【周刊】第 50 期 #1114
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5、11和12 |
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2、6、7、9 |
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3、生信研究 |NAR | 斯坦福大学Wing Hung Wong/清华大学江瑞课题组发布全基因功能注释HiChIP数据库 (qq.com)2022年10月10日，美国科学院院士、斯坦福大学统计系Wing Hung Wong教授课题组联合清华大学自动化系江瑞长聘副教授课题组在Nucleic Acids Research杂志（IF=19.16）上在线发表文章“HiChIPdb: a comprehensive database of HiChIP regulatory interactions”。研究团队发表了**首个附带全基因组功能注释HiChIP数据库（http://health.tsinghua.edu.cn/hichipdb/）**。数据库收录了截止于2022年5月份上传至GEO数据库的人类HiChIP约200个样本。**HiChIP数据库采用了统一的数据处理流程（pipelines）**，从原始Fastq测序原始数据统一处理至不同分辨率的HiChIP相互作用数据。**HiChIP数据库覆盖了超过100个人类细胞类型下总计2.62亿条HiChIP相互作用（interactions）**。 论文链接: https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkac859/6754910 HiCHIP:http://health.tsinghua.edu.cn/hichipdb/ 4、 博文资讯 |学术写作注意事项——格式问题 (qq.com)公众号“庄闪闪的R语言手册” 近期推出科研写作笔记系列内容，初步想针对写作格式问题、英语写作问题和写作逻辑问题讲起，有相关问题可去作者Github上提出issue进行交流 Github：https://github.com/liangliangzhuang/Research_writing_tips 6、博文咨询|原创 | 一文读懂K均值（K-Means）聚类算法 (qq.com)作为聚类算法的典型代表，K-Means可以说是最简单的聚类算法，其可解释强，实现方便，可广泛应用在数据挖掘、聚类分析、数据聚类、模式识别、金融风控、数据科学、智能营销和数据运营等多个领域，有着广泛的应用前景。 |
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申领 13、15 |
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申领 1、8、10、14 |
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@Tomcxf 纳入的条目相关 issue 都要 close 掉。 |
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好的，收到
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chenxiaofeng98519
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***@***.***
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…---- 回复的原邮件 ----
| 发件人 | Shixiang Wang ***@***.***> |
| 日期 | 2022年10月28日 19:03 |
| 收件人 | ***@***.***> |
| 抄送至 | ***@***.******@***.***> |
| 主题 | Re: [ShixiangWang/weekly] 【周刊】第 50 期 (Issue #1114) |
@Tomcxf 纳入的条目相关 issue 都要 close 掉。
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5、
目前通过R语言下的Shiny已经非常成熟了，现在Python下也可以使用Shiny进行可视化，该推文则是具体入门教程。 11、
本推文通过具体示例介绍了使用gtsummary包进行快速回归建模并输出统计结果。 12、
本资源总结了论文投稿时用到的7个邮件模板（Coverletter、催搞信、修改稿Coverletter、回复审稿人意见、接收后致谢、询问校稿信、文章校稿信）。 |
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2、 华盛顿大学 Christopher Murray、张鹏、戴晓晨等人在国际顶尖医学期刊 Nature Medicine 发表了5篇研究论文（Aticles），这一系列研究提出了一种标准化方法，量化了风险因素（例如吸烟、高血压、饮食）与健康结局之间关联的证据强度。这些研究测试了评估证据的方法的效度，这些证据是关于吸烟、高血压、食用未加工红肉、蔬菜对健康的影响。 值得关注的是本系列研究中的方法学论文，相关研究的读者可以深入看看：来了一种新工具——验证风险函数（BPRF，一种Meta分析方法），可对暴露于有害或保护性风险因素后特定健康结局进行评估。 6、
本文系统地介绍了K-means聚类算法的原理、步骤、代码实现，并提供了可视化实例辅助理解。 7、
本文通过测试数据实现了三种不同方法的对比，从结果看三种差异分析方法整体一致性都比较高。 9、 # 终端用户使用命令
> library(progressr)
> with_progress(y <- slow_sum(1:10))
|==================== | 40%该包为开发者和终端用户分别提供了精简的API，帮助编写具有进度条提示的分析代码。 设计哲学：
即开发者提供，但由用户决定是否以及如何展示进度条。这与该作者开发的另一个流行包future的设计哲学一致。 |
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本周话题观点： 很有看头，非常值得鼓励，称得上颠覆。 这样做，一篇文章的价值不在于它发在哪个权威期刊上，值不值得学习和follow一篇文章不再仅仅是看if，需要读者更多地参与阅读，读者自己得有一杆秤。 现在，科学与伪科学都在期刊里泛滥，阴性结果被大量隐藏，但期刊开放让整个科学环境在逐步面向更广泛大众，但科学技术的专业性审稿人也未必能把握发表的界限，一切公开透明是很好的方式：科学期刊编辑把握创新性和文章整体质量，具体怎么评价交给公开透明的评审和能看到一切的读者。 原载于知乎：https://www.zhihu.com/question/561322934/answer/2728642986 |
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生信爱好者周刊（第 50 期）：
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封面图
科夫城堡（Corfe Castle）是位于英国英格兰多塞特郡科夫堡村的一座城堡，兴建者是威廉一世。城堡的历史可以追溯至11世纪
本周话题：顶级1区期刊宣布：明年起将不再拒稿！
生信研究
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