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getting_started.sh
executable file
·118 lines (95 loc) · 4.09 KB
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getting_started.sh
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#!/bin/sh
################################################################################
# Verify python
################################################################################
if ! test -x `which python`
then
echo "Please install python. Versions 2.4, 2.5, 2.6, and 2.7 should all work"
echo
echo "If you have python installed, make sure that \"python\" is on your PATH"
exit 1
fi
################################################################################
# Install Pylons
################################################################################
if ! test -f go-pylons.py
then
if test -z `which wget`
then
if test -z `which curl`
then
echo "The script needs go-pylons.py Please, do one of the following:"
echo " 1. Install wget from http://www.gnu.org/software/wget"
echo "OR"
echo " 2. Download the go-pylons.py script from"
echo " http://pylonshq.com/download/1.0/go-pylons.py"
echo " and then place the downloaded script in this directory"
exit 1
fi
else
wget http://pylonshq.com/download/1.0/go-pylons.py || exit 1
fi
fi
if test -f "mydevenv/bin/activate"
then
echo "mydevenv/bin/activate found, assuming that go-pylons.py has been run "
echo " successfully. If you want the getting_started.sh script to reinstall"
echo " pylons then remove that file."
else
python go-pylons.py --no-site-packages mydevenv || exit 1
fi
################################################################################
# Verify git
################################################################################
if ! test -x `which git`
then
echo "You must install git"
echo
echo "This will allow you to easily pull down the latest version of the"
echo " phyloplumber source code and pull new changes as they become available."
echo
echo "You can obtain git from here: http://git-scm.com "
exit 1
fi
################################################################################
# Get the source code for phyloplumber
################################################################################
if ! test -d "phyloplumber"
then
git clone git://github.com/mtholder/phyloplumber.git || exit 1
fi
################################################################################
# Create a file to source to get the env set up
################################################################################
echo "Creating phyloplumber_env.sh bash script"
echo '#!/bin/sh' > phyloplumber_env.sh
echo 'export PHYLOPLUMBER_PARENT='`pwd` >> phyloplumber_env.sh
echo 'export PHYLOPLUMBER_ROOT=${PHYLOPLUMBER_PARENT}/phyloplumber' >> phyloplumber_env.sh
echo 'source ${PHYLOPLUMBER_PARENT}/mydevenv/bin/activate' >> phyloplumber_env.sh
################################################################################
# Get the correct env settings by sourcing the file
################################################################################
source phyloplumber_env.sh || exit 1
################################################################################
# Install sphinx to the devenv
################################################################################
easy_install sphinx
################################################################################
# Checkout dendropy and use "setup.py develop" command to install it the dev env
################################################################################
if ! [[ -d dendropy || -d DendroPy ]]
then
git clone git://github.com/jeetsukumaran/DendroPy.git || exit 1
fi
cd dendropy || exit 1
python setup.py develop || exit 1
cd ..
################################################################################
# install phyloplumber using the "setup.py develop" command
################################################################################
cd phyloplumber || exit 1
python setup.py develop || exit 1
cd ..
echo "phyloplumber_env.sh has been written. Whenever you want to work on phyloplumber"
echo " from the command line, then (from a bash shell) source this file to "
echo " configure your environment"