From 7fddfcb22f7bc388c6e051788337ebcd9b810e56 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Cornelius Roemer Date: Wed, 2 Nov 2022 23:57:32 +0100 Subject: [PATCH] Add monkeypox 2022-11-03 release assets --- CHANGELOG.md | 8 + .../2022-11-03T12:00:00Z/files/genemap.gff | 361 ++ .../2022-11-03T12:00:00Z/files/primers.csv | 1 + .../2022-11-03T12:00:00Z/files/qc.json | 59 + .../files/reference.fasta | 3288 +++++++++++++++++ .../files/sequences.fasta | 18 + .../2022-11-03T12:00:00Z/files/tag.json | 25 + .../2022-11-03T12:00:00Z/files/tree.json | 1 + .../files/virus_properties.json | 12 + .../2022-11-03T12:00:00Z/files/genemap.gff | 361 ++ .../2022-11-03T12:00:00Z/files/primers.csv | 1 + .../2022-11-03T12:00:00Z/files/qc.json | 42 + .../files/reference.fasta | 2820 ++++++++++++++ .../files/sequences.fasta | 18 + .../2022-11-03T12:00:00Z/files/tag.json | 25 + .../2022-11-03T12:00:00Z/files/tree.json | 1 + .../files/virus_properties.json | 12 + .../2022-11-03T12:00:00Z/files/genemap.gff | 361 ++ .../2022-11-03T12:00:00Z/files/primers.csv | 1 + .../2022-11-03T12:00:00Z/files/qc.json | 38 + .../files/reference.fasta | 3288 +++++++++++++++++ .../files/sequences.fasta | 10 + .../2022-11-03T12:00:00Z/files/tag.json | 25 + .../2022-11-03T12:00:00Z/files/tree.json | 1 + .../files/virus_properties.json | 80 + 25 files changed, 10857 insertions(+) create mode 100644 data/datasets/MPXV/references/ancestral/versions/2022-11-03T12:00:00Z/files/genemap.gff create mode 100644 data/datasets/MPXV/references/ancestral/versions/2022-11-03T12:00:00Z/files/primers.csv create mode 100644 data/datasets/MPXV/references/ancestral/versions/2022-11-03T12:00:00Z/files/qc.json create mode 100644 data/datasets/MPXV/references/ancestral/versions/2022-11-03T12:00:00Z/files/reference.fasta create mode 100644 data/datasets/MPXV/references/ancestral/versions/2022-11-03T12:00:00Z/files/sequences.fasta create mode 100644 data/datasets/MPXV/references/ancestral/versions/2022-11-03T12:00:00Z/files/tag.json create mode 100644 data/datasets/MPXV/references/ancestral/versions/2022-11-03T12:00:00Z/files/tree.json create mode 100644 data/datasets/MPXV/references/ancestral/versions/2022-11-03T12:00:00Z/files/virus_properties.json create mode 100644 data/datasets/hMPXV/references/NC_063383.1/versions/2022-11-03T12:00:00Z/files/genemap.gff create mode 100644 data/datasets/hMPXV/references/NC_063383.1/versions/2022-11-03T12:00:00Z/files/primers.csv create mode 100644 data/datasets/hMPXV/references/NC_063383.1/versions/2022-11-03T12:00:00Z/files/qc.json create mode 100644 data/datasets/hMPXV/references/NC_063383.1/versions/2022-11-03T12:00:00Z/files/reference.fasta create mode 100644 data/datasets/hMPXV/references/NC_063383.1/versions/2022-11-03T12:00:00Z/files/sequences.fasta create mode 100644 data/datasets/hMPXV/references/NC_063383.1/versions/2022-11-03T12:00:00Z/files/tag.json create mode 100644 data/datasets/hMPXV/references/NC_063383.1/versions/2022-11-03T12:00:00Z/files/tree.json create mode 100644 data/datasets/hMPXV/references/NC_063383.1/versions/2022-11-03T12:00:00Z/files/virus_properties.json create mode 100644 data/datasets/hMPXV_B1/references/pseudo_ON563414/versions/2022-11-03T12:00:00Z/files/genemap.gff create mode 100644 data/datasets/hMPXV_B1/references/pseudo_ON563414/versions/2022-11-03T12:00:00Z/files/primers.csv create mode 100644 data/datasets/hMPXV_B1/references/pseudo_ON563414/versions/2022-11-03T12:00:00Z/files/qc.json create mode 100644 data/datasets/hMPXV_B1/references/pseudo_ON563414/versions/2022-11-03T12:00:00Z/files/reference.fasta create mode 100644 data/datasets/hMPXV_B1/references/pseudo_ON563414/versions/2022-11-03T12:00:00Z/files/sequences.fasta create mode 100644 data/datasets/hMPXV_B1/references/pseudo_ON563414/versions/2022-11-03T12:00:00Z/files/tag.json create mode 100644 data/datasets/hMPXV_B1/references/pseudo_ON563414/versions/2022-11-03T12:00:00Z/files/tree.json create mode 100644 data/datasets/hMPXV_B1/references/pseudo_ON563414/versions/2022-11-03T12:00:00Z/files/virus_properties.json diff --git a/CHANGELOG.md b/CHANGELOG.md index 63576842..1524d864 100644 --- a/CHANGELOG.md +++ b/CHANGELOG.md @@ -1,5 +1,13 @@ # CHANGELOG +## 2022-11-03 + +### All monkeypox datasets + +#### New dataset version (tag `2022-11-03T00:00:00Z`) + +- New monkeypox lineages A.2.3, A.3, B.1.13 and B.1.14 were added to the dataset, see https://github.com/mpxv-lineages/lineage-designation/pull/28 for details on these lineages. + ## 2022-10-27 ### All SARS-CoV-2 datasets diff --git a/data/datasets/MPXV/references/ancestral/versions/2022-11-03T12:00:00Z/files/genemap.gff b/data/datasets/MPXV/references/ancestral/versions/2022-11-03T12:00:00Z/files/genemap.gff new file mode 100644 index 00000000..32348669 --- /dev/null +++ b/data/datasets/MPXV/references/ancestral/versions/2022-11-03T12:00:00Z/files/genemap.gff @@ -0,0 +1,361 @@ +##sequence-region NC_063383.1 1 197209 +##species https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?id=10244 +##NC_063383.1 RefSeq region 1 197209 . + . 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ID=gene-NBT03_gp060;Dbxref=GeneID:72551476;Name=OPG081;gbkey=Gene;gene_name=OPG081;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=NBT03_gp060;old_locus_tag=MPXV-M5312_HM12_Rivers-064 +NC_063383.1 RefSeq CDS 62046 62285 . - 0 ID=cds-YP_010377063.1;Parent=gene-NBT03_gp060;Dbxref=Genbank:YP_010377063.1,GeneID:72551476;Name=YP_010377063.1;Note=I5L%3B similar to Vaccinia virus strain Copenhagen I5L%3B IMV surface membrane protein;gbkey=CDS;gene_name=OPG081;locus_tag=NBT03_gp060;product=MPXVgp066;protein_id=YP_010377063.1 +NC_063383.1 RefSeq gene 62304 63452 . - . 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ID=gene-NBT03_gp129;Dbxref=GeneID:72551545;Name=OPG150;gbkey=Gene;gene_name=OPG150;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=NBT03_gp129;old_locus_tag=MPXV-M5312_HM12_Rivers-133 +NC_063383.1 RefSeq CDS 127779 128927 . + 0 ID=cds-YP_010377132.1;Parent=gene-NBT03_gp129;Dbxref=Genbank:YP_010377132.1,GeneID:72551545;Name=YP_010377132.1;Note=A24R%3B similar to Vaccinia virus strain Copenhagen A23R%3B intermediate transcription factor%2C VITF-3%2C 45 kDa;gbkey=CDS;gene_name=OPG150;locus_tag=NBT03_gp129;product=MPXVgp134;protein_id=YP_010377132.1 +NC_063383.1 RefSeq gene 128924 132418 . + . 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ID=gene-NBT03_gp144;Dbxref=GeneID:72551560;Name=OPG167;gbkey=Gene;gene_name=OPG167;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=NBT03_gp144;old_locus_tag=MPXV-M5312_HM12_Rivers-150 +NC_063383.1 RefSeq CDS 144574 145407 . - 0 ID=cds-YP_010377147.1;Parent=gene-NBT03_gp144;Dbxref=Genbank:YP_010377147.1,GeneID:72551560;Name=YP_010377147.1;Note=A40L%3B similar to Vaccinia virus strain Copenhagen A38L%3B integral membrane glycoprotein%3B immunoglobulin-like%3B regulation of the influx of extracellular Ca2+;gbkey=CDS;gene_name=OPG167;locus_tag=NBT03_gp144;product=MPXVgp150;protein_id=YP_010377147.1 +NC_063383.1 RefSeq gene 146113 146778 . - . 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ID=gene-NBT03_gp147;Dbxref=GeneID:72551563;Name=OPG172;gbkey=Gene;gene_name=OPG172;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=NBT03_gp147;old_locus_tag=MPXV-M5312_HM12_Rivers-153 +NC_063383.1 RefSeq CDS 147427 148017 . + 0 ID=cds-YP_010377150.1;Parent=gene-NBT03_gp147;Dbxref=Genbank:YP_010377150.1,GeneID:72551563;Name=YP_010377150.1;Note=A43R%3B similar to Vaccinia virus strain Copenhagen A43R%3B membrane glycoprotein;gbkey=CDS;gene_name=OPG172;locus_tag=NBT03_gp147;product=MPXVgp153;protein_id=YP_010377150.1 +NC_063383.1 RefSeq gene 148037 148261 . + . ID=gene-NBT03_gp148;Dbxref=GeneID:72551564;Name=OPG173;gbkey=Gene;gene_name=OPG173;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=NBT03_gp148;old_locus_tag=MPXV-M5312_HM12_Rivers-154 +NC_063383.1 RefSeq CDS 148037 148261 . + 0 ID=cds-YP_010377151.1;Parent=gene-NBT03_gp148;Dbxref=Genbank:YP_010377151.1,GeneID:72551564;Name=YP_010377151.1;Note=A44R;gbkey=CDS;gene_name=OPG173;locus_tag=NBT03_gp148;product=MPXVgp154;protein_id=YP_010377151.1 +NC_063383.1 RefSeq gene 148355 149395 . - . ID=gene-NBT03_gp149;Dbxref=GeneID:72551565;Name=OPG174;gbkey=Gene;gene_name=OPG174;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=NBT03_gp149;old_locus_tag=MPXV-M5312_HM12_Rivers-155 +NC_063383.1 RefSeq CDS 148355 149395 . - 0 ID=cds-YP_010377152.1;Parent=gene-NBT03_gp149;Dbxref=Genbank:YP_010377152.1,GeneID:72551565;Name=YP_010377152.1;Note=A45L%3B similar to Vaccinia virus strain Copenhagen A44L%3B 3-b-Hydroxy-delta5-steroid dehydrogenase;gbkey=CDS;gene_name=OPG174;locus_tag=NBT03_gp149;product=MPXVgp158;protein_id=YP_010377152.1 +NC_063383.1 RefSeq gene 149442 149819 . + . 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ID=gene-NBT03_gp151;Dbxref=GeneID:72551567;Name=OPG176;gbkey=Gene;gene_name=OPG176;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=NBT03_gp151;old_locus_tag=MPXV-M5312_HM12_Rivers-157 +NC_063383.1 RefSeq CDS 149809 150531 . + 0 ID=cds-YP_010377154.1;Parent=gene-NBT03_gp151;Dbxref=Genbank:YP_010377154.1,GeneID:72551567;Name=YP_010377154.1;Note=A47R%3B similar to Vaccinia virus strain Copenhagen A46R;gbkey=CDS;gene_name=OPG176;locus_tag=NBT03_gp151;product=MPXVgp157;protein_id=YP_010377154.1 +NC_063383.1 RefSeq gene 151509 152123 . + . ID=gene-NBT03_gp152;Dbxref=GeneID:72551568;Name=OPG178;gbkey=Gene;gene_name=OPG178;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=NBT03_gp152;old_locus_tag=MPXV-M5312_HM12_Rivers-158 +NC_063383.1 RefSeq CDS 151509 152123 . + 0 ID=cds-YP_010377155.1;Parent=gene-NBT03_gp152;Dbxref=Genbank:YP_010377155.1,GeneID:72551568;Name=YP_010377155.1;Note=A49R%3B similar to Vaccinia virus strain Copenhagen A48R%3B thymidylate kinase;gbkey=CDS;gene_name=OPG178;locus_tag=NBT03_gp152;product=MPXVgp159;protein_id=YP_010377155.1 +NC_063383.1 RefSeq gene 152692 154371 . + . 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ID=gene-NBT03_gp027;Dbxref=GeneID:72551443;Name=OPG047;gbkey=Gene;gene_name=OPG047;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=NBT03_gp027;old_locus_tag=MPXV-M5312_HM12_Rivers-031 +NC_063383.1 RefSeq CDS 29746 31194 . - 0 ID=cds-YP_010377030.1;Parent=gene-NBT03_gp027;Dbxref=Genbank:YP_010377030.1,GeneID:72551443;Name=YP_010377030.1;Note=C9L%3B similar to Vaccinia virus strain Copenhagen F3L%3B kelch-like;gbkey=CDS;gene_name=OPG047;locus_tag=NBT03_gp027;product=MPXVgp035;protein_id=YP_010377030.1 +NC_063383.1 RefSeq gene 31205 32164 . - . ID=gene-NBT03_gp028;Dbxref=GeneID:72551444;Name=OPG048;gbkey=Gene;gene_name=OPG048;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=NBT03_gp028;old_locus_tag=MPXV-M5312_HM12_Rivers-032 +NC_063383.1 RefSeq CDS 31205 32164 . - 0 ID=cds-YP_010377031.1;Parent=gene-NBT03_gp028;Dbxref=Genbank:YP_010377031.1,GeneID:72551444;Name=YP_010377031.1;Note=C10L%3B similar to Vaccinia virus strain Copenhagen F4L%3B ribonucleotide reductase%2C small subunit%2C R2;gbkey=CDS;gene_name=OPG048;locus_tag=NBT03_gp028;product=MPXVgp036;protein_id=YP_010377031.1 +NC_063383.1 RefSeq gene 32195 33151 . - . 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ID=gene-NBT03_gp117;Dbxref=GeneID:72551533;Name=OPG138;gbkey=Gene;gene_name=OPG138;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=NBT03_gp117;old_locus_tag=MPXV-M5312_HM12_Rivers-121 +NC_063383.1 RefSeq CDS 120560 121132 . - 0 ID=cds-YP_010377120.1;Parent=gene-NBT03_gp117;Dbxref=Genbank:YP_010377120.1,GeneID:72551533;Name=YP_010377120.1;Note=A13L%3B similar to Vaccinia virus strain Copenhagen A12L%3B virion core protein;gbkey=CDS;gene_name=OPG138;locus_tag=NBT03_gp117;product=MPXVgp123;protein_id=YP_010377120.1 +NC_063383.1 RefSeq gene 121156 121368 . - . 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ID=gene-NBT03_gp119;Dbxref=GeneID:72551535;Name=OPG140;gbkey=Gene;gene_name=OPG140;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=NBT03_gp119;old_locus_tag=MPXV-M5312_HM12_Rivers-123 +NC_063383.1 RefSeq CDS 121474 121746 . - 0 ID=cds-YP_010377122.1;Parent=gene-NBT03_gp119;Dbxref=Genbank:YP_010377122.1,GeneID:72551535;Name=YP_010377122.1;Note=A15L%3B similar to Vaccinia virus strain Copenhagen A14L%3B IMV inner membrane protein;gbkey=CDS;gene_name=OPG140;locus_tag=NBT03_gp119;product=MPXVgp125;protein_id=YP_010377122.1 +NC_063383.1 RefSeq gene 121763 121924 . - . 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ID=gene-NBT03_gp141;Dbxref=GeneID:72551557;Name=OPG163;gbkey=Gene;gene_name=OPG163;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=NBT03_gp141;old_locus_tag=MPXV-M5312_HM12_Rivers-147 +NC_063383.1 RefSeq CDS 142202 142732 . + 0 ID=cds-YP_010377144.1;Parent=gene-NBT03_gp141;Dbxref=Genbank:YP_010377144.1,GeneID:72551557;Name=YP_010377144.1;Note=A37R%3B similar to Vaccinia virus strain Copenhagen A35R;gbkey=CDS;gene_name=OPG163;locus_tag=NBT03_gp141;product=MPXVgp147;protein_id=YP_010377144.1 +NC_063383.1 RefSeq gene 142778 143464 . + . ID=gene-NBT03_gp142;Dbxref=GeneID:72551558;Name=OPG164;gbkey=Gene;gene_name=OPG164;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=NBT03_gp142;old_locus_tag=MPXV-M5312_HM12_Rivers-148 +NC_063383.1 RefSeq CDS 142778 143464 . + 0 ID=cds-YP_010377145.1;Parent=gene-NBT03_gp142;Dbxref=Genbank:YP_010377145.1,GeneID:72551558;Name=YP_010377145.1;Note=A38R%3B similar to Vaccinia virus strain Copenhagen A36R%3B IEV but not CEV envelope protein%3B plays critical role for actin tail formation%3B interacts with VAC A33R and A34R;gbkey=CDS;gene_name=OPG164;locus_tag=NBT03_gp142;product=MPXVgp148;protein_id=YP_010377145.1 +NC_063383.1 RefSeq gene 143516 144322 . + . 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ID=gene-NBT03_gp165;Dbxref=GeneID:72551581;Name=OPG198;gbkey=Gene;gene_name=OPG198;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=NBT03_gp165;old_locus_tag=MPXV-M5312_HM12_Rivers-172 +NC_063383.1 RefSeq CDS 170038 170886 . + 0 ID=cds-YP_010377168.1;Parent=gene-NBT03_gp165;Dbxref=Genbank:YP_010377168.1,GeneID:72551581;Name=YP_010377168.1;Note=B11R%3B similar to Vaccinia virus strain Copenhagen B12R%3B protein kinase-like;gbkey=CDS;gene_name=OPG198;locus_tag=NBT03_gp165;product=MPXVgp172;protein_id=YP_010377168.1 +NC_063383.1 RefSeq gene 170988 172022 . + . 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+>Monkeypox/PT0008/2022|sampling_date_20220515 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ID=gene-NBT03_gp043;Dbxref=GeneID:72551459;Name=OPG063;gbkey=Gene;gene_name=OPG063;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=NBT03_gp043;old_locus_tag=MPXV-M5312_HM12_Rivers-047 +NC_063383.1 RefSeq CDS 42249 43688 . - 0 ID=cds-YP_010377046.1;Parent=gene-NBT03_gp043;Dbxref=Genbank:YP_010377046.1,GeneID:72551459;Name=YP_010377046.1;Note=F1L%3B similar to Vaccinia virus strain Copenhagen E1L%3B poly-A polymerase%2C catalytic subunit;gbkey=CDS;gene_name=OPG063;locus_tag=NBT03_gp043;product=MPXVgp050;protein_id=YP_010377046.1 +NC_063383.1 RefSeq gene 43685 45898 . - . 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ID=gene-NBT03_gp065;Dbxref=GeneID:72551481;Name=OPG086;gbkey=Gene;gene_name=OPG086;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=NBT03_gp065;old_locus_tag=MPXV-M5312_HM12_Rivers-069 +NC_063383.1 RefSeq CDS 68528 68863 . - 0 ID=cds-YP_010377068.1;Parent=gene-NBT03_gp065;Dbxref=Genbank:YP_010377068.1,GeneID:72551481;Name=YP_010377068.1;Note=G2L%3B similar to Vaccinia virus strain Copenhagen G3L;gbkey=CDS;gene_name=OPG086;locus_tag=NBT03_gp065;product=MPXVgp071;protein_id=YP_010377068.1 +NC_063383.1 RefSeq gene 68857 69519 . + . ID=gene-NBT03_gp066;Dbxref=GeneID:72551482;Name=OPG087;gbkey=Gene;gene_name=OPG087;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=NBT03_gp066;old_locus_tag=MPXV-M5312_HM12_Rivers-070 +NC_063383.1 RefSeq CDS 68857 69519 . + 0 ID=cds-YP_010377069.1;Parent=gene-NBT03_gp066;Dbxref=Genbank:YP_010377069.1,GeneID:72551482;Name=YP_010377069.1;Note=G3R%3B similar to Vaccinia virus strain Copenhagen G2R;gbkey=CDS;gene_name=OPG087;locus_tag=NBT03_gp066;product=MPXVgp072;protein_id=YP_010377069.1 +NC_063383.1 RefSeq gene 69489 69863 . - . 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ID=gene-NBT03_gp112;Dbxref=GeneID:72551528;Name=OPG133;gbkey=Gene;gene_name=OPG133;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=NBT03_gp112;old_locus_tag=MPXV-M5312_HM12_Rivers-116 +NC_063383.1 RefSeq CDS 113564 115696 . - 0 ID=cds-YP_010377115.1;Parent=gene-NBT03_gp112;Dbxref=Genbank:YP_010377115.1,GeneID:72551528;Name=YP_010377115.1;Note=A8L%3B similar to Vaccinia virus strain Copenhagen A7L%3B early transcription factor%2C VETF%2C large subunit%3B needed for morphogenesis of the virion core;gbkey=CDS;gene_name=OPG133;locus_tag=NBT03_gp112;product=MPXVgp118;protein_id=YP_010377115.1 +NC_063383.1 RefSeq gene 115750 116628 . + . 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ID=gene-NBT03_gp142;Dbxref=GeneID:72551558;Name=OPG164;gbkey=Gene;gene_name=OPG164;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=NBT03_gp142;old_locus_tag=MPXV-M5312_HM12_Rivers-148 +NC_063383.1 RefSeq CDS 142778 143464 . + 0 ID=cds-YP_010377145.1;Parent=gene-NBT03_gp142;Dbxref=Genbank:YP_010377145.1,GeneID:72551558;Name=YP_010377145.1;Note=A38R%3B similar to Vaccinia virus strain Copenhagen A36R%3B IEV but not CEV envelope protein%3B plays critical role for actin tail formation%3B interacts with VAC A33R and A34R;gbkey=CDS;gene_name=OPG164;locus_tag=NBT03_gp142;product=MPXVgp148;protein_id=YP_010377145.1 +NC_063383.1 RefSeq gene 143516 144322 . + . ID=gene-NBT03_gp143;Dbxref=GeneID:72551559;Name=OPG165;gbkey=Gene;gene_name=OPG165;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=NBT03_gp143;old_locus_tag=MPXV-M5312_HM12_Rivers-149 +NC_063383.1 RefSeq CDS 143516 144322 . + 0 ID=cds-YP_010377146.1;Parent=gene-NBT03_gp143;Dbxref=Genbank:YP_010377146.1,GeneID:72551559;Name=YP_010377146.1;Note=A39R%3B similar to Vaccinia virus strain Copenhagen A37R;gbkey=CDS;gene_name=OPG165;locus_tag=NBT03_gp143;product=MPXVgp149;protein_id=YP_010377146.1 +NC_063383.1 RefSeq gene 144574 145407 . - . ID=gene-NBT03_gp144;Dbxref=GeneID:72551560;Name=OPG167;gbkey=Gene;gene_name=OPG167;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=NBT03_gp144;old_locus_tag=MPXV-M5312_HM12_Rivers-150 +NC_063383.1 RefSeq CDS 144574 145407 . - 0 ID=cds-YP_010377147.1;Parent=gene-NBT03_gp144;Dbxref=Genbank:YP_010377147.1,GeneID:72551560;Name=YP_010377147.1;Note=A40L%3B similar to Vaccinia virus strain Copenhagen A38L%3B integral membrane glycoprotein%3B immunoglobulin-like%3B regulation of the influx of extracellular Ca2+;gbkey=CDS;gene_name=OPG167;locus_tag=NBT03_gp144;product=MPXVgp150;protein_id=YP_010377147.1 +NC_063383.1 RefSeq gene 146113 146778 . - . 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ID=gene-NBT03_gp147;Dbxref=GeneID:72551563;Name=OPG172;gbkey=Gene;gene_name=OPG172;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=NBT03_gp147;old_locus_tag=MPXV-M5312_HM12_Rivers-153 +NC_063383.1 RefSeq CDS 147427 148017 . + 0 ID=cds-YP_010377150.1;Parent=gene-NBT03_gp147;Dbxref=Genbank:YP_010377150.1,GeneID:72551563;Name=YP_010377150.1;Note=A43R%3B similar to Vaccinia virus strain Copenhagen A43R%3B membrane glycoprotein;gbkey=CDS;gene_name=OPG172;locus_tag=NBT03_gp147;product=MPXVgp153;protein_id=YP_010377150.1 +NC_063383.1 RefSeq gene 148037 148261 . + . ID=gene-NBT03_gp148;Dbxref=GeneID:72551564;Name=OPG173;gbkey=Gene;gene_name=OPG173;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=NBT03_gp148;old_locus_tag=MPXV-M5312_HM12_Rivers-154 +NC_063383.1 RefSeq CDS 148037 148261 . + 0 ID=cds-YP_010377151.1;Parent=gene-NBT03_gp148;Dbxref=Genbank:YP_010377151.1,GeneID:72551564;Name=YP_010377151.1;Note=A44R;gbkey=CDS;gene_name=OPG173;locus_tag=NBT03_gp148;product=MPXVgp154;protein_id=YP_010377151.1 +NC_063383.1 RefSeq gene 148355 149395 . - . ID=gene-NBT03_gp149;Dbxref=GeneID:72551565;Name=OPG174;gbkey=Gene;gene_name=OPG174;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=NBT03_gp149;old_locus_tag=MPXV-M5312_HM12_Rivers-155 +NC_063383.1 RefSeq CDS 148355 149395 . - 0 ID=cds-YP_010377152.1;Parent=gene-NBT03_gp149;Dbxref=Genbank:YP_010377152.1,GeneID:72551565;Name=YP_010377152.1;Note=A45L%3B similar to Vaccinia virus strain Copenhagen A44L%3B 3-b-Hydroxy-delta5-steroid dehydrogenase;gbkey=CDS;gene_name=OPG174;locus_tag=NBT03_gp149;product=MPXVgp158;protein_id=YP_010377152.1 +NC_063383.1 RefSeq gene 149442 149819 . + . 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ID=gene-NBT03_gp151;Dbxref=GeneID:72551567;Name=OPG176;gbkey=Gene;gene_name=OPG176;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=NBT03_gp151;old_locus_tag=MPXV-M5312_HM12_Rivers-157 +NC_063383.1 RefSeq CDS 149809 150531 . + 0 ID=cds-YP_010377154.1;Parent=gene-NBT03_gp151;Dbxref=Genbank:YP_010377154.1,GeneID:72551567;Name=YP_010377154.1;Note=A47R%3B similar to Vaccinia virus strain Copenhagen A46R;gbkey=CDS;gene_name=OPG176;locus_tag=NBT03_gp151;product=MPXVgp157;protein_id=YP_010377154.1 +NC_063383.1 RefSeq gene 151509 152123 . + . 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ID=gene-NBT03_gp153;Dbxref=GeneID:72551569;Name=OPG180;gbkey=Gene;gene_name=OPG180;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=NBT03_gp153;old_locus_tag=MPXV-M5312_HM12_Rivers-159 +NC_063383.1 RefSeq CDS 152692 154371 . + 0 ID=cds-YP_010377156.1;Parent=gene-NBT03_gp153;Dbxref=Genbank:YP_010377156.1,GeneID:72551569;Name=YP_010377156.1;Note=A50R%3B similar to Vaccinia virus strain Copenhagen A50R%3B DNA ligase;gbkey=CDS;gene_name=OPG180;locus_tag=NBT03_gp153;product=MPXVgp160;protein_id=YP_010377156.1 +NC_063383.1 RefSeq gene 154412 155416 . + . ID=gene-NBT03_gp154;Dbxref=GeneID:72551570;Name=OPG181;gbkey=Gene;gene_name=OPG181;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=NBT03_gp154;old_locus_tag=MPXV-M5312_HM12_Rivers-160 +NC_063383.1 RefSeq CDS 154412 155416 . + 0 ID=cds-YP_010377157.1;Parent=gene-NBT03_gp154;Dbxref=Genbank:YP_010377157.1,GeneID:72551570;Name=YP_010377157.1;Note=A51R%3B similar to Vaccinia virus strain Copenhagen A51R;gbkey=CDS;gene_name=OPG181;locus_tag=NBT03_gp154;product=MPXVgp161;protein_id=YP_010377157.1 +NC_063383.1 RefSeq gene 158917 159858 . + . ID=gene-NBT03_gp155;Dbxref=GeneID:72551571;Name=OPG185;gbkey=Gene;gene_name=OPG185;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=NBT03_gp155;old_locus_tag=MPXV-M5312_HM12_Rivers-162 +NC_063383.1 RefSeq CDS 158917 159858 . + 0 ID=cds-YP_010377158.1;Parent=gene-NBT03_gp155;Dbxref=Genbank:YP_010377158.1,GeneID:72551571;Name=YP_010377158.1;Note=B2R%3B similar to Vaccinia virus strain Copenhagen A56R%3B EEV envelope and cell membrane glycoprotein hemagglutinin%3B inhibition of the ability of infected cells to fuse%3B interacts with VAC F13L;gbkey=CDS;gene_name=OPG185;locus_tag=NBT03_gp155;product=MPXVgp163;protein_id=YP_010377158.1 +NC_063383.1 RefSeq gene 160622 161533 . + . ID=gene-NBT03_gp156;Dbxref=GeneID:72551572;Name=OPG187;gbkey=Gene;gene_name=OPG187;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=NBT03_gp156;old_locus_tag=MPXV-M5312_HM12_Rivers-163 +NC_063383.1 RefSeq CDS 160622 161533 . + 0 ID=cds-YP_010377159.1;Parent=gene-NBT03_gp156;Dbxref=Genbank:YP_010377159.1,GeneID:72551572;Name=YP_010377159.1;Note=B3R%3B similar to Vaccinia virus strain Copenhagen B1R%3B serine;gbkey=CDS;gene_name=OPG187;locus_tag=NBT03_gp156;product=MPXVgp164;protein_id=YP_010377159.1 +NC_063383.1 RefSeq gene 161596 163107 . + . ID=gene-NBT03_gp157;Dbxref=GeneID:72551573;Name=OPG188;gbkey=Gene;gene_name=OPG188;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=NBT03_gp157;old_locus_tag=MPXV-M5312_HM12_Rivers-164 +NC_063383.1 RefSeq CDS 161596 163107 . + 0 ID=cds-YP_010377160.1;Parent=gene-NBT03_gp157;Dbxref=Genbank:YP_010377160.1,GeneID:72551573;Name=YP_010377160.1;Note=B4R%3B schlafen-like;gbkey=CDS;gene_name=OPG188;locus_tag=NBT03_gp157;product=MPXVgp165;protein_id=YP_010377160.1 +NC_063383.1 RefSeq gene 163333 165018 . + . 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+>Monkeypox/PT0008/2022|sampling_date_20220515 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