提取区间内SNP位点信息.txt

1、输入文件

# 位置文件（基因染色体区间坐标文件，chr_position.txt）
1    15645891        15646070
1    15646256        15646447
1    15646534        15646644

#若位置文件在window下编辑过，则用下列命令替换换行符^m使用ctrl v + ctrl m 组合键吗，不要直接打出
sed -e 's/^M/\n/g' position.txt > position2.txt

# vcf文件
#CHROM  POS        ID      REF     ALT     QUAL    FILTER  INFO    FORMAT  CF2
1    112       94      .       T       C       33689.1 .       AC=1;AF=0.472;AN=2;BaseQRankSum=-0.076;DP=3953;ExcessHe
2    1123665   547     .       A       G       67292.8 .       AC=1;AF=0.489;AN=2;BaseQRankSum=0;DP=4273;ExcessHet=129
5    112553    1245    .       A       T       69849.7 .       AC=1;AF=0.466;AN=2;BaseQRankSum=-0.339;DP=4231;ExcessHe
5    142554    2086    .       C       G       80488.5 .       AC=1;AF=0.506;AN=2;Base
7    1111125   2334    .       A       G       42490.1 .       AC=1;AF=0.466;AN=2;BaseQRankSum=-0.028;DP=3806;ExcessHe
10    1111445   2335    .       A       T       53023.1 .       AC=1;AF=0.466;AN=2;BaseQRankSum=0.199;DP=3835;ExcessHet


2、bash脚本

cat $1 |while read id;
do echo $id
arr=($id)
chr=${arr[0]}
from=${arr[1]}
to=${arr[2]}
    echo $chr $from $to

    if echo $2 |grep -q '.*.vcf.gz$';then
        vcftools --gzvcf $2 --chr $chr --from-bp $from --to-bp $to  --recode --recode-INFO-all --out chr$chr.$from-$to
    elif echo $2 |grep -q '.*.vcf$';then
        vcftools --vcf $2 --chr $chr --from-bp $from --to-bp $to  --recode --recode-INFO-all --out chr$chr.$from-$to
    fi
done

3、运行

bash Chr_position_tk_snp.sh chr_position.txt test.vcf

4、合并结果

cat chr*.recode.vcf |grep -v '#'> all_select_snp.txt