script_bcl2fastq.sbs

#!/bin/bash

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## Script for demultiplexing RUN
## dalameda@unav.es, 02/02/2018
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#SBATCH --job-name=bcl2fastq
#SBATCH --mem=12G
#SBATCH --time=5-0:0:0
#SBATCH --output=info.slurm.log
#SBATCH --cpus-per-task=16

spack load bcl2fastq2@2.19.1.403

# change following bcl2fastq specific parameter for your run

outdir= <your_dir>

sampleSheet= <your_samplesheet.csv>

mkdir -p $outdir

bcl2fastq --output-dir  $outdir \
	--use-bases-mask Y68,I8,I7Y8 \
	--sample-sheet $sampleSheet \
	--minimum-trimmed-read-length 60 \
 	--mask-short-adapter-read 7 \
	--no-lane-splitting \
	--barcode-mismatches 1 \
	-r 10 \
	-p 20 \
	-w 10 \
	-l INFO >> info.txt 2>&1