Change Listeria monocytogenes trueCoverage defaults and sequences

modules/trueCoverage_rematch/listeria_monocytogenes.config

@@ -3,7 +3,7 @@
 #length_extra_seq (int)
 200
 #maximum_number_absent_genes (int)
-0
+2
 #maximum_number_genes_multiple_alleles (int)
 1
 #minimum_read_coverage (x, int)
@@ -13,8 +13,8 @@
 #minimum_depth_call (x, int)
 10
 #minimum_depth_frequency_dominant_allele (0-1, double)
-0.60
+0.70
 #minimum_gene_coverage (0-100, int)
-80
+70
 #minimum_gene_identity (0-100, int)
 70

modules/trueCoverage_rematch/listeria_monocytogenes.fasta

@@ -1,85 +1,92 @@
->abcZ
+>abcZ_75_previous_200_flanking
 CGACATACCTTCAAGTAAAAGCACCACAATATATTGGTAACGCCGTTCAAGAACTTGGAGATTACGTGGTTAATTTAATG
 CAAACGGGTGTTGATGACAAGAGTGACTTCATCCATATCATTTGGATGCTGATTCTCTGCTACGTACTGCTCGCTGCTGC
-CACTTTTATCCAAAGTATCATTATGACAGGGGTAGCTGGTAAATCGACGAACAGAATGCGTATAGGGCTTTTCCGCAAGA
-TGGAAAAACTATCGATTCGTTTCTTCGATAGCCGCAATGATGGCGAAATGCTTAGTCGTTTTACTAGTGACTTAGATAAT
-ATTTCCAATACACTAAACCAAGCATTGATCCAGGTGCTATCCAACGTCGCGCTAATGATTGGTGTTATCATCATGATGTT
-CCAACAAAACGTGGAACTAGCCTTCGTTACTTTAATATCTGCTCCATTTGCGATTATTATTGCAACAGTGATTATTCGAA
-AAGCACGTAAATTCGTTGATGTTCAACAAGATGAACTAGGCGTACTTAACGGCTACATTGACGAAAAAATCTCTGGACAA
-AAAATCATTATCACAAATGGTTTAGAAGAAGAAACAATTGACGGCTTTGTTAAACAAAACAATATCGTTAAAAACGCCAC
-TTATAAAGGGCAAGTTTACTCCGGTTTACTTTTCCCAATGATGCAAGGTATTTCACTATTAAATACAGCTATCGTTATCT
-TCTTCGGTGGATGGTTAGCTCTAAACGGCGACCTTGAACGCACAGCCGCTCTTGGTTTAATCGTTATGTTCGTTCAATAT
-TCACAACAATTCTATATGCCACTTACACAAATTTCGTCCCAGTACAGCTTGCTACAACTAGCAATCACTGGTGCGCGCCG
-TGTTAGTGAAGTATTTGCAGAGGAAGAAGAAGTAGAACGCGAAAACTTACAAACAAT
->bglA
+CACTTTTATCCAAAGTATCATTATGACAGGGGTAGCTGGT
+AAATCGACGAACAGAATGCGTATAGGGCTTTTCCGCAAGATGGAAAAACTATCAATCCGTTTCTTCGATAGCCGCAATGA
+TGGCGAAATGCTTAGCCGTTTCACTAGTGACTTAGATAATATTTCCAATACACTAAACCAAGCATTGATCCAAGTGCTAT
+CCAACGTCGCGCTAATGATTGGTGTTATCATCATGATGTTCCAACAAAACGTGGAACTAGCCTTCGTTACTTTAATATCT
+GCTCCATTTGCGATTATTATTGCGACAGTGATTATTCGAAAAGCACGTAAATTCGTTGATGTTCAACAAGATGAACTAGG
+CGTACTTAACGGCTACATTGACGAAAAAATCTCTGGACAAAAAATCATTATCACAAATGGTTTAGAAGAAGAAACAATTG
+ACGGCTTTGTTAAACAAAACAATATCGTTAAAAACGCCACTTATAAAGGTCAAGTTTACTCCGGTTTACTTTTCCCAATG
+ATGCAAGGTATTTCCCTGTTAAATACAGCTATCGTTATCTTCTTCGGTGGATGGTTA
+GCTCTAAACGGCGACCTTGAACGCACAGCCGCTCTTGGTTTAATCGTTATGTTCGTTCAATATTCACAACAATTCTATAT
+GCCACTTACACAAATTTCGTCCCAGTACAGCTTGCTACAACTAGCAATCACTGGTGCGCGCCGTGTTAGTGAAGTATTTG
+CAGAGGAAGAAGAAGTAGAACGCGAAAACTTACAAACAAT
+>bglA_30_previous_200_flanking
 TTTTAACTATAAATCGGAATGTTACCGACGTAAGCCGGGCATAACCAAATATTTTTCTAAGTACCATGTTTTTTTGCATG
 TATTTAGAAAAGTATTTGGTTTTTTTCATAGATACTTTAAAATGTAGAAAAGGAGTTTTTAACATGCATACAAATACAGG
-ATTTCCGGCCGACTTTTTATGGGGTGGAGCTGCTGCTGCAAACCAATTCGAAGGCGCTTACAACGTCGATGGAAAAGGAC
-TTTCCGTTCAAGATGTTACTCCAAAAGGCGGATTCGGTCACATTACTGACGGTCCAACACCAGATAACTTAAAATTAGAA
-GGAATCGACTTCTACCATCGCTACAAAGATGACGTGAAACTTTTTGCCGAAATGGGCTTCAAGGTTTTCCGTACTTCCAT
-CGCTTGGTCCCGTATCTTCCCAAATGGTGACGAAACAGAGCCAAACGAAGCAGGACTACAATTTTACGATGATTTATTCG
-ATGAACTTCTAGCACATAATATCGAACCACTGATTACTTTATCTCACTATGAAACACCACTTCACTTATCGAAAACTTAC
-GACGGATGGGTAAATAGAAAAATGATCGACTTCTATGAAAACTATGTCCGCACCGTATTTAATCGCTATAAAGGCAAAGT
-AAAATATTGGCTAACATTCAATGAAATCAACTCGATTTTACACGCACCATTCATGAGCGGCGGTATTTCTACAAGCCCAG
-ATAAATTATCACAAAAAGACCTATACCAAGCTGTCCACCACGAACTTGTGGCGAGCGCGCTGGCTACAAAAATTGGTCA
->cat
+ATTTCCGGCCGACTTTTTATGGGGTGGAGCTGCTGCTGCA
+AACCAATTCGAAGGCGCTTACAACGTCGATGGAAAAGGACTTTCCGTTCAAGATGTTACTCCAAAAGGCGGATTCGGTCA
+CATTACTGACGGTCCAACACCAGATAACTTAAAATTAGAAGGAATTGACTTCTATCATCGCTACAAAGATGACGTGAAAC
+TTTTTGCCGAAATGGGCTTCAAGGTTTTCCGTACTTCCATCGCTTGGTCCCGTATCTTCCCAAATGGTGACGAAACTGAG
+CCAAACGAAGCAGGACTACAATTTTACGATGATTTATTCGACGAACTTCTAGCACATAATATCGAACCACTGATTACTTT
+ATCTCACTATGAAACACCACTTCACTTATCGAAAACTTACGACGGATGGGTAAATAGAAAAATGATCGACTTCTATGAA
+AACTATGTCCGCACCGTATTTAATCGCTATAAAGGCAAAGTAAAATATTGGCTAACATTCAATGAAATCAACTCGATTTT
+ACACGCACCATTCATGAGCGGCGGTATTTCTACAAGCCCAGATAAATTATCACAAAAAGACCTATACCAAGCTGTCCACC
+ACGAACTTGTGGCGAGCGCGCTGGCTACAAAAATTGGTCA
+>cat_43_previous_200_flanking
 AAAATGATATAGAATTGTTATGGAGGTATATACATATGACAGATAGAAAAAATTTAACGACGAATCAAGGTGTGCCAGTT
 GGTGATAACCAAAATTCAATGACAGCGGGACGTAAAGGACCTACTTTGATAGAAGATTATGTGCTTATTGAGAAATTGGC
-GCATTTTGATAGAGAACGAGTTCCTGAGAGGGTTGTACATGCTCGTGGTGCTGGTGCGCACGGGAAATTTGTTACTAAAA
-AAAGCATGAAAAAATATACAATGGCTAAATTTTTGCAAGAAGAAGGAACGGAAACAGAGGTTTTTGCTCGTTTTTCAACA
-GTAATTCATGGGCAACATTCTCCAGAAACATTACGTGATCCACGCGGTTTCTCCGTTAAGTTTTATACGGAAGAGGGAAA
-TTATGACTTTGTCGGAAATAATTTGCCAGTATTTTTCATTCGTGATGCGATTAAGTTTCCAGATGTTATTCATTCCTTGA
-AGCCTGACCCGCGCACAAATATTCAAGATGGCAATCGTTACTGGGATTTCTTTAGCCTTACACCGGAAGCTACGACAATG
-ATTATGTACTTATTCAGTGATGAAGGAACGCCGGCTTCTTACCGCGAAGTCCGGGGCTCTAGTGTTCATGCGTTCAAATG
-GATTAACGAAGAAGGCAAAACAGTTTATGTAAAACTGCGCTGGGTTCCAAAAGCGGGAATAGTGAACCTTTCGACGGAGC
-AAGCTTCTCAAATTCAAGCAAAAGAATTTAACCATGCAAGTCGTGATTTGTACGAAGCAATTGAAAATGGAGACTATCCT
-GAATGGGATTTATATGTGCAAGTGTTGGATCCGAAAGACTTAGATAGCTTTGATTTCAATCCATTAGATGCTACAAAAGA
-TTGGTT
->dapE
+GCATTTTGATAGAGAACGAGTTCCTGAGAGGGTTGTACAT
+GCTCGTGGTGCTGGTGCGCACGGGAAATTTGTCACTAAAAAAAGCATGAAAAAATATACAATGGCTAAATTTTTGCAAGA
+AGAAGGAACGGAAACAGAGGTTTTTGCTCGTTTTTCAACTGTAATTCATGGACAACATTCTCCAGAAACATTACGTGATC
+CACGCGGTTTCTCCGTTAAGTTTTATACAGAAGAAGGGAATTATGACTTTGTCGGAAATAATTTACCTGTATTCTTCATT
+CGTGATGCGATTAAGTTTCCGGATGTTATTCATTCCTTGAAGCCTGATCCACGCACAAATATTCAAGATGGCAACCGTTA
+CTGGGATTTCTTTAGCCTTACGCCGGAAGCTACGACGATGATCACATACTTATTCAGTGATGAAGGAACGCCGGCTTCTT
+ACCGCGAAATACGTGGCTCTAGTGTTCATGCGTTCAAATGGATTAACGAAGAAGGCAAAACAGTCTATGTAAAACTGCGC
+TGGGTT
+CCAAAAGCGGGAATAGTGAACCTTTCGACGGAGCAAGCTTCTCAAATTCAAGCAAAAGAATTTAACCATGCAAGTCGTGA
+TTTGTACGAAGCAATTGAAAATGGAGACTATCCTGAATGGGATTTATATGTGCAAGTGTTGGATCCGAAAGACTTAGATA
+GCTTTGATTTCAATCCATTAGATGCTACAAAAGATTGGTT
+>dapE_18_previous_200_flanking
 TGTAAATCATGCAGAGACTAAGCCATTTTTTATTTGGTAATTATAAGAAGGAGTTTGCCTTTATAGAGAACGGGAAAACA
 TAGAGTGGAATTCATAGAAAGAGGGCGTGAAATATGGACCAACAAAAAAAGATTCAAATTTTAAAGGACTTGGTAAATAT
-TGATTCGACTAATGGGCATGAAGAACAAGTTGCGAACTATTTGCAAAAGTTGTTAGCTGAACATGGTATTGAGTCCGAAA
-AGGTACAATACGACCTAGACAGAGCTAGCCTAGTAAGCGAAATTGGTTCCAGTAACGAGAAGGTTTTGGCATTTTCAGGG
-CATATGGATGTAGTTGATGCGGGTGATGTATCTAAGTGGAAGTTCCCACCTTTTGAAGCGACAGAGCATGAAGGGAAACT
-ATACGGACGCGGCGCAACGGATATGAAGTCAGGTCTAGCGGCGATGGTTATTGCAATGATTGAACTTCATGAAGAAAAAC
-AAAAACTAAACGGCAAGATCAGATTATTAGCAACAGTTGGGGAAGAAATCGGTGAACTTGGAGCAGAACAACTAACACAA
-AAAGGTTACGCAGATGATTTAGATGGTTTAATCATCGGCGAACCGAGTGGACACAGAATCGTTTATGCGCATAAAGGTTC
-CATTAATTATACCGTTAAATCCACTGGTAAAAATGCCCATAGTTCGATGCCGGAATTTGGTGTGAATGCGATTGATAACT
-TGCTGCTATTTTATAATGAAGTAGAAAAATTCGTGAAATCAATTGATGCTACTAACGAAATATTAGGCGATTTTATTCAT
-AATGTCACCGTAATTGATGGTGGAAATCAAGTCAATAGTATCCCTGAAAAAGCACAACTGCA
->dat
+TGATTCGACTAATGGGCATGAAGAACAAGTTGCGAACTAT
+TTGCAAAAGTTGTTAGCTGAACATGGTATTGAGTCCGAAAAGGTACAATACGACGTAGACAGAGCCAGCCTAGTAAGCGA
+AATTGGTTCCAGTGACGAGAAAGTTTTGGCGTTTTCAGGGCATATGGATGTCGTTGATGCGGGTGATGTCTCGAAGTGGA
+AGTTCCCGCCTTTTGAAGCGACAGAGCATGAAGGTAAACTATACGGACGCGGCGCAACGGATATGAAGTCAGGTCTAGCG
+GCGATGATTATTGCAATGATTGAGCTTCATGAAGAAAAACAAAAACTAAATGGCAAAATTAGATTATTAGCAACTGTTGG
+TGAAGAAGTCGGTGAACTTGGAGCTGAACAACTAACGCAAAAAGGTTACGCAGATGATTTAGATGGTCTGATTATCGGCG
+AACCGAGTGGACACCGGATTGTTTATGCGCATAAAGGTTCCATTAATTATACCGTTAAATCC
+ACTGGTAAAAATGCCCATAGTTCGATGCCGGAATTTGGTGTGAATGCGATTGATAACTTGCTGCTATTTTATAATGAAGT
+AGAAAAATTCGTGAAATCAATTGATGCTACTAACGAAATATTAGGCGATTTTATTCATAATGTCACCGTAATTGATGGTG
+GAAATCAAGTCAATAGTATCCCTGAAAAAGCACAACTGCA
+>dat_13_previous_200_flanking
 ATAATTGAAAAAATTAACTGCTGCAAAGCTTAGTTTTGCGGCAGTTTCTTTGTTTCATTAAGTTTTTAGATAGTTCCAAA
 AATTAACTATGCAAGGAGAGACTCGAGATGAAAGTATTAGTAAATAACCATTTAGTTGAAAGAGAAGATGCCACAGTTGA
-CATTGAAGACCGCGGATATCAGTTTGGTGATGGTGTATATGAAGTAGTTCGTCTATATAATGGAAAATTCTTTACTTATA
-ATGAACACATTGATCGCTTATATGCTAGTGCAGCAAAAATTGACTTAGTTATTCCTTATTCCAAAGAAGAGCTACGTGAA
-TTACTTGAAAAATTAGTTGCCGAAAATAATATCAATACAGGGAATGTCTATTTACAAGTGACTCGTGGTGTTCAAAACCC
-ACGTAATCATGTAATCCCTGATGATTTCCCTCTAGAAGGCGTTTTAACAGCAGCAGCTCGTGAAGTACCTAGAAACGAGC
-GTCAATTCGTTGAAGGTGGAACGGCGATTACAGAAGAAGATGTGCGCTGGTTACGCTGTGATATTAAGAGCTTAAACCTT
-TTAGGAAATATTCTAGCAAAAAATAAAGCACATCAACAAAATGCTTTGGAAGCTATTTTACATCGCGGGGAACAAGTAAC
-GGAATGTTCTGCTTCAAACGTTTCTATTATTAAAGATGGTGTATTATGGACGCATGCGGCAGATAACTTAATCTTAAATG
-GTATCACTCGTCAAGTTATCATTGATGTTGCGAAAAAGAATGGCATTCCTGTTAAAGAAGCGGATTTCACTTTAACAGAC
-CTTCGTGAAGCGGATGAAGTGTTCATTTCAAGTACAACTATTGAAATTACACCTATTACGCATATTGACGG
->ldh
+CATTGAAGACCGCGGATATCAGTTTGGTGATGGTGTATAT
+GAAGTAGTTCGTCTATATAATGGAAAATTCTTTACTTATAATGAACACATTGATCGCTTATATGCTAGTGCAGCAAAAAT
+TGACTTAGTTATTCCTTATTCCAAAGAAGAGCTACGTGAATTACTTGAAAAATTAGTTGCCGAAAATAATATCAATACAG
+GGAATGTCTATTTACAAGTGACTCGTGGTGTTCAAAACCCACGTAATCATGTAATCCCTGATGATTTCCCTCTAGAAGGC
+GTTTTAACAGCAGCAGCTCGTGAAGTACCTAGAAACGAGCGTCAATTCGTTGAAGGTGGAACGGCGATTACAGAAGAAGA
+TGTGCGCTGGTTACGCTGTGATATTAAGAGCTTAAACCTTTTAGGAAATATTCTAGCAAAAAATAAAGCACATCAACAAA
+ATGCTTTGGAAGCTATTTTACATCGCGGGGAACAAGTAACGGAATGTTCCGCTTCAAACGTTTCTATTATT
+AAAGATGGTGTATTATGGACGCATGCGGCAGATAACTTAATCTTAAATGGTATCACTCGTCAAGTTATCATTGATGTTGC
+GAAAAAGAATGGCATTCCTGTTAAAGAAGCGGATTTCACTTTAACAGACCTTCGTGAAGCGGATGAAGTGTTCATTTCAA
+GTACAACTATTGAAATTACACCTATTACGCATATTGACGG
+>ldh_369_previous_200_flanking
 TCGAAATGAAAGATCATCAAAAAATTATTTTAGTTGGCGACGGAGCAGTTGGTTCTAGTTACGCATTTGCTTGTGTAAAT
 TTAAGCATTGGACAAGAATTCGGCATTATTGACATAGATAAAGACAGAACAATTGGGGATGCAATGGATTTAAGCCATGC
-CGTTCCATTTTCTACACCGAAGAAAATCTACTCAGCAAATTATAGCGACTGCCACGATGCGGACTTAGTTGTTGTAACTG
-CCGGTACTGCTCAAAAACCTGGTGAAACTCGTTTAGATCTAGTAAATCGTAATATCAAAATCATGAAAGGCATCGTGGAT
-GAAGTTATGGCAAGCGGATTTGATGGTATCTTCTTAATCGCTTCTAACCCAGTAGACATCTTAACTTACGCTACATGGAA
-ATTCTCAGGTCTTCCAAAAGAACGTGTTATCGGTTCTGGAACAAGCCTTGATACAGCACGTTTCCGTATGTCAATTGCTG
-ACTATCTAAAAGTAGATGCTCGTAACGTCCATGGTTACATCCTTGGCGAACACGGCGATACAGAATTCCCAGCATGGAGC
-CACACAACTGTCGGCGGCCTTCCAATTACTGAATGGATTAGCGAAGATGAACAAGGTGCAATGGATACTATTTTCGTAAG
-TGTTCGTGATGCAGCTTATGAAATTATTAATAAAAAAGGCGCTACATTCTACGGCGTTGCTGCAGCTCTTGCTCGTATTA
-CAAAAGCAATTCTAAATAACGAAAATGCGATTTTGCCACTTTCTGTTTATTTAGATGGCCATTACGGTATGAACGATATT
-TATATAGGTGCACCAGCAGTCGTTAACCGTCAAGGCGTTCGCCATATTGTTGA
->lhkA
+CGTTCCATTTTCTACACCGAAGAAAATCTACTCAGCAAAT
+TATAGCGACTGCCACGATGCAGACTTAGTTGTTGTAACAGCTGGAACTGCACAAAAACCTGGTGAAACTCGTTTGGACCT
+AGTAAACCGCAATATCAAAATCATGAAAGGCATTGTGGATGAAGTTATGGCAAGTGGGTTTGACGGTATTTTCCTAATCG
+CGTCTAACCCAGTAGACATCTTAACTTACGCTACATGGAAATTCTCAGGTCTTCCAAAAGAACGCGTTATCGGTTCTGGA
+ACAAGTCTTGATACAGCACGCTTCCGTATGTCGATTGCTGACTACCTAAAAGTAGATGCTCGTAACGTCCATGGTTACAT
+CTTAGGAGAACACGGCGACACAGAATTCCCAGCATGGAGCCATACAACAGTCGGCGGCCTTCCAATCACTGAATGGATTA
+GCGAAGATGAACAAGGTGCAATGGATACTATTTTCGTAAGTGTTCGTGATGCA
+GCTTATGAAATTATTAATAAAAAAGGCGCTACATTCTACGGCGTTGCTGCAGCTCTTGCTCGTATTACAAAAGCAATTCT
+AAATAACGAAAATGCGATTTTGCCACTTTCTGTTTATTTAGATGGCCATTACGGTATGAACGATATTTATATAGGTGCAC
+CAGCAGTCGTTAACCGTCAAGGCGTTCGCCATATTGTTGA
+>lhkA_20_previous_200_flanking
 GGGTGCTTGTCTCCCACTCATTAAAAGATTATTTTTACCAAAGCCAAGTAGATGACTTAACAAGTTATGGGCAAACGATT
 TCCAGGGATATTCGTTATTCGCCACAAGATGCAACGATGCAAGTTTTGAACACGTATCAGCGAATTTTAGATGTTAAAAA
-AATTCATTATACAATCAAGAATGCCAACGACGAAACCATTTATCCAACACAGATGAATCAGCCTTTACCTAAGGATTTCT
-CTATTTCTGCGGATGATAAGAAAAAGCTTGAAAGTGGTGAAACGGTTAGTAAGAAAATAGATAATCGCTTTAACAAAGAA
-ATGACAATTGTGTACGTCCCAATAATGAATGGCGATAAATTTGTCGGTTCTATCGTGCTGAATTCACCCATTAGCGGTAC
-GGAGCAAGTAATTGGCACGATTAACCGCTATATGTTCTACACTATTTTACTTTCTATAACGGTAGCACTTATTCTTAGCG
-CAATCTTGTCCAAACTACAAGTAAATCGAATCAACAAACTACGAGCAGCGACAAAAGACGTTATTCAAGGCAATTACAAC
-GCTCGCTTGAAGGAAAATAATTTTGATGAAATTGGTGCACTCGCCATTGATTTCAATAAAATGACACAAACCCTTGAAAC
-ATCTCAAGAAGAAATTGAACGACAAGAGAAACGGAGACGCCAGTTTATTGCTGATGTTTCTCATGAAATGCGTACCCCGC
+AATTCATTATACAATCAAGAATGCCAACGACGAAACCATT
+TATCCAACACAAATGGACCAGCCTCTACCTAAAGACTTTTCGATTTCTTCGGAAGATAAGAAAAAACTGGAAAGCGGCGA
+AACGGTTAGCAAGAAAATAGATAATCGATTCAATAGAGAAATGACGATTGTTTATGTGCCGATAATGGATGGTGATAAAT
+TTGTCGGTTCTATCGTGCTGAATTCACCTATTAGCGGGACCGAGCAAGTAATTGGTACGATTAATCGTTACATGTTCTAT
+ACTATTTTACTTTCCATAACAGTAGCACTTATTCTTAGTGCGATTTTGTCCAAACTACAAGTGAACCGAATCAACAAACT
+ACGAGCAGCGACGAAAGATGTTATTCAAGGTAACTACAAAGCCAGACTAAAAGAAAATAACTTTGATGAAATTGGCGCGC
+TTGCGATTGATTTCAATAAGATGACTCAAACACTGGAGATTTCTCAAGAAGAAATTGAAAGACAAGAAAAACGGCGCCGT
+CAGTTTATTGCTGATGTTTCTCATGAAATGCGTACCCCGC
 TCACAACGATTAGTGGCCTCACGGAAGGTTTAGTAAATGATATTATCCCAAAAAGTGAAACCGATCGTTGCATAGCACTC
 ATTGATACAGAAGCTAGACGTTTAACGAAACTAGTCAATGAAAATTTAGATTATGAAAAAATACGCAGTAACAAAATCAA