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Introdução a Bioinformática - CEN0485

Criador e Instrutor Diego M. Riaño-Pachón

• Bioinformática
  • Bioinfo 1 - Operacoes básicas em Bioinformática
    • Ferramentas do Unix úteis na bioinformática.
      • Algumas operações básicas com arquivos.
        • Fasta
        • GenBank
      • Algumas operações básicas com sequências no formato Fasta
    • Buscas em banco de dados biológicos
      • NCBI – Bancos de dados e busca de informações
        • Exercícios
      • Quais bancos de dados encontramos no NCBI?
        • GenBank
        • RefSeq
      • Recuperação de Sequências no NCBI com Buscas Mais Específicas
  • Bioinfo 2 - EMBOSS
    • Recuperando sequências de bancos de dados
    • Seleção de quadros de leitura aberta
    • Embaralhar/misturar Sequências
  • Bioinfo 3 - Comparação de Sequências I - Matrizes de pontos
  • Bioinfo 4 - Comparação de Sequências II - Alinhamentos de pares de sequências
    • Matrizes de substituição
    • Alinhamento Global
    • Alinhamento local
    • Significado dos alinhamentos
    • Basic Local Alignment Search Tool - BLAST
  • Bioinfo 5 - Comparação de Sequências III - Alinhamento Múltiplo de Sequências
    • Alinhando as sequências de aminoácidos de TRIM5α de primatas com Muscle
    • TRIM5α do alinhemento de proteinas ao alinhamento de nucletídeos.
    • Position-specific scoring matrices
    • Modelos ocultos de Markov: HMMs
  • Bioinfo 6 - Montagem de genomas
    • Limpar sequências de Illumina
    • Limpar sequências de PacBio HiFi
    • Análise do espectro de k-mers
    • Montagem de genoma usando dados Illumina
    • Montagem de genoma usando dados PacBio
    • Visualizando o grafo de montagem.
    • Métricas das montagens
      • Contiguidade
      • Completude do espaco gênico
    • Comparacao das duas montagens com matriz de pontos
  • Bioinfo 7 - Anotação de genomas
  • Bioinfo 8 - Transcriptômica
    • Recuperando os Dados de Repositórios Públicos
    • Pre-Processamento de Dados
    • Quantificação de Expressão Gênica
    • Análise de Expressão Diferencial