neighborhood analysis error

[chrkuo]

Hi,

I am hitting an error code when I run neighborhood analysis:

FeatureOverlay(se_EWS4064_normalized, features = "nbs_2", ncols = 2, sampleids = 1:2, cols = c("red", "lightgray"), pt.size = 2)
Error in data.frame(..., check.names = FALSE) :
arguments imply differing number of rows: 316, 1247
In addition: Warning messages:
1: The selected spots are not present in all samples 1, 2 ...
Subsetting data to include samples 1...

2: Removing 931 cells missing data for vars requested

any advice on what is going on and how to fix this

[chrkuo]

it seems like RegionNeighbours function removes 931 spots, i.e. 931 are not nbs_2 and 316 are but the data frame is somehow wrong as an input for featureoverlay can you please advise

appreciate your assistance

[chrkuo]

this is my dataframe after running RegionNeighbours function

[1] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[15] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[29] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[43] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[57] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[71] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[85] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[99] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[113] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[127] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[141] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[155] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[169] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[183] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[197] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[211] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[225] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[239] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[253] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[267] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[281] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[295] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[309] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[323] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[337] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[351] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[365] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[379] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[393] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[407] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[421] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[435] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[449] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[463] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[477] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[491] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[505] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[519] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[533] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[547] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[561] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[575] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[589] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[603] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[617] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[631] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[645] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[659] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[673] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[687] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[701] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[715] NA NA NA NA NA NA "nbs_6" NA "nbs_6" NA "nbs_6" NA NA NA
[729] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[743] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[757] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[771] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA "nbs_6"
[785] "nbs_6" "6" "6" "6" "6" "6" "nbs_6" "6" NA NA NA NA NA NA
[799] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[813] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[827] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[841] NA NA NA NA "nbs_6" "nbs_6" "nbs_6" "nbs_6" "6" "6" NA NA NA NA
[855] NA NA "6" "6" "nbs_6" NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[869] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[883] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[897] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[911] "nbs_6" "nbs_6" "6" "6" "6" NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[925] "6" "6" "nbs_6" NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[939] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[953] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[967] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[981] NA NA "nbs_6" "nbs_6" "6" "6" "nbs_6" "6" "6" NA NA NA NA NA
[995] NA NA NA NA NA NA

[chrkuo]

@jbergenstrahle appreciate it if you could kindly assist - i think there's a bug in the package that isn't allowing me to map these regions of interest.