Skip to content

Commit 5c6e9fd

Browse files
akaptanoakaptano
authored
Merge pull request #266 from dynamicslab/lanyue_work
New benchmarking examples
2 parents f6b970b + 200fe9d commit 5c6e9fd

Some content is hidden

Large Commits have some content hidden by default. Use the searchbox below for content that may be hidden.

45 files changed

+7401
-26
lines changed

‎.pre-commit-config.yaml

+1
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -38,6 +38,7 @@ repos:
3838
hooks:
3939
- id: codespell
4040
types_or: [python, rst, markdown]
41+
args: ["-L hist"]
4142
- repo: https://github.com/pre-commit/pre-commit-hooks
4243
rev: v4.3.0
4344
hooks:

‎docs/conf.py

+1
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -27,6 +27,7 @@
2727
"sphinx.ext.intersphinx",
2828
"IPython.sphinxext.ipython_console_highlighting",
2929
]
30+
3031
nb_execution_mode = "off"
3132

3233
apidoc_module_dir = f"../{project}"

‎examples/10_PDEFIND_examples.ipynb

+14-12
Large diffs are not rendered by default.

‎examples/16_noise_robustness/16_benchmark_paper.ipynb

+982
Large diffs are not rendered by default.

‎examples/16_noise_robustness/data/errors_Lasso_noise0.00_weakformFalse

+70
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -0,0 +1,70 @@
1+
6.093463478655939541e-02 1.113146102153057034e-03 3.295480335735521786e-03 9.534303872759788208e-05
2+
1.337894503745124530e-01 2.159884384670272828e-02 2.294729977216298372e-02 5.529572558483306435e-03
3+
1.069185394742779363e-02 7.727489736597000988e-03 2.947459487699939391e-03 8.324491669635687013e-04
4+
3.074609181888662279e-01 6.477930395316360175e-03 1.525966420234625698e-02 8.467237738849141227e-04
5+
7.607039215245706698e-01 1.727627107357633182e-02 9.973940631987204472e-03 7.098405727873737317e-04
6+
4.075889027169819767e-02 1.049839054916791581e-02 8.705175896071638830e-02 7.006449978303788337e-03
7+
1.084525614863100437e-02 1.922304704076933154e-03 1.024543588289818404e-02 4.424265774142458613e-03
8+
2.421732072977461903e-01 8.510716400561136111e-03 2.702019366080625137e-02 1.513168828360949994e-03
9+
1.527833220203690320e-02 5.384916288222084228e-03 1.643289463021340270e-03 1.582279010542582669e-04
10+
4.226293145412909902e-03 2.378364250132343548e-04 1.050332281566521576e-03 5.495407592791783899e-05
11+
1.592996272446993156e-01 1.754539921379038442e-02 9.343983212259720367e-03 1.691342933166232630e-03
12+
4.591464928123847322e-01 1.343476997812773945e-02 1.327421357929004994e-02 1.085399337175952219e-03
13+
4.698785174010302289e-03 6.759515950618586247e-03 7.777008108487335186e-04 4.909813754453010360e-05
14+
4.462145982358541874e-01 1.877288975176033894e-02 1.648406949333018623e-02 2.233536714873874448e-03
15+
4.076036286151786814e-01 2.308008092536130429e-02 1.760471913923654028e-02 1.730485573807079682e-03
16+
6.243187654316187940e-01 4.876485686126641461e-02 1.041539777709607831e-02 1.953074134797971135e-03
17+
6.630821401125971404e-01 8.545606832734138625e-02 1.426385168053243870e-02 4.142354674996585537e-03
18+
4.482705496996505223e-01 1.476326072610623097e-02 1.607300343119132807e-02 2.174444729824277171e-03
19+
4.868183137091766644e-01 1.738718648736401959e-02 3.198986615715570386e-02 3.370301545640906182e-03
20+
2.432815648469177638e-01 2.039377758501217108e-01 5.882802862656928873e-03 2.993900551714411429e-03
21+
9.088518308050670402e-01 3.322454051358919025e-01 5.017367789565034888e-03 4.640982981815844864e-03
22+
5.856007301643857410e-01 4.906559428137779316e-02 2.644009099224256532e-02 5.233171790215382715e-03
23+
4.054793784929601186e-01 4.174972992282846920e-03 2.758562920607181626e-02 3.049657647344212845e-03
24+
1.322697486958276603e+00 4.404923977327241530e-02 3.946325532102807482e-02 1.342538252481028857e-02
25+
6.296253270507333744e-01 2.171870200977542992e-02 2.550929548299487107e-02 2.427073799869108092e-03
26+
3.517974199413539949e-01 1.665091993775814905e-02 3.207196522980927667e-02 5.501530045008845744e-03
27+
2.757937285532173211e-01 1.213094283355943548e-02 7.384676073310421709e-03 4.628520105992269332e-04
28+
4.016453823278132162e-01 3.553036705766388775e-02 1.270774380139498907e-02 9.788685422745507098e-04
29+
5.873637026467914968e-01 3.770069796194676359e-02 2.758800993069403587e-02 1.507002941233051476e-03
30+
9.590593328252022820e-01 1.382176490691441363e-02 2.178816343947381773e-02 2.186941944764240336e-03
31+
5.069029708743062468e-01 1.760238740355609885e-02 2.491045355713506979e-02 1.006069078774783632e-03
32+
2.721881320249752712e-01 1.446521959414082820e-02 9.419703569587106404e-03 9.016294251903915046e-04
33+
1.057914219633981245e+00 2.000735975787554799e-01 5.025265632806211885e-02 4.988149179794329480e-03
34+
2.403641251274055146e-02 7.412775365172025351e-03 5.836949813546118623e-03 2.877572604548509676e-04
35+
3.542774921099578391e-03 7.653949876107825128e-04 2.047317360175903312e-03 6.024456870795513307e-05
36+
9.968881742347083727e-03 1.075767205417052334e-02 1.369150211570645953e-03 6.687961719943657287e-05
37+
5.324164735963307811e-03 3.748019912797606059e-04 8.789152663545350772e-04 1.212168182259214244e-04
38+
6.399105899606639669e-01 3.393922305620440671e-02 1.047488528305367053e-02 7.572581503703654845e-04
39+
9.333306271368719820e-01 8.156290799660541324e-02 4.789049502973102140e-02 5.631226519672121768e-03
40+
8.063738087252266817e-01 1.420897785060871304e-02 1.998783945409159449e-02 1.066619318292766263e-03
41+
3.361487770251068707e-01 1.951526374956347870e-02 1.965609560804270489e-02 2.614877547733362399e-03
42+
2.553182350327512506e-01 2.092939304230674591e-02 5.495185833222952961e-03 4.143911054776188915e-04
43+
3.670318949682160881e-01 5.430939600263570005e-02 2.163663562400771484e-02 5.179848412672274742e-03
44+
1.381106442424966663e-01 8.391570349448712260e-03 1.760276740926401337e-02 1.679297799747622244e-03
45+
1.054266993314271206e-01 3.055657678504251906e-02 5.545604457712843827e-02 7.295424874209770552e-03
46+
3.036523980791747124e-01 2.779700066812023154e-02 6.858157191454264043e-03 8.278336668259792409e-04
47+
4.304632159177088253e-03 1.757737731340601678e-03 1.101884924834083688e-03 5.491023054221246457e-05
48+
1.085551960214372301e-02 1.631979101741862529e-03 3.555120023696817233e-03 4.482985699536623059e-04
49+
4.890313773484141618e-03 4.186873881348404550e-04 1.462153130102831610e-03 1.120322133502532500e-04
50+
1.840088535208772580e-01 9.745477465746183593e-03 1.869260433019406115e-02 2.335090550498698445e-03
51+
1.643458550219893399e-01 1.317624966291077934e-02 3.839964045342230368e-03 7.961239284833129468e-04
52+
4.798145483320981342e-02 3.788706270742615151e-03 6.939637758890922561e-03 2.585293814951837143e-04
53+
2.220033924917058643e-02 8.948407494153071129e-03 3.275757894197130204e-03 4.544311329975645537e-04
54+
2.735586548309591054e-02 2.257443254776004583e-03 7.436807119498347989e-03 3.759338004094783412e-04
55+
7.621220956954785977e-03 3.476812444870615846e-04 1.628978731433784310e-03 6.845369940615251723e-05
56+
3.920871194168597529e-01 2.572041595127053798e-02 4.077417877545418123e-03 5.519097828966316966e-04
57+
5.762219170013234137e-01 1.376587712929812878e-02 1.704753364557059364e-02 1.356336111803003140e-03
58+
3.592242806047851178e-01 2.195354817124957336e-02 5.347880734344516787e-03 2.973729603740715125e-04
59+
2.585452384524036806e-01 9.293624204455787265e-04 1.220147026869088797e-02 8.446932266952264859e-04
60+
2.770529300617883828e-01 1.054836908506312856e-02 1.434122321824113887e-02 9.737323657648698288e-04
61+
2.580131653031308425e-01 1.695722760514042915e-02 7.857797452138656075e-03 3.040955016100430476e-04
62+
1.250578929369679515e-01 1.543637591173144426e-02 3.479039109440700602e-03 3.534620084871416788e-04
63+
1.579962556955050168e-02 4.282364787626368081e-03 2.183559226154872888e-03 3.538041954923372054e-04
64+
1.136143145769851481e-01 1.019488100754692428e-02 3.701165278647607776e-03 4.324960296914548484e-04
65+
2.542100653282567541e-02 3.087184304989287927e-03 2.441399403886056457e-03 3.627852864214330835e-04
66+
5.652118995764359236e-03 1.375322322970770140e-03 1.473124801673786300e-03 9.422915418313740333e-05
67+
7.900959140442043172e-02 3.177495354421024792e-02 5.575715647748787085e-02 2.501786609732283007e-02
68+
3.137288869700794458e-01 2.099548386896428476e-02 2.604817453716495087e-03 1.674090001870456195e-04
69+
4.841302362500488066e-02 3.001637364302488491e-03 1.752931897594018490e-02 3.449055511170783135e-03
70+
2.931797614037058228e-02 1.244613028775937852e-02 1.363703017258763306e-02 9.483030683099143154e-03

‎examples/16_noise_robustness/data/errors_Lasso_noise0.00_weakformTrue

+70
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -0,0 +1,70 @@
1+
3.454015392301822418e-01 8.216129185343711699e-03 6.956328897225930175e-03 3.824390639033149741e-04 1.004546133598691326e-01 1.117097349029130826e-02
2+
2.990926526073113823e-01 9.696614999990731815e-03 2.329741952957257653e-02 1.099364609884033927e-03 1.304836845353628261e-01 2.649610678952835519e-03
3+
7.202707211622547678e-01 5.458250194727843653e-03 2.038032261162027806e-02 2.188655258632261457e-04 6.431903145902209129e-01 1.141396972161494959e-02
4+
4.417939774749440884e-01 7.948479755534934577e-03 2.453398032742069509e-02 1.571443866925348624e-03 1.170470037029922999e-01 1.301527698702850504e-02
5+
9.289045666417106162e-01 1.694559559753483794e-03 1.645534432122188265e-02 2.316661712657063703e-04 2.913949815347898764e-01 7.144860684388928615e-03
6+
3.935544112372916237e-01 1.123591132660828329e-02 2.315546582929596878e-02 9.728820031015408343e-04 6.983112673872594600e-01 2.510883014644632941e-02
7+
2.906374893515727975e-01 1.543270327923563709e-02 1.827353050395097989e-01 1.536594416411531452e-02 2.120264167387272969e-01 1.766495968641303843e-02
8+
5.785551314372343601e-01 8.621871400711420344e-03 3.461970367425445255e-02 1.962445254030326450e-03 4.229196065930500015e-01 1.751138559288992896e-02
9+
3.141768917612890871e-02 5.316654961640934936e-03 2.662893118821014603e-03 4.189064050367633288e-04 3.956761870064332692e-03 6.550901572967025637e-04
10+
2.383385427899292839e-03 1.203275914970474564e-03 8.032874228066438308e-04 6.260581282578641564e-04 2.500704853753495712e-03 1.292448260656211970e-03
11+
1.119369577422464346e-01 7.681963359234366198e-03 5.328529043927968285e-03 3.754832303235885126e-04 1.124540463073538110e-02 1.984891678402626956e-03
12+
8.896302347114020126e-01 9.110487315151526849e-03 1.408056989753910318e-02 2.418455995856196245e-04 2.828902632105466108e-01 6.330262229368913314e-03
13+
2.781147868772691246e-03 2.401765707774943187e-04 5.876796512402409018e-04 2.583658380620965168e-05 1.089463088335870019e-03 8.424384156781956814e-05
14+
7.307903876549751709e-01 5.762081028383501773e-03 1.888347934942790837e-02 7.006945991960620949e-04 2.191768869846079382e-01 5.987646723039445271e-03
15+
5.268447001438756327e-01 1.176127578000608562e-02 3.083852473265574767e-02 1.642344712847495451e-03 1.780575844670322927e-01 9.646761731350508157e-03
16+
8.208982159065282280e-01 5.408159820337204993e-02 6.413736663242184007e-03 2.624072933829069273e-04 9.537867794987830994e-02 3.458771739346748562e-03
17+
7.675866518125217253e-01 8.969947839899019074e-03 8.273478014307160400e-03 3.231051343077672366e-04 1.589494568761880278e-01 4.635618716669387233e-03
18+
8.447188253400513824e-01 5.209919788195705240e-03 1.926665796564059827e-02 4.079583280812089960e-04 3.311031741875544165e-01 6.547582518300580114e-03
19+
8.988104669538256042e-01 6.550047283103237715e-03 6.914874069261509049e-02 8.251474625640325966e-03 6.366423287373013107e-01 9.059293500144467021e-03
20+
1.294480647305792098e-01 3.197027966454776826e-02 2.065055207233565740e-02 4.288546052736123479e-03 3.318228769041058901e-01 5.333165453332733286e-02
21+
4.046696677766953298e-01 6.067969412496139470e-02 7.529234536026344071e-03 1.776601934513241362e-03 4.386379484947098423e-02 1.422861883710979485e-02
22+
9.870621733868348846e-01 3.139808068456158285e-02 7.539987111748892856e-02 8.864997105006417952e-03 3.254555445271683500e-01 8.735913673880693966e-03
23+
6.804952998889814975e-01 5.232516005997246526e-03 5.768095379135818046e-02 3.996770113866903937e-03 3.971776086566475850e-01 9.106034650605030617e-03
24+
1.525506922412450894e+00 1.221808341231399309e-02 2.467616773571339531e-02 8.287858914899086556e-04 6.787071065632453992e-01 2.282960012425712046e-02
25+
9.355364855668811819e-01 1.923472810335597090e-03 2.740552984358046729e-02 6.871585697942832584e-04 4.919570133199012707e-01 6.098840998814749129e-03
26+
8.602968186566725128e-01 6.988933665420521760e-03 5.029727204975355248e-02 2.730352653194101798e-03 3.714246335399395416e-01 1.065489510070937590e-02
27+
6.210064302528290892e-01 1.264721132096262475e-02 1.403219258870668472e-02 9.495393851892540860e-04 3.133908335753382568e-01 3.796121078585554687e-03
28+
7.603427721915453352e-01 2.729025445702203470e-02 3.911758724261405612e-02 1.507530877408142867e-03 4.811591984060544225e-01 1.247708606732452104e-02
29+
8.530635546563607452e-01 1.045787824435363139e-02 3.492861464160110924e-02 9.577925896523342914e-04 4.506943304333804745e-01 5.230711082655693789e-03
30+
8.474942418782965836e-01 2.613898958653433895e-03 4.485283351832854148e-02 1.128745070948873521e-03 3.265892878513815267e-01 5.165393798468777102e-03
31+
9.848611600367865870e-01 1.407853777929369285e-03 2.664246710245887773e-02 7.151055546292585949e-04 8.639648342493092548e-01 8.875120518767735597e-03
32+
4.074352580593309514e-01 1.759299545908304865e-03 1.467047874739054771e-02 4.427830985888102713e-04 4.166421185115908865e-01 4.573110361081850206e-03
33+
6.451788587526045005e-01 2.059897610875330645e-02 4.029328240102564296e-02 2.289744686861110330e-03 4.754337020713482187e-01 3.835729935391880840e-02
34+
1.367824569512610822e+01 4.621952169917430964e-01 8.512034447030114234e-03 4.111589467147335809e-04 3.536208519032309483e-01 4.948438409291135154e-03
35+
2.046677889918364635e-01 1.332813314513845750e-02 1.346837168418521524e-02 1.341199898537733101e-03 3.321605326981863504e-01 1.524972147991293832e-02
36+
4.319792808707619836e-01 9.118452928676802974e-03 6.884796027038088406e-02 2.804554887412182267e-03 2.782455497680823564e-01 1.372443389993671138e-02
37+
2.948909080850578013e-01 9.650437836248026979e-03 2.063746286612349809e-02 7.262136088384777560e-04 2.581419013996226752e-01 6.939035263009865270e-03
38+
8.234226041695059672e-01 2.811701381974852140e-03 1.368515387354359014e-02 2.444593205626069345e-04 1.641650295359887435e-01 2.164339153948367876e-03
39+
9.452817052945114984e-01 3.556814576007621964e-02 2.446990439229595679e-02 1.116940079517487073e-03 2.054382310699183756e-01 2.387212123853008679e-03
40+
8.984847367353829828e-01 3.885310034198613451e-03 1.885661640641870737e-02 3.413013765401440259e-04 5.715205945473882110e-02 9.898022457279667501e-04
41+
8.341974498110713565e-01 1.638695218895838343e-02 3.863662964050250392e-02 3.393687531797446948e-04 6.333799027984287067e-01 5.915438406434321388e-03
42+
2.812069807881408257e-01 3.919743884123588415e-03 1.293209916199149212e-02 1.522947757335460159e-03 1.117681081777722463e-01 8.789113233710543413e-03
43+
8.860192919249529897e-01 9.565829132514271776e-03 1.075585500935391861e-02 3.203037943517041781e-04 8.617519905064560115e-01 1.651282501530700747e-02
44+
5.365792532950465210e-01 7.215747313022562517e-03 3.737290745452417906e-02 2.736633337524466310e-04 7.277210634300523839e-01 2.049284371795316584e-02
45+
4.044854242134002797e-01 1.373782068886335132e-02 6.864688582254632396e-03 2.868705262230858812e-04 3.660397917858015382e-01 1.969341343253185744e-02
46+
8.785050685701965012e-01 5.446793592673700168e-03 2.173464643880812508e-02 3.130421334432056252e-04 3.009432004866075538e-01 4.115149774674808046e-03
47+
5.169580981526660235e-01 4.451893649091786566e-03 8.598064119593065366e-03 3.093500451420506990e-04 2.631473083228391130e-01 6.160047559955588933e-03
48+
8.233335159297405781e-01 7.275549544221084942e-03 2.895947341811273140e-02 1.993297266118652065e-03 5.232628588264807146e-01 1.926316839197657338e-02
49+
8.986526699284849706e-02 5.838203913221005903e-03 7.846590535892978072e-03 4.878269047512483279e-04 4.993879796256241177e-02 1.849957908812983800e-03
50+
3.261889241103799741e-01 4.802008070223827592e-03 3.715770284354856512e-02 1.084187943752384529e-03 2.620817012428116044e-01 9.764432106497881667e-03
51+
2.650314689101024301e-01 2.755201495487205610e-03 5.236915532014571259e-03 1.577746691415780954e-04 1.214312069202573285e-01 2.653726846920965998e-03
52+
8.084330107480452998e-01 3.881070223725559265e-03 5.805848479659449918e-02 4.816828324472337448e-04 9.542786668033871322e-01 1.184190330727198821e-02
53+
4.989264532664013929e-01 4.299421046270528526e-03 1.381650783902001710e-02 3.693046588148072738e-04 3.439449469746793664e-01 3.099827953798278950e-03
54+
9.507458165305600062e-01 6.671458692181619216e-03 6.292088018854724574e-02 4.651458182915578325e-03 6.410457035157339778e-01 2.242182417969892927e-02
55+
1.656705761453045600e+00 2.329765653587088578e-02 8.133353905930220881e-03 2.879318513019327608e-04 1.901134057692328849e-01 5.917632464104895067e-03
56+
9.702265672022406529e-01 2.372054409850276810e-02 9.191020773212372000e-03 3.507206599972808431e-04 2.650535712993553616e-01 8.242386828023600190e-03
57+
1.027081036573970874e+00 2.571351305069117903e-03 7.234102201589297405e-03 1.907865319541226774e-04 5.504137343411081851e-01 2.138187593610873377e-02
58+
5.884655174596107319e-01 4.623892449487770027e-03 1.040778779831297816e-02 4.634814763033306691e-04 1.089272545427056038e-01 8.625471424974587645e-03
59+
1.243394722314663525e+00 9.285538065144420539e-03 4.186197282277249326e-02 7.444664015069742038e-04 1.114720477448511327e+00 1.309552567840527142e-02
60+
5.533348986674239134e-01 3.446347012417019448e-03 1.855650869567238709e-02 5.118766215439507234e-04 2.806124668458070404e-01 5.658130969510551632e-03
61+
5.685062468877697395e-01 6.854913254937459836e-03 5.866721364800272544e-03 1.008434229323551225e-04 2.000015518927484026e-01 7.492561762289134605e-03
62+
4.206415362628177057e+00 5.067276303202778581e-02 1.107289629166988316e-02 2.873157492442744883e-04 4.273420854951294201e-01 6.764097292377645697e-03
63+
3.417989199034683623e-02 4.291079819031446557e-03 2.810837951867650297e-03 5.358718540205132091e-04 1.076659668143002159e-02 1.813420526950766274e-03
64+
2.080665276475366920e-01 7.687932459565138300e-03 1.421966050008793316e-02 5.574329322409974632e-04 3.856748547336148469e-01 1.473306874471908522e-02
65+
1.642377324540895411e-01 9.930596065252695476e-03 8.721317329281457267e-03 8.070219463488550711e-04 1.618804716030300406e-01 7.949498155363759339e-03
66+
1.050766790808126683e-01 4.880281559949150617e-03 3.668205233696310904e-03 1.816653624040751632e-04 5.256227759337010752e-02 2.961419275187718823e-03
67+
9.932371949346618933e-01 1.286229899099606677e-03 1.721977104158675664e-01 1.043816094258777707e-02 7.818832094272070155e-01 5.832581494808189958e-03
68+
6.551824145146675216e-01 1.900876913093244025e-02 6.632134561680454350e-03 2.846319416295770249e-04 2.033832242144625602e-01 9.942325034842070322e-03
69+
3.737706021697736469e-01 1.259317670726201911e-02 1.977970617837514558e-02 1.305931124149599647e-03 3.872265111921261438e-01 1.665080993564189982e-02
70+
5.959334598134612138e-02 3.567431956864531000e-03 5.256875149541322123e-02 8.957086081713860892e-03 3.674695867983529540e-01 5.500269014708756427e-02

0 commit comments

Comments
 (0)