Skip to content

Latest commit

 

History

History
96 lines (64 loc) · 4 KB

README.md

File metadata and controls

96 lines (64 loc) · 4 KB
Raw

Bioinformatika - Gene Correlations

Popis

Git repozitar obsahuje 2 vetvy:

  • Master
    • Aktualna verzia skriptu.
  • Master2
    • Zaloha stareho kodu - obsahuje FTP klienta, ktory sa pripaja na databazu 1000 genomes. Tento pristup bol presunuty do zalohy, lebo data sa daju ziskat pohodlnejsim sposobom pomocou nastroja Ferret

Skript je napisany v jazyku Python 3.6. Obsahuje rozhranie pre spúšťanie rôznych štatistických testov. Momentálne sú naimplementované 2 druhy testov:

Master

Spustenie

Data

Pred samotnym spustenim je mozne stiahnut pozadovane data genov pouzitim nastroja Ferret.

Zlozka ./Ferret obsahuje data niekolkych genov, ktore je mozne pouzit ako vstup skriptu. Ako vstup sa vyuziva vzdy .ped subor. V zlozke ./Ferret/Negative sa nachadzaju data pouzivane ako negativne kontroly.

Spustenie skriptu

Pre spustenie je potrebne mat nainstalovany aspon Python 3.6.

Terminal (Linux)

V terminaly je potrebne spustit:

  1. cd PROJECT_ROOT_FOLDER/src/
  2. python3 ./main.py -gene1=./Ferret/eIF4E1/eIF4E1.ped -gene2=./Ferret/eIF4G1/eIF4G1.ped
Terminal v GitBash/CMD (Windows)

Pre Windows je mozne pouzit nastroj GitBash alebo klasicky Windows CMD

  1. cd PROJECT_ROOT_FOLDER/src/
  2. python ./main.py -gene1=./Ferret/eIF4E1/eIF4E1.ped -gene2=./Ferret/eIF4G1/eIF4G1.ped
PyCharm

Je mozne vyuzit PyCharm IDE, ktory pracuje priamo s Pythonem. Program je zadarmo pre studentov(mozno aj ucitelov).

  1. File->Open pre otvorenie PROJECT_ROOT_FOLDER
  2. V Run->Edit Configurations v casti Script parameters sa nastavuju parametre vstupu
    • Napr.: -gene1=../Ferret/eIF4E1/eIF4E1.ped -gene2=../Ferret/eIF4G1/eIF4G1.ped
  3. Run->Run...

Vystup

Vystup sa vypisuje do zlozky PROJECT_ROOT_FOLDER/output/.

Skript ma 3 druhy vystupu:

  1. Gene_1.ped - Gene_2.ped.png subor
    • Obsahuje tabulku s poctom pozitivnych/negativnych zhod a ich pomer pre jednotlive testy
    • Obsahuje histogramy a best fit line pre jednotlive testy
  2. Vystup do kozole
    • Obsahuje pocty pozitivnych/negativnych zhod a ich pomer
  3. Gene_1.ped - Gene_2.ped.txt subor
    • Obsahuje popis korelaci medzi stlpcami Genu 1 s Genom 2 a naopak.

Automatizovane spustanie

V PROJECT_ROOT_FOLDER je subor tests.sh, ktory sluzi na automatizovane testovanie viacerych genov za sebou. Je mozne si upravit/dopisat vlastne testy. Hromadny vystup sa vypisuje jak do konzole tak do samostatneho suboru test.txt.

Skript je spustitelny cez:

  • Linux/MAC OS: v termanili spustit bash ./tests.sh
  • Windows: v GitBash spustit bash ./tests.sh alebo len ./tests.sh

Master2

Spustenie

  • python main.py -dataPath={path_to_data_folder} -fetch=True

    • Priznak fetch spusti stahovanie dat do zlozky urcenej cestou v -dataPath
    • V pripade ze priznak fetch je nastaveny na True, dojde k zmazaniu celej zlozky urcenej cestou v -dataPath

  • python main.py -dataPath={path_to_data_folder}

    • Ak priznak -fetch nie je definovany, pouziju sa data v zlozke urcenej cestou -dataPath
    • Data zostavaju zachovane, nic sa nemaze.

Dependencies

Clustalw2

Pre vypocet multiple sequence alignment je potrebne mat nainstalovany program Clustalw2. Ten je potrebne umiestnit do zlozky src/clustalw pod nazvom clustalw

Jokes

I don't trust atoms... I heard they make up everything.

This readme contains chemistry jokes, but you may not react