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2023-04-10 |
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这里记录每周值得分享的生信相关内容，周日发布。
本杂志开源（GitHub: openbiox/weekly），欢迎提交 issue，投稿或推荐生信相关内容。
海上城市设计。图源：https://www.pangeosyacht.com/projects
王诗翔：
「回望」非常开心在去年通过Openbiox组建了小团队来持续化运维开源的生信周刊项目，所有的参与人员都非常积极地参与和贡献了后续的计划和内容。愿我们的持续的一点小坚持、小贡献，为整个生态系统的建设添砖加瓦，为相关的学习者、工作者带去帮助。
「兔年寄语」祝全部运维成员和所有的读者在新的一年里龙腾虎跃，钱兔无量，鸿兔大展，事业有成，家庭美满！
何凯：
「回望」加入Openbiox社区已半年有余，很开心能分配到诗翔带领的生信爱好者周刊小分队中，刚进入团队时，从内容搜集到周日发表整个流程都已规划的十分详细了，使得大家很快上手协作起来，截止目前共参与了27期的内容，3次作为主负责人整理并发布，真心觉得在此过程中收获成长了很多，最大的感悟就是眼界不再局限于自己所认知或擅长的那一片领域内，改掉了一些不好的习惯(比如把知识放进收藏夹里吃灰)，在不断分享知识过程中对某些问题的理解也更加深刻广泛。
「兔年寄语」1. 新的一年，希望在有精力前提下更多参与负责周刊的内容搜集整理，不断开拓自己知识领域；2. 顺利完成自己的课题，在投的几篇paper能顺利accpet，同时提升自己coding水平 ； 3. 互相协作半年之久，希望后续有机会和几位小伙伴线上/下见面有更多的交流认识。
赵启祥：
「回望」很高兴加入Openbiox社群，在生信爱好者周刊小分队里！每一次参与周刊内容的分享都可以学到新的知识，接触新领域，给枯燥的科研生活注入活力！
「兔年寄语」新年快乐！祝大家在新的一年里顺顺利利，事业有成，阖家团圆！
1、Science | 冷冻人类大脑分析揭示出与年龄相关的“超突变性”
来自梅奥诊所、耶鲁大学和约翰霍普金斯大学领导的研究团队首次对大规模人类死后冷冻大脑进行了深度全基因组测序分析，揭示了大脑中体细胞突变的复杂病因学及其与衰老的潜在关系。该团队还表示，虽然在这项研究中没有发现体细胞突变与精神分裂症和图雷特综合征之间的联系，但还需要更多的研究来排除这一可能。他们强调，鉴于上述发现，有必要对更大规模的自闭症和其他疾病队列进行进一步研究，以对这一观察结果做出明确的结论。
大量的生物序列数据，加上最近在计算机视觉或自然语言处理等领域的深度学习方法上的突破，当下正面临深度基因组学下生物信息学的变革。这篇综述回顾了深度学习在该领域的新应用，主要集中在三个方面：基因组的功能注释、基因组功能的序列决定因素和编写合成基因组序列的可能性。
本文阐述了几个测序龙头公司的市场价值。
注：
- TAM - Total Available Market 代表潜在市场。
- SAM - Serviceable Available Market 代表可触达的市场。SAM是TAM的一部分。
- SOM - Serviceable Obtainable Market 代表可获取市场。SOM又是SAM的一部分。
4、国内服务器无法访问Github导致git pull失效的解决办法
本文针对lamp环境更新后，执行git pull却发现无法访问github服务器的问题，提出了修改hosts文件的解决方法。并提供了最新的GitHub IP地址。
5、gGnome.js ｜ 一个用户友好化的网页工具，用于展示基因组上各种信息
juicr 是一个利用自动、半自动和手动工具，从科学图像中提取数据的GUI 界面。适用范围包含数据的散点图和条形图，或具有可进行数字转换或坐标分类的信息的其他图像。
Selfspy是一款支持Unix、MacOS和Windows平台、实时监控并记录你电脑各种操作的工具，通过相应的指令可以回顾并查询既往的操作。
「Openbiox 生信周刊」运维小队：
@ShixiangWang（王诗翔）@kkjtmac（阚科佳）@NiEntropy（赵启祥）@He-Kai-fly（何凯）@JnanZhang（张佳楠）@Tomcxf（陈啸枫）@wangdepin（王德品）
这个周刊每周日发布，同步更新在微信公众号「优雅R」（elegant-r）上。
微信搜索“优雅R”或者扫描二维码，即可订阅。
（完）