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第1回講義:化学情報学入門 - RDKitとGoogle Colaboratoryの使用

講師:小寺正明

1. 講義の目的

この講義では、化学情報学(ケモインフォマティクス)の基本的な概念と、RDKitという化学情報学のためのPythonライブラリを使用して化合物の化学構造を描画したり、さまざまな物性値を計算する方法を学びます。また、Google ColaboratoryというクラウドベースのPython実行環境を使用して、これらのコードを実行する方法も学びます。特に、ChatGPTと相談しながらコードを書くことを重視します。

2. 講義の流れ

  1. 化学情報学の概要: 化学情報学の基本的な概念とその重要性について説明します。
  2. RDKitの紹介: RDKitという化学情報学のためのPythonライブラリについて紹介します。
  3. Google Colaboratoryの使用: Google Colaboratoryの基本的な使い方を学びます。
  4. RDKitとGoogle Colaboratoryの組み合わせ: RDKitを使用して化合物の化学構造を描画し、物性値を計算するPythonコードをGoogle Colaboratoryで実行します。この際、ChatGPTと相談しながらコードを書く方法についても学びます。

3. ビデオデモンストレーション

各トピックについて、ビデオ録画によるデモンストレーションを提供します。これらのビデオを視聴することで、具体的な操作方法やコードの書き方、そしてChatGPTと相談しながらコードを書く方法を学ぶことができます。

4. 課題

ビデオデモンストレーションで示したものと同様のJupyter notebookをGoogle Colaboratoryで作成し、それを講師のGoogleアカウント共有してください。完全に同一である必要はありません。自分の理解と能力の範囲内で、ChatGPTと相談しながらコードを書き、実行する経験を積んでください。

5. 注意点

  • Google ColaboratoryおよびChatGPTはクラウドベースのサービスであるため、インターネット接続が必要です。
  • RDKitは化学情報学のためのライブラリであるため、化学の基本的な知識があると理解が容易になります。
  • Googleアカウントを使用してGoogle ColaboratoryおよびChatGPTにログインする必要があります。

以上が第1回の講義内容となります。化学情報学の基本的な概念と、RDKitGoogle Colaboratoryを使用した化学構造の描画と物性値の計算方法を学び、ChatGPTと相談しながらコードを書き、実行する経験を積んでください。