gtex_maps.py

anatomy_dict = {
    'Adipose - Subcutaneous': 'UBERON:0002190',
    'Adipose - Visceral (Omentum)': 'UBERON:0010414',
    'Adrenal Gland': 'UBERON:0002369',
    'Artery - Aorta': 'UBERON:0001946',
    'Artery - Coronary': 'UBERON:0001621',
    'Artery - Tibial': 'UBERON:0007610',
    'Bladder': 'UBERON:0001255',
    'Brain - Amygdala': 'UBERON:0001876',
    'Brain - Anterior cingulate cortex (BA24)': 'UBERON:0009835',
    'Brain - Caudate (basal ganglia)': 'UBERON:0001873',
    'Brain - Cerebellar Hemisphere': 'UBERON:0002037',
    'Brain - Cerebellum': 'UBERON:0002037',
    'Brain - Cortex': 'UBERON:0001870',
    'Brain - Frontal Cortex (BA9)': 'UBERON:0009834',
    'Brain - Hippocampus': 'UBERON:0001954',
    'Brain - Hypothalamus': 'UBERON:0001898',
    'Brain - Nucleus accumbens (basal ganglia)': 'UBERON:0001882',
    'Brain - Putamen (basal ganglia)': 'UBERON:0001874',
    'Brain - Spinal cord (cervical c-1)': 'UBERON:0006469',
    'Brain - Substantia nigra': 'UBERON:0002038',
    'Breast - Mammary Tissue': 'UBERON:0008367',
    'Cells - Cultured fibroblasts': None, # 'UBERON:0000XXX',
    'Cells - EBV-transformed lymphocytes': None, #'EFO:0002009',
    'Cells - Leukemia cell line (CML)': None, #'EFO:0000572',
    'Cells - Transformed fibroblasts': None, #??
    'Cervix - Ectocervix': 'UBERON:0012249',
    'Cervix - Endocervix': 'UBERON:0000458',
    'Colon - Sigmoid': 'UBERON:0001159',
    'Colon - Transverse': 'UBERON:0001157',
    'Esophagus - Gastroesophageal Junction': 'UBERON:0004550',
    'Esophagus - Mucosa': 'UBERON:0006920',
    'Esophagus - Muscularis': 'UBERON:0004648',
    'Fallopian Tube': 'UBERON:0003889',
    'Heart - Atrial Appendage': 'UBERON:0006631',
    'Heart - Left Ventricle': 'UBERON:0006566',
    'Kidney - Cortex': 'UBERON:0001225',
    'Kidney - Medulla': 'UBERON:0001293',
    'Liver': 'UBERON:0001114',
    'Lung': 'UBERON:0008952',
    'Minor Salivary Gland': 'UBERON:0006330',
    'Muscle - Skeletal': 'UBERON:0011907',
    'Nerve - Tibial': 'UBERON:0001323',
    'Ovary': 'UBERON:0000992',
    'Pancreas': 'UBERON:0001150',
    'Pituitary': 'UBERON:0000007',
    'Prostate': 'UBERON:0002367',
    'Skin - Not Sun Exposed (Suprapubic)': 'UBERON:0036149',
    'Skin - Sun Exposed (Lower leg)': 'UBERON:0004264',
    'Small Intestine - Terminal Ileum': 'UBERON:0001211',
    'Spleen': 'UBERON:0002106',
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assay_types = {
    'WGS': 'OBI:0002117',
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