[No.203]Workflow を新しいIDでcopy する機能 #496
Conversation
…o into develop-main
…o into develop-main
frontend/src/components/Workspace/Experiment/ExperimentTable.tsx
Outdated
Show resolved
Hide resolved
frontend/src/components/Workspace/Experiment/ExperimentTable.tsx
Outdated
Show resolved
Hide resolved
| with open(expt_filepath, "r") as f: | ||
| config = yaml.safe_load(f) | ||
|
|
||
| config["unique_id"] = new_unique_id |
There was a problem hiding this comment.
更新箇所はここだけでよい？
→ experiment.yaml の中を確認すると、IDの更新漏れはないか？
There was a problem hiding this comment.
私の認識だと、こちらだけで大丈夫かと思います。
一応Outputフォルダーの中にunique_idで検索すると、Experiment Yamlのみで記載されています。
There was a problem hiding this comment.
Evidence（更新されたexperiment.yamlの内容）を添付していただけますか？
※こちらの確認では、上で記載のように、unique_id の更新漏れがあるように見えます。
※もし不具合があった場合、テストケースにこの不具合を検知するためのテストケースを追加しておいてください。
There was a problem hiding this comment.
Evidenceを添付しました。
お手数ですが、ご確認お願い致します。
|
@itutu-tienday |
| with open(expt_filepath, "r") as f: | ||
| config = yaml.safe_load(f) | ||
|
|
||
| config["unique_id"] = new_unique_id |
There was a problem hiding this comment.
Evidence（更新されたexperiment.yamlの内容）を添付していただけますか？
※こちらの確認では、上で記載のように、unique_id の更新漏れがあるように見えます。
※もし不具合があった場合、テストケースにこの不具合を検知するためのテストケースを追加しておいてください。
|
Evidence追記 |
| logger = AppLogger.get_logger() | ||
|
|
||
| try: | ||
| for root, _, files in os.walk(directory): |
There was a problem hiding this comment.
os.walk の利用は冗長と見受けられる。
処理対象となるファイルが自明なのであれば、glob などで明確に指定すべき。（仕様が明瞭にもなる）
| ) as file: | ||
| content = file.read() | ||
|
|
||
| if old_unique_id in content: |
There was a problem hiding this comment.
この判定はやや危険がある可能性あり。（想定しないマッチパターンも拾う可能性）
判定条件の精度を高めた方が良い。
→ どの位置に unique_id が含まれ得るか、仕様を整理の上、その条件で正規表現で指定し置換する形がベター。
There was a problem hiding this comment.
こちらで適当な experiment の directory を id で grep してみたところ、pkl ファイルなどの中にも、idが含まれているようであることを確認。
※このケースは、想定されていたでしょうか？
※この状況を踏まえると、もしかすると、「1.copy」「2.copy元をdelete」「3.copy先を操作(workflow runなど)」の操作を行うと、pkl内のファイルパスがリンク切れとなり、エラーが生じるようなことは想定されないでしょうか？
$ grep -inrl "834359c6" *
experiment.yaml
snakemake.yaml
suite2p_file_convert_sybncuz8n1/suite2p_file_convert.pkl
suite2p_file_convert_sybncuz8n1/suite2p/plane0/ops.npy
suite2p_registration_obwi55dmml/suite2p_registration.pkl
suite2p_roi_wavpgxg6co/suite2p_roi.pkl
|
@itutu-tienday |
【内容】
実装画面 → RECORD画面
「RUN ALL」を実行すれば同じワークフローを作成できることは理解しているが、再実行が必要なため時間がかかる。
そのため、実行状態を保持したまま、新しいIDや名前でワークフローをコピーできる機能が欲しい。
Reproduce機能の一つのオプションとして実装するのが適切だと思われる。
→ 右上のDeleteボタンの横に「Duplicate」ボタンを追加する。
requirement
testcase
Evidence
