forked from pyramidsnail/bioinformatics-algorithms
-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 0
/
Copy pathprot.py
77 lines (75 loc) · 1.54 KB
/
prot.py
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
seq = raw_input().strip()
codon = {'UUU': 'F',
'UUC': 'F',
'UUA': 'L',
'UUG': 'L',
'UCU': 'S',
'UCC': 'S',
'UCA': 'S',
'UCG': 'S',
'UAU': 'Y',
'UAC': 'Y',
'UGU': 'C',
'UGC': 'C',
'UGG': 'W',
'CUU': 'L',
'CUC': 'L',
'CUA': 'L',
'CUG': 'L',
'CCU': 'P',
'CCC': 'P',
'CCA': 'P',
'CCG': 'P',
'CAU': 'H',
'CAC': 'H',
'CAA': 'Q',
'CAG': 'Q',
'CGU': 'R',
'CGG': 'R',
'CGC': 'R',
'CGA': 'R',
'AUU': 'I',
'AUC': 'I',
'AUA': 'I',
'AUG': 'M',
'ACU': 'T',
'ACC': 'T',
'ACA': 'T',
'ACG': 'T',
'AAU': 'N',
'AAC': 'N',
'AAA': 'K',
'AAG': 'K',
'AGU': 'S',
'AGC': 'S',
'AGA': 'R',
'AGG': 'R',
'GUU': 'V',
'GUC': 'V',
'GUA': 'V',
'GUG': 'V',
'GCU': 'A',
'GCC': 'A',
'GCA': 'A',
'GCG': 'A',
'GCU': 'A',
'GAU': 'D',
'GAC': 'D',
'GAA': 'E',
'GAG': 'E',
'GGU': 'G',
'GGC': 'G',
'GGA': 'G',
'GGG': 'G'
}
aa = ''
# for x in range(len(seq)):
# if seq[x:x+3]=='AUG':
for i in range(0, len(seq),3):
if seq[i:i+3] in codon:
aa += codon[seq[i:i+3]]
# else:
# break
# print aa
# break
print aa