model.txt

#
# Simple HMM for trans membrane detection used in project 2 in MLiB Q3/2017
#

hidden
i M o

observables
A C E D G F I H K M L N Q P S R T W V Y

pi
0.496359 0.188095 0.315546

transitions
0.990971 0.009029 0.000000
0.023083 0.953090 0.023827
0.000000 0.013759 0.986241

emissions
0.043601 0.011814 0.053446 0.065541 0.049508 0.049789 0.054571 0.024191 0.055977 0.035162 0.103235 0.045007 0.029536 0.048101 0.075105 0.059634 0.068354 0.016315 0.067792 0.043319
0.102010 0.019360 0.009680 0.011914 0.033507 0.103500 0.118392 0.003723 0.000745 0.039464 0.138496 0.014147 0.011914 0.026806 0.067014 0.012658 0.073716 0.037230 0.119136 0.056590
0.082374 0.008415 0.059345 0.059345 0.069973 0.031001 0.049159 0.019043 0.081045 0.025244 0.068202 0.047830 0.032772 0.052259 0.073959 0.086802 0.056244 0.007086 0.062445 0.027458