Se o cenário tem x objetos, então existem também x desse mesmo cenário

[guilhermejcgois]

O que está acontecendo é o seguinte: se o cenário possui 4 objetos, então o museu vai conter 4 cenários contendo os 4 objetos, parece que o hibernate está fazendo assim:

MuseologicalObject mo1 = new MuseologicalObject();
MuseologicalObject mo2 = new MuseologicalObject();
MuseologicalObject mo3 = new MuseologicalObject();
MuseologicalObject mo4 = new MuseologicalObject();

Scenario s = new Scenario();
s.addObject(mo1);
s.addObject(mo2);
s.addObject(mo3);
s.addObject(mo4);

Museum m = new Museum();
m.addScenario(s);
m.addScenario(s);
m.addScenario(s);
m.addScenario(s);