From 9679d4157ee3bbfb71e30cb7387097fc138e8a49 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: gbouras13 Date: Wed, 23 Aug 2023 00:21:06 +0930 Subject: [PATCH] codecov --- .github/workflows/ci.yaml | 18 +- .../SAOMS1_Output/phanotate_out_tmp.fasta | 492 ---- .../SAOMS1_Output/pharokka_minced.gff | 1 + .../SAOMS1_Output/prodigal_out_tmp.fasta | 2113 ----------------- 4 files changed, 3 insertions(+), 2621 deletions(-) diff --git a/.github/workflows/ci.yaml b/.github/workflows/ci.yaml index 56aa85a..2c312aa 100644 --- a/.github/workflows/ci.yaml +++ b/.github/workflows/ci.yaml @@ -32,27 +32,13 @@ jobs: channels: conda-forge,bioconda,defaults channel-priority: strict auto-update-conda: true - - name: Install pharokka and run tests shell: bash -l {0} run: | mamba install python=${{ matrix.python-version }} python -m pip install --upgrade pip pip install . - pytest --cov=./ --cov-report xml --cov-report lcov --cov-append - - - name: "Generate coverage report on ${{ matrix.os }} for Python ${{ 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