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<!DOCTYPE html>
<html>
<head>
<title>La gestion des données de la collecte jusqu'à la publication</title>
<meta charset="utf-8">
<meta name="description" content="La gestion des données de la collecte jusqu'à la publication">
<meta name="author" content="Wilfried Heintz">
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<img src="assets/img/Dynafor.jpg">
</aside>
<hgroup class="auto-fadein">
<h1>La gestion des données de la collecte jusqu'à la publication</h1>
<h2>Les avancées de l'IDS Dynafor</h2>
<p>Wilfried Heintz<br/>UMR 1201 Dynafor, INRA, Toulouse</p>
</hgroup>
<article></article>
<footer class = 'license'>
<a href='http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/3.0/'>
<img width = '80px' src = 'http://mirrors.creativecommons.org/presskit/buttons/88x31/png/by-nc-sa.png'>
</a>
</footer>
</slide>
<!-- SLIDES -->
<slide class="" id="slide-1" style="background:;">
<hgroup>
<h2>Le cycle de vie des données</h2>
</hgroup>
<article data-timings="">
<p><img style="position: absolute; top: 0; right: 0; border: 0; width:450px;" src="assets/img/cycledevie_data.gif"></p>
<h3>Les étapes importantes</h3>
<ul>
<li>(Le plan de gestion de données)</li>
<li>La collecte (venez à l'école technique !)</li>
<li>Le contrôle qualité et l'intégration (faites des métadonnées !)</li>
<li>La structuration / sauvegarde</li>
<li>Le traitement / enrichissement</li>
<li>La publication / diffusion (venez au séminaire "datapapers" !)</li>
</ul>
</article>
<!-- Presenter Notes -->
</slide>
<slide class="" id="slide-2" style="background:;">
<hgroup>
<h2>Les temps changent ...</h2>
</hgroup>
<article data-timings="">
<p><img style="position: absolute; top: 30px; right: 30px; border: 0; width:350px;" src="assets/img/PublicDomain.png"></p>
<h3>Les apports d'Inspire & de l'Opendata</h3>
<ul>
<li>Ouverture des données de la recherche (open-science)</li>
<li>Loi "text and data mining" (TDM - 23/04/16)</li>
<li>Avis n°8 comité éthique Inra-Cirad</li>
<li>Donnée financée par argent public = donnée publique</li>
</ul>
<p>=> Organiser le partage de nos données</p>
</article>
<!-- Presenter Notes -->
</slide>
<slide class="" id="slide-3" style="background:;">
<hgroup>
<h2>Les pratiques aussi</h2>
</hgroup>
<article data-timings="">
<p><img style="position: absolute; top: 40; right: 200px; border: 0; width:700px;" src="assets/img/bad1.png"></p>
</article>
<!-- Presenter Notes -->
</slide>
<slide class="" id="slide-4" style="background:;">
<hgroup>
<h2>Les pratiques aussi</h2>
</hgroup>
<article data-timings="">
<p><img style="position: absolute; top: 40; right: 200px; border: 0; width:700px;" src="assets/img/bad2.png"></p>
</article>
<!-- Presenter Notes -->
</slide>
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<hgroup>
<h2>Les pratiques aussi</h2>
</hgroup>
<article data-timings="">
<p><img style="position: absolute; top: 40; right: 200px; border: 0; width:700px;" src="assets/img/bad3.png"></p>
</article>
<!-- Presenter Notes -->
</slide>
<slide class="" id="slide-6" style="background:;">
<hgroup>
<h2>DMP</h2>
</hgroup>
<article data-timings="">
<p><h3>Data Management Plan</h3></p>
<ul>
<li>Décrit/organise le suivi du cycle de vie des données</li>
<li>Obligatoire pour les projets H2020</li>
<li>Formalise des bonnes pratiques (qui devraient être) évidentes</li>
</ul>
<p><a href="https://intranet.inra.fr/openscience">https://intranet.inra.fr/openscience</a></p>
</article>
<!-- Presenter Notes -->
</slide>
<slide class="" id="slide-7" style="background:;">
<hgroup>
<h2>Collecte</h2>
</hgroup>
<article data-timings="">
<p><img style="position: absolute; top: 250px; right: 30px; border: 0; width:350px;" src="assets/img/pc_durci.jpg">
<img style="position: absolute; top: 290px; right: 430px; border: 0; width:250px;" src="assets/img/rpi.jpg"></p>
<h3>Les systèmes embarqués <br/>(Ateliers carnets électroniques OSU OREME 04/16)</h3>
<ul>
<li><u>Inconvénients</u>
<ul>
<li>prise en main</li>
<li>configuration</li>
</ul></li>
</ul>
</article>
<!-- Presenter Notes -->
</slide>
<slide class="" id="slide-8" style="background:;">
<hgroup>
<h2>Collecte</h2>
</hgroup>
<article data-timings="">
<ul>
<li><u>Avantages</u>
<ul>
<li>économie de temps (saisie)</li>
<li>contrôle des données</li>
<li>saisies simultanées</li>
<li>sécurité des données (copie des requêtes)</li>
</ul></li>
</ul>
</article>
<!-- Presenter Notes -->
</slide>
<slide class="" id="slide-9" style="background:;">
<hgroup>
<h2>Collecte</h2>
</hgroup>
<article data-timings="">
<ul>
<li><u>Développements en cours</u>
<ul>
<li>(ré)utilisation des tablettes</li>
<li>déport des services sur nano-ordinateurs</li>
<li>interfaces personnalisées</li>
</ul></li>
</ul>
<p><i>Muesli - Flore - DMH</i></p>
</article>
<!-- Presenter Notes -->
</slide>
<slide class="" id="slide-10" style="background:;">
<hgroup>
<h2>Intégration</h2>
</hgroup>
<article data-timings="">
<p><img style="position: absolute; top: 50px; right: 50px; border: 0; width:200px;" src="assets/img/inspire.jpg">
<h3>Métadonnées<br/> (Rochebrune 01/16)</h3></p>
<ul>
<li>Généalogie des données (protocole, projet, objectifs scientifiques ...)</li>
<li>Eléments d'exploitation de la données (format, résolution ...)</li>
<li>Normalisées (Inspire, EML, ISO ...)</li>
</ul>
<p>=> Point de rencontre Collecte/Gestion/Exploitation<br/>
=> Pérennisation des données</p>
<p><i>Sebiopag - Carabagri - Sebioref</i></p>
</article>
<!-- Presenter Notes -->
</slide>
<slide class="" id="slide-11" style="background:;">
<hgroup>
<h2>Contrôle qualité</h2>
</hgroup>
<article data-timings="">
<p><h3>"Data curation"<br/> (Formation GBIF 09/15)</h3></p>
<ul>
<li>Scripts R</li>
<li>ETL</li>
<li>Outils divers (Google Refine)</li>
</ul>
<p>=> Coupler avec procédure qualité suivi</p>
<p><i>Farmland - Sebiopag</i></p>
</article>
<!-- Presenter Notes -->
</slide>
<slide class="" id="slide-12" style="background:;">
<hgroup>
<h2>Structuration / Sauvegarde</h2>
</hgroup>
<article data-timings="">
<p><h3>Système d'Information <br/> (Sciences des données IRIT 04/16)</h3></p>
<ul>
<li>Bases de données <u>en ligne</u></li>
<li>Découverte - visualisation - exploitation</li>
<li>Hébergement pérenne (Datacenter)</li>
</ul>
<p><a href="http://dynids.toulouse.inra.fr:8180/geonetwork/">http://dynids.toulouse.inra.fr:8180/geonetwork/</a> </p>
</article>
<!-- Presenter Notes -->
</slide>
<slide class="" id="slide-13" style="background:;">
<hgroup>
<h2>Traitement / Enrichissement</h2>
</hgroup>
<article data-timings="">
<ul>
<li>Accès partagé aux données (postgis, thredds ...)</li>
<li>Pas de chargement local !!</li>
</ul>
<p><a href="http://dynids.toulouse.inra.fr:8080/geoserver/">http://dynids.toulouse.inra.fr:8080/geoserver/</a></p>
<p><i>CafoPyr</i></p>
</article>
<!-- Presenter Notes -->
</slide>
<slide class="" id="slide-14" style="background:;">
<hgroup>
<h2>Publication / Diffusion</h2>
</hgroup>
<article data-timings="">
<p><h3>Valorisation des jeux de données <br/> (Workshop OpenUp! 04/16)</h3></p>
<ul>
<li>Entrepôts de données (GBIF, Europeana ...)</li>
<li>DOI + Licence -> identification pérenne et unique des DS</li>
<li>Datapapers (Formation nationale l'an prochain)</li>
<li>Réutilisation de données externes</li>
</ul>
<p><a href="http://dynids.toulouse.inra.fr:8180/ipt">http://dynids.toulouse.inra.fr:8180/ipt</a></p>
<p><i>Fundiv - BDOiseaux</i></p>
</article>
<!-- Presenter Notes -->
</slide>
<slide class="" id="slide-15" style="background:;">
<hgroup>
<h2>Publication / Diffusion</h2>
</hgroup>
<article data-timings="">
<p><h3>Mais aussi</h3></p>
<ul>
<li>Publication des traitements (WPS)
R, python, Matlab ...</li>
</ul>
<p>=> Science reproductible ***</p>
</article>
<!-- Presenter Notes -->
</slide>
<slide class="" id="slide-16" style="background:;">
<hgroup>
<h2>IDS</h2>
</hgroup>
<article data-timings="">
<p><h3>Et maintenant ?</h3></p>
<ul>
<li>Recensement des jeux de données</li>
<li>Portage dans PostgreSQL</li>
<li><p>Cataloguage</p></li>
<li><p>Création de l'interface générale</p></li>
<li><p>Publication des jeux de données</p></li>
</ul>
</article>
<!-- Presenter Notes -->
</slide>
<slide class="backdrop"></slide>
</slides>
<div class="pagination pagination-small" id='io2012-ptoc' style="display:none;">
<ul>
<li>
<a href="#" target="_self" rel='tooltip'
data-slide=1 title='Le cycle de vie des données'>
1
</a>
</li>
<li>
<a href="#" target="_self" rel='tooltip'
data-slide=2 title='Les temps changent ...'>
2
</a>
</li>
<li>
<a href="#" target="_self" rel='tooltip'
data-slide=3 title='Les pratiques aussi'>
3
</a>
</li>
<li>
<a href="#" target="_self" rel='tooltip'
data-slide=4 title='Les pratiques aussi'>
4
</a>
</li>
<li>
<a href="#" target="_self" rel='tooltip'
data-slide=5 title='Les pratiques aussi'>
5
</a>
</li>
<li>
<a href="#" target="_self" rel='tooltip'
data-slide=6 title='DMP'>
6
</a>
</li>
<li>
<a href="#" target="_self" rel='tooltip'
data-slide=7 title='Collecte'>
7
</a>
</li>
<li>
<a href="#" target="_self" rel='tooltip'
data-slide=8 title='Collecte'>
8
</a>
</li>
<li>
<a href="#" target="_self" rel='tooltip'
data-slide=9 title='Collecte'>
9
</a>
</li>
<li>
<a href="#" target="_self" rel='tooltip'
data-slide=10 title='Intégration'>
10
</a>
</li>
<li>
<a href="#" target="_self" rel='tooltip'
data-slide=11 title='Contrôle qualité'>
11
</a>
</li>
<li>
<a href="#" target="_self" rel='tooltip'
data-slide=12 title='Structuration / Sauvegarde'>
12
</a>
</li>
<li>
<a href="#" target="_self" rel='tooltip'
data-slide=13 title='Traitement / Enrichissement'>
13
</a>
</li>
<li>
<a href="#" target="_self" rel='tooltip'
data-slide=14 title='Publication / Diffusion'>
14
</a>
</li>
<li>
<a href="#" target="_self" rel='tooltip'
data-slide=15 title='Publication / Diffusion'>
15
</a>
</li>
<li>
<a href="#" target="_self" rel='tooltip'
data-slide=16 title='IDS'>
16
</a>
</li>
</ul>
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