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epidemioR · Epidemiologia de Doenças de Plantas Aplicada com R

O objetivo do epidemioR é fazer a documentação do uso do software R no desenvolvimento, aplicação e avaliação métodos para análise de dados em epidemiologia para manejo de doenças em plantas com temas específicos de interesse dos professores, pesquisadores e alunos.

Este material é produzido devido à colaboração de professores e alunos do Programa de Pós Graduação em Produção Vegetal, com colaboração de professores e pesquisadores externos.

Sumário

Programação das atividades

Sem. Data Atividade ( as 14 h) Apresent. Profs. / Pos-docs
1 15/08/19 Apresentação da disciplina e demandas dos alunos Larissa e Walmes
2 23/08/19 Uso de ilustrações em artigos / Dados experimentos monociclo Walmes / Jhulia Larissa e Walmes
3 30/08/19 Atividade em laboratório de estatística Walmes
4 06/09/19 Atividade em laboratório de estatística Walmes
5 13/09/19 Dados de infecção em frutos diferentes tamanhos (sobrevivência) – 8:30 h Camilla Larissa e Walmes
6 20/09/19 Análises de mortalidade de nematoides em dose resposta Marlon Larissa, Walmes e Henrique
7 27/09/19 Atividade em laboratório de estatística Walmes
8 04/10/19 Dados comparativos de espécies x fungicidas em frutos / Metodologias aplicadas para estimar EC50 em ensaios in vitro Thiago / Paulo (UCDavis) Larissa e Walmes
9 11/10/19 Atividade em laboratório de estatística Walmes
10 18/10/19 Ensaios ex vivo de adaptabilidade de populações de biotróficos / Uso de diferentes parametrizações em modelos não lineares para doenças de plantas Alexandre / Cristiano (EPAGRI) Larissa e Walmes
11 25/10/19 Atividade em laboratório de estatística Walmes
12 01/11/19 Resultados de análises - Dados em R Jhulia e Camilla Larissa e Walmes
13 08/11/19 Resultados de análises - Dados em R Marlon e Thiago e Larissa e Walmes
14 22/11/19 Resultados de análises - Dados em R Alexandre Larissa e Walmes
15 29/11/19 Entrega de capítulo de livro relativo às análises TODOS Larissa e Walmes

Orientações para os autores

As orientações a seguir são para contribuir com a editoração do material. Elas contém orientações de organização e sintaxe para contrução de elementos textuais.

Sintaxe Rmarkdown

A sintaxe markdown é amplamente documentada na web. O Rmarkdown permite a inclusão de fragmentos de código R. Também é bem documentado na web. Por essa razão, aqui serão apontados materiais de consulta recomendados.

  1. https://www.rstudio.com/wp-content/uploads/2016/03/rmarkdown-cheatsheet-2.0.pdf.
  2. https://www.rstudio.com/wp-content/uploads/2015/02/rmarkdown-cheatsheet.pdf.
  3. https://guides.github.com/pdfs/markdown-cheatsheet-online.pdf.
  4. https://en.support.wordpress.com/markdown-quick-reference/.
  5. https://bookdown.org/yihui/rmarkdown/.
  6. https://cran.r-project.org/web/packages/stationery/vignettes/Rmarkdown.pdf.

Estrutura de diretório e arquivos

Para organizar a elaboração do material de forma a garantir autonomia para os autores e menos problemas com conflitos de edição de arquivos, será adotada a seguinte estrutura de diretório.

epidemioR/
  |-- _output.yml                Arquivo de configurações.
  |-- _bookdown.yml              Arquivo de internacionalização.
  |-- index.Rmd                  Capa e configurações principais.
  |-- config/                    Diretório com arquivos de conf.
  |-- img/                       Para imagens de capa, etc.
  |
  |-- <nome-do-capitulo-1>.Rmd   Capítulo do livro.
  |-- <nome-do-capitulo-1>/      Diretório com arquivos do capítulo.
  |    |-- *.png, *.jpg, etc.    Arquivos de imagem.
  |    |-- *.txt, *.csv, etc.    Arquivos com dados em texto pleno.
  |    `-- refs.bib              Arquivo com referências bibliográficas.
  |
  |-- <nome-do-capitulo-2>.Rmd   Outro capítulo do livro.
  `-- <nome-do-capitulo-2>/      Outro diretório com arquivos.
       |-- *.png, *.jpg, etc.
       |-- *.txt, *.csv, etc.    E segue assim.
       `-- refs.bib

Cada capítulo será composto de um arquivo Rmarkdown (*.Rmd) e um diretório onde ficarão os arquivos para o capítulo. O mesmo nome deve ser usado para o arquivo e diretório. Por exemplo, o nome pode ser regressao-linear-para-cpd-em-macieira ou analise-da-resistencia-a-fungicidas. Quanto mais descritivo o nome, melhor. Porém, usar o bom senso para o nome não ficar tão grande.

No diretório do capítulo devem ficar as imagens que serão usadas, por exemplo, para indicar o delineamento experimental ou o estado das lesões nos frutos. Arquivos *.csv ou *.txt contendo os dados crus devem estar no diretório também.

O diretório deve conter um arquivo chamado refs.bib com as referências bibligráficas em sintaxe bibtex. São dados mais detalhes sobre isso na seção sobre referências bibligráficas.

No começo de cada capítulo deve se indicar os autores com o seguinte fragmento entre o título e o primeiro parágrafo no arquivo Rmarkdown.

```{r, echo = FALSE, results = "asis"}
chapter_authors(c("Walmes Marques Zeviani", "Larissa May de Mio"))
```

Inclusão de figuras

A inclusão de figuras é de duas formas: i) gráficos produzidos pelo código R e ii) imagens externas incluídas por arquivo *.png, *.jpg, etc.

Para gráficos do R, basta criar um fragmento de código que crie o gráfico que ele será incluído no documento final. Recomenda-se a inclusão de uma legenda para o gráfico que é indica no parâmetro fig.cap do cabeçalho de fragmento de código.

A figura a seguir indica como incluir um gráfico gerado pelo R.

A figura a seguir indica como incluir uma imagem em arquivo externo.

Atenção para duas coisas:

  1. A demarcação (ref:<texto-unico-identicador>) serve para passar a legenda para o parâmetro fig.cap do cabeçalho de fragmento de código. A legenda pode ser longa, conter representação especial como equações, então dessa maneira acomoda-se essas características.
  2. A demarcação \@ref(<texto-unico-de-referencia>) serve para identificar a figura de modo a permitir referências cruzadas no texto. A sugestão é que se use o nome do arquivo (sem a extensão) como nome de referência.

Inclusão de tabelas

Assim como ocorre para as figuras, as tabelas colocas no texto poder sem produzidas i) a partir do código ou ii) incluídas diretamente no texto.

Para incluir tabelas geradas a partir de data frames no R pode-se usar a função knitr::kable(). Existem outros pacotes que também exportam tabelas para a sintaxe markdown, mas este é simples de usar e atende as necessidades. A figura abaixo indica como usá-la com os principais parâmetros para controle de exibição da tabela.

No caso da tabela ser inserida diretamente, tem-se que colocá-la usando-se sintaxe markdown. Felizmente, a tabela pode ser construída em serviços web ou gerada a partir de arquivos CSV, por exemplo. Consulte os links abaixo.

  1. https://tableconvert.com/.
  2. https://www.tablesgenerator.com/#.
  3. https://www.latex-tables.com/.
  4. https://jakebathman.github.io/Markdown-Table-Generator/.
  5. https://truben.no/table/.

Uma vez que a tabela for gerada em sintaxe markdown por um dos serviços acima (ou qualquer outro equivalente), ela pode ser inserida no texto conforme ilustra a imagem a seguir.

As mesmas formas de referência cruzada vistas para figuras estão disponíveis para tabelas. A diferença é que o prefixo para tabela é tab: e não fig:.

Tabelas que sejam mais complexas, por exemplo, com cédulas mescladas, quebra de texto dentro das cédulas, podem ser feitas em outros softwares e incluídas como imagem. Algumas alternativas são:

  • O pacote kableExtra tem recursos adicionais para construção de tabelas e conversão para imagens.
  • O serviço LaTeX Previewer permite gerar PNG a partir de código LaTeX. Portanto, é útil para tabelas converter tabelas construídas em LaTeX para arquivos de imagem. Esteja atento em adicionar eventuais pacotes necessários para a renderização da tabela.
  • Para quem tiver experiência com Tikz, em específico com o PGFPlotsTable, pode construir tabelas de excelente tipografia com essa biblioteca.

Inclusão de equações e anotações matemáticas

Equações podem ser inseridas com sintaxe LaTeX. Os links abaixo apontam para serviços online que permitem a criação das equações em LaTeX. Depois de prontas é só adicioná-las no texto.

  1. https://www.codecogs.com/latex/eqneditor.php.
  2. https://hostmath.com/.
  3. https://www.latex4technics.com/.

A imagem a seguir indica como adicionar equações que ficam centralizadas na página (em bloco, usar $$) e que ficam no parágrafo (em linha, usar $).

No caso de uma equação ter que ser referenciada no texto, deve-se usar os mecanísmos de referência cruzada. A figura a seguir indica como fazer isso. O processo é análogo ao visto para figuras e tabelas. A diferença é que o prefixo para equações é eq:.

Citação de referências bibliográficas

As referências bibliográficas são arquivadas em formato BibTeX. Para gerar o código de uma referência em BibTeX a partir do DOI do artigo, do ISBN do livro, do título da referência, da referência formatada, da entrada BibTeX parcial, etc, pode-se usar um dos serviços web, softwares ou pacotes abaixo.

  1. DOI para BibTeX: https://www.doi2bib.org/.
  2. DOI/ISBN/URL para Bibtex: http://doi-to-bibtex-converter.herokuapp.com/ e http://doi-to-bibtex.herokuapp.com/.
  3. ISBN para BibTeX: https://manas.tungare.name/software/isbn-to-bibtex.
  4. ISBN para BibTeX: https://www.ottobib.com/.
  5. ISBN para BibTex: https://www.xarg.org/tools/isbn-to-bibtex/.
  6. Título para BibTeX: http://www.bibme.org/bibtex/journal-citation.
  7. Estrutura para BibTeX a partir da referência formatada: https://anystyle.io/.
  8. Serviço para preencher campos manualmente e criar BibTeX: https://truben.no/latex/bibtex/.
  9. Zotero · serviço para preencher campos manualmente e criar BibTeX: https://zbib.org/.
  10. DOI para BibTeX com Python (urllib): https://scipython.com/blog/doi-to-bibtex/.
  11. Completa/henriquece referências BibTeX: https://github.com/nschloe/betterbib.
  12. DOI para BibTeX com curl e Emacs: https://tex.stackexchange.com/questions/6848/automatically-dereference-doi-to-bib.
  13. Pacotes R:
    1. RefManageR: permite importar, manipular e fazer referências em documentos Rmarkdown. Tem interface para CrossRef e Zotero. Consegue importar referência de PDF usando poppler.
    2. doi2bib: usa o https://www.doi2bib.org/ para importar o BibTeX.
    3. bib2df: Cria tabelas a partir de arquivo *.bib. É útil para gerar tabelas resumo de referências e visualizações.
  14. O software JabRef possui recurso de importação por DOI, ISBN e outros identificadores únicos.
  15. Consulte esse guia rápido sobre os tipos de documentos e campos para criar as referências em BibTeX: http://paginapessoal.utfpr.edu.br/jamhour/publicacoes/arquivos/00_Compilado_JabRef_dez2015.pdf.

O Mendeley também exporta referências para BibTeX. Selecionando várias referências, pode-se, com o botão direito do mouse, clicar em Export... para criar um arquivo *.bib com a coleção. Ao escolher Copy as > BibTeX Entry, o conteúdo em formato BibTeX é copiado para a área de transferência, então é só colar dentro de um arquivo já existente.

Os fragmentos de código de cada referência em BibTeX gerados devem ser colocados em um arquivo refs.bib que deve ter o caminho informado no campo bibliography do cabeçalho do arquivo index.Rmd.

bibliography: [<nome-do-capitulo-1>/refs.bib, <nome-do-capitulo-2>/refs.bib]

A figura a seguir indica a sintaxe usada para fazer as referências diretas e entre parênteses ao final de parágrafos. A sintaxe é preceder o nome da referência com o @.

Dicas adicionais para referências

Algumas dicas adicionais sobre referências são:

  1. Itálico para nomes científicos: Para que nomes científicos estejam em itálico no título de artigos, por exemplo, tem-se que indicar da seguinte forma: 
    title = {Desenvolvimento da soja ({\it Glycine Max})}
  2. Maiúsculo para nomes próprios e siglas: Nomes próprios e siglas precisam ser protegidos para não serem passados para caixa baixa na hora de gerar as referências. Então usa-se chaves conforme indicado abaixo: 
    title = {Caracterização de isolados do {Cerrado} do {Brasil}}
title = {Uso da abordagem {AMMI} para análise de experimentos}
  3. Substituir caracteres acentuados: Pode ser que seja necessário substituir caracteres acentuados por suas formas equivalentes. O protótipo abaixo indica como fazer para acentos agudos, circunflexos, tils e cedilha. 
    title = {An{\' alise} da resist{\^ e}ncia {\` a} penetra{\c c}{\~ a}o do solo}
    No caso de ter que converter um arquivo grande, pode-se usar o serviço web http://w2.syronex.com/jmr/latex-symbols-converter. Basta colar o texto e clicar em converter.

Serviços para molduras de imagens para pranchas

Para esse projeto será frequente a confecção de pranchas (foto grid ou foto colagens) para apresentar sintomas das doenças, etc. Com a finalidade de facilitar e também padronizar as pranchas, recomenda-se que sejam feitas com alguns dos serviços web abaixo.

  1. https://www.fotojet.com/features/photo-collage/photo-grid.html.
  2. https://www.befunky.com/pt/criar/colagem/.
  3. https://www.fotor.com/app.html.

Algumas orientações adicionais são:

  • Usar aspectos 1:1, 3:4 ou 16:9 para as imagens, escolhendo destes aquele que melhor acomodar as imagens.
  • Usar bordas brancas sem cantos arredondados. Procurar manter sempre a mesma espessura para a borda. A foto mostrada acima usou 15% para spacing e foi feita no FotoJet.
  • Baixar a imagem como arquivo PNG.

Serviços para remover fundos de imagens

Para o projeto será necessária a edição de imagens, o que muitas vezes exigirá a edição de fundos para transparente ou branco. Existem serviços especializados, gratuitos e online na web para isso. A lista abaixo contém alguns.

Serviços para edição de imagens

Para edição de imagens no sentido amplo que vai desde altarar bilho, contraste, até adicionar texto, setas, círculos e retângulos, também há serviços especializados, gratuitos e online na web. A lista abaixo contém alguns.

Recursos para edição de imagens

Para edição/tratamento de imagens, construção de fluxogramas, etc., recomenda-se 2 softwares livres.

Construção de fluxogramas

O https://www.draw.io/ é um serviço web para construção de fluxogramas e esquemas mentais bem ágil. Tem uma série de elementos prontos para uso, é bem fácil fazer a conexão entre elementos para indicar fluxo, adicionar textos, alinhar elementos, redimensionar, rotacionar, etc. O serviço permite vincular uma conta de Dropbox ou Google Drive para sincronizar os desenhos feitos e permite baixá-los em formatos editáveis por outros softwares. Assista ao vídeo tutorial: https://www.youtube.com/watch?v=XOOVHVfc16U. Existem outros serviços similares ao draw.io:

Repositórios de ícones e imagens

O https://br.flaticon.com/ oferece uma coleção de ícones que podem ser usados nas ilustrações. Sem autenticar no serviço, pode-se baixar 10 ícones por dia. Com autenticação no serviço, pode-se baixar até 100 ícones. Ao fazer criar uma conta premium, pode-se explorar ícones e recursos adicionais. São muitas imagens de licensa gratuíta que exigem apenas que seja dado créditos ao autor. Os ícones podem ser baixados em formato vetorial e, portanto, editados conforme necessidades da ilustração. Existem outros repositórios semelhantes a esse:

O https://biorender.com é um portal excelente com muitas ilustrações voltadas para a Ciência, como aparelhos e instrumentos de laboratório, estruturas celulares, anatomia humana, espécies de seres vivos, entre outros. O serviço dispõe de um plano gratuíto que habilita o uso das imagens para usos educacionais, porém não dá permissão para uso das ilustrações em publicações científicas. Dessa forma, o uso das imagens fica restrito a slides, tutoriais, materiais de aula, etc.

Codificação de caracteres (encoding)

Um projeto em bookdown como este precisa que todos os arquivos tenham a codificação de caracteres UTF-8. Arquivo gerados no Windows geralmente estão sob a codificação ISO-8859-1, também chamada de Latin1. Para converter um arquivo de ISO-8859-1 para UTF-8 pode-se usar o Git Bash:

  1. Abra o Git Bash no diretório em que está o arquivo a ser convertido, indicado genericamente por arquivo.abc.
  2. No terminal execute: file -b arquivo.abc. Essa instrução apenas irá exibir a condificação de caracteres do arquivo. Se aparecer ISO-8859-1 ou algo do tipo para o arquivo, então é a codificação dele.
  3. No terminal execute iconv -f iso-8859-1 -t utf-8 arquivo.abc > arquivo2.abc para criar uma cópia em codificação UTF-8.
  4. Delete o arquivo com codificação ISO-8859-1 e renomeie o que está com UTF-8 para arquivo.abc.

Isso pode ser feito no RStudio com File > Save with Encoding....