diff --git a/_quarto.yml b/_quarto.yml index 1b73f96..5ab593b 100644 --- a/_quarto.yml +++ b/_quarto.yml @@ -23,7 +23,6 @@ website: href: https://packages.tesselle.org - use.qmd - learn/index.qmd - - posts/index.qmd - text: "Community" menu: - contributing.qmd diff --git a/posts/2021-universe/index.qmd b/posts/2021-universe/index.qmd deleted file mode 100644 index 8588372..0000000 --- a/posts/2021-universe/index.qmd +++ /dev/null @@ -1,49 +0,0 @@ ---- -title: "The tesselle universe" -description: "Install the tesselle packages from our repository on R-universe." -slug: tesselle-universe -categories: - - infrastructure -author: - - name: Nicolas Frerebeau - affiliation: CREAP (UAR 3414) - orcid: 0000-0001-5759-4944 -date: 2021-08-15 -image: runiverse.png ---- - -Most of the **tesselle** packages are distributed on [CRAN](https://cran.r-project.org/). Development versions can be installed from [GitHub](https://github.com/tesselle) using [`remotes`](https://remotes.r-lib.org) : - -``` r -## Install a package from GitHub -# install.packages("remotes") -remotes::install_github("tesselle/tabula") -``` - -Thanks to the [R-universe](https://ropensci.org/r-universe/) project powered by [rOpenSci](https://ropensci.org), **tesselle** has its own CRAN-like repository: [**tesselle.r-universe.dev**](https://tesselle.r-universe.dev). This repository allows to install all versions and non-CRAN packages (e.g. WIP packages and large data packages). - -# Install from the repository - -If you want to download and install a package from the [tesselle universe](https://tesselle.r-universe.dev), simply use `install.packages()` with the additional repository: - -``` r -## Install a package from the 'tesselle' universe -install.packages("tabula", repos = "https://tesselle.r-universe.dev") -``` - -``` r -## Enable the repository globally -options(repos = c(tesselle = "https://tesselle.r-universe.dev", - CRAN = "https://cloud.r-project.org")) - -## Install some packages -install.packages(c("tabula", "kairos")) -``` - -# Use the repository - -You can use this repository in your R package (if available, CRAN releases must be regarded as the preferred source). To do so, prepare the `DESCRIPTION` file of your R package: - -* List the package under `Suggests:` -* Add the line `Additional_repositories: https://tesselle.r-universe.dev` -* Test your package with `R CMD check --as-cran` diff --git a/posts/2021-universe/runiverse.png b/posts/2021-universe/runiverse.png deleted file mode 100644 index d04e390..0000000 Binary files a/posts/2021-universe/runiverse.png and /dev/null differ diff --git a/posts/2022-archeometrie/index.qmd b/posts/2022-archeometrie/index.qmd deleted file mode 100644 index a7a7695..0000000 --- a/posts/2022-archeometrie/index.qmd +++ /dev/null @@ -1,28 +0,0 @@ ---- -title: "Archéométrie 2022" -description: "Le projet tesselle présenté lors du XXIII^e^ colloque du GMPCA." -slug: archeometrie-2022 -lang: fr-FR -categories: - - presentation -author: - - name: Nicolas Frerebeau - affiliation: CREAP (UAR 3414) - orcid: 0000-0001-5759-4944 - - name: Brice Lebrun - affiliation: IRAMAT-CRP2A (UMR 5060) - orcid: 0000-0001-5759-4944 -date: 2022-05-02 -citation: - type: speech - genre: poster - event-title: "Archéométrie 2022" - event-place: "Chambéry, France" - title: "tesselle : un ensemble de packages R pour une recherche ouverte et reproductible en archéologie" - event-date: 2022 - language: fr - url: https://hal.science/hal-03621152 - pdf-url: https://hal.science/hal-03621152/file/2022_GMPCA_poster.pdf ---- - -Depuis plusieurs années, la recherche menée dans les différentes branches des sciences archéologiques --- au même titre que le reste des sciences humaines --- tend à produire des volumes de données de plus en plus importants. Au-delà des problèmes, non moins cruciaux, d'accès et d'archivage des données, se pose la question de la reproductibilité des résultats dès lors qu'il est fait appel à des méthodes statistiques. À quelques exceptions près, nombre de solutions logicielles sont propriétaires, ne garantissent pas un accès au code source ou une documentation exhaustive et ne permettent pas le développement aisé d'outils dédiés. Nous présentons ici le projet **tesselle** : un ensemble cohérent de packages R destinés à l'analyse et la visualisation de données en archéologie. diff --git a/posts/2023-digit-hum/index.qmd b/posts/2023-digit-hum/index.qmd deleted file mode 100644 index ed066c9..0000000 --- a/posts/2023-digit-hum/index.qmd +++ /dev/null @@ -1,28 +0,0 @@ ---- -title: "Atelier Digit_Hum 2023" -description: "Retour d'expérience sur le développement de packages R en archéologie lors de la journée d'étude sur les humanités numériques de l'ENS." -slug: digit-hum-2023 -lang: fr-FR -categories: - - presentation -author: - - name: Nicolas Frerebeau - affiliation: Archéosciences Bordeaux (UMR 6034) - orcid: 0000-0001-5759-4944 -date: 2023-10-12 -bibliography: references.bib -citation: - type: speech - genre: talk - event-title: "Atelier Digit_Hum 2023" - event-place: "Paris, France" - container-title: "Programmer en SHS" - title: "R en archéologie : la révolution n'aura pas lieu" - event-date: 2023-10-12 - language: fr - url: https://hal.science/hal-04261141 ---- - -Au regard des liens étroits qu'elle entretient avec les mathématiques depuis la fin du XIX^e^ siècle, et avec l'informatique depuis le dernier quart du XX^e^ siècle, l'archéologie pourrait apparaitre comme un espace privilégié pour l'adoption de nouvelles pratiques numériques. Au début de la décennie, @schmidt2020 s'interrogeaient ainsi sur le rôle des méthodes numériques dans le développement de l'archéologie, notamment en termes de transparence et de reproductibilité de la recherche. Loin d'une révolution, les auteurs soulignent la lente transformation des pratiques, induite par l'usage des langages de script et de la programmation lettrée. - -Partant d'un rapide tour d'horizon du contexte français, en termes d'enseignement et de recherche, cette contribution propose un retour d’expérience sur le développement de packages R en archéologie. En s'appuyant sur le projet **tesselle**, il s'agira de discuter les usages, les facteurs limitants et les évolutions possibles. diff --git a/posts/2023-digit-hum/references.bib b/posts/2023-digit-hum/references.bib deleted file mode 100644 index ad5658f..0000000 --- a/posts/2023-digit-hum/references.bib +++ /dev/null @@ -1,13 +0,0 @@ -@article{schmidt2020, - title = {Tool-{{Driven Revolutions}} in {{Archaeological Science}}}, - author = {Schmidt, Sophie C. and Marwick, Ben}, - date = {2020}, - journaltitle = {Journal of Computer Applications in Archaeology}, - volume = {3}, - number = {1}, - pages = {18--32}, - issn = {2514-8362}, - doi = {10.5334/jcaa.29}, - langid = {english}, - keywords = {archéologie,R,reproductibilité} -} diff --git a/posts/2024-sig-ssla/index.qmd b/posts/2024-sig-ssla/index.qmd deleted file mode 100644 index 3a15009..0000000 --- a/posts/2024-sig-ssla/index.qmd +++ /dev/null @@ -1,19 +0,0 @@ ---- -title: "Scientific Scripting Languages in Archaeology" -description: "Presentation of the tesselle project at the monthly meeting of the CAA Special Interest Group on Scientific Scripting Languages in Archaeology." -slug: sig-ssla-2025 -categories: - - presentation -author: - - name: Nicolas Frerebeau - affiliation: Archéosciences Bordeaux (UMR 6034) - orcid: 0000-0001-5759-4944 -date: 2024-06-05 -citation: false ---- - -The **tesselle** project will be presented at the June meeting of the [CAA International](https://caa-international.org/) [Special Interest Group](https://caa-international.org/special-interest-groups) on [Scientific Scripting Languages in Archaeology](https://sslarch.github.io/). - -The meeting will be held online on June 05, 2025 at 5pm CET. - - diff --git a/posts/_metadata.yml b/posts/_metadata.yml deleted file mode 100644 index b1e6851..0000000 --- a/posts/_metadata.yml +++ /dev/null @@ -1,24 +0,0 @@ -# options specified here will apply to all posts in this folder - -# freeze computational output -# (see https://quarto.org/docs/projects/code-execution.html#freeze) -freeze: true - -# Enable banner style title blocks -title-block-banner: true - -# Enable CC licence appendix -license: "CC BY" - -# Default for table of contents -toc: true -toc-location: left - -# Default knitr options -execute: - echo: true - message: true - warning: true - -# Default fields for citation -citation: true diff --git a/posts/index.qmd b/posts/index.qmd deleted file mode 100644 index 5299c11..0000000 --- a/posts/index.qmd +++ /dev/null @@ -1,20 +0,0 @@ ---- -title: Blog -description: | - Hear the latest about the **tesselle** packages. -listing: - id: posts - contents: - - "*.qmd" - type: default - sort: "date desc" - categories: true - sort-ui: true - filter-ui: true - feed: true -citation: false -page-layout: full ---- - -::: {#posts} -::: diff --git a/use.qmd b/use.qmd index f07ccf3..87b062e 100644 --- a/use.qmd +++ b/use.qmd @@ -29,6 +29,22 @@ library("tesselle") These core packages can be used to explore and analyze common data types in archaeology: count data ([`tabula`](https://packages.tesselle.org/tabula/)), compositional data ([`nexus`](https://packages.tesselle.org/nexus/)) and chronological data ([`kairos`](https://packages.tesselle.org/nexus/)). +Thanks to the [R-universe](https://ropensci.org/r-universe/) project powered by [rOpenSci](https://ropensci.org), **tesselle** has its own CRAN-like repository: [**tesselle.r-universe.dev**](https://tesselle.r-universe.dev). This repository allows to install all versions and non-CRAN packages (e.g. WIP packages and large data packages). If you want to download and install a package from it, simply use `install.packages()` and specify the repository URL: + +``` r +## Install a package from the 'tesselle' universe +install.packages("tabula", repos = "https://tesselle.r-universe.dev") +``` + +``` r +## Enable the repository globally +options(repos = c(tesselle = "https://tesselle.r-universe.dev", + CRAN = "https://cloud.r-project.org")) + +## Install some packages +install.packages(c("tabula", "kairos")) +``` + ## How to cite If you use the **tesselle** packages in your publications, you must report and cite them properly (as with any other research software) to ensure transparency and reproducibility of your results. By doing so, published results are linked to a particular version of the software, ensuring traceability in case an error is discovered later.