Μια επιλογή είναι να εκκινήσει μια διαδικασία κελύφους και να χρησιμοποιηθεί η γραμμή εντολών του Git για να κάνει τη δουλειά. Αυτό έχει το πλεονέκτημα ότι είναι σύμφωνο με τον κανόνα και υποστηρίζονται όλες οι λειτουργίες του Git. Αυτό συμβαίνει επίσης να είναι αρκετά εύκολο, καθώς τα περισσότερα περιβάλλοντα εκτέλεσης (runtime environments) έχουν μία σχετικά απλή δυνατότητα για την επίκληση μιας διαδικασίας με ορίσματα γραμμής εντολών. Ωστόσο, αυτή η προσέγγιση έχει κάποια μειονεκτήματα.
Το ένα είναι ότι όλη η έξοδος είναι σε απλό κείμενο. Αυτό σημαίνει ότι θα πρέπει να αναλύσουμε την περιστασιακά μεταβαλλόμενη μορφή εξόδου του Git για να διαβάσουμε πληροφορίες σχετικά με την πρόοδο και τα αποτελέσματα, κάτι που μπορεί να είναι αναποτελεσματικό και επιρρεπές σε σφάλματα.
Ένα άλλο είναι η έλλειψη ανάκτησης σφαλμάτων. Εάν ένα αποθετήριο είναι παρεφθαρμένο κατά κάποιο τρόπο ή ο χρήστης έχει μια μη-έγκυρη τιμή διαμόρφωσης, το Git απλά θα αρνηθεί να εκτελέσει πολλές λειτουργίες.
Ένα ακόμα είναι η διαχείριση της διαδικασίας. Το Git απαιτεί να διατηρούμε ένα περιβάλλον κελύφους ως ξεχωριστή διαδικασία, κάτι που μπορεί να προσθέσει ανεπιθύμητη πολυπλοκότητα. Η προσπάθεια συντονισμού πολλών από αυτές τις διεργασίες (ειδικά όταν δυνητικά έχουμε πρόσβαση στο ίδιο αποθετήριο από διάφορες διεργασίες) μπορεί να είναι μια μεγάλη πρόκληση.