# Please change the variable settings below if necessary

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## Paths and Settings  - Do not edit !
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TMP_DIR = tmp
LOGS_DIR = logs
BOWTIE2_OUTPUT_DIR = bowtie_results
MAPC_OUTPUT = hic_results
RAW_DIR = rawdata

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## SYSTEM AND SCHEDULER - Start Editing Here !!
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N_CPU = 10
SORT_RAM = 4GB
LOGFILE = hicpro.log

JOB_NAME = try_alignment
JOB_MEM = 
JOB_WALLTIME = 24:00:00 
JOB_QUEUE = 
JOB_MAIL = 

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## Data
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PAIR1_EXT = _1
PAIR2_EXT = _2

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## Alignment options
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MIN_MAPQ = 10

BOWTIE2_IDX_PATH = ~/new/amzaleg/chipseq/hg19/hg19_bt2/hg19_bt2
BOWTIE2_GLOBAL_OPTIONS = --very-sensitive -L 30 --score-min L,-0.6,-0.2 --end-to-end --reorder
BOWTIE2_LOCAL_OPTIONS =  --very-sensitive -L 20 --score-min L,-0.6,-0.2 --end-to-end --reorder

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## Annotation files
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REFERENCE_GENOME = ~/new/amzaleg/chipseq/hg19/hg19_bt2/hg19_bt2.fa
GENOME_SIZE = /home1/amzaleg/new/amzaleg/chipseq/hg19/hg19.sizes

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## Allele specific analysis
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ALLELE_SPECIFIC_SNP = 

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## Capture Hi-C analysis
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CAPTURE_TARGET =
REPORT_CAPTURE_REPORTER = 1

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## Digestion Hi-C
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GENOME_FRAGMENT = /home1/amzaleg/new/amzaleg/hichip/run/hg19_mboi.bed
LIGATION_SITE = GATC
MIN_FRAG_SIZE = 
MAX_FRAG_SIZE =
MIN_INSERT_SIZE =
MAX_INSERT_SIZE =

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## Hi-C processing
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MIN_CIS_DIST =
GET_ALL_INTERACTION_CLASSES = 1
GET_PROCESS_SAM = 0
RM_SINGLETON = 1
RM_MULTI = 1
RM_DUP = 1

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## Contact Maps
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BIN_SIZE = 20000 40000 150000 500000 1000000
MATRIX_FORMAT = upper

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## Normalization
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MAX_ITER = 100
FILTER_LOW_COUNT_PERC = 0.02
FILTER_HIGH_COUNT_PERC = 0
EPS = 0.1