-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 0
/
Copy pathEBLOSUM62.h
65 lines (58 loc) · 4.17 KB
/
EBLOSUM62.h
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
/**
Matrix made by matblas from blosum62.iij
* column uses minimum score
BLOSUM Clustered Scoring Matrix in 1/2 Bit Units
Blocks Database = /data/blocks_5.0/blocks.dat
Cluster Percentage: >= 62
Entropy = 0.6979, Expected = -0.5209
A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X *
A 4 -1 -2 -2 0 -1 -1 0 -2 -1 -1 -1 -1 -2 -1 1 0 -3 -2 0 -2 -1 0 -4
R -1 5 0 -2 -3 1 0 -2 0 -3 -2 2 -1 -3 -2 -1 -1 -3 -2 -3 -1 0 -1 -4
N -2 0 6 1 -3 0 0 0 1 -3 -3 0 -2 -3 -2 1 0 -4 -2 -3 3 0 -1 -4
D -2 -2 1 6 -3 0 2 -1 -1 -3 -4 -1 -3 -3 -1 0 -1 -4 -3 -3 4 1 -1 -4
C 0 -3 -3 -3 9 -3 -4 -3 -3 -1 -1 -3 -1 -2 -3 -1 -1 -2 -2 -1 -3 -3 -2 -4
Q -1 1 0 0 -3 5 2 -2 0 -3 -2 1 0 -3 -1 0 -1 -2 -1 -2 0 3 -1 -4
E -1 0 0 2 -4 2 5 -2 0 -3 -3 1 -2 -3 -1 0 -1 -3 -2 -2 1 4 -1 -4
G 0 -2 0 -1 -3 -2 -2 6 -2 -4 -4 -2 -3 -3 -2 0 -2 -2 -3 -3 -1 -2 -1 -4
H -2 0 1 -1 -3 0 0 -2 8 -3 -3 -1 -2 -1 -2 -1 -2 -2 2 -3 0 0 -1 -4
I -1 -3 -3 -3 -1 -3 -3 -4 -3 4 2 -3 1 0 -3 -2 -1 -3 -1 3 -3 -3 -1 -4
L -1 -2 -3 -4 -1 -2 -3 -4 -3 2 4 -2 2 0 -3 -2 -1 -2 -1 1 -4 -3 -1 -4
K -1 2 0 -1 -3 1 1 -2 -1 -3 -2 5 -1 -3 -1 0 -1 -3 -2 -2 0 1 -1 -4
M -1 -1 -2 -3 -1 0 -2 -3 -2 1 2 -1 5 0 -2 -1 -1 -1 -1 1 -3 -1 -1 -4
F -2 -3 -3 -3 -2 -3 -3 -3 -1 0 0 -3 0 6 -4 -2 -2 1 3 -1 -3 -3 -1 -4
P -1 -2 -2 -1 -3 -1 -1 -2 -2 -3 -3 -1 -2 -4 7 -1 -1 -4 -3 -2 -2 -1 -2 -4
S 1 -1 1 0 -1 0 0 0 -1 -2 -2 0 -1 -2 -1 4 1 -3 -2 -2 0 0 0 -4
T 0 -1 0 -1 -1 -1 -1 -2 -2 -1 -1 -1 -1 -2 -1 1 5 -2 -2 0 -1 -1 0 -4
W -3 -3 -4 -4 -2 -2 -3 -2 -2 -3 -2 -3 -1 1 -4 -3 -2 11 2 -3 -4 -3 -2 -4
Y -2 -2 -2 -3 -2 -1 -2 -3 2 -1 -1 -2 -1 3 -3 -2 -2 2 7 -1 -3 -2 -1 -4
V 0 -3 -3 -3 -1 -2 -2 -3 -3 3 1 -2 1 -1 -2 -2 0 -3 -1 4 -3 -2 -1 -4
B -2 -1 3 4 -3 0 1 -1 0 -3 -4 0 -3 -3 -2 0 -1 -4 -3 -3 4 1 -1 -4
Z -1 0 0 1 -3 3 4 -2 0 -3 -3 1 -1 -3 -1 0 -1 -3 -2 -2 1 4 -1 -4
X 0 -1 -1 -1 -2 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -2 0 0 -2 -1 -1 -1 -1 -1 -4
* -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 1
Availability: <ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/matrices/BLOSUM62>
**/
double EBLOSUM62_matrix[24][24] = { { 4, -1,-2,-2, 0,-1,-1, 0,-2,-1,-1,-1,-1,-2,-1, 1, 0,-3,-2, 0,-2,-1, 0,-4},
{-1, 5, 0,-2,-3, 1, 0,-2, 0,-3,-2, 2,-1,-3,-2,-1,-1,-3,-2,-3,-1, 0,-1,-4},
{-2, 0, 6, 1,-3, 0, 0, 0, 1,-3,-3, 0,-2,-3,-2, 1, 0,-4, -2,-3, 3, 0,-1,-4},
{-2,-2, 1, 6, -3, 0, 2,-1,-1,-3,-4, -1,-3,-3,-1, 0,-1,-4, -3,-3, 4, 1,-1,-4},
{0,-3,-3,-3, 9, -3,-4, -3,-3,-1,-1,-3,-1,-2,-3,-1,-1,-2,-2,-1,-3,-3,-2,-4},
{-1, 1, 0, 0,-3, 5, 2,-2, 0,-3,-2, 1, 0,-3,-1, 0,-1,-2,-1,-2, 0, 3,-1,-4},
{-1, 0, 0, 2,-4, 2, 5, -2, 0,-3,-3, 1,-2,-3,-1, 0,-1,-3,-2,-2, 1, 4,-1,-4},
{0,-2, 0,-1,-3,-2,-2, 6, -2,-4,-4,-2,-3,-3,-2, 0,-2,-2,-3,-3,-1,-2,-1,-4},
{-2, 0, 1,-1,-3, 0, 0,-2, 8, -3,-3,-1,-2,-1,-2,-1,-2,-2, 2,-3, 0, 0,-1,-4},
{-1,-3,-3,-3,-1,-3,-3,-4,-3, 4, 2,-3, 1, 0,-3,-2,-1,-3,-1, 3,-3,-3,-1,-4},
{-1,-2,-3,-4,-1,-2,-3,-4,-3, 2, 4,-2, 2, 0,-3,-2,-1,-2,-1, 1,-4,-3,-1,-4},
{-1, 2, 0,-1,-3, 1, 1,-2,-1,-3,-2, 5, -1,-3,-1, 0,-1,-3,-2,-2, 0, 1,-1,-4},
{-1,-1,-2,-3,-1, 0,-2,-3,-2, 1, 2,-1, 5, 0,-2,-1,-1,-1,-1, 1,-3,-1,-1,-4},
{-2,-3,-3,-3,-2,-3,-3,-3,-1, 0, 0,-3, 0, 6, -4,-2,-2, 1, 3,-1,-3,-3,-1,-4},
{-1,-2,-2,-1,-3,-1,-1,-2,-2,-3,-3,-1,-2,-4, 7, -1,-1,-4,-3,-2,-2,-1,-2,-4},
{1,-1, 1, 0,-1, 0, 0, 0,-1,-2,-2, 0,-1,-2,-1, 4, 1,-3,-2,-2, 0, 0, 0,-4},
{0,-1, 0,-1,-1,-1,-1,-2,-2,-1,-1,-1,-1,-2,-1, 1, 5, -2,-2, 0,-1,-1, 0,-4},
{-3,-3,-4,-4,-2,-2,-3,-2,-2,-3,-2,-3,-1, 1,-4,-3,-2, 11, 2,-3,-4,-3,-2,-4},
{-2,-2,-2,-3,-2,-1,-2,-3, 2,-1,-1,-2,-1, 3,-3,-2,-2, 2, 7, -1,-3,-2,-1,-4},
{0,-3,-3,-3,-1,-2,-2,-3,-3, 3, 1,-2, 1,-1,-2,-2, 0,-3,-1, 4,-3,-2,-1,-4},
{-2,-1, 3, 4,-3, 0, 1,-1, 0,-3,-4, 0,-3,-3,-2, 0,-1,-4,-3,-3, 4, 1,-1,-4},
{-1, 0, 0, 1,-3, 3, 4,-2, 0,-3,-3, 1,-1,-3,-1, 0,-1,-3,-2,-2, 1, 4,-1,-4},
{0,-1,-1,-1,-2,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-2, 0, 0,-2,-1,-1,-1,-1,-1,-4},
{-4,-4,-4,-4,-4,-4,-4,-4,-4,-4,-4,-4,-4,-4,-4,-4,-4,-4,-4,-4,-4,-4,-4, 1}};