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#!/usr/bin/env nextflow
/*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
nfcore/dnaseqaln
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
Github : https://github.com/nfcore/dnaseqaln
----------------------------------------------------------------------------------------
*/
nextflow.enable.dsl = 2
/*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
GENOME PARAMETER VALUES
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
*/
params.study_id = WorkflowMain.getGenomeAttribute(params, 'study_id')
params.analysis_id = WorkflowMain.getGenomeAttribute(params, 'analysis_id')
params.reference_fasta = WorkflowMain.getGenomeAttribute(params, 'reference_fasta')
params.reference_fasta_secondary = WorkflowMain.getGenomeAttribute(params, 'reference_fasta_secondary')
params.api_token = WorkflowMain.getGenomeAttribute(params, 'api_token')
params.score_url_upload = WorkflowMain.getGenomeAttribute(params, 'score_url_upload')
params.song_url_upload = WorkflowMain.getGenomeAttribute(params, 'song_url_upload')
params.score_url_download = WorkflowMain.getGenomeAttribute(params, 'score_url_download')
params.song_url_download = WorkflowMain.getGenomeAttribute(params, 'song_url_download')
params.score_url = WorkflowMain.getGenomeAttribute(params, 'score_url')
params.song_url = WorkflowMain.getGenomeAttribute(params, 'song_url')
params.tools = WorkflowMain.getGenomeAttribute(params, 'tools')
params.outdir = WorkflowMain.getGenomeAttribute(params, 'outdir')
params.local = WorkflowMain.getGenomeAttribute(params, 'local')
params.local_sequencing_json = WorkflowMain.getGenomeAttribute(params, 'local_sequencing_json')
params.local_alignment_json = WorkflowMain.getGenomeAttribute(params, 'local_alignment_json')
params.local_qc_json = WorkflowMain.getGenomeAttribute(params, 'local_qc_json')
params.local_data_directory = WorkflowMain.getGenomeAttribute(params, 'local_data_directory')
/*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
VALIDATE & PRINT PARAMETER SUMMARY
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
*/
WorkflowMain.initialise(workflow, params, log)
/*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
NAMED WORKFLOW FOR PIPELINE
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
*/
include { DNASEQ_ALN_WORKFLOW } from './workflows/dnaseqaln'
//
// WORKFLOW: Run main nfcore/dnaseqaln analysis pipeline
//
workflow NFCORE_DNASEQALN {
DNASEQ_ALN_WORKFLOW ()
}
/*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
RUN ALL WORKFLOWS
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
*/
//
// WORKFLOW: Execute a single named workflow for the pipeline
// See: https://github.com/nf-core/rnaseq/issues/619
//
workflow {
NFCORE_DNASEQALN ()
}
/*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
THE END
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
*/