Notas acerca de prepare_aromatic_center.py
Este programa tiene la capacidad de devolver uno o más archivos pdbqts junto con los nuevos centros de masa de cada anillo aromático. Antes de empezar deberá tener instalado open babel, pybel y numpy.
para instalar pybel (ubuntu/debian)
apt-get install python-openbabel
SE RECOMIENDA FUERTEMENTE EL EMPLEO DE ARCHIVOS SDF QUE CUENTAN CON MUCHAS MAS INFORMACION QUE LOS ARCHIVOS PDQBTs.
El modo de ejecución es el siguiente: $ ./prepare_aromatic_center.py -l loratadine.pdbqt -o loratadine_dummy.pdbqt si no especificamos la salida por defecto escribe "filename" + _dummy.pdbqt. Por otra parte si el archivo de entrada es un sdf, toma el nombre de cada molécula de salida de la sección "title", y el nombre de salida es similar al descripto anteriormente.
El script usted lo puede obtener File:Prepare aromatic center.zip aqui junto con un sdf de prueba. Al ejecutar el archivo de prueba obtendrá:
$ ./prepare_aromatic_center.py -l SMILES.sdf WARNING: the input file azulene_dummy.pdbqt does not contain aromatic rings WARNING: the input file ciclopropene_dummy.pdbqt does not contain aromatic rings