Skip to content

Commit bf0abf4

Browse files
eseilereseiler
authored
Merge pull request #467 from eseiler/doc/copyright
[DOC] Update copyright
2 parents 2c4aa50 + 70fcb63 commit bf0abf4

File tree

356 files changed

+876
-876
lines changed

Some content is hidden

Large Commits have some content hidden by default. Use the searchbox below for content that may be hidden.

356 files changed

+876
-876
lines changed

‎.clang-format

+2-2
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -1,5 +1,5 @@
1-
# SPDX-FileCopyrightText: 2006-2024, Knut Reinert & Freie Universität Berlin
2-
# SPDX-FileCopyrightText: 2016-2024, Knut Reinert & MPI für molekulare Genetik
1+
# SPDX-FileCopyrightText: 2006-2025, Knut Reinert & Freie Universität Berlin
2+
# SPDX-FileCopyrightText: 2016-2025, Knut Reinert & MPI für molekulare Genetik
33
# SPDX-License-Identifier: CC0-1.0
44

55
# Format all files in include/test folder, including std module, excluding contrib module

‎.cmake-format.yaml

+2-2
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -1,5 +1,5 @@
1-
# SPDX-FileCopyrightText: 2006-2024, Knut Reinert & Freie Universität Berlin
2-
# SPDX-FileCopyrightText: 2016-2024, Knut Reinert & MPI für molekulare Genetik
1+
# SPDX-FileCopyrightText: 2006-2025, Knut Reinert & Freie Universität Berlin
2+
# SPDX-FileCopyrightText: 2016-2025, Knut Reinert & MPI für molekulare Genetik
33
# SPDX-License-Identifier: CC0-1.0
44

55
# find . \( -iname CMakeLists.txt -o -iname *.cmake \) -a -not -path "./lib/*" -a -not -path "./build/*" | xargs cmake-format -c .cmake-format.yaml -i

‎.codecov.yml

+2-2
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -1,5 +1,5 @@
1-
# SPDX-FileCopyrightText: 2006-2024, Knut Reinert & Freie Universität Berlin
2-
# SPDX-FileCopyrightText: 2016-2024, Knut Reinert & MPI für molekulare Genetik
1+
# SPDX-FileCopyrightText: 2006-2025, Knut Reinert & Freie Universität Berlin
2+
# SPDX-FileCopyrightText: 2016-2025, Knut Reinert & MPI für molekulare Genetik
33
# SPDX-License-Identifier: CC0-1.0
44

55
# See https://docs.codecov.io/docs/codecovyml-reference

‎.gitattributes

+2-2
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -1,5 +1,5 @@
1-
# SPDX-FileCopyrightText: 2006-2024 Knut Reinert & Freie Universität Berlin
2-
# SPDX-FileCopyrightText: 2016-2024 Knut Reinert & MPI für molekulare Genetik
1+
# SPDX-FileCopyrightText: 2006-2025 Knut Reinert & Freie Universität Berlin
2+
# SPDX-FileCopyrightText: 2016-2025 Knut Reinert & MPI für molekulare Genetik
33
# SPDX-License-Identifier: CC0-1.0
44

55
doc/** linguist-documentation

‎.github/ISSUE_TEMPLATE/bug_report.md

+2-2

‎.github/ISSUE_TEMPLATE/feature_request.md

+2-2

‎.github/config/REUSE.toml

+3-3
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -1,5 +1,5 @@
1-
# SPDX-FileCopyrightText: 2006-2024 Knut Reinert & Freie Universität Berlin
2-
# SPDX-FileCopyrightText: 2016-2024 Knut Reinert & MPI für molekulare Genetik
1+
# SPDX-FileCopyrightText: 2006-2025 Knut Reinert & Freie Universität Berlin
2+
# SPDX-FileCopyrightText: 2016-2025 Knut Reinert & MPI für molekulare Genetik
33
# SPDX-License-Identifier: CC0-1.0
44

55
version = 1
@@ -9,6 +9,6 @@ SPDX-PackageDownloadLocation = "https://github.com/seqan/raptor/"
99
[[annotations]]
1010
path = "cppcheck"
1111
precedence = "aggregate"
12-
SPDX-FileCopyrightText = ["2006-2024, Knut Reinert & Freie Universität Berlin", "2016-2024, Knut Reinert & MPI für molekulare Genetik"]
12+
SPDX-FileCopyrightText = ["2006-2025, Knut Reinert & Freie Universität Berlin", "2016-2025, Knut Reinert & MPI für molekulare Genetik"]
1313
SPDX-License-Identifier = "CC0-1.0"
1414

‎.github/config/codechecker.skip

+2-2
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -1,5 +1,5 @@
1-
# SPDX-FileCopyrightText: 2006-2024, Knut Reinert & Freie Universität Berlin
2-
# SPDX-FileCopyrightText: 2016-2024, Knut Reinert & MPI für molekulare Genetik
1+
# SPDX-FileCopyrightText: 2006-2025, Knut Reinert & Freie Universität Berlin
2+
# SPDX-FileCopyrightText: 2016-2025, Knut Reinert & MPI für molekulare Genetik
33
# SPDX-License-Identifier: CC0-1.0
44

55
+${GITHUB_WORKSPACE}/*

‎.github/config/codechecker.yml

+2-2
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -1,5 +1,5 @@
1-
# SPDX-FileCopyrightText: 2006-2024, Knut Reinert & Freie Universität Berlin
2-
# SPDX-FileCopyrightText: 2016-2024, Knut Reinert & MPI für molekulare Genetik
1+
# SPDX-FileCopyrightText: 2006-2025, Knut Reinert & Freie Universität Berlin
2+
# SPDX-FileCopyrightText: 2016-2025, Knut Reinert & MPI für molekulare Genetik
33
# SPDX-License-Identifier: CC0-1.0
44

55
analyze:

‎.github/dependabot.yml

+2-2
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -1,5 +1,5 @@
1-
# SPDX-FileCopyrightText: 2006-2024 Knut Reinert & Freie Universität Berlin
2-
# SPDX-FileCopyrightText: 2016-2024 Knut Reinert & MPI für molekulare Genetik
1+
# SPDX-FileCopyrightText: 2006-2025 Knut Reinert & Freie Universität Berlin
2+
# SPDX-FileCopyrightText: 2016-2025 Knut Reinert & MPI für molekulare Genetik
33
# SPDX-License-Identifier: CC0-1.0
44

55
# https://docs.github.com/github/administering-a-repository/configuration-options-for-dependency-updates

‎.github/workflows/ci_codechecker.yml

+2-2
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -1,5 +1,5 @@
1-
# SPDX-FileCopyrightText: 2006-2024, Knut Reinert & Freie Universität Berlin
2-
# SPDX-FileCopyrightText: 2016-2024, Knut Reinert & MPI für molekulare Genetik
1+
# SPDX-FileCopyrightText: 2006-2025, Knut Reinert & Freie Universität Berlin
2+
# SPDX-FileCopyrightText: 2016-2025, Knut Reinert & MPI für molekulare Genetik
33
# SPDX-License-Identifier: CC0-1.0
44

55
name: CodeChecker

‎.github/workflows/ci_codeql.yml

+2-2
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -1,5 +1,5 @@
1-
# SPDX-FileCopyrightText: 2006-2024 Knut Reinert & Freie Universität Berlin
2-
# SPDX-FileCopyrightText: 2016-2024 Knut Reinert & MPI für molekulare Genetik
1+
# SPDX-FileCopyrightText: 2006-2025 Knut Reinert & Freie Universität Berlin
2+
# SPDX-FileCopyrightText: 2016-2025 Knut Reinert & MPI für molekulare Genetik
33
# SPDX-License-Identifier: CC0-1.0
44

55
name: CodeQL

‎.github/workflows/ci_coverage.yml

+2-2
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -1,5 +1,5 @@
1-
# SPDX-FileCopyrightText: 2006-2024 Knut Reinert & Freie Universität Berlin
2-
# SPDX-FileCopyrightText: 2016-2024 Knut Reinert & MPI für molekulare Genetik
1+
# SPDX-FileCopyrightText: 2006-2025 Knut Reinert & Freie Universität Berlin
2+
# SPDX-FileCopyrightText: 2016-2025 Knut Reinert & MPI für molekulare Genetik
33
# SPDX-License-Identifier: CC0-1.0
44

55
name: Coverage

‎.github/workflows/ci_cpm.yml

+2-2
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -1,5 +1,5 @@
1-
# SPDX-FileCopyrightText: 2006-2024 Knut Reinert & Freie Universität Berlin
2-
# SPDX-FileCopyrightText: 2016-2024 Knut Reinert & MPI für molekulare Genetik
1+
# SPDX-FileCopyrightText: 2006-2025 Knut Reinert & Freie Universität Berlin
2+
# SPDX-FileCopyrightText: 2016-2025 Knut Reinert & MPI für molekulare Genetik
33
# SPDX-License-Identifier: CC0-1.0
44

55
name: Update CPM

‎.github/workflows/ci_documentation.yml

+2-2
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -1,5 +1,5 @@
1-
# SPDX-FileCopyrightText: 2006-2024 Knut Reinert & Freie Universität Berlin
2-
# SPDX-FileCopyrightText: 2016-2024 Knut Reinert & MPI für molekulare Genetik
1+
# SPDX-FileCopyrightText: 2006-2025 Knut Reinert & Freie Universität Berlin
2+
# SPDX-FileCopyrightText: 2016-2025 Knut Reinert & MPI für molekulare Genetik
33
# SPDX-License-Identifier: CC0-1.0
44

55
name: Documentation

‎.github/workflows/ci_fortify.yml

+2-2
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -1,5 +1,5 @@
1-
# SPDX-FileCopyrightText: 2006-2024 Knut Reinert & Freie Universität Berlin
2-
# SPDX-FileCopyrightText: 2016-2024 Knut Reinert & MPI für molekulare Genetik
1+
# SPDX-FileCopyrightText: 2006-2025 Knut Reinert & Freie Universität Berlin
2+
# SPDX-FileCopyrightText: 2016-2025 Knut Reinert & MPI für molekulare Genetik
33
# SPDX-License-Identifier: CC0-1.0
44

55
name: Fortify

‎.github/workflows/ci_license.yml

+2-2
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -1,5 +1,5 @@
1-
# SPDX-FileCopyrightText: 2006-2024 Knut Reinert & Freie Universität Berlin
2-
# SPDX-FileCopyrightText: 2016-2024 Knut Reinert & MPI für molekulare Genetik
1+
# SPDX-FileCopyrightText: 2006-2025 Knut Reinert & Freie Universität Berlin
2+
# SPDX-FileCopyrightText: 2016-2025 Knut Reinert & MPI für molekulare Genetik
33
# SPDX-License-Identifier: CC0-1.0
44

55
name: License

‎.github/workflows/ci_lint.yml

+2-2
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -1,5 +1,5 @@
1-
# SPDX-FileCopyrightText: 2006-2024 Knut Reinert & Freie Universität Berlin
2-
# SPDX-FileCopyrightText: 2016-2024 Knut Reinert & MPI für molekulare Genetik
1+
# SPDX-FileCopyrightText: 2006-2025 Knut Reinert & Freie Universität Berlin
2+
# SPDX-FileCopyrightText: 2016-2025 Knut Reinert & MPI für molekulare Genetik
33
# SPDX-License-Identifier: CC0-1.0
44

55
name: Lint

‎.github/workflows/ci_linux.yml

+2-2
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -1,5 +1,5 @@
1-
# SPDX-FileCopyrightText: 2006-2024 Knut Reinert & Freie Universität Berlin
2-
# SPDX-FileCopyrightText: 2016-2024 Knut Reinert & MPI für molekulare Genetik
1+
# SPDX-FileCopyrightText: 2006-2025 Knut Reinert & Freie Universität Berlin
2+
# SPDX-FileCopyrightText: 2016-2025 Knut Reinert & MPI für molekulare Genetik
33
# SPDX-License-Identifier: CC0-1.0
44

55
name: Unit

‎.github/workflows/ci_macos.yml

+2-2
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -1,5 +1,5 @@
1-
# SPDX-FileCopyrightText: 2006-2024 Knut Reinert & Freie Universität Berlin
2-
# SPDX-FileCopyrightText: 2016-2024 Knut Reinert & MPI für molekulare Genetik
1+
# SPDX-FileCopyrightText: 2006-2025 Knut Reinert & Freie Universität Berlin
2+
# SPDX-FileCopyrightText: 2016-2025 Knut Reinert & MPI für molekulare Genetik
33
# SPDX-License-Identifier: CC0-1.0
44

55
name: macOS

‎.github/workflows/ci_misc.yml

+2-2
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -1,5 +1,5 @@
1-
# SPDX-FileCopyrightText: 2006-2024 Knut Reinert & Freie Universität Berlin
2-
# SPDX-FileCopyrightText: 2016-2024 Knut Reinert & MPI für molekulare Genetik
1+
# SPDX-FileCopyrightText: 2006-2025 Knut Reinert & Freie Universität Berlin
2+
# SPDX-FileCopyrightText: 2016-2025 Knut Reinert & MPI für molekulare Genetik
33
# SPDX-License-Identifier: CC0-1.0
44

55
name: Misc

‎.github/workflows/ci_sanitizer.yml

+2-2
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -1,5 +1,5 @@
1-
# SPDX-FileCopyrightText: 2006-2024 Knut Reinert & Freie Universität Berlin
2-
# SPDX-FileCopyrightText: 2016-2024 Knut Reinert & MPI für molekulare Genetik
1+
# SPDX-FileCopyrightText: 2006-2025 Knut Reinert & Freie Universität Berlin
2+
# SPDX-FileCopyrightText: 2016-2025 Knut Reinert & MPI für molekulare Genetik
33
# SPDX-License-Identifier: CC0-1.0
44

55
name: Sanitizer

‎.github/workflows/ci_utility.yml

+2-2
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -1,5 +1,5 @@
1-
# SPDX-FileCopyrightText: 2006-2024 Knut Reinert & Freie Universität Berlin
2-
# SPDX-FileCopyrightText: 2016-2024 Knut Reinert & MPI für molekulare Genetik
1+
# SPDX-FileCopyrightText: 2006-2025 Knut Reinert & Freie Universität Berlin
2+
# SPDX-FileCopyrightText: 2016-2025 Knut Reinert & MPI für molekulare Genetik
33
# SPDX-License-Identifier: CC0-1.0
44

55
name: Utility

‎.github/workflows/ci_workflows.yml

+2-2
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -1,5 +1,5 @@
1-
# SPDX-FileCopyrightText: 2006-2024 Knut Reinert & Freie Universität Berlin
2-
# SPDX-FileCopyrightText: 2016-2024 Knut Reinert & MPI für molekulare Genetik
1+
# SPDX-FileCopyrightText: 2006-2025 Knut Reinert & Freie Universität Berlin
2+
# SPDX-FileCopyrightText: 2016-2025 Knut Reinert & MPI für molekulare Genetik
33
# SPDX-License-Identifier: CC0-1.0
44

55
name: Workflows

‎.gitignore

+2-2
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -1,5 +1,5 @@
1-
# SPDX-FileCopyrightText: 2006-2024 Knut Reinert & Freie Universität Berlin
2-
# SPDX-FileCopyrightText: 2016-2024 Knut Reinert & MPI für molekulare Genetik
1+
# SPDX-FileCopyrightText: 2006-2025 Knut Reinert & Freie Universität Berlin
2+
# SPDX-FileCopyrightText: 2016-2025 Knut Reinert & MPI für molekulare Genetik
33
# SPDX-License-Identifier: CC0-1.0
44

55
# Prerequisites

‎CHANGELOG.md

+2-2

‎CMakeLists.txt

+2-2
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -1,5 +1,5 @@
1-
# SPDX-FileCopyrightText: 2006-2024 Knut Reinert & Freie Universität Berlin
2-
# SPDX-FileCopyrightText: 2016-2024 Knut Reinert & MPI für molekulare Genetik
1+
# SPDX-FileCopyrightText: 2006-2025 Knut Reinert & Freie Universität Berlin
2+
# SPDX-FileCopyrightText: 2016-2025 Knut Reinert & MPI für molekulare Genetik
33
# SPDX-License-Identifier: BSD-3-Clause
44

55
cmake_minimum_required (VERSION 3.25...3.30)

‎CODE_OF_CONDUCT.md

+2-2

‎README.md

+2-2

‎cmake/configuration.cmake

+2-2
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -1,5 +1,5 @@
1-
# SPDX-FileCopyrightText: 2006-2024 Knut Reinert & Freie Universität Berlin
2-
# SPDX-FileCopyrightText: 2016-2024 Knut Reinert & MPI für molekulare Genetik
1+
# SPDX-FileCopyrightText: 2006-2025 Knut Reinert & Freie Universität Berlin
2+
# SPDX-FileCopyrightText: 2016-2025 Knut Reinert & MPI für molekulare Genetik
33
# SPDX-License-Identifier: BSD-3-Clause
44

55
cmake_minimum_required (VERSION 3.25...3.30)

‎cmake/package-lock.cmake

+2-2
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -1,5 +1,5 @@
1-
# SPDX-FileCopyrightText: 2006-2024 Knut Reinert & Freie Universität Berlin
2-
# SPDX-FileCopyrightText: 2016-2024 Knut Reinert & MPI für molekulare Genetik
1+
# SPDX-FileCopyrightText: 2006-2025 Knut Reinert & Freie Universität Berlin
2+
# SPDX-FileCopyrightText: 2016-2025 Knut Reinert & MPI für molekulare Genetik
33
# SPDX-License-Identifier: BSD-3-Clause
44

55
# CPM Package Lock

‎cmake/raptor-package.cmake

+2-2
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -1,5 +1,5 @@
1-
# SPDX-FileCopyrightText: 2006-2024 Knut Reinert & Freie Universität Berlin
2-
# SPDX-FileCopyrightText: 2016-2024 Knut Reinert & MPI für molekulare Genetik
1+
# SPDX-FileCopyrightText: 2006-2025 Knut Reinert & Freie Universität Berlin
2+
# SPDX-FileCopyrightText: 2016-2025 Knut Reinert & MPI für molekulare Genetik
33
# SPDX-License-Identifier: BSD-3-Clause
44

55
# This file describes how Sharg will be packaged.

‎cmake/version.cmake

+2-2
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -1,5 +1,5 @@
1-
# SPDX-FileCopyrightText: 2006-2024 Knut Reinert & Freie Universität Berlin
2-
# SPDX-FileCopyrightText: 2016-2024 Knut Reinert & MPI für molekulare Genetik
1+
# SPDX-FileCopyrightText: 2006-2025 Knut Reinert & Freie Universität Berlin
2+
# SPDX-FileCopyrightText: 2016-2025 Knut Reinert & MPI für molekulare Genetik
33
# SPDX-License-Identifier: BSD-3-Clause
44

55
file (STRINGS "${CMAKE_CURRENT_LIST_DIR}/../include/raptor/version.hpp" RAPTOR_VERSION_HPP

‎doc/figures/Raptor_no_title.svg.license

+2-2
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -1,3 +1,3 @@
1-
SPDX-FileCopyrightText: 2006-2024 Knut Reinert & Freie Universität Berlin
2-
SPDX-FileCopyrightText: 2016-2024 Knut Reinert & MPI für molekulare Genetik
1+
SPDX-FileCopyrightText: 2006-2025 Knut Reinert & Freie Universität Berlin
2+
SPDX-FileCopyrightText: 2016-2025 Knut Reinert & MPI für molekulare Genetik
33
SPDX-License-Identifier: CC-BY-4.0

‎doc/figures/fig_4_many_user_bins.svg.license

+2-2
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -1,3 +1,3 @@
1-
SPDX-FileCopyrightText: 2006-2024 Knut Reinert & Freie Universität Berlin
2-
SPDX-FileCopyrightText: 2016-2024 Knut Reinert & MPI für molekulare Genetik
1+
SPDX-FileCopyrightText: 2006-2025 Knut Reinert & Freie Universität Berlin
2+
SPDX-FileCopyrightText: 2016-2025 Knut Reinert & MPI für molekulare Genetik
33
SPDX-License-Identifier: CC-BY-4.0

‎doc/figures/fig_6_acc.svg.license

+2-2
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -1,3 +1,3 @@
1-
SPDX-FileCopyrightText: 2006-2024 Knut Reinert & Freie Universität Berlin
2-
SPDX-FileCopyrightText: 2016-2024 Knut Reinert & MPI für molekulare Genetik
1+
SPDX-FileCopyrightText: 2006-2025 Knut Reinert & Freie Universität Berlin
2+
SPDX-FileCopyrightText: 2016-2025 Knut Reinert & MPI für molekulare Genetik
33
SPDX-License-Identifier: CC-BY-4.0

‎doc/figures/hibf.svg.license

+2-2
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -1,3 +1,3 @@
1-
SPDX-FileCopyrightText: 2006-2024 Knut Reinert & Freie Universität Berlin
2-
SPDX-FileCopyrightText: 2016-2024 Knut Reinert & MPI für molekulare Genetik
1+
SPDX-FileCopyrightText: 2006-2025 Knut Reinert & Freie Universität Berlin
2+
SPDX-FileCopyrightText: 2016-2025 Knut Reinert & MPI für molekulare Genetik
33
SPDX-License-Identifier: CC-BY-4.0

‎doc/figures/ibf.svg.license

+2-2
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -1,3 +1,3 @@
1-
SPDX-FileCopyrightText: 2006-2024 Knut Reinert & Freie Universität Berlin
2-
SPDX-FileCopyrightText: 2016-2024 Knut Reinert & MPI für molekulare Genetik
1+
SPDX-FileCopyrightText: 2006-2025 Knut Reinert & Freie Universität Berlin
2+
SPDX-FileCopyrightText: 2016-2025 Knut Reinert & MPI für molekulare Genetik
33
SPDX-License-Identifier: CC-BY-4.0

‎doc/fragments/ibf_fpr.md

+2-2

‎doc/fragments/ibf_h.md

+2-2

‎doc/fragments/input_files_preprocessed.md

+2-2

‎doc/fragments/input_files_sequence.md

+2-2

‎doc/index.md

+2-2

‎doc/methods/01_introduction/index.md

+2-2

‎doc/methods/02_layout/index.md

+2-2

‎doc/methods/03_index/index.md

+2-2

‎doc/methods/04_search/index.md

+2-2

0 commit comments

Comments
 (0)