ShadeDist

function h = ShadeDist(x, y, C, alfa, SEM, shadeSEM, soloplot)
% h = ShadeDist(x, y, C, alfa, SEM, shadeSEM, soloplot)
%
% plot of x,y with color C and transparency alfa (usar alfa=0.5 para empezar)
% y suele ser una matriz de length(x) X n donde n es el número de réplicas
% plots the entire distribution with transparency and the non-transparent line with mean and
% SEM or the prefferred error (see below)
%
% SEM indica qué poner como barra de error en cada punto
% SEM = 0; usa los valores máximo y mínimo
% SEM = 1; usa el error estándar de la media
% SEM = 2; intervalos de confianza del 95% =1.96SEM
% SEM = 4; solo linea de la media sin error
%
% shadeSEM indica qué usar para hacer la sombra alrededor de la media
% shadeSEM = 0; usa los valores máximo y mínimo
% shadeSEM = 1; usa el error estándar de la media
% shadeSEM = 2; intervalos de confianza del 95% =1.96SEM
%
% soloplot = 1; solo los contornos
% soloplot = 0; Sombra coloreada
% soloplot = 2; sin sombra y sin contorno
%
% C tiene que estar en formato [R G B] p ej [0.5 .1 1]
%

if nargin < 5 %para asignar valores por default
    SEM = 0;
    shadeSEM = 0;
    soloplot=0;
elseif nargin < 6
    shadeSEM = 0;
    soloplot=0;
elseif nargin<7;
    soloplot=0;
end
    desv=nanstd(y);
	sterr= desv./sum(not(isnan(y))).^(1/2);
    media=nanmean(y);

    if shadeSEM==0
        minY=min(y);
        maxY=max(y);
    elseif shadeSEM==1
        minY=media-sterr;
        maxY=media+sterr;
    elseif shadeSEM==2
        minY=media-((sterr*1.96));
        maxY=media+((sterr*1.96));
    end
    
    if soloplot ==1
            plot([x fliplr(x)],[minY fliplr(maxY)], '-', 'color',C*.8)
            hold on
    elseif soloplot==2

    else
        %a=fill([x fliplr(x)],[minY fliplr(maxY)],C, 'edgecolor','none');
        a=patch([x fliplr(x)],[minY fliplr(maxY)],C, 'edgecolor','none');
    %    h=fill([x x],[min(y) max(y)], C); %así funcionaba para la s antigua antes de hacer
    %    curvas de muerte
        set(a,'faceAlpha', alfa)        
        hold on
    end
    
    if SEM == 0
        h=PlotConError(x, media, media+desv./2, media-desv./2, C, 'o-',3,.001 );
    elseif SEM ==1
        h=PlotConError(x, media, media+sterr./2, media-sterr./2, C, 'o-',3,.001 );
    elseif SEM == 2
        h=PlotConError(x, media, media+((sterr*1.96)./2), media-((sterr*1.96)./2), C, 'o',3,.01 );
    elseif SEM==4
        h=plot(x, media, 'o-', 'color', C,  'markersize',3);
        hold on
    end    
end