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2024-09-14 |
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本周话题：七年：一个皖北大学生的一生
相传，人体细胞每七年就会更新个遍。在这个意义上，七年就是一辈子。文章的作者周运来在个人公众号回顾了在校园和工作的两个七年。
@ShixiangWang- 还是借用前辈先贤的话。无论你遇见谁，他都是在你生命中该出现的人。无论发生什么事，那都是唯一会发生的事。不管事情开始于哪个时刻， 都是对的时刻。已经结束的，就已经结束了。你坐在这里，读着这些文字，我也相信绝非巧合。
1、Nature | 肿瘤空间组学图谱用于预测乳腺癌免疫治疗的反应
免疫疗法改变了实体瘤的治疗，但其在乳腺癌中的最佳应用仍不明确。三阴性乳腺癌（TNBC）缺乏激素受体和人类表皮生长因子2（HER2）表达，是一种需要新疗法的侵袭性亚型乳腺癌。在 TNBC 中，针对程序性死亡蛋白 1（PD-1）和程序性细胞死亡配体 1（PD-L1）之间相互作用的免疫检查点阻断（ICB）试验表明，一些患者可从中获益，但目前缺乏可靠的生物标志物来识别应答者。尽管多细胞组织预处理可能表明ICB是否可以增强免疫反应，但ICB如何重塑组织结构以实现这一点仍然模糊不清。在治疗前、治疗中和治疗后对肿瘤进行连续取样可以发现治疗引起的重塑，但这在常规临床实践中具有挑战性，因此治疗期间的组织动态与反应之间的关系尚不清楚。 2024年9月6日，剑桥大学H. Raza Ali课题组以及意大利San Raffaele医院Giampaolo Bianchini课题组在Nature发表了一篇题为“Spatial predictors of immunotherapy response in triple-negative breast cancer”的研究论文，通过绘制 TNBC 原位多细胞肿瘤生态系统图，发现了关键的 ICB 反应预测因子，并表明 ICB 能明显重塑肿瘤结构。
长非编码RNA（lncRNA）的发现和表征是过去几十年分子生物学领域的重大进展。已有研究成果表明，lncRNA在发育、肿瘤等多种生理和疾病过程中发挥调控作用，但目前绝大多数lncRNA 的功能仍然未知。通过鉴定不同物种间同源的lncRNA，可以筛选出在进化过程中保守的lncRNA，这些lncRNA也更可能具备重要的功能。但是，由于lncRNA的序列保守性较低，传统的序列比对方式只能鉴定出极少的不同物种间同源的lncRNA。例如，在斑马鱼和人类上万的lncRNA基因中，通过序列比对只能找到几十个序列保守的同源lncRNA。因此，不管是从lncRNA的理论还是技术方面考虑，目前都亟需一种新的方法来鉴定不同物种之间的同源lncRNA。2024年1月9日，清华大学张强锋、北京大学汪阳明、席建忠研究团队合作在Nature Genetics上发表题为Computational prediction and experimental validation identify functionally conserved lncRNAs from zebrafish to human的研究论文。该工作开发了一套新的计算流程，在包括人类、小鼠、斑马鱼在内的8种脊椎动物中，鉴定保守的同源lncRNA，工作同时开发了基于CRISPR的基因敲除和回补筛选系统，通过实验验证了所鉴定的同源lncRNA在不同物种中的保守功能，为该领域的研究提供了新的思路。
3、Cell Research | 基于单分子测序平台的单细胞多组学测序技术
2023年9月12日，北京大学生物医学前沿创新中心 （BIOPIC）汤富酬课题组在Cell Research上发表了题为scNanoCOOL-seq: a long-read single-cell sequencing method for multi-omics profiling within individual cells的论文，首次报道了名为scNanoCOOL-seq的单细胞多组学测序技术。该技术整合了三代测序平台 (单分子测序平台) 和 scCOOL-seq原理，能够实现在一个单细胞中同时精准检测基因组(拷贝数变异)、DNA甲基化组、染色质可及性以及转录组等多个组学层面的信息。
4、从KM到Cure Models：常用生存分析方法的优缺点
生存分析是一种用于研究个体生命长度或事件发生时间的统计方法。在许多领域中，如医学、社会学、经济学和工程学等，生存分析被广泛应用于分析个体的生存时间，并研究相关因素对生存时间的影响。通过生存分析，我们可以评估特定因素对个体生存的影响，并预测未来事件的概率。
本文旨在介绍生存分析的基本原理、常用的统计方法以及在实际应用中的一些注意事项。首先，我们将介绍生存函数和生存曲线的概念，以及其与死亡率和风险的关系。然后，我们将介绍常用的生存分析方法，包括Kaplan-Meier方法和Cox比例风险回归模型等。
只以贡献论英雄，从1943年至今的人工智能领域成果中，由多位独立科学家遴选出100多项代表性成果，在确定主要贡献者的基础上产生人工智能领域百年人才榜、国家榜、机构榜。其中图灵奖获得者Yoshua Bengio荣登榜首，美国在国家榜上获得首位，谷歌在机构榜上排名第一。
6、lr2rmats | 基于Snakemake的基因注释工具
lr2rmats是一个基于Snakemake的轻量级管道，用于结合第三代长读长和第二代短读长RNA-seq数据生成增强的基因注释文件，通过它可以用于rMATS软件进行差异选择性剪接分析。lr2rmats支持多样本和多种数据格式，并且可以在Linux/Unix系统上运行。安装和运行lr2rmats需要一些依赖软件，如minimap2、STAR、samtools、bedtools和Snakemake。用户可以通过配置文件config.yaml来指定输入输出文件和参数。该工具旨在提高转录组数据分析的效率和准确性。
7、疼痛
关于疼痛的科普。在疼痛医学界，它被公认为是继呼吸、脉搏、血压、体温之后的第五个“生命体征”。
8、wikiprofiler | 基因表达数据映射至WikiPathways的工具
wikiprofiler的R包可以将基因表达数据（如基因的倍数变化）映射到WikiPathways上进行可视化展示。该包的设计灵感来源于ggplot2，使用管道操作符%>%或|>来进行操作。wikiprofiler包最近被发布到CRAN上，方便用户安装和使用。
本文还通过示例展示了从富集分析结果中获取通路ID，然后使用wpplot()函数生成图表，并通过wp_bgfill()添加背景色，最后使用wp_shadowtext()增加带阴影的文本以提高可读性。这个包旨在简化数据映射和可视化过程，目前功能还在不断完善中。
Zulip是一个开源的团队协作工具，它结合了基于主题的线程和邮件聊天的优点，旨在提高远程工作的生产力和愉悦感。它支持实时和异步对话，目前被财富500强公司、主要开源项目以及其他组织广泛使用。
- 工具地址：https://zulip.com/
11、refgenie
Refgenie 是一个参考基因组管理器。
「Openbiox 生信周刊」运维小队：
@ShixiangWang（王诗翔）@kkjtmac（阚科佳）@NiEntropy（赵启祥）@He-Kai-fly（何凯）@JnanZhang（张佳楠）@Tomcxf（陈啸枫）@wangdepin（王德品）@kongjianyang（空间阳）@donghongyu2020（董弘禹）@DrRobinLuo（罗鹏）
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（完）