On 18-Jan-18 15:34, Richel Bilderbeek wrote:
Hoi Rampal,
Bij deze stuur ik je al het beautier artikel, omdat Raphael ook eerder z'n feeback klaar had.
Feedback waar ik het meest bij geholpen ben, is of de vorm van het artikel de juiste is; is de indeling natuurlijk of voelt het verwrongen en kunstmatig? Zijn er onderdelen die je mist? Gedetailleerdere feedback is welkom (kom maar!), maar die kan ik ook na jouw feedback aan andere PhDs vragen.
De PDF heeft de beste opmaak [1], de rest heb ik toevoegd opdat jij je favo tool kunt gebruiken voor feedback.
Groetjes, Richel
[1] opmaak is gemaakt om fijn te lezen, maar ongeschikt om in te dienen bij de journal
Hoi Richel,
Hierbij mijn commentaar. In het algemeen heeft het het juiste perspectief, dus daarom ben ik er ook maar letter voor letter doorheen gegaan. Wel vroeg me af of je niet ook meteen lumier en beastier kunt beschrijven in dit artikel. Ik verwacht eigenlijk dat reviewers dit ook zullen suggereren, ook al omdat het artikel nu wat dun is.
Nog een algemene opmerking: je zet vaak losse paragrafen neer. Je moet iets meer verband ertussen leggen, en vaak kunnen er wel meerdere paragrafen samengevoegd worden. Een paragraaf van 1 zin is wel heel minimaal.
Ik zie uit naar de volgende versie. Wat is overigens het formaat waarmee je zelf werkt? De Word-versie die ik gepakt hebt, had een paar onderdelen niet (zoals de referenties - die overigens ook opschoning behoeft).
Groet, Rampal
Ik neem aan dat je dit gelezen hebt: http://www.methodsinecologyandevolution.org/view/0/authorGuidelines.html ? Het wordt dan Applications.
Je kunt ook Systematic Biology overwegen: https://academic.oup.com/sysbio/pages/General_Instructions. Ze hebben een software-rubriek.
Dit tijdschrift is meer gericht op phylogenetics (dus ons publiek leest het) en heeft een algemeen hogere impact, maar we moeten betalen voor Open Access, en is niet erg snel.
Groet, Rampal
Overall it was a good and easy-to-follow read :) concise and to the point. My remarks are really on minor things such as spelling, grammar or citations (which in some cases I am not 100% sure about but preferred to point it out if it sounded weird). Good job!
Extra hint: The key point why people should use beautier is that it saves a huge time compared to BEAUti when dealing with a lot of alignments. Could you add a catchy sentence to the abstract that highlights this? I think it would clarify at the very beginning of the article, at least to beginners, why they should use the R version instead of the nice graphical interface of BEAUti.
Also, for submission you may want to add line numbers to your manuscript. Here's a TeX line of code to do it, if you don't already have it:
\usepackage[switch]{lineno}
at the beginning of your TeX file.
Hope it helps!
I have read your ms. Please find it attached with some comments on it. I am not sure what sort of journal you have in mind. In my opinion, the current version of your ms is rather a manual (a very useful manual) for the software you are presenting, and I am not sure if this is right. The ms is extremely short which gives room for discussion for instance. But again, it might depend on the journal you are aiming at. In this light, my feedback could be more accurate if you send me a example of an article (one of the journal you would prepare your ms for).
Congratulations for such a useful package Richel! it looks great
Note that I did not send an example article with it, so LHA could not know the article should be short.
Hi Richèl,
These are my opinions. I refer to the PDF file you sent me.
I hope it will be useful.
Cheers,
G.
16 February 2018 22:42 45 KB
From: Rampal S. Etienne
To: richel@richelbilderbeek.nl
Ziet er goed uit. Hier mijn commentaar.
Groet, Rampal
Re: rbeast2 artikel
17 February 2018 08:22 6 KB
From: Etienne, R.S.
To: richel@richelbilderbeek.nl
Nog twee opmerkingen:
1. Er moet nog iets in over wat het package nog niet kan vergeleken met de original tools.
Of heb ik hieroverheen gelezen.
2. De punten over andere vergelijkbare tools staan nu aan het eind van de intro.,
Ik zei dat ze meer in een discussie thuishoren, maar er is geen discussie,
Dus misschien kun je ze iets eerder introduceren als eerdere pogingen om hetzelfde te doen,
maar dan zeggen waarom rbeast2 beter is.
Groet, Rampal'
Re: Feedback rbeast2/babette manuscript. Bespreken?
20 February 2018 09:27 45 KB
From:
Rampal S. Etienne
To:
richel@richelbilderbeek.nl
Hierbij alvast mijn commentaar. Tot zo.
Groet, Rampal
Ik zou dat van dit citaties niet noemen. Gewoon stoppen bij het feit dat er hundreds of lines of code nodig zijn. Maar doet BEASTmasteR alleen Beauti of ook de rest? Want anders kun je er ook bij zetten dat het geen volledige pipeline is.
Wat bedoel je met de spreadsheet? Dat is mij (en daarmee ook menig andere lezer) niet duidelijk.
Ten slotte, ik weet niet of ik het al gezegd had, maar er moet ook nog ergens in het artikel staan dat BEAST2 wel geinstalleerd moet zijn. Klinkt wellicht triviaal maar is wel essentieel. Of download en installeer je het als babette het niet kan vinden? Hoe heb je het probleem van het vinden van BEAST2 trouwens opgelost?
Re: 'babette' manuscript
26 February 2018 11:39 559 KB
From:
Rampal S. Etienne
To:
richel@richelbilderbeek.nl
Hoi Richel,
Hierbij mijn commentaar op de laatste versie.
Er staan nog steeds dingen in die ik al eerder heb genoemd.
Je mag het met me oneens zijn, maar dan hoor ik dat graag.
Anders zie ik het verschil niet tussen oneens zijn en niet gezien hebben.
Groet, Rampal
Vervang "when doing when doing" door "for" en submit het ms.
Reden: 1. twee keer when doing was natuurlijk niet de bedoeling. 2. Maar ook als je het een keer schrijft, kan het verwarrend zijn, alsof when doing terugslaat op het eerste deel van de zin. Vervangen door "for" lost dat probleem op.
Groet, Rampal
O ja, vervang ook nog de tweede "summary" door "samenvatting".
Manuscript Accepted - Updates Received MEE-18-03-185.R1 [email ref: ENR-AW-1-f]
17 May 2018 12:49 8 KB
From:
Methods in Ecology and Evolution
To: [...]
17-May-2018
Dear Dr Richèl Bilderbeek:
MEE-18-03-185.R1
This is an automatic email to thank you for returning your final files. These will now be checked and you will be informed if any further updates are needed. If no updates are required the files will be sent to production.
Sincerely,
Methods in Ecology and Evolution Editorial Office