[Fea] Add PirateNet and update allen_cahn document (#907)

* Add PiraNet and update allen_cahn document

* fix example code for mlp.py

* rename pira to pirate

* update AIStudio link for allen cahn

Author: HydrogenSulfate

docs/zh/api/arch.md

@@ -8,6 +8,7 @@
         - AMGNet
         - MLP
         - ModifiedMLP
+        - PirateNet
         - DeepONet
         - DeepPhyLSTM
         - LorenzEmbedding

docs/zh/examples/allen_cahn.md

@@ -1,34 +1,46 @@
 # Allen-Cahn
 
-<!-- <a href="TODO" class="md-button md-button--primary" style>AI Studio快速体验</a> -->
+<a href="https://aistudio.baidu.com/projectdetail/7927786" class="md-button md-button--primary" style>AI Studio快速体验</a>
 
 === "模型训练命令"
 
     ``` sh
-    python allen_cahn_default.py
+    # linux
+    wget -nc https://paddle-org.bj.bcebos.com/paddlescience/datasets/AllenCahn/allen_cahn.mat -P ./dataset/
+    # windows
+    # curl https://paddle-org.bj.bcebos.com/paddlescience/datasets/AllenCahn/allen_cahn.mat --output ./dataset/antiderivative_unaligned_train.npz
+    python allen_cahn_piratenet.py
     ```
 
 === "模型评估命令"
 
     ``` sh
-    python allen_cahn_default.py mode=eval EVAL.pretrained_model_path=https://paddle-org.bj.bcebos.com/paddlescience/models/allen_cahn/allen_cahn_default_pretrained.pdparams
+    # linux
+    wget -nc https://paddle-org.bj.bcebos.com/paddlescience/datasets/AllenCahn/allen_cahn.mat -P ./dataset/
+    # windows
+    # curl https://paddle-org.bj.bcebos.com/paddlescience/datasets/AllenCahn/allen_cahn.mat --output ./dataset/antiderivative_unaligned_train.npz
+    python allen_cahn_piratenet.py mode=eval EVAL.pretrained_model_path=https://paddle-org.bj.bcebos.com/paddlescience/models/AllenCahn/allen_cahn_piratenet_pretrained.pdparams
     ```
 
 === "模型导出命令"
 
     ``` sh
-    python allen_cahn_default.py mode=export
+    python allen_cahn_piratenet.py mode=export
     ```
 
 === "模型推理命令"
 
     ``` sh
-    python allen_cahn_default.py mode=infer
+    # linux
+    wget -nc https://paddle-org.bj.bcebos.com/paddlescience/datasets/AllenCahn/allen_cahn.mat -P ./dataset/
+    # windows
+    # curl https://paddle-org.bj.bcebos.com/paddlescience/datasets/AllenCahn/allen_cahn.mat --output ./dataset/antiderivative_unaligned_train.npz
+    python allen_cahn_piratenet.py mode=infer
     ```
 
 | 预训练模型  | 指标 |
 |:--| :--|
-| [allen_cahn_default_pretrained.pdparams](TODO) | TODO |
+| [allen_cahn_piratenet_pretrained.pdparams](https://paddle-org.bj.bcebos.com/paddlescience/models/AllenCahn/allen_cahn_piratenet_pretrained.pdparams) | L2Rel.u: 8.32403e-06 |
 
 ## 1. 背景简介
 
@@ -72,27 +84,27 @@ $$
 ### 3.1 模型构建
 
 在 Allen-Cahn 问题中，每一个已知的坐标点 $(t, x)$ 都有对应的待求解的未知量 $(u)$，
-，在这里使用比较简单的 MLP(Multilayer Perceptron, 多层感知机) 来表示 $(t, x)$ 到 $(u)$ 的映射函数 $f: \mathbb{R}^2 \to \mathbb{R}^1$ ，即：
+，在这里使用 PirateNet 来表示 $(t, x)$ 到 $(u)$ 的映射函数 $f: \mathbb{R}^2 \to \mathbb{R}^1$ ，即：
 
 $$
 u = f(t, x)
 $$
 
-上式中 $f$ 即为 MLP 模型本身，用 PaddleScience 代码表示如下
+上式中 $f$ 即为 PirateNet 模型本身，用 PaddleScience 代码表示如下
 
 ``` py linenums="63"
 --8<--
-examples/allen_cahn/allen_cahn_default.py:63:64
+examples/allen_cahn/allen_cahn_piratenet.py:63:64
 --8<--
 ```
 
 为了在计算时，准确快速地访问具体变量的值，在这里指定网络模型的输入变量名是 `("t", "x")`，输出变量名是 `("u")`，这些命名与后续代码保持一致。
 
-接着通过指定 MLP 的层数、神经元个数，就实例化出了一个拥有 4 层隐藏神经元，每层神经元数为 256 的神经网络模型 `model`，使用 `tanh` 作为激活函数。
+接着通过指定 PirateNet 的层数、神经元个数，就实例化出了一个拥有 3 个 PiraBlock，每个 PiraBlock 的隐层神经元个数为 256 的神经网络模型 `model`， 并且使用 `tanh` 作为激活函数。
 
-``` yaml linenums="35"
+``` yaml linenums="34"
 --8<--
-examples/allen_cahn/conf/allen_cahn_default.yaml:35:41
+examples/allen_cahn/conf/allen_cahn_piratenet.yaml:34:40
 --8<--
 ```
 
@@ -102,7 +114,7 @@ Allen-Cahn 微分方程可以用如下代码表示：
 
 ``` py linenums="66"
 --8<--
-examples/allen_cahn/allen_cahn_default.py:66:67
+examples/allen_cahn/allen_cahn_piratenet.py:66:67
 --8<--
 ```
 
@@ -112,7 +124,7 @@ examples/allen_cahn/allen_cahn_default.py:66:67
 
 ``` py linenums="69"
 --8<--
-examples/allen_cahn/allen_cahn_default.py:69:81
+examples/allen_cahn/allen_cahn_piratenet.py:69:81
 --8<--
 ```
 
@@ -124,7 +136,7 @@ examples/allen_cahn/allen_cahn_default.py:69:81
 
 ``` py linenums="94"
 --8<--
-examples/allen_cahn/allen_cahn_default.py:94:110
+examples/allen_cahn/allen_cahn_piratenet.py:94:110
 --8<--
 ```
 
@@ -139,11 +151,11 @@ examples/allen_cahn/allen_cahn_default.py:94:110
 #### 3.4.2 周期边界约束
 
 此处我们采用 hard-constraint 的方式，在神经网络模型中，对输入数据使用cos、sin等周期函数进行周期化，从而让$u_{\theta}$在数学上直接满足方程的周期性质。
-根据方程可得函数$u(t, x)$在$x$轴上的周期为2，因此将该周期设置到模型配置里即可。
+根据方程可得函数$u(t, x)$在$x$轴上的周期为 2，因此将该周期设置到模型配置里即可。
 
-``` yaml linenums="35"
+``` yaml linenums="41"
 --8<--
-examples/allen_cahn/conf/allen_cahn_default.yaml:35:43
+examples/allen_cahn/conf/allen_cahn_piratenet.yaml:41:42
 --8<--
 ```
 
@@ -153,25 +165,25 @@ examples/allen_cahn/conf/allen_cahn_default.yaml:35:43
 
 ``` py linenums="112"
 --8<--
-examples/allen_cahn/allen_cahn_default.py:112:125
+examples/allen_cahn/allen_cahn_piratenet.py:112:125
 --8<--
 ```
 
 在微分方程约束、初值约束构建完毕之后，以刚才的命名为关键字，封装到一个字典中，方便后续访问。
 
 ``` py linenums="126"
 --8<--
-examples/allen_cahn/allen_cahn_default.py:126:130
+examples/allen_cahn/allen_cahn_piratenet.py:126:130
 --8<--
 ```
 
 ### 3.5 超参数设定
 
-接下来需要指定训练轮数和学习率，此处按实验经验，使用 200 轮训练轮数，0.001 的初始学习率。
+接下来需要指定训练轮数和学习率，此处按实验经验，使用 300 轮训练轮数，0.001 的初始学习率。
 
-``` yaml linenums="51"
+``` yaml linenums="50"
 --8<--
-examples/allen_cahn/conf/allen_cahn_default.yaml:51:73
+examples/allen_cahn/conf/allen_cahn_piratenet.yaml:50:63
 --8<--
 ```
 
@@ -181,7 +193,7 @@ examples/allen_cahn/conf/allen_cahn_default.yaml:51:73
 
 ``` py linenums="132"
 --8<--
-examples/allen_cahn/allen_cahn_default.py:132:136
+examples/allen_cahn/allen_cahn_piratenet.py:132:136
 --8<--
 ```
 
@@ -191,7 +203,7 @@ examples/allen_cahn/allen_cahn_default.py:132:136
 
 ``` py linenums="138"
 --8<--
-examples/allen_cahn/allen_cahn_default.py:138:156
+examples/allen_cahn/allen_cahn_piratenet.py:138:156
 --8<--
 ```
 
@@ -201,15 +213,15 @@ examples/allen_cahn/allen_cahn_default.py:138:156
 
 ``` py linenums="158"
 --8<--
-examples/allen_cahn/allen_cahn_default.py:158:194
+examples/allen_cahn/allen_cahn_piratenet.py:158:184
 --8<--
 ```
 
 ## 4. 完整代码
 
-``` py linenums="1" title="allen_cahn_default.py"
+``` py linenums="1" title="allen_cahn_piratenet.py"
 --8<--
-examples/allen_cahn/allen_cahn_default.py
+examples/allen_cahn/allen_cahn_piratenet.py
 --8<--
 ```
 
@@ -218,12 +230,13 @@ examples/allen_cahn/allen_cahn_default.py
 在计算域上均匀采样出 $201\times501$ 个点，其预测结果和解析解如下图所示。
 
 <figure markdown>
-  ![allen_cahn_default.jpg](https://paddle-org.bj.bcebos.com/paddlescience/docs/AllenCahn/allen_cahn_default.png){ loading=lazy }
+  ![allen_cahn_piratenet.jpg](https://paddle-org.bj.bcebos.com/paddlescience/docs/AllenCahn/allen_cahn_piratenet_ac.png){ loading=lazy }
   <figcaption> 左侧为 PaddleScience 预测结果，中间为解析解结果，右侧为两者的差值</figcaption>
 </figure>
 
 可以看到对于函数$u(t, x)$，模型的预测结果和解析解的结果基本一致。
 
 ## 6. 参考资料
 
+- [PIRATENETS: PHYSICS-INFORMED DEEP LEARNING WITHRESIDUAL ADAPTIVE NETWORKS](https://arxiv.org/pdf/2402.00326.pdf)
 - [Allen-Cahn equation](https://github.com/PredictiveIntelligenceLab/jaxpi/blob/main/examples/allen_cahn/README.md)

examples/allen_cahn/allen_cahn_causal.py

@@ -271,12 +271,12 @@ def inference(cfg: DictConfig):
 
     input_dict = {"t": tx_star[:, 0:1], "x": tx_star[:, 1:2]}
     output_dict = predictor.predict(input_dict, cfg.INFER.batch_size)
+    # mapping data to cfg.INFER.output_keys
     output_dict = {
         store_key: output_dict[infer_key]
         for store_key, infer_key in zip(cfg.MODEL.output_keys, output_dict.keys())
     }
     u_pred = output_dict["u"].reshape([len(t_star), len(x_star)])
-    # mapping data to cfg.INFER.output_keys
 
     plot(t_star, x_star, u_ref, u_pred, cfg.output_dir)
 

examples/allen_cahn/allen_cahn_default.py

@@ -159,19 +159,9 @@ def gen_label_batch(input_batch):
     solver = ppsci.solver.Solver(
         model,
         constraint,
-        cfg.output_dir,
-        optimizer,
-        epochs=cfg.TRAIN.epochs,
-        iters_per_epoch=cfg.TRAIN.iters_per_epoch,
-        save_freq=cfg.TRAIN.save_freq,
-        log_freq=cfg.log_freq,
-        eval_during_train=True,
-        eval_freq=cfg.TRAIN.eval_freq,
+        optimizer=optimizer,
         equation=equation,
         validator=validator,
-        pretrained_model_path=cfg.TRAIN.pretrained_model_path,
-        checkpoint_path=cfg.TRAIN.checkpoint_path,
-        eval_with_no_grad=cfg.EVAL.eval_with_no_grad,
         loss_aggregator=mtl.GradNorm(
             model,
             len(constraint),
@@ -226,11 +216,9 @@ def evaluate(cfg: DictConfig):
     # initialize solver
     solver = ppsci.solver.Solver(
         model,
-        output_dir=cfg.output_dir,
         log_freq=cfg.log_freq,
         validator=validator,
-        pretrained_model_path=cfg.EVAL.pretrained_model_path,
-        eval_with_no_grad=cfg.EVAL.eval_with_no_grad,
+        cfg=cfg,
     )
 
     # evaluate after finished training
@@ -250,10 +238,7 @@ def export(cfg: DictConfig):
     model = ppsci.arch.MLP(**cfg.MODEL)
 
     # initialize solver
-    solver = ppsci.solver.Solver(
-        model,
-        pretrained_model_path=cfg.INFER.pretrained_model_path,
-    )
+    solver = ppsci.solver.Solver(model, cfg=cfg)
     # export model
     from paddle.static import InputSpec
 
@@ -275,12 +260,12 @@ def inference(cfg: DictConfig):
 
     input_dict = {"t": tx_star[:, 0:1], "x": tx_star[:, 1:2]}
     output_dict = predictor.predict(input_dict, cfg.INFER.batch_size)
+    # mapping data to cfg.INFER.output_keys
     output_dict = {
         store_key: output_dict[infer_key]
         for store_key, infer_key in zip(cfg.MODEL.output_keys, output_dict.keys())
     }
     u_pred = output_dict["u"].reshape([len(t_star), len(x_star)])
-    # mapping data to cfg.INFER.output_keys
 
     plot(t_star, x_star, u_ref, u_pred, cfg.output_dir)