config.template.yaml

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# Basic parameters
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# # Where to put output files
# data: data

# The genome
genome:
  fna: 'fixme/genome.fna'
  gtf: 'fixme/genome.gtf'
  # Any additional annotations
  #additional_gtf: 

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# Sample data
########################################################################

samples:

  A1:
    R1: 'fixme/A1_R1.fastq.gz'
    R2: 'fixme/A1_R2.fastq.gz'
  A2:
    R1: 'fixme/A2_R1.fastq.gz'
    R2: 'fixme/A2_R2.fastq.gz'
  A3:
    R1: 'fixme/A3_R1.fastq.gz'
    R2: 'fixme/A3_R2.fastq.gz'
  B1:
    R1: 'fixme/B1_R1.fastq.gz'
    R2: 'fixme/B1_R2.fastq.gz'
  B2:
    R1: 'fixme/B2_R1.fastq.gz'
    R2: 'fixme/B2_R2.fastq.gz'
  B3:
    R1: 'fixme/B3_R1.fastq.gz'
    R2: 'fixme/B3_R2.fastq.gz'

# fastp_args: "--trim_front1 1 --trim_front2 1 --adapter_sequence CTGTCTCTTATACACATCT"

# How do the reads map to the genome?
# orientation := "forward" # reads map to "sense"
# orientation := "reverse" # reads map to "antisense"
# If "orientation" is not set, then deduce heuristically

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# Diff exp parameters
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exps:

  example:
    fdr: 0.05
    #pvalue: 0.05
    foldchange: 2.0
    control_name: 'A'
    control_samples: ['A1', 'A2', 'A3']
    treatment_name: 'B'
    treatment_samples: ['B1', 'B2', 'B3']

  unfiltered:
    fdr: -1
    pvalue: -1
    foldchange: 1,5
    control_name: 'A'
    control_samples: ['A1', 'A2', 'A3']
    treatment_name: 'B'
    treatment_samples: ['B1', 'B2', 'B3']