Skip to content
New issue

Have a question about this project? Sign up for a free GitHub account to open an issue and contact its maintainers and the community.

By clicking “Sign up for GitHub”, you agree to our terms of service and privacy statement. We’ll occasionally send you account related emails.

Already on GitHub? Sign in to your account

Linux系统中为R语言配置环境变量 #67

Open
seeu100 opened this issue Apr 27, 2024 · 0 comments
Open

Linux系统中为R语言配置环境变量 #67

seeu100 opened this issue Apr 27, 2024 · 0 comments
Labels
环境搭建 装好系统第一件事 生物信息学 生物即信息 记录 记录生活点滴 软件 好用的软件

Comments

@seeu100
Copy link
Owner

seeu100 commented Apr 27, 2024

在Linux系统中使用R语言进行数据分析和统计建模时,可能希望根据自己的需求定制一些R环境设置。这可以通过创建两个特殊的文件来实现:~/.Renviron~/.Rprofile

1. ~/.Renviron文件

~/.Renviron是一个用于设置R语言环境变量的文件。当你使用R语言时,它会自动读取这个文件中的设置。这个文件对于配置R语言的库路径、临时文件路径、编译器路径等非常有用。
以下是一个基本的~/.Renviron文件示例:

R_HOME_USER = ~
R_PROFILE_USER = ${HOME}/.Rprofile
R_LIBS_USER = ~/soft/R/

解释:

  • R_HOME_USER = ~:这行设置了一个环境变量,用于指定R语言的用户主目录。在默认情况下,R语言会使用系统级的R_HOME变量,但这可能会与用户级别的配置发生冲突。通过设置R_HOME_USER,你可以确保用户级别的配置不会影响系统级的配置。
  • R_PROFILE_USER = ${HOME}/.Rprofile:这行设置了一个环境变量,用于指定R语言的用户配置文件路径。~/.Rprofile文件将在R语言启动时自动加载,你可以在这个文件中设置一些全局性的R选项。
  • R_LIBS_USER = ~/soft/R/:这行设置了一个环境变量,用于指定R语言的用户库路径。在这个路径下,你可以安装和加载用户级别的R包,而不影响系统级别的R包。

2. ~/.Rprofile文件

~/.Rprofile是一个R语言脚本,它会在每次R语言启动时自动执行。在这个文件中,你可以设置一些全局性的R选项,例如CRAN镜像源。
以下是一个基本的~/.Rprofile文件示例:

options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))

解释:

  • options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")):这行代码设置了一个R选项,用于指定CRAN镜像源。在中国大陆地区,使用清华大学的CRAN镜像源可以提高R包下载的速度。

如何创建这两个文件

  1. 打开终端。
  2. 使用文本编辑器(如nanovimgedit)创建~/.Renviron文件。例如,使用nano编辑器:
    nano ~/.Renviron
  3. 在编辑器中输入上述~/.Renviron文件内容,然后保存并关闭编辑器。
  4. 使用相同的文本编辑器创建~/.Rprofile文件:
    nano ~/.Rprofile
  5. 在编辑器中输入上述~/.Rprofile文件内容,然后保存并关闭编辑器。
  6. 退出编辑器后,R语言会自动读取并应用这两个文件中的设置。
@seeu100 seeu100 added 记录 记录生活点滴 软件 好用的软件 电脑 与电脑硬件沾边 环境搭建 装好系统第一件事 生物信息学 生物即信息 and removed 电脑 与电脑硬件沾边 labels Apr 27, 2024
Sign up for free to join this conversation on GitHub. Already have an account? Sign in to comment
Labels
环境搭建 装好系统第一件事 生物信息学 生物即信息 记录 记录生活点滴 软件 好用的软件
Projects
None yet
Development

No branches or pull requests

1 participant