/scratch/b.jmd20jns/work/9b/f0dea172afeb1add4cb7db9df67648
├── augustus_config
│   ├── cgp
│   │   ├── cgp_param_21features_accuracy_largerGrid.convDivCorrect.cfg
│   │   ├── log_reg_parameters_arabidopsis.cfg
│   │   ├── log_reg_parameters_default.cfg
│   │   ├── log_reg_parameters_fly.cfg
│   │   ├── log_reg_parameters_human.cfg
│   │   ├── log_reg_parameters_primates.cfg
│   │   └── log_reg_parameters_s_aureus.cfg
│   ├── extrinsic
│   │   ├── extrinsic.cfg
│   │   ├── extrinsic-cgp.cfg
│   │   ├── extrinsic.E.cfg
│   │   ├── extrinsic.E.XNT.cfg
│   │   ├── extrinsic.ME.cfg
│   │   ├── extrinsic.MEMS.cfg
│   │   ├── extrinsic.MP.cfg
│   │   ├── extrinsic.MPE.cfg
│   │   ├── extrinsic.M.RM.E.W.cfg
│   │   ├── extrinsic.M.RM.E.W.P.cfg
│   │   ├── extrinsic.M.RM.PB.cfg
│   │   └── extrinsic.MT.cfg
│   ├── model
│   │   ├── constraints_shadow_partial.txt
│   │   ├── constraints_shadow_partial_utr.txt
│   │   ├── ovlp_len_archaea.pbl
│   │   ├── ovlp_len.pbl
│   │   ├── states_shadow_2igenic.cfg
│   │   ├── states_shadow_bacterium.cfg
│   │   ├── states_shadow.cfg
│   │   ├── states_shadow_intronless.cfg
│   │   ├── states_shadow_utr.cfg
│   │   ├── states_shadow_utr_nc.cfg
│   │   ├── states_singlestrand_2igenic.cfg
│   │   ├── states_singlestrand.cfg
│   │   ├── trans_shadow_atleastone.pbl
│   │   ├── trans_shadow_bacterium.pbl
│   │   ├── trans_shadow_complete.pbl
│   │   ├── trans_shadow_complete_utr.pbl
│   │   ├── trans_shadow_exactlyone.pbl
│   │   ├── trans_shadow_intronless.pbl
│   │   ├── trans_shadow_partial.pbl
│   │   ├── trans_shadow_partial_utr_nc.pbl
│   │   ├── trans_shadow_partial_utr.pbl
│   │   ├── trans_singlestrand_atleastone.pbl
│   │   ├── trans_singlestrand_complete.pbl
│   │   ├── trans_singlestrand_exactlyone.pbl
│   │   └── trans_singlestrand_partial.pbl
│   ├── profile
│   │   ├── blosum55.qij
│   │   ├── blosum62.qij
│   │   └── default.qij -> blosum62.qij
│   └── species
│       ├── adorsata
│       │   ├── adorsata_parameters.cfg
│       │   ├── adorsata_weightmatrix.txt
│       │   ├── generic_exon_probs.pbl
│       │   ├── generic_igenic_probs.pbl
│       │   ├── generic_intron_probs.pbl
│       │   └── generic_weightmatrix.txt
│       ├── aedes
│       │   ├── aedes_exon_probs.pbl
│       │   ├── aedes_igenic_probs.pbl
│       │   ├── aedes_intron_probs.pbl
│       │   ├── aedes_parameters.cfg
│       │   └── aedes_weightmatrix.txt
│       ├── amphimedon
│       │   ├── amphimedon_exon_probs.pbl
│       │   ├── amphimedon_igenic_probs.pbl
│       │   ├── amphimedon_intron_probs.pbl
│       │   ├── amphimedon_metapars.cfg
│       │   ├── amphimedon_parameters.cfg
│       │   ├── amphimedon_utr_probs.pbl
│       │   └── amphimedon_weightmatrix.txt
│       ├── ancylostoma_ceylanicum
│       │   ├── ancylostoma_ceylanicum_exon_probs.pbl
│       │   ├── ancylostoma_ceylanicum_igenic_probs.pbl
│       │   ├── ancylostoma_ceylanicum_intron_probs.pbl
│       │   ├── ancylostoma_ceylanicum_metapars.cfg
│       │   ├── ancylostoma_ceylanicum_metapars.utr.cfg
│       │   ├── ancylostoma_ceylanicum_parameters.cfg
│       │   ├── ancylostoma_ceylanicum_weightmatrix.txt
│       │   └── README.TXT
│       ├── anidulans
│       │   ├── anidulans_exon_probs.pbl
│       │   ├── anidulans_igenic_probs.pbl
│       │   ├── anidulans_intron_probs.pbl
│       │   ├── anidulans_parameters.cfg
│       │   └── anidulans_weightmatrix.txt
│       ├── arabidopsis
│       │   ├── arabidopsis_exon_probs.pbl
│       │   ├── arabidopsis_igenic_probs.pbl
│       │   ├── arabidopsis_intron_probs.pbl
│       │   ├── arabidopsis_parameters.cfg
│       │   ├── arabidopsis_utr_probs.pbl
│       │   └── arabidopsis_weightmatrix.txt
│       ├── Argopecten_irradians
│       │   ├── Argopecten_irradians_exon_probs.pbl
│       │   ├── Argopecten_irradians_igenic_probs.pbl
│       │   ├── Argopecten_irradians_intron_probs.pbl
│       │   ├── Argopecten_irradians_metapars.cfg
│       │   ├── Argopecten_irradians_metapars.cgp.cfg
│       │   ├── Argopecten_irradians_metapars.utr.cfg
│       │   ├── Argopecten_irradians_parameters.cfg
│       │   ├── Argopecten_irradians_weightmatrix.txt
│       │   └── README.txt
│       ├── aspergillus_fumigatus
│       │   ├── aspergillus_fumigatus_exon_probs.pbl
│       │   ├── aspergillus_fumigatus_igenic_probs.pbl
│       │   ├── aspergillus_fumigatus_intron_probs.pbl
│       │   ├── aspergillus_fumigatus_metapars.cfg
│       │   ├── aspergillus_fumigatus_parameters.cfg
│       │   └── aspergillus_fumigatus_weightmatrix.txt
│       ├── aspergillus_nidulans
│       │   ├── aspergillus_nidulans_exon_probs.pbl
│       │   ├── aspergillus_nidulans_igenic_probs.pbl
│       │   ├── aspergillus_nidulans_intron_probs.pbl
│       │   ├── aspergillus_nidulans_metapars.cfg
│       │   ├── aspergillus_nidulans_parameters.cfg
│       │   └── aspergillus_nidulans_weightmatrix.txt
│       ├── aspergillus_oryzae
│       │   ├── aspergillus_oryzae_exon_probs.pbl
│       │   ├── aspergillus_oryzae_igenic_probs.pbl
│       │   ├── aspergillus_oryzae_intron_probs.pbl
│       │   ├── aspergillus_oryzae_metapars.cfg
│       │   ├── aspergillus_oryzae_parameters.cfg
│       │   └── aspergillus_oryzae_weightmatrix.txt
│       ├── aspergillus_terreus
│       │   ├── aspergillus_terreus_exon_probs.pbl
│       │   ├── aspergillus_terreus_igenic_probs.pbl
│       │   ├── aspergillus_terreus_intron_probs.pbl
│       │   ├── aspergillus_terreus_metapars.cfg
│       │   ├── aspergillus_terreus_parameters.cfg
│       │   └── aspergillus_terreus_weightmatrix.txt
│       ├── Aurelia_aurita
│       │   ├── Aurelia_aurita_exon_probs.pbl
│       │   ├── Aurelia_aurita_igenic_probs.pbl
│       │   ├── Aurelia_aurita_intron_probs.pbl
│       │   ├── Aurelia_aurita_metapars.cfg
│       │   ├── Aurelia_aurita_metapars.cgp.cfg
│       │   ├── Aurelia_aurita_metapars.utr.cfg
│       │   ├── Aurelia_aurita_parameters.cfg
│       │   ├── Aurelia_aurita_weightmatrix.txt
│       │   └── README.txt
│       ├── Bathycoccus_prasinos
│       │   ├── Bathycoccus_prasinos_exon_probs.pbl
│       │   ├── Bathycoccus_prasinos_igenic_probs.pbl
│       │   ├── Bathycoccus_prasinos_intron_probs.pbl
│       │   ├── Bathycoccus_prasinos_metapars.cfg
│       │   ├── Bathycoccus_prasinos_metapars.cgp.cfg
│       │   ├── Bathycoccus_prasinos_metapars.utr.cfg
│       │   ├── Bathycoccus_prasinos_parameters.cfg
│       │   ├── Bathycoccus_prasinos_weightmatrix.txt
│       │   └── README.txt
│       ├── bombus_impatiens1
│       │   ├── bombus_impatiens1_exon_probs.pbl
│       │   ├── bombus_impatiens1_exon_probs.pbl.withoutCRF
│       │   ├── bombus_impatiens1_igenic_probs.pbl
│       │   ├── bombus_impatiens1_igenic_probs.pbl.withoutCRF
│       │   ├── bombus_impatiens1_intron_probs.pbl
│       │   ├── bombus_impatiens1_intron_probs.pbl.withoutCRF
│       │   ├── bombus_impatiens1_metapars.cfg
│       │   ├── bombus_impatiens1_metapars.utr.cfg
│       │   ├── bombus_impatiens1_parameters.cfg
│       │   ├── bombus_impatiens1_parameters.cfg.orig1
│       │   ├── bombus_impatiens1_parameters.cfg.orig2
│       │   ├── bombus_impatiens1_parameters.cfg.orig3
│       │   ├── bombus_impatiens1_parameters.cfg.orig4
│       │   ├── bombus_impatiens1_parameters.cfg.orig5
│       │   └── bombus_impatiens1_weightmatrix.txt
│       ├── bombus_terrestris2
│       │   ├── bombus_terrestris2_exon_probs.pbl
│       │   ├── bombus_terrestris2_exon_probs.pbl.withoutCRF
│       │   ├── bombus_terrestris2_igenic_probs.pbl
│       │   ├── bombus_terrestris2_igenic_probs.pbl.withoutCRF
│       │   ├── bombus_terrestris2_intron_probs.pbl
│       │   ├── bombus_terrestris2_intron_probs.pbl.withoutCRF
│       │   ├── bombus_terrestris2_metapars.cfg
│       │   ├── bombus_terrestris2_metapars.utr.cfg
│       │   ├── bombus_terrestris2_parameters.cfg
│       │   ├── bombus_terrestris2_parameters.cfg.orig1
│       │   ├── bombus_terrestris2_parameters.cfg.orig2
│       │   ├── bombus_terrestris2_parameters.cfg.orig3
│       │   ├── bombus_terrestris2_parameters.cfg.orig4
│       │   ├── bombus_terrestris2_utr_probs.pbl
│       │   └── bombus_terrestris2_weightmatrix.txt
│       ├── botrytis_cinerea
│       │   ├── botrytis_cinerea_exon_probs.pbl
│       │   ├── botrytis_cinerea_igenic_probs.pbl
│       │   ├── botrytis_cinerea_intron_probs.pbl
│       │   ├── botrytis_cinerea_metapars.cfg
│       │   ├── botrytis_cinerea_parameters.cfg
│       │   └── botrytis_cinerea_weightmatrix.txt
│       ├── b_pseudomallei
│       │   ├── b_pseudomallei_exon_probs.pbl
│       │   ├── b_pseudomallei_igenic_probs.pbl
│       │   ├── b_pseudomallei_metapars.cfg
│       │   ├── b_pseudomallei_metapars.utr.cfg
│       │   ├── b_pseudomallei_ovlp_len.pbl
│       │   ├── b_pseudomallei_parameters.cfg
│       │   ├── b_pseudomallei_parameters.cfg.orig1
│       │   ├── b_pseudomallei_parameters.cfg.orig2
│       │   ├── b_pseudomallei_trans_shadow_bacterium.pbl
│       │   └── b_pseudomallei_weightmatrix.txt
│       ├── brugia
│       │   ├── brugia_exon_probs.pbl
│       │   ├── brugia_igenic_probs.pbl
│       │   ├── brugia_intron_probs.pbl
│       │   ├── brugia_parameters.cfg
│       │   ├── brugia_splicefile
│       │   └── brugia_weightmatrix.txt
│       ├── cacao
│       │   ├── cacao_exon_probs.pbl
│       │   ├── cacao_igenic_probs.pbl
│       │   ├── cacao_intron_probs.pbl
│       │   ├── cacao_metapars.cfg
│       │   ├── cacao_metapars.utr.cfg
│       │   ├── cacao_parameters.cfg
│       │   ├── cacao_utr_probs.pbl
│       │   └── cacao_weightmatrix.txt
│       ├── caenorhabditis
│       │   ├── caenorhabditis_exon_probs.pbl
│       │   ├── caenorhabditis_igenic_probs.pbl
│       │   ├── caenorhabditis_intron_probs.pbl
│       │   ├── caenorhabditis_metapars.cfg
│       │   ├── caenorhabditis_parameters.cfg
│       │   ├── caenorhabditis_trans_shadow_partial_utr.pbl
│       │   ├── caenorhabditis_utr_probs.pbl
│       │   └── caenorhabditis_weightmatrix.txt
│       ├── camponotus_floridanus
│       │   ├── camponotus_floridanus_exon_probs.pbl
│       │   ├── camponotus_floridanus_igenic_probs.pbl
│       │   ├── camponotus_floridanus_intron_probs.pbl
│       │   ├── camponotus_floridanus_metapars.cfg
│       │   ├── camponotus_floridanus_metapars.utr.cfg
│       │   ├── camponotus_floridanus_parameters.cfg
│       │   ├── camponotus_floridanus_weightmatrix.txt
│       │   └── README.TXT
│       ├── candida_albicans
│       │   ├── candida_albicans_exon_probs.pbl
│       │   ├── candida_albicans_igenic_probs.pbl
│       │   ├── candida_albicans_intron_probs.pbl
│       │   ├── candida_albicans_metapars.cfg
│       │   ├── candida_albicans_parameters.cfg
│       │   └── candida_albicans_weightmatrix.txt
│       ├── candida_guilliermondii
│       │   ├── candida_guilliermondii_exon_probs.pbl
│       │   ├── candida_guilliermondii_igenic_probs.pbl
│       │   ├── candida_guilliermondii_intron_probs.pbl
│       │   ├── candida_guilliermondii_metapars.cfg
│       │   ├── candida_guilliermondii_parameters.cfg
│       │   └── candida_guilliermondii_weightmatrix.txt
│       ├── candida_tropicalis
│       │   ├── candida_tropicalis_exon_probs.pbl
│       │   ├── candida_tropicalis_igenic_probs.pbl
│       │   ├── candida_tropicalis_intron_probs.pbl
│       │   ├── candida_tropicalis_metapars.cfg
│       │   ├── candida_tropicalis_parameters.cfg
│       │   └── candida_tropicalis_weightmatrix.txt
│       ├── Cassiopea_xamachana
│       │   ├── Cassiopea_xamachana_exon_probs.pbl
│       │   ├── Cassiopea_xamachana_igenic_probs.pbl
│       │   ├── Cassiopea_xamachana_intron_probs.pbl
│       │   ├── Cassiopea_xamachana_metapars.cfg
│       │   ├── Cassiopea_xamachana_metapars.cgp.cfg
│       │   ├── Cassiopea_xamachana_metapars.utr.cfg
│       │   ├── Cassiopea_xamachana_parameters.cfg
│       │   └── Cassiopea_xamachana_weightmatrix.txt
│       ├── c_elegans_trsk
│       │   ├── c_elegans_trsk_exon_probs.pbl
│       │   ├── c_elegans_trsk_exon_probs.pbl.withoutCRF
│       │   ├── c_elegans_trsk_igenic_probs.pbl
│       │   ├── c_elegans_trsk_igenic_probs.pbl.withoutCRF
│       │   ├── c_elegans_trsk_intron_probs.pbl
│       │   ├── c_elegans_trsk_intron_probs.pbl.withoutCRF
│       │   ├── c_elegans_trsk_metapars.cfg
│       │   ├── c_elegans_trsk_metapars.utr.cfg
│       │   ├── c_elegans_trsk_parameters.cfg
│       │   ├── c_elegans_trsk_utr_probs.pbl
│       │   └── c_elegans_trsk_weightmatrix.txt
│       ├── chaetomium_globosum
│       │   ├── chaetomium_globosum_exon_probs.pbl
│       │   ├── chaetomium_globosum_igenic_probs.pbl
│       │   ├── chaetomium_globosum_intron_probs.pbl
│       │   ├── chaetomium_globosum_metapars.cfg
│       │   ├── chaetomium_globosum_parameters.cfg
│       │   └── chaetomium_globosum_weightmatrix.txt
│       ├── chicken
│       │   ├── chicken_exon_probs.pbl
│       │   ├── chicken_igenic_probs.pbl
│       │   ├── chicken_intron_probs.pbl
│       │   ├── chicken_metapars.cfg
│       │   ├── chicken_metapars.utr.cfg
│       │   ├── chicken_parameters.cfg
│       │   ├── chicken_weightmatrix.txt
│       │   └── README.TXT
│       ├── chiloscyllium
│       │   ├── chiloscyllium_exon_probs.pbl
│       │   ├── chiloscyllium_igenic_probs.pbl
│       │   ├── chiloscyllium_intron_probs.pbl
│       │   ├── chiloscyllium_metapars.cfg
│       │   ├── chiloscyllium_metapars.cgp.cfg
│       │   ├── chiloscyllium_metapars.utr.cfg
│       │   ├── chiloscyllium_parameters.cfg
│       │   ├── chiloscyllium_parameters.cfg.orig1
│       │   └── chiloscyllium_weightmatrix.txt
│       ├── chlamy2011
│       │   ├── chlamy2011_exon_probs.pbl
│       │   ├── chlamy2011_igenic_probs.pbl
│       │   ├── chlamy2011_intron_probs.pbl
│       │   ├── chlamy2011_metapars.cfg
│       │   ├── chlamy2011_metapars.utr.cfg
│       │   ├── chlamy2011_parameters.cfg
│       │   ├── chlamy2011_trans_shadow_partial.pbl
│       │   ├── chlamy2011_trans_shadow_partial_utr.pbl
│       │   ├── chlamy2011_utr_probs.pbl
│       │   └── chlamy2011_weightmatrix.txt
│       ├── chlamydomonas
│       │   ├── chlamydomonas_exon_probs.pbl
│       │   ├── chlamydomonas_igenic_probs.pbl
│       │   ├── chlamydomonas_intron_probs.pbl
│       │   ├── chlamydomonas_metapars.cfg
│       │   ├── chlamydomonas_parameters.cfg
│       │   ├── chlamydomonas_trans_shadow_partial.pbl
│       │   ├── chlamydomonas_trans_shadow_partial_utr.pbl
│       │   ├── chlamydomonas_utr_probs.pbl
│       │   └── chlamydomonas_weightmatrix.txt
│       ├── Chlamydomonas_eustigma
│       │   ├── Chlamydomonas_eustigma_exon_probs.pbl
│       │   ├── Chlamydomonas_eustigma_igenic_probs.pbl
│       │   ├── Chlamydomonas_eustigma_intron_probs.pbl
│       │   ├── Chlamydomonas_eustigma_metapars.cfg
│       │   ├── Chlamydomonas_eustigma_metapars.cgp.cfg
│       │   ├── Chlamydomonas_eustigma_metapars.utr.cfg
│       │   ├── Chlamydomonas_eustigma_parameters.cfg
│       │   ├── Chlamydomonas_eustigma_weightmatrix.txt
│       │   └── README.txt
│       ├── chlorella
│       │   ├── chlorella_exon_probs.pbl
│       │   ├── chlorella_igenic_probs.pbl
│       │   ├── chlorella_intron_probs.pbl
│       │   ├── chlorella_metapars.cfg
│       │   ├── chlorella_metapars.utr.cfg
│       │   ├── chlorella_parameters.cfg
│       │   ├── chlorella_utr_probs.pbl
│       │   └── chlorella_weightmatrix.txt
│       ├── Chloropicon_primus
│       │   ├── Chloropicon_primus_exon_probs.pbl
│       │   ├── Chloropicon_primus_igenic_probs.pbl
│       │   ├── Chloropicon_primus_intron_probs.pbl
│       │   ├── Chloropicon_primus_metapars.cfg
│       │   ├── Chloropicon_primus_metapars.cgp.cfg
│       │   ├── Chloropicon_primus_metapars.utr.cfg
│       │   ├── Chloropicon_primus_parameters.cfg
│       │   ├── Chloropicon_primus_weightmatrix.txt
│       │   └── README.txt
│       ├── Chrysaora_chesapeakeij
│       │   ├── Chrysaora_chesapeakei_exon_probs.pbl
│       │   ├── Chrysaora_chesapeakei_igenic_probs.pbl
│       │   ├── Chrysaora_chesapeakei_intron_probs.pbl
│       │   ├── Chrysaora_chesapeakei_metapars.cfg
│       │   ├── Chrysaora_chesapeakei_metapars.cgp.cfg
│       │   ├── Chrysaora_chesapeakei_metapars.utr.cfg
│       │   ├── Chrysaora_chesapeakei_parameters.cfg
│       │   ├── Chrysaora_chesapeakei_weightmatrix.txt
│       │   └── README.txt
│       ├── ciona
│       │   ├── ciona_exon_probs.pbl
│       │   ├── ciona_igenic_probs.pbl
│       │   ├── ciona_intron_probs.pbl
│       │   ├── ciona_metapars.cfg
│       │   ├── ciona_metapars.cgp.cfg
│       │   ├── ciona_metapars.utr.cfg
│       │   ├── ciona_parameters.cfg
│       │   ├── ciona_parameters.cfg.orig1
│       │   ├── ciona_weightmatrix.txt
│       │   └── README.TXT
│       ├── coccidioides_immitis
│       │   ├── coccidioides_immitis_exon_probs.pbl
│       │   ├── coccidioides_immitis_igenic_probs.pbl
│       │   ├── coccidioides_immitis_intron_probs.pbl
│       │   ├── coccidioides_immitis_metapars.cfg
│       │   ├── coccidioides_immitis_parameters.cfg
│       │   └── coccidioides_immitis_weightmatrix.txt
│       ├── Conidiobolus_coronatus
│       │   ├── Conidiobolus_coronatus_exon_probs.pbl
│       │   ├── Conidiobolus_coronatus_igenic_probs.pbl
│       │   ├── Conidiobolus_coronatus_intron_probs.pbl
│       │   ├── Conidiobolus_coronatus_metapars.cfg
│       │   ├── Conidiobolus_coronatus_metapars.utr.cfg
│       │   ├── Conidiobolus_coronatus_parameters.cfg
│       │   ├── Conidiobolus_coronatus_utr_probs.pbl
│       │   └── Conidiobolus_coronatus_weightmatrix.txt
│       ├── coprinus
│       │   ├── coprinus_exon_probs.pbl
│       │   ├── coprinus_igenic_probs.pbl
│       │   ├── coprinus_intron_probs.pbl
│       │   ├── coprinus_parameters.cfg
│       │   └── coprinus_weightmatrix.txt
│       ├── coprinus_cinereus
│       │   ├── coprinus_cinereus_exon_probs.pbl
│       │   ├── coprinus_cinereus_igenic_probs.pbl
│       │   ├── coprinus_cinereus_intron_probs.pbl
│       │   ├── coprinus_cinereus_metapars.cfg
│       │   ├── coprinus_cinereus_parameters.cfg
│       │   └── coprinus_cinereus_weightmatrix.txt
│       ├── coyote_tobacco
│       │   ├── coyote_tobacco_exon_probs.pbl
│       │   ├── coyote_tobacco_igenic_probs.pbl
│       │   ├── coyote_tobacco_intron_probs.pbl
│       │   ├── coyote_tobacco_metapars.cfg
│       │   ├── coyote_tobacco_metapars.utr.cfg
│       │   ├── coyote_tobacco_parameters.cfg
│       │   ├── coyote_tobacco_trans_shadow_partial_utr.pbl
│       │   ├── coyote_tobacco_utr_probs.pbl
│       │   └── coyote_tobacco_weightmatrix.txt
│       ├── cryptococcus
│       │   ├── cryptococcus_exon_probs.pbl
│       │   ├── cryptococcus_igenic_probs.pbl
│       │   ├── cryptococcus_intron_probs.pbl
│       │   ├── cryptococcus_parameters.cfg
│       │   └── cryptococcus_weightmatrix.txt
│       ├── cryptococcus_neoformans_gattii
│       │   ├── cryptococcus_neoformans_gattii_exon_probs.pbl
│       │   ├── cryptococcus_neoformans_gattii_igenic_probs.pbl
│       │   ├── cryptococcus_neoformans_gattii_intron_probs.pbl
│       │   ├── cryptococcus_neoformans_gattii_metapars.cfg
│       │   ├── cryptococcus_neoformans_gattii_parameters.cfg
│       │   └── cryptococcus_neoformans_gattii_weightmatrix.txt
│       ├── cryptococcus_neoformans_neoformans_B
│       │   ├── cryptococcus_neoformans_neoformans_B_exon_probs.pbl
│       │   ├── cryptococcus_neoformans_neoformans_B_igenic_probs.pbl
│       │   ├── cryptococcus_neoformans_neoformans_B_intron_probs.pbl
│       │   ├── cryptococcus_neoformans_neoformans_B_metapars.cfg
│       │   ├── cryptococcus_neoformans_neoformans_B_parameters.cfg
│       │   └── cryptococcus_neoformans_neoformans_B_weightmatrix.txt
│       ├── cryptococcus_neoformans_neoformans_JEC21
│       │   ├── cryptococcus_neoformans_neoformans_JEC21_exon_probs.pbl
│       │   ├── cryptococcus_neoformans_neoformans_JEC21_igenic_probs.pbl
│       │   ├── cryptococcus_neoformans_neoformans_JEC21_intron_probs.pbl
│       │   ├── cryptococcus_neoformans_neoformans_JEC21_metapars.cfg
│       │   ├── cryptococcus_neoformans_neoformans_JEC21_parameters.cfg
│       │   └── cryptococcus_neoformans_neoformans_JEC21_weightmatrix.txt
│       ├── culex
│       │   ├── culex_exon_probs.pbl
│       │   ├── culex_exon_probs.pbl.wech
│       │   ├── culex_igenic_probs.pbl
│       │   ├── culex_igenic_probs.pbl.wech
│       │   ├── culex_intron_probs.pbl
│       │   ├── culex_intron_probs.pbl.wech
│       │   ├── culex_metapars.cfg
│       │   ├── culex_parameters.cfg
│       │   ├── culex_parameters.old.cfg
│       │   ├── culex_trans_shadow_partial_utr.pbl
│       │   ├── culex_utr_probs.pbl
│       │   └── culex_weightmatrix.txt
│       ├── debaryomyces_hansenii
│       │   ├── debaryomyces_hansenii_exon_probs.pbl
│       │   ├── debaryomyces_hansenii_igenic_probs.pbl
│       │   ├── debaryomyces_hansenii_intron_probs.pbl
│       │   ├── debaryomyces_hansenii_metapars.cfg
│       │   ├── debaryomyces_hansenii_parameters.cfg
│       │   └── debaryomyces_hansenii_weightmatrix.txt
│       ├── Dunaliella_salina
│       │   ├── Dunaliella_salina_exon_probs.pbl
│       │   ├── Dunaliella_salina_igenic_probs.pbl
│       │   ├── Dunaliella_salina_intron_probs.pbl
│       │   ├── Dunaliella_salina_metapars.cfg
│       │   ├── Dunaliella_salina_metapars.cgp.cfg
│       │   ├── Dunaliella_salina_metapars.utr.cfg
│       │   ├── Dunaliella_salina_parameters.cfg
│       │   ├── Dunaliella_salina_weightmatrix.txt
│       │   └── README.txt
│       ├── E_coli_K12
│       │   ├── E_coli_K12_exon_probs.pbl
│       │   ├── E_coli_K12_igenic_probs.pbl
│       │   ├── E_coli_K12_metapars.cfg
│       │   ├── E_coli_K12_metapars.utr.cfg
│       │   ├── E_coli_K12_ovlp_len.pbl
│       │   ├── E_coli_K12_parameters.cfg
│       │   ├── E_coli_K12_trans_shadow_bacterium.pbl
│       │   └── E_coli_K12_weightmatrix.txt
│       ├── Ectocarpus_siliculosus
│       │   ├── Ectocarpus_siliculosus_exon_probs.pbl
│       │   ├── Ectocarpus_siliculosus_igenic_probs.pbl
│       │   ├── Ectocarpus_siliculosus_intron_probs.pbl
│       │   ├── Ectocarpus_siliculosus_metapars.cfg
│       │   ├── Ectocarpus_siliculosus_metapars.cgp.cfg
│       │   ├── Ectocarpus_siliculosus_metapars.utr.cfg
│       │   ├── Ectocarpus_siliculosus_parameters.cfg
│       │   ├── Ectocarpus_siliculosus_weightmatrix.txt
│       │   └── README.txt
│       ├── elephant_shark
│       │   ├── elephant_shark_exon_probs.pbl
│       │   ├── elephant_shark_igenic_probs.pbl
│       │   ├── elephant_shark_intron_probs.pbl
│       │   ├── elephant_shark_metapars.cfg
│       │   ├── elephant_shark_metapars.utr.cfg
│       │   ├── elephant_shark_parameters.cfg
│       │   └── elephant_shark_weightmatrix.txt
│       ├── Encephalitozoon_cuniculi
│       │   ├── Encephalitozoon_cuniculi_exon_probs.pbl
│       │   ├── Encephalitozoon_cuniculi_igenic_probs.pbl
│       │   ├── Encephalitozoon_cuniculi_intron_probs.pbl
│       │   ├── Encephalitozoon_cuniculi_metapars.cfg
│       │   ├── Encephalitozoon_cuniculi_metapars.cgp.cfg
│       │   ├── Encephalitozoon_cuniculi_metapars.utr.cfg
│       │   ├── Encephalitozoon_cuniculi_parameters.cfg
│       │   ├── Encephalitozoon_cuniculi_weightmatrix.txt
│       │   └── README.txt
│       ├── encephalitozoon_cuniculi_GB
│       │   ├── encephalitozoon_cuniculi_GB_exon_probs.pbl
│       │   ├── encephalitozoon_cuniculi_GB_igenic_probs.pbl
│       │   ├── encephalitozoon_cuniculi_GB_intron_probs.pbl
│       │   ├── encephalitozoon_cuniculi_GB_metapars.cfg
│       │   ├── encephalitozoon_cuniculi_GB_parameters.cfg
│       │   └── encephalitozoon_cuniculi_GB_weightmatrix.txt
│       ├── eremothecium_gossypii
│       │   ├── eremothecium_gossypii_exon_probs.pbl
│       │   ├── eremothecium_gossypii_igenic_probs.pbl
│       │   ├── eremothecium_gossypii_intron_probs.pbl
│       │   ├── eremothecium_gossypii_metapars.cfg
│       │   ├── eremothecium_gossypii_parameters.cfg
│       │   └── eremothecium_gossypii_weightmatrix.txt
│       ├── Fistulifera_solaris
│       │   ├── Fistulifera_solaris_exon_probs.pbl
│       │   ├── Fistulifera_solaris_igenic_probs.pbl
│       │   ├── Fistulifera_solaris_intron_probs.pbl
│       │   ├── Fistulifera_solaris_metapars.cfg
│       │   ├── Fistulifera_solaris_metapars.cgp.cfg
│       │   ├── Fistulifera_solaris_metapars.utr.cfg
│       │   ├── Fistulifera_solaris_parameters.cfg
│       │   ├── Fistulifera_solaris_weightmatrix.txt
│       │   └── README.txt
│       ├── fly
│       │   ├── fly_exon_probs.pbl
│       │   ├── fly_igenic_probs.pbl
│       │   ├── fly_intron_probs.pbl
│       │   ├── fly_metapars.cfg
│       │   ├── fly_metapars.utr.cfg
│       │   ├── fly_parameters.cfg
│       │   ├── fly_utr_probs.pbl
│       │   └── fly_weightmatrix.txt
│       ├── fly_exp
│       │   ├── fly_exp_exon_probs.pbl
│       │   ├── fly_exp_igenic_probs.pbl
│       │   ├── fly_exp_intron_probs.pbl
│       │   ├── fly_exp_metapars.cfg
│       │   ├── fly_exp_metapars.utr.cfg
│       │   ├── fly_exp_parameters.cfg
│       │   ├── fly_exp_utr_probs.pbl
│       │   └── fly_exp_weightmatrix.txt
│       ├── Fragilariopsis_cylindrus_CCMP1102
│       │   ├── Fragilariopsis_cylindrus_CCMP1102_exon_probs.pbl
│       │   ├── Fragilariopsis_cylindrus_CCMP1102_igenic_probs.pbl
│       │   ├── Fragilariopsis_cylindrus_CCMP1102_intron_probs.pbl
│       │   ├── Fragilariopsis_cylindrus_CCMP1102_metapars.cfg
│       │   ├── Fragilariopsis_cylindrus_CCMP1102_metapars.cgp.cfg
│       │   ├── Fragilariopsis_cylindrus_CCMP1102_metapars.utr.cfg
│       │   ├── Fragilariopsis_cylindrus_CCMP1102_parameters.cfg
│       │   ├── Fragilariopsis_cylindrus_CCMP1102_weightmatrix.txt
│       │   └── README.txt
│       ├── fusarium
│       │   ├── fusarium_exon_probs.pbl
│       │   ├── fusarium_igenic_probs.pbl
│       │   ├── fusarium_intron_probs.pbl
│       │   ├── fusarium_parameters.cfg
│       │   └── fusarium_weightmatrix.txt
│       ├── fusarium_graminearum
│       │   ├── fusarium_graminearum_exon_probs.pbl
│       │   ├── fusarium_graminearum_igenic_probs.pbl
│       │   ├── fusarium_graminearum_intron_probs.pbl
│       │   ├── fusarium_graminearum_metapars.cfg
│       │   ├── fusarium_graminearum_parameters.cfg
│       │   └── fusarium_graminearum_weightmatrix.txt
│       ├── galdieria
│       │   ├── extrinsic.PE.cfg
│       │   ├── galdieria_exon_probs.pbl
│       │   ├── galdieria_igenic_probs.pbl
│       │   ├── galdieria_intron_probs.pbl
│       │   ├── galdieria_metapars.cfg
│       │   ├── galdieria_parameters.cfg
│       │   ├── galdieria_splicefile
│       │   ├── galdieria_trans_shadow_partial_utr.pbl
│       │   ├── galdieria_utr_probs.pbl
│       │   └── galdieria_weightmatrix.txt
│       ├── generic
│       │   ├── generic_metapars.cfg
│       │   ├── generic_metapars.cgp.cfg
│       │   ├── generic_metapars.utr.cfg
│       │   ├── generic_parameters.cfg
│       │   └── generic_weightmatrix.txt
│       ├── gigaspora_margarita
│       │   ├── gigaspora_margarita_exon_probs.pbl
│       │   ├── gigaspora_margarita_igenic_probs.pbl
│       │   ├── gigaspora_margarita_intron_probs.pbl
│       │   ├── gigaspora_margarita_metapars.cfg
│       │   ├── gigaspora_margarita_metapars.cgp.cfg
│       │   ├── gigaspora_margarita_metapars.utr.cfg
│       │   ├── gigaspora_margarita_parameters.cfg
│       │   ├── gigaspora_margarita_parameters.cfg~
│       │   ├── gigaspora_margarita_weightmatrix.txt
│       │   ├── gth.cfg
│       │   └── README.TXT
│       ├── Gonapodya_prolifera
│       │   ├── Gonapodya_prolifera_exon_probs.pbl
│       │   ├── Gonapodya_prolifera_igenic_probs.pbl
│       │   ├── Gonapodya_prolifera_intron_probs.pbl
│       │   ├── Gonapodya_prolifera_metapars.cfg
│       │   ├── Gonapodya_prolifera_metapars.cgp.cfg
│       │   ├── Gonapodya_prolifera_metapars.utr.cfg
│       │   ├── Gonapodya_prolifera_parameters.cfg
│       │   ├── Gonapodya_prolifera_weightmatrix.txt
│       │   └── README.txt
│       ├── heliconius_melpomene1
│       │   ├── heliconius_melpomene1_exon_probs.pbl
│       │   ├── heliconius_melpomene1_igenic_probs.pbl
│       │   ├── heliconius_melpomene1_intron_probs.pbl
│       │   ├── heliconius_melpomene1_metapars.cfg
│       │   ├── heliconius_melpomene1_metapars.utr.cfg
│       │   ├── heliconius_melpomene1_parameters.cfg
│       │   └── heliconius_melpomene1_weightmatrix.txt
│       ├── histoplasma
│       │   ├── histoplasma_exon_probs.pbl
│       │   ├── histoplasma_igenic_probs.pbl
│       │   ├── histoplasma_intron_probs.pbl
│       │   ├── histoplasma_parameters.cfg
│       │   └── histoplasma_weightmatrix.txt
│       ├── histoplasma_capsulatum
│       │   ├── histoplasma_capsulatum_exon_probs.pbl
│       │   ├── histoplasma_capsulatum_igenic_probs.pbl
│       │   ├── histoplasma_capsulatum_intron_probs.pbl
│       │   ├── histoplasma_capsulatum_metapars.cfg
│       │   ├── histoplasma_capsulatum_parameters.cfg
│       │   └── histoplasma_capsulatum_weightmatrix.txt
│       ├── honeybee1
│       │   ├── honeybee1_exon_probs.pbl
│       │   ├── honeybee1_exon_probs.pbl.withoutCRF
│       │   ├── honeybee1_igenic_probs.pbl
│       │   ├── honeybee1_igenic_probs.pbl.withoutCRF
│       │   ├── honeybee1_intron_probs.pbl
│       │   ├── honeybee1_intron_probs.pbl.withoutCRF
│       │   ├── honeybee1_metapars.cfg
│       │   ├── honeybee1_metapars.utr.cfg
│       │   ├── honeybee1_parameters.cfg
│       │   ├── honeybee1_parameters.cfg.orig1
│       │   ├── honeybee1_utr_probs.pbl
│       │   └── honeybee1_weightmatrix.txt
│       ├── human
│       │   ├── human_exon_probs.pbl
│       │   ├── human_igenic_probs.pbl
│       │   ├── human_intron_probs.pbl
│       │   ├── human_parameters.cfg
│       │   ├── human_trans_shadow_partial_utr.pbl
│       │   ├── human_utr_probs.pbl
│       │   ├── human_weightmatrix.txt
│       │   └── README.TXT
│       ├── hymenolepis_microstoma
│       │   ├── hymenolepis_microstoma_exon_probs.pbl
│       │   ├── hymenolepis_microstoma_igenic_probs.pbl
│       │   ├── hymenolepis_microstoma_intron_probs.pbl
│       │   ├── hymenolepis_microstoma_metapars.cfg
│       │   ├── hymenolepis_microstoma_metapars.cgp.cfg
│       │   ├── hymenolepis_microstoma_metapars.utr.cfg
│       │   ├── hymenolepis_microstoma_parameters.cfg
│       │   ├── hymenolepis_microstoma_weightmatrix.txt
│       │   └── make.doc
│       ├── japaneselamprey
│       │   ├── japaneselamprey_exon_probs.pbl
│       │   ├── japaneselamprey_igenic_probs.pbl
│       │   ├── japaneselamprey_intron_probs.pbl
│       │   ├── japaneselamprey_metapars.cfg
│       │   ├── japaneselamprey_metapars.utr.cfg
│       │   ├── japaneselamprey_parameters.cfg
│       │   └── japaneselamprey_weightmatrix.txt
│       ├── kluyveromyces_lactis
│       │   ├── kluyveromyces_lactis_exon_probs.pbl
│       │   ├── kluyveromyces_lactis_igenic_probs.pbl
│       │   ├── kluyveromyces_lactis_intron_probs.pbl
│       │   ├── kluyveromyces_lactis_metapars.cfg
│       │   ├── kluyveromyces_lactis_parameters.cfg
│       │   └── kluyveromyces_lactis_weightmatrix.txt
│       ├── laccaria_bicolor
│       │   ├── laccaria_bicolor_exon_probs.pbl
│       │   ├── laccaria_bicolor_igenic_probs.pbl
│       │   ├── laccaria_bicolor_intron_probs.pbl
│       │   ├── laccaria_bicolor_metapars.cfg
│       │   ├── laccaria_bicolor_parameters.cfg
│       │   └── laccaria_bicolor_weightmatrix.txt
│       ├── leishmania_tarentolae
│       │   ├── leishmania_tarentolae_exon_probs.pbl
│       │   ├── leishmania_tarentolae_igenic_probs.pbl
│       │   ├── leishmania_tarentolae_metapars.cfg
│       │   ├── leishmania_tarentolae_metapars.utr.cfg
│       │   ├── leishmania_tarentolae_parameters.cfg
│       │   └── leishmania_tarentolae_weightmatrix.txt
│       ├── lodderomyces_elongisporus
│       │   ├── lodderomyces_elongisporus_exon_probs.pbl
│       │   ├── lodderomyces_elongisporus_igenic_probs.pbl
│       │   ├── lodderomyces_elongisporus_intron_probs.pbl
│       │   ├── lodderomyces_elongisporus_metapars.cfg
│       │   ├── lodderomyces_elongisporus_parameters.cfg
│       │   └── lodderomyces_elongisporus_weightmatrix.txt
│       ├── magnaporthe_grisea
│       │   ├── magnaporthe_grisea_exon_probs.pbl
│       │   ├── magnaporthe_grisea_igenic_probs.pbl
│       │   ├── magnaporthe_grisea_intron_probs.pbl
│       │   ├── magnaporthe_grisea_metapars.cfg
│       │   ├── magnaporthe_grisea_parameters.cfg
│       │   └── magnaporthe_grisea_weightmatrix.txt
│       ├── maize
│       │   ├── maize_exon_probs.pbl
│       │   ├── maize_igenic_probs.pbl
│       │   ├── maize_intron_probs.pbl
│       │   ├── maize_metapars.cfg
│       │   ├── maize_parameters.cfg
│       │   ├── maize_splicefile.txt.gz
│       │   └── maize_weightmatrix.txt
│       ├── maize5
│       │   ├── maize5_exon_probs.pbl
│       │   ├── maize5_igenic_probs.pbl
│       │   ├── maize5_intron_probs.pbl
│       │   ├── maize5_metapars.cfg
│       │   ├── maize5_metapars.utr.cfg
│       │   ├── maize5_parameters.cfg
│       │   ├── maize5_utr_probs.pbl
│       │   └── maize5_weightmatrix.txt
│       ├── Micromonas_commoda
│       │   ├── Micromonas_commoda_exon_probs.pbl
│       │   ├── Micromonas_commoda_igenic_probs.pbl
│       │   ├── Micromonas_commoda_intron_probs.pbl
│       │   ├── Micromonas_commoda_metapars.cfg
│       │   ├── Micromonas_commoda_metapars.cgp.cfg
│       │   ├── Micromonas_commoda_metapars.utr.cfg
│       │   ├── Micromonas_commoda_parameters.cfg
│       │   ├── Micromonas_commoda_weightmatrix.txt
│       │   └── README.txt
│       ├── Micromonas_pusilla
│       │   ├── Micromonas_pusilla_exon_probs.pbl
│       │   ├── Micromonas_pusilla_igenic_probs.pbl
│       │   ├── Micromonas_pusilla_intron_probs.pbl
│       │   ├── Micromonas_pusilla_metapars.cfg
│       │   ├── Micromonas_pusilla_metapars.cgp.cfg
│       │   ├── Micromonas_pusilla_metapars.utr.cfg
│       │   ├── Micromonas_pusilla_parameters.cfg
│       │   ├── Micromonas_pusilla_weightmatrix.txt
│       │   └── README.txt
│       ├── mnemiopsis_leidyi
│       │   ├── mnemiopsis_leidyi_exon_probs.pbl
│       │   ├── mnemiopsis_leidyi_igenic_probs.pbl
│       │   ├── mnemiopsis_leidyi_intron_probs.pbl
│       │   ├── mnemiopsis_leidyi_metapars.cfg
│       │   ├── mnemiopsis_leidyi_metapars.cgp.cfg
│       │   ├── mnemiopsis_leidyi_metapars.utr.cfg
│       │   ├── mnemiopsis_leidyi_parameters.cfg
│       │   ├── mnemiopsis_leidyi_parameters.cgp.cfg
│       │   ├── mnemiopsis_leidyi_utr_probs.pbl
│       │   ├── mnemiopsis_leidyi_weightmatrix.txt
│       │   └── README.TXT
│       ├── Monoraphidium_neglectum
│       │   ├── Monoraphidium_neglectum_exon_probs.pbl
│       │   ├── Monoraphidium_neglectum_igenic_probs.pbl
│       │   ├── Monoraphidium_neglectum_intron_probs.pbl
│       │   ├── Monoraphidium_neglectum_metapars.cfg
│       │   ├── Monoraphidium_neglectum_metapars.cgp.cfg
│       │   ├── Monoraphidium_neglectum_metapars.utr.cfg
│       │   ├── Monoraphidium_neglectum_parameters.cfg
│       │   ├── Monoraphidium_neglectum_weightmatrix.txt
│       │   └── README.txt
│       ├── nasonia
│       │   ├── nasonia_exon_probs.pbl
│       │   ├── nasonia_igenic_probs.pbl
│       │   ├── nasonia_intron_probs.pbl
│       │   ├── nasonia_metapars.cfg
│       │   ├── nasonia_parameters.cfg
│       │   └── nasonia_weightmatrix.txt
│       ├── nematostella_vectensis
│       │   ├── nematostella_vectensis_exon_probs.pbl
│       │   ├── nematostella_vectensis_igenic_probs.pbl
│       │   ├── nematostella_vectensis_intron_probs.pbl
│       │   ├── nematostella_vectensis_parameters.cfg
│       │   ├── nematostella_vectensis_weightmatrix.txt
│       │   └── README.TXT
│       ├── Nemopilema_nomurai
│       │   ├── Nemopilema_nomurai_exon_probs.pbl
│       │   ├── Nemopilema_nomurai_igenic_probs.pbl
│       │   ├── Nemopilema_nomurai_intron_probs.pbl
│       │   ├── Nemopilema_nomurai_metapars.cfg
│       │   ├── Nemopilema_nomurai_metapars.cgp.cfg
│       │   ├── Nemopilema_nomurai_metapars.utr.cfg
│       │   ├── Nemopilema_nomurai_parameters.cfg
│       │   ├── Nemopilema_nomurai_weightmatrix.txt
│       │   └── README.txt
│       ├── neurospora
│       │   ├── neurospora_exon_probs.pbl
│       │   ├── neurospora_igenic_probs.pbl
│       │   ├── neurospora_intron_probs.pbl
│       │   ├── neurospora_parameters.cfg
│       │   └── neurospora_weightmatrix.txt
│       ├── neurospora_crassa
│       │   ├── neurospora_crassa_exon_probs.pbl
│       │   ├── neurospora_crassa_igenic_probs.pbl
│       │   ├── neurospora_crassa_intron_probs.pbl
│       │   ├── neurospora_crassa_metapars.cfg
│       │   ├── neurospora_crassa_parameters.cfg
│       │   └── neurospora_crassa_weightmatrix.txt
│       ├── Notospermus_geniculatus
│       │   ├── Notospermus_geniculatus_exon_probs.pbl
│       │   ├── Notospermus_geniculatus_igenic_probs.pbl
│       │   ├── Notospermus_geniculatus_intron_probs.pbl
│       │   ├── Notospermus_geniculatus_metapars.cfg
│       │   ├── Notospermus_geniculatus_metapars.cgp.cfg
│       │   ├── Notospermus_geniculatus_metapars.utr.cfg
│       │   ├── Notospermus_geniculatus_parameters.cfg
│       │   ├── Notospermus_geniculatus_weightmatrix.txt
│       │   └── README.txt
│       ├── Ostreococcus_sp_lucimarinus
│       │   ├── Ostreococcus_sp_lucimarinus_exon_probs.pbl
│       │   ├── Ostreococcus_sp_lucimarinus_igenic_probs.pbl
│       │   ├── Ostreococcus_sp_lucimarinus_intron_probs.pbl
│       │   ├── Ostreococcus_sp_lucimarinus_metapars.cfg
│       │   ├── Ostreococcus_sp_lucimarinus_metapars.cgp.cfg
│       │   ├── Ostreococcus_sp_lucimarinus_metapars.utr.cfg
│       │   ├── Ostreococcus_sp_lucimarinus_parameters.cfg
│       │   ├── Ostreococcus_sp_lucimarinus_weightmatrix.txt
│       │   └── README.txt
│       ├── Ostreococcus_tauri
│       │   ├── Ostreococcus_tauri_exon_probs.pbl
│       │   ├── Ostreococcus_tauri_igenic_probs.pbl
│       │   ├── Ostreococcus_tauri_intron_probs.pbl
│       │   ├── Ostreococcus_tauri_metapars.cfg
│       │   ├── Ostreococcus_tauri_metapars.cgp.cfg
│       │   ├── Ostreococcus_tauri_metapars.utr.cfg
│       │   ├── Ostreococcus_tauri_parameters.cfg
│       │   ├── Ostreococcus_tauri_weightmatrix.txt
│       │   └── README.txt
│       ├── parasteatoda
│       │   ├── parasteatoda_exon_probs.pbl
│       │   ├── parasteatoda_igenic_probs.pbl
│       │   ├── parasteatoda_intron_probs.pbl
│       │   ├── parasteatoda_parameters.cfg
│       │   ├── parasteatoda_utr_probs.pbl
│       │   └── parasteatoda_weightmatrix.txt
│       ├── pchrysosporium
│       │   ├── pchrysosporium_exon_probs.pbl
│       │   ├── pchrysosporium_igenic_probs.pbl
│       │   ├── pchrysosporium_intron_probs.pbl
│       │   ├── pchrysosporium_parameters.cfg
│       │   └── pchrysosporium_weightmatrix.txt
│       ├── pea_aphid
│       │   ├── pea_aphid_exon_probs.pbl
│       │   ├── pea_aphid_igenic_probs.pbl
│       │   ├── pea_aphid_intron_probs.pbl
│       │   ├── pea_aphid_metapars.cfg
│       │   ├── pea_aphid_parameters.cfg
│       │   ├── pea_aphid_trans_shadow_partial_utr.pbl
│       │   ├── pea_aphid_utr_probs.pbl
│       │   └── pea_aphid_weightmatrix.txt
│       ├── pfalciparum
│       │   ├── pfalciparum_exon_probs.pbl
│       │   ├── pfalciparum_igenic_probs.pbl
│       │   ├── pfalciparum_intron_probs.pbl
│       │   ├── pfalciparum_metapars.cfg
│       │   ├── pfalciparum_parameters.cfg
│       │   ├── pfalciparum_trans_shadow_partial.pbl
│       │   └── pfalciparum_weightmatrix.txt
│       ├── Phaeodactylum_tricornutum
│       │   ├── Phaeodactylum_tricornutum_exon_probs.pbl
│       │   ├── Phaeodactylum_tricornutum_igenic_probs.pbl
│       │   ├── Phaeodactylum_tricornutum_intron_probs.pbl
│       │   ├── Phaeodactylum_tricornutum_metapars.cfg
│       │   ├── Phaeodactylum_tricornutum_metapars.cgp.cfg
│       │   ├── Phaeodactylum_tricornutum_metapars.utr.cfg
│       │   ├── Phaeodactylum_tricornutum_parameters.cfg
│       │   ├── Phaeodactylum_tricornutum_weightmatrix.txt
│       │   └── README.txt
│       ├── phanerochaete_chrysosporium
│       │   ├── phanerochaete_chrysosporium_exon_probs.pbl
│       │   ├── phanerochaete_chrysosporium_igenic_probs.pbl
│       │   ├── phanerochaete_chrysosporium_intron_probs.pbl
│       │   ├── phanerochaete_chrysosporium_metapars.cfg
│       │   ├── phanerochaete_chrysosporium_parameters.cfg
│       │   └── phanerochaete_chrysosporium_weightmatrix.txt
│       ├── pichia_stipitis
│       │   ├── pichia_stipitis_exon_probs.pbl
│       │   ├── pichia_stipitis_igenic_probs.pbl
│       │   ├── pichia_stipitis_intron_probs.pbl
│       │   ├── pichia_stipitis_metapars.cfg
│       │   ├── pichia_stipitis_parameters.cfg
│       │   └── pichia_stipitis_weightmatrix.txt
│       ├── pisaster
│       │   ├── extrinsic.pisaster.cfg
│       │   ├── pisaster_exon_probs.pbl
│       │   ├── pisaster_igenic_probs.pbl
│       │   ├── pisaster_intron_probs.pbl
│       │   ├── pisaster_metapars.cfg
│       │   ├── pisaster_metapars.cgp.cfg
│       │   ├── pisaster_metapars.utr.cfg
│       │   ├── pisaster_parameters.cfg
│       │   └── pisaster_weightmatrix.txt
│       ├── pneumocystis
│       │   ├── pneumocystis_exon_probs.pbl
│       │   ├── pneumocystis_igenic_probs.pbl
│       │   ├── pneumocystis_intron_probs.pbl
│       │   ├── pneumocystis_metaparsBAK.cfg
│       │   ├── pneumocystis_metapars.cfg
│       │   ├── pneumocystis_parameters.cfg
│       │   ├── pneumocystis_weightmatrix.txt
│       │   └── README.TXT
│       ├── Pseudo-nitzschia_multistriata
│       │   ├── Pseudo-nitzschia_multistriata_exon_probs.pbl
│       │   ├── Pseudo-nitzschia_multistriata_igenic_probs.pbl
│       │   ├── Pseudo-nitzschia_multistriata_intron_probs.pbl
│       │   ├── Pseudo-nitzschia_multistriata_metapars.cfg
│       │   ├── Pseudo-nitzschia_multistriata_metapars.cgp.cfg
│       │   ├── Pseudo-nitzschia_multistriata_metapars.utr.cfg
│       │   ├── Pseudo-nitzschia_multistriata_parameters.cfg
│       │   ├── Pseudo-nitzschia_multistriata_weightmatrix.txt
│       │   └── README.txt
│       ├── Ptychodera_flava
│       │   ├── Ptychodera_flava_exon_probs.pbl
│       │   ├── Ptychodera_flava_igenic_probs.pbl
│       │   ├── Ptychodera_flava_intron_probs.pbl
│       │   ├── Ptychodera_flava_metapars.cfg
│       │   ├── Ptychodera_flava_metapars.cgp.cfg
│       │   ├── Ptychodera_flava_metapars.utr.cfg
│       │   ├── Ptychodera_flava_parameters.cfg
│       │   ├── Ptychodera_flava_weightmatrix.txt
│       │   └── README.txt
│       ├── Raphidocelis_subcapitata
│       │   ├── Raphidocelis_subcapitata_exon_probs.pbl
│       │   ├── Raphidocelis_subcapitata_igenic_probs.pbl
│       │   ├── Raphidocelis_subcapitata_intron_probs.pbl
│       │   ├── Raphidocelis_subcapitata_metapars.cfg
│       │   ├── Raphidocelis_subcapitata_metapars.cgp.cfg
│       │   ├── Raphidocelis_subcapitata_metapars.utr.cfg
│       │   ├── Raphidocelis_subcapitata_parameters.cfg
│       │   ├── Raphidocelis_subcapitata_weightmatrix.txt
│       │   └── README.txt
│       ├── rhincodon
│       │   ├── rhincodon_exon_probs.pbl
│       │   ├── rhincodon_igenic_probs.pbl
│       │   ├── rhincodon_intron_probs.pbl
│       │   ├── rhincodon_metapars.cfg
│       │   ├── rhincodon_metapars.cgp.cfg
│       │   ├── rhincodon_metapars.utr.cfg
│       │   ├── rhincodon_parameters.cfg
│       │   ├── rhincodon_parameters.cfg.orig1
│       │   └── rhincodon_weightmatrix.txt
│       ├── rhizopus_oryzae
│       │   ├── rhizopus_oryzae_exon_probs.pbl
│       │   ├── rhizopus_oryzae_igenic_probs.pbl
│       │   ├── rhizopus_oryzae_intron_probs.pbl
│       │   ├── rhizopus_oryzae_metapars.cfg
│       │   ├── rhizopus_oryzae_parameters.cfg
│       │   └── rhizopus_oryzae_weightmatrix.txt
│       ├── rhodnius
│       │   ├── rhodnius_exon_probs.pbl
│       │   ├── rhodnius_igenic_probs.pbl
│       │   ├── rhodnius_intron_probs.pbl
│       │   ├── rhodnius_metapars.cfg
│       │   ├── rhodnius_metapars.utr.cfg
│       │   ├── rhodnius_parameters.cfg
│       │   ├── rhodnius_utr_probs.pbl
│       │   └── rhodnius_weightmatrix.txt
│       ├── Rhopilema_esculentum
│       │   ├── README.txt
│       │   ├── Rhopilema_esculentum_exon_probs.pbl
│       │   ├── Rhopilema_esculentum_igenic_probs.pbl
│       │   ├── Rhopilema_esculentum_intron_probs.pbl
│       │   ├── Rhopilema_esculentum_metapars.cfg
│       │   ├── Rhopilema_esculentum_metapars.cgp.cfg
│       │   ├── Rhopilema_esculentum_metapars.utr.cfg
│       │   ├── Rhopilema_esculentum_parameters.cfg
│       │   └── Rhopilema_esculentum_weightmatrix.txt
│       ├── rice
│       │   ├── README.TXT
│       │   ├── rice_exon_probs.pbl
│       │   ├── rice_igenic_probs.pbl
│       │   ├── rice_intron_probs.pbl
│       │   ├── rice_metapars.cfg
│       │   ├── rice_metapars.utr.cfg
│       │   ├── rice_parameters.cfg
│       │   ├── rice_utr_probs.pbl
│       │   └── rice_weightmatrix.txt
│       ├── saccharomyces
│       │   ├── saccharomyces_exon_probs.pbl
│       │   ├── saccharomyces_igenic_probs.pbl
│       │   ├── saccharomyces_intron_probs.pbl
│       │   ├── saccharomyces_parameters.cfg
│       │   └── saccharomyces_weightmatrix.txt
│       ├── saccharomyces_cerevisiae_rm11-1a_1
│       │   ├── saccharomyces_cerevisiae_rm11-1a_1_exon_probs.pbl
│       │   ├── saccharomyces_cerevisiae_rm11-1a_1_igenic_probs.pbl
│       │   ├── saccharomyces_cerevisiae_rm11-1a_1_intron_probs.pbl
│       │   ├── saccharomyces_cerevisiae_rm11-1a_1_metapars.cfg
│       │   ├── saccharomyces_cerevisiae_rm11-1a_1_parameters.cfg
│       │   └── saccharomyces_cerevisiae_rm11-1a_1_weightmatrix.txt
│       ├── saccharomyces_cerevisiae_S288C
│       │   ├── saccharomyces_cerevisiae_S288C_exon_probs.pbl
│       │   ├── saccharomyces_cerevisiae_S288C_igenic_probs.pbl
│       │   ├── saccharomyces_cerevisiae_S288C_intron_probs.pbl
│       │   ├── saccharomyces_cerevisiae_S288C_metapars.cfg
│       │   ├── saccharomyces_cerevisiae_S288C_parameters.cfg
│       │   └── saccharomyces_cerevisiae_S288C_weightmatrix.txt
│       ├── s_aureus
│       │   ├── README.TXT
│       │   ├── s_aureus_exon_probs.pbl
│       │   ├── s_aureus_igenic_probs.pbl
│       │   ├── s_aureus_metapars.cfg
│       │   ├── s_aureus_metapars.utr.cfg
│       │   ├── s_aureus_ovlp_len.pbl
│       │   ├── s_aureus_parameters.cfg
│       │   ├── s_aureus_parameters.cgp.cfg
│       │   ├── s_aureus_trans_shadow_bacterium.pbl
│       │   └── s_aureus_weightmatrix.txt
│       ├── schistosoma
│       │   ├── schistosoma_exon_probs.pbl
│       │   ├── schistosoma_igenic_probs.pbl
│       │   ├── schistosoma_intron_probs.pbl
│       │   ├── schistosoma_metapars.cfg
│       │   ├── schistosoma_parameters.cfg
│       │   ├── schistosoma_parameters.cfg.opt
│       │   ├── schistosoma_splicefile.txt
│       │   └── schistosoma_weightmatrix.txt
│       ├── schistosoma2
│       │   ├── README.TXT
│       │   ├── schistosoma2_exon_probs.pbl
│       │   ├── schistosoma2_igenic_probs.pbl
│       │   ├── schistosoma2_intron_probs.pbl
│       │   ├── schistosoma2_metapars.cfg
│       │   ├── schistosoma2_metapars.cgp.cfg
│       │   ├── schistosoma2_metapars.utr.cfg
│       │   ├── schistosoma2_parameters.cfg
│       │   ├── schistosoma2_utr_probs.pbl
│       │   └── schistosoma2_weightmatrix.txt
│       ├── schizosaccharomyces_pombe
│       │   ├── schizosaccharomyces_pombe_exon_probs.pbl
│       │   ├── schizosaccharomyces_pombe_igenic_probs.pbl
│       │   ├── schizosaccharomyces_pombe_intron_probs.pbl
│       │   ├── schizosaccharomyces_pombe_metapars.cfg
│       │   ├── schizosaccharomyces_pombe_parameters.cfg
│       │   └── schizosaccharomyces_pombe_weightmatrix.txt
│       ├── scyliorhinus
│       │   ├── scyliorhinus_exon_probs.pbl
│       │   ├── scyliorhinus_igenic_probs.pbl
│       │   ├── scyliorhinus_intron_probs.pbl
│       │   ├── scyliorhinus_metapars.cfg
│       │   ├── scyliorhinus_metapars.cgp.cfg
│       │   ├── scyliorhinus_metapars.utr.cfg
│       │   ├── scyliorhinus_parameters.cfg
│       │   ├── scyliorhinus_parameters.cfg.orig1
│       │   └── scyliorhinus_weightmatrix.txt
│       ├── sealamprey
│       │   ├── sealamprey_exon_probs.pbl
│       │   ├── sealamprey_igenic_probs.pbl
│       │   ├── sealamprey_intron_probs.pbl
│       │   ├── sealamprey_metapars.cfg
│       │   ├── sealamprey_parameters.cfg
│       │   └── sealamprey_weightmatrix.txt
│       ├── Sordaria_macrospora
│       │   ├── README.txt
│       │   ├── Sordaria_macrospora_exon_probs.pbl
│       │   ├── Sordaria_macrospora_igenic_probs.pbl
│       │   ├── Sordaria_macrospora_intron_probs.pbl
│       │   ├── Sordaria_macrospora_metapars.cfg
│       │   ├── Sordaria_macrospora_metapars.cgp.cfg
│       │   ├── Sordaria_macrospora_metapars.utr.cfg
│       │   ├── Sordaria_macrospora_parameters.cfg
│       │   └── Sordaria_macrospora_weightmatrix.txt
│       ├── Sphaceloma_murrayae
│       │   ├── README.txt
│       │   ├── Sphaceloma_murrayae_exon_probs.pbl
│       │   ├── Sphaceloma_murrayae_igenic_probs.pbl
│       │   ├── Sphaceloma_murrayae_intron_probs.pbl
│       │   ├── Sphaceloma_murrayae_metapars.cfg
│       │   ├── Sphaceloma_murrayae_metapars.cgp.cfg
│       │   ├── Sphaceloma_murrayae_metapars.utr.cfg
│       │   ├── Sphaceloma_murrayae_parameters.cfg
│       │   └── Sphaceloma_murrayae_weightmatrix.txt
│       ├── s_pneumoniae
│       │   ├── s_pneumoniae_exon_probs.pbl
│       │   ├── s_pneumoniae_igenic_probs.pbl
│       │   ├── s_pneumoniae_metapars.cfg
│       │   ├── s_pneumoniae_metapars.utr.cfg
│       │   ├── s_pneumoniae_ovlp_len.pbl
│       │   ├── s_pneumoniae_parameters.cfg
│       │   ├── s_pneumoniae_parameters.cfg.orig1
│       │   ├── s_pneumoniae_parameters.cfg.orig2
│       │   ├── s_pneumoniae_parameters.cfg.orig3
│       │   ├── s_pneumoniae_parameters.cfg.orig4
│       │   ├── s_pneumoniae_trans_shadow_bacterium.pbl
│       │   └── s_pneumoniae_weightmatrix.txt
│       ├── strongylocentrotus_purpuratus
│       │   ├── README.TXT
│       │   ├── strongylocentrotus_purpuratus_exon_probs.pbl
│       │   ├── strongylocentrotus_purpuratus_igenic_probs.pbl
│       │   ├── strongylocentrotus_purpuratus_intron_probs.pbl
│       │   ├── strongylocentrotus_purpuratus_metapars.cfg
│       │   ├── strongylocentrotus_purpuratus_metapars.cgp.cfg
│       │   ├── strongylocentrotus_purpuratus_metapars.utr.cfg
│       │   ├── strongylocentrotus_purpuratus_parameters.cfg
│       │   ├── strongylocentrotus_purpuratus_parameters.cgp.cfg
│       │   ├── strongylocentrotus_purpuratus_utr_probs.pbl
│       │   └── strongylocentrotus_purpuratus_weightmatrix.txt
│       ├── sulfolobus_solfataricus
│       │   ├── sulfolobus_solfataricus_exon_probs.pbl
│       │   ├── sulfolobus_solfataricus_igenic_probs.pbl
│       │   ├── sulfolobus_solfataricus_metapars.cfg
│       │   ├── sulfolobus_solfataricus_metapars.utr.cfg
│       │   ├── sulfolobus_solfataricus_ovlp_len.pbl
│       │   ├── sulfolobus_solfataricus_parameters.cfg
│       │   ├── sulfolobus_solfataricus_trans_shadow_bacterium.pbl
│       │   └── sulfolobus_solfataricus_weightmatrix.txt
│       ├── template_prokaryotic
│       │   ├── template_prokaryotic_metapars.cfg
│       │   ├── template_prokaryotic_metapars.utr.cfg
│       │   ├── template_prokaryotic_ovlp_len.pbl
│       │   ├── template_prokaryotic_parameters.cfg
│       │   ├── template_prokaryotic_trans_shadow_bacterium.pbl
│       │   └── template_prokaryotic_weightmatrix.txt
│       ├── tetrahymena
│       │   ├── tetrahymena_exon_probs.pbl
│       │   ├── tetrahymena_igenic_probs.pbl
│       │   ├── tetrahymena_intron_probs.pbl
│       │   ├── tetrahymena_metapars.cfg
│       │   ├── tetrahymena_parameters.cfg
│       │   └── tetrahymena_weightmatrix.txt
│       ├── Thalassiosira_pseudonana_CCMP1335
│       │   ├── README.txt
│       │   ├── Thalassiosira_pseudonana_CCMP1335_exon_probs.pbl
│       │   ├── Thalassiosira_pseudonana_CCMP1335_igenic_probs.pbl
│       │   ├── Thalassiosira_pseudonana_CCMP1335_intron_probs.pbl
│       │   ├── Thalassiosira_pseudonana_CCMP1335_metapars.cfg
│       │   ├── Thalassiosira_pseudonana_CCMP1335_metapars.cgp.cfg
│       │   ├── Thalassiosira_pseudonana_CCMP1335_metapars.utr.cfg
│       │   ├── Thalassiosira_pseudonana_CCMP1335_parameters.cfg
│       │   └── Thalassiosira_pseudonana_CCMP1335_weightmatrix.txt
│       ├── thermoanaerobacter_tengcongensis
│       │   ├── thermoanaerobacter_tengcongensis_exon_probs.pbl
│       │   ├── thermoanaerobacter_tengcongensis_igenic_probs.pbl
│       │   ├── thermoanaerobacter_tengcongensis_metapars.cfg
│       │   ├── thermoanaerobacter_tengcongensis_metapars.utr.cfg
│       │   ├── thermoanaerobacter_tengcongensis_ovlp_len.pbl
│       │   ├── thermoanaerobacter_tengcongensis_parameters.cfg
│       │   ├── thermoanaerobacter_tengcongensis_trans_shadow_bacterium.pbl
│       │   └── thermoanaerobacter_tengcongensis_weightmatrix.txt
│       ├── tomato
│       │   ├── tomato_exon_probs.pbl
│       │   ├── tomato_igenic_probs.pbl
│       │   ├── tomato_intron_probs.pbl
│       │   ├── tomato_metapars.cfg
│       │   ├── tomato_metapars.utr.cfg
│       │   ├── tomato_parameters.cfg
│       │   ├── tomato_utr_probs.pbl
│       │   └── tomato_weightmatrix.txt
│       ├── toxoplasma
│       │   ├── toxoplasma_exon_probs.pbl
│       │   ├── toxoplasma_igenic_probs.pbl
│       │   ├── toxoplasma_intron_probs.pbl
│       │   ├── toxoplasma_metaparameters.cfg
│       │   ├── toxoplasma_parameters.cfg
│       │   ├── toxoplasma_trans_shadow_partial_utr.pbl
│       │   ├── toxoplasma_utr_probs.pbl
│       │   └── toxoplasma_weightmatrix.txt
│       ├── tribolium2012
│       │   ├── tribolium2012_exon_probs.pbl
│       │   ├── tribolium2012_exon_probs.pbl1
│       │   ├── tribolium2012_exon_probs.pbl2
│       │   ├── tribolium2012_exon_probs.pbl3
│       │   ├── tribolium2012_exon_probs.pbl4
│       │   ├── tribolium2012_exon_probs.pbl.HMM
│       │   ├── tribolium2012_igenic_probs.pbl
│       │   ├── tribolium2012_igenic_probs.pbl1
│       │   ├── tribolium2012_igenic_probs.pbl2
│       │   ├── tribolium2012_igenic_probs.pbl3
│       │   ├── tribolium2012_igenic_probs.pbl4
│       │   ├── tribolium2012_igenic_probs.pbl.HMM
│       │   ├── tribolium2012_intron_probs.pbl
│       │   ├── tribolium2012_intron_probs.pbl1
│       │   ├── tribolium2012_intron_probs.pbl2
│       │   ├── tribolium2012_intron_probs.pbl3
│       │   ├── tribolium2012_intron_probs.pbl4
│       │   ├── tribolium2012_intron_probs.pbl.HMM
│       │   ├── tribolium2012_metapars.cfg
│       │   ├── tribolium2012_metapars.utr.cfg
│       │   ├── tribolium2012_parameters.cfg
│       │   ├── tribolium2012_parameters.cfg.orig1
│       │   ├── tribolium2012_parameters.cfg.orig2
│       │   ├── tribolium2012_parameters.cfg.orig3
│       │   ├── tribolium2012_parameters.cfg.orig4
│       │   ├── tribolium2012_parameters.cfg.orig5
│       │   ├── tribolium2012_parameters.cfg.orig6
│       │   ├── tribolium2012_parameters.cfg.orig7
│       │   ├── tribolium2012_trans_shadow_partial_utr.pbl
│       │   ├── tribolium2012_utr_probs.pbl
│       │   ├── tribolium2012_utr_probs.pbl.HMM
│       │   └── tribolium2012_weightmatrix.txt
│       ├── trichinella
│       │   ├── trichinella_exon_probs.pbl
│       │   ├── trichinella_igenic_probs.pbl
│       │   ├── trichinella_intron_probs.pbl
│       │   ├── trichinella_metapars.cfg
│       │   ├── trichinella_metapars.utr.cfg
│       │   ├── trichinella_parameters.cfg
│       │   ├── trichinella_utr_probs.pbl
│       │   └── trichinella_weightmatrix.txt
│       ├── Trichoplax_adhaerens
│       │   ├── README.txt
│       │   ├── Trichoplax_adhaerens_exon_probs.pbl
│       │   ├── Trichoplax_adhaerens_igenic_probs.pbl
│       │   ├── Trichoplax_adhaerens_intron_probs.pbl
│       │   ├── Trichoplax_adhaerens_metapars.cfg
│       │   ├── Trichoplax_adhaerens_metapars.cgp.cfg
│       │   ├── Trichoplax_adhaerens_metapars.utr.cfg
│       │   ├── Trichoplax_adhaerens_parameters.cfg
│       │   └── Trichoplax_adhaerens_weightmatrix.txt
│       ├── ustilago
│       │   ├── ustilago_exon_probs.pbl
│       │   ├── ustilago_igenic_probs.pbl
│       │   ├── ustilago_intron_probs.pbl
│       │   ├── ustilago_parameters.cfg
│       │   └── ustilago_weightmatrix.txt
│       ├── ustilago_maydis
│       │   ├── ustilago_maydis_exon_probs.pbl
│       │   ├── ustilago_maydis_igenic_probs.pbl
│       │   ├── ustilago_maydis_intron_probs.pbl
│       │   ├── ustilago_maydis_metapars.cfg
│       │   ├── ustilago_maydis_parameters.cfg
│       │   └── ustilago_maydis_weightmatrix.txt
│       ├── verticillium_albo_atrum1
│       │   ├── verticillium_albo_atrum1_exon_probs.pbl
│       │   ├── verticillium_albo_atrum1_igenic_probs.pbl
│       │   ├── verticillium_albo_atrum1_intron_probs.pbl
│       │   ├── verticillium_albo_atrum1_metapars.cfg
│       │   ├── verticillium_albo_atrum1_metapars.utr.cfg
│       │   ├── verticillium_albo_atrum1_parameters.cfg
│       │   ├── verticillium_albo_atrum1_utr_probs.pbl
│       │   └── verticillium_albo_atrum1_weightmatrix.txt
│       ├── verticillium_longisporum1
│       │   ├── verticillium_longisporum1_exon_probs.pbl
│       │   ├── verticillium_longisporum1_igenic_probs.pbl
│       │   ├── verticillium_longisporum1_intron_probs.pbl
│       │   ├── verticillium_longisporum1_metapars.cfg
│       │   ├── verticillium_longisporum1_metapars.utr.cfg
│       │   ├── verticillium_longisporum1_parameters.cfg
│       │   ├── verticillium_longisporum1_parameters.cfg.orig1
│       │   ├── verticillium_longisporum1_utr_probs.pbl
│       │   └── verticillium_longisporum1_weightmatrix.txt
│       ├── Vitrella_brassicaformis
│       │   ├── README.txt
│       │   ├── Vitrella_brassicaformis_exon_probs.pbl
│       │   ├── Vitrella_brassicaformis_igenic_probs.pbl
│       │   ├── Vitrella_brassicaformis_intron_probs.pbl
│       │   ├── Vitrella_brassicaformis_metapars.cfg
│       │   ├── Vitrella_brassicaformis_metapars.cgp.cfg
│       │   ├── Vitrella_brassicaformis_metapars.utr.cfg
│       │   ├── Vitrella_brassicaformis_parameters.cfg
│       │   └── Vitrella_brassicaformis_weightmatrix.txt
│       ├── volvox
│       │   ├── volvox_exon_probs.pbl
│       │   ├── volvox_igenic_probs.pbl
│       │   ├── volvox_intron_probs.pbl
│       │   ├── volvox_metapars.cfg
│       │   ├── volvox_metapars.cgp.cfg
│       │   ├── volvox_metapars.utr.cfg
│       │   ├── volvox_parameters.cfg
│       │   ├── volvox_utr_probs.pbl
│       │   └── volvox_weightmatrix.txt
│       ├── wheat
│       │   ├── README.txt
│       │   ├── wheat_exon_probs.pbl
│       │   ├── wheat_igenic_probs.pbl
│       │   ├── wheat_intron_probs.pbl
│       │   ├── wheat_parameters.cfg
│       │   ├── wheat_utr_probs.pbl
│       │   └── wheat_weightmatrix.txt
│       ├── Xiphophorus_maculatus
│       │   ├── README.txt
│       │   ├── Xiphophorus_maculatus_exon_probs.pbl
│       │   ├── Xiphophorus_maculatus_igenic_probs.pbl
│       │   ├── Xiphophorus_maculatus_intron_probs.pbl
│       │   ├── Xiphophorus_maculatus_parameters.cfg
│       │   ├── Xiphophorus_maculatus_utr_probs.pbl
│       │   └── Xiphophorus_maculatus_weightmatrix.txt
│       ├── Xipophorus_maculatus
│       │   ├── Xipophorus_maculatus_exon_probs.pbl
│       │   ├── Xipophorus_maculatus_igenic_probs.pbl
│       │   ├── Xipophorus_maculatus_intron_probs.pbl
│       │   ├── Xipophorus_maculatus_parameters.cfg
│       │   ├── Xipophorus_maculatus_utr_probs.pbl
│       │   └── Xipophorus_maculatus_weightmatrix.txt
│       ├── yarrowia_lipolytica
│       │   ├── yarrowia_lipolytica_exon_probs.pbl
│       │   ├── yarrowia_lipolytica_igenic_probs.pbl
│       │   ├── yarrowia_lipolytica_intron_probs.pbl
│       │   ├── yarrowia_lipolytica_metapars.cfg
│       │   ├── yarrowia_lipolytica_metapars.utr.cfg
│       │   ├── yarrowia_lipolytica_parameters.cfg
│       │   ├── yarrowia_lipolytica_utr_probs.pbl
│       │   └── yarrowia_lipolytica_weightmatrix.txt
│       └── zebrafish
│           ├── README.TXT
│           ├── zebrafish_exon_probs.pbl
│           ├── zebrafish_exon_probs.pbl.HMM
│           ├── zebrafish_igenic_probs.pbl
│           ├── zebrafish_igenic_probs.pbl.HMM
│           ├── zebrafish_intron_probs.pbl
│           ├── zebrafish_intron_probs.pbl.HMM
│           ├── zebrafish_metapars.cfg
│           ├── zebrafish_metapars.utr.cfg
│           ├── zebrafish_parameters.cfg
│           └── zebrafish_weightmatrix.txt
├── busco -> /scratch/b.jmd20jns/busco
├── BUSCO
│   ├── auto_lineage
│   │   ├── run_alphabaculovirus_odb10
│   │   │   ├── busco_sequences
│   │   │   │   ├── fragmented_busco_sequences
│   │   │   │   ├── multi_copy_busco_sequences
│   │   │   │   └── single_copy_busco_sequences
│   │   │   ├── full_table.tsv
│   │   │   ├── hmmer_output
│   │   │   │   ├── 104at558016.out
│   │   │   │   ├── 111at558016.out
│   │   │   │   ├── 130at558016.out
│   │   │   │   ├── 132at558016.out
│   │   │   │   ├── 137at558016.out
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│   │   │   │   ├── 152at558016.out
│   │   │   │   ├── 154at558016.out
│   │   │   │   ├── 178at558016.out
│   │   │   │   ├── 190at558016.out
│   │   │   │   ├── 19at558016.out
│   │   │   │   ├── 1at558016.out
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│   │   │   │   ├── 226at558016.out
│   │   │   │   ├── 238at558016.out
│   │   │   │   ├── 244at558016.out
│   │   │   │   ├── 263at558016.out
│   │   │   │   ├── 271at558016.out
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│   │   │   │   ├── 354at558016.out
│   │   │   │   ├── 362at558016.out
│   │   │   │   ├── 387at558016.out
│   │   │   │   ├── 412at558016.out
│   │   │   │   ├── 414at558016.out
│   │   │   │   ├── 417at558016.out
│   │   │   │   ├── 419at558016.out
│   │   │   │   ├── 452at558016.out
│   │   │   │   ├── 470at558016.out
│   │   │   │   ├── 496at558016.out
│   │   │   │   ├── 544at558016.out
│   │   │   │   ├── 552at558016.out
│   │   │   │   ├── 60at558016.out
│   │   │   │   ├── 63at558016.out
│   │   │   │   ├── 64at558016.out
│   │   │   │   ├── 707at558016.out
│   │   │   │   ├── 91at558016.out
│   │   │   │   ├── 92at558016.out
│   │   │   │   ├── 94at558016.out
│   │   │   │   └── 9at558016.out
│   │   │   ├── missing_busco_list.tsv
│   │   │   └── short_summary.txt
│   │   ├── run_alphaherpesvirinae_odb10
│   │   │   ├── busco_sequences
│   │   │   │   ├── fragmented_busco_sequences
│   │   │   │   ├── multi_copy_busco_sequences
│   │   │   │   └── single_copy_busco_sequences
│   │   │   ├── full_table.tsv
│   │   │   ├── hmmer_output
│   │   │   │   ├── 0at10293.out
│   │   │   │   ├── 110at10293.out
│   │   │   │   ├── 122at10293.out
│   │   │   │   ├── 123at10293.out
│   │   │   │   ├── 159at10293.out
│   │   │   │   ├── 21at10293.out
│   │   │   │   ├── 23at10293.out
│   │   │   │   ├── 26at10293.out
│   │   │   │   ├── 29at10293.out
│   │   │   │   ├── 3at10293.out
│   │   │   │   ├── 41at10293.out
│   │   │   │   ├── 48at10293.out
│   │   │   │   ├── 52at10293.out
│   │   │   │   ├── 54at10293.out
│   │   │   │   ├── 61at10293.out
│   │   │   │   ├── 64at10293.out
│   │   │   │   ├── 73at10293.out
│   │   │   │   ├── 77at10293.out
│   │   │   │   ├── 7at10293.out
│   │   │   │   ├── 8at10293.out
│   │   │   │   └── 95at10293.out
│   │   │   ├── missing_busco_list.tsv
│   │   │   └── short_summary.txt
│   │   ├── run_archaea_odb10
│   │   │   ├── busco_sequences
│   │   │   │   ├── fragmented_busco_sequences
│   │   │   │   │   ├── 60670at2157.faa
│   │   │   │   │   └── 60670at2157.fna
│   │   │   │   ├── multi_copy_busco_sequences
│   │   │   │   └── single_copy_busco_sequences
│   │   │   ├── full_table.tsv
│   │   │   ├── hmmer_output
│   │   │   │   ├── 101957at2157.out
│   │   │   │   ├── 102178at2157.out
│   │   │   │   ├── 102360at2157.out
│   │   │   │   ├── 10236at2157.out
│   │   │   │   ├── 102399at2157.out
│   │   │   │   ├── 103467at2157.out
│   │   │   │   ├── 104254at2157.out
│   │   │   │   ├── 104636at2157.out
│   │   │   │   ├── 104702at2157.out
│   │   │   │   ├── 104786at2157.out
│   │   │   │   ├── 105095at2157.out
│   │   │   │   ├── 105165at2157.out
│   │   │   │   ├── 105421at2157.out
│   │   │   │   ├── 105604at2157.out
│   │   │   │   ├── 105851at2157.out
│   │   │   │   ├── 106462at2157.out
│   │   │   │   ├── 106603at2157.out
│   │   │   │   ├── 107015at2157.out
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│   │   │   │   ├── fragmented_busco_sequences
│   │   │   │   ├── multi_copy_busco_sequences
│   │   │   │   └── single_copy_busco_sequences
│   │   │   ├── full_table.tsv
│   │   │   ├── hmmer_output
│   │   │   │   ├── 127at10442.out
│   │   │   │   ├── 25at10442.out
│   │   │   │   ├── 260at10442.out
│   │   │   │   ├── 336at10442.out
│   │   │   │   ├── 33at10442.out
│   │   │   │   ├── 490at10442.out
│   │   │   │   ├── 512at10442.out
│   │   │   │   ├── 519at10442.out
│   │   │   │   ├── 544at10442.out
│   │   │   │   ├── 551at10442.out
│   │   │   │   ├── 79at10442.out
│   │   │   │   └── 817at10442.out
│   │   │   ├── missing_busco_list.tsv
│   │   │   └── short_summary.txt
│   │   ├── run_bclasvirinae_odb10
│   │   │   ├── busco_sequences
│   │   │   │   ├── fragmented_busco_sequences
│   │   │   │   ├── multi_copy_busco_sequences
│   │   │   │   └── single_copy_busco_sequences
│   │   │   ├── full_table.tsv
│   │   │   ├── hmmer_output
│   │   │   │   ├── 102at1982876.out
│   │   │   │   ├── 105at1982876.out
│   │   │   │   ├── 110at1982876.out
│   │   │   │   ├── 116at1982876.out
│   │   │   │   ├── 12at1982876.out
│   │   │   │   ├── 131at1982876.out
│   │   │   │   ├── 15at1982876.out
│   │   │   │   ├── 18at1982876.out
│   │   │   │   ├── 1at1982876.out
│   │   │   │   ├── 22at1982876.out
│   │   │   │   ├── 24at1982876.out
│   │   │   │   ├── 26at1982876.out
│   │   │   │   ├── 29at1982876.out
│   │   │   │   ├── 2at1982876.out
│   │   │   │   ├── 37at1982876.out
│   │   │   │   ├── 39at1982876.out
│   │   │   │   ├── 43at1982876.out
│   │   │   │   ├── 47at1982876.out
│   │   │   │   ├── 49at1982876.out
│   │   │   │   ├── 4at1982876.out
│   │   │   │   ├── 55at1982876.out
│   │   │   │   ├── 57at1982876.out
│   │   │   │   ├── 62at1982876.out
│   │   │   │   ├── 66at1982876.out
│   │   │   │   ├── 67at1982876.out
│   │   │   │   ├── 6at1982876.out
│   │   │   │   ├── 71at1982876.out
│   │   │   │   ├── 73at1982876.out
│   │   │   │   ├── 75at1982876.out
│   │   │   │   ├── 82at1982876.out
│   │   │   │   ├── 83at1982876.out
│   │   │   │   ├── 86at1982876.out
│   │   │   │   ├── 88at1982876.out
│   │   │   │   ├── 94at1982876.out
│   │   │   │   ├── 97at1982876.out
│   │   │   │   └── 9at1982876.out
│   │   │   ├── missing_busco_list.tsv
│   │   │   └── short_summary.txt
│   │   ├── run_betabaculovirus_odb10
│   │   │   ├── busco_sequences
│   │   │   │   ├── fragmented_busco_sequences
│   │   │   │   ├── multi_copy_busco_sequences
│   │   │   │   └── single_copy_busco_sequences
│   │   │   ├── full_table.tsv
│   │   │   ├── hmmer_output
│   │   │   │   ├── 0at558017.out
│   │   │   │   ├── 103at558017.out
│   │   │   │   ├── 104at558017.out
│   │   │   │   ├── 109at558017.out
│   │   │   │   ├── 10at558017.out
│   │   │   │   ├── 112at558017.out
│   │   │   │   ├── 113at558017.out
│   │   │   │   ├── 122at558017.out
│   │   │   │   ├── 124at558017.out
│   │   │   │   ├── 129at558017.out
│   │   │   │   ├── 135at558017.out
│   │   │   │   ├── 144at558017.out
│   │   │   │   ├── 148at558017.out
│   │   │   │   ├── 158at558017.out
│   │   │   │   ├── 162at558017.out
│   │   │   │   ├── 166at558017.out
│   │   │   │   ├── 167at558017.out
│   │   │   │   ├── 170at558017.out
│   │   │   │   ├── 171at558017.out
│   │   │   │   ├── 175at558017.out
│   │   │   │   ├── 178at558017.out
│   │   │   │   ├── 17at558017.out
│   │   │   │   ├── 182at558017.out
│   │   │   │   ├── 185at558017.out
│   │   │   │   ├── 187at558017.out
│   │   │   │   ├── 189at558017.out
│   │   │   │   ├── 190at558017.out
│   │   │   │   ├── 19at558017.out
│   │   │   │   ├── 20at558017.out
│   │   │   │   ├── 21at558017.out
│   │   │   │   ├── 22at558017.out
│   │   │   │   ├── 2at558017.out
│   │   │   │   ├── 31at558017.out
│   │   │   │   ├── 34at558017.out
│   │   │   │   ├── 36at558017.out
│   │   │   │   ├── 37at558017.out
│   │   │   │   ├── 39at558017.out
│   │   │   │   ├── 42at558017.out
│   │   │   │   ├── 46at558017.out
│   │   │   │   ├── 49at558017.out
│   │   │   │   ├── 4at558017.out
│   │   │   │   ├── 52at558017.out
│   │   │   │   ├── 54at558017.out
│   │   │   │   ├── 55at558017.out
│   │   │   │   ├── 60at558017.out
│   │   │   │   ├── 65at558017.out
│   │   │   │   ├── 67at558017.out
│   │   │   │   ├── 70at558017.out
│   │   │   │   ├── 72at558017.out
│   │   │   │   ├── 74at558017.out
│   │   │   │   ├── 75at558017.out
│   │   │   │   ├── 77at558017.out
│   │   │   │   ├── 79at558017.out
│   │   │   │   ├── 81at558017.out
│   │   │   │   ├── 82at558017.out
│   │   │   │   ├── 89at558017.out
│   │   │   │   ├── 98at558017.out
│   │   │   │   └── 99at558017.out
│   │   │   ├── missing_busco_list.tsv
│   │   │   └── short_summary.txt
│   │   ├── run_betaherpesvirinae_odb10
│   │   │   ├── busco_sequences
│   │   │   │   ├── fragmented_busco_sequences
│   │   │   │   ├── multi_copy_busco_sequences
│   │   │   │   └── single_copy_busco_sequences
│   │   │   ├── full_table.tsv
│   │   │   ├── hmmer_output
│   │   │   │   ├── 118at10357.out
│   │   │   │   ├── 13at10357.out
│   │   │   │   ├── 158at10357.out
│   │   │   │   ├── 163at10357.out
│   │   │   │   ├── 34at10357.out
│   │   │   │   ├── 48at10357.out
│   │   │   │   ├── 53at10357.out
│   │   │   │   ├── 58at10357.out
│   │   │   │   ├── 68at10357.out
│   │   │   │   └── 85at10357.out
│   │   │   ├── missing_busco_list.tsv
│   │   │   └── short_summary.txt
│   │   ├── run_cheoctovirus_odb10
│   │   │   ├── busco_sequences
│   │   │   │   ├── fragmented_busco_sequences
│   │   │   │   ├── multi_copy_busco_sequences
│   │   │   │   └── single_copy_busco_sequences
│   │   │   ├── full_table.tsv
│   │   │   ├── hmmer_output
│   │   │   │   ├── 112at1623281.out
│   │   │   │   ├── 113at1623281.out
│   │   │   │   ├── 11at1623281.out
│   │   │   │   ├── 130at1623281.out
│   │   │   │   ├── 135at1623281.out
│   │   │   │   ├── 144at1623281.out
│   │   │   │   ├── 147at1623281.out
│   │   │   │   ├── 14at1623281.out
│   │   │   │   ├── 2at1623281.out
│   │   │   │   ├── 30at1623281.out
│   │   │   │   ├── 3at1623281.out
│   │   │   │   ├── 45at1623281.out
│   │   │   │   ├── 51at1623281.out
│   │   │   │   ├── 6at1623281.out
│   │   │   │   ├── 86at1623281.out
│   │   │   │   └── 87at1623281.out
│   │   │   ├── missing_busco_list.tsv
│   │   │   └── short_summary.txt
│   │   ├── run_chordopoxvirinae_odb10
│   │   │   ├── busco_sequences
│   │   │   │   ├── fragmented_busco_sequences
│   │   │   │   ├── multi_copy_busco_sequences
│   │   │   │   └── single_copy_busco_sequences
│   │   │   ├── full_table.tsv
│   │   │   ├── hmmer_output
│   │   │   │   ├── 102at10241.out
│   │   │   │   ├── 106at10241.out
│   │   │   │   ├── 109at10241.out
│   │   │   │   ├── 10at10241.out
│   │   │   │   ├── 116at10241.out
│   │   │   │   ├── 120at10241.out
│   │   │   │   ├── 122at10241.out
│   │   │   │   ├── 140at10241.out
│   │   │   │   ├── 144at10241.out
│   │   │   │   ├── 145at10241.out
│   │   │   │   ├── 14at10241.out
│   │   │   │   ├── 162at10241.out
│   │   │   │   ├── 165at10241.out
│   │   │   │   ├── 183at10241.out
│   │   │   │   ├── 20at10241.out
│   │   │   │   ├── 213at10241.out
│   │   │   │   ├── 219at10241.out
│   │   │   │   ├── 228at10241.out
│   │   │   │   ├── 229at10241.out
│   │   │   │   ├── 241at10241.out
│   │   │   │   ├── 245at10241.out
│   │   │   │   ├── 249at10241.out
│   │   │   │   ├── 255at10241.out
│   │   │   │   ├── 277at10241.out
│   │   │   │   ├── 286at10241.out
│   │   │   │   ├── 288at10241.out
│   │   │   │   ├── 292at10241.out
│   │   │   │   ├── 296at10241.out
│   │   │   │   ├── 314at10241.out
│   │   │   │   ├── 328at10241.out
│   │   │   │   ├── 32at10241.out
│   │   │   │   ├── 345at10241.out
│   │   │   │   ├── 346at10241.out
│   │   │   │   ├── 375at10241.out
│   │   │   │   ├── 386at10241.out
│   │   │   │   ├── 394at10241.out
│   │   │   │   ├── 400at10241.out
│   │   │   │   ├── 402at10241.out
│   │   │   │   ├── 40at10241.out
│   │   │   │   ├── 438at10241.out
│   │   │   │   ├── 44at10241.out
│   │   │   │   ├── 45at10241.out
│   │   │   │   ├── 478at10241.out
│   │   │   │   ├── 483at10241.out
│   │   │   │   ├── 49at10241.out
│   │   │   │   ├── 502at10241.out
│   │   │   │   ├── 503at10241.out
│   │   │   │   ├── 50at10241.out
│   │   │   │   ├── 53at10241.out
│   │   │   │   ├── 541at10241.out
│   │   │   │   ├── 542at10241.out
│   │   │   │   ├── 552at10241.out
│   │   │   │   ├── 554at10241.out
│   │   │   │   ├── 600at10241.out
│   │   │   │   ├── 602at10241.out
│   │   │   │   ├── 611at10241.out
│   │   │   │   ├── 699at10241.out
│   │   │   │   └── 76at10241.out
│   │   │   ├── missing_busco_list.tsv
│   │   │   └── short_summary.txt
│   │   ├── run_enquatrovirus_odb10
│   │   │   ├── busco_sequences
│   │   │   │   ├── fragmented_busco_sequences
│   │   │   │   ├── multi_copy_busco_sequences
│   │   │   │   └── single_copy_busco_sequences
│   │   │   ├── full_table.tsv
│   │   │   ├── hmmer_output
│   │   │   │   ├── 10at371730.out
│   │   │   │   ├── 12at371730.out
│   │   │   │   ├── 19at371730.out
│   │   │   │   ├── 21at371730.out
│   │   │   │   ├── 29at371730.out
│   │   │   │   ├── 33at371730.out
│   │   │   │   ├── 41at371730.out
│   │   │   │   ├── 42at371730.out
│   │   │   │   ├── 44at371730.out
│   │   │   │   ├── 47at371730.out
│   │   │   │   ├── 7at371730.out
│   │   │   │   └── 8at371730.out
│   │   │   ├── missing_busco_list.tsv
│   │   │   └── short_summary.txt
│   │   ├── run_eukaryota_odb10
│   │   │   ├── busco_sequences
│   │   │   │   ├── fragmented_busco_sequences
│   │   │   │   │   ├── 142542at2759.faa
│   │   │   │   │   └── 655400at2759.faa
│   │   │   │   ├── multi_copy_busco_sequences
│   │   │   │   └── single_copy_busco_sequences
│   │   │   │       ├── 1025450at2759.faa
│   │   │   │       ├── 1342242at2759.faa
│   │   │   │       └── 1355894at2759.faa
│   │   │   ├── full_table.tsv
│   │   │   ├── hmmer_output
│   │   │   │   ├── initial_run_results
│   │   │   │   │   ├── 1001705at2759.out
│   │   │   │   │   ├── 1003258at2759.out
│   │   │   │   │   ├── 100698at2759.out
│   │   │   │   │   ├── 1010730at2759.out
│   │   │   │   │   ├── 1014314at2759.out
│   │   │   │   │   ├── 1018517at2759.out
│   │   │   │   │   ├── 1019762at2759.out
│   │   │   │   │   ├── 1025450at2759.out
│   │   │   │   │   ├── 1030907at2759.out
│   │   │   │   │   ├── 1032689at2759.out
│   │   │   │   │   ├── 1038775at2759.out
│   │   │   │   │   ├── 1041560at2759.out
│   │   │   │   │   ├── 1049599at2759.out
│   │   │   │   │   ├── 1051021at2759.out
│   │   │   │   │   ├── 1053181at2759.out
│   │   │   │   │   ├── 1057950at2759.out
│   │   │   │   │   ├── 1065019at2759.out
│   │   │   │   │   ├── 1076134at2759.out
│   │   │   │   │   ├── 1079130at2759.out
│   │   │   │   │   ├── 1079827at2759.out
│   │   │   │   │   ├── 1085752at2759.out
│   │   │   │   │   ├── 1087488at2759.out
│   │   │   │   │   ├── 1090038at2759.out
│   │   │   │   │   ├── 1094121at2759.out
│   │   │   │   │   ├── 1096688at2759.out
│   │   │   │   │   ├── 1106766at2759.out
│   │   │   │   │   ├── 1107630at2759.out
│   │   │   │   │   ├── 1108845at2759.out
│   │   │   │   │   ├── 1111142at2759.out
│   │   │   │   │   ├── 1112002at2759.out
│   │   │   │   │   ├── 1115196at2759.out
│   │   │   │   │   ├── 1128607at2759.out
│   │   │   │   │   ├── 1129824at2759.out
│   │   │   │   │   ├── 1138059at2759.out
│   │   │   │   │   ├── 1157302at2759.out
│   │   │   │   │   ├── 1161199at2759.out
│   │   │   │   │   ├── 1173229at2759.out
│   │   │   │   │   ├── 1178688at2759.out
│   │   │   │   │   ├── 1182451at2759.out
│   │   │   │   │   ├── 1193442at2759.out
│   │   │   │   │   ├── 1194691at2759.out
│   │   │   │   │   ├── 1194797at2759.out
│   │   │   │   │   ├── 1197019at2759.out
│   │   │   │   │   ├── 1200489at2759.out
│   │   │   │   │   ├── 1217666at2759.out
│   │   │   │   │   ├── 1220881at2759.out
│   │   │   │   │   ├── 1222562at2759.out
│   │   │   │   │   ├── 1223488at2759.out
│   │   │   │   │   ├── 1228942at2759.out
│   │   │   │   │   ├── 1233814at2759.out
│   │   │   │   │   ├── 1236198at2759.out
│   │   │   │   │   ├── 1247641at2759.out
│   │   │   │   │   ├── 1248958at2759.out
│   │   │   │   │   ├── 1249159at2759.out
│   │   │   │   │   ├── 1251252at2759.out
│   │   │   │   │   ├── 1257440at2759.out
│   │   │   │   │   ├── 1258856at2759.out
│   │   │   │   │   ├── 1259741at2759.out
│   │   │   │   │   ├── 1260807at2759.out
│   │   │   │   │   ├── 1264469at2759.out
│   │   │   │   │   ├── 1266231at2759.out
│   │   │   │   │   ├── 1269244at2759.out
│   │   │   │   │   ├── 1269649at2759.out
│   │   │   │   │   ├── 1275837at2759.out
│   │   │   │   │   ├── 1284731at2759.out
│   │   │   │   │   ├── 1287094at2759.out
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│   │   │   ├── metaeuk_output
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│   │   │   │   └── rerun_results
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│   │   │   │       ├── MEGAHIT-MetaBAT2-group-1.93.fa.headersMap.tsv
│   │   │   │       └── MEGAHIT-MetaBAT2-group-1.93.fa.modified.fas
│   │   │   ├── missing_busco_list.tsv
│   │   │   ├── placement_files
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│   │   │   └── short_summary.txt
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│   │   │   │   ├── fragmented_busco_sequences
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│   │   │   ├── missing_busco_list.tsv
│   │   │   └── short_summary.txt
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│   │   │   │   ├── fragmented_busco_sequences
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│   │   │   │   └── single_copy_busco_sequences
│   │   │   ├── full_table.tsv
│   │   │   ├── hmmer_output
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│   │   │   ├── missing_busco_list.tsv
│   │   │   └── short_summary.txt
│   │   ├── run_guernseyvirinae_odb10
│   │   │   ├── busco_sequences
│   │   │   │   ├── fragmented_busco_sequences
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│   │   │   │   └── single_copy_busco_sequences
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│   │   │   ├── hmmer_output
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│   │   │   │   ├── 24at1910976.out
│   │   │   │   ├── 25at1910976.out
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│   │   │   │   ├── 42at1910976.out
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│   │   │   ├── missing_busco_list.tsv
│   │   │   └── short_summary.txt
│   │   ├── run_herpesviridae_odb10
│   │   │   ├── busco_sequences
│   │   │   │   ├── fragmented_busco_sequences
│   │   │   │   ├── multi_copy_busco_sequences
│   │   │   │   └── single_copy_busco_sequences
│   │   │   ├── full_table.tsv
│   │   │   ├── hmmer_output
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│   │   │   │   └── 91at10292.out
│   │   │   ├── missing_busco_list.tsv
│   │   │   └── short_summary.txt
│   │   ├── run_iridoviridae_odb10
│   │   │   ├── busco_sequences
│   │   │   │   ├── fragmented_busco_sequences
│   │   │   │   ├── multi_copy_busco_sequences
│   │   │   │   └── single_copy_busco_sequences
│   │   │   ├── full_table.tsv
│   │   │   ├── hmmer_output
│   │   │   │   ├── 101at10486.out
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│   │   │   │   └── 99at10486.out
│   │   │   ├── missing_busco_list.tsv
│   │   │   └── short_summary.txt
│   │   ├── run_pahexavirus_odb10
│   │   │   ├── busco_sequences
│   │   │   │   ├── fragmented_busco_sequences
│   │   │   │   ├── multi_copy_busco_sequences
│   │   │   │   └── single_copy_busco_sequences
│   │   │   ├── full_table.tsv
│   │   │   ├── hmmer_output
│   │   │   │   ├── 11at1982251.out
│   │   │   │   ├── 12at1982251.out
│   │   │   │   ├── 14at1982251.out
│   │   │   │   ├── 15at1982251.out
│   │   │   │   ├── 17at1982251.out
│   │   │   │   ├── 19at1982251.out
│   │   │   │   ├── 1at1982251.out
│   │   │   │   ├── 21at1982251.out
│   │   │   │   ├── 22at1982251.out
│   │   │   │   ├── 24at1982251.out
│   │   │   │   ├── 25at1982251.out
│   │   │   │   ├── 2at1982251.out
│   │   │   │   ├── 33at1982251.out
│   │   │   │   ├── 36at1982251.out
│   │   │   │   ├── 37at1982251.out
│   │   │   │   ├── 3at1982251.out
│   │   │   │   ├── 44at1982251.out
│   │   │   │   ├── 47at1982251.out
│   │   │   │   ├── 49at1982251.out
│   │   │   │   ├── 53at1982251.out
│   │   │   │   ├── 57at1982251.out
│   │   │   │   ├── 59at1982251.out
│   │   │   │   ├── 5at1982251.out
│   │   │   │   ├── 60at1982251.out
│   │   │   │   ├── 61at1982251.out
│   │   │   │   ├── 62at1982251.out
│   │   │   │   ├── 65at1982251.out
│   │   │   │   ├── 68at1982251.out
│   │   │   │   ├── 6at1982251.out
│   │   │   │   ├── 72at1982251.out
│   │   │   │   ├── 73at1982251.out
│   │   │   │   ├── 84at1982251.out
│   │   │   │   ├── 86at1982251.out
│   │   │   │   ├── 87at1982251.out
│   │   │   │   ├── 92at1982251.out
│   │   │   │   └── 9at1982251.out
│   │   │   ├── missing_busco_list.tsv
│   │   │   └── short_summary.txt
│   │   ├── run_peduovirus_odb10
│   │   │   ├── busco_sequences
│   │   │   │   ├── fragmented_busco_sequences
│   │   │   │   ├── multi_copy_busco_sequences
│   │   │   │   └── single_copy_busco_sequences
│   │   │   ├── full_table.tsv
│   │   │   ├── hmmer_output
│   │   │   │   ├── 11at140410.out
│   │   │   │   ├── 13at140410.out
│   │   │   │   ├── 15at140410.out
│   │   │   │   ├── 22at140410.out
│   │   │   │   ├── 32at140410.out
│   │   │   │   ├── 35at140410.out
│   │   │   │   ├── 37at140410.out
│   │   │   │   ├── 42at140410.out
│   │   │   │   ├── 47at140410.out
│   │   │   │   ├── 4at140410.out
│   │   │   │   ├── 52at140410.out
│   │   │   │   ├── 66at140410.out
│   │   │   │   ├── 74at140410.out
│   │   │   │   ├── 84at140410.out
│   │   │   │   └── 9at140410.out
│   │   │   ├── missing_busco_list.tsv
│   │   │   └── short_summary.txt
│   │   ├── run_poxviridae_odb10
│   │   │   ├── busco_sequences
│   │   │   │   ├── fragmented_busco_sequences
│   │   │   │   ├── multi_copy_busco_sequences
│   │   │   │   └── single_copy_busco_sequences
│   │   │   ├── full_table.tsv
│   │   │   ├── hmmer_output
│   │   │   │   ├── 10at10240.out
│   │   │   │   ├── 118at10240.out
│   │   │   │   ├── 14at10240.out
│   │   │   │   ├── 159at10240.out
│   │   │   │   ├── 22at10240.out
│   │   │   │   ├── 269at10240.out
│   │   │   │   ├── 279at10240.out
│   │   │   │   ├── 416at10240.out
│   │   │   │   ├── 43at10240.out
│   │   │   │   ├── 440at10240.out
│   │   │   │   ├── 455at10240.out
│   │   │   │   ├── 48at10240.out
│   │   │   │   ├── 53at10240.out
│   │   │   │   ├── 58at10240.out
│   │   │   │   ├── 696at10240.out
│   │   │   │   ├── 705at10240.out
│   │   │   │   ├── 74at10240.out
│   │   │   │   └── 81at10240.out
│   │   │   ├── missing_busco_list.tsv
│   │   │   └── short_summary.txt
│   │   ├── run_rudiviridae_odb10
│   │   │   ├── busco_sequences
│   │   │   │   ├── fragmented_busco_sequences
│   │   │   │   ├── multi_copy_busco_sequences
│   │   │   │   └── single_copy_busco_sequences
│   │   │   ├── full_table.tsv
│   │   │   ├── hmmer_output
│   │   │   │   ├── 0at157897.out
│   │   │   │   ├── 17at157897.out
│   │   │   │   ├── 20at157897.out
│   │   │   │   ├── 27at157897.out
│   │   │   │   ├── 29at157897.out
│   │   │   │   ├── 2at157897.out
│   │   │   │   ├── 34at157897.out
│   │   │   │   ├── 3at157897.out
│   │   │   │   ├── 4at157897.out
│   │   │   │   ├── 8at157897.out
│   │   │   │   └── 9at157897.out
│   │   │   ├── missing_busco_list.tsv
│   │   │   └── short_summary.txt
│   │   ├── run_simplexvirus_odb10
│   │   │   ├── busco_sequences
│   │   │   │   ├── fragmented_busco_sequences
│   │   │   │   ├── multi_copy_busco_sequences
│   │   │   │   └── single_copy_busco_sequences
│   │   │   ├── full_table.tsv
│   │   │   ├── hmmer_output
│   │   │   │   ├── 0at10294.out
│   │   │   │   ├── 14at10294.out
│   │   │   │   ├── 15at10294.out
│   │   │   │   ├── 17at10294.out
│   │   │   │   ├── 20at10294.out
│   │   │   │   ├── 21at10294.out
│   │   │   │   ├── 24at10294.out
│   │   │   │   ├── 27at10294.out
│   │   │   │   ├── 28at10294.out
│   │   │   │   ├── 29at10294.out
│   │   │   │   ├── 31at10294.out
│   │   │   │   ├── 33at10294.out
│   │   │   │   ├── 36at10294.out
│   │   │   │   ├── 37at10294.out
│   │   │   │   ├── 3at10294.out
│   │   │   │   ├── 40at10294.out
│   │   │   │   ├── 41at10294.out
│   │   │   │   ├── 43at10294.out
│   │   │   │   ├── 46at10294.out
│   │   │   │   ├── 47at10294.out
│   │   │   │   ├── 53at10294.out
│   │   │   │   ├── 55at10294.out
│   │   │   │   ├── 56at10294.out
│   │   │   │   ├── 57at10294.out
│   │   │   │   ├── 59at10294.out
│   │   │   │   ├── 5at10294.out
│   │   │   │   ├── 63at10294.out
│   │   │   │   ├── 67at10294.out
│   │   │   │   ├── 6at10294.out
│   │   │   │   ├── 72at10294.out
│   │   │   │   ├── 78at10294.out
│   │   │   │   ├── 79at10294.out
│   │   │   │   ├── 83at10294.out
│   │   │   │   ├── 85at10294.out
│   │   │   │   ├── 88at10294.out
│   │   │   │   ├── 94at10294.out
│   │   │   │   └── 9at10294.out
│   │   │   ├── missing_busco_list.tsv
│   │   │   └── short_summary.txt
│   │   ├── run_skunavirus_odb10
│   │   │   ├── busco_sequences
│   │   │   │   ├── fragmented_busco_sequences
│   │   │   │   ├── multi_copy_busco_sequences
│   │   │   │   └── single_copy_busco_sequences
│   │   │   ├── full_table.tsv
│   │   │   ├── hmmer_output
│   │   │   │   ├── 11at1623305.out
│   │   │   │   ├── 13at1623305.out
│   │   │   │   ├── 17at1623305.out
│   │   │   │   ├── 19at1623305.out
│   │   │   │   ├── 1at1623305.out
│   │   │   │   ├── 23at1623305.out
│   │   │   │   ├── 25at1623305.out
│   │   │   │   ├── 28at1623305.out
│   │   │   │   ├── 30at1623305.out
│   │   │   │   ├── 31at1623305.out
│   │   │   │   ├── 32at1623305.out
│   │   │   │   ├── 34at1623305.out
│   │   │   │   ├── 36at1623305.out
│   │   │   │   ├── 37at1623305.out
│   │   │   │   ├── 38at1623305.out
│   │   │   │   ├── 39at1623305.out
│   │   │   │   ├── 44at1623305.out
│   │   │   │   ├── 47at1623305.out
│   │   │   │   ├── 4at1623305.out
│   │   │   │   ├── 50at1623305.out
│   │   │   │   ├── 53at1623305.out
│   │   │   │   ├── 54at1623305.out
│   │   │   │   ├── 57at1623305.out
│   │   │   │   ├── 58at1623305.out
│   │   │   │   ├── 5at1623305.out
│   │   │   │   ├── 61at1623305.out
│   │   │   │   ├── 63at1623305.out
│   │   │   │   ├── 65at1623305.out
│   │   │   │   ├── 6at1623305.out
│   │   │   │   ├── 71at1623305.out
│   │   │   │   ├── 72at1623305.out
│   │   │   │   ├── 8at1623305.out
│   │   │   │   ├── 90at1623305.out
│   │   │   │   └── 9at1623305.out
│   │   │   ├── missing_busco_list.tsv
│   │   │   └── short_summary.txt
│   │   ├── run_spounavirinae_odb10
│   │   │   ├── busco_sequences
│   │   │   │   ├── fragmented_busco_sequences
│   │   │   │   ├── multi_copy_busco_sequences
│   │   │   │   └── single_copy_busco_sequences
│   │   │   ├── full_table.tsv
│   │   │   ├── hmmer_output
│   │   │   │   ├── 0at857473.out
│   │   │   │   ├── 10at857473.out
│   │   │   │   ├── 14at857473.out
│   │   │   │   ├── 16at857473.out
│   │   │   │   ├── 18at857473.out
│   │   │   │   ├── 1at857473.out
│   │   │   │   ├── 20at857473.out
│   │   │   │   ├── 21at857473.out
│   │   │   │   ├── 23at857473.out
│   │   │   │   ├── 34at857473.out
│   │   │   │   ├── 38at857473.out
│   │   │   │   ├── 3at857473.out
│   │   │   │   ├── 44at857473.out
│   │   │   │   ├── 59at857473.out
│   │   │   │   ├── 5at857473.out
│   │   │   │   └── 7at857473.out
│   │   │   ├── missing_busco_list.tsv
│   │   │   └── short_summary.txt
│   │   ├── run_tequatrovirus_odb10
│   │   │   ├── busco_sequences
│   │   │   │   ├── fragmented_busco_sequences
│   │   │   │   ├── multi_copy_busco_sequences
│   │   │   │   └── single_copy_busco_sequences
│   │   │   ├── full_table.tsv
│   │   │   ├── hmmer_output
│   │   │   │   ├── 125at10663.out
│   │   │   │   ├── 139at10663.out
│   │   │   │   ├── 144at10663.out
│   │   │   │   ├── 151at10663.out
│   │   │   │   ├── 152at10663.out
│   │   │   │   ├── 171at10663.out
│   │   │   │   ├── 19at10663.out
│   │   │   │   ├── 213at10663.out
│   │   │   │   ├── 214at10663.out
│   │   │   │   ├── 235at10663.out
│   │   │   │   ├── 262at10663.out
│   │   │   │   ├── 296at10663.out
│   │   │   │   ├── 329at10663.out
│   │   │   │   ├── 32at10663.out
│   │   │   │   ├── 33at10663.out
│   │   │   │   ├── 355at10663.out
│   │   │   │   ├── 35at10663.out
│   │   │   │   ├── 38at10663.out
│   │   │   │   ├── 46at10663.out
│   │   │   │   ├── 474at10663.out
│   │   │   │   ├── 48at10663.out
│   │   │   │   ├── 57at10663.out
│   │   │   │   ├── 59at10663.out
│   │   │   │   └── 83at10663.out
│   │   │   ├── missing_busco_list.tsv
│   │   │   └── short_summary.txt
│   │   ├── run_teseptimavirus_odb10
│   │   │   ├── busco_sequences
│   │   │   │   ├── fragmented_busco_sequences
│   │   │   │   ├── multi_copy_busco_sequences
│   │   │   │   └── single_copy_busco_sequences
│   │   │   ├── full_table.tsv
│   │   │   ├── hmmer_output
│   │   │   │   ├── 0at110456.out
│   │   │   │   ├── 19at110456.out
│   │   │   │   ├── 26at110456.out
│   │   │   │   ├── 29at110456.out
│   │   │   │   ├── 34at110456.out
│   │   │   │   ├── 35at110456.out
│   │   │   │   ├── 44at110456.out
│   │   │   │   ├── 51at110456.out
│   │   │   │   ├── 52at110456.out
│   │   │   │   ├── 54at110456.out
│   │   │   │   ├── 59at110456.out
│   │   │   │   ├── 60at110456.out
│   │   │   │   ├── 69at110456.out
│   │   │   │   ├── 85at110456.out
│   │   │   │   └── 96at110456.out
│   │   │   ├── missing_busco_list.tsv
│   │   │   └── short_summary.txt
│   │   ├── run_tevenvirinae_odb10
│   │   │   ├── busco_sequences
│   │   │   │   ├── fragmented_busco_sequences
│   │   │   │   ├── multi_copy_busco_sequences
│   │   │   │   └── single_copy_busco_sequences
│   │   │   ├── full_table.tsv
│   │   │   ├── hmmer_output
│   │   │   │   ├── 1105at1198136.out
│   │   │   │   ├── 128at1198136.out
│   │   │   │   ├── 135at1198136.out
│   │   │   │   ├── 147at1198136.out
│   │   │   │   ├── 154at1198136.out
│   │   │   │   ├── 236at1198136.out
│   │   │   │   ├── 308at1198136.out
│   │   │   │   ├── 329at1198136.out
│   │   │   │   ├── 344at1198136.out
│   │   │   │   ├── 34at1198136.out
│   │   │   │   ├── 384at1198136.out
│   │   │   │   ├── 386at1198136.out
│   │   │   │   ├── 38at1198136.out
│   │   │   │   ├── 411at1198136.out
│   │   │   │   ├── 439at1198136.out
│   │   │   │   ├── 487at1198136.out
│   │   │   │   ├── 494at1198136.out
│   │   │   │   ├── 59at1198136.out
│   │   │   │   ├── 619at1198136.out
│   │   │   │   ├── 701at1198136.out
│   │   │   │   ├── 767at1198136.out
│   │   │   │   ├── 810at1198136.out
│   │   │   │   ├── 82at1198136.out
│   │   │   │   ├── 854at1198136.out
│   │   │   │   ├── 886at1198136.out
│   │   │   │   ├── 91at1198136.out
│   │   │   │   └── 98at1198136.out
│   │   │   ├── missing_busco_list.tsv
│   │   │   └── short_summary.txt
│   │   ├── run_tunavirinae_odb10
│   │   │   ├── busco_sequences
│   │   │   │   ├── fragmented_busco_sequences
│   │   │   │   ├── multi_copy_busco_sequences
│   │   │   │   └── single_copy_busco_sequences
│   │   │   ├── full_table.tsv
│   │   │   ├── hmmer_output
│   │   │   │   ├── 108at1910999.out
│   │   │   │   ├── 11at1910999.out
│   │   │   │   ├── 13at1910999.out
│   │   │   │   ├── 14at1910999.out
│   │   │   │   ├── 17at1910999.out
│   │   │   │   ├── 19at1910999.out
│   │   │   │   ├── 1at1910999.out
│   │   │   │   ├── 24at1910999.out
│   │   │   │   ├── 30at1910999.out
│   │   │   │   ├── 36at1910999.out
│   │   │   │   ├── 37at1910999.out
│   │   │   │   ├── 42at1910999.out
│   │   │   │   ├── 43at1910999.out
│   │   │   │   ├── 47at1910999.out
│   │   │   │   ├── 55at1910999.out
│   │   │   │   ├── 57at1910999.out
│   │   │   │   ├── 62at1910999.out
│   │   │   │   ├── 68at1910999.out
│   │   │   │   ├── 70at1910999.out
│   │   │   │   ├── 71at1910999.out
│   │   │   │   ├── 80at1910999.out
│   │   │   │   ├── 82at1910999.out
│   │   │   │   ├── 88at1910999.out
│   │   │   │   ├── 8at1910999.out
│   │   │   │   ├── 95at1910999.out
│   │   │   │   └── 9at1910999.out
│   │   │   ├── missing_busco_list.tsv
│   │   │   └── short_summary.txt
│   │   └── run_varicellovirus_odb10
│   │       ├── busco_sequences
│   │       │   ├── fragmented_busco_sequences
│   │       │   ├── multi_copy_busco_sequences
│   │       │   └── single_copy_busco_sequences
│   │       ├── full_table.tsv
│   │       ├── hmmer_output
│   │       │   ├── 0at10319.out
│   │       │   ├── 10at10319.out
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│   │       │   └── 9at10319.out
│   │       ├── missing_busco_list.tsv
│   │       └── short_summary.txt
│   ├── logs
│   │   ├── busco.log
│   │   ├── hmmsearch_err.log
│   │   ├── hmmsearch_out.log
│   │   ├── metaeuk_err.log
│   │   ├── metaeuk_out.log
│   │   ├── prodigal_err.log
│   │   ├── sepp_err.log
│   │   └── sepp_out.log
│   ├── prodigal_output
│   │   └── predicted_genes
│   │       ├── predicted.faa
│   │       ├── predicted.fna
│   │       └── tmp
│   │           ├── prodigal_mode_single_code_11_err.log
│   │           ├── prodigal_mode_single_code_11.faa
│   │           ├── prodigal_mode_single_code_11.fna
│   │           ├── prodigal_mode_single_code_11_out.log
│   │           ├── prodigal_mode_single_code_1_err.log
│   │           ├── prodigal_mode_single_code_1.faa
│   │           ├── prodigal_mode_single_code_1.fna
│   │           ├── prodigal_mode_single_code_1_out.log
│   │           ├── prodigal_mode_single_code_4_err.log
│   │           ├── prodigal_mode_single_code_4.faa
│   │           ├── prodigal_mode_single_code_4.fna
│   │           └── prodigal_mode_single_code_4_out.log
│   ├── run_eukaryota_odb10 -> /scratch/b.jmd20jns/work/9b/f0dea172afeb1add4cb7db9df67648/BUSCO/auto_lineage/run_eukaryota_odb10
│   └── short_summary.specific.eukaryota_odb10.BUSCO.txt
├── MEGAHIT-MetaBAT2-group-1.93.fa -> /scratch/b.jmd20jns/work/2a/c31316157ba7cab6d499bd5e78c14b/MEGAHIT-MetaBAT2-group-1.93.fa
├── MEGAHIT-MetaBAT2-group-1.93.fa_busco.err
├── MEGAHIT-MetaBAT2-group-1.93.fa_busco.log
├── MEGAHIT-MetaBAT2-group-1.93.fa_buscos.eukaryota_odb10.faa.gz
├── MEGAHIT-MetaBAT2-group-1.93.fa_prodigal.gff
├── short_summary.domain.eukaryota_odb10.MEGAHIT-MetaBAT2-group-1.93.fa.txt
└── versions.yml

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