HaplotypeCaller GGA mode crashes ("allele ... not in the variant context" exception) for alleles input including certain split multiallelic records and genotypes #5355

gmagoon · 2018-10-24T18:29:02Z

I came across a case where --alleles input containing a set of records involving a multiallelic STR locus split into two records and genotypes causes HaplotypeCaller (in GENOTYPE_GIVEN_ALLELES or "GGA" mode) to crash.

The --alleles input (originating from 1000 Genomes Phase 3 v5a call set) has the multiallelic STR split into a record associated with insertions and a record with a deletion, along with a bunch of phased genotypes:

##fileformat=VCFv4.1
##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
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Running $HOME/gatk-4.0.11.0/gatk --java-options "-Xmx4g" HaplotypeCaller -R $HOME/GRCh37files/hs37d5.fa -I /mnt/fast/test.bam -O test.out.vcf.gz -L 22 --genotyping-mode GENOTYPE_GIVEN_ALLELES --alleles test.vcf.gz, the resulting error is:

java.lang.IllegalStateException: Allele in genotype GGTTTGTTT not in the variant context [GGTTTGTTT*, GGTTTGTTTGTTT, GGTTTGTTTGTTTGTTT, G]
        at htsjdk.variant.variantcontext.VariantContext.validateGenotypes(VariantContext.java:1360)
        at htsjdk.variant.variantcontext.VariantContext.validate(VariantContext.java:1298)
        at htsjdk.variant.variantcontext.VariantContext.<init>(VariantContext.java:401)
        at htsjdk.variant.variantcontext.VariantContextBuilder.make(VariantContextBuilder.java:494)
        at htsjdk.variant.variantcontext.VariantContextBuilder.make(VariantContextBuilder.java:488)
        at org.broadinstitute.hellbender.utils.variant.GATKVariantContextUtils.simpleMerge(GATKVariantContextUtils.java:864)
        at org.broadinstitute.hellbender.utils.variant.GATKVariantContextUtils.simpleMerge(GATKVariantContextUtils.java:646)
        at org.broadinstitute.hellbender.tools.walkers.haplotypecaller.AssemblyBasedCallerUtils.makeMergedVariantContext(AssemblyBasedCallerUtils.java:228)
        at org.broadinstitute.hellbender.tools.walkers.haplotypecaller.HaplotypeCallerGenotypingEngine.assignGenotypeLikelihoods(HaplotypeCallerGenotypingEngine.java:157)
        at org.broadinstitute.hellbender.tools.walkers.haplotypecaller.HaplotypeCallerEngine.callRegion(HaplotypeCallerEngine.java:599)
        at org.broadinstitute.hellbender.tools.walkers.haplotypecaller.HaplotypeCaller.apply(HaplotypeCaller.java:240)
        at org.broadinstitute.hellbender.engine.AssemblyRegionWalker.processReadShard(AssemblyRegionWalker.java:291)
        at org.broadinstitute.hellbender.engine.AssemblyRegionWalker.traverse(AssemblyRegionWalker.java:267)
        at org.broadinstitute.hellbender.engine.GATKTool.doWork(GATKTool.java:966)
        at org.broadinstitute.hellbender.cmdline.CommandLineProgram.runTool(CommandLineProgram.java:139)
        at org.broadinstitute.hellbender.cmdline.CommandLineProgram.instanceMainPostParseArgs(CommandLineProgram.java:192)
        at org.broadinstitute.hellbender.cmdline.CommandLineProgram.instanceMain(CommandLineProgram.java:211)
        at org.broadinstitute.hellbender.Main.runCommandLineProgram(Main.java:160)
        at org.broadinstitute.hellbender.Main.mainEntry(Main.java:203)
        at org.broadinstitute.hellbender.Main.main(Main.java:289)

This is with version 4.0.11.0. Unlike #5336, it doesn't seem to be related to #4963, since version 4.0.5.1 has the same issue.

Now in my view, it would be better for the multiallelic STR records to be combined into a single multiallelic record (as HaplotypeCaller would do with the output), as follows:

##fileformat=VCFv4.1
##FILTER=<ID=PASS,Description="All filters passed">
##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
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|0	0|0	0|0	0|0	0|0

And indeed, with that --alleles input with a single condensed record, HaplotypeCaller runs without error.

Additionally, omitting the genotypes also runs without error:

##fileformat=VCFv4.1
##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
#CHROM	POS	ID	REF	ALT	QUAL	FILTER	INFO
22	27658738	rs145982391	G	GGTTT,GGTTTGTTT	.	PASS	.
22	27658738	rs374358960	GGTTTGTTT	G	.	PASS	.

So it seems to be the combination of the split-record multiallelic and genotypes in --alleles file that is problematic here. Probably an edge case by most definitions (and straightforward to work around by either omitting genotypes or condensing multiallelics into a single record) but I figured it was worth pointing out.

I should probably also add that many other split multiallelics seem to be processed fine, without crash, e.g.:

##fileformat=VCFv4.1
##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
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|0	1|0	0|0	0|0	0|0

The text was updated successfully, but these errors were encountered:

cwhelan · 2018-10-25T15:52:17Z

Hi @gmagoon, I'm taking a look at this but haven't been able to reproduce it so far. Is there any chance you could share a snippet of your test.bam file at one of the loci in question, or is it protected data?

gmagoon · 2018-10-25T16:43:07Z

Hi @cwhelan, In my testing, the issue doesn't seem to be sensitive to the choice of BAM (e.g. same crash occurs with a BAM that doesn't have any read coverage at this locus). If you haven't been able to reproduce the issue, I'm wondering if the critical factor may be some aspect of the particular genotypes in the --alleles VCF (e.g. I noticed one sample was 0|1 in one of the two records and 1|0 in the other). In any case, I've attached a BAM and alleles VCF that should enable you to reproduce the issue.

gatk.issue5355.test.zip

cwhelan · 2018-10-26T15:37:02Z

Thanks @gmagoon , that helped me figure out the cause of the problem (the samples not only needed to have genotypes but to have the right combination of alleles in their genotypes). The root cause of this issue was similar to #5336 but cropped up at a different place. I'll prepare a pull request and get this fixed shortly.

gmagoon · 2018-10-26T16:28:07Z

Awesome, that's great @cwhelan . Out of curiosity, is there a particular reason that HaplotypeCaller GGA is considering the genotypes in the --alleles input? In other words, aside from this issue, would we expect to see different results with genotypes included vs. not included?

cwhelan · 2018-10-26T16:34:39Z

Short answer: No, it's not using any information from the genotypes at all. You should get the same results with or without genotypes.

Long technical answer: Both of these issues are related to the fact that when combining multiple possible variants at a site (i.e. variants with different alleles from the GGA -alleles input as well as any alleles detected in the input sample data), we often need to do remapping of the reference and alternate alleles so that they can all be described in the same context. In the places that caused these bugs we were trying to do this remapping to the alleles directly, but the fact that the variants had genotypes which referred to the original set of non-remapped alleles meant that those original alleles were still kept around and caused an error in the downstream code that tries to put together the final variant record to be emitted at the site. So it was just a case of links within the data structures that hold the genotypes interfering with the intended result, which should be based only on the input set of alternate alleles.

gmagoon · 2018-10-26T16:41:18Z

I see, that makes sense...thanks very much @cwhelan

droazen assigned cwhelan and ldgauthier Oct 24, 2018

droazen added HaplotypeCaller bug labels Oct 24, 2018

cwhelan mentioned this issue Oct 26, 2018

fixes bug in gga mode caused by split multallic sites with genotypes #5365

Merged

cwhelan closed this as completed in #5365 Oct 29, 2018

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HaplotypeCaller GGA mode crashes ("allele ... not in the variant context" exception) for alleles input including certain split multiallelic records and genotypes #5355

HaplotypeCaller GGA mode crashes ("allele ... not in the variant context" exception) for alleles input including certain split multiallelic records and genotypes #5355

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HaplotypeCaller GGA mode crashes ("allele ... not in the variant context" exception) for alleles input including certain split multiallelic records and genotypes #5355

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