from_bs_to_hessian.R

#! /bin/env Rscript


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library(MASS)


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args = commandArgs(trailingOnly=TRUE)

infile = args[1]
outfile = args[2]


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m <- as.matrix(read.table(infile))

c <- cov(m)

c <- c + diag(ncol(m))*1e-6

h <- -solve(c)

write.table(h, file=outfile, col.names=FALSE, row.names=F)