/scratch/b.jmd20jns/work/3b/81caa86a6da2a7a107a79cce4d236e ├── augustus_config │   ├── cgp │   │   ├── cgp_param_21features_accuracy_largerGrid.convDivCorrect.cfg │   │   ├── log_reg_parameters_arabidopsis.cfg │   │   ├── log_reg_parameters_default.cfg │   │   ├── log_reg_parameters_fly.cfg │   │   ├── log_reg_parameters_human.cfg │   │   ├── log_reg_parameters_primates.cfg │   │   └── log_reg_parameters_s_aureus.cfg │   ├── extrinsic │   │   ├── extrinsic.cfg │   │   ├── extrinsic-cgp.cfg │   │   ├── extrinsic.E.cfg │   │   ├── extrinsic.E.XNT.cfg │   │   ├── extrinsic.ME.cfg │   │   ├── extrinsic.MEMS.cfg │   │   ├── extrinsic.MP.cfg │   │   ├── extrinsic.MPE.cfg │   │   ├── extrinsic.M.RM.E.W.cfg │   │   ├── extrinsic.M.RM.E.W.P.cfg │   │   ├── extrinsic.M.RM.PB.cfg │   │   └── extrinsic.MT.cfg │   ├── model │   │   ├── constraints_shadow_partial.txt │   │   ├── constraints_shadow_partial_utr.txt │   │   ├── ovlp_len_archaea.pbl │   │   ├── ovlp_len.pbl │   │   ├── states_shadow_2igenic.cfg │   │   ├── states_shadow_bacterium.cfg │   │   ├── states_shadow.cfg │   │   ├── states_shadow_intronless.cfg │   │   ├── states_shadow_utr.cfg │   │   ├── states_shadow_utr_nc.cfg │   │   ├── states_singlestrand_2igenic.cfg │   │   ├── states_singlestrand.cfg │   │   ├── trans_shadow_atleastone.pbl │   │   ├── trans_shadow_bacterium.pbl │   │   ├── trans_shadow_complete.pbl │   │   ├── trans_shadow_complete_utr.pbl │   │   ├── trans_shadow_exactlyone.pbl │   │   ├── trans_shadow_intronless.pbl │   │   ├── trans_shadow_partial.pbl │   │   ├── trans_shadow_partial_utr_nc.pbl │   │   ├── trans_shadow_partial_utr.pbl │   │   ├── trans_singlestrand_atleastone.pbl │   │   ├── trans_singlestrand_complete.pbl │   │   ├── trans_singlestrand_exactlyone.pbl │   │   └── trans_singlestrand_partial.pbl │   ├── profile │   │   ├── blosum55.qij │   │   ├── blosum62.qij │   │   └── default.qij -> blosum62.qij │   └── species │   ├── adorsata │   │   ├── adorsata_parameters.cfg │   │   ├── adorsata_weightmatrix.txt │   │   ├── generic_exon_probs.pbl │   │   ├── generic_igenic_probs.pbl │   │   ├── generic_intron_probs.pbl │   │   └── generic_weightmatrix.txt │   ├── aedes │   │   ├── aedes_exon_probs.pbl │   │   ├── aedes_igenic_probs.pbl │   │   ├── aedes_intron_probs.pbl │   │   ├── aedes_parameters.cfg │   │   └── aedes_weightmatrix.txt │   ├── amphimedon │   │   ├── amphimedon_exon_probs.pbl │   │   ├── amphimedon_igenic_probs.pbl │   │   ├── amphimedon_intron_probs.pbl │   │   ├── amphimedon_metapars.cfg │   │   ├── amphimedon_parameters.cfg │   │   ├── amphimedon_utr_probs.pbl │   │   └── amphimedon_weightmatrix.txt │   ├── ancylostoma_ceylanicum │   │   ├── ancylostoma_ceylanicum_exon_probs.pbl │   │   ├── ancylostoma_ceylanicum_igenic_probs.pbl │   │   ├── ancylostoma_ceylanicum_intron_probs.pbl │   │   ├── ancylostoma_ceylanicum_metapars.cfg │   │   ├── ancylostoma_ceylanicum_metapars.utr.cfg │   │   ├── ancylostoma_ceylanicum_parameters.cfg │   │   ├── ancylostoma_ceylanicum_weightmatrix.txt │   │   └── README.TXT │   ├── anidulans │   │   ├── anidulans_exon_probs.pbl │   │   ├── anidulans_igenic_probs.pbl │   │   ├── anidulans_intron_probs.pbl │   │   ├── anidulans_parameters.cfg │   │   └── anidulans_weightmatrix.txt │   ├── arabidopsis │   │   ├── arabidopsis_exon_probs.pbl │   │   ├── arabidopsis_igenic_probs.pbl │   │   ├── arabidopsis_intron_probs.pbl │   │   ├── arabidopsis_parameters.cfg │   │   ├── arabidopsis_utr_probs.pbl │   │   └── arabidopsis_weightmatrix.txt │   ├── Argopecten_irradians │   │   ├── Argopecten_irradians_exon_probs.pbl │   │   ├── Argopecten_irradians_igenic_probs.pbl │   │   ├── Argopecten_irradians_intron_probs.pbl │   │   ├── Argopecten_irradians_metapars.cfg │   │   ├── Argopecten_irradians_metapars.cgp.cfg │   │   ├── Argopecten_irradians_metapars.utr.cfg │   │   ├── Argopecten_irradians_parameters.cfg │   │   ├── Argopecten_irradians_weightmatrix.txt │   │   └── README.txt │   ├── aspergillus_fumigatus │   │   ├── aspergillus_fumigatus_exon_probs.pbl │   │   ├── aspergillus_fumigatus_igenic_probs.pbl │   │   ├── aspergillus_fumigatus_intron_probs.pbl │   │   ├── aspergillus_fumigatus_metapars.cfg │   │   ├── aspergillus_fumigatus_parameters.cfg │   │   └── aspergillus_fumigatus_weightmatrix.txt │   ├── aspergillus_nidulans │   │   ├── aspergillus_nidulans_exon_probs.pbl │   │   ├── aspergillus_nidulans_igenic_probs.pbl │   │   ├── aspergillus_nidulans_intron_probs.pbl │   │   ├── aspergillus_nidulans_metapars.cfg │   │   ├── aspergillus_nidulans_parameters.cfg │   │   └── aspergillus_nidulans_weightmatrix.txt │   ├── aspergillus_oryzae │   │   ├── aspergillus_oryzae_exon_probs.pbl │   │   ├── aspergillus_oryzae_igenic_probs.pbl │   │   ├── aspergillus_oryzae_intron_probs.pbl │   │   ├── aspergillus_oryzae_metapars.cfg │   │   ├── aspergillus_oryzae_parameters.cfg │   │   └── aspergillus_oryzae_weightmatrix.txt │   ├── aspergillus_terreus │   │   ├── aspergillus_terreus_exon_probs.pbl │   │   ├── aspergillus_terreus_igenic_probs.pbl │   │   ├── aspergillus_terreus_intron_probs.pbl │   │   ├── aspergillus_terreus_metapars.cfg │   │   ├── aspergillus_terreus_parameters.cfg │   │   └── aspergillus_terreus_weightmatrix.txt │   ├── Aurelia_aurita │   │   ├── Aurelia_aurita_exon_probs.pbl │   │   ├── Aurelia_aurita_igenic_probs.pbl │   │   ├── Aurelia_aurita_intron_probs.pbl │   │   ├── Aurelia_aurita_metapars.cfg │   │   ├── Aurelia_aurita_metapars.cgp.cfg │   │   ├── Aurelia_aurita_metapars.utr.cfg │   │   ├── Aurelia_aurita_parameters.cfg │   │   ├── Aurelia_aurita_weightmatrix.txt │   │   └── README.txt │   ├── Bathycoccus_prasinos │   │   ├── Bathycoccus_prasinos_exon_probs.pbl │   │   ├── Bathycoccus_prasinos_igenic_probs.pbl │   │   ├── Bathycoccus_prasinos_intron_probs.pbl │   │   ├── Bathycoccus_prasinos_metapars.cfg │   │   ├── Bathycoccus_prasinos_metapars.cgp.cfg │   │   ├── Bathycoccus_prasinos_metapars.utr.cfg │   │   ├── Bathycoccus_prasinos_parameters.cfg │   │   ├── Bathycoccus_prasinos_weightmatrix.txt │   │   └── README.txt │   ├── bombus_impatiens1 │   │   ├── bombus_impatiens1_exon_probs.pbl │   │   ├── bombus_impatiens1_exon_probs.pbl.withoutCRF │   │   ├── bombus_impatiens1_igenic_probs.pbl │   │   ├── bombus_impatiens1_igenic_probs.pbl.withoutCRF │   │   ├── bombus_impatiens1_intron_probs.pbl │   │   ├── bombus_impatiens1_intron_probs.pbl.withoutCRF │   │   ├── bombus_impatiens1_metapars.cfg │   │   ├── bombus_impatiens1_metapars.utr.cfg │   │   ├── bombus_impatiens1_parameters.cfg │   │   ├── bombus_impatiens1_parameters.cfg.orig1 │   │   ├── bombus_impatiens1_parameters.cfg.orig2 │   │   ├── bombus_impatiens1_parameters.cfg.orig3 │   │   ├── bombus_impatiens1_parameters.cfg.orig4 │   │   ├── bombus_impatiens1_parameters.cfg.orig5 │   │   └── bombus_impatiens1_weightmatrix.txt │   ├── bombus_terrestris2 │   │   ├── bombus_terrestris2_exon_probs.pbl │   │   ├── bombus_terrestris2_exon_probs.pbl.withoutCRF │   │   ├── bombus_terrestris2_igenic_probs.pbl │   │   ├── bombus_terrestris2_igenic_probs.pbl.withoutCRF │   │   ├── bombus_terrestris2_intron_probs.pbl │   │   ├── bombus_terrestris2_intron_probs.pbl.withoutCRF │   │   ├── bombus_terrestris2_metapars.cfg │   │   ├── bombus_terrestris2_metapars.utr.cfg │   │   ├── bombus_terrestris2_parameters.cfg │   │   ├── bombus_terrestris2_parameters.cfg.orig1 │   │   ├── bombus_terrestris2_parameters.cfg.orig2 │   │   ├── bombus_terrestris2_parameters.cfg.orig3 │   │   ├── bombus_terrestris2_parameters.cfg.orig4 │   │   ├── bombus_terrestris2_utr_probs.pbl │   │   └── bombus_terrestris2_weightmatrix.txt │   ├── botrytis_cinerea │   │   ├── botrytis_cinerea_exon_probs.pbl │   │   ├── botrytis_cinerea_igenic_probs.pbl │   │   ├── botrytis_cinerea_intron_probs.pbl │   │   ├── botrytis_cinerea_metapars.cfg │   │   ├── botrytis_cinerea_parameters.cfg │   │   └── botrytis_cinerea_weightmatrix.txt │   ├── b_pseudomallei │   │   ├── b_pseudomallei_exon_probs.pbl │   │   ├── b_pseudomallei_igenic_probs.pbl │   │   ├── b_pseudomallei_metapars.cfg │   │   ├── b_pseudomallei_metapars.utr.cfg │   │   ├── b_pseudomallei_ovlp_len.pbl │   │   ├── b_pseudomallei_parameters.cfg │   │   ├── b_pseudomallei_parameters.cfg.orig1 │   │   ├── b_pseudomallei_parameters.cfg.orig2 │   │   ├── b_pseudomallei_trans_shadow_bacterium.pbl │   │   └── b_pseudomallei_weightmatrix.txt │   ├── brugia │   │   ├── brugia_exon_probs.pbl │   │   ├── brugia_igenic_probs.pbl │   │   ├── brugia_intron_probs.pbl │   │   ├── brugia_parameters.cfg │   │   ├── brugia_splicefile │   │   └── brugia_weightmatrix.txt │   ├── cacao │   │   ├── cacao_exon_probs.pbl │   │   ├── cacao_igenic_probs.pbl │   │   ├── cacao_intron_probs.pbl │   │   ├── cacao_metapars.cfg │   │   ├── cacao_metapars.utr.cfg │   │   ├── cacao_parameters.cfg │   │   ├── cacao_utr_probs.pbl │   │   └── cacao_weightmatrix.txt │   ├── caenorhabditis │   │   ├── caenorhabditis_exon_probs.pbl │   │   ├── caenorhabditis_igenic_probs.pbl │   │   ├── caenorhabditis_intron_probs.pbl │   │   ├── caenorhabditis_metapars.cfg │   │   ├── caenorhabditis_parameters.cfg │   │   ├── caenorhabditis_trans_shadow_partial_utr.pbl │   │   ├── caenorhabditis_utr_probs.pbl │   │   └── caenorhabditis_weightmatrix.txt │   ├── camponotus_floridanus │   │   ├── camponotus_floridanus_exon_probs.pbl │   │   ├── camponotus_floridanus_igenic_probs.pbl │   │   ├── camponotus_floridanus_intron_probs.pbl │   │   ├── camponotus_floridanus_metapars.cfg │   │   ├── camponotus_floridanus_metapars.utr.cfg │   │   ├── camponotus_floridanus_parameters.cfg │   │   ├── camponotus_floridanus_weightmatrix.txt │   │   └── README.TXT │   ├── candida_albicans │   │   ├── candida_albicans_exon_probs.pbl │   │   ├── candida_albicans_igenic_probs.pbl │   │   ├── candida_albicans_intron_probs.pbl │   │   ├── candida_albicans_metapars.cfg │   │   ├── candida_albicans_parameters.cfg │   │   └── candida_albicans_weightmatrix.txt │   ├── candida_guilliermondii │   │   ├── candida_guilliermondii_exon_probs.pbl │   │   ├── candida_guilliermondii_igenic_probs.pbl │   │   ├── candida_guilliermondii_intron_probs.pbl │   │   ├── candida_guilliermondii_metapars.cfg │   │   ├── candida_guilliermondii_parameters.cfg │   │   └── candida_guilliermondii_weightmatrix.txt │   ├── candida_tropicalis │   │   ├── candida_tropicalis_exon_probs.pbl │   │   ├── candida_tropicalis_igenic_probs.pbl │   │   ├── candida_tropicalis_intron_probs.pbl │   │   ├── candida_tropicalis_metapars.cfg │   │   ├── candida_tropicalis_parameters.cfg │   │   └── candida_tropicalis_weightmatrix.txt │   ├── Cassiopea_xamachana │   │   ├── Cassiopea_xamachana_exon_probs.pbl │   │   ├── Cassiopea_xamachana_igenic_probs.pbl │   │   ├── Cassiopea_xamachana_intron_probs.pbl │   │   ├── Cassiopea_xamachana_metapars.cfg │   │   ├── Cassiopea_xamachana_metapars.cgp.cfg │   │   ├── Cassiopea_xamachana_metapars.utr.cfg │   │   ├── Cassiopea_xamachana_parameters.cfg │   │   └── Cassiopea_xamachana_weightmatrix.txt │   ├── c_elegans_trsk │   │   ├── c_elegans_trsk_exon_probs.pbl │   │   ├── c_elegans_trsk_exon_probs.pbl.withoutCRF │   │   ├── c_elegans_trsk_igenic_probs.pbl │   │   ├── c_elegans_trsk_igenic_probs.pbl.withoutCRF │   │   ├── c_elegans_trsk_intron_probs.pbl │   │   ├── c_elegans_trsk_intron_probs.pbl.withoutCRF │   │   ├── c_elegans_trsk_metapars.cfg │   │   ├── c_elegans_trsk_metapars.utr.cfg │   │   ├── c_elegans_trsk_parameters.cfg │   │   ├── c_elegans_trsk_utr_probs.pbl │   │   └── c_elegans_trsk_weightmatrix.txt │   ├── chaetomium_globosum │   │   ├── chaetomium_globosum_exon_probs.pbl │   │   ├── chaetomium_globosum_igenic_probs.pbl │   │   ├── chaetomium_globosum_intron_probs.pbl │   │   ├── chaetomium_globosum_metapars.cfg │   │   ├── chaetomium_globosum_parameters.cfg │   │   └── chaetomium_globosum_weightmatrix.txt │   ├── chicken │   │   ├── chicken_exon_probs.pbl │   │   ├── chicken_igenic_probs.pbl │   │   ├── chicken_intron_probs.pbl │   │   ├── chicken_metapars.cfg │   │   ├── chicken_metapars.utr.cfg │   │   ├── chicken_parameters.cfg │   │   ├── chicken_weightmatrix.txt │   │   └── README.TXT │   ├── chiloscyllium │   │   ├── chiloscyllium_exon_probs.pbl │   │   ├── chiloscyllium_igenic_probs.pbl │   │   ├── chiloscyllium_intron_probs.pbl │   │   ├── chiloscyllium_metapars.cfg │   │   ├── chiloscyllium_metapars.cgp.cfg │   │   ├── chiloscyllium_metapars.utr.cfg │   │   ├── chiloscyllium_parameters.cfg │   │   ├── chiloscyllium_parameters.cfg.orig1 │   │   └── chiloscyllium_weightmatrix.txt │   ├── chlamy2011 │   │   ├── chlamy2011_exon_probs.pbl │   │   ├── chlamy2011_igenic_probs.pbl │   │   ├── chlamy2011_intron_probs.pbl │   │   ├── chlamy2011_metapars.cfg │   │   ├── chlamy2011_metapars.utr.cfg │   │   ├── chlamy2011_parameters.cfg │   │   ├── chlamy2011_trans_shadow_partial.pbl │   │   ├── chlamy2011_trans_shadow_partial_utr.pbl │   │   ├── chlamy2011_utr_probs.pbl │   │   └── chlamy2011_weightmatrix.txt │   ├── chlamydomonas │   │   ├── chlamydomonas_exon_probs.pbl │   │   ├── chlamydomonas_igenic_probs.pbl │   │   ├── chlamydomonas_intron_probs.pbl │   │   ├── chlamydomonas_metapars.cfg │   │   ├── chlamydomonas_parameters.cfg │   │   ├── chlamydomonas_trans_shadow_partial.pbl │   │   ├── chlamydomonas_trans_shadow_partial_utr.pbl │   │   ├── chlamydomonas_utr_probs.pbl │   │   └── chlamydomonas_weightmatrix.txt │   ├── Chlamydomonas_eustigma │   │   ├── Chlamydomonas_eustigma_exon_probs.pbl │   │   ├── Chlamydomonas_eustigma_igenic_probs.pbl │   │   ├── Chlamydomonas_eustigma_intron_probs.pbl │   │   ├── Chlamydomonas_eustigma_metapars.cfg │   │   ├── Chlamydomonas_eustigma_metapars.cgp.cfg │   │   ├── Chlamydomonas_eustigma_metapars.utr.cfg │   │   ├── Chlamydomonas_eustigma_parameters.cfg │   │   ├── Chlamydomonas_eustigma_weightmatrix.txt │   │   └── README.txt │   ├── chlorella │   │   ├── chlorella_exon_probs.pbl │   │   ├── chlorella_igenic_probs.pbl │   │   ├── chlorella_intron_probs.pbl │   │   ├── chlorella_metapars.cfg │   │   ├── chlorella_metapars.utr.cfg │   │   ├── chlorella_parameters.cfg │   │   ├── chlorella_utr_probs.pbl │   │   └── chlorella_weightmatrix.txt │   ├── Chloropicon_primus │   │   ├── Chloropicon_primus_exon_probs.pbl │   │   ├── Chloropicon_primus_igenic_probs.pbl │   │   ├── Chloropicon_primus_intron_probs.pbl │   │   ├── Chloropicon_primus_metapars.cfg │   │   ├── Chloropicon_primus_metapars.cgp.cfg │   │   ├── Chloropicon_primus_metapars.utr.cfg │   │   ├── Chloropicon_primus_parameters.cfg │   │   ├── Chloropicon_primus_weightmatrix.txt │   │   └── README.txt │   ├── Chrysaora_chesapeakeij │   │   ├── Chrysaora_chesapeakei_exon_probs.pbl │   │   ├── Chrysaora_chesapeakei_igenic_probs.pbl │   │   ├── Chrysaora_chesapeakei_intron_probs.pbl │   │   ├── Chrysaora_chesapeakei_metapars.cfg │   │   ├── Chrysaora_chesapeakei_metapars.cgp.cfg │   │   ├── Chrysaora_chesapeakei_metapars.utr.cfg │   │   ├── Chrysaora_chesapeakei_parameters.cfg │   │   ├── Chrysaora_chesapeakei_weightmatrix.txt │   │   └── README.txt │   ├── ciona │   │   ├── ciona_exon_probs.pbl │   │   ├── ciona_igenic_probs.pbl │   │   ├── ciona_intron_probs.pbl │   │   ├── ciona_metapars.cfg │   │   ├── ciona_metapars.cgp.cfg │   │   ├── ciona_metapars.utr.cfg │   │   ├── ciona_parameters.cfg │   │   ├── ciona_parameters.cfg.orig1 │   │   ├── ciona_weightmatrix.txt │   │   └── README.TXT │   ├── coccidioides_immitis │   │   ├── coccidioides_immitis_exon_probs.pbl │   │   ├── coccidioides_immitis_igenic_probs.pbl │   │   ├── coccidioides_immitis_intron_probs.pbl │   │   ├── coccidioides_immitis_metapars.cfg │   │   ├── coccidioides_immitis_parameters.cfg │   │   └── coccidioides_immitis_weightmatrix.txt │   ├── Conidiobolus_coronatus │   │   ├── Conidiobolus_coronatus_exon_probs.pbl │   │   ├── Conidiobolus_coronatus_igenic_probs.pbl │   │   ├── Conidiobolus_coronatus_intron_probs.pbl │   │   ├── Conidiobolus_coronatus_metapars.cfg │   │   ├── Conidiobolus_coronatus_metapars.utr.cfg │   │   ├── Conidiobolus_coronatus_parameters.cfg │   │   ├── Conidiobolus_coronatus_utr_probs.pbl │   │   └── Conidiobolus_coronatus_weightmatrix.txt │   ├── coprinus │   │   ├── coprinus_exon_probs.pbl │   │   ├── coprinus_igenic_probs.pbl │   │   ├── coprinus_intron_probs.pbl │   │   ├── coprinus_parameters.cfg │   │   └── coprinus_weightmatrix.txt │   ├── coprinus_cinereus │   │   ├── coprinus_cinereus_exon_probs.pbl │   │   ├── coprinus_cinereus_igenic_probs.pbl │   │   ├── coprinus_cinereus_intron_probs.pbl │   │   ├── coprinus_cinereus_metapars.cfg │   │   ├── coprinus_cinereus_parameters.cfg │   │   └── coprinus_cinereus_weightmatrix.txt │   ├── coyote_tobacco │   │   ├── coyote_tobacco_exon_probs.pbl │   │   ├── coyote_tobacco_igenic_probs.pbl │   │   ├── coyote_tobacco_intron_probs.pbl │   │   ├── coyote_tobacco_metapars.cfg │   │   ├── coyote_tobacco_metapars.utr.cfg │   │   ├── coyote_tobacco_parameters.cfg │   │   ├── coyote_tobacco_trans_shadow_partial_utr.pbl │   │   ├── coyote_tobacco_utr_probs.pbl │   │   └── coyote_tobacco_weightmatrix.txt │   ├── cryptococcus │   │   ├── cryptococcus_exon_probs.pbl │   │   ├── cryptococcus_igenic_probs.pbl │   │   ├── cryptococcus_intron_probs.pbl │   │   ├── cryptococcus_parameters.cfg │   │   └── cryptococcus_weightmatrix.txt │   ├── cryptococcus_neoformans_gattii │   │   ├── cryptococcus_neoformans_gattii_exon_probs.pbl │   │   ├── cryptococcus_neoformans_gattii_igenic_probs.pbl │   │   ├── cryptococcus_neoformans_gattii_intron_probs.pbl │   │   ├── cryptococcus_neoformans_gattii_metapars.cfg │   │   ├── cryptococcus_neoformans_gattii_parameters.cfg │   │   └── cryptococcus_neoformans_gattii_weightmatrix.txt │   ├── cryptococcus_neoformans_neoformans_B │   │   ├── cryptococcus_neoformans_neoformans_B_exon_probs.pbl │   │   ├── cryptococcus_neoformans_neoformans_B_igenic_probs.pbl │   │   ├── cryptococcus_neoformans_neoformans_B_intron_probs.pbl │   │   ├── cryptococcus_neoformans_neoformans_B_metapars.cfg │   │   ├── cryptococcus_neoformans_neoformans_B_parameters.cfg │   │   └── cryptococcus_neoformans_neoformans_B_weightmatrix.txt │   ├── cryptococcus_neoformans_neoformans_JEC21 │   │   ├── cryptococcus_neoformans_neoformans_JEC21_exon_probs.pbl │   │   ├── cryptococcus_neoformans_neoformans_JEC21_igenic_probs.pbl │   │   ├── cryptococcus_neoformans_neoformans_JEC21_intron_probs.pbl │   │   ├── cryptococcus_neoformans_neoformans_JEC21_metapars.cfg │   │   ├── cryptococcus_neoformans_neoformans_JEC21_parameters.cfg │   │   └── cryptococcus_neoformans_neoformans_JEC21_weightmatrix.txt │   ├── culex │   │   ├── culex_exon_probs.pbl │   │   ├── culex_exon_probs.pbl.wech │   │   ├── culex_igenic_probs.pbl │   │   ├── culex_igenic_probs.pbl.wech │   │   ├── culex_intron_probs.pbl │   │   ├── culex_intron_probs.pbl.wech │   │   ├── culex_metapars.cfg │   │   ├── culex_parameters.cfg │   │   ├── culex_parameters.old.cfg │   │   ├── culex_trans_shadow_partial_utr.pbl │   │   ├── culex_utr_probs.pbl │   │   └── culex_weightmatrix.txt │   ├── debaryomyces_hansenii │   │   ├── debaryomyces_hansenii_exon_probs.pbl │   │   ├── debaryomyces_hansenii_igenic_probs.pbl │   │   ├── debaryomyces_hansenii_intron_probs.pbl │   │   ├── debaryomyces_hansenii_metapars.cfg │   │   ├── debaryomyces_hansenii_parameters.cfg │   │   └── debaryomyces_hansenii_weightmatrix.txt │   ├── Dunaliella_salina │   │   ├── Dunaliella_salina_exon_probs.pbl │   │   ├── Dunaliella_salina_igenic_probs.pbl │   │   ├── Dunaliella_salina_intron_probs.pbl │   │   ├── Dunaliella_salina_metapars.cfg │   │   ├── Dunaliella_salina_metapars.cgp.cfg │   │   ├── Dunaliella_salina_metapars.utr.cfg │   │   ├── Dunaliella_salina_parameters.cfg │   │   ├── Dunaliella_salina_weightmatrix.txt │   │   └── README.txt │   ├── E_coli_K12 │   │   ├── E_coli_K12_exon_probs.pbl │   │   ├── E_coli_K12_igenic_probs.pbl │   │   ├── E_coli_K12_metapars.cfg │   │   ├── E_coli_K12_metapars.utr.cfg │   │   ├── E_coli_K12_ovlp_len.pbl │   │   ├── E_coli_K12_parameters.cfg │   │   ├── E_coli_K12_trans_shadow_bacterium.pbl │   │   └── E_coli_K12_weightmatrix.txt │   ├── Ectocarpus_siliculosus │   │   ├── Ectocarpus_siliculosus_exon_probs.pbl │   │   ├── Ectocarpus_siliculosus_igenic_probs.pbl │   │   ├── Ectocarpus_siliculosus_intron_probs.pbl │   │   ├── Ectocarpus_siliculosus_metapars.cfg │   │   ├── Ectocarpus_siliculosus_metapars.cgp.cfg │   │   ├── Ectocarpus_siliculosus_metapars.utr.cfg │   │   ├── Ectocarpus_siliculosus_parameters.cfg │   │   ├── Ectocarpus_siliculosus_weightmatrix.txt │   │   └── README.txt │   ├── elephant_shark │   │   ├── elephant_shark_exon_probs.pbl │   │   ├── elephant_shark_igenic_probs.pbl │   │   ├── elephant_shark_intron_probs.pbl │   │   ├── elephant_shark_metapars.cfg │   │   ├── elephant_shark_metapars.utr.cfg │   │   ├── elephant_shark_parameters.cfg │   │   └── elephant_shark_weightmatrix.txt │   ├── Encephalitozoon_cuniculi │   │   ├── Encephalitozoon_cuniculi_exon_probs.pbl │   │   ├── Encephalitozoon_cuniculi_igenic_probs.pbl │   │   ├── Encephalitozoon_cuniculi_intron_probs.pbl │   │   ├── Encephalitozoon_cuniculi_metapars.cfg │   │   ├── Encephalitozoon_cuniculi_metapars.cgp.cfg │   │   ├── Encephalitozoon_cuniculi_metapars.utr.cfg │   │   ├── Encephalitozoon_cuniculi_parameters.cfg │   │   ├── Encephalitozoon_cuniculi_weightmatrix.txt │   │   └── README.txt │   ├── encephalitozoon_cuniculi_GB │   │   ├── encephalitozoon_cuniculi_GB_exon_probs.pbl │   │   ├── encephalitozoon_cuniculi_GB_igenic_probs.pbl │   │   ├── encephalitozoon_cuniculi_GB_intron_probs.pbl │   │   ├── encephalitozoon_cuniculi_GB_metapars.cfg │   │   ├── encephalitozoon_cuniculi_GB_parameters.cfg │   │   └── encephalitozoon_cuniculi_GB_weightmatrix.txt │   ├── eremothecium_gossypii │   │   ├── eremothecium_gossypii_exon_probs.pbl │   │   ├── eremothecium_gossypii_igenic_probs.pbl │   │   ├── eremothecium_gossypii_intron_probs.pbl │   │   ├── eremothecium_gossypii_metapars.cfg │   │   ├── eremothecium_gossypii_parameters.cfg │   │   └── eremothecium_gossypii_weightmatrix.txt │   ├── Fistulifera_solaris │   │   ├── Fistulifera_solaris_exon_probs.pbl │   │   ├── Fistulifera_solaris_igenic_probs.pbl │   │   ├── Fistulifera_solaris_intron_probs.pbl │   │   ├── Fistulifera_solaris_metapars.cfg │   │   ├── Fistulifera_solaris_metapars.cgp.cfg │   │   ├── Fistulifera_solaris_metapars.utr.cfg │   │   ├── Fistulifera_solaris_parameters.cfg │   │   ├── Fistulifera_solaris_weightmatrix.txt │   │   └── README.txt │   ├── fly │   │   ├── fly_exon_probs.pbl │   │   ├── fly_igenic_probs.pbl │   │   ├── fly_intron_probs.pbl │   │   ├── fly_metapars.cfg │   │   ├── fly_metapars.utr.cfg │   │   ├── fly_parameters.cfg │   │   ├── fly_utr_probs.pbl │   │   └── fly_weightmatrix.txt │   ├── fly_exp │   │   ├── fly_exp_exon_probs.pbl │   │   ├── fly_exp_igenic_probs.pbl │   │   ├── fly_exp_intron_probs.pbl │   │   ├── fly_exp_metapars.cfg │   │   ├── fly_exp_metapars.utr.cfg │   │   ├── fly_exp_parameters.cfg │   │   ├── fly_exp_utr_probs.pbl │   │   └── fly_exp_weightmatrix.txt │   ├── Fragilariopsis_cylindrus_CCMP1102 │   │   ├── Fragilariopsis_cylindrus_CCMP1102_exon_probs.pbl │   │   ├── Fragilariopsis_cylindrus_CCMP1102_igenic_probs.pbl │   │   ├── Fragilariopsis_cylindrus_CCMP1102_intron_probs.pbl │   │   ├── Fragilariopsis_cylindrus_CCMP1102_metapars.cfg │   │   ├── Fragilariopsis_cylindrus_CCMP1102_metapars.cgp.cfg │   │   ├── Fragilariopsis_cylindrus_CCMP1102_metapars.utr.cfg │   │   ├── Fragilariopsis_cylindrus_CCMP1102_parameters.cfg │   │   ├── Fragilariopsis_cylindrus_CCMP1102_weightmatrix.txt │   │   └── README.txt │   ├── fusarium │   │   ├── fusarium_exon_probs.pbl │   │   ├── fusarium_igenic_probs.pbl │   │   ├── fusarium_intron_probs.pbl │   │   ├── fusarium_parameters.cfg │   │   └── fusarium_weightmatrix.txt │   ├── fusarium_graminearum │   │   ├── fusarium_graminearum_exon_probs.pbl │   │   ├── fusarium_graminearum_igenic_probs.pbl │   │   ├── fusarium_graminearum_intron_probs.pbl │   │   ├── fusarium_graminearum_metapars.cfg │   │   ├── fusarium_graminearum_parameters.cfg │   │   └── fusarium_graminearum_weightmatrix.txt │   ├── galdieria │   │   ├── extrinsic.PE.cfg │   │   ├── galdieria_exon_probs.pbl │   │   ├── galdieria_igenic_probs.pbl │   │   ├── galdieria_intron_probs.pbl │   │   ├── galdieria_metapars.cfg │   │   ├── galdieria_parameters.cfg │   │   ├── galdieria_splicefile │   │   ├── galdieria_trans_shadow_partial_utr.pbl │   │   ├── galdieria_utr_probs.pbl │   │   └── galdieria_weightmatrix.txt │   ├── generic │   │   ├── generic_metapars.cfg │   │   ├── generic_metapars.cgp.cfg │   │   ├── generic_metapars.utr.cfg │   │   ├── generic_parameters.cfg │   │   └── generic_weightmatrix.txt │   ├── gigaspora_margarita │   │   ├── gigaspora_margarita_exon_probs.pbl │   │   ├── gigaspora_margarita_igenic_probs.pbl │   │   ├── gigaspora_margarita_intron_probs.pbl │   │   ├── gigaspora_margarita_metapars.cfg │   │   ├── gigaspora_margarita_metapars.cgp.cfg │   │   ├── gigaspora_margarita_metapars.utr.cfg │   │   ├── gigaspora_margarita_parameters.cfg │   │   ├── gigaspora_margarita_parameters.cfg~ │   │   ├── gigaspora_margarita_weightmatrix.txt │   │   ├── gth.cfg │   │   └── README.TXT │   ├── Gonapodya_prolifera │   │   ├── Gonapodya_prolifera_exon_probs.pbl │   │   ├── Gonapodya_prolifera_igenic_probs.pbl │   │   ├── Gonapodya_prolifera_intron_probs.pbl │   │   ├── Gonapodya_prolifera_metapars.cfg │   │   ├── Gonapodya_prolifera_metapars.cgp.cfg │   │   ├── Gonapodya_prolifera_metapars.utr.cfg │   │   ├── Gonapodya_prolifera_parameters.cfg │   │   ├── Gonapodya_prolifera_weightmatrix.txt │   │   └── README.txt │   ├── heliconius_melpomene1 │   │   ├── heliconius_melpomene1_exon_probs.pbl │   │   ├── heliconius_melpomene1_igenic_probs.pbl │   │   ├── heliconius_melpomene1_intron_probs.pbl │   │   ├── heliconius_melpomene1_metapars.cfg │   │   ├── heliconius_melpomene1_metapars.utr.cfg │   │   ├── heliconius_melpomene1_parameters.cfg │   │   └── heliconius_melpomene1_weightmatrix.txt │   ├── histoplasma │   │   ├── histoplasma_exon_probs.pbl │   │   ├── histoplasma_igenic_probs.pbl │   │   ├── histoplasma_intron_probs.pbl │   │   ├── histoplasma_parameters.cfg │   │   └── histoplasma_weightmatrix.txt │   ├── histoplasma_capsulatum │   │   ├── histoplasma_capsulatum_exon_probs.pbl │   │   ├── histoplasma_capsulatum_igenic_probs.pbl │   │   ├── histoplasma_capsulatum_intron_probs.pbl │   │   ├── histoplasma_capsulatum_metapars.cfg │   │   ├── histoplasma_capsulatum_parameters.cfg │   │   └── histoplasma_capsulatum_weightmatrix.txt │   ├── honeybee1 │   │   ├── honeybee1_exon_probs.pbl │   │   ├── honeybee1_exon_probs.pbl.withoutCRF │   │   ├── honeybee1_igenic_probs.pbl │   │   ├── honeybee1_igenic_probs.pbl.withoutCRF │   │   ├── honeybee1_intron_probs.pbl │   │   ├── honeybee1_intron_probs.pbl.withoutCRF │   │   ├── honeybee1_metapars.cfg │   │   ├── honeybee1_metapars.utr.cfg │   │   ├── honeybee1_parameters.cfg │   │   ├── honeybee1_parameters.cfg.orig1 │   │   ├── honeybee1_utr_probs.pbl │   │   └── honeybee1_weightmatrix.txt │   ├── human │   │   ├── human_exon_probs.pbl │   │   ├── human_igenic_probs.pbl │   │   ├── human_intron_probs.pbl │   │   ├── human_parameters.cfg │   │   ├── human_trans_shadow_partial_utr.pbl │   │   ├── human_utr_probs.pbl │   │   ├── human_weightmatrix.txt │   │   └── README.TXT │   ├── hymenolepis_microstoma │   │   ├── hymenolepis_microstoma_exon_probs.pbl │   │   ├── hymenolepis_microstoma_igenic_probs.pbl │   │   ├── hymenolepis_microstoma_intron_probs.pbl │   │   ├── hymenolepis_microstoma_metapars.cfg │   │   ├── hymenolepis_microstoma_metapars.cgp.cfg │   │   ├── hymenolepis_microstoma_metapars.utr.cfg │   │   ├── hymenolepis_microstoma_parameters.cfg │   │   ├── hymenolepis_microstoma_weightmatrix.txt │   │   └── make.doc │   ├── japaneselamprey │   │   ├── japaneselamprey_exon_probs.pbl │   │   ├── japaneselamprey_igenic_probs.pbl │   │   ├── japaneselamprey_intron_probs.pbl │   │   ├── japaneselamprey_metapars.cfg │   │   ├── japaneselamprey_metapars.utr.cfg │   │   ├── japaneselamprey_parameters.cfg │   │   └── japaneselamprey_weightmatrix.txt │   ├── kluyveromyces_lactis │   │   ├── kluyveromyces_lactis_exon_probs.pbl │   │   ├── kluyveromyces_lactis_igenic_probs.pbl │   │   ├── kluyveromyces_lactis_intron_probs.pbl │   │   ├── kluyveromyces_lactis_metapars.cfg │   │   ├── kluyveromyces_lactis_parameters.cfg │   │   └── kluyveromyces_lactis_weightmatrix.txt │   ├── laccaria_bicolor │   │   ├── laccaria_bicolor_exon_probs.pbl │   │   ├── laccaria_bicolor_igenic_probs.pbl │   │   ├── laccaria_bicolor_intron_probs.pbl │   │   ├── laccaria_bicolor_metapars.cfg │   │   ├── laccaria_bicolor_parameters.cfg │   │   └── laccaria_bicolor_weightmatrix.txt │   ├── leishmania_tarentolae │   │   ├── leishmania_tarentolae_exon_probs.pbl │   │   ├── leishmania_tarentolae_igenic_probs.pbl │   │   ├── leishmania_tarentolae_metapars.cfg │   │   ├── leishmania_tarentolae_metapars.utr.cfg │   │   ├── leishmania_tarentolae_parameters.cfg │   │   └── leishmania_tarentolae_weightmatrix.txt │   ├── lodderomyces_elongisporus │   │   ├── lodderomyces_elongisporus_exon_probs.pbl │   │   ├── lodderomyces_elongisporus_igenic_probs.pbl │   │   ├── lodderomyces_elongisporus_intron_probs.pbl │   │   ├── lodderomyces_elongisporus_metapars.cfg │   │   ├── lodderomyces_elongisporus_parameters.cfg │   │   └── lodderomyces_elongisporus_weightmatrix.txt │   ├── magnaporthe_grisea │   │   ├── magnaporthe_grisea_exon_probs.pbl │   │   ├── magnaporthe_grisea_igenic_probs.pbl │   │   ├── magnaporthe_grisea_intron_probs.pbl │   │   ├── magnaporthe_grisea_metapars.cfg │   │   ├── magnaporthe_grisea_parameters.cfg │   │   └── magnaporthe_grisea_weightmatrix.txt │   ├── maize │   │   ├── maize_exon_probs.pbl │   │   ├── maize_igenic_probs.pbl │   │   ├── maize_intron_probs.pbl │   │   ├── maize_metapars.cfg │   │   ├── maize_parameters.cfg │   │   ├── maize_splicefile.txt.gz │   │   └── maize_weightmatrix.txt │   ├── maize5 │   │   ├── maize5_exon_probs.pbl │   │   ├── maize5_igenic_probs.pbl │   │   ├── maize5_intron_probs.pbl │   │   ├── maize5_metapars.cfg │   │   ├── maize5_metapars.utr.cfg │   │   ├── maize5_parameters.cfg │   │   ├── maize5_utr_probs.pbl │   │   └── maize5_weightmatrix.txt │   ├── Micromonas_commoda │   │   ├── Micromonas_commoda_exon_probs.pbl │   │   ├── Micromonas_commoda_igenic_probs.pbl │   │   ├── Micromonas_commoda_intron_probs.pbl │   │   ├── Micromonas_commoda_metapars.cfg │   │   ├── Micromonas_commoda_metapars.cgp.cfg │   │   ├── Micromonas_commoda_metapars.utr.cfg │   │   ├── Micromonas_commoda_parameters.cfg │   │   ├── Micromonas_commoda_weightmatrix.txt │   │   └── README.txt │   ├── Micromonas_pusilla │   │   ├── Micromonas_pusilla_exon_probs.pbl │   │   ├── Micromonas_pusilla_igenic_probs.pbl │   │   ├── Micromonas_pusilla_intron_probs.pbl │   │   ├── Micromonas_pusilla_metapars.cfg │   │   ├── Micromonas_pusilla_metapars.cgp.cfg │   │   ├── Micromonas_pusilla_metapars.utr.cfg │   │   ├── Micromonas_pusilla_parameters.cfg │   │   ├── Micromonas_pusilla_weightmatrix.txt │   │   └── README.txt │   ├── mnemiopsis_leidyi │   │   ├── mnemiopsis_leidyi_exon_probs.pbl │   │   ├── mnemiopsis_leidyi_igenic_probs.pbl │   │   ├── mnemiopsis_leidyi_intron_probs.pbl │   │   ├── mnemiopsis_leidyi_metapars.cfg │   │   ├── mnemiopsis_leidyi_metapars.cgp.cfg │   │   ├── mnemiopsis_leidyi_metapars.utr.cfg │   │   ├── mnemiopsis_leidyi_parameters.cfg │   │   ├── mnemiopsis_leidyi_parameters.cgp.cfg │   │   ├── mnemiopsis_leidyi_utr_probs.pbl │   │   ├── mnemiopsis_leidyi_weightmatrix.txt │   │   └── README.TXT │   ├── Monoraphidium_neglectum │   │   ├── Monoraphidium_neglectum_exon_probs.pbl │   │   ├── Monoraphidium_neglectum_igenic_probs.pbl │   │   ├── Monoraphidium_neglectum_intron_probs.pbl │   │   ├── Monoraphidium_neglectum_metapars.cfg │   │   ├── Monoraphidium_neglectum_metapars.cgp.cfg │   │   ├── Monoraphidium_neglectum_metapars.utr.cfg │   │   ├── Monoraphidium_neglectum_parameters.cfg │   │   ├── Monoraphidium_neglectum_weightmatrix.txt │   │   └── README.txt │   ├── nasonia │   │   ├── nasonia_exon_probs.pbl │   │   ├── nasonia_igenic_probs.pbl │   │   ├── nasonia_intron_probs.pbl │   │   ├── nasonia_metapars.cfg │   │   ├── nasonia_parameters.cfg │   │   └── nasonia_weightmatrix.txt │   ├── nematostella_vectensis │   │   ├── nematostella_vectensis_exon_probs.pbl │   │   ├── nematostella_vectensis_igenic_probs.pbl │   │   ├── nematostella_vectensis_intron_probs.pbl │   │   ├── nematostella_vectensis_parameters.cfg │   │   ├── nematostella_vectensis_weightmatrix.txt │   │   └── README.TXT │   ├── Nemopilema_nomurai │   │   ├── Nemopilema_nomurai_exon_probs.pbl │   │   ├── Nemopilema_nomurai_igenic_probs.pbl │   │   ├── Nemopilema_nomurai_intron_probs.pbl │   │   ├── Nemopilema_nomurai_metapars.cfg │   │   ├── Nemopilema_nomurai_metapars.cgp.cfg │   │   ├── Nemopilema_nomurai_metapars.utr.cfg │   │   ├── Nemopilema_nomurai_parameters.cfg │   │   ├── Nemopilema_nomurai_weightmatrix.txt │   │   └── README.txt │   ├── neurospora │   │   ├── neurospora_exon_probs.pbl │   │   ├── neurospora_igenic_probs.pbl │   │   ├── neurospora_intron_probs.pbl │   │   ├── neurospora_parameters.cfg │   │   └── neurospora_weightmatrix.txt │   ├── neurospora_crassa │   │   ├── neurospora_crassa_exon_probs.pbl │   │   ├── neurospora_crassa_igenic_probs.pbl │   │   ├── neurospora_crassa_intron_probs.pbl │   │   ├── neurospora_crassa_metapars.cfg │   │   ├── neurospora_crassa_parameters.cfg │   │   └── neurospora_crassa_weightmatrix.txt │   ├── Notospermus_geniculatus │   │   ├── Notospermus_geniculatus_exon_probs.pbl │   │   ├── Notospermus_geniculatus_igenic_probs.pbl │   │   ├── Notospermus_geniculatus_intron_probs.pbl │   │   ├── Notospermus_geniculatus_metapars.cfg │   │   ├── Notospermus_geniculatus_metapars.cgp.cfg │   │   ├── Notospermus_geniculatus_metapars.utr.cfg │   │   ├── Notospermus_geniculatus_parameters.cfg │   │   ├── Notospermus_geniculatus_weightmatrix.txt │   │   └── README.txt │   ├── Ostreococcus_sp_lucimarinus │   │   ├── Ostreococcus_sp_lucimarinus_exon_probs.pbl │   │   ├── Ostreococcus_sp_lucimarinus_igenic_probs.pbl │   │   ├── Ostreococcus_sp_lucimarinus_intron_probs.pbl │   │   ├── Ostreococcus_sp_lucimarinus_metapars.cfg │   │   ├── Ostreococcus_sp_lucimarinus_metapars.cgp.cfg │   │   ├── Ostreococcus_sp_lucimarinus_metapars.utr.cfg │   │   ├── Ostreococcus_sp_lucimarinus_parameters.cfg │   │   ├── Ostreococcus_sp_lucimarinus_weightmatrix.txt │   │   └── README.txt │   ├── Ostreococcus_tauri │   │   ├── Ostreococcus_tauri_exon_probs.pbl │   │   ├── Ostreococcus_tauri_igenic_probs.pbl │   │   ├── Ostreococcus_tauri_intron_probs.pbl │   │   ├── Ostreococcus_tauri_metapars.cfg │   │   ├── Ostreococcus_tauri_metapars.cgp.cfg │   │   ├── Ostreococcus_tauri_metapars.utr.cfg │   │   ├── Ostreococcus_tauri_parameters.cfg │   │   ├── Ostreococcus_tauri_weightmatrix.txt │   │   └── README.txt │   ├── parasteatoda │   │   ├── parasteatoda_exon_probs.pbl │   │   ├── parasteatoda_igenic_probs.pbl │   │   ├── parasteatoda_intron_probs.pbl │   │   ├── parasteatoda_parameters.cfg │   │   ├── parasteatoda_utr_probs.pbl │   │   └── parasteatoda_weightmatrix.txt │   ├── pchrysosporium │   │   ├── pchrysosporium_exon_probs.pbl │   │   ├── pchrysosporium_igenic_probs.pbl │   │   ├── pchrysosporium_intron_probs.pbl │   │   ├── pchrysosporium_parameters.cfg │   │   └── pchrysosporium_weightmatrix.txt │   ├── pea_aphid │   │   ├── pea_aphid_exon_probs.pbl │   │   ├── pea_aphid_igenic_probs.pbl │   │   ├── pea_aphid_intron_probs.pbl │   │   ├── pea_aphid_metapars.cfg │   │   ├── pea_aphid_parameters.cfg │   │   ├── pea_aphid_trans_shadow_partial_utr.pbl │   │   ├── pea_aphid_utr_probs.pbl │   │   └── pea_aphid_weightmatrix.txt │   ├── pfalciparum │   │   ├── pfalciparum_exon_probs.pbl │   │   ├── pfalciparum_igenic_probs.pbl │   │   ├── pfalciparum_intron_probs.pbl │   │   ├── pfalciparum_metapars.cfg │   │   ├── pfalciparum_parameters.cfg │   │   ├── pfalciparum_trans_shadow_partial.pbl │   │   └── pfalciparum_weightmatrix.txt │   ├── Phaeodactylum_tricornutum │   │   ├── Phaeodactylum_tricornutum_exon_probs.pbl │   │   ├── Phaeodactylum_tricornutum_igenic_probs.pbl │   │   ├── Phaeodactylum_tricornutum_intron_probs.pbl │   │   ├── Phaeodactylum_tricornutum_metapars.cfg │   │   ├── Phaeodactylum_tricornutum_metapars.cgp.cfg │   │   ├── Phaeodactylum_tricornutum_metapars.utr.cfg │   │   ├── Phaeodactylum_tricornutum_parameters.cfg │   │   ├── Phaeodactylum_tricornutum_weightmatrix.txt │   │   └── README.txt │   ├── phanerochaete_chrysosporium │   │   ├── phanerochaete_chrysosporium_exon_probs.pbl │   │   ├── phanerochaete_chrysosporium_igenic_probs.pbl │   │   ├── phanerochaete_chrysosporium_intron_probs.pbl │   │   ├── phanerochaete_chrysosporium_metapars.cfg │   │   ├── phanerochaete_chrysosporium_parameters.cfg │   │   └── phanerochaete_chrysosporium_weightmatrix.txt │   ├── pichia_stipitis │   │   ├── pichia_stipitis_exon_probs.pbl │   │   ├── pichia_stipitis_igenic_probs.pbl │   │   ├── pichia_stipitis_intron_probs.pbl │   │   ├── pichia_stipitis_metapars.cfg │   │   ├── pichia_stipitis_parameters.cfg │   │   └── pichia_stipitis_weightmatrix.txt │   ├── pisaster │   │   ├── extrinsic.pisaster.cfg │   │   ├── pisaster_exon_probs.pbl │   │   ├── pisaster_igenic_probs.pbl │   │   ├── pisaster_intron_probs.pbl │   │   ├── pisaster_metapars.cfg │   │   ├── pisaster_metapars.cgp.cfg │   │   ├── pisaster_metapars.utr.cfg │   │   ├── pisaster_parameters.cfg │   │   └── pisaster_weightmatrix.txt │   ├── pneumocystis │   │   ├── pneumocystis_exon_probs.pbl │   │   ├── pneumocystis_igenic_probs.pbl │   │   ├── pneumocystis_intron_probs.pbl │   │   ├── pneumocystis_metaparsBAK.cfg │   │   ├── pneumocystis_metapars.cfg │   │   ├── pneumocystis_parameters.cfg │   │   ├── pneumocystis_weightmatrix.txt │   │   └── README.TXT │   ├── Pseudo-nitzschia_multistriata │   │   ├── Pseudo-nitzschia_multistriata_exon_probs.pbl │   │   ├── Pseudo-nitzschia_multistriata_igenic_probs.pbl │   │   ├── Pseudo-nitzschia_multistriata_intron_probs.pbl │   │   ├── Pseudo-nitzschia_multistriata_metapars.cfg │   │   ├── Pseudo-nitzschia_multistriata_metapars.cgp.cfg │   │   ├── Pseudo-nitzschia_multistriata_metapars.utr.cfg │   │   ├── Pseudo-nitzschia_multistriata_parameters.cfg │   │   ├── Pseudo-nitzschia_multistriata_weightmatrix.txt │   │   └── README.txt │   ├── Ptychodera_flava │   │   ├── Ptychodera_flava_exon_probs.pbl │   │   ├── Ptychodera_flava_igenic_probs.pbl │   │   ├── Ptychodera_flava_intron_probs.pbl │   │   ├── Ptychodera_flava_metapars.cfg │   │   ├── Ptychodera_flava_metapars.cgp.cfg │   │   ├── Ptychodera_flava_metapars.utr.cfg │   │   ├── Ptychodera_flava_parameters.cfg │   │   ├── Ptychodera_flava_weightmatrix.txt │   │   └── README.txt │   ├── Raphidocelis_subcapitata │   │   ├── Raphidocelis_subcapitata_exon_probs.pbl │   │   ├── Raphidocelis_subcapitata_igenic_probs.pbl │   │   ├── Raphidocelis_subcapitata_intron_probs.pbl │   │   ├── Raphidocelis_subcapitata_metapars.cfg │   │   ├── Raphidocelis_subcapitata_metapars.cgp.cfg │   │   ├── Raphidocelis_subcapitata_metapars.utr.cfg │   │   ├── Raphidocelis_subcapitata_parameters.cfg │   │   ├── Raphidocelis_subcapitata_weightmatrix.txt │   │   └── README.txt │   ├── rhincodon │   │   ├── rhincodon_exon_probs.pbl │   │   ├── rhincodon_igenic_probs.pbl │   │   ├── rhincodon_intron_probs.pbl │   │   ├── rhincodon_metapars.cfg │   │   ├── rhincodon_metapars.cgp.cfg │   │   ├── rhincodon_metapars.utr.cfg │   │   ├── rhincodon_parameters.cfg │   │   ├── rhincodon_parameters.cfg.orig1 │   │   └── rhincodon_weightmatrix.txt │   ├── rhizopus_oryzae │   │   ├── rhizopus_oryzae_exon_probs.pbl │   │   ├── rhizopus_oryzae_igenic_probs.pbl │   │   ├── rhizopus_oryzae_intron_probs.pbl │   │   ├── rhizopus_oryzae_metapars.cfg │   │   ├── rhizopus_oryzae_parameters.cfg │   │   └── rhizopus_oryzae_weightmatrix.txt │   ├── rhodnius │   │   ├── rhodnius_exon_probs.pbl │   │   ├── rhodnius_igenic_probs.pbl │   │   ├── rhodnius_intron_probs.pbl │   │   ├── rhodnius_metapars.cfg │   │   ├── rhodnius_metapars.utr.cfg │   │   ├── rhodnius_parameters.cfg │   │   ├── rhodnius_utr_probs.pbl │   │   └── rhodnius_weightmatrix.txt │   ├── Rhopilema_esculentum │   │   ├── README.txt │   │   ├── Rhopilema_esculentum_exon_probs.pbl │   │   ├── Rhopilema_esculentum_igenic_probs.pbl │   │   ├── Rhopilema_esculentum_intron_probs.pbl │   │   ├── Rhopilema_esculentum_metapars.cfg │   │   ├── Rhopilema_esculentum_metapars.cgp.cfg │   │   ├── Rhopilema_esculentum_metapars.utr.cfg │   │   ├── Rhopilema_esculentum_parameters.cfg │   │   └── Rhopilema_esculentum_weightmatrix.txt │   ├── rice │   │   ├── README.TXT │   │   ├── rice_exon_probs.pbl │   │   ├── rice_igenic_probs.pbl │   │   ├── rice_intron_probs.pbl │   │   ├── rice_metapars.cfg │   │   ├── rice_metapars.utr.cfg │   │   ├── rice_parameters.cfg │   │   ├── rice_utr_probs.pbl │   │   └── rice_weightmatrix.txt │   ├── saccharomyces │   │   ├── saccharomyces_exon_probs.pbl │   │   ├── saccharomyces_igenic_probs.pbl │   │   ├── saccharomyces_intron_probs.pbl │   │   ├── saccharomyces_parameters.cfg │   │   └── saccharomyces_weightmatrix.txt │   ├── saccharomyces_cerevisiae_rm11-1a_1 │   │   ├── saccharomyces_cerevisiae_rm11-1a_1_exon_probs.pbl │   │   ├── saccharomyces_cerevisiae_rm11-1a_1_igenic_probs.pbl │   │   ├── saccharomyces_cerevisiae_rm11-1a_1_intron_probs.pbl │   │   ├── saccharomyces_cerevisiae_rm11-1a_1_metapars.cfg │   │   ├── saccharomyces_cerevisiae_rm11-1a_1_parameters.cfg │   │   └── saccharomyces_cerevisiae_rm11-1a_1_weightmatrix.txt │   ├── saccharomyces_cerevisiae_S288C │   │   ├── saccharomyces_cerevisiae_S288C_exon_probs.pbl │   │   ├── saccharomyces_cerevisiae_S288C_igenic_probs.pbl │   │   ├── saccharomyces_cerevisiae_S288C_intron_probs.pbl │   │   ├── saccharomyces_cerevisiae_S288C_metapars.cfg │   │   ├── saccharomyces_cerevisiae_S288C_parameters.cfg │   │   └── saccharomyces_cerevisiae_S288C_weightmatrix.txt │   ├── s_aureus │   │   ├── README.TXT │   │   ├── s_aureus_exon_probs.pbl │   │   ├── s_aureus_igenic_probs.pbl │   │   ├── s_aureus_metapars.cfg │   │   ├── s_aureus_metapars.utr.cfg │   │   ├── s_aureus_ovlp_len.pbl │   │   ├── s_aureus_parameters.cfg │   │   ├── s_aureus_parameters.cgp.cfg │   │   ├── s_aureus_trans_shadow_bacterium.pbl │   │   └── s_aureus_weightmatrix.txt │   ├── schistosoma │   │   ├── schistosoma_exon_probs.pbl │   │   ├── schistosoma_igenic_probs.pbl │   │   ├── schistosoma_intron_probs.pbl │   │   ├── schistosoma_metapars.cfg │   │   ├── schistosoma_parameters.cfg │   │   ├── schistosoma_parameters.cfg.opt │   │   ├── schistosoma_splicefile.txt │   │   └── schistosoma_weightmatrix.txt │   ├── schistosoma2 │   │   ├── README.TXT │   │   ├── schistosoma2_exon_probs.pbl │   │   ├── schistosoma2_igenic_probs.pbl │   │   ├── schistosoma2_intron_probs.pbl │   │   ├── schistosoma2_metapars.cfg │   │   ├── schistosoma2_metapars.cgp.cfg │   │   ├── schistosoma2_metapars.utr.cfg │   │   ├── schistosoma2_parameters.cfg │   │   ├── schistosoma2_utr_probs.pbl │   │   └── schistosoma2_weightmatrix.txt │   ├── schizosaccharomyces_pombe │   │   ├── schizosaccharomyces_pombe_exon_probs.pbl │   │   ├── schizosaccharomyces_pombe_igenic_probs.pbl │   │   ├── schizosaccharomyces_pombe_intron_probs.pbl │   │   ├── schizosaccharomyces_pombe_metapars.cfg │   │   ├── schizosaccharomyces_pombe_parameters.cfg │   │   └── schizosaccharomyces_pombe_weightmatrix.txt │   ├── scyliorhinus │   │   ├── scyliorhinus_exon_probs.pbl │   │   ├── scyliorhinus_igenic_probs.pbl │   │   ├── scyliorhinus_intron_probs.pbl │   │   ├── scyliorhinus_metapars.cfg │   │   ├── scyliorhinus_metapars.cgp.cfg │   │   ├── scyliorhinus_metapars.utr.cfg │   │   ├── scyliorhinus_parameters.cfg │   │   ├── scyliorhinus_parameters.cfg.orig1 │   │   └── scyliorhinus_weightmatrix.txt │   ├── sealamprey │   │   ├── sealamprey_exon_probs.pbl │   │   ├── sealamprey_igenic_probs.pbl │   │   ├── sealamprey_intron_probs.pbl │   │   ├── sealamprey_metapars.cfg │   │   ├── sealamprey_parameters.cfg │   │   └── sealamprey_weightmatrix.txt │   ├── Sordaria_macrospora │   │   ├── README.txt │   │   ├── Sordaria_macrospora_exon_probs.pbl │   │   ├── Sordaria_macrospora_igenic_probs.pbl │   │   ├── Sordaria_macrospora_intron_probs.pbl │   │   ├── Sordaria_macrospora_metapars.cfg │   │   ├── Sordaria_macrospora_metapars.cgp.cfg │   │   ├── Sordaria_macrospora_metapars.utr.cfg │   │   ├── Sordaria_macrospora_parameters.cfg │   │   └── Sordaria_macrospora_weightmatrix.txt │   ├── Sphaceloma_murrayae │   │   ├── README.txt │   │   ├── Sphaceloma_murrayae_exon_probs.pbl │   │   ├── Sphaceloma_murrayae_igenic_probs.pbl │   │   ├── Sphaceloma_murrayae_intron_probs.pbl │   │   ├── Sphaceloma_murrayae_metapars.cfg │   │   ├── Sphaceloma_murrayae_metapars.cgp.cfg │   │   ├── Sphaceloma_murrayae_metapars.utr.cfg │   │   ├── Sphaceloma_murrayae_parameters.cfg │   │   └── Sphaceloma_murrayae_weightmatrix.txt │   ├── s_pneumoniae │   │   ├── s_pneumoniae_exon_probs.pbl │   │   ├── s_pneumoniae_igenic_probs.pbl │   │   ├── s_pneumoniae_metapars.cfg │   │   ├── s_pneumoniae_metapars.utr.cfg │   │   ├── s_pneumoniae_ovlp_len.pbl │   │   ├── s_pneumoniae_parameters.cfg │   │   ├── s_pneumoniae_parameters.cfg.orig1 │   │   ├── s_pneumoniae_parameters.cfg.orig2 │   │   ├── s_pneumoniae_parameters.cfg.orig3 │   │   ├── s_pneumoniae_parameters.cfg.orig4 │   │   ├── s_pneumoniae_trans_shadow_bacterium.pbl │   │   └── s_pneumoniae_weightmatrix.txt │   ├── strongylocentrotus_purpuratus │   │   ├── README.TXT │   │   ├── strongylocentrotus_purpuratus_exon_probs.pbl │   │   ├── strongylocentrotus_purpuratus_igenic_probs.pbl │   │   ├── strongylocentrotus_purpuratus_intron_probs.pbl │   │   ├── strongylocentrotus_purpuratus_metapars.cfg │   │   ├── strongylocentrotus_purpuratus_metapars.cgp.cfg │   │   ├── strongylocentrotus_purpuratus_metapars.utr.cfg │   │   ├── strongylocentrotus_purpuratus_parameters.cfg │   │   ├── strongylocentrotus_purpuratus_parameters.cgp.cfg │   │   ├── strongylocentrotus_purpuratus_utr_probs.pbl │   │   └── strongylocentrotus_purpuratus_weightmatrix.txt │   ├── sulfolobus_solfataricus │   │   ├── sulfolobus_solfataricus_exon_probs.pbl │   │   ├── sulfolobus_solfataricus_igenic_probs.pbl │   │   ├── sulfolobus_solfataricus_metapars.cfg │   │   ├── sulfolobus_solfataricus_metapars.utr.cfg │   │   ├── sulfolobus_solfataricus_ovlp_len.pbl │   │   ├── sulfolobus_solfataricus_parameters.cfg │   │   ├── sulfolobus_solfataricus_trans_shadow_bacterium.pbl │   │   └── sulfolobus_solfataricus_weightmatrix.txt │   ├── template_prokaryotic │   │   ├── template_prokaryotic_metapars.cfg │   │   ├── template_prokaryotic_metapars.utr.cfg │   │   ├── template_prokaryotic_ovlp_len.pbl │   │   ├── template_prokaryotic_parameters.cfg │   │   ├── template_prokaryotic_trans_shadow_bacterium.pbl │   │   └── template_prokaryotic_weightmatrix.txt │   ├── tetrahymena │   │   ├── tetrahymena_exon_probs.pbl │   │   ├── tetrahymena_igenic_probs.pbl │   │   ├── tetrahymena_intron_probs.pbl │   │   ├── tetrahymena_metapars.cfg │   │   ├── tetrahymena_parameters.cfg │   │   └── tetrahymena_weightmatrix.txt │   ├── Thalassiosira_pseudonana_CCMP1335 │   │   ├── README.txt │   │   ├── Thalassiosira_pseudonana_CCMP1335_exon_probs.pbl │   │   ├── Thalassiosira_pseudonana_CCMP1335_igenic_probs.pbl │   │   ├── Thalassiosira_pseudonana_CCMP1335_intron_probs.pbl │   │   ├── Thalassiosira_pseudonana_CCMP1335_metapars.cfg │   │   ├── Thalassiosira_pseudonana_CCMP1335_metapars.cgp.cfg │   │   ├── Thalassiosira_pseudonana_CCMP1335_metapars.utr.cfg │   │   ├── Thalassiosira_pseudonana_CCMP1335_parameters.cfg │   │   └── Thalassiosira_pseudonana_CCMP1335_weightmatrix.txt │   ├── thermoanaerobacter_tengcongensis │   │   ├── thermoanaerobacter_tengcongensis_exon_probs.pbl │   │   ├── thermoanaerobacter_tengcongensis_igenic_probs.pbl │   │   ├── thermoanaerobacter_tengcongensis_metapars.cfg │   │   ├── thermoanaerobacter_tengcongensis_metapars.utr.cfg │   │   ├── thermoanaerobacter_tengcongensis_ovlp_len.pbl │   │   ├── thermoanaerobacter_tengcongensis_parameters.cfg │   │   ├── thermoanaerobacter_tengcongensis_trans_shadow_bacterium.pbl │   │   └── thermoanaerobacter_tengcongensis_weightmatrix.txt │   ├── tomato │   │   ├── tomato_exon_probs.pbl │   │   ├── tomato_igenic_probs.pbl │   │   ├── tomato_intron_probs.pbl │   │   ├── tomato_metapars.cfg │   │   ├── tomato_metapars.utr.cfg │   │   ├── tomato_parameters.cfg │   │   ├── tomato_utr_probs.pbl │   │   └── tomato_weightmatrix.txt │   ├── toxoplasma │   │   ├── toxoplasma_exon_probs.pbl │   │   ├── toxoplasma_igenic_probs.pbl │   │   ├── toxoplasma_intron_probs.pbl │   │   ├── toxoplasma_metaparameters.cfg │   │   ├── toxoplasma_parameters.cfg │   │   ├── toxoplasma_trans_shadow_partial_utr.pbl │   │   ├── toxoplasma_utr_probs.pbl │   │   └── toxoplasma_weightmatrix.txt │   ├── tribolium2012 │   │   ├── tribolium2012_exon_probs.pbl │   │   ├── tribolium2012_exon_probs.pbl1 │   │   ├── tribolium2012_exon_probs.pbl2 │   │   ├── tribolium2012_exon_probs.pbl3 │   │   ├── tribolium2012_exon_probs.pbl4 │   │   ├── tribolium2012_exon_probs.pbl.HMM │   │   ├── tribolium2012_igenic_probs.pbl │   │   ├── tribolium2012_igenic_probs.pbl1 │   │   ├── tribolium2012_igenic_probs.pbl2 │   │   ├── tribolium2012_igenic_probs.pbl3 │   │   ├── tribolium2012_igenic_probs.pbl4 │   │   ├── tribolium2012_igenic_probs.pbl.HMM │   │   ├── tribolium2012_intron_probs.pbl │   │   ├── tribolium2012_intron_probs.pbl1 │   │   ├── tribolium2012_intron_probs.pbl2 │   │   ├── tribolium2012_intron_probs.pbl3 │   │   ├── tribolium2012_intron_probs.pbl4 │   │   ├── tribolium2012_intron_probs.pbl.HMM │   │   ├── tribolium2012_metapars.cfg │   │   ├── tribolium2012_metapars.utr.cfg │   │   ├── tribolium2012_parameters.cfg │   │   ├── tribolium2012_parameters.cfg.orig1 │   │   ├── tribolium2012_parameters.cfg.orig2 │   │   ├── tribolium2012_parameters.cfg.orig3 │   │   ├── tribolium2012_parameters.cfg.orig4 │   │   ├── tribolium2012_parameters.cfg.orig5 │   │   ├── tribolium2012_parameters.cfg.orig6 │   │   ├── tribolium2012_parameters.cfg.orig7 │   │   ├── tribolium2012_trans_shadow_partial_utr.pbl │   │   ├── tribolium2012_utr_probs.pbl │   │   ├── tribolium2012_utr_probs.pbl.HMM │   │   └── tribolium2012_weightmatrix.txt │   ├── trichinella │   │   ├── trichinella_exon_probs.pbl │   │   ├── trichinella_igenic_probs.pbl │   │   ├── trichinella_intron_probs.pbl │   │   ├── trichinella_metapars.cfg │   │   ├── trichinella_metapars.utr.cfg │   │   ├── trichinella_parameters.cfg │   │   ├── trichinella_utr_probs.pbl │   │   └── trichinella_weightmatrix.txt │   ├── Trichoplax_adhaerens │   │   ├── README.txt │   │   ├── Trichoplax_adhaerens_exon_probs.pbl │   │   ├── Trichoplax_adhaerens_igenic_probs.pbl │   │   ├── Trichoplax_adhaerens_intron_probs.pbl │   │   ├── Trichoplax_adhaerens_metapars.cfg │   │   ├── Trichoplax_adhaerens_metapars.cgp.cfg │   │   ├── Trichoplax_adhaerens_metapars.utr.cfg │   │   ├── Trichoplax_adhaerens_parameters.cfg │   │   └── Trichoplax_adhaerens_weightmatrix.txt │   ├── ustilago │   │   ├── ustilago_exon_probs.pbl │   │   ├── ustilago_igenic_probs.pbl │   │   ├── ustilago_intron_probs.pbl │   │   ├── ustilago_parameters.cfg │   │   └── ustilago_weightmatrix.txt │   ├── ustilago_maydis │   │   ├── ustilago_maydis_exon_probs.pbl │   │   ├── ustilago_maydis_igenic_probs.pbl │   │   ├── ustilago_maydis_intron_probs.pbl │   │   ├── ustilago_maydis_metapars.cfg │   │   ├── ustilago_maydis_parameters.cfg │   │   └── ustilago_maydis_weightmatrix.txt │   ├── verticillium_albo_atrum1 │   │   ├── verticillium_albo_atrum1_exon_probs.pbl │   │   ├── verticillium_albo_atrum1_igenic_probs.pbl │   │   ├── verticillium_albo_atrum1_intron_probs.pbl │   │   ├── verticillium_albo_atrum1_metapars.cfg │   │   ├── verticillium_albo_atrum1_metapars.utr.cfg │   │   ├── verticillium_albo_atrum1_parameters.cfg │   │   ├── verticillium_albo_atrum1_utr_probs.pbl │   │   └── verticillium_albo_atrum1_weightmatrix.txt │   ├── verticillium_longisporum1 │   │   ├── verticillium_longisporum1_exon_probs.pbl │   │   ├── verticillium_longisporum1_igenic_probs.pbl │   │   ├── verticillium_longisporum1_intron_probs.pbl │   │   ├── verticillium_longisporum1_metapars.cfg │   │   ├── verticillium_longisporum1_metapars.utr.cfg │   │   ├── verticillium_longisporum1_parameters.cfg │   │   ├── verticillium_longisporum1_parameters.cfg.orig1 │   │   ├── verticillium_longisporum1_utr_probs.pbl │   │   └── verticillium_longisporum1_weightmatrix.txt │   ├── Vitrella_brassicaformis │   │   ├── README.txt │   │   ├── Vitrella_brassicaformis_exon_probs.pbl │   │   ├── Vitrella_brassicaformis_igenic_probs.pbl │   │   ├── Vitrella_brassicaformis_intron_probs.pbl │   │   ├── Vitrella_brassicaformis_metapars.cfg │   │   ├── Vitrella_brassicaformis_metapars.cgp.cfg │   │   ├── Vitrella_brassicaformis_metapars.utr.cfg │   │   ├── Vitrella_brassicaformis_parameters.cfg │   │   └── Vitrella_brassicaformis_weightmatrix.txt │   ├── volvox │   │   ├── volvox_exon_probs.pbl │   │   ├── volvox_igenic_probs.pbl │   │   ├── volvox_intron_probs.pbl │   │   ├── volvox_metapars.cfg │   │   ├── volvox_metapars.cgp.cfg │   │   ├── volvox_metapars.utr.cfg │   │   ├── volvox_parameters.cfg │   │   ├── volvox_utr_probs.pbl │   │   └── volvox_weightmatrix.txt │   ├── wheat │   │   ├── README.txt │   │   ├── wheat_exon_probs.pbl │   │   ├── wheat_igenic_probs.pbl │   │   ├── wheat_intron_probs.pbl │   │   ├── wheat_parameters.cfg │   │   ├── wheat_utr_probs.pbl │   │   └── wheat_weightmatrix.txt │   ├── Xiphophorus_maculatus │   │   ├── README.txt │   │   ├── Xiphophorus_maculatus_exon_probs.pbl │   │   ├── Xiphophorus_maculatus_igenic_probs.pbl │   │   ├── Xiphophorus_maculatus_intron_probs.pbl │   │   ├── Xiphophorus_maculatus_parameters.cfg │   │   ├── Xiphophorus_maculatus_utr_probs.pbl │   │   └── Xiphophorus_maculatus_weightmatrix.txt │   ├── Xipophorus_maculatus │   │   ├── Xipophorus_maculatus_exon_probs.pbl │   │   ├── Xipophorus_maculatus_igenic_probs.pbl │   │   ├── Xipophorus_maculatus_intron_probs.pbl │   │   ├── Xipophorus_maculatus_parameters.cfg │   │   ├── Xipophorus_maculatus_utr_probs.pbl │   │   └── Xipophorus_maculatus_weightmatrix.txt │   ├── yarrowia_lipolytica │   │   ├── yarrowia_lipolytica_exon_probs.pbl │   │   ├── yarrowia_lipolytica_igenic_probs.pbl │   │   ├── yarrowia_lipolytica_intron_probs.pbl │   │   ├── yarrowia_lipolytica_metapars.cfg │   │   ├── yarrowia_lipolytica_metapars.utr.cfg │   │   ├── yarrowia_lipolytica_parameters.cfg │   │   ├── yarrowia_lipolytica_utr_probs.pbl │   │   └── yarrowia_lipolytica_weightmatrix.txt │   └── zebrafish │   ├── README.TXT │   ├── zebrafish_exon_probs.pbl │   ├── zebrafish_exon_probs.pbl.HMM │   ├── zebrafish_igenic_probs.pbl │   ├── zebrafish_igenic_probs.pbl.HMM │   ├── zebrafish_intron_probs.pbl │   ├── zebrafish_intron_probs.pbl.HMM │   ├── zebrafish_metapars.cfg │   ├── zebrafish_metapars.utr.cfg │   ├── zebrafish_parameters.cfg │   └── zebrafish_weightmatrix.txt ├── busco -> /scratch/b.jmd20jns/busco ├── BUSCO │   ├── auto_lineage │   │   ├── run_archaea_odb10 │   │   │   ├── busco_sequences │   │   │   │   ├── fragmented_busco_sequences │   │   │   │   │   ├── 103467at2157.faa │   │   │   │   │   ├── 103467at2157.fna │   │   │   │   │   ├── 105095at2157.faa │   │   │   │   │   ├── 105095at2157.fna │   │   │   │   │   ├── 110798at2157.faa │   │   │   │   │   ├── 110798at2157.fna │   │   │   │   │   ├── 112720at2157.faa │   │   │   │   │   ├── 112720at2157.fna │   │   │   │   │   ├── 115425at2157.faa │   │   │   │   │   ├── 115425at2157.fna │   │   │   │   │   ├── 115808at2157.faa │   │   │   │   │   ├── 115808at2157.fna │   │   │   │   │   ├── 119044at2157.faa │   │   │   │   │   ├── 119044at2157.fna │   │   │   │   │   ├── 130364at2157.faa │   │   │   │   │   ├── 130364at2157.fna │   │   │   │   │   ├── 13531at2157.faa │   │   │   │   │   ├── 13531at2157.fna │   │   │   │   │   ├── 19750at2157.faa │   │   │   │   │   ├── 19750at2157.fna │   │   │   │   │   ├── 29893at2157.faa │   │   │   │   │   ├── 29893at2157.fna │   │   │   │   │   ├── 31722at2157.faa │   │   │   │   │   ├── 31722at2157.fna │   │   │   │   │   ├── 41305at2157.faa │   │   │   │   │   ├── 41305at2157.fna │   │   │   │   │   ├── 58022at2157.faa │   │   │   │   │   ├── 58022at2157.fna │   │   │   │   │   ├── 60670at2157.faa │   │   │   │   │   ├── 60670at2157.fna │   │   │   │   │   ├── 61936at2157.faa │   │   │   │   │   ├── 61936at2157.fna │   │   │   │   │   ├── 66209at2157.faa │   │   │   │   │   ├── 66209at2157.fna │   │   │   │   │   ├── 69351at2157.faa │   │   │   │   │   ├── 69351at2157.fna │   │   │   │   │   ├── 73593at2157.faa │   │   │   │   │   ├── 73593at2157.fna │   │   │   │   │   ├── 98179at2157.faa │   │   │   │   │   └── 98179at2157.fna │   │   │   │   ├── multi_copy_busco_sequences │   │   │   │   │   ├── 106603at2157.faa │   │   │   │   │   ├── 106603at2157.fna │   │   │   │   │   ├── 115947at2157.faa │   │   │   │   │   ├── 115947at2157.fna │   │   │   │   │   ├── 21317at2157.faa │   │   │   │   │   ├── 21317at2157.fna │   │   │   │   │   ├── 37207at2157.faa │   │   │   │   │   ├── 37207at2157.fna │   │   │   │   │   ├── 3905at2157.faa │   │   │   │   │   ├── 3905at2157.fna │   │   │   │   │   ├── 72726at2157.faa │   │   │   │   │   └── 72726at2157.fna │   │   │   │   └── single_copy_busco_sequences │   │   │   │   ├── 102360at2157.faa │   │   │   │   ├── 102360at2157.fna │   │   │   │   ├── 105421at2157.faa │   │   │   │   ├── 105421at2157.fna │   │   │   │   ├── 106462at2157.faa │   │   │   │   ├── 106462at2157.fna │   │   │   │   ├── 107993at2157.faa │   │   │   │   ├── 107993at2157.fna │   │   │   │   ├── 109335at2157.faa │   │   │   │   ├── 109335at2157.fna │   │   │   │   ├── 111803at2157.faa │   │   │   │   ├── 111803at2157.fna 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│   │   │   ├── 981902at2759.out │   │   │   │   └── 996662at2759.out │   │   │   └── rerun_results │   │   │   ├── 1010730at2759.out │   │   │   ├── 1019762at2759.out │   │   │   ├── 1049599at2759.out │   │   │   ├── 1053181at2759.out │   │   │   ├── 1129824at2759.out │   │   │   ├── 1193442at2759.out │   │   │   ├── 1194691at2759.out │   │   │   ├── 1233814at2759.out │   │   │   ├── 1247641at2759.out │   │   │   ├── 1258856at2759.out │   │   │   ├── 1346165at2759.out │   │   │   ├── 1346432at2759.out │   │   │   ├── 1370285at2759.out │   │   │   ├── 1382842at2759.out │   │   │   ├── 1398309at2759.out │   │   │   ├── 1404162at2759.out │   │   │   ├── 1405146at2759.out │   │   │   ├── 1421503at2759.out │   │   │   ├── 1440961at2759.out │   │   │   ├── 1455730at2759.out │   │   │   ├── 1530008at2759.out │   │   │   ├── 1626636at2759.out │   │   │   ├── 1633672at2759.out │   │   │   ├── 261419at2759.out │   │   │   ├── 270107at2759.out │   │   │   ├── 299766at2759.out │   │   │   ├── 369837at2759.out │   │   │   ├── 39650at2759.out │   │   │   ├── 450058at2759.out │   │   │   ├── 464990at2759.out │   │   │   ├── 513979at2759.out │   │   │   ├── 621827at2759.out │   │   │   ├── 655400at2759.out │   │   │   ├── 674169at2759.out │   │   │   ├── 692986at2759.out │   │   │   ├── 855834at2759.out │   │   │   ├── 891751at2759.out │   │   │   ├── 937275at2759.out │   │   │   ├── 973442at2759.out │   │   │   ├── 975557at2759.out │   │   │   └── 976469at2759.out │   │   ├── metaeuk_output │   │   │   ├── combined_pred_proteins.fas │   │   │   ├── initial_results │   │   │   │   ├── MEGAHIT-MetaBAT2-group-1.92.fa.codon.fas │   │   │   │   ├── MEGAHIT-MetaBAT2-group-1.92.fa.fas │   │   │   │   ├── MEGAHIT-MetaBAT2-group-1.92.fa.headersMap.tsv │   │   │   │   └── MEGAHIT-MetaBAT2-group-1.92.fa.modified.fas │   │   │   ├── refseq_db_rerun.faa │   │   │   └── rerun_results │   │   │   ├── MEGAHIT-MetaBAT2-group-1.92.fa.codon.fas │   │   │   ├── MEGAHIT-MetaBAT2-group-1.92.fa.fas │   │   │   ├── MEGAHIT-MetaBAT2-group-1.92.fa.headersMap.tsv │   │   │   └── MEGAHIT-MetaBAT2-group-1.92.fa.modified.fas │   │   ├── missing_busco_list.tsv │   │   ├── placement_files │   │   │   ├── marker_genes.fasta │   │   │   ├── output_alignment.fasta │   │   │   ├── output_alignment_masked.fasta │   │   │   ├── output_placement.json │   │   │   └── output_rename-json.py │   │   └── short_summary.txt │   ├── logs │   │   ├── busco.log │   │   ├── hmmsearch_err.log │   │   ├── hmmsearch_out.log │   │   ├── metaeuk_err.log │   │   ├── metaeuk_out.log │   │   ├── prodigal_err.log │   │   ├── sepp_err.log │   │   └── sepp_out.log │   ├── prodigal_output │   │   └── predicted_genes │   │   ├── predicted.faa │   │   ├── predicted.fna │   │   └── tmp │   │   ├── prodigal_mode_single_code_11_err.log │   │   ├── prodigal_mode_single_code_11.faa │   │   ├── prodigal_mode_single_code_11.fna │   │   ├── prodigal_mode_single_code_11_out.log │   │   ├── prodigal_mode_single_code_4_err.log │   │   ├── prodigal_mode_single_code_4.faa │   │   ├── prodigal_mode_single_code_4.fna │   │   └── prodigal_mode_single_code_4_out.log │   ├── run_eukaryota_odb10 -> /scratch/b.jmd20jns/work/3b/81caa86a6da2a7a107a79cce4d236e/BUSCO/auto_lineage/run_eukaryota_odb10 │   ├── run_metazoa_odb10 │   │   ├── busco_sequences │   │   │   ├── fragmented_busco_sequences │   │   │   │   ├── 123923at33208.faa │   │   │   │   ├── 124302at33208.faa │   │   │   │   ├── 132087at33208.faa │   │   │   │   ├── 195986at33208.faa │   │   │   │   ├── 200997at33208.faa │   │   │   │   ├── 219795at33208.faa │   │   │   │   ├── 244863at33208.faa │   │   │   │   ├── 251577at33208.faa │   │   │   │   ├── 266460at33208.faa │   │   │   │   ├── 284059at33208.faa │   │   │   │   ├── 291875at33208.faa │   │   │   │   ├── 321332at33208.faa │   │   │   │   ├── 333800at33208.faa │   │   │   │   ├── 351226at33208.faa │   │   │   │   ├── 359075at33208.faa │   │   │   │   ├── 364383at33208.faa │   │   │   │   ├── 384187at33208.faa │   │   │   │   ├── 386666at33208.faa │   │   │   │   ├── 387079at33208.faa │   │   │   │   ├── 401220at33208.faa │   │   │   │   ├── 406927at33208.faa │   │   │   │   ├── 424646at33208.faa │   │   │   │   ├── 429751at33208.faa │   │   │   │   ├── 433606at33208.faa │   │   │   │   ├── 442823at33208.faa │   │   │   │   ├── 443928at33208.faa │   │   │   │   ├── 447400at33208.faa │   │   │   │   ├── 451957at33208.faa │   │   │   │   ├── 453052at33208.faa │   │   │   │   ├── 458974at33208.faa │   │   │   │   ├── 473106at33208.faa │   │   │   │   ├── 486370at33208.faa │   │   │   │   ├── 502407at33208.faa │   │   │   │   ├── 510174at33208.faa │   │   │   │   ├── 514675at33208.faa │   │   │   │   ├── 519777at33208.faa │   │   │   │   ├── 525542at33208.faa │   │   │   │   ├── 527406at33208.faa │   │   │   │   ├── 532406at33208.faa │   │   │   │   ├── 532693at33208.faa │   │   │   │   ├── 532930at33208.faa │   │   │   │   ├── 534312at33208.faa │   │   │   │   ├── 540193at33208.faa │   │   │   │   ├── 544546at33208.faa │   │   │   │   ├── 552201at33208.faa │   │   │   │   ├── 553411at33208.faa │   │   │   │   ├── 555538at33208.faa │   │   │   │   ├── 556461at33208.faa │   │   │   │   ├── 578684at33208.faa │   │   │   │   ├── 579029at33208.faa │   │   │   │   ├── 580851at33208.faa │   │   │   │   ├── 584023at33208.faa │   │   │   │   ├── 586156at33208.faa │   │   │   │   ├── 586310at33208.faa │   │   │   │   ├── 587513at33208.faa │   │   │   │   ├── 590470at33208.faa │   │   │   │   ├── 603239at33208.faa │   │   │   │   ├── 614305at33208.faa │   │   │   │   ├── 616120at33208.faa │   │   │   │   ├── 618986at33208.faa │   │   │   │   ├── 631107at33208.faa │   │   │   │   ├── 631798at33208.faa │   │   │   │   └── 76852at33208.faa │   │   │   ├── multi_copy_busco_sequences │   │   │   │   ├── 168850at33208.faa │   │   │   │   ├── 251076at33208.faa │   │   │   │   ├── 352854at33208.faa │   │   │   │   ├── 368670at33208.faa │   │   │   │   ├── 445031at33208.faa │   │   │   │   ├── 504912at33208.faa │   │   │   │   ├── 578582at33208.faa │   │   │   │   └── 606748at33208.faa │   │   │   └── single_copy_busco_sequences │   │   │   ├── 102804at33208.faa │   │   │   ├── 103854at33208.faa │   │   │   ├── 107151at33208.faa │   │   │   ├── 107574at33208.faa │   │   │   ├── 108764at33208.faa │   │   │   ├── 109109at33208.faa │   │   │   ├── 111746at33208.faa │   │   │   ├── 118209at33208.faa │   │   │   ├── 119252at33208.faa │   │   │   ├── 129179at33208.faa │   │   │   ├── 130245at33208.faa │   │   │   ├── 130256at33208.faa │   │   │   ├── 131349at33208.faa │   │   │   ├── 131848at33208.faa │   │   │   ├── 134492at33208.faa │   │   │   ├── 135294at33208.faa │   │   │   ├── 13816at33208.faa │   │   │   ├── 139188at33208.faa │   │   │   ├── 143619at33208.faa │   │   │   ├── 146671at33208.faa │   │   │   ├── 147873at33208.faa │   │   │   ├── 148067at33208.faa │   │   │   ├── 148325at33208.faa │   │   │   ├── 152327at33208.faa │   │   │   ├── 152977at33208.faa │   │   │   ├── 153034at33208.faa │   │   │   ├── 157109at33208.faa │   │   │   ├── 158845at33208.faa │   │   │   ├── 158962at33208.faa │   │   │   ├── 162821at33208.faa │   │   │   ├── 164767at33208.faa │   │   │   ├── 166097at33208.faa │   │   │   ├── 168924at33208.faa │   │   │   ├── 169864at33208.faa │   │   │   ├── 172677at33208.faa │   │   │   ├── 177718at33208.faa │   │   │   ├── 178537at33208.faa │   │   │   ├── 179485at33208.faa │   │   │   ├── 180808at33208.faa │   │   │   ├── 182834at33208.faa │   │   │   ├── 184508at33208.faa │   │   │   ├── 184717at33208.faa │   │   │   ├── 186208at33208.faa │   │   │   ├── 186707at33208.faa │   │   │   ├── 189414at33208.faa │   │   │   ├── 190726at33208.faa │   │   │   ├── 191938at33208.faa │   │   │   ├── 192250at33208.faa │   │   │   ├── 194754at33208.faa │   │   │   ├── 196950at33208.faa │   │   │   ├── 197549at33208.faa │   │   │   ├── 197652at33208.faa │   │   │   ├── 201397at33208.faa │   │   │   ├── 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