINVRNTYVSALEKYIIFGEWLVKHKIQYKEEFYNNFYVFDVYDKENEVYLSVE +DMNVIAHHLGLKTVKTLLVSKPSHYLNDLKPEEIQELVGKSDMTVKPDKGEGIVIKYLDG +KSEYDDYFKLVSNEFKEFSRQKMKTEVKKNESVADYAITRARMEKMIFRAIEEDRLSEDD +LELENFGLIMKQVGQNFVDDIMEEEKENILKIVDKQIKKKMPHILREILEEKGDTIDG* +>3_CDS_0196 hypothetical protein +MNYLAKVFINNNWLVKLITIVLLTLFLSGLVYVISAISLFLSTVLNLPGLVVLAFLASVS +LILFSIVHNSKEDN* +>3_CDS_0197 PhoH-like phosphate starvation-inducible +MAIQLKELDFKLKDYPNVRYNMGEHLVFNEFLEKATTEQLDFCEDFFNDNVEILWNESQA +GTGKTMCSVACAYADYLNKNRKLVFIISPVSEDLGSRPGNQTEKEMAYFMGLHDALIELN +MNPEQQITEMLMMEDNVKEDKLGDCWVSQISHLFLRGGNLRDATIIINEAQNFKRSELKK +VLTRVHTKNSTVIVEGNFKQIDLKNESKSGFGDYMEYFKNYEGAVFHNFTVNFRSKLAQY +ADNFKW* +>3_CDS_0198 hypothetical protein +MKKINSVIKGEGKKVQTADVRKISYYVKDYNPCMTVDDANDYNATSQYLVSDNGKFIAKY +NKDMNAVGFYEESGDTVKHLTHTTPERLEGTVFTIEEETEIDLINDTLPQGDILIKFSDG +SIYLPDNESVLDSVNYLADNDWDSVDDIIYTGLSKGNSENCIVDFNYNNYDIGYDDVEDE +DVCDNYPECECSNYCSSTGEYIGN* +>3_CDS_0199 Rnase H +MQDSVNIYTDGSSSYNKGKVGSGAVLVSKEGNIISEISKSVDKPGLIKYNNVAGEILACC +YGIEEAIKLGYNQAIVYIDYIGLIHWYEGTWSARNILSKTYINMIREYQKVIDINFVKVK +SHSNDKWNDYADNLAKKSIDI* +>3_CDS_0200 hypothetical protein +MKKGVFTVIADGFKFNVIAKDKKEVQEHCFKCFDFNYISVSFCREVYSDCEFPQFMEDYK +YAG* +>3_CDS_0201 hypothetical protein +MENNNLVNFLMTTDDIDDTIEMVDSFELQDINKVLGEDTFLTIMEITDSLPDNQYKIVLL +SSLDKLLNTDRKELVEYDEEFPTIRKHNVSELKRDTVNSVIDSYMNTNVEILYTEYPTIS +NYSVVVDSVKVLNTLYLIESKNGKIEATLSEDGEDLHEYISEEGYSVTDILNKFDDVEDL +FDEDDSLINFFSDIDEGKNKTIKSFIELVINLK* +>3_CDS_0202 transcriptional repressor +MDEKKESKPLNLQKIRVEKGHTLRSLASEIGVHYSLISYWEYGKKKPRSANLMRLEKALN +TPGKELFKELEEDDGE* +>3_CDS_0203 hypothetical protein +MNKFKRWFRINVLKKETLLFKVYWRYESPSLKKPHVFHIELYAKSKAEARNKSQEYILKN +AKASEDFKFLKVEEK* +>3_CDS_0204 transglycosylase +MKKTIFATLALGTAITFGGIATNEASADEIDYNKLAEQAKSNSAEVNTKPIQAGNYDFSF +SDGEFTYHFYNYNGNFGYEYHSGSTQVDNTVSRLAGEEQTPEQKVDQQQAQFDTQNKQDT +KKEVQTTSAPVQKETKQPTQSTSSTGGSVAEQIRQAGGDEAMIEIAMRESTMNPNAVNAS +SGAQGLFQGLGKSWSGGSIAEQTKGAKQYMIDRYGSTSGALAYHNAHNSY* +>3_CDS_0205 HNH endonuclease +MIGETINKLKVIKESSKRDKSRCKMYECLCECGEVIIVRSSTLRQGKIKSCGCESNKIHS +ELMRERNTTHGLSSNPMYQRWLGMKQRCYDVNAINYKNYGGRGIEICEEWKNDFKKFYDY +MGDPPNENYQIDRINNDGNYEPGNVKWSTRSENSTNIRKKSTHNIYKKSNNVYNIQIVRK +NKVKYFSAKSLEEAIELRDNVINKYNETGEW* +>3_CDS_0206 lipoprotein +MRKSVVISGVLGFLAIIGFIILLMCITKIPQGHVGVVYSVNGVKEDTKSPGWHLTAPFDK +VNKYPTKTQTHKYKDLNVATSDGKNIKLDIDVSYKVDATKAVNLFNRFGSADIEELEKGY +LRSRVQDNVRQAISKYSVIDAFGVKTGEIKQDTLNKLNDNLEKQGFIIDDIALSSPTADK +NTQKAIDERVKANQELERTKVDKQIAEENAKKKEIEAKGEKKANDIRSESLTEEVLQQQL +IEKWNGKQPISIGSDSVITNLNK* +>3_CDS_0207 hypothetical protein +MALLLTYFAIFIVFLVLVGFGISYLFDFLSMKEKKSNIRKQYRELVRQGTLDEYGLEQYV +KYKKQFLNDRRQSIVTRADKQEIDQEEKALNSLIKEIEKGEM* +>3_CDS_0208 endolysin +MSASDAQFLKNEQAVFQFTAEKFKEWGLTPNRKTVRLHMEFVPTACPHRSMVLHTGFNPV +TQGRPSQAIMNKLKDYFIKQIKNYMDKGTSSSTVVKDGKTSSASTPATRPVTGSWKKNQY +GTWYKPENATFVNGNQPIVTRIGSPFLNAPVGGNLPAGATIVYDEVCIQAGHIWIGYNAY +NGNRVYCPVRTCQGVPPNQIPGVAWGVFK* +>3_CDS_0209 HNH endonuclease +MEKKLNEIPGLEIYENYTITDKGEVISYKGKEPKKLKLQKNNKGYLFVRLRYHSPKIHRL +VAMAFIPNPDNKEQVNHLNGKNDNSVGNLEWVSNSENREHAIKTGLKNEINYNIAQYDLE +GNLLNVFYTAQEALEFLGISNKRSGNIGRCIKGERKTAYGYIWKQY* +>3_CDS_0210 endolysin +MAKTQAEINKRLDAYAKGTVDSPYRVKKATSYDPSFGVMEAGAIDADGYYHAQCQDLITD +YVLWLTDNKVRTWGNAKDQIKQSYGTGFKIHENKPSTVPKKGWIAVFTSGSYEQWGHIGI +VYDGGNTSTFTILEQNWNGYANKKPTKRVDNYYGLTHFIEIPVKAGTTVKKETAKKSASK +TPAPKKKATLKVSKNHINYTMDKRGKKPEGMVIHNDAGRSSGQQYENSLANAGYARYANG +IAHYYGSEGYVWEAIDAKNQIAWHTGK* +>3_CDS_0211 holin +MANETKQPKVVGGINLSTRTKSKTFWVAIISAVALFANQIIGAFGLDYSAQIEQGVNIVG +SILTLLAGLGIIVDNNTKGLKDSDIVQTDYLKPRDSKDPNEFVQWQANANNTSTFEIDSY +ENNAEPDTDDSDEVPAIEDEIDGGSAPSQDEEDTEEHGKVFAEEEVK* +>3_CDS_0212 hypothetical protein +MASAKQLYYTESLVGKAIINNKVSNKEEVWDKLELLPETKLEDLDNKQMSEVIKKLNQIN +E* +>3_CDS_0213 ribosome associated inhibitor A; zinc finger domain +MKRQKMFYSSLICKECGNVFKVPRKRANKREEGHIKDIYCIKCCKTTKHIEDNRSEAERR +WDAIQEELTKDN* +>4_CDS_0001 hypothetical protein +MATVEGERWKRYQLDPSPSDSTSFKAFLEAWKECRASGDGMGDWRSDWGVRTANGDGAIY +GDGGWTRYTVRLSGAIWFIEAQSPSQKMTERA +>4_CDS_0002 hypothetical protein +MAMTYIEALEELHEARKYVAKMEDAVQALGVELVNKVLETNYSSNALNLGNFDCETSPTE +TCVYDVDADPNFDDCIYSVTSQPNESKCACFHLPT* +>4_CDS_0003 DNA helicase +MLVLRDYQVSLTRALVGQPHRPGERRLVQLATGGGKTCVLNEFLNHMVRNGYRALVVTKD +WTLLAQAARDFVERYNGLQSIGYVGEGQQAKILFEGIEKAGDRPVTYTTIHSWSNRADQL +GPYDFVLIDELHWGEGAPLYMKLLEKYSSQSVFIGFTATPRKWTSFQLVDRAYDFAELLS +RGYLAKPIIEEAQQTNVRWSPERSSAHGDFTQTSLRELATNPSRNRLIVRTYMTNQAKYG +KTLVFACNIDHAEVLANLFQERGVRAGVVHHKIENRKEVIQDFDASNLDVLVNVSMLTHG +VDIPTIQTVFLARPTTSDILFSQMIGRGSRKTASKTSFFIVDFVDNVTKYGVPIIRPDGF +FGISRPKTGTLQTGPILEHHWFKPAPFVTMPNLPGYEAIAGLDIQPEQTFGIEFEAGPKD +GSTSIESTELTRVYNSLITALAGKVVIDRSLNDHTTWSLKRDSSCGIEITTRVLKGIDGF +KEVYNALQVIQPLLDSIGYKVTVNTGTHVHFGWEGVPFGKLKNLLRIVAYYEPAIYSLVT +PSRVANSYARSVRAFFKKYRTVGKTEWKREAGQHGHYLAVNYTALVQRERQGKTVEVRYH +NGTLDPVKILTWVSLWMRVLDRAYNETIYVGDPSKRLPRAPLCRGPRGNVLDLARFIGAT +HGLRVALAVRRHYVIKHSWVRHEKYGPLAAKLLPKWTGV* +>4_CDS_0004 hypothetical protein +MLASASRVSKRASLKRALDFSTPEALRKYLKDHPDADKARHKVVKPEARQTKEEPSGKPR +QPGKEEAPTKSKPPPIPEEAKKKTKAKPPPIPEEAKRKKPEIKEPPKPKDPESKEPSGKP +EATESGTDSTKPGFTWKGRFKDLSDKASNFVSGSAKSFRHFLGDDDFRHEALKEARGALT +RAPGKLAASLVETAKHEVKDFKYASSGVKSVLSGGKMTKKQKAAFTEVASHMALAAASAS +LLASSPLVGAALFAKSLAAHVAAKSVSRSVEKLHILGEVGHVGHGLAHLISHIAAEGKKR +EMMEPEEAMVKLVMAAVAKELDNLTDKDFAEILEKCGEESETTKTASRVVTRFLEA* +>4_CDS_0005 hypothetical protein +MQSTSERVLDRFLRTAKREFNLSEHHLEGLAESRPVTLYHGTTRLFRSFDLQQSREELVN +NYYGKGIFLTPSKRVAEQYAEANRNVGFSPSIIADMKRKNANAGKFLQSLVDHGKDAWYL +VAQEEGFWREDPEPGQGTFDSEGLEKYLGADPNTLSDIAGYIVGSKVTPLGTDDGHNLFS +TSTGAPEWLYKDLDEVGLNSKVYRPKVYTVSVVVSKPLVTSIKAQARRALSQGYDCVVYH +GTDLVAGIPEVAVFDPHKVRIKHIEVV* +>4_CDS_0006 Holliday junction resolvase +MALPEALLRKLYIDLDLTDRDIAKRVGVKRDTVAKMRSFYGIPKSLKLKGSLEWHRTRSM +ASKQIAAKKNWERRRRDGTAKTGRVPSSAFKPGNDNGRLNKTLEELFGEERARELKIRIA +NKLRGRFAGKNAAMYGKEPMNKKNHHRGGYVESPLQGVVWMRSSWEIEYANHLTRKGIRW +LYEPKRFELNTNFTYRPDFYLPDSDEWKEVKGYMTERDYDKIEAMQTVHGIRVAVISWDE +MRALGLRLRPKKLVSSTQEP* +>4_CDS_0007 hypothetical protein +MKKPQLKFLMKLNENINKACPMLETDRANFMPRLTSFFQAVSLGMELGVAMKGKKTEKTA +VKSSNKASTKTKKVMAIQKDRPKKVALKIRALMKKKGRATIADMHKAIASIVKGSADPKG +YLNKLLHDNKEFERVPNERGVYRLKAAKATNGKAVTAPASN* +>4_CDS_0008 hypothetical protein +MSREQKGQRSIEMSVNRQEVLAILAYESDQEYARLCERRKADELFYVPNPNDLHVWQLTI +DRVHVGMGYRHPTTNTILFLSRELAVRYACDDIYKSRIVSDNGYIYDKKLKALYDGGSFE +ELFEAAYYYSDLSFKIHLTTVKSTAELTSISIYSEAEGKVTP* +>4_CDS_0009 hypothetical protein +MFHHRDTTAKRLDLGPQDIDVLEEFSPCWSGVWFLEKHADVLVRRLASVLGPEIESVAKQ +TIPLLPVLNSQKTNAGNPELVDGVLRKARGGFLECLETRRRAEPLLFLKNVIEGSAAVLA +PQHRGSFQIYDLIHGLDLEARTLGLEVANLLKFGLEFVGHAR* +>4_CDS_0010 hypothetical protein +MTPDRVPALETCLERGWKAGTILVSKGWKNPRKVMAQTIMDAHSKQTPRQPVRVGLVSDR +GHLLREEYLYTFPSDVIEKSSETRVVTDS* +>4_CDS_0011 hypothetical protein +MTPEQHKLIKVVGGPDSMVTQSVTDAVKHLIAQMPENERGRMKEFACGIIHARMNHVYDL +NHTSPKGALEKMYRYVMDDNLWHPPTPIQNTPTQVSNLDNFDLDTLDLSEDDLPNITTTM +TLKQVADNEAQKYADSGKLFYVQKGVHDERTIVFVGSALISVPDTKEGGLITLDVGCTVS +NYLNVKGAPAELVLRNSSDRQIVGVARSENGSRYFTRIFTHENGRTFRCYMVTVKDGERS +SNKKELHGTMDNSPDGYHVLKG* +>4_CDS_0012 hypothetical protein +MDPSQRVVLRYLEAREFPSDKRLREYLRDHPQADKSKHTVVKPERKTDSKPSLKERLTKA +LKGIPEKARKFVEDESYRKTALKDAAKSIEDAPAKSIEDAPAKFISKAIQHAKKEAESFK +LAGQGIKAAMKGDKLSADQKTAVKAVARDIAITIAVTALTGGVAALASKSAASFVTTIAK +KIALNAVTDDFGDLLTNLETAKGAAEGLFAFFVKLAKTEDPDEALGQLVAARVMKELRGF +STEDLLAAVES* +>4_CDS_0013 hypothetical protein +MADTPTLFTQFLRHHLPGQRFRKDILKQAGRILANKGEDATIAFLRGKSEESPPDFQPPV +KCPIIACSRPLTEWPIYQASVAIQGYVYGQSLAEFEASDPGCSKDGLLGWFDKTGVCTDY +FSVQGLNLIFQNARKRYIGVQTKVTNRNEKRHKKLKRINAKRIAEGLPELTSDEPESALD +ETGHLIDPPGLNTNIYCYQQVSPKPLALSEVNQLPTAYAGYSTSGDDPIQPMVTKDRLSI +SKGQPGYIPEHQRALLSQKKHRRMRGYGLKARALLVIVRIQDDWAVIDLRSLLRNAYWRR +IVQTKEPSTITKLLKLVTGDPVLDATRMVATFTYKPGIVQVRSAKCLKNKQGSKLFSERY +LNETVSVTSIDLGSNNLVAVATYRLVNGNTPELLQRFTLPSHLVKDFERYKQAHDTLEDS +IQKTAVASLPQGQQTEIRMWSMYGFREAQERVCQELGLADGSIPWNVMTATSTILTDLFL +ARGGDPKKCMFTSEPKKKKNSKQVLYKIRDRAWAKMYRTLLSKETREAWNKALWGLKRGS +PDYARLSKRKEELARRCVNYTISTAEKRAQCGRTIVALEDLNIGFFHGRGKQEPGWVGLF +TRKKENRWLMQALHKAFLELAHHRGYHVIEVNPAYTSQTCPVCRHCDPDNRDQHNREAFH +CIGCGFRGNADLDVATHNIAMVAITGESLKRARGSVASKTPQPLAAE* +>4_CDS_0014 hypothetical protein +MKQADAFISEIEEWLWGQDSTVDKTRERKLKHYSKRTPKQFIQLDGHYLGPDGGDDMMVP +DTDGDCLLAGQTVELMHFSGTRVLIDSNFDPKVAARMLRKAAEWLDRQPELLSREYWASF +MDSVY* +>4_CDS_0015 metallo-phosphoesterase +MVRLCWLSDPHLNFLHATGASQRFGEYLCVEHTFDAVIITGDIAEADTFRTLLNEFAKGC +PKPIFFLLGNHDYYRGSFAGVREELSKELEPNLTWLDSSGPILLDDCTALVGRQGWFDGR +CGDPNGSRVIMSDFELIQDLRAHYQTEKYWLHYQTEGSRVDLLEFIRAVGKSEAEAARKT +LLEAMKSRKEIIFATHFPPFKEACWHEGKISNKHWLPWFTCAAMGEMLAEVAQENPEHRI +LVLCGHTHSPGVYYHLPNLIVFTGKAVYGAPDVAGIFETPLNSVWQQRPERCDRCHTSDF +RDSEMILECKLCNRVWERINWIWVLDPNS* +>4_CDS_0016 HNH endonuclease +MQEISYLQNTPEYAVWRTLIMEHAEQMHVPWRESFHAFIEDVGKCKIYGRSLERLDKERN +FEPGNVRWQQKEQGYVPTNQPPHRVRKKRALVSEIPLPVLAAAVAEVRNKSHLELKLYGA +SKAGRTNALQERVEAEGIDIKHWTGRHVKKPWISAIKPKKTPFENLTQQGLRLRVLREKL +LEYKCASCGCQSEWNGIPLTLHLDHVDGNRKNHLFSNLRFLCPNCHQQTKTWGNKRSRIL +PEDDQVLLGLAETLTQTEIAAMYGVHSSSISHRLRKYYG* +>4_CDS_0017 hypothetical protein +MDSHEESAQSTDDGVLEESELLLELVRSIVRHPEKVKIDSAKGQTTTLLTIMVDPEDRGH +VIGKEHKTLDAIIHLFVKAAYMDGGRQVLIQLDGHDPRRARSNPNRERDDRSGPPPRQQS +FRSRGPRRPNGPREIP* +>4_CDS_0018 hypothetical protein +MDPGNRTLDNFLTVRTNQKLSSDDFLDHKGSKARRKPNAFGYIVDQVYQGGIGPAYLVMH +EGEKDPAIYFPKDFEEAISYWKITYHIDGVTYFKEVPSYKAVKRWLKAAPV* +>4_CDS_0019 hypothetical protein +MDICAKIQERVDAQAKPTLEVLSALRMALENYQAVHLSRCRHAVEAAIVKLLGATSEPEP +STKSAEEALLAAMAGVRAYLALEKRPEPAKVPEDSPPSKVTGVTNTPIPEDARLVSLDVS +SNEKATHRSRTTRIPTPLISYPFIKRALWDKTICMVGGFNVPGKLDSIYEQTGLKIEWEY +FDKGRPRFVDSISDKIKAGRIGAVILLEGLMTHKDYHKITKACKTRSVPCLMGHKGGQGH +LIRALAQLEDKFRQDASAA* +>4_CDS_0020 hypothetical protein +MPKPPPLPTAAAPVHWEYKITSVDSNFEGAAERTLNTHGDQGWELVLQIPLADPGHVRMV +LKRRKRPA* +>4_CDS_0021 tRNA nucleotidyltransferase +MTKITALMKFLSQAAKRLGVASHTYIVGGAVRNFILDLPPKDVDVVIDTVALGGKKDSAW +FAKQLQRFIPTQTNLTENQYGVAILTISGAWLLEGHSMQGEVIEIANARKESYGDPSGKG +YKPHLVEPATIEEDLARREFTFNSLLWRLSDLEHGPDRAEILDLLGIGRKHLEDRELRTP +VDPDKTFSDDPTRMLRAVKFVAKYDFKIPSDVKASIIKNAPKLKTMPWDAVRKILVEDIL +EGPAPRKSVELLHDLGLGNVLKEMLHEESGFASALSRSLPEQEIHLVLDLVDLGWAIKTP +VSFLKPDELKRLREILLENAEDPSFDKRFMEALKKPPIDQVRLFEAYNLQGSERGAVIQI +ARSVLLQNPALAMNPNELSGKVEELVKTRFQKQAMSQRVVSRFVKD* +>4_CDS_0022 hypothetical protein +MTDYDQISDVLEIILAAVAKELGVPQDNVPTECQSVIIRGSLEIFKRGEDYAHERPTNPP +PLAMQHLTRPKTPGPFPAASPRSRTPSSPMKRVRTDEDDED* +>4_CDS_0023 hypothetical protein +MVQENETPAQNLVTRLRRVIKAMNDGALDENTGPFAEGLIESIEAIIDGKPACVTLVTLA +SDAVVDDWFASPELPPAMLFEMVGRLQAIVIRLSMLASQVEIEGAEEDHTGHGCEHDPQI +KAKNAN* +>4_CDS_0024 hypothetical protein +MGKIVTKNTNVGYFDTLEGEVLREGDCLHIRWPSGFVQRVEVYIEIVTRGDLRNGFVVEA +ECYKAYAKVPVVGGDAKLFLNGFEAQKVR* +>4_CDS_0025 hypothetical protein +MIKFYGRTNEQYRFLSNFYPAEIHIDGLVVPTTEHYYQAMKTLDPDEREAILNAPTPGKA +RRLGNKCTLRDDWDSVVGTEALHKLFSDDNGIVVESVKDHLMCTALTCKFTQHPDLRDAL +LLTGSEELVEDSPTDHYWGIGRDGTGKNKLGRMLMLIRNSLRRAMEYPPNRPTPNDV* +>4_CDS_0026 hypothetical protein +MGLPLSQKTEEHVCGLLLNLGWDGRVWPHKDHGWPEGTGDEASILGLLKNAKIGATLTFR +SDPEKGAKTVQVYVAKSHHPFHTAPFRGTTSEHLAALRALAADPTPFKSDWM* +>4_CDS_0027 hypothetical protein +MGQSLRASIQPSRANAGYQPGRTDPSVTLAVGTLFWPQSFRNSGVCRSLAIGVIQWVLID +VIRKPIRLLFEECPSVVVVRTMSIRGLANGLLHRSEFVTRISIPEQIPIEAHRVVPIQPK +VSVPHGDNLYFESVLPMPLETSRPKTRRSRQSPAQRYLGYNPPEPDEDTSSLGTNGIQPF +SAEPYNVVTGYVDQVTNKSGAWRLNFIFNKGQQDTWLLSIQDETNSIMLLTVQLPIKDYK +GSSLFKVHTPLRRFLQKQGEESANLWTALSNDDDEL* +>4_CDS_0028 hypothetical protein +MSDQLLNSKIRLYVIATGAGAGIQQTLWSIPGCSSFFVGSMFPYDGAQTEELLGFKPESF +CSEATALDLAMAAYMKACNEDPTKKPMGLGLTASVATLKAHRGEHRVHAAVITQEGAWAS +EVTLPKEGSYARVKQGHLADTIGLELIHKAAGLKSDSHEMAQMVQVIQSLMPHDTQLIDL +PMIVTEDGSQSVLGYTFFKNATTLALERFFRHPFFVHGVRKSFYSHIPNERTYPGVVLTS +SDTFFPGAFNPPHAGHFLNADNAAGPNTIFSITVNPPHKPEMKLGDILQRASYFKDHQVL +FTRDDPMYLDKARHFPGSVFILGTDALLRMLDPKWGYETIPMLNELADLRTRFKVSQKEI +DGKILSLENVLSAVPEKFHNMFSELPPTGYAKVSSTEIRARLGSA* +>4_CDS_0029 kinase +MDELLIIANSIKDAKCPEDVFGGNGAAIMTVYRQLVLTIHPDHFQNDSAFLAIANEAFNR +LTTLRGEAERKVKAGTYGKKKVPAPPPTKPFSPIAMEVNGKKFILSELLEHGDLCDIYLA +THSNGSADHKVVFKVTRHGSDNDLVENEAKILRKLYPETAKDEKFYRFLPKLAESFVMRS +PGSQRRVNILPWLNEYHSLVDVLRVYPDGVDFRDMVWMFKRILHGIGFSHENSVIHGALI +PPHVMIHPVSHGAKIIDWAYAVSQARPDTAKPKSRSLYDHLRDDSFLTTQHIKAISADYR +DFYPPEVFEKKPATAATDIYMAAKCAVALVGGDLKTNRMPDVIPKPIQAFFSACLQKTQA +KRPQGAWEAHEQLDDILSRVVGKRKYRPFPMPVARS* +>4_CDS_0030 2-aminooxy adenylosuccinate synthetase +MANVILLAGLGFGDEGKGSVTDFLCRTHSVDCVVRFNGGAQCAHNVVTPKGDHHTFAQFG +SGTFAGAKTHLSRYMLVNPITLDNEAAALKRLIGDPYPLLTVERGALITNPFQIAANRAK +ETLRGSHRHGSCGLGIGETVEDFLKHPDMAIRIGDLQDLEVLRRKLQFSRELKTSQIEPA +VALRFTGIQDNILGCLRDHDAVNWCIERYIEIAKRLNIVDESYLPTLLENDGTVLFEGAQ +GVLLDQDYGFHPYTTWSDTTFGNATELLQEAHHTGPVKRVGILRGYMTRHGAGPFPTEVP +DPEITQDVHNKYGEFQQDFRLGHFDLVLARYALNVIGGVDELILTNLDKLGNEPKICTKY +LWTTEDGYRPTTTTCYELSVLEPADLAFQEHLTKALTSEVIPFYEKLTTRPTLVQRIGQG +LNVKVSFCSFGPTCEDKVPWMNS* +>4_CDS_0031 cytidyltransferase +MPYRPHTYCHYCGQKHTSESWPRTCGACKQTVWKNPSPVVVALIPTPSGVLLVRRGIEPK +LGALALPGGYIDDRETWQEAARREVFEETGFFAIHPDLFALYSVETSILTGNLLVFGRTP +TLPLNISDFKPNREVLELKFANEPMELAFDFHTKMLNRHFQEFSRG* +>4_CDS_0032 hypothetical protein +MGGSRWSDDLYRDRVDHRARSGTATFAHDHDIKAGRTAAKAHDKMSPLGVKIRESRDSDA +HPDSVAIGIFFDVTGSMGGVPKVLQQKLPKLMDLLLTKGYCKDPQLLVGAVGDYHSDNVP +LQTGQFESGIEIDEDLGRLFLEGGGGGTYEESYQNAMYFMAKHTSIDCWEKRGKKGFLFL +IGDEKPYGASSRVEIKEIFGDDVESNIETKDLIREVQERYNVFYIIPSGTSHFSDPALRE +CWAQLIGAEHVLMLEDPNLVCETIGATIGMFENALTLDRVASDLGGSKDALVVKGALDKL +VGSAALTKAAKGNLPDAAKDGGKTIRL* +>4_CDS_0033 hypothetical protein +MGSDKWADKQTDDPQTETKEENPATEAAAENPATEAAEAAAENPKAK* +>4_CDS_0034 nicotinamide phosphoribosyl transferase +MTKELSGGWSDHVMEQAPINDDPYHLPENEVLDTDSYKMSHPQQYPDGTTKLFSYIESRG +GRYGQTVFFGLQYILKKYFCRRITRAQVLEAQQFAAKHGEPFPIDGWMRIVEQHNGLLPL +RIRAVAEGSVVPTGNILVAIESTDEQIPWINSWKETELMRVWFPVTVGTVSYYCKKVILE +ALKESADNPLGELYFKLHDFGSRGVSSRESAGIGGMAHLVNFKGSDTIQGVRYANHFYHE +EMAGFSIPAAEHSTMSIKGVRGELDQMRRMVQQFAKPEAVLACVSDSYNIFNAVENYWGE +ELHDLVRNSGATVVIRPDSGDPAEVNLKLLQILERKIGMTTNLHGYKILPKYFRLIQGDG +NDNEDAIRKVLTTLLSHGYSASNIAFGMGGGLLQKIDRDTQKFAMKCSQAVVANEVLDVY +KDPITDSGKKSKKGRLDLVFRDGYYQTVQGDQSDSLLVPVFENGRMLRDYSLAEIRKTAD +KTLGIG* +>4_CDS_0035 MutT/NUDIX hydrolase +MPYSYEFPKADITVDCVLFGFNPEEGRLEVVLIRRGEDPFRGQWALPGGFIEFLKGETAY +EAAKREMLEETGITVDYLEQLQTFDAPDRDPRGRVFSVAHYALVRSKDHTAKSGSDAMEA +TWVPARSALKLPRMAFDHLLILQKAVTRLQAKVRYFPVGFNLLPKKFTLSQLQKLYEAIL +FRELDKRNFRKRLHSLNEKTMLGTDPKTRLLVVVGVDDSERSGPPANLFRFNKTAYDRLI +RDGFNFEI* +>4_CDS_0036 endolysin +MQLLQVGSTGLDVQKWEWFLTGQGLSPGKDDGLFDSQTKAATIAFQQKWSLGVDGAVGRE +TWAKAVALGFGVIEDGSSDKTGPGWPPRPAFEHLSDDARVTTFGAFEYKASPTPGNPEGI +TILGDWEEKNIVRVHIPQLLGIPGAPHDGVVRFHQLVAQQFMDLFQAWDDAGLKHLILSW +EGSYFPRFIRGSTTRLSNHSYGSAADMNLAWNALGAEPALVGRQGSVRELASICATYGTY +WGGWFGHPGLSGRVDGMHFEFMHSLKT* +>4_CDS_0037 homing endonuclease +MRPTAVYKFTNRVNGKVYFGKTSDIQVRWKNHQWQAAHGSLDFFHRAIRKYGSESFYVEI +LAIYPDNTTACEHERRLIATTPKKQTYNLAEGGDGGHTMSEAQLEAQYTIKPDRYDEFRG +SFLKGATQKELMNTFQASANAVRSCVKRLGLSFKDRRFARKQESLRLLVEQRLERSNQLR +ERGFKSRINLDSKNPTKLKVDVMSIEAHSKFRAEVAKRVNKARGIPEATQRKVQRLYLEH +GLSAREVAQTLGISKGSVRATINRVYAGLSEIEKLACKRQHGSQARHGVSSLGFSKT* +>4_CDS_0038 hypothetical protein +MIADWIDVLGRKPPSDWKGWTALGMFKNGVSYTKISQAMSISRQYTSQLVHQALREEGRP +EGWLSVNAMNVLSRLPDVHSLEDLANKTTAELRKLHRCGLVTLDEIIVCLRAHGLCLREP +K* +>4_CDS_0039 hypothetical protein +MPVRRAIPYRTIIRNLLASKKLTKAERAAFQKISDGLAKGTELTDAQRLWTETLKAKYLA +K* +>4_CDS_0040 hypothetical protein +MEKGRRLDLEPGEKPPFTLCEPVWASGHGLWCIRKTTEVGPKLGGGIDTASLCGRVPAHK +GWDLNVRLTEHHLTHNTCKKCLELYREATRDGK* +>4_CDS_0041 hypothetical protein +MNKINVGRAEMYNDSELGSFGTASGMYIRQFEFPETYDRNSEKFLSLDHDRLLQWDHAHA +SMCFREYTGTGDVGFATFARQSADKNVMAFIRAVTKADETINWTGYRILASVNRATGYVV +WTLQLFAKNPKGSTKVYTGENAPNVRLTGRATWINPYDYER* +>4_CDS_0042 hypothetical protein +MTMNAEFYERVYDLLVSVGGAPENMKAEFVRYFTKPDPMDHPNACHGDLPATLEWRFQGH +LGFGGKFWRAHRGHDVTCYPESETPQRLALIARLNKEISGLEAQPLIKTLIP* +>4_CDS_0043 hypothetical protein +MTSIIETAQAFLEQTKNLGRDAFKALYSALTPDVKKVYRQLSKAEFFTPERAKVSGFWSH +LLMCVRPAPVAHFFRLSRE* +>4_CDS_0044 hypothetical protein +MEKNAKYSKIREELRLRQAESQAIRKQIHASKGMDKWALWQDKRAYGSETRYLLLAYAFL +RGMPYLACEPKTRSQPWAEAIAKTASAHAETAGHGSGEVSDADVQDWLDAAAKAAEEVAA +* +>4_CDS_0045 hypothetical protein +MFSVGEQKFFAEKGFTPPSRCKPCRDKRKAQNQNGQNGQTAAAPIREYISRPRIVEAPPP +SREDKEQRQRRRSKNRRPDDYDGADW* +>4_CDS_0046 hypothetical protein +MPSPIPLQDAQRALQALGVTDLDIVGIQRAPFPQAQTLLEELKLKAKRAYKRLALELHPD +HTGGDQEKQAFFVLLGRVLVEFEKITVQPPAPQPVFVHITQAVPIQWINIHWTNTSSSSS +TSSTTGSGFTQTQVIRAVRMKPR* +>4_CDS_0047 hypothetical protein +MLEYPWNCFAVELCGSPHSSEAHEGDHSVGHKSDYPVHIRSGISPSFPESW* +>4_CDS_0048 hypothetical protein +MVDAIEVMGEVHHSSGVRMWTCPFCGDWWVHLVLTSENLEKSSKAKITEALSDRYRIGES +TEIYNPVTLTCELKIFLKPLPNTKLKGHAPLTLYDHLRGDDEF* +>4_CDS_0049 hypothetical protein +MFVRPNLPGEHLLLVSSHVRNLRVEGWSLRDTLLILAFDGIKFAYLYRRPIEGQLVENVI +RHRTGGLNIDVCRKPWMNEVERLAALPGSMPKANLSIGTFETRDRSGEDPLDAQSSLGRW +PTNVVLVHHPDCSEECVEDCLAHKMDVLSGILKSGSGAIKHSTSRGYQGMAYGKENRPEG +TAMISYGDIGGASRYYPQFRNYQELIAWLHKLVSLPPRR* +>4_CDS_0050 hypothetical protein +MAALMLQVPPDTARVLGEIQVPGTPEKGESHITVVYLGKDIPIERIGKMLPVLFEVTSKT +LPFTVATTHVTTFPPGDDGTPVIAPIDSDALHTFRKDLCAALDQASLPYDTKFKTYKPHV +TLAFDQDPKTTVDFAIPEVTWGAAELVLWGSNRGTGRLVVKFPLSLPIGKTASPKSNDSL +YRAAVQLAAWGQRDQFV* +>4_CDS_0051 hypothetical protein +MWVLLWMKLLATVYALIDPITEEIRYIGWTSAALKKRLYEHLYCSRRKRTHKDSWLRFLT +RLSVVPEIRVVQTVPVISGNEAERYWISYFRSIGCRLTNLTDGGEGILGHKRTLESKELS +SRSLKAAWQRRRSSPQYSPPRPTEKSIGALRRSNETRRGTVRSDETKAKMKLAWQRRRLV +RAKPRKPHSLETKEKLRQAALRQFQDPKAREAISRVHKGKSISSKQREAISQWGKKRWAE +WRASGATISDETREKIRLAKLGKAPSIETRAKLSAATKGRPKSAEHKAKISMALRSRNKL +* +>4_CDS_0052 hypothetical protein +MTKVEQLLQAVHAVSDDADVHFRGTPDVNKWICLVYVGRDVILFESTPGTLGEVVDAALG +KLRGMSQQIRAVTIPPDDPGSEDPSV* +>4_CDS_0053 hypothetical protein +MIVAIALFCAGCLLTVTVLYKVCSFDKKLKPKPEPETIVTERLAQAQTQRTEALSEANRA +LERANETLRTFSSRAEIGSLASEAFRNAWVTMSTSGFSMRDITGIQTALRDAGLRPSAQQ +NSSMQIYSVSVPTAEASPPPKPPPPPPPVETIFDHLRKDTDDSSI* +>4_CDS_0054 hypothetical protein +MATTPETQHEVILGRKPTPKQCMLYSNYPRYCGFSDRDQSGEILEAVVLLALTMDKNADR +VYLFAPVQYESWVLEKFNSVADTIFGGCKKHPKGVALAKFYASLFKRIGIFGRLLQLTEE +PRHWVSFGFAVDDPLPAWMRERLLQIELSSVSLRK* +>4_CDS_0055 hypothetical protein +MRRLRYLIFLAVACSSSSAQEGHVPMQFKEPTVMASVIQAVIPTPSKPQRTSKRTSRLEK +DWFTKVCVSEGGFNIQEAKALLQTMENMRGSKDSLLDVMYRQSARITRQKPFTDVRQIWI +SYLQMKGKEPPEKGWVECTSIEPTTNKPLPLGCTGTWSSTVDAWVYFRDQAKELYYSGIV +PEIIDGKPTQWGGRMDYWRGVDHGLCPLKAKSSIMTKPPKKIAEEIAKAWKGKPPGNAVD +RLRKMIEEGQEVSFSQIDRAVTVLNKAIPDGTGEKALRELSVKVAGLITLNDYWGEPAEN +LGKCLPIDQKRVKQSKVLTASIAKGWAMKRHLIPQLLGEDALIHGHKQGDPNEPSRAD* +>4_CDS_0056 hypothetical protein +MNPHELTDLKARCQDAKSYGRQIANAASHAATLEAVAGPVLLARGVVKHSAAHLLALIEK +AERVMAGEAPAEAHEAAPEEPKKKPSKKTKRKKDSDEDQESEADDDGGDAA* +>4_CDS_0057 endolysin +MITPNQVGWGSYKQYAGPFFRGTVPFTLPSNPGDPDKTMAVVTACEGGHLDSVNAYDRCI +LSVGLLQFCEAGQFSASDLFGAIASKSKDLLSPLTQALDVSNARFSQNEKGRYRFFFNDA +RNEVDTTQEQHQLFQLNSDGTSGAWDTASIDHIRLWTACAANTLAQPDAASPQIVFTAQR +LMNFVTLSARECLWDTQPSAGWVGATRAAYTSFAVNSPASASQQLQAALGTLQAPKWTPD +WCIQILKTLTFGSGISIWPRRYNAMRPVLEKLYSVDLPDFSNNLQEWHEIHGIDPTKPAP +TFMDTKEIQSELVQEGYDLGPARADGNYGAKTKEAVLTFQGLHGLSGTGVVDSLTRQALA +NEWHKRNG* +>4_CDS_0058 hypothetical protein +MICMECGSSEDIRLEDSRTNYEPKPVTLWHHIREELPPDPNAPVALCRDCAADHHAYWDE +RWDEWYRVQG* +>4_CDS_0059 deoxynucleoside monophosphate kinase +MLIGMSGLANSGKDTAANFMVEHHGFVKIALADPLKRICKEVYDFSDEQLWGPSEMRNGP +DHRYMQHPGGLFWACTACCHQFLGNPFEEKTIGGLGPKTCARCQKKGDGIDGDFHLVALP +VQYLTPRHALQQLGTNWGRECYPNTWVDLCIRTSRKVLDDHSARYTQKDGIHHLYDNRTS +EEADRIENTRVRGVAVPDVRFRNEMNAIQEAGGRVIRIVRPGAGLDGIHGQHVSETEQGS +ISDSEFDAVISNDGTLDDLRVKVETIL* +>4_CDS_0060 hypothetical protein +MVAKIYGLAHPSTGTIRYIGKCVTELRRRLTNHEYKARSGRAQTPIGKWIRRLQAQGLTP +IIILLEQVKGSWQEAERRWISELRLHGRRLLNRHPGGNGAHTRSSLAPKFLALLGKISDA +RIAEMAGLCRETITYHRKRAGVSRSNDRSRSRGTFVKGQQAHNKLRLSGNVVAMLGVKSD +TEIAQEFGLERHAIARHRKERGIKQLKRFSGRKRKLSRTAIEEIRNKHLSHGGSGIIKAL +ADKHNVHISTIYKALDLGVEKC* +>4_CDS_0061 hypothetical protein +MDIVYARESLPTRMTRSLFLAGPTPRSKDVKSWRADALAMLQSIEGHVFVPEPRDGKWAS +DYEGQIEWEAEALNQADVILFWVPREMTSMPALTTNDEWGYWKNSGKVVFGAPDDAVHVR +YQQHYADQFKIPSSNTLLKTMQTALAKLGSGSLRTGGEVKVPLYVWNLPAFQSWYQAQVG +AGNVLKDASVLWTFRVGKQLDNVFCWALKVEVYITAEDRIKRNEFVFGRPDISSIVLWHR +GETLAETEVVLIKEFRSPAKTQDAFIRELPGGSSKKDKPPIVTAVEELREEANFSIDRSQ +LVSHGFRQLYGTLSSVGAHVFSTEIDDEELAYFKSISGQPHGVVADTERTFVEVHPVGEL +VKDPLTDWSTLGIIFSALTVHW* +>4_CDS_0062 endonuclease +MPKHVAAPTTRKCWKCKATKPIEEFYKDRASALGRQYACKICQKTATQEYARAHPAYFKE +KGKQKYDPTENKGRYLKYRDSYLQRRVESRLSARGRLVDLIGSAKARATKTGLVFDLNIV +WAMERLAEQKGKCCLTGISFTFEKSPYGERFYNPFAPSLDRIDSDGGYTIENTRLVCVAV +NLALNRWGEDVLRQVCEGYMKTRLV* +>4_CDS_0063 hypothetical protein +MAHELEITDGKASMFFVGETPWHGIGTKLEDPPTIEDAIHFAGLDWEVQRKQLFMQGDPL +DGVDGFSEAPAFANVRSTDKSILGIVGPTYRPLQNLDAFKWFQPFLDSKDVTLETAGSLR 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+TEYDLTPFTHLDLKLAALFHDVIYDTQGTPANEERSAALLSKLVDLNYRKVGPAEALIMA +TAKHGKLETPDVDHPTALFLDCDIHSFGEPRWETVLWTEHNLVDEFLQRFTLEQVKVGRK +AFLGGMLDKKSIFLSDYFKSRFELQARNNIQRILAELYPT* +>4_CDS_0069 hypothetical protein +MDKIASPKELATELRSILAYSEQEKPSRDKIATDLRALADRTAGESEVVRLRMRAQSDLV +KVLQMQYPGVPAADVKDMTLQAVSDLGRKIKDISKKSK* +>4_CDS_0070 hypothetical protein +MSGSDESLNDMVWSKLTGILKNGPSKNRVESVVLLTSRRDGTIVSVVLHAGVTHHDLAMD +NELCVLPLRDVLTRPESRELRSLLGNLEMLDLGLTACTGGNDLGVIFGNAAMVNTSSGNV +PPAYIHRTCRSRSRCRLPLDRSVALPWSLPALPLGVLPSALPCLYYTGHGLKFKAGQLEY +LDLHRLHCG* +>4_CDS_0071 hypothetical protein +MIFRTVAQIRDLIAERSDAPPQLRFWLDHVADTECWLEAPRPDWLIYLARIEGVDPDLLG +RLTDIAVEALTLTEARSRGVRSSLPLFNAAIQIKQMILNNNVPSFPPRTDHY* +>4_CDS_0072 hypothetical protein +MKAYWLTASECIDLSLGNLATNGVIYSKHAVEDHREAIDAFKLKHGYVAEDVVELGPQTQ +DLEQIRAKFRKEHLHSDDEVRYVLDGEGIFDIRSTDDCWMRVFVTPGDLIVVPKDRYHRF +MLLPGMSIKALRLFMDQAGWVPNYRQ* +>4_CDS_0073 HNH endonuclease +MRKLNDLERWNRKQAAYVRRKALQERAINHLGGKCRICGYDRCPAALDFHHVDDVTKEFN +ISTAMTSWERILPELEKCVLLCARCHREVHDGLHPEYIDLDGSAARSVYDLDWDEELELL +EGQQ* +>4_CDS_0074 hypothetical protein +MIPASLQAKIDGSDYILGSDECGYGSWAGPLTVCAVVASKNWTPPDGVKDSKALTPASRE +RVYEALITKTIYCMLTVSAEEIDRRGVGVVLLEAHAKAIQGAYQAHKDLGVVGKTLVIVD +GNLSIPGTIALPKADALIPAVSAASIIGKVSRDRHMAEMDVRYPGYGFKTNCGYGTQEHQ +AALKRLGICAIHRKSYAPIAALLPTDEPREAWFGLDDE* +>4_CDS_0075 RNA-binding protein +MTHELKCWIDVFYDMYIGLKTFEVRLNDRNYQVGDSLLLKEWDSDTNTYTGRQILKRVTY +ILYGGQFGLPENTVVMAIR* +>4_CDS_0076 DNA methyltransferase +MSRAAPFLKWVGGKRQLLAVLSKLITHKSKTYYEPFLGGGAVFFHFADRRRFQRAILNDA +NPELINCYTVVRDQLGVLLKRLDAYKADPEWNTEAYFKEVRSLEPTDPIDMAARTIYLNR +TCFNGLYRVNKAGKFNTPFGKYDNPNLYDNTNIRACSEVLQRFATLRVGDYATATQDAQA +GDIVYFDPPYVPVSETANFTAYTGQFGPREQWDLAVLFRSLVDRGVLTIQSNSDSPLVRE +LYEAFDIHVVGAKRSVNSKGDKRGEINELVVVGQPTKMEIDVPAVSYIPNEFPLECSDCN +TIYNSADIVCPKCGSTNTE* +>4_CDS_0077 hypothetical protein +MRLFQLHRDVDSSGVSGTGLVAEGVEFSNGECALHWLTKQSSLGIYVNIVDVEKIHGHEG +LTRVVWIDQMSVSPISESI* +>4_CDS_0078 hypothetical protein +MNTLTLRVAARFQSARYKQKKKVRSEDGGQTTVYVYSEKQIAHRNREKAKRIQKLSKSIH +GLRSKIKKDLKSSDPETMLTALAVSLMDTTFERVGNSGSADDGHFGVTGWQKKHVSFKSN +GAFIKYVGKSGVKQEKKVSDAGIRKALKDAYEAMDDDDSCLFHWDGGKITASKVNAYLEP +FDITAKDLRGFHANQEMRDRLKAVRSGGKNLSEDKKAREKQLKDEFKKALEETAEAVGHE +PSTLKSQYLVPGLEDQFLKDGTIIDKLGSMSGAMSVLYQVGIKPGEHYMITCDGCGRITQ +CRCYGPRIEAHVPSCPECSDDSAVYDAVAYIDSEIGLTLI* +>4_CDS_0079 homing endonuclease +MTSIIHKTWVIYTLSDPRTPNDVRYVGVTHRQPKARLQRHISNAKKLAVYHSSKWIRSLL +QDGLEPEMVIIHVGTGDTWESIETFWIQWHRERGFRLTNQANGGRGPVGCKRTPETRARL +AAANLGKKLSLETRAKISAGNRGKVINQEVRAKIGDANRGKKRTEKTRAAMRAVRATPEW +RSRVSESNKETWQRKHAGLRKKSERQQDTETSKVSAETKAKMSASRMGKTQSAETKAKKQ +ASMKRVWAERKAIGWVGWYE* +>4_CDS_0080 hypothetical protein +MFDALTLRVASRFLRAYTPAENIAINWLVADPDSTMDELLHEVRNSEVEMWDSVTRQMVN +PHEVEKALHKLAPKPLSGSDLRVYHATDPSTAKMLVRRGFIPETKPHATTEEYEYAPGRG +LDRGLYVGATPRDVEGYGRAILEIVVPKSFLSVPTEQVQLGETDPIRSLRGHDGAVINHR +LPADAFRLMLDKRARVRR* +>4_CDS_0081 hypothetical protein +MHPSARRVATRYLLASFKAGDYILFGKFRNKRGKVIRIFEDERGIPYIEIQPIPQGRKKN +RIFGLYTIRKMSPEAVAEAQALEAADV* +>4_CDS_0082 hypothetical protein +MIPIEKLQAVKTIITHENCADGVVSAMFLHEVLPEAEIRFVQYGTEERLTLEATPGMLFC +DFTPHPDHVQKFVEAGAIVLDHHKGAQGDVAAFGENGVFGDEVGQPGVCGAVLAYREVWL +PMSHDLPESSRMIGEEIALLTGVRDTWLNEHPLWEAACIAATALRPSTSVFPAESWLALK +HPFSPENQKWWAGRFEVGEWLNKKKNQSVEKALKGAHHFTSSRGTRVVLFSGITLSSDAA +ESVGATADLVVGFDYVGIEAGAGTLVFSTRSHIDFNCVSFCKFWGGGGHTKAAGFSVKFN +IAEGAQDPYSVFAMHLERYEASL* +>4_CDS_0083 endonuclease VII +MAQPIPCEHHPRGCSGCRAVRERETTRRYNERRKASRTEVNKAARSVYNKVYRAINITRI +SVREQERRSDPQFRQKAVEDMRNRRMSLPKSFEELLIEAEGKCGICRDNLVELKLRCCAD +HDHNTGKYRGILCLRCNLGLGMFKDNSRSLELASQYLLKWRSVASTELPRSMLTREEKQK +SCPSARYPIKYTRTEEQIRAEEFCDICGLYLRSLPRRKTAIDHDHTSGYTRGLLCYNCNR +GLGMFRETIAILNSAVRYLAYERFNP* +>4_CDS_0084 hypothetical protein +MKYIVHICNDVGGWGRGFVLALSKQWAEPERSYREWFKAQDHSLWGRFELGNIQSIQVRP +DLYVIQMLAQEGYGTKNQAMHQSSVPNSTPPIRYKALEQCLEKVAVLAKSVGASVHMPKI +GSGLAGGDWSRIEEIINRTLIDSKVYVYVLA* +>4_CDS_0085 hypothetical protein +MTVFRDSWPGIEWCSSCYEREATTSVQHPDLGIDLSGRIESMRVCDPCATAIYAELDVEL +DQREAVYD* +>4_CDS_0086 GTP-binding domain +MKVLVCGSREWMLDWPIRRELVKLPAKGTIIVHGAARGADSIAAAIAKEFGFEVRPYPIS +EEDWNTYGLRAGPLRNAKMIQEEHPDKDGVLIDKGLAFTINLIKGTKNMVGQLREAAIPC +EVFSR* +>4_CDS_0087 hypothetical protein +MSWSGKRAMTGTAVDLVKYLAEYRERHGTEAWQAEIRRLAKVAIRTSPEHEAFWKNLCEG +FDWLDWEALKQESLMDKLPPDQLMADMLRKQMPGIKTQAQYNAVLGALDAVRLVLNAILT +TDAPKEAEGRKALEMAFDVAAKATELSNKLEEVPEAATSTMAEEFKNPPAQFHEYDHQRQ +LLNELEAVADVDGLNAWYASTKDRRDKIVTQGLRNILMDAIRARKSVLT* +>4_CDS_0088 hypothetical protein +MPPVNTQVCCVCSKSFVDGKTFTLTEEEKLAFPDYETAPDEVSYCASCLRVMSDKISGAQ +LLKGLYEMRLRQRGVSRARERADVFHNQLLKATVKKLH* +>4_CDS_0089 hypothetical protein +MTIRLPLLVERVISDTRALQTQTAQEHEQKLHRQDFMFSCRVGCAYCCHHPFLITVVEGL +ILYRWLASHGRWTATLRKRVQEARDKTLGLSFEVWLLSNIPCPLLDSNKKCSAYEARPLH +CRTTYSVSDPVLCHPHELGALTRILPNTDAIVGFNNKVKANLRKLGGLGAIMPIGEALLL +GEAIETETLGLEEAGTQLAKDLLG* +>4_CDS_0090 hypothetical protein +MVAGDLLDWRDKRWLVRKIDQQTQTAFVFSQEGETDILGTDEDTLGGCRVVCNPATSWPC +ASLPQRGHGRLLSLLLASLSGDTPLIPLVDWVKIDDRQIGGAIFLNPDLGLRYRDRLIVV +YEVGMGHLPQRLPLDIPRNFLPLPQKIRPENKPLAQEDGPPDLYSYLKDDDE* +>4_CDS_0091 hypothetical protein +MKTGSLNRLRSEVDANFKASEKRLKAAHVQLNEAKEEYNSANQEHIKAKAMGEKVSGLFA +DLPESTKAKPGRKPGRKPGRPKKVVAEAAPKRRPGRPKKVQTEAAPKRGPGRPRKTEAAK +AAPKAKAPKAKAPKAAKAPKVPKAPKAAGGKRRKRADGGLTMVESMIQVMGSSTMSAGDI +AGALKAKGVDPESNNLEGYISSVLSVEVKKGTFEKVARGQYRVAKSGEAAPKARATSKTT +ETAADAPKDADAVLEELGFDSTQVEQQPLS* +>4_CDS_0092 hypothetical protein +MPTRLLGTKPTPTRSIQAPERREDWNQLLRKAIQKAESSGDRRLEGLRKALIDGRSEPHL +RLLGIIHDVDLKREFPTLE* +>4_CDS_0093 hypothetical protein +MNRHLRRAQASQSKALPTAQELAKTIETLGSMAEGFRQAKQEIEVKLGPLVRDAKLLSGR +LEEVQASLTRAAEENEALRKELALQREIFLRMISNVSRMNLPDVLLMEQQVQTHLTKGSF +ATFAADADKIAGNKADSDKVHSSA* +>4_CDS_0094 hypothetical protein +MSCGCQTTPCSCDPQPVCPPPVTTKCDLYVPGSGMKNVWIDRGEGPNDAKCVGACMLDTM +TEEQVINTLERDDQARADLPRITTDPHLLALAKTIPRLPVVEAMDAEQAMYNRSNEGASI +PFYALFRGQPPFSQ* +>4_CDS_0095 hypothetical protein +MMPQQDSDDLSQDEVECSMTAAGVEVIIEELRDAKCSSCKQRLEPRSHELRRKSPHLYWR +AKLQCEANHKETRVFRVGWLHESS* +>4_CDS_0096 hypothetical protein +MTLLSGVAEGIPYSLSRWTDVSGSPNKWAWFRACLQSNKMVAFDPRTTAPGVWSLQPEDT +LGLVFWTKNPTNLILSRKALAQYRVTVHMTATGWSEVEKGAPTLQEAGKLLVQTAKVFDT +VYWRFSPIPQLPQAELFRRFQRLLGYASIANLDQVFVSFLQPNDKIPETRSPNERFELLN +TLSVEAKEFGVKVVLCRDDRTLDSFKGHQFALEACVSPMDFGGDGHVHLENCGCVLLVDP +FTLNESCHFGCTYCYAADKSLSVRKRNTTRQRLVQVR* +>4_CDS_0097 hypothetical protein +MIASAQRVVARYHAATQLQMTPGKVDSKGTESLRAMSKLYAKNRGDLSGAVISAGYYADR +MGKTMYAYPGDSYGHGVWRVTYKASEFLDPINNSGRKLISVTPDLTVAWHDVH* +>4_CDS_0098 hypothetical protein +MPAAVAGVMGGPSQEEAEQILRDKFNYTDAEIRRLKQAKTAGWSSDVGTMSVVFVEGRKP +VPFNQDVTQEIYQAFIPVVGDDGRKHAAPLKVTNTQSSGPLTYPQEKAGWKRETLVDIQY +PADYDDPESESSKRGALKALVDIGRKFGFTVELVDPNYKPKTRK* +>4_CDS_0099 hypothetical protein +MDAPDRSKIYATVAEKVLSRFEEGQPADPTEHMSPEDAKEWREQNEKNKDKFKSANATDF +YRDIAQVQRTLTFDLINPLRGLSREVANPEVHKEVDSLLSAARKVQDLLTNMAHVKMASQ +DLTPVRETSPREDGRDCRQETKRCS* +>4_CDS_0100 hypothetical protein +MGSNEIRTWATSSRKDPRFNLCGLGSDAKVVVCQKEQALGCKAPDDLAISFGSVEAHKLV +KNG* +>4_CDS_0101 hypothetical protein +MIKASTTHADGRPLVFLGLSDGNLVRLREGKPILIDMKPYGLDGWAVIMHGATEEDITRE +LAKYLNLPS* +>4_CDS_0102 hypothetical protein +MPPPSEKRCNFCNRPRNEVSNLIASPDNLTFICERCVGASASALEDAKKTTSKSCPLKKP +SEIKAGLDELVIAQEDAKREVAIAVYEHYRRREVVQQQGSLTIDGEPVEIEKSNILLLGP +TGSGKTLIFRAIAKMLDVPFYVGDATSLTQTGYVGNDVESLLQGLMADANQDVERAQWGI +VLIDEFDKLARKSGRGASGFRDITGEGVQQTLLKLLEGSQIAVPRGMGARTISAGPNTDM +IDTTNILFVGAGSFSGIEEIVNRRLDKSSRMGFGAELRQERDKTDIYKQVAVEDIEEFGL +IPEMVGRMPVISSTYELTESDLIRVLVEPKNAITKQFRALYSLDGIDLQFDSESLTAIAR +EAKKRSTGARALRAIIKSILKPYSYEAPDNTDITAIRITADAVAKPGSAVVIRKGVGVA* +>4_CDS_0103 NAD synthetase +MKAAAIQFCPTPRDVKGNLRRLATLIMQASSNGAKLVVLPELATTGYSMMGSDEAEPLAE +VITEFKPLGGNTSFSMDVFYALAYKYGIHIVWGLVEKDYGTSKLYNSQVLLCPDGSFESY +RKVNHFGNDYLWASEGRANPPIRKITVDGQTLKVGLLICRDVRDKKDDTWKSFYEKGDAD +VVCLSANWGDGGFPATAWMDFVRENNTTLIVSNRYGKEIPNDFGEGGICIISPDGKVNCE +GLVWNQDCIVYGEV* +>4_CDS_0104 hypothetical protein +MPQKLSEVQQSLLITRLLQEPSDTKLAQEFGIHRKSIWRLRQKHAVQHSSTIDRRRERET +TLPPAGVPVPDVSLPPTSPLPIIPTDQNPKVPNSDIKPSAPKVVVESESTTLSYFAVQIF +GFENFKAVVKVVLEAASKQGLLFRKLQVLDVTSIGAFKFIRFRADLQDINSLANGLIDRG +VIFQNGGTYFVHFVDGRNGKVPASTMCAVSKVGFGQTFVGTRIKRWKAQFAA* +>4_CDS_0105 hypothetical protein +MKPAIFVIDDQDPEDNAMMQALYSRSPDSVVNHLEKVKKAGSGKFMDQYYVGYNHQSIGD +CGTTTLYIEYVSMLAAKAIQDSPLYNGQEASTRYIDMSQQPILNPLGIREGLEIQDCWMK +FYNLAMAPTIEHLKTTYPKQPDEDPKQYEKAIKARSFDILRGFLPAGCTTFVSWHGTLRH +AADHLVALRHHQLMEVRLLASTLLSALQTKYPHSFNQKLYDKIEKYCEITSQLYDPASSP +VYVECRSTLTNESLGIPEIQDRPSRARLPHYLDNLGQVDYKFLLDFGSFRDLQRHRNGVC +RMPLLSTKWGFNQWYLDQLPSTLRSEAEALLETQKAAINNLPAPPVAKQHYVAMGYNVPC +HVTRGLPGTLYLIELRTAKTVHPTMRKVAQEMARTLLDGYPEIKMYADMSLDDWAIRRGA +QDIVAR* +>4_CDS_0106 unknown function +MKRKRLLIDVDEVLGNLQTPIFEIVHRLFGKKMTPFDYDGWDLFGIFSEAEQRGIFREMR +KPGFCSSIQPTPGAVEVIHELRKHVDVYPVTSPFDSHTWVSERYAWLHRHFDFERKEVVF +TGSKFLVVGDAFLDDNPDHVTSWSEAHPEKLAMLWHLPNTRTLTQYDYLRVKSWDALLEK +VRAL* +>4_CDS_0107 hypothetical protein +MVRVPLLHACEAAYASHLFYPQFLSDLDPKHREFGIKAGYEWAQGADKYAFYVDLGWSDG +MKKAVERWEGRSIENRTLPEEMLAAFKSGDYPARTPEFR* +>4_CDS_0108 hypothetical protein +MPKKTTTPKHTTATITNCQFKQEMNFDASTVEAVKVVAEGLRLNAEALLNLTKVFNIQGI +TSPMVQIGSSTNDLAN* +>4_CDS_0109 hypothetical protein +MASKTRAQQLEQRRTRYKLKKAREESERKVRIANALANHKRSSRELLNDLLSSLAKRAGV +RWDRSDEDRVGTFFDALEEESRKRTEDQLVGNGLIEEY* +>4_CDS_0110 hypothetical protein +MKHYYSIVAFSTTSIQYDEHHILIEPGINVFTVLTSDVETLLERLRADGIRVDSRIQLDS +TTDPTRISS* +>4_CDS_0111 hypothetical protein +MTDLPARVRVTSLAKPIPETLLAARTAIRVSPDLQAVFKQAKAEGWPAERLADALFTKLP +DYVIAQTDLWQTALYLADEYLQLGAHLLLISPETGQVVAKLTEEDIYLPAPVSRETADGK +THLAQPLPRLRPDLEGMLVEWHFTKGREDRLVTALAKRVQQTELLKQEGDPRLLRATKGG +RKQIVDRLREDLPTFLQAATGVSGDLLNLFTSCSGPLVGLVGSAPCTGFARAITPVADPL +TFNLQHDPYTTLKGQITSQWTRDIARVLASLAYAHGPVHDASVLDSLPNGLWIADPDVAM +ALRGKLVFPVERVSTILLHTWSQCPVAKIWVNPDSYKCQSREFLDRWEVAASFEFVVYLD +PSQISAYDLKDVPESGVHTEVVA* +>4_CDS_0112 sulfatase-modifying factor enzyme +MGDSKRGIYQKYKVTRTDGSSQPRGKHEGCAYFVLDLDHDDYALPALAAYADACEVKFPS +LAADLREVIRSYPCACEETACPHNLYGSLPTNPSEMLQQLMDSDD* +>4_CDS_0113 hypothetical protein +MKTLTMSEFRREPGERIRDVYREGDSFLITKQGKPVAKLIPLHSDTIVIEKDGTIRGGRP +LTAGLNIGGYY* +>4_CDS_0114 hypothetical protein +MNPDLRFHLKAFSRLIYFVTDEEDRFLVQLKEAMGLNVTHAKVYNGAFGLIPLADLIGDW +GTKAHSVSQDTMGIHDALIAIYKEQTLSQRKFYVITDPDRWLQDQHVQRRILNILHQIHN +DVNTVKVLICVSQRRYIPEKLARYTEVVQDTGLTPDEILNVVGATCKSLDTEQPDDSAGL +FKGLTSFEIQAALIQSYKKTRGVKDSKLLSSYRFRQLKKTDLVQYIDTSPYSFDQLGGAG +RFKDWVRLTKPSWSEEGRNFGLEPPKGILAVGVWGTGKSLAIKALGNEWGLPVIQLEMGR +LRSSAVGESEANVYRVIKIIESIAPVVIWVDEAEKSLAGGQSSAFTDAGTTSRTIGILST +WLQETTSPVCMAMTANSLKTLPVEFINRMDERWFFDLPSTEDRIDILKIHLTKRKLDPSL +YDLNLLSEKSESMVGREIEQALKSALARSFVLNSPTLNEAAFADELEKKPRIVKTMVDEI +KETMDWVGFDPEHDDGIKARYAADPRGPDRKLKVVG* +>4_CDS_0115 hypothetical protein +MSRRVTQKTEIKDLALATQALKQAGISYRVSGSMIYLTSGGFDNACIDLKTGTISGDEDH +GHSEGKFGELRQHYSEAMVRHEYLKTGTSIDSRVTDQEGNIVLGWQRASFG* +>4_CDS_0116 hypothetical protein +MRGRTIIKKDGTVITEVLDREGQDCKEVHKLTERLGGQMSEEITGPDCDTVHETAID* +>4_CDS_0117 hypothetical protein +MERRRLDLFPECHDGSPIDVFTAECCMQCINPECTRSTFGSSKFDLRTSTWYDRLFEHVP +RMDQADPRFKEFSAKKFLAFNPSIEVNSRSWVDPRDVEAQADQVQAAPVPVEPKPAVQVQ +EVVQPELRPIEQSVQHTTSPAPTPAQTGTFPQHLVLANTPVQRGLMIQAPVGAPRPVSSW +EAPVPSADTEGVKVVKPGTKIKLG* +>4_CDS_0118 DNA polymerase +MATPTQDDDDAGINDFLEALDSPTLVKAKAEPKVETKVKRPTIDDDGDDAAAFLENSGLK +RDLSVPNPEKPWMRHHKFTLVKSVEEVNRIVDECIARGSCSLDLETQGLDNRIVYDQVGK +PRTIHQIVGFCISYDGIEGFYIPVRHKPSDGGPGLNVEPVSEVEKAITRLCQAAIPEGTP +EAIAKDHLSWEGVAKLVIYFWNAQFDQEFLYPVTGIDWWHPSSFEDGMLACFTKYAGDKG +IGLKVKAKQLLRDPDGNIYEMIELKELFQRGMRIQFDLLSPDEPGVLRYTGSDGICTYKL +CKIPELVPLCLKDYRSTYRLEKQTTGVLRVMERNRVRVNRAQIMRLLEKHQTERTVLLEK +ILKFAKAKGVDLDPNSPKQLGEFLFGTGDRALDITPKPDKNELSQQYKTDGETLEGLAEA +ENAPPILKDIVTYRGYEKLIGTYLTGLAANPDSNDELRFCFKQTGAATGRLSAPGGDPSQ +GHSGIPIHGIPAGSDLRRVFEARNGYVFVKCDYAGEELRIAANVSGETVWVKEFLEGTGD +LHTITAKAFFGKQEVTKEERSQGKVANFALLYGGGPKSIIRATGCNEMEARRRKQAFDKA +VPIFARWIKTQHALVKKELGVRTAFGRWLSIPDANSIDGAIRAACERHSVNFQIQGAGAD +IMKISMVLLHKFFHKKGWHKNGGDDSIRMLLTVHDEIVFEIRYDRVAEALPMIVNIMESP +WKLPKTEWKVPLVVEPLIGWNWSSGYKVERHKKGHALGKDEFLMNGFVYSIVRKPGQNEA +PDTGEVVDGKMLRLAEMPPWLEGFKAEQADQVVVSSTEDAQKIAPSTAITTSEKLPDHLP +NAEQLIPEVEIAPSSTILTLGINQLNMHTAQQVFGIVWSALEKSGPILHLTDIVGETIVP +SSLNLRINQEELMYGLRDANLLKDDSN* +>4_CDS_0119 hypothetical protein +MGTVELYLIYDEGGTWEKEWREFQGIWDLPVISKADMDHALRGWTRPLVDQLGPPPKGRL +ILLPAAAKSCASQSACPFFNKRRCGALLTKMPWCFEPAETNAGNLAAEVIKLWREGVYVL +VIAHGNSDSR* +>4_CDS_0120 hypothetical protein +MARDFEQEAFAEHAKRLALKQWYQARVDAIRQSISAYDVLARNGVSLKKHGMQQEQISCP +FHGTDTHPSARYYPETPNGPSAVWCFVCREFWDAIGLWKKFTGETKFSTVLFGLEKAFGL +TPPEFHHVSMDLEDTYDPDKEDVENLFDMCEHRLIQERDRFDMLSHLKLGSILDQIRYAV +DRGEISLPVAKERLHLVKEKIGEKIRALGRNQ* +>4_CDS_0121 DnaB-like replicative helicase +MPKRLLRSIIEFDKEISPENLVLNFQHLRRAVDTLKLNWGRPEDEKIYKHALGFFIQYFE +MPPAQTVLDYFESVRNVEVIERIKDIQVEKPSARAGFVQNLRNLQEAQAQNKAVILLKET +HEILIRGIEDKKGEPKKGLEDAIQHFTKKSQEIRIEDTYVKIDGDIRAEDKEMLEEYDIA +KSDKGKVIGALCGINEIDDVCKGAKKGELWIHAAYPGELKTWFSSNWAYNAMTRFKKHVV +FVSLENKREQIRRSIFTIHTSNARFAQQGFKPLDYEAIRDGLLTSEEEAFYKERVIPDFK +SNPTYTQLHVVAPDREWNMDDIQSKIELLHKEFEVGIVFIDHGQEVAAREKYKDYVIELN +SVIKDAKRLSLRFDHNKGVPVVLNFQINRQGKDDANKNDGVYQLKALTYANYAEKAADVI +TTTYLNDELRKAKLTKFSNLKNRDNPLFAPFQAHVNFANHRILSQKRMEPKGFVVEEYDS +YLQSMQVQL* +>4_CDS_0122 hypothetical protein +MPEVNSAACPLCKGVQWLYDYNGEEVIPRRCVCLEKQLLLGFLGPEIFGSTPVRSPLYQP +VVDPITGEVEGDRTEDNLFIKGSWQIVCRHLHWVLAGKRRFSPKFHFKIVSDVQLLSVWL +GSEAYKQKPKEIRDDIETHNSLSDLISDPTLLLIRLGHLGYNNRAAAGVLKESLGIREVL +FKPTWLIEGAENLFGPGHRAYDDDVGTYVDGRFDIVDLGGKQLDIPLDDTVAIGPGIEVP +TPSEMDRPITSSRFDVRDPHVEERRKFKAYKPGRGKHSSGLPDI* +>4_CDS_0123 hypothetical protein +MYQGQLFRSRLEARWASFFDSLGWVWEYEPLELNWYIPDFILRFHKPVLVEVKPELDLEA +LRKHTAKIARSGWDGEALIVGACLFSTKEGPQPRDDNDDGYLLHRGHRRDCTAACLGLTT +NLSPASLNEETLDFESHLGEFPTKLPSIPIPIDAPDRWNEATFQMCPHCDKFSFFDAIQS +YHCRLNGCYEGNHSANPIVTYFATHMWRNASNTVQWKSRNK* +>4_CDS_0124 HNH endonuclease +MLEPTKYCSGCMQTKAGTEFHRDRSKSDGLYYRCKSCLKQYQMHWRETRIAGPTPTPPSI +KLCPKCSQSKPASEYRVARARKDGLHFWCNTCEAIYRNEWLERGGGREKLTTYYKNYYVK +HGERQRKQSKERYHKLRAAALQAYGGSVPKCICCGESENGFLAIDHIDGGGNQHRKEIKA +RSIFHWLSKNNYPCGFRILCHNCNMAIAFYGRCPHERTELSTETFR* +>4_CDS_0125 DNA helicase +MLKSEFVSLGGQVQPFKLRYYQVQAIYHLLAMKRMVLGDAAGTGKTLVLIASLCYAWEKE +PANKAIVVTPKSAIRQWNSEFHKFSTGIKTFIVEGSANERKQIYETFQAYLGPEKAILLI +GYAILVRDWNAGSSRPLLPNGQPNLKAPLSPGLLNCITQAIPKLTVTFDECQAFKSNTTK +TWQVCSELSVRANRCYGLTATLLKNNLIEGFAIYKAIHPDVFSTKTRFLEDYCVTKMQPV +GGGRKIPIVVGYRNMQAFRDRIDPYFLGRPKHLISDELPKLIAKEVTVELSSAEEAKYAQ +ALTGILEFGDGEVKDYEEHKKFVALIYCQQTVDSLSLLKFKAGDQIDTDMFHEEQSEVKE +LSSKEEALLDLLEEEFDDEKVIVYTRFASHIPRLQELCTKAKIKSVAITGKVVDTKTNPA +RLRAQEAFQDLKSDVRVIFISDAGSEAINLQAASAMVFYNAPWSWGSYVQLLGRPIRIGS +PHQHVVAVHLVSERPKDTAKGRKTIDRYTLDILQKKKKLIDSVLGESAVGALDFDAGESF +TNELIRSLRGSPELRTKRHYRSC* +>4_CDS_0126 hypothetical protein +AMWFCLFLLEDVNAHKEAAAVKKLFDRMDWGSAEALPEEDTGDYLDRKYTP* +>5_CDS_0001 terminase small subunit +MAGRNKQPLSVIQGKGRSNHITKSEKNRREKQEEALRGHTDKIEAPSYLTAAQKKEFDTL +AAELVRLKIFSNLDVDSLARYVDSKDQYIKMVRLLRKTKPSDDFKLYSQMQRSKNLLFNE +CRSSASDLGLTITSRLKLVIPEVDTSQQKQSEAQKRFGDRI* +>5_CDS_0002 terminase large subunit +MNWIMERVFAYCEDILNGKINSCKKHRWAIERFIRDYEECQSEDSPFYFDGEIAEDFYWF +AKEFKHVEGILAGESVELTDFQLFLAANIFGFKKKINGARRFRKVFIQLARKNAKSQFLA +IVAAFCTFLGDEKQRAYIAGWTRDQSSEVYEAVKTGISSSELLEGKWKEAYSTIEIFKNG +SVVVPLSKEARKTGDGKNPSLGIVDEYHAHETDEIYDVLSSGMVARKEPLMFIITTAGFD +LSRPCYREYEYVSDILDPSKNVENDDYFVMICELEKNDDIKDESNWIKANPIVATYEEGL +EGIRSDLKVALDRPEKMRAFLTKNMNIWVDKKDNGYMDMSKWQKCEVDTFDFSGATLWIG +GDLSMTTDLTSVGWVGMDDEGDFIVGQHSFMPEARLKEKMAIDKVRYDLWAEQGYLTLTP +GEMVDYTIVESWIENFSKDKEIQEFDYDKWNALHLAQNLENKGFVCVEIPQRIANLSIPT +KNFREKVYEKKVKHNGDPVLFWALNNAVVKMDDQENIMISKKISKNRIDPAAAVLNAFSR +AMYGASVRFDVSEFANKDFLGKLWN* +>5_CDS_0003 portal protein +MKIVDSVKKFFNFEKRQTSQVIELNKDDEKLLEWLGISPSTISVKGKNALKVATVFACIK +ILSESVSKLPLKIYQEDEYGIQRGTKHYLNNLLRLRPNPYMSSMNFFGSLEAQKNLYGNS +YANIEFDRKGKVQALWPIDASKVTVYIDDVGLLNSKTKMWYVVNTGGQQRVLKPEEILHF +KNGITLDGLVGVPTMEYLKSTLENSASADKFINNFYKQGLQVKGLVQYVGDLNEDAKKVF +RENFESMSSGLQNSHRIALMPVGYQFQPISLNMSDAQFLENTELTIRQIATAFGIKMHQL +NDLSKATLNNIEQQQQQFYTDTLQATLTMYEQEMTYKLFLDSELDKGFYSKFNVDAILRA +DIKTRYEAYRTGIQGGFLKPNEARSKEDLPPEAGGDRLLVNGNMLPIDMAGQAYLKGGDT +NGEVSKEGNEGN* +>5_CDS_0004 head maturation protease +MEKSAKKEMKEIRALPMTIEVREVNEDEGKRTISGSIKYNNESAEMRDWWGDTFVEEIAE +GAFDESLKVRDVVGLWSHDTSQVLGNTKSKTLRIENDKKELRFELDIPNTTVGNDAWELI +KRGDVDGVSFGMKVTKDKWSSEERENGKLYKRSILNAELYEISPVAFPAYPTNEVSVRSL +DDFKAGEKRVADEFRKRKLQIELELI* +>5_CDS_0005 major head protein +MSKELRELLAKLEGKKEEVRSLMGEDKVAEAEQMMEEVRSLQKKIDLQRSLDEAETEERN +NGREVETRNVDGEMEYRDVFMKALRNKPLNAEEREFLEDDLEQRAMSGLTGEDGGLVIPQ +DIQTQINELARSFDALEQYVTVEPVRTRSGSRVLEKNSDMIPFAEITEMGEIPETDNPKF +SNVQYAVKDRAGILPLSRSLLQDSDQNILKYVTKWLGKKSKVTRNVLILGVIEKLTKQAI +KSLDDIKDVLNVKLDPAISPNAILLTNQDGFNYLDKLKDKDGKYILQSDPTQKNKKLFAG +TNPVVVVSNRFLKSKGTTAKKAPLIIGDLKEAIVLFKREDMELASTDVGGKAFTRNTLDL +RAIQRDDVQMWDNEAAVYGEIDLSAPVEQPQG* +>5_CDS_0006 head-tail adaptor Ad1 +MLVTLEEAKEWIRVDGDDDPTITMLIKAAELYIYKATGKTFTQTNEDAKLLCLFLVADWY +GNRLLVGEKASEKIRTIVQSMILQLQYASEPQEERK* +>5_CDS_0007 head closure Hc1 +MNPAKLDKRLTFQVKDENAKGPDGDPIDGYKDAFTVWGSFVYLKGRKYFEAAAANSEVQG +ETEIRNRDDVSADMKIKYKNVIYDIVSVIPTQDHTLLIMWKRGEMNG* +>5_CDS_0008 hypothetical protein +MADGIDLDLLGFDRLVTELDQMGLRGEKIEDKALAAGGEPIRKAIAERAPRSPSPKKRSK +SEPWRTGQHGADQIKVTKAKLEGGIKTVKIGLNKADRSPWFYLKFHEWGTSKMPAHPFIE +PGFNASKAEAVRAMTDILKNEMRLDL* +>5_CDS_0009 tail terminator +MINLRPDILQALENDQELVSLLGGKRIYYRKAKKAEEFPRITYFELDNRPDGFADNQEIE +SEILFQVDVWAKSSTTAIHQKVNEIMKRIGFSRYAVADLYEEDTQIFHYAMRFAKGVEL* +>5_CDS_0010 major tail protein +MAGEVVRISSTVGVDNLVYAKVLQDDSSAIKYTDVKKMEGAVKVKLTKKVASEVMWSDNR +KSEIAESDGETEVEIEVRGLSLSTKADIEGFPEVKDGVLDEKREGEKPYLAIGFRFLKAN +DKYRYVWLLKGKLSQEEEEAETKKDKPNFQTTKLKGSFIERDFDDRTKFTADEDEPTFTK +LVGDNWFNKVYEKPVTQPPAGK* +>5_CDS_0011 head-tail adaptor +MKLTLMINKEKQTFNMPEFIPARLIRQAPELAEIPNNPGPEDMDKMVQFVVKVYDGQFTL +DQYWDGVDARKFLSTTSDVINAIINETVEAAGGSTESGEEENPNA* +>5_CDS_0012 tail length tape measure protein +MANEINNLVVRLSLDNVNFRQGISNSGRAVRTLQNELKSVSTGMGGFANASQQTQAKMNT +LSRLIDAQKEKVKALRQAYDQNKAKLGENDAATQRYASQVNKAVADLNRFENELKQVNRQ 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+SEIKSSIEDKWNTVEKFFSSINLRSIGKSIIEGLGKGIDDASGGLFSKAAEIASDIKKTI +SGALEINSPSKVMIPVGSAVPEGVGVGMDKGKRFVVDAAKNVVGTVKKQMGNMPSVFDFG +FQTNQYSIPQNTFSDFSGYMQPQLSYNNPSMAKTIFPNRPGGEQELNLTVNMTNVLDGKE +LANGSYTYTTKLQNREQKRRAEF* +>5_CDS_0013 tail protein +MVSTLGKLSFTFNNIRKDYIQMLVGRKRPSWAPVKRRLVRVPHRAGALLLNTETEERRID +VPLVIKAKKDMADLQKLKEDLADWLYTEQPAELIFDDELDRTYLSLIDGSVDLDEIVNRG +KGVITFVCPMPYKLGKINTHKFTQEWSTETTSYFTNKGSVEAPALIEMTVKKPSTFLDVW +FGEYPHNRDYFRIGYPLTVEETTVQERERVMWDEMATPIGWTPVTGQFEEMKGTGSFKSR +GGHALYCEDYGKETGFYGAIAKKNIPGGPLQDFEMEAWVTLKSKNISEMGRVEVLLLDET +SNVISRINMNDLYATAEITRAHMTIGNSGTPNSFRKLVDTSGFYSTTFNQFRGRLRIARR +GKVWSVYVAKFIDGTEKDGASLVERWIDETGNPMTERKIAQVMIAICKWDNHQPINEMQI +DDLKIWKVNKVPSNAQPYIFDTGDKIVIDTEKSLVTINGEKAINIKEIFSNFPIVIRGEN +RIDIMPPDVNATISYRERYR* +>5_CDS_0014 minor head protein +MRTPSGILHVVDFKTDQIVAAIQPEDYWDDKRHWELKNNIDMLDFTAFDGTDHAVTLQQQ +NLVLKEVRDGRIVPYVITETEKNSDKRSITTYASGAWIQIAKSGVIKPQRIESKTVNEFM +DLALLGMKWQRGVTEYAGFHTMTIDEYMDSLTFLKKIASLFKLEIRYRVEIKGSKIIGWY 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+LEEDLYGEEEDVLNWEILMDCYDVVLTRKGIAFREKEEEEQA* +>5_CDS_0020 hypothetical protein +MTLAGEAIIIWTATGLSVVAMKAAEKMGKSVPHWLPRVTLYTTLTGSFLYLLRYVLVLFL +* +>5_CDS_0021 FtsK/SpoIIIE-like protein +MHVFLETGIYTLYKRDIRSDFMLELLSVPFAGLIFAIVGERLKGRESDRKKIQVFFEVSG +IAIRREDKLQYPVFLEQKEDDRSTTYIYRLPVGMPSKIIQKVEDVVSEGLSKPVRIDYDN +YKLNIRVFHRDIPKKWSWSKGLVAEGSWCVPMGQSLEKLIYHDFDKTPHMTLGGLTRMGK +TVFLKNVVTSLTLAQPEHINLYIIDLKGGLEFGPYKNLKQVVSIAEKPAEAFMILTNILK +KMEEKMEYMKCRHYTNVVETNIKERYFIIVDEGAELCPDKSMKKEQQRLLGACQQMLSHI +ARIGGALGFRLIFCTQYPTGDTLPRQVKQNSDAKLGFRLPTQTASSVVIDEAGLETIKSI +PGRAIFKTDRLTEIQVPYISNEMMWEHLKGYEVEKHEDANAYANQPSNGDTCDD* +>5_CDS_0022 replication initiation protein +MRMQTHMQINRQMAILATIRKLQFATRRHLMSIHEMGGIRNANRILKDLSIYTSKVVYNK +EHVYYLNQSGHKLFGEGKVVHHGKVTHALLRNEAWLNLYCPDDWQVETEIKYIKDNKKKK +IIPDVKFRDEDRILHAVEIDRTQKMIVNDEKLKKYEELTQIYKQKHNGKVPVIHFFTITK +YREKKLEELANKYNVFVKVYVIATT* +>5_CDS_0023 hypothetical protein +MKFTLGNSLDELGITKNKLSTESQVRYNTISDLVNGNANAVRFDSLEAIIDALNAIAAEK +GINKIYKIDDVIQYIKKS* +>5_CDS_0024 hypothetical protein +MNRVNDYFGLESKSDCIWFYGFFSISTILFLIDMIIALI* +>5_CDS_0025 HTH DNA binding protein +MLSSANYTQYKKLQSFRSVEEMNEAICSFLYKHTHELSESAIKVLKFLARHSCKIPGVSF +LKVGTIAEALNISDRTVRRVLKVLEDFEVVTRHKTIRTEGKLRGGNGHNVYVLLKKYSVT +PNVLPKMSQRQDEENLTESKVSDTKTDKEAKLSESHPLEELKSELNVKETSARESKEIEL +EDLDETFTPENVPSQFRDVVAPFFKSADKIYKLYHRVLIAYKRSKIDKPIEQVINQAIQA +FKETVFAEKANKIRSTFEGYFYRIVESKFVMERRKECRGLLFDWLNE* +>5_CDS_0026 integrase +MKILKYAVYVRVSTDRDEQVSSVENQIDICRYWLEKNGYEWDPNAVYFDDGISGTAWLER +HAMQLILEKARRNELDTVVFKSIHRLARDLRDALEIKEILIGHGIRLVTIEENYDSLYEG +GNDIKFEMFAMFAAQLPKTISVSVSAAMQAKARRGEFIGKPGLGYDVIDKKLVINEKEAE +IVREIFDLSYKGYGFKKIANILNDKGTYTKFGQLWSHTTVGKILKNQTYKGNLVLNSYKT +VKVDGKKKRVYTPKERLTIIEDHYPTIVSKELWNAVNSDRASKKKTKQDTRNEFRGMMFC +KHCGEPITAKYSGRYAKGSKKEWVYMKCSNYIRFNRCVNFDPAHYDDIREAIIYGLKQQE +KELEIHFNPKMHQKRNDKSTEIKKQIKLLKVKKEKLIDLYVEGLIDKEMFSKRDLNFENE +IKEQELALLKLTDQNKRNKEEKKIKEAFSMLDEEKDMHEVFKTLIKKITLSKDKYIDIEY +TFSL* +>5_CDS_0027 hypothetical protein +MKVIKDETKLKAAFKKSGYKYQELADELEISCSYCYKLINNHNYKKKISYNLASRMAHVL +NASVVDLFEEQVDFF* +>5_CDS_0028 hypothetical protein +MSEIYYKGFIIKETYGERNIEEVFKEAYESFYGVEVKVVKKELGTKRNSAAS* +>5_CDS_0029 hypothetical protein +MKNGKRLTKREKMHLKSYSLNPDNWLVFKKADGEMHLVHRYTSTTRVIPSL* +>5_CDS_0030 anti-repressor +MDQLTVASELRLLGRRKVAGYEFTGIEGGFGEGKKAMLVLDIATIHNQPLKEINRRINDN +RIRFKDGVDIVDLKSGGFNPPQLLNLGFSNMQIAKSNNIYLLSERGYAKLLKILEDDKAW +ELYDILVDEYFNMREKNQVATDPMSILKLTFEALEGQQQAIEEIKSDVQDLRENTPLFAI +ECDEISTAVKRQGVILLGGKQSNAYRNRGLRGKVYRDIYNQLYREFGVKSHKAIKRCHLN +VAVKIVEEYTLPIVLSEEISFVNAQMDFTEM* +>5_CDS_0031 hypothetical protein +MDQLRVIEGEKVDKPDYVEIYLGAFMNAVNELKKQDEETRSLSKDTYKKAIFYGVRYISI +SKNDSLNYDYLMNRFLLISYLENLMKVLTPRDFMTIFPIDKNYDGARYEMKDYFFTMNEI +KKIGMDTPIGEKIMEFLWDYQNFKDITLFNLASVSILNKLQKMQGKKTLTEEFAERLGID +TYTKHKEKGGKEYITNDRTGEIQEVKKSRPRYLKPVQ* +>5_CDS_0032 DnaD-like helicase loader +MYGKGVIMALFRKVHTEFWTDVKVSEDMTPEDKLFMVYLLTNPHTTQLGVYEITPKMIAF +EIGLSIESARALLERFENHHKLIKYNKLTREIAIKNWGKYNLNRGGKPIEDCLKREIDKV +KDLSLIKFILEHTDHAALKRKINLYAGFDDTSHDTLAIRDQEEEKEQKKEQKEEQEEKEK +EKEKQKEEEKEPEEEKTRIKSKASLKSDAKSNPIPYKDILDYLNEKANKNFNPKAEGHRK +LIRARWNEGYKLEDFKKVIDNKTTQWFGKKSFDGKPLDQFLRPSTLFAQKHFDNYLNETV +NISNQQHGDQIVIPGFRGEMPF* +>5_CDS_0033 DnaC-like helicase loader +MKKIQDSFEKLTKLKFADEQCDKHTFNKHGKEVIKLVRKMIDDAGTVYCPRCMVEEQNSV +LFQQANNHYKKINRERKKNVLFQHSIIENQSITESRLSTYKTDCQETKENKEKAIKILER +IKNGEFLNVYIAGIQGVGKSHLAYAMLYELVKHYWVISDGEKLNDEHAFKNMKSCLFVEI +EKLIRLIQHSFRNIESKYTMDYCISLMVDVDFLVIDDLGAESGSMNRNGEASDFVHKILY +GVTNGRQGANKTTITTSNLSSAQLFQKYDPKLASRLLNGVSKDETIVFKTTTDKRIVNLD +IGF* +>5_CDS_0034 hypothetical protein +MKEVKGKNTKLMEEFDVLLRQLLIKSKTDERVKNFLDDLFEMLSDNKLQSDIDFKTALNK +LREKHFPKFDKGESKND* +>5_CDS_0035 RNA polymerase sigma factor +MTKEKGQAKEVVNVRGMSDDEFIEKYGRLVHHCVWKRYAKKKASIERDTGLDIEDLTQFG +MIGLIKARDNFDLEFGCAFSTYAVPKIIGEIGRAIRDNQKIKVQRTVYGVKGKILNQQLA +DKEPEEIADILDESVSLVKTALEYQPSTDSLNKVVYASGANEELTLERMIEDTKTEDIEE +TTINRAVIREFKAALPPKEYIVLDMRLQNMTQQNIANQMGYSQVQISRILAKINQRAAQF +GKEGGLQD* +>5_CDS_0036 hypothetical protein +MSVTKGVCIDVDHSDLLHEKVEYFLFPAKPSHYYVSRFNRKGAHFGCYQAERFQITEKEV +WTPEPQPNLPELNTSLFYRAQLIWRKKGYKDKPLKDYIVQPRGKHCYFWHDRERKKFCGC +FPLHWFTDFVPVQSHHIEEKTREEVKLLQRPDGQLAFF* +>5_CDS_0037 nucleoside triphosphate pyrophosphohydrolase +MDIKKLFAMQNILDKRVLESKNLSRGEVFEFRILAFLDELGECMKEWRVFKFWSDDRKPR +TSIPTGEIIVLDDGYEVEVYKNPLLEEYVDGLHFAIGLCIDLKTEINFPASMRCETVTEQ +FFELYHLAIRLKEEPTAFRADVLLSHYLGLGELLCFSLEEIGHEYIEKNKINHERQSNGY +* +>5_CDS_0038 hypothetical protein +MRVIEISWWAIAIGLYLLIGVALLIWIIATDSWGSLFLYPVFAVVIVLGWLPLMIRSIVQ +EISKAIHKWKRKQKTE* +>5_CDS_0039 hypothetical protein +MIYEVTDYCSQCDRKIENCDCCCNKCDEWLHDCKCKDK* +>5_CDS_0040 hypothetical protein +MKWMYNLDSNNEIWTSDKFEMKEEAIQAALKDWTDKMVADRAAVDNEFQIGQFKQYSPWI +NADVLLDELYERATDECGEVAEYWLSGVPMDEGEKLQEQINKVVTEWLKGINEHPSFGSI +ENIETIDASKIEYKEN* +>5_CDS_0041 hypothetical protein +MNSIKKILQAKLLVKGRKLAYFDLNGLWIALNVEEDIPRNEIKQSYTHMAFTVTNEALDH +LKEVLIQNDVNILPGRERDERDQRSLYFTDPDGHKFEFHTGTLQNRLEYYKEDKKHMTFY +I* +>5_CDS_0042 hypothetical protein +MIVKATIKLELDDSQKNWVSYVREQGGEEAVFHYLEEEVQKKIELADFVEMKYKNK* +>5_CDS_0043 hypothetical protein +MSLVGNLKELQEKAIDEKVLEFAEEMEIVITKSAASGYSGHRYKIHNENPNRHMMCSKIF +IEKLQELLDGVKVEFKEEEKKNILGGSYYEHYIRFKWND* +>5_CDS_0044 hypothetical protein +MTNFLLKILFWRKGVERMKTFNVTFTELKIYEAVIEAESAEKIIDVIKHLKRTEDDLVDK +GVIINEVSEINVSKEQKFE* +>5_CDS_0045 hypothetical protein +MRAWKKKHVKRAFLNRQKEIDKERTAAAWRNIFVKSGIIK* +>5_CDS_0046 transcriptional regulator +MNHHLFNWLRDYQKLEEDIAYLEYNLDKTKAELRRWVSGDLREVRLTAESEGAKVENRIE +AIEYELAHKMNDMYKLKKLISKFRGLENQILKLKYVDGMTLEEIAEAVNYSSSHIKKKHA +ELVRLIKFVEREGVI* +>5_CDS_0047 hypothetical protein +MDVQELSRRLENLEHKVLQVETKADVLNRTAIQKGDKIKVVYPHLGIQGEYLVEKIDNGV +LELVAEETMKKIQE* +>5_CDS_0048 hypothetical protein +MKKLSKQELAAVMTHCISTLGEQIVNEHINPQKLAQASALHNDLFDNTTPKERREATISL +LGKAIDEFLESKE* +>5_CDS_0049 hypothetical protein +MGKGYFNKAVCLVCGHQDRVNHPSKKEYQEVTVCPECNGAFVDVWKLGKYKRNTQSNEEP +LLTITLTDIDAKPIVHYKGEQIDRKLRVTFDWESQSIDKINRTYIHIEHVPADNKRLNTE +TIQHNHPIANKEQV* +>5_CDS_0050 hypothetical protein +MNGFNKIVNDMQNEQVGNAMLDFALAAKMMFAAFTQFKEAGFNEEQSFELTREILIDSLS +KNQ* +>5_CDS_0051 hypothetical protein +MQVYCSECDKSYDMQPQVTQLPNRIEKCFFICPHCNHEHIAAYVNDKIRKYQADIAKCHE +RINKKNLAIEDEMKRLRKRFDRRK* +>5_CDS_0052 hypothetical protein +MRGEASLKMLLTKHWCLDRNCGFEETSHKVRDGWKCPDCNGPMAFQQVNKKKESAK* +>5_CDS_0053 hypothetical protein +MEGQELTLEKKDSIYLRPRYPHKIDASKIKSLKDVIKILGLMDIRLDDKAVIGLEHLIEK +EEE* +>5_CDS_0054 hypothetical protein +MANNKLIIEVTADTTEALEGIKEVTEAANECADALDKLEKIMDKFTNRSDTVELYCEGKL +LSKSTVNHTADSIQCRIIKGEELGGSER* +>5_CDS_0055 HNH endonuclease +MKKPLRPCCEFHCYNLTRERYCEEHRYKEKETQQDKNRYYDRFKRDKESTAFYRSKAWER +LREQALMRDKGLCLHCKNNRKIKVADMVDHIIPIKVDPSLKLKLENLQSLCNPCHNRKTA +EDKKKYG* diff --git a/tests/test_external_commands.py b/tests/test_external_commands.py index a634786..6aa874c 100644 --- a/tests/test_external_commands.py +++ b/tests/test_external_commands.py @@ -14,15 +14,8 @@ import pytest from loguru import logger -from bin.processes import ( - run_aragorn, - run_mash_sketch, - run_minced, - run_phanotate, - run_pyrodigal, - run_pyrodigal_gv, -) - +from bin.processes import (run_aragorn, run_mash_sketch, run_minced, + run_phanotate, run_pyrodigal, run_pyrodigal_gv) # import functions from bin.util import remove_directory @@ -99,7 +92,8 @@ def test_run_pyrodigal_gv(self): def test_run_minced(self): fasta: Path = f"{standard_data}/SAOMS1.fasta" prefix = "pharokka" - run_minced(fasta, standard_data_output, prefix, logdir) + minced_args = "minNR 2 -minRL 21" + run_minced(fasta, standard_data_output, prefix, minced_args, logdir) def test_run_aragorn(self): fasta: Path = f"{standard_data}/SAOMS1.fasta" diff --git a/tests/test_input_commands.py b/tests/test_input_commands.py index 4fb84b2..20d715a 100755 --- a/tests/test_input_commands.py +++ b/tests/test_input_commands.py @@ -6,7 +6,6 @@ """ import sys - # import import unittest from pathlib import Path @@ -15,16 +14,10 @@ import pytest from loguru import logger -from bin.input_commands import ( - instantiate_dirs, - validate_fasta, - validate_gene_predictor, - validate_meta, - validate_strand, - validate_terminase, - validate_terminase_start, - validate_threads, -) +from bin.input_commands import (instantiate_dirs, validate_fasta, + validate_gene_predictor, validate_meta, + validate_strand, validate_terminase, + validate_terminase_start, validate_threads) from bin.util import remove_directory # test data diff --git a/tests/test_overall.py b/tests/test_overall.py index 65c6ba5..eb1dea5 100755 --- a/tests/test_overall.py +++ b/tests/test_overall.py @@ -7,7 +7,6 @@ # import import os import shutil - # import functions import subprocess import sys @@ -86,6 +85,13 @@ def test_overall(tmp_dir): exec_command(cmd) +def test_overall_mash_distance(tmp_dir): + """test pharokka overall with stricter mash distance""" + input_fasta: Path = f"{standard_data}/SAOMS1.fasta" + cmd = f"pharokka.py -i {input_fasta} -d {database_dir} -o {tmp_dir} -t {threads} -f --mash_distance 0.05" + exec_command(cmd) + + def test_overall_crispr(tmp_dir): """test pharokka overall crispr""" input_fasta: Path = f"{CRISPR_data}/Biggiephage_A_fullcontig_CasĪ¦1.fasta" @@ -93,6 +99,13 @@ def test_overall_crispr(tmp_dir): exec_command(cmd) +def test_overall_crispr_minced_args(tmp_dir): + """test pharokka crispr with minced args""" + input_fasta: Path = f"{CRISPR_data}/Biggiephage_A_fullcontig_CasĪ¦1.fasta" + cmd = f'pharokka.py -i {input_fasta} -d {database_dir} -o {tmp_dir} -t {threads} -f -g prodigal --minced_args "minNR 2 -minRL 21" ' + exec_command(cmd) + + def test_overall_vfdb(tmp_dir): """test pharokka overall on a phage with vfdb hits. Also include --skip_extra_annotations""" input_fasta: Path = f"{VFDB_data}/NC_004617.fasta" @@ -114,6 +127,13 @@ def test_overall_tmrna(tmp_dir): exec_command(cmd) +def test_overall_unicycler_header_prodigal(tmp_dir): + """#317 test pharokka overall with unicycler header""" + input_fasta: Path = f"{standard_data}/SAOMS1.fasta" + cmd = f"pharokka.py -i {input_fasta} -d {database_dir} -o {tmp_dir} -t {threads} -f -g prodigal" + exec_command(cmd) + + def test_meta(tmp_dir): """test pharokka meta""" input_fasta: Path = f"{meta_data}/combined_meta.fasta" @@ -121,6 +141,13 @@ def test_meta(tmp_dir): exec_command(cmd) +def test_meta_unicycler_header_prodigal(tmp_dir): + """#317 test pharokka overall with unicycler header - with all trna, tmras crispr etc""" + input_fasta: Path = f"{meta_data}/combined_meta_unicycler_headers.fasta" + cmd = f"pharokka.py -i {input_fasta} -d {database_dir} -o {tmp_dir} -t {threads} -f -g prodigal-gv -m" + exec_command(cmd) + + def test_meta_prodigal_gv(tmp_dir): """test pharokka meta with prodigal-gv""" input_fasta: Path = f"{meta_data}/combined_meta.fasta" diff --git a/tests/test_proteins.py b/tests/test_proteins.py index 530965e..c6ae293 100755 --- a/tests/test_proteins.py +++ b/tests/test_proteins.py @@ -8,7 +8,6 @@ # import import os import shutil - # import functions import subprocess import sys @@ -78,6 +77,13 @@ def test_proteins(tmp_dir): exec_command(cmd) +def test_proteins_with_vfdb_card(tmp_dir): + """test pharokka proteins""" + input_fasta: Path = f"{proteins_data}/vfdb_card.faa" + cmd = f"pharokka_proteins.py -i {input_fasta} -d {database_dir} -o {tmp_dir} -t {threads} -f" + exec_command(cmd) + + def test_proteins_hmm_only(tmp_dir): """test pharokka proteins hmm_only""" input_fasta: Path = f"{proteins_data}/phanotate.faa"