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include $(SRC_DIRECTORY)/David/Makefile.include
INCLUDE = -I. $(BIC_PL_INCLUDE) $(DLIB_INCLUDE)
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LIBS = $(BIC_PL_LIBS)
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$(CC) $(LFLAGS) roidis_to_display.o $(LIBS) -o $@
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###########################################################################
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$(CC) $(LFLAGS) dump_mesh.o $(LIBS) -o $@
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$(CC) $(LFLAGS) make_edge_points.o $(LIBS) -o $@
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$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) make_edge_points.ln $(LINT_LIBS)
###########################################################################
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$(CC) $(LFLAGS) make_gradient_volume.o $(LIBS) -o $@
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$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) make_gradient_volume.ln $(LINT_LIBS)
###########################################################################
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$(CC) $(LFLAGS) make_gradient_arrows.o $(LIBS) -o $@
lint_make_gradient_arrows: make_gradient_arrows.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) make_gradient_arrows.ln $(LINT_LIBS)
###########################################################################
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$(CC) $(LFLAGS) zoom_gradient.o $(LIBS) -o $@
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###########################################################################
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$(CC) $(LFLAGS) create_sphere.o $(LIBS) -o $@
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$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) create_sphere.ln $(LINT_LIBS)
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$(CC) $(LFLAGS) create_ellipse.o $(LIBS) -o $@
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$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) create_ellipse.ln $(LINT_LIBS)
###########################################################################
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$(CC) $(LFLAGS) create_tetra.o sp.o poly_neighs.o $(LIBS) -o $@
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$(CC) $(LFLAGS) create_tetra.o $(LIBS) -o $@
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$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) create_tetra.ln $(LINT_LIBS)
###########################################################################
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$(CC) $(LFLAGS) subdivide_polygons.o poly_neighs.o sp.o $(LIBS) -o $@
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$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) subdivide_polygons.ln $(LINT_LIBS)
###########################################################################
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$(CC) $(LFLAGS) read_write.o make_normals.o $(LIBS) -o $@
lint_make_normals: read_write.ln make_normals.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) read_write.ln make_normals.ln $(LINT_LIBS)
###########################################################################
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$(CC) $(LFLAGS) smooth_normals.o $(LIBS) -o $@
lint_smooth_normals: smooth_normals.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) smooth_normals.ln $(LINT_LIBS)
###########################################################################
half_polygons: half_polygons.o
$(CC) $(LFLAGS) half_polygons.o $(LIBS) -o $@
lint_half_polygons: half_polygons.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) half_polygons.ln $(LINT_LIBS)
###########################################################################
deform_surface: deform_surface.o
$(CC) $(LFLAGS) deform_surface.o $(LIBS) -o $@
deform_surface-O3: deform_surface.u
$(CC) -O3 $(LFLAGS) deform_surface.u $(LIBS-O3) -o $@
lint_deform_surface: deform_surface.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) deform_surface.ln $(LINT_LIBS)
###########################################################################
transform_objects: transform_objects.o
$(CC) $(LFLAGS) transform_objects.o $(LIBS) -o $@
lint_transform_objects: transform_objects.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) transform_objects.ln $(LINT_LIBS) $(MODULES)/lint/llib-lgeometry.ln
###########################################################################
rotate_objects: rotate_objects.o
$(CC) $(LFLAGS) rotate_objects.o $(LIBS) -o $@
lint_rotate_objects: rotate_objects.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) rotate_objects.ln $(LINT_LIBS)
###########################################################################
transform_to_world: transform_to_world.o
$(CC) $(LFLAGS) transform_to_world.o \
$(MODULES)/libgeometry.a $(LIBS) -o $@
lint_transform_to_world: transform_to_world.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) transform_to_world.ln $(LINT_LIBS) $(MODULES)/lint/llib-lgeometry.ln
###########################################################################
evaluate: evaluate.o
$(CC) $(LFLAGS) evaluate.o $(LIBS) -o $@
lint_evaluate: evaluate.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) evaluate.ln $(LINT_LIBS)
###########################################################################
voxelate_landmarks: voxelate_landmarks.o
$(CC) $(LFLAGS) voxelate_landmarks.o $(LIBS) -o $@
lint_voxelate_landmarks: voxelate_landmarks.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) voxelate_landmarks.ln \
$(LINT_LIBS)
###########################################################################
fit_line: fit_line.o
$(CC) $(LFLAGS) fit_line.o $(LIBS) -o $@
lint_fit_line: fit_line.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) fit_line.ln $(LINT_LIBS)
###########################################################################
copy_colours: copy_colours.o
$(CC) $(LFLAGS) copy_colours.o $(LIBS) -o $@
lint_copy_colours: copy_colours.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) copy_colours.ln $(LINT_LIBS)
###########################################################################
ascii_binary: ascii_binary.o
$(CC) $(LFLAGS) ascii_binary.o $(LIBS) -o $@
ascii_binary-O3: ascii_binary.u
$(CC) -O3 $(LFLAGS) ascii_binary.u $(LIBS-O3) -o $@
lint_ascii_binary: ascii_binary.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) ascii_binary.ln $(LINT_LIBS)
###########################################################################
make_labels: make_labels.o
$(CC) $(LFLAGS) make_labels.o $(LIBS) -o $@
lint_make_labels: make_labels.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) make_labels.ln $(LINT_LIBS)
###########################################################################
examine_polygons: examine_polygons.o
$(CC) $(LFLAGS) examine_polygons.o $(LIBS) -o $@
lint_examine_polygons: examine_polygons.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) examine_polygons.ln \
$(LINT_LIBS)
###########################################################################
create_landmark_volume: create_landmark_volume.o
$(CC) $(LFLAGS) create_landmark_volume.o $(LIBS) -o $@
lint_create_landmark_volume: create_landmark_volume.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) create_landmark_volume.ln \
$(LINT_LIBS)
###########################################################################
create_landmark_full_volume: create_landmark_full_volume.o get_filenames.o
$(CC) $(LFLAGS) create_landmark_full_volume.o get_filenames.o $(LIBS) -o $@
lint_create_landmark_full_volume: create_landmark_full_volume.ln get_filenames.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) create_landmark_full_volume.ln get_filenames.ln \
$(LINT_LIBS)
###########################################################################
colour_curvature: colour_curvature.o
$(CC) $(LFLAGS) colour_curvature.o $(LIBS) -o $@
lint_colour_curvature: colour_curvature.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) colour_curvature.ln \
$(MODULES)/lint/llib-lgeometry.ln \
$(LINT_LIBS)
###########################################################################
extract_points: extract_points.o
$(CC) $(LFLAGS) extract_points.o $(LIBS) -o $@
lint_extract_points: extract_points.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) extract_points.ln $(LINT_LIBS)
###########################################################################
dilate_volume: dilate_volume.o
$(CC) $(LFLAGS) dilate_volume.o $(LIBS) -o $@
lint_dilate_volume: dilate_volume.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) dilate_volume.ln $(LINT_LIBS)
###########################################################################
left_minus_right: left_minus_right.o
$(CC) $(LFLAGS) left_minus_right.o $(LIBS) -o $@
lint_left_minus_right: left_minus_right.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) left_minus_right.ln $(LINT_LIBS)
###########################################################################
count_tags: count_tags.o
$(CC) $(LFLAGS) count_tags.o $(LIBS) -o $@
lint_count_tags: count_tags.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) count_tags.ln $(LINT_LIBS)
###########################################################################
count_region: count_region.o
$(CC) $(LFLAGS) count_region.o $(LIBS) -o $@
lint_count_region: count_region.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) count_region.ln $(LINT_LIBS)
###########################################################################
create_volume: create_volume.o
$(CC) $(LFLAGS) create_volume.o $(LIBS) -o $@
lint_create_volume: create_volume.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) create_volume.ln $(LINT_LIBS)
###########################################################################
transform_tags: transform_tags.o
$(CC) $(LFLAGS) transform_tags.o $(LIBS) -o $@
lint_transform_tags: transform_tags.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) transform_tags.ln $(LINT_LIBS)
###########################################################################
tag_statistics: tag_statistics.o
$(CC) $(LFLAGS) tag_statistics.o $(LIBS) -o $@
lint_tag_statistics: tag_statistics.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) tag_statistics.ln $(LINT_LIBS)
###########################################################################
remove_singles: remove_singles.o
$(CC) $(LFLAGS) remove_singles.o $(LIBS) -o $@
lint_remove_singles: remove_singles.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) remove_singles.ln $(LINT_LIBS)
###########################################################################
frequencies: frequencies.o
$(CC) $(LFLAGS) frequencies.o $(LIBS) -o $@
lint_frequencies: frequencies.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) frequencies.ln $(LINT_LIBS)
###########################################################################
matrix1: matrix1.o
$(CC) $(LFLAGS) matrix1.o $(LIBS) -o $@
lint_matrix1: matrix1.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) matrix1.ln $(LINT_LIBS)
###########################################################################
check_tags: check_tags.o
$(CC) $(LFLAGS) check_tags.o $(LIBS) -o $@
lint_check_tags: check_tags.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) check_tags.ln $(LINT_LIBS)
###########################################################################
find_interruptions: find_interruptions.o
$(CC) $(LFLAGS) find_interruptions.o $(LIBS) -o $@
lint_find_interruptions: find_interruptions.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) find_interruptions.ln $(LINT_LIBS)
###########################################################################
surface_mask: surface_mask.o
$(CC) $(LFLAGS) surface_mask.o $(LIBS) -o $@
surface_mask-O3: surface_mask.u
$(CC) -O3 $(LFLAGS) surface_mask.u $(LIBS-O3) -o $@
surface_mask2: surface_mask2.o
$(CC) $(LFLAGS) surface_mask2.o $(LIBS) -o $@
surface_mask2-O3: surface_mask2.u
$(CC) -O3 $(LFLAGS) surface_mask2.u $(LIBS-O3) -o $@
lint_surface_mask: surface_mask.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) surface_mask.ln $(LINT_LIBS)
###########################################################################
tag_mask: tag_mask.o
$(CC) $(LFLAGS) tag_mask.o $(LIBS) -o $@
lint_tag_mask: tag_mask.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) tag_mask.ln $(LINT_LIBS)
###########################################################################
add_surfaces: add_surfaces.o
$(CC) $(LFLAGS) add_surfaces.o $(LIBS) -o $@
lint_add_surfaces: add_surfaces.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) add_surfaces.ln $(LINT_LIBS)
###########################################################################
remove_tags: remove_tags.o
$(CC) $(LFLAGS) remove_tags.o $(LIBS) -o $@
lint_remove_tags: remove_tags.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) remove_tags.ln $(LINT_LIBS)
###########################################################################
diff_points: diff_points.o
$(CC) $(LFLAGS) diff_points.o $(LIBS) -o $@
lint_diff_points: diff_points.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) diff_points.ln $(LINT_LIBS)
###########################################################################
stats_tag_file: stats_tag_file.o
$(CC) $(LFLAGS) stats_tag_file.o $(LIBS) -o $@
lint_stats_tag_file: stats_tag_file.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) stats_tag_file.ln $(LINT_LIBS)
###########################################################################
make_slice_volume: make_slice_volume.o
$(CC) $(LFLAGS) make_slice_volume.o $(LIBS) -o $@
lint_make_slice_volume: make_slice_volume.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) make_slice_volume.ln $(LINT_LIBS)
###########################################################################
create_ellipsoids: create_ellipsoids.o
$(CC) $(LFLAGS) create_ellipsoids.o \
$(MODULES)/libgeometry.a \
$(LIBS) -o $@
lint_create_ellipsoids: create_ellipsoids.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) create_ellipsoids.ln $(LINT_LIBS)
###########################################################################
volume_colour: volume_colour.o
$(CC) $(LFLAGS) volume_colour.o $(LIBS) -o $@
lint_volume_colour: volume_colour.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) volume_colour.ln $(LINT_LIBS)
###########################################################################
cards: cards.o
$(CC) $(LFLAGS) cards.o $(LIBS) -o $@
lint_cards: cards.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) cards.ln $(LINT_LIBS)
###########################################################################
lmk_to_tag: lmk_to_tag.o
$(CC) $(LFLAGS) lmk_to_tag.o $(LIBS) -o $@
lint_lmk_to_tag: lmk_to_tag.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) lmk_to_tag.ln $(LINT_LIBS)
###########################################################################
histogram_volume: histogram_volume.o
$(CC) $(LFLAGS) histogram_volume.o $(LIBS) -o $@
histogram_volume-O3: histogram_volume.u
$(CC) -O3 $(LFLAGS) histogram_volume.u $(LIBS-O3) -o $@
lint_histogram_volume: histogram_volume.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) histogram_volume.ln $(LINT_LIBS)
histogram_volume2: histogram_volume2.o
$(CC) $(LFLAGS) histogram_volume2.o $(LIBS) -o $@
histogram_volume2-O3: histogram_volume2.u
$(CC) -O3 $(LFLAGS) histogram_volume2.u $(LIBS-O3) -o $@
###########################################################################
make_slice: make_slice.o
$(CC) $(LFLAGS) make_slice.o $(LIBS) -o $@
lint_make_slice: make_slice.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) make_slice.ln $(LINT_LIBS)
###########################################################################
test_map: test_map.o
$(CC) $(LFLAGS) test_map.o $(MODULES)/libgeometry.a $(LIBS) -o $@
lint_test_map: test_map.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) test_map.ln \
$(LINT_LIBS) $(MODULES)/lint/llib-lgeometry.ln
###########################################################################
basic_stats: basic_stats.o
$(CC) $(LFLAGS) basic_stats.o $(MODULES)/libnumerical.a $(LIBS) \
-o $@
lint_basic_stats: basic_stats.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) basic_stats.ln $(MODULES)/lint/llib-lnumerical.ln \
$(LINT_LIBS)
###########################################################################
find_vertex: find_vertex.o
$(CC) $(LFLAGS) find_vertex.o $(LIBS) -o $@
lint_find_vertex: find_vertex.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) find_vertex.ln $(LINT_LIBS)
###########################################################################
compare_volumes: compare_volumes.o
$(CC) $(LFLAGS) compare_volumes.o $(LIBS) -o $@
lint_compare_volumes: compare_volumes.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) compare_volumes.ln $(LINT_LIBS)
###########################################################################
extract_sulci: extract_sulci.o
$(CC) $(LFLAGS) extract_sulci.o $(LIBS) -o $@
lint_extract_sulci: extract_sulci.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) extract_sulci.ln $(LINT_LIBS)
###########################################################################
mask_volume: mask_volume.o
$(CC) $(LFLAGS) mask_volume.o $(LIBS) -o $@
lint_mask_volume: mask_volume.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) mask_volume.ln $(LINT_LIBS)
###########################################################################
vol2roi: vol2roi.o
$(CC) $(LFLAGS) vol2roi.o $(LIBS) -o $@
lint_vol2roi: vol2roi.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) vol2roi.ln $(LINT_LIBS)
###########################################################################
tubify: tubify.o
$(CC) $(LFLAGS) tubify.o $(MODULES)/libgeometry.a $(LIBS) -o $@
lint_tubify: tubify.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) tubify.ln $(MODULES)/lint/llib-lgeometry.ln \
$(LINT_LIBS)
###########################################################################
polygon_map: polygon_map.o
$(CC) $(LFLAGS) polygon_map.o $(LIBS) -o $@
polygon_map-O3: polygon_map.u
$(CC) -O3 $(LFLAGS) polygon_map.u $(LIBS-O3) -o $@
lint_polygon_map: polygon_map.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) polygon_map.ln $(LINT_LIBS)
###########################################################################
polygons_to_lines: polygons_to_lines.o
$(CC) $(LFLAGS) polygons_to_lines.o \
$(LIBS) -o $@
lint_polygons_to_lines: polygons_to_lines.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) polygons_to_lines.ln $(LINT_LIBS)
###########################################################################
plane_polygon_intersect: plane_polygon_intersect.o
$(CC) $(LFLAGS) plane_polygon_intersect.o \
$(LIBS) -o $@
lint_plane_polygon_intersect: plane_polygon_intersect.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) plane_polygon_intersect.ln $(LINT_LIBS)
###########################################################################
set_line_width: set_line_width.o
$(CC) $(LFLAGS) set_line_width.o $(LIBS) -o $@
lint_set_line_width: set_line_width.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) set_line_width.ln $(LINT_LIBS)
###########################################################################
obj_to_rgb: obj_to_rgb.o
$(CC) $(LFLAGS) obj_to_rgb.o $(LIBS) -o $@
lint_obj_to_rgb: obj_to_rgb.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) obj_to_rgb.ln $(LINT_LIBS)
###########################################################################
set_object_opacity: set_object_opacity.o
$(CC) $(LFLAGS) set_object_opacity.o $(LIBS) -o $@
lint_set_object_opacity: set_object_opacity.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) set_object_opacity.ln $(LINT_LIBS)
###########################################################################
set_object_colour: set_object_colour.o
$(CC) $(LFLAGS) set_object_colour.o $(LIBS) -o $@
lint_set_object_colour: set_object_colour.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) set_object_colour.ln $(LINT_LIBS)
###########################################################################
clip_tags: clip_tags.o
$(CC) $(LFLAGS) clip_tags.o $(LIBS) -o $@
lint_clip_tags: clip_tags.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) clip_tags.ln $(LINT_LIBS)
###########################################################################
tagtominc: tagtominc.o
$(CC) $(LFLAGS) tagtominc.o $(LIBS) -o $@
lint_tagtominc: tagtominc.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) tagtominc.ln $(LINT_LIBS)
###########################################################################
minctotag: minctotag.o
$(CC) $(LFLAGS) minctotag.o $(LIBS) -o $@
lint_minctotag: minctotag.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) minctotag.ln $(LINT_LIBS)
###########################################################################
average_voxels: average_voxels.o
$(CC) $(LFLAGS) average_voxels.o $(LIBS) -o $@
lint_average_voxels: average_voxels.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) average_voxels.ln $(LINT_LIBS)
###########################################################################
change_image_colour: change_image_colour.o
$(CC) $(LFLAGS) change_image_colour.o $(LIBS) -o $@
lint_change_image_colour: change_image_colour.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) change_image_colour.ln $(LINT_LIBS)
###########################################################################
dump_tal: dump_tal.o
$(CC) $(LFLAGS) dump_tal.o $(LIBS) -o $@
lint_dump_tal: dump_tal.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) dump_tal.ln $(LINT_LIBS)
###########################################################################
test_arrays: test_arrays.o
$(CC) $(LFLAGS) test_arrays.o $(LIBS) -o $@
lint_test_arrays: test_arrays.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) test_arrays.ln $(LINT_LIBS)
###########################################################################
clip_polygons: clip_polygons.o
$(CC) $(LFLAGS) clip_polygons.o $(LIBS) -o $@
lint_clip_polygons: clip_polygons.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) clip_polygons.ln $(LINT_LIBS)
###########################################################################
polygon_volume: polygon_volume.o
$(CC) $(LFLAGS) polygon_volume.o $(LIBS) -o $@
lint_polygon_volume: polygon_volume.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) polygon_volume.ln $(LINT_LIBS)
###########################################################################
segment_callosum: segment_callosum.o
$(CC) $(LFLAGS) segment_callosum.o $(LIBS) -o $@
lint_segment_callosum: segment_callosum.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) segment_callosum.ln $(LINT_LIBS)
###########################################################################
add_labels: add_labels.o
$(CC) $(LFLAGS) add_labels.o $(LIBS) -o $@
lint_add_labels: add_labels.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) add_labels.ln $(LINT_LIBS)
###########################################################################
lookup_labels: lookup_labels.o
$(CC) $(LFLAGS) lookup_labels.o $(LIBS) -o $@
lint_lookup_labels: lookup_labels.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) lookup_labels.ln $(LINT_LIBS)
###########################################################################
cluster_volume: cluster_volume.o
$(CC) $(LFLAGS) cluster_volume.o $(LIBS) -o $@
lint_cluster_volume: cluster_volume.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) cluster_volume.ln $(LINT_LIBS)
###########################################################################
test_dynamic: test_dynamic.o
$(CC) $(LFLAGS) test_dynamic.o $(LIBS) -o $@
lint_test_dynamic: test_dynamic.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) test_dynamic.ln $(LINT_LIBS)
###########################################################################
make_backdrop: make_backdrop.o
$(CC) $(LFLAGS) make_backdrop.o $(LIBS) -o $@
lint_make_backdrop: make_backdrop.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) make_backdrop.ln $(LINT_LIBS)
###########################################################################
clamp_volume: clamp_volume.o
$(CC) $(LFLAGS) clamp_volume.o $(LIBS) -o $@
clamp_volume-O3: clamp_volume.u
$(CC) -O3 $(LFLAGS) clamp_volume.u $(LIBS-O3) -o $@
lint_clamp_volume: clamp_volume.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) clamp_volume.ln $(LINT_LIBS)
###########################################################################
prof:
prof -quit 2000 -pixie dilate_volume -procedures >&! profiling/procedures
prof -quit 2000 -pixie dilate_volume -heavy >&! profiling/heavy
prof -quit 2000 -pixie dilate_volume -lines >&! profiling/lines
###########################################################################
flip_volume: flip_volume.o
$(CC) $(LFLAGS) flip_volume.o $(LIBS) -o $@
lint_flip_volume: flip_volume.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) flip_volume.ln $(LINT_LIBS)
###########################################################################
normalize_intensity: normalize_intensity.o
$(CC) $(LFLAGS) normalize_intensity.o $(LIBS) -o $@
lint_normalize_intensity: normalize_intensity.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) normalize_intensity.ln $(LINT_LIBS)
###########################################################################
test_view: test_view.o
$(CC) $(LFLAGS) test_view.o $(LIBS) -o $@
lint_test_view: test_view.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) test_view.ln $(LINT_LIBS)
###########################################################################
transform_volume: transform_volume.o
$(CC) $(LFLAGS) transform_volume.o $(LIBS) -o $@
transform_volume-O3: transform_volume.u
$(CC) -O3 $(LFLAGS) transform_volume.u $(LIBS-O3) -o $@
lint_transform_volume: transform_volume.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) transform_volume.ln $(LINT_LIBS)
###########################################################################
box_filter_volume: box_filter_volume.o
$(CC) $(LFLAGS) box_filter_volume.o $(LIBS) -o $@
box_filter_volume-O3: box_filter_volume.u
$(CC) -O3 $(LFLAGS) box_filter_volume.u $(LIBS-O3) -o $@
lint_box_filter_volume: box_filter_volume.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) box_filter_volume.ln $(LINT_LIBS)
prof.box: box_filter_volume.pixie Makefile
prof -quit 100 -pixie -h -p box_filter_volume >&! $@
###########################################################################
box_filter_volume_nd: box_filter_volume_nd.o
$(CC) $(LFLAGS) box_filter_volume_nd.o $(LIBS) -o $@
box_filter_volume_nd-O3: box_filter_volume_nd.u
$(CC) -O3 $(LFLAGS) box_filter_volume_nd.u $(LIBS-O3) -o $@
lint_box_filter_volume_nd: box_filter_volume_nd.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) box_filter_volume_nd.ln $(LINT_LIBS)
box_filter_volume_nd.pixie: box_filter_volume_nd
pixie -o $@ box_filter_volume_nd
prof.box_nd: box_filter_volume_nd.Counts
prof -E MI_convert_type -quit 100 -pixie -h -p box_filter_volume_nd >&! $@
###########################################################################
smooth_lines: smooth_lines.o
$(CC) $(LFLAGS) smooth_lines.o $(LIBS) -o $@
lint_smooth_lines: smooth_lines.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) smooth_lines.ln $(LINT_LIBS)
###########################################################################
count_thresholded_volume: count_thresholded_volume.o
$(CC) $(LFLAGS) count_thresholded_volume.o $(LIBS) -o $@
lint_count_thresholded_volume: count_thresholded_volume.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) count_thresholded_volume.ln $(LINT_LIBS)
###########################################################################
EXTRA = /nil/david/Release/BIC_PL/libbicpl.a \
/nil/david/Release/Volume_io/libvolume_io.a
tagtoxfm.old: tagtoxfm.o
$(CC) $(LFLAGS) tagtoxfm.o $(EXTRA) $(LIBS) -o $@ -lrecipes
tagtoxfm: tagtoxfm.o
$(CC) $(LFLAGS) tagtoxfm.o $(LIBS) -o $@ -lrecipes
lint_tagtoxfm: tagtoxfm.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) tagtoxfm.ln $(LINT_LIBS)
###########################################################################
perspective_solution: perspective_solution.o
$(CC) $(LFLAGS) perspective_solution.o $(LIBS) -o $@
# $(CC) $(LFLAGS) perspective_solution.o -o $@
lint_perspective_solution: perspective_solution.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) perspective_solution.ln $(LINT_LIBS)
###########################################################################
subsample_volume: subsample_volume.o
$(CC) $(LFLAGS) subsample_volume.o $(LIBS) -o $@
lint_subsample_volume: subsample_volume.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) subsample_volume.ln $(LINT_LIBS)
###########################################################################
contour_slice: contour_slice.o
$(CC) $(LFLAGS) contour_slice.o $(LIBS) -o $@
lint_contour_slice: contour_slice.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) contour_slice.ln $(LINT_LIBS)
###########################################################################
test_labels: test_labels.o
$(CC) $(LFLAGS) test_labels.o $(LIBS) -o $@
lint_test_labels: test_labels.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) test_labels.ln $(LINT_LIBS)
###########################################################################
flip_tags: flip_tags.o
$(CC) $(LFLAGS) flip_tags.o $(LIBS) -o $@
lint_flip_tags: flip_tags.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) flip_tags.ln $(LINT_LIBS)
###########################################################################
test_tags: test_tags.o
$(CC) $(LFLAGS) test_tags.o $(LIBS) -o $@
lint_test_tags: test_tags.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) test_tags.ln $(LINT_LIBS)
###########################################################################
tag_volume: tag_volume.o
$(CC) $(LFLAGS) tag_volume.o $(LIBS) -o $@
lint_tag_volume: tag_volume.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) tag_volume.ln $(LINT_LIBS)
###########################################################################
find_tag_outliers: find_tag_outliers.o
$(CC) $(LFLAGS) find_tag_outliers.o $(LIBS) -o $@
lint_find_tag_outliers: find_tag_outliers.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) find_tag_outliers.ln $(LINT_LIBS)
###########################################################################
print_volume_value: print_volume_value.o
$(CC) $(LFLAGS) print_volume_value.o $(LIBS) -o $@
lint_print_volume_value: print_volume_value.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) print_volume_value.ln $(LINT_LIBS)
###########################################################################
create_grid: create_grid.o
$(CC) $(LFLAGS) create_grid.o $(LIBS) -o $@
lint_create_grid: create_grid.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) create_grid.ln $(LINT_LIBS)
###########################################################################
convex_hull: convex_hull.o
$(CC) $(LFLAGS) convex_hull.o $(LIBS) -o $@
lint_convex_hull: convex_hull.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) convex_hull.ln $(LINT_LIBS)
###########################################################################
label_inside_surface: label_inside_surface.o
$(CC) $(LFLAGS) label_inside_surface.o $(LIBS) -o $@
lint_label_inside_surface: label_inside_surface.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) label_inside_surface.ln $(LINT_LIBS)
###########################################################################
find_polygon_containing_point: find_polygon_containing_point.o
$(CC) $(LFLAGS) find_polygon_containing_point.o $(LIBS) -o $@
lint_find_polygon_containing_point: find_polygon_containing_point.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) find_polygon_containing_point.ln $(LINT_LIBS)
###########################################################################
close_surface: close_surface.o
$(CC) $(LFLAGS) close_surface.o $(LIBS) -o $@
lint_close_surface: close_surface.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) close_surface.ln $(LINT_LIBS)
###########################################################################
threshold_volume: threshold_volume.o
$(CC) $(LFLAGS) threshold_volume.o $(LIBS) -o $@
threshold_volume-O3: threshold_volume.u
$(CC) -O3 $(LFLAGS) threshold_volume.u $(LIBS-O3) -o $@
lint_threshold_volume: threshold_volume.ln
$(LINT) -x -u $(LINTFLAGS) threshold_volume.ln $(LINT_LIBS)
###########################################################################
dump_slice: dump_slice.o
$(CC) $(LFLAGS) dump_slice.o $(LIBS) -o $@