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#!/usr/bin/env python
import sys
version = "1.1"
tag = "20120826-TAW"
# Martini Force Field Definition Generating Script - Standard version
# Version 2012-02-19 TAW
# If a file with nonbonded parameters (atom types and interactions)
# is given on the command line, the output will be a merged forcefield
aa = len(sys.argv) > 1 and open(sys.argv[1]).readlines()
beads = { # Name: Mass
"P5": 72, "P4": 72, "P3": 72, "P2": 72, "P1": 72, # Polar
"Nda": 72, "Nd": 72, "Na": 72, "N0": 72, # Intermediate
"C5": 72, "C4": 72, "C3": 72, "C2": 72, "C1": 72, # Apolar
"Qda": 72, "Qd": 72, "Qa": 72, "Q0": 72, # Charged
"SP5": 45, "SP4": 45, "SP3": 45, "SP2": 45, "SP1": 45, # Ring type, polar
"SNda": 45, "SNd": 45, "SNa": 45, "SN0": 45, # Ring type, intermediate
"SC5": 45, "SC4": 45, "SC3": 45, "SC2": 45, "SC1": 45, # Ring type, apolar
"SQda": 45, "SQd": 45, "SQa": 45, "SQ0": 45, # Ring type, charged
"AC1": 72, "AC2": 72, # Amino acid side chains (Q-C interactions)
}
martini_v2_1 ="""
; MARTINI FORCEFIELD V2.1 - FINAL VERSION
;
; SJ MARRINK, 16-06-2007 (last modified: 26-1-2011)
;
; please cite:
;
; L. Monticelli, S. Kandasamy, X. Periole, R. Larson, D.P. Tieleman, S.J. Marrink.
; The MARTINI coarse grained force field: extension to proteins.
; J. Chem. Th. Comp., 4:819-834, 2008.
;
; S.J. Marrink, H.J. Risselada, S. Yefimov, D.P. Tieleman, A.H. de Vries.
; The MARTINI forcefield: coarse grained model for biomolecular simulations.
; JPC-B, 111:7812-7824, 2007.
;
; and (if using lipid topologies):
;
; S.J. Marrink, A.H. de Vries, A.E. Mark.
; Coarse grained model for semi-quantitative lipid simulations.
; JPC-B, 108:750-760, 2004.
[ defaults ]
1 1
[ atomtypes ]
; Currently eighteen main MARTINI particle types are defined,
; divided into four main categories:
; (P, polar; N, intermediate; C, apolar; Q, charged)
; each of which has a number of sublevels (0,a,d, or ad)
; subtype 0 has no hydrogen bond forming capacities,
; subtype d has hydrogen donor capacities,
; subtype a has hydrogen acceptor capacities,
; and subtype da has both donor and acceptor capacities
; or (1,2,3,4,5) where subtype 5 is more polar than 1.
; Two main classes of particles are furthermore distinguished, namely
; STANDARD particles which are mapped using a 4:1 mapping scheme, and
; RING particles which are used for ring compounds mapped 2-3:1.
; A special BIG particle type is defined in addition to prevent freezing of CG water.
; Two AMINO acid particle types are used to avoid Q-C clashes inside proteins.
; For reasons of computational efficiency, all particle masses are set to 72 amu,
; except for ring types which are set to 45 amu.
; For realistic dynamics, the particle masses should be adapted.
; This might require a reduction of the integration timestep, however.
; name mass charge ptype c6 c12
"""
# Epsilon: 5.60(A), 5.00(B), 4.50(C), 4.00(D), 3.50(E), 3.10(F), 2.70(G), 2.30(H), 2.00(I)
# Sigma: 0.00(0), 0.43(1), 0.47(2), 0.57(3), 0.62(4)
# Scaling: 1.00(a), 0.95(b), 0.90(c), 0.75(d), 0.71(e)
epsilon = {
"0":0.00, # no interaction
"A":5.60, # supra attractive
"B":5.00, # attractive
"C":4.50, # almost attractive
"D":4.00, # semi attractive
"E":3.50, # intermediate
"F":3.10, # almost intermediate
"G":2.70, # semi repulsive
"H":2.30, # almost repulsive
"I":2.00, # repulsive
"Z":0.25, # with sigma=1 yields c6=c12=1
}
sigma = {
"0":0.00, # no interaction
"1":0.43, # ring bead type
"2":0.47, # default bead type
"3":0.57, # supra attractive bead type
"4":0.62, # super repulsive bead type
"5":1.00, # unity: c6/12 parity
}
scale = {
"a":1.00, # no scaling
"b":0.95, # 95%: interaction with polarizable water
"c":0.90, # 90%: S* - C1 interactions with BMW water
"d":0.75, # 75%: ring bead types (S*) and uncharged interactions with BMW for epsilon >=4.5
"e":0.71, # 71%: uncharged interactions with BMW for epsilon<4.5
}
# BEAD TYPES
# Default bead types; 4:1 mapping, 72 AMU
plain = {
"P5": 72, "P4": 72, "P3": 72, "P2": 72, "P1": 72, # Polar
"Nda": 72, "Nd": 72, "Na": 72, "N0": 72, # Intermediate
"C5": 72, "C4": 72, "C3": 72, "C2": 72, "C1": 72, # Apolar
"Qda": 72, "Qd": 72, "Qa": 72, "Q0": 72, # Charged
"AC1": 72, "AC2": 72, # Amino acid specific (Q-C interactions)
}
# Ring bead types; mapping 2:1 or 3:1, 45 AMU
small = {
"SP5": 45, "SP4": 45, "SP3": 45, "SP2": 45, "SP1": 45, # Ring type, polar
"SNda": 45, "SNd": 45, "SNa": 45, "SN0": 45, # Ring type, intermediate
"SC5": 45, "SC4": 45, "SC3": 45, "SC2": 45, "SC1": 45, # Ring type, apolar
"SQda": 45, "SQd": 45, "SQa": 45, "SQ0": 45, # Ring type, charged
}
# Virtual sites, plain type; mapping 4:1, no mass
vsite = {
"vP5": 0, "vP4": 0, "vP3": 0, "vP2": 0, "vP1": 0, # Polar
"vNda": 0, "vNd": 0, "vNa": 0, "vN0": 0, # Intermediate
"vC5": 0, "vC4": 0, "vC3": 0, "vC2": 0, "vC1": 0, # Apolar
"vQda": 0, "vQd": 0, "vQa": 0, "vQ0": 0, # Charged
"vAC1": 0, "vAC2": 0, # Amino acid specific (Q-C interactions)
}
# Virtual sites, small type; mapping 2:1 or 3:1, no mass
svste = {
"vSP5": 0, "vSP4": 0, "vSP3": 0, "vSP2": 0, "vSP1": 0, # Ring type, polar
"vSNda": 0, "vSNd": 0, "vSNa": 0, "vSN0": 0, # Ring type, intermediate
"vSC5": 0, "vSC4": 0, "vSC3": 0, "vSC2": 0, "vSC1": 0, # Ring type, apolar
"vSQda": 0, "vSQd": 0, "vSQa": 0, "vSQ0": 0, # Ring type, charged
}
# Other: Special purpose types
other = {
"BP4": 72, # Big water particle (antifreeze).
"D": 0, # Dummy particle type
}
classes = ("plain","small","vsite","svste","other")
# Dummy atom types. These will be given a repulsion "DUMMY_REPEL"
# with all atoms from the atomistic forcefield, if provided
dummy = ["D","BMQ"]
# Gather all atom types
all,mass = zip(*[i for j in classes for i in eval(j).items()])
virtual = vsite.keys() + svste.keys()
rla = range(len(all))
cmb = [ (all[i],all[j]) for i in rla for j in rla[i:] ]
# Epsilon: 5.60(A), 5.00(B), 4.50(C), 4.00(D), 3.50(E), 3.10(F), 2.70(G), 2.30(H), 2.00(I)
# Sigma: 0.00(0), 0.43(1), 0.47(2), 0.57(3), 0.62(4)
# Scaling: 1.00(a), 0.95(b), 0.90(c), 0.75(d), 0.71(e)
table_plain = """
Qda Qd Qa Q0 P5 P4 P3 P2 P1 Nda Nd Na N0 C5 C4 C3 C2 C1 AC2 AC1
Qda Aa2 Aa2 Aa2 Ca2 Aa2 Aa2 Aa2 Ba2 Ba2 Ba2 Ba2 Ba2 Ea2 Fa2 Ga2 Ha2 Ia4 Ia4 Ia2 Ia2
Qd Aa2 Ba2 Aa2 Ca2 Aa2 Aa2 Aa2 Ba2 Ba2 Ba2 Da2 Ba2 Ea2 Fa2 Ga2 Ha2 Ia4 Ia4 Ia2 Ia2
Qa Aa2 Aa2 Ba2 Ca2 Aa2 Aa2 Aa2 Ba2 Ba2 Ba2 Ba2 Da2 Ea2 Fa2 Ga2 Ha2 Ia4 Ia4 Ia2 Ia2
Q0 Ca2 Ca2 Ca2 Ea2 Ba2 Aa2 Ba2 Ca2 Da2 Da2 Da2 Da2 Ea2 Fa2 Ga2 Ha2 Ia4 Ia4 Ia2 Ia2
P5 Aa2 Aa2 Aa2 Ba2 Aa2 Aa2 Aa2 Aa2 Aa2 Ba2 Ba2 Ba2 Ea2 Fa2 Ga2 Ga2 Ha2 Ia2 Ha2 Ia2
P4 Aa2 Aa2 Aa2 Aa2 Aa2 Ba2 Ba2 Ca2 Ca2 Da2 Da2 Da2 Ea2 Fa2 Ga2 Ga2 Ha2 Ia2 Ha2 Ia2
P3 Aa2 Aa2 Aa2 Ba2 Aa2 Ba2 Ba2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Ea2 Ea2 Fa2 Fa2 Ga2 Ha2 Ga2 Ha2
P2 Ba2 Ba2 Ba2 Ca2 Aa2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Da2 Ea2 Ea2 Fa2 Ga2 Ha2 Ga2 Ha2
P1 Ba2 Ba2 Ba2 Da2 Aa2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Da2 Ea2 Ea2 Ea2 Fa2 Ga2 Fa2 Ga2
Nda Ba2 Ba2 Ba2 Da2 Ba2 Da2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Ea2 Ea2 Fa2 Ga2 Ga2 Ga2 Ga2 Ga2
Nd Ba2 Da2 Ba2 Da2 Ba2 Da2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Da2 Ca2 Ea2 Ea2 Fa2 Ga2 Ga2 Ga2 Ga2 Ga2
Na Ba2 Ba2 Da2 Da2 Ba2 Da2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Da2 Ea2 Ea2 Fa2 Ga2 Ga2 Ga2 Ga2 Ga2
N0 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Da2 Da2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Fa2 Ga2 Fa2 Ga2
C5 Fa2 Fa2 Fa2 Fa2 Fa2 Fa2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Fa2 Fa2 Fa2 Fa2
C4 Ga2 Ga2 Ga2 Ga2 Ga2 Ga2 Fa2 Ea2 Ea2 Fa2 Fa2 Fa2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Fa2 Fa2 Fa2 Fa2
C3 Ha2 Ha2 Ha2 Ha2 Ga2 Ga2 Fa2 Fa2 Ea2 Ga2 Ga2 Ga2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2
C2 Ia4 Ia4 Ia4 Ia4 Ha2 Ha2 Ga2 Ga2 Fa2 Ga2 Ga2 Ga2 Fa2 Fa2 Fa2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2
C1 Ia4 Ia4 Ia4 Ia4 Ia2 Ia2 Ha2 Ha2 Ga2 Ga2 Ga2 Ga2 Ga2 Fa2 Fa2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2
AC2 Ia2 Ia2 Ia2 Ia2 Ha2 Ha2 Ga2 Ga2 Fa2 Ga2 Ga2 Ga2 Fa2 Fa2 Fa2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2
AC1 Ia2 Ia2 Ia2 Ia2 Ia2 Ia2 Ha2 Ha2 Ga2 Ga2 Ga2 Ga2 Ga2 Fa2 Fa2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2
"""
table_small = """
SQda SQd SQa SQ0 SP5 SP4 SP3 SP2 SP1 SNda SNd SNa SN0 SC5 SC4 SC3 SC2 SC1
SQda Ad1 Ad1 Ad1 Cd1 Ad1 Ad1 Ad1 Bd1 Bd1 Bd1 Bd1 Bd1 Ed1 Fd1 Gd1 Hd1 Ia4 Ia4
SQd Ad1 Bd1 Ad1 Cd1 Ad1 Ad1 Ad1 Bd1 Bd1 Bd1 Dd1 Bd1 Ed1 Fd1 Gd1 Hd1 Ia4 Ia4
SQa Ad1 Ad1 Bd1 Cd1 Ad1 Ad1 Ad1 Bd1 Bd1 Bd1 Bd1 Dd1 Ed1 Fd1 Gd1 Hd1 Ia4 Ia4
SQ0 Cd1 Cd1 Cd1 Ed1 Bd1 Ad1 Bd1 Cd1 Dd1 Dd1 Dd1 Dd1 Ed1 Fd1 Gd1 Hd1 Ia4 Ia4
SP5 Ad1 Ad1 Ad1 Bd1 Ad1 Ad1 Ad1 Ad1 Ad1 Bd1 Bd1 Bd1 Ed1 Fd1 Gd1 Gd1 Hd1 Id1
SP4 Ad1 Ad1 Ad1 Ad1 Ad1 Bd1 Bd1 Cd1 Cd1 Dd1 Dd1 Dd1 Ed1 Fd1 Gd1 Gd1 Hd1 Id1
SP3 Ad1 Ad1 Ad1 Bd1 Ad1 Bd1 Bd1 Cd1 Cd1 Cd1 Cd1 Cd1 Ed1 Ed1 Fd1 Fd1 Gd1 Hd1
SP2 Bd1 Bd1 Bd1 Cd1 Ad1 Cd1 Cd1 Cd1 Cd1 Cd1 Cd1 Cd1 Dd1 Ed1 Ed1 Fd1 Gd1 Hd1
SP1 Bd1 Bd1 Bd1 Dd1 Ad1 Cd1 Cd1 Cd1 Cd1 Cd1 Cd1 Cd1 Dd1 Ed1 Ed1 Ed1 Fd1 Gd1
SNda Bd1 Bd1 Bd1 Dd1 Bd1 Dd1 Cd1 Cd1 Cd1 Cd1 Cd1 Cd1 Ed1 Ed1 Fd1 Gd1 Gd1 Gd1
SNd Bd1 Dd1 Bd1 Dd1 Bd1 Dd1 Cd1 Cd1 Cd1 Cd1 Dd1 Cd1 Ed1 Ed1 Fd1 Gd1 Gd1 Gd1
SNa Bd1 Bd1 Dd1 Dd1 Bd1 Dd1 Cd1 Cd1 Cd1 Cd1 Cd1 Dd1 Ed1 Ed1 Fd1 Gd1 Gd1 Gd1
SN0 Ed1 Ed1 Ed1 Ed1 Ed1 Ed1 Ed1 Dd1 Dd1 Ed1 Ed1 Ed1 Ed1 Ed1 Ed1 Ed1 Fd1 Gd1
SC5 Fd1 Fd1 Fd1 Fd1 Fd1 Fd1 Ed1 Ed1 Ed1 Ed1 Ed1 Ed1 Ed1 Ed1 Ed1 Ed1 Fd1 Fd1
SC4 Gd1 Gd1 Gd1 Gd1 Gd1 Gd1 Fd1 Ed1 Ed1 Fd1 Fd1 Fd1 Ed1 Ed1 Ed1 Ed1 Fd1 Fd1
SC3 Hd1 Hd1 Hd1 Hd1 Gd1 Gd1 Fd1 Fd1 Ed1 Gd1 Gd1 Gd1 Ed1 Ed1 Ed1 Ed1 Ed1 Ed1
SC2 Ia4 Ia4 Ia4 Ia4 Hd1 Hd1 Gd1 Gd1 Fd1 Gd1 Gd1 Gd1 Fd1 Fd1 Fd1 Ed1 Ed1 Ed1
SC1 Ia4 Ia4 Ia4 Ia4 Id1 Id1 Hd1 Hd1 Gd1 Gd1 Gd1 Gd1 Gd1 Fd1 Fd1 Ed1 Ed1 Ed1
"""
table_small_plain = """
Qda Qd Qa Q0 P5 P4 P3 P2 P1 Nda Nd Na N0 C5 C4 C3 C2 C1 AC2 AC1
SQda Aa2 Aa2 Aa2 Ca2 Aa2 Aa2 Aa2 Ba2 Ba2 Ba2 Ba2 Ba2 Ea2 Fa2 Ga2 Ha2 Ia4 Ia4 Ia2 Ia2
SQd Aa2 Ba2 Aa2 Ca2 Aa2 Aa2 Aa2 Ba2 Ba2 Ba2 Da2 Ba2 Ea2 Fa2 Ga2 Ha2 Ia4 Ia4 Ia2 Ia2
SQa Aa2 Aa2 Ba2 Ca2 Aa2 Aa2 Aa2 Ba2 Ba2 Ba2 Ba2 Da2 Ea2 Fa2 Ga2 Ha2 Ia4 Ia4 Ia2 Ia2
SQ0 Ca2 Ca2 Ca2 Ea2 Ba2 Aa2 Ba2 Ca2 Da2 Da2 Da2 Da2 Ea2 Fa2 Ga2 Ha2 Ia4 Ia4 Ia2 Ia2
SP5 Aa2 Aa2 Aa2 Ba2 Aa2 Aa2 Aa2 Aa2 Aa2 Ba2 Ba2 Ba2 Ea2 Fa2 Ga2 Ga2 Ha2 Ia2 Ha2 Ia2
SP4 Aa2 Aa2 Aa2 Aa2 Aa2 Ba2 Ba2 Ca2 Ca2 Da2 Da2 Da2 Ea2 Fa2 Ga2 Ga2 Ha2 Ia2 Ha2 Ia2
SP3 Aa2 Aa2 Aa2 Ba2 Aa2 Ba2 Ba2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Ea2 Ea2 Fa2 Fa2 Ga2 Ha2 Ga2 Ha2
SP2 Ba2 Ba2 Ba2 Ca2 Aa2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Da2 Ea2 Ea2 Fa2 Ga2 Ha2 Ga2 Ha2
SP1 Ba2 Ba2 Ba2 Da2 Aa2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Da2 Ea2 Ea2 Ea2 Fa2 Ga2 Fa2 Ga2
SNda Ba2 Ba2 Ba2 Da2 Ba2 Da2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Ea2 Ea2 Fa2 Ga2 Ga2 Ga2 Ga2 Ga2
SNd Ba2 Da2 Ba2 Da2 Ba2 Da2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Da2 Ca2 Ea2 Ea2 Fa2 Ga2 Ga2 Ga2 Ga2 Ga2
SNa Ba2 Ba2 Da2 Da2 Ba2 Da2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Da2 Ea2 Ea2 Fa2 Ga2 Ga2 Ga2 Ga2 Ga2
SN0 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Da2 Da2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Fa2 Ga2 Fa2 Ga2
SC5 Fa2 Fa2 Fa2 Fa2 Fa2 Fa2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Fa2 Fa2 Fa2 Fa2
SC4 Ga2 Ga2 Ga2 Ga2 Ga2 Ga2 Fa2 Ea2 Ea2 Fa2 Fa2 Fa2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Fa2 Fa2 Fa2 Fa2
SC3 Ha2 Ha2 Ha2 Ha2 Ga2 Ga2 Fa2 Fa2 Ea2 Ga2 Ga2 Ga2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2
SC2 Ia4 Ia4 Ia4 Ia4 Ha2 Ha2 Ga2 Ga2 Fa2 Ga2 Ga2 Ga2 Fa2 Fa2 Fa2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2
SC1 Ia4 Ia4 Ia4 Ia4 Ia2 Ia2 Ha2 Ha2 Ga2 Ga2 Ga2 Ga2 Ga2 Fa2 Fa2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2
"""
table_vsite = """
vQda vQd vQa vQ0 vP5 vP4 vP3 vP2 vP1 vNda vNd vNa vN0 vC5 vC4 vC3 vC2 vC1 vAC2 vAC1
vQda Aa2 Aa2 Aa2 Ca2 Aa2 Aa2 Aa2 Ba2 Ba2 Ba2 Ba2 Ba2 Ea2 Fa2 Ga2 Ha2 Ia4 Ia4 Ia2 Ia2
vQd Aa2 Ba2 Aa2 Ca2 Aa2 Aa2 Aa2 Ba2 Ba2 Ba2 Da2 Ba2 Ea2 Fa2 Ga2 Ha2 Ia4 Ia4 Ia2 Ia2
vQa Aa2 Aa2 Ba2 Ca2 Aa2 Aa2 Aa2 Ba2 Ba2 Ba2 Ba2 Da2 Ea2 Fa2 Ga2 Ha2 Ia4 Ia4 Ia2 Ia2
vQ0 Ca2 Ca2 Ca2 Ea2 Ba2 Aa2 Ba2 Ca2 Da2 Da2 Da2 Da2 Ea2 Fa2 Ga2 Ha2 Ia4 Ia4 Ia2 Ia2
vP5 Aa2 Aa2 Aa2 Ba2 Aa2 Aa2 Aa2 Aa2 Aa2 Ba2 Ba2 Ba2 Ea2 Fa2 Ga2 Ga2 Ha2 Ia2 Ha2 Ia2
vP4 Aa2 Aa2 Aa2 Aa2 Aa2 Ba2 Ba2 Ca2 Ca2 Da2 Da2 Da2 Ea2 Fa2 Ga2 Ga2 Ha2 Ia2 Ha2 Ia2
vP3 Aa2 Aa2 Aa2 Ba2 Aa2 Ba2 Ba2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Ea2 Ea2 Fa2 Fa2 Ga2 Ha2 Ga2 Ha2
vP2 Ba2 Ba2 Ba2 Ca2 Aa2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Da2 Ea2 Ea2 Fa2 Ga2 Ha2 Ga2 Ha2
vP1 Ba2 Ba2 Ba2 Da2 Aa2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Da2 Ea2 Ea2 Ea2 Fa2 Ga2 Fa2 Ga2
vNda Ba2 Ba2 Ba2 Da2 Ba2 Da2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Ea2 Ea2 Fa2 Ga2 Ga2 Ga2 Ga2 Ga2
vNd Ba2 Da2 Ba2 Da2 Ba2 Da2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Da2 Ca2 Ea2 Ea2 Fa2 Ga2 Ga2 Ga2 Ga2 Ga2
vNa Ba2 Ba2 Da2 Da2 Ba2 Da2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Da2 Ea2 Ea2 Fa2 Ga2 Ga2 Ga2 Ga2 Ga2
vN0 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Da2 Da2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Fa2 Ga2 Fa2 Ga2
vC5 Fa2 Fa2 Fa2 Fa2 Fa2 Fa2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Fa2 Fa2 Fa2 Fa2
vC4 Ga2 Ga2 Ga2 Ga2 Ga2 Ga2 Fa2 Ea2 Ea2 Fa2 Fa2 Fa2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Fa2 Fa2 Fa2 Fa2
vC3 Ha2 Ha2 Ha2 Ha2 Ga2 Ga2 Fa2 Fa2 Ea2 Ga2 Ga2 Ga2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2
vC2 Ia4 Ia4 Ia4 Ia4 Ha2 Ha2 Ga2 Ga2 Fa2 Ga2 Ga2 Ga2 Fa2 Fa2 Fa2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2
vC1 Ia4 Ia4 Ia4 Ia4 Ia2 Ia2 Ha2 Ha2 Ga2 Ga2 Ga2 Ga2 Ga2 Fa2 Fa2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2
vAC2 Ia2 Ia2 Ia2 Ia2 Ha2 Ha2 Ga2 Ga2 Fa2 Ga2 Ga2 Ga2 Fa2 Fa2 Fa2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2
vAC1 Ia2 Ia2 Ia2 Ia2 Ia2 Ia2 Ha2 Ha2 Ga2 Ga2 Ga2 Ga2 Ga2 Fa2 Fa2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2
"""
table_vsite_plain = """
Qda Qd Qa Q0 P5 P4 P3 P2 P1 Nda Nd Na N0 C5 C4 C3 C2 C1 AC2 AC1
vQda Aa2 Aa2 Aa2 Ca2 Aa2 Aa2 Aa2 Ba2 Ba2 Ba2 Ba2 Ba2 Ea2 Fa2 Ga2 Ha2 Ia4 Ia4 Ia2 Ia2
vQd Aa2 Ba2 Aa2 Ca2 Aa2 Aa2 Aa2 Ba2 Ba2 Ba2 Da2 Ba2 Ea2 Fa2 Ga2 Ha2 Ia4 Ia4 Ia2 Ia2
vQa Aa2 Aa2 Ba2 Ca2 Aa2 Aa2 Aa2 Ba2 Ba2 Ba2 Ba2 Da2 Ea2 Fa2 Ga2 Ha2 Ia4 Ia4 Ia2 Ia2
vQ0 Ca2 Ca2 Ca2 Ea2 Ba2 Aa2 Ba2 Ca2 Da2 Da2 Da2 Da2 Ea2 Fa2 Ga2 Ha2 Ia4 Ia4 Ia2 Ia2
vP5 Aa2 Aa2 Aa2 Ba2 Aa2 Aa2 Aa2 Aa2 Aa2 Ba2 Ba2 Ba2 Ea2 Fa2 Ga2 Ga2 Ha2 Ia2 Ha2 Ia2
vP4 Aa2 Aa2 Aa2 Aa2 Aa2 Ba2 Ba2 Ca2 Ca2 Da2 Da2 Da2 Ea2 Fa2 Ga2 Ga2 Ha2 Ia2 Ha2 Ia2
vP3 Aa2 Aa2 Aa2 Ba2 Aa2 Ba2 Ba2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Ea2 Ea2 Fa2 Fa2 Ga2 Ha2 Ga2 Ha2
vP2 Ba2 Ba2 Ba2 Ca2 Aa2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Da2 Ea2 Ea2 Fa2 Ga2 Ha2 Ga2 Ha2
vP1 Ba2 Ba2 Ba2 Da2 Aa2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Da2 Ea2 Ea2 Ea2 Fa2 Ga2 Fa2 Ga2
vNda Ba2 Ba2 Ba2 Da2 Ba2 Da2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Ea2 Ea2 Fa2 Ga2 Ga2 Ga2 Ga2 Ga2
vNd Ba2 Da2 Ba2 Da2 Ba2 Da2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Da2 Ca2 Ea2 Ea2 Fa2 Ga2 Ga2 Ga2 Ga2 Ga2
vNa Ba2 Ba2 Da2 Da2 Ba2 Da2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Da2 Ea2 Ea2 Fa2 Ga2 Ga2 Ga2 Ga2 Ga2
vN0 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Da2 Da2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Fa2 Ga2 Fa2 Ga2
vC5 Fa2 Fa2 Fa2 Fa2 Fa2 Fa2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Fa2 Fa2 Fa2 Fa2
vC4 Ga2 Ga2 Ga2 Ga2 Ga2 Ga2 Fa2 Ea2 Ea2 Fa2 Fa2 Fa2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Fa2 Fa2 Fa2 Fa2
vC3 Ha2 Ha2 Ha2 Ha2 Ga2 Ga2 Fa2 Fa2 Ea2 Ga2 Ga2 Ga2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2
vC2 Ia4 Ia4 Ia4 Ia4 Ha2 Ha2 Ga2 Ga2 Fa2 Ga2 Ga2 Ga2 Fa2 Fa2 Fa2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2
vC1 Ia4 Ia4 Ia4 Ia4 Ia2 Ia2 Ha2 Ha2 Ga2 Ga2 Ga2 Ga2 Ga2 Fa2 Fa2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2
vAC2 Ia2 Ia2 Ia2 Ia2 Ha2 Ha2 Ga2 Ga2 Fa2 Ga2 Ga2 Ga2 Fa2 Fa2 Fa2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2
vAC1 Ia2 Ia2 Ia2 Ia2 Ia2 Ia2 Ha2 Ha2 Ga2 Ga2 Ga2 Ga2 Ga2 Fa2 Fa2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2
"""
table_vsite_small = """
SQda SQd SQa SQ0 SP5 SP4 SP3 SP2 SP1 SNda SNd SNa SN0 SC5 SC4 SC3 SC2 SC1
vQda Aa2 Aa2 Aa2 Ca2 Aa2 Aa2 Aa2 Ba2 Ba2 Ba2 Ba2 Ba2 Ea2 Fa2 Ga2 Ha2 Ia4 Ia4
vQd Aa2 Ba2 Aa2 Ca2 Aa2 Aa2 Aa2 Ba2 Ba2 Ba2 Da2 Ba2 Ea2 Fa2 Ga2 Ha2 Ia4 Ia4
vQa Aa2 Aa2 Ba2 Ca2 Aa2 Aa2 Aa2 Ba2 Ba2 Ba2 Ba2 Da2 Ea2 Fa2 Ga2 Ha2 Ia4 Ia4
vQ0 Ca2 Ca2 Ca2 Ea2 Ba2 Aa2 Ba2 Ca2 Da2 Da2 Da2 Da2 Ea2 Fa2 Ga2 Ha2 Ia4 Ia4
vP5 Aa2 Aa2 Aa2 Ba2 Aa2 Aa2 Aa2 Aa2 Aa2 Ba2 Ba2 Ba2 Ea2 Fa2 Ga2 Ga2 Ha2 Ia2
vP4 Aa2 Aa2 Aa2 Aa2 Aa2 Ba2 Ba2 Ca2 Ca2 Da2 Da2 Da2 Ea2 Fa2 Ga2 Ga2 Ha2 Ia2
vP3 Aa2 Aa2 Aa2 Ba2 Aa2 Ba2 Ba2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Ea2 Ea2 Fa2 Fa2 Ga2 Ha2
vP2 Ba2 Ba2 Ba2 Ca2 Aa2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Da2 Ea2 Ea2 Fa2 Ga2 Ha2
vP1 Ba2 Ba2 Ba2 Da2 Aa2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Da2 Ea2 Ea2 Ea2 Fa2 Ga2
vNda Ba2 Ba2 Ba2 Da2 Ba2 Da2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Ea2 Ea2 Fa2 Ga2 Ga2 Ga2
vNd Ba2 Da2 Ba2 Da2 Ba2 Da2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Da2 Ca2 Ea2 Ea2 Fa2 Ga2 Ga2 Ga2
vNa Ba2 Ba2 Da2 Da2 Ba2 Da2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Da2 Ea2 Ea2 Fa2 Ga2 Ga2 Ga2
vN0 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Da2 Da2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Fa2 Ga2
vC5 Fa2 Fa2 Fa2 Fa2 Fa2 Fa2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Fa2 Fa2
vC4 Ga2 Ga2 Ga2 Ga2 Ga2 Ga2 Fa2 Ea2 Ea2 Fa2 Fa2 Fa2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Fa2 Fa2
vC3 Ha2 Ha2 Ha2 Ha2 Ga2 Ga2 Fa2 Fa2 Ea2 Ga2 Ga2 Ga2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2
vC2 Ia4 Ia4 Ia4 Ia4 Ha2 Ha2 Ga2 Ga2 Fa2 Ga2 Ga2 Ga2 Fa2 Fa2 Fa2 Ea2 Ea2 Ea2
vC1 Ia4 Ia4 Ia4 Ia4 Ia2 Ia2 Ha2 Ha2 Ga2 Ga2 Ga2 Ga2 Ga2 Fa2 Fa2 Ea2 Ea2 Ea2
vAC2 Ia2 Ia2 Ia2 Ia2 Ha2 Ha2 Ga2 Ga2 Fa2 Ga2 Ga2 Ga2 Fa2 Fa2 Fa2 Ea2 Ea2 Ea2
vAC1 Ia2 Ia2 Ia2 Ia2 Ia2 Ia2 Ha2 Ha2 Ga2 Ga2 Ga2 Ga2 Ga2 Fa2 Fa2 Ea2 Ea2 Ea2
"""
table_svste = """
vSQda vSQd vSQa vSQ0 vSP5 vSP4 vSP3 vSP2 vSP1 vSNda vSNd vSNa vSN0 vSC5 vSC4 vSC3 vSC2 vSC1
vSQda Ad1 Ad1 Ad1 Cd1 Ad1 Ad1 Ad1 Bd1 Bd1 Bd1 Bd1 Bd1 Ed1 Fd1 Gd1 Hd1 Ia4 Ia4
vSQd Ad1 Bd1 Ad1 Cd1 Ad1 Ad1 Ad1 Bd1 Bd1 Bd1 Dd1 Bd1 Ed1 Fd1 Gd1 Hd1 Ia4 Ia4
vSQa Ad1 Ad1 Bd1 Cd1 Ad1 Ad1 Ad1 Bd1 Bd1 Bd1 Bd1 Dd1 Ed1 Fd1 Gd1 Hd1 Ia4 Ia4
vSQ0 Cd1 Cd1 Cd1 Ed1 Bd1 Ad1 Bd1 Cd1 Dd1 Dd1 Dd1 Dd1 Ed1 Fd1 Gd1 Hd1 Ia4 Ia4
vSP5 Ad1 Ad1 Ad1 Bd1 Ad1 Ad1 Ad1 Ad1 Ad1 Bd1 Bd1 Bd1 Ed1 Fd1 Gd1 Gd1 Hd1 Id1
vSP4 Ad1 Ad1 Ad1 Ad1 Ad1 Bd1 Bd1 Cd1 Cd1 Dd1 Dd1 Dd1 Ed1 Fd1 Gd1 Gd1 Hd1 Id1
vSP3 Ad1 Ad1 Ad1 Bd1 Ad1 Bd1 Bd1 Cd1 Cd1 Cd1 Cd1 Cd1 Ed1 Ed1 Fd1 Fd1 Gd1 Hd1
vSP2 Bd1 Bd1 Bd1 Cd1 Ad1 Cd1 Cd1 Cd1 Cd1 Cd1 Cd1 Cd1 Dd1 Ed1 Ed1 Fd1 Gd1 Hd1
vSP1 Bd1 Bd1 Bd1 Dd1 Ad1 Cd1 Cd1 Cd1 Cd1 Cd1 Cd1 Cd1 Dd1 Ed1 Ed1 Ed1 Fd1 Gd1
vSNda Bd1 Bd1 Bd1 Dd1 Bd1 Dd1 Cd1 Cd1 Cd1 Cd1 Cd1 Cd1 Ed1 Ed1 Fd1 Gd1 Gd1 Gd1
vSNd Bd1 Dd1 Bd1 Dd1 Bd1 Dd1 Cd1 Cd1 Cd1 Cd1 Dd1 Cd1 Ed1 Ed1 Fd1 Gd1 Gd1 Gd1
vSNa Bd1 Bd1 Dd1 Dd1 Bd1 Dd1 Cd1 Cd1 Cd1 Cd1 Cd1 Dd1 Ed1 Ed1 Fd1 Gd1 Gd1 Gd1
vSN0 Ed1 Ed1 Ed1 Ed1 Ed1 Ed1 Ed1 Dd1 Dd1 Ed1 Ed1 Ed1 Ed1 Ed1 Ed1 Ed1 Fd1 Gd1
vSC5 Fd1 Fd1 Fd1 Fd1 Fd1 Fd1 Ed1 Ed1 Ed1 Ed1 Ed1 Ed1 Ed1 Ed1 Ed1 Ed1 Fd1 Fd1
vSC4 Gd1 Gd1 Gd1 Gd1 Gd1 Gd1 Fd1 Ed1 Ed1 Fd1 Fd1 Fd1 Ed1 Ed1 Ed1 Ed1 Fd1 Fd1
vSC3 Hd1 Hd1 Hd1 Hd1 Gd1 Gd1 Fd1 Fd1 Ed1 Gd1 Gd1 Gd1 Ed1 Ed1 Ed1 Ed1 Ed1 Ed1
vSC2 Ia4 Ia4 Ia4 Ia4 Hd1 Hd1 Gd1 Gd1 Fd1 Gd1 Gd1 Gd1 Fd1 Fd1 Fd1 Ed1 Ed1 Ed1
vSC1 Ia4 Ia4 Ia4 Ia4 Id1 Id1 Hd1 Hd1 Gd1 Gd1 Gd1 Gd1 Gd1 Fd1 Fd1 Ed1 Ed1 Ed1
"""
table_svste_plain = """
Qda Qd Qa Q0 P5 P4 P3 P2 P1 Nda Nd Na N0 C5 C4 C3 C2 C1 AC2 AC1
vSQda Aa2 Aa2 Aa2 Ca2 Aa2 Aa2 Aa2 Ba2 Ba2 Ba2 Ba2 Ba2 Ea2 Fa2 Ga2 Ha2 Ia4 Ia4 Ia2 Ia2
vSQd Aa2 Ba2 Aa2 Ca2 Aa2 Aa2 Aa2 Ba2 Ba2 Ba2 Da2 Ba2 Ea2 Fa2 Ga2 Ha2 Ia4 Ia4 Ia2 Ia2
vSQa Aa2 Aa2 Ba2 Ca2 Aa2 Aa2 Aa2 Ba2 Ba2 Ba2 Ba2 Da2 Ea2 Fa2 Ga2 Ha2 Ia4 Ia4 Ia2 Ia2
vSQ0 Ca2 Ca2 Ca2 Ea2 Ba2 Aa2 Ba2 Ca2 Da2 Da2 Da2 Da2 Ea2 Fa2 Ga2 Ha2 Ia4 Ia4 Ia2 Ia2
vSP5 Aa2 Aa2 Aa2 Ba2 Aa2 Aa2 Aa2 Aa2 Aa2 Ba2 Ba2 Ba2 Ea2 Fa2 Ga2 Ga2 Ha2 Ia2 Ha2 Ia2
vSP4 Aa2 Aa2 Aa2 Aa2 Aa2 Ba2 Ba2 Ca2 Ca2 Da2 Da2 Da2 Ea2 Fa2 Ga2 Ga2 Ha2 Ia2 Ha2 Ia2
vSP3 Aa2 Aa2 Aa2 Ba2 Aa2 Ba2 Ba2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Ea2 Ea2 Fa2 Fa2 Ga2 Ha2 Ga2 Ha2
vSP2 Ba2 Ba2 Ba2 Ca2 Aa2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Da2 Ea2 Ea2 Fa2 Ga2 Ha2 Ga2 Ha2
vSP1 Ba2 Ba2 Ba2 Da2 Aa2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Da2 Ea2 Ea2 Ea2 Fa2 Ga2 Fa2 Ga2
vSNda Ba2 Ba2 Ba2 Da2 Ba2 Da2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Ea2 Ea2 Fa2 Ga2 Ga2 Ga2 Ga2 Ga2
vSNd Ba2 Da2 Ba2 Da2 Ba2 Da2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Da2 Ca2 Ea2 Ea2 Fa2 Ga2 Ga2 Ga2 Ga2 Ga2
vSNa Ba2 Ba2 Da2 Da2 Ba2 Da2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Da2 Ea2 Ea2 Fa2 Ga2 Ga2 Ga2 Ga2 Ga2
vSN0 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Da2 Da2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Fa2 Ga2 Fa2 Ga2
vSC5 Fa2 Fa2 Fa2 Fa2 Fa2 Fa2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Fa2 Fa2 Fa2 Fa2
vSC4 Ga2 Ga2 Ga2 Ga2 Ga2 Ga2 Fa2 Ea2 Ea2 Fa2 Fa2 Fa2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Fa2 Fa2 Fa2 Fa2
vSC3 Ha2 Ha2 Ha2 Ha2 Ga2 Ga2 Fa2 Fa2 Ea2 Ga2 Ga2 Ga2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2
vSC2 Ia4 Ia4 Ia4 Ia4 Ha2 Ha2 Ga2 Ga2 Fa2 Ga2 Ga2 Ga2 Fa2 Fa2 Fa2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2
vSC1 Ia4 Ia4 Ia4 Ia4 Ia2 Ia2 Ha2 Ha2 Ga2 Ga2 Ga2 Ga2 Ga2 Fa2 Fa2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2
"""
table_svste_small = """
SQda SQd SQa SQ0 SP5 SP4 SP3 SP2 SP1 SNda SNd SNa SN0 SC5 SC4 SC3 SC2 SC1
vSQda Ad1 Ad1 Ad1 Cd1 Ad1 Ad1 Ad1 Bd1 Bd1 Bd1 Bd1 Bd1 Ed1 Fd1 Gd1 Hd1 Ia4 Ia4
vSQd Ad1 Bd1 Ad1 Cd1 Ad1 Ad1 Ad1 Bd1 Bd1 Bd1 Dd1 Bd1 Ed1 Fd1 Gd1 Hd1 Ia4 Ia4
vSQa Ad1 Ad1 Bd1 Cd1 Ad1 Ad1 Ad1 Bd1 Bd1 Bd1 Bd1 Dd1 Ed1 Fd1 Gd1 Hd1 Ia4 Ia4
vSQ0 Cd1 Cd1 Cd1 Ed1 Bd1 Ad1 Bd1 Cd1 Dd1 Dd1 Dd1 Dd1 Ed1 Fd1 Gd1 Hd1 Ia4 Ia4
vSP5 Ad1 Ad1 Ad1 Bd1 Ad1 Ad1 Ad1 Ad1 Ad1 Bd1 Bd1 Bd1 Ed1 Fd1 Gd1 Gd1 Hd1 Id1
vSP4 Ad1 Ad1 Ad1 Ad1 Ad1 Bd1 Bd1 Cd1 Cd1 Dd1 Dd1 Dd1 Ed1 Fd1 Gd1 Gd1 Hd1 Id1
vSP3 Ad1 Ad1 Ad1 Bd1 Ad1 Bd1 Bd1 Cd1 Cd1 Cd1 Cd1 Cd1 Ed1 Ed1 Fd1 Fd1 Gd1 Hd1
vSP2 Bd1 Bd1 Bd1 Cd1 Ad1 Cd1 Cd1 Cd1 Cd1 Cd1 Cd1 Cd1 Dd1 Ed1 Ed1 Fd1 Gd1 Hd1
vSP1 Bd1 Bd1 Bd1 Dd1 Ad1 Cd1 Cd1 Cd1 Cd1 Cd1 Cd1 Cd1 Dd1 Ed1 Ed1 Ed1 Fd1 Gd1
vSNda Bd1 Bd1 Bd1 Dd1 Bd1 Dd1 Cd1 Cd1 Cd1 Cd1 Cd1 Cd1 Ed1 Ed1 Fd1 Gd1 Gd1 Gd1
vSNd Bd1 Dd1 Bd1 Dd1 Bd1 Dd1 Cd1 Cd1 Cd1 Cd1 Dd1 Cd1 Ed1 Ed1 Fd1 Gd1 Gd1 Gd1
vSNa Bd1 Bd1 Dd1 Dd1 Bd1 Dd1 Cd1 Cd1 Cd1 Cd1 Cd1 Dd1 Ed1 Ed1 Fd1 Gd1 Gd1 Gd1
vSN0 Ed1 Ed1 Ed1 Ed1 Ed1 Ed1 Ed1 Dd1 Dd1 Ed1 Ed1 Ed1 Ed1 Ed1 Ed1 Ed1 Fd1 Gd1
vSC5 Fd1 Fd1 Fd1 Fd1 Fd1 Fd1 Ed1 Ed1 Ed1 Ed1 Ed1 Ed1 Ed1 Ed1 Ed1 Ed1 Fd1 Fd1
vSC4 Gd1 Gd1 Gd1 Gd1 Gd1 Gd1 Fd1 Ed1 Ed1 Fd1 Fd1 Fd1 Ed1 Ed1 Ed1 Ed1 Fd1 Fd1
vSC3 Hd1 Hd1 Hd1 Hd1 Gd1 Gd1 Fd1 Fd1 Ed1 Gd1 Gd1 Gd1 Ed1 Ed1 Ed1 Ed1 Ed1 Ed1
vSC2 Ia4 Ia4 Ia4 Ia4 Hd1 Hd1 Gd1 Gd1 Fd1 Gd1 Gd1 Gd1 Fd1 Fd1 Fd1 Ed1 Ed1 Ed1
vSC1 Ia4 Ia4 Ia4 Ia4 Id1 Id1 Hd1 Hd1 Gd1 Gd1 Gd1 Gd1 Gd1 Fd1 Fd1 Ed1 Ed1 Ed1
"""
table_svste_vsite = """
vQda vQd vQa vQ0 vP5 vP4 vP3 vP2 vP1 vNda vNd vNa vN0 vC5 vC4 vC3 vC2 vC1 vAC2 vAC1
vSQda Aa2 Aa2 Aa2 Ca2 Aa2 Aa2 Aa2 Ba2 Ba2 Ba2 Ba2 Ba2 Ea2 Fa2 Ga2 Ha2 Ia4 Ia4 Ia2 Ia2
vSQd Aa2 Ba2 Aa2 Ca2 Aa2 Aa2 Aa2 Ba2 Ba2 Ba2 Da2 Ba2 Ea2 Fa2 Ga2 Ha2 Ia4 Ia4 Ia2 Ia2
vSQa Aa2 Aa2 Ba2 Ca2 Aa2 Aa2 Aa2 Ba2 Ba2 Ba2 Ba2 Da2 Ea2 Fa2 Ga2 Ha2 Ia4 Ia4 Ia2 Ia2
vSQ0 Ca2 Ca2 Ca2 Ea2 Ba2 Aa2 Ba2 Ca2 Da2 Da2 Da2 Da2 Ea2 Fa2 Ga2 Ha2 Ia4 Ia4 Ia2 Ia2
vSP5 Aa2 Aa2 Aa2 Ba2 Aa2 Aa2 Aa2 Aa2 Aa2 Ba2 Ba2 Ba2 Ea2 Fa2 Ga2 Ga2 Ha2 Ia2 Ha2 Ia2
vSP4 Aa2 Aa2 Aa2 Aa2 Aa2 Ba2 Ba2 Ca2 Ca2 Da2 Da2 Da2 Ea2 Fa2 Ga2 Ga2 Ha2 Ia2 Ha2 Ia2
vSP3 Aa2 Aa2 Aa2 Ba2 Aa2 Ba2 Ba2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Ea2 Ea2 Fa2 Fa2 Ga2 Ha2 Ga2 Ha2
vSP2 Ba2 Ba2 Ba2 Ca2 Aa2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Da2 Ea2 Ea2 Fa2 Ga2 Ha2 Ga2 Ha2
vSP1 Ba2 Ba2 Ba2 Da2 Aa2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Da2 Ea2 Ea2 Ea2 Fa2 Ga2 Fa2 Ga2
vSNda Ba2 Ba2 Ba2 Da2 Ba2 Da2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Ea2 Ea2 Fa2 Ga2 Ga2 Ga2 Ga2 Ga2
vSNd Ba2 Da2 Ba2 Da2 Ba2 Da2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Da2 Ca2 Ea2 Ea2 Fa2 Ga2 Ga2 Ga2 Ga2 Ga2
vSNa Ba2 Ba2 Da2 Da2 Ba2 Da2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Ca2 Da2 Ea2 Ea2 Fa2 Ga2 Ga2 Ga2 Ga2 Ga2
vSN0 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Da2 Da2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Fa2 Ga2 Fa2 Ga2
vSC5 Fa2 Fa2 Fa2 Fa2 Fa2 Fa2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Fa2 Fa2 Fa2 Fa2
vSC4 Ga2 Ga2 Ga2 Ga2 Ga2 Ga2 Fa2 Ea2 Ea2 Fa2 Fa2 Fa2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Fa2 Fa2 Fa2 Fa2
vSC3 Ha2 Ha2 Ha2 Ha2 Ga2 Ga2 Fa2 Fa2 Ea2 Ga2 Ga2 Ga2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2
vSC2 Ia4 Ia4 Ia4 Ia4 Ha2 Ha2 Ga2 Ga2 Fa2 Ga2 Ga2 Ga2 Fa2 Fa2 Fa2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2
vSC1 Ia4 Ia4 Ia4 Ia4 Ia2 Ia2 Ha2 Ha2 Ga2 Ga2 Ga2 Ga2 Ga2 Fa2 Fa2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2 Ea2
"""
table_other = """
BP4
BP4 Ba2
"""
table_other_plain = """
Qda Qd Qa Q0 P5 P4 P3 P2 P1 Nda Nd Na N0 C5 C4 C3 C2 C1 AC2 AC1
BP4 Aa2 Aa2 Aa2 Aa2 Aa2 Aa3 Ba2 Ca2 Ca2 Da2 Da2 Da2 Ea2 Fa2 Ga2 Ga2 Ha2 Ia2 Ha2 Ia2
"""
table_other_small = """
SQda SQd SQa SQ0 SP5 SP4 SP3 SP2 SP1 SNda SNd SNa SN0 SC5 SC4 SC3 SC2 SC1
BP4 Aa2 Aa2 Aa2 Aa2 Aa2 Ba2 Ba2 Ca2 Ca2 Da2 Da2 Da2 Ea2 Fa2 Ga2 Ga2 Ha2 Ia2
"""
table_other_vsite = """
vQda vQd vQa vQ0 vP5 vP4 vP3 vP2 vP1 vNda vNd vNa vN0 vC5 vC4 vC3 vC2 vC1 vAC2 vAC1
BP4 Aa2 Aa2 Aa2 Aa2 Aa2 Aa3 Ba2 Ca2 Ca2 Da2 Da2 Da2 Ea2 Fa2 Ga2 Ga2 Ha2 Ia2 Ha2 Ia2
"""
table_other_svste = """
vSQda vSQd vSQa vSQ0 vSP5 vSP4 vSP3 vSP2 vSP1 vSNda vSNd vSNa vSN0 vSC5 vSC4 vSC3 vSC2 vSC1
BP4 Aa2 Aa2 Aa2 Aa2 Aa2 Ba2 Ba2 Ca2 Ca2 Da2 Da2 Da2 Ea2 Fa2 Ga2 Ga2 Ha2 Ia2
"""
def table2pairs(x):
labels2 = x.pop(0)
return [((i[0],j),k) for i in x for j,k in zip(labels2,i[1:])]
def sigeps2c(eps=None,scl="a",sig="2"):
"""
Convert a string encoding for epsilon, sigma and scaling to C6 and C12 parameters
"""
if eps == None:
return None,None
if scl in sigma.keys():
sig, scl = scl, "2"
return 4*epsilon[eps]*scale[scl]*sigma[sig]**6, 4*epsilon[eps]*scale[scl]*sigma[sig]**12
tables = []
for i in classes:
tables.append(globals().get("table_%s"%i))
for j in classes:
tables.append(globals().get("table_%s_%s"%(i,j)))
tables = [[ j.split() for j in i.split("\n") if j not in ("","\n") ] for i in tables if i]
pairs = dict([j for i in tables for j in table2pairs(i)])
## -- Prepare the output
atomtypes = []
nonbond_params = []
pairtypes = []
# Read in atomistic stuff
if len(sys.argv) > 1:
aa = open(sys.argv[1]).readlines()
key = ""
atomtypes.append("; Atomistic definitions\n")
nonbond_params.append("; Atomistic definitions\n")
pairtypes.append("; Atomistic definitions\n")
for line in aa:
s = line.strip()
if s and s[0] == "[":
key=line
elif "nonbond_params" in key:
nonbond_params.append(line)
elif "atomtypes" in key:
atomtypes.append(line)
elif "pairtypes" in key:
pairtypes.append(line)
atomtypes.append("; End of atomistic definitions\n")
nonbond_params.append("; End of atomistic definitions\n")
pairtypes.append("; End of atomistic definitions\n")
# Note which atomtypes we have for defining interactions with dummy particles
aa_atomtypes = [i.split()[0] for i in atomtypes if i.strip() and not i.strip()[0] == ";"]
# Add coarsegrained stuff
typestr="%5s 0 %10.3f 0.000 %1s 0.0 0.0\n"
atomtypes.extend([typestr%(tp,ms,tp in virtual and 'V' or 'A') for tp,ms in zip(all,mass)])
for i,j in cmb:
print "**", i, j, pairs.get((i,j),pairs.get((j,i),""))
c6,c12 = sigeps2c(*pairs.get((i,j),pairs.get((j,i),"")))
if c6:
nonbond_params.append(" %7s %7s %2d %e %e\n"%(i,j,1,c6,c12))
atomtypes.append("; End of coarsegrained definitions\n")
if nonbond_params:
nonbond_params.append("; End of coarsegrained definitions\n")
if pairtypes:
pairtypes.append("; End of coarsegrained definitions\n")
for i in dummy:
if i in tp:
for j in aa_atomtypes:
nonbond_params.append(" %7s %7s %2d 0.0 DUMMY_REPEL\n"%(i,j,1))
# Print stuff:
print "; This file was created automagically by", sys.argv[0]
print "; (c)2012 Tsjerk A Wassenaar, University of Groningen"
print ";"
if len(sys.argv) > 1:
print "; This file contains a merged forcefield, combining %s with MARTINI" % sys.argv[1]
print ";"
print "#define DUMMY_REPEL 1e-7"
print ";"
print martini_v2_1
print "".join(atomtypes), "\n"
print "[ nonbond_params ]\n", "".join(nonbond_params), "\n"
if pairtypes:
print "[ pairtypes ]\n", "".join(pairtypes), "\n"
print
for i in sys.argv[2:]: print open(i).read()
# Also print water models
print """
[ moleculetype ]
; molname nrexcl
W 1
[ atoms ]
;id type resnr residu atom cgnr charge
1 P4 1 W W 1 0
;;;;;; ANTIFREEZE (prevents freezing of water)
[ moleculetype ]
; molname nrexcl
WF 1
[ atoms ]
;id type resnr residu atom cgnr charge
1 BP4 1 WF WF 1 0
"""