Introduction à la programmation scientifique

(1 crédit; 15 heures)

Enseignant: Dominique Gravel

Plan de cours

• PDF du plan de cours

Séance 1: Introduction

• Présentation du plan de cours
• Historique et motivation au calcul scientifique
• Le pseudo-code
• Bonnes pratiques de programmation
• Installation de R Studio

Séance 2: Introduction au language R

• Interagir avec R
• Lire et écrire des fichiers
• Le script R
• Manipulation des objets

Séance 3: Les fonctions

• Opérations mathématiques
• L'anatomie d'une fonction
• Automatisation d'une série d'opérations

Séance 4: Algorithmique I

• Boucles
• Opérateurs logiques

Séance 5: Algorithmique II

• Simulations de Monte Carlo
• Optimisation des scripts

Compiler les présentations localement

Avant la première compilation, il est recommandé d'installer les dépendances necessaires:

make install

Pour générer tous les présentations, il suffit juste de taper:

make

Ce commande là va nous compiler les fichiers html que ne sont pas à jours avec leur respecives fichers .Rmd.

Pour compiler une seule présentation, il faut spécifier le nom du bloc du cours envisagé:

# compiler premier cours
make -C cours1

Workflow

Pour chaque bloc de présentation, make va vérifier s'il y a des fichers .Rmd avec des editions plus recentes que la présentation compilé (index.html). Si oui, il va fusionner tous les .Rmd en un seul ficher index.Rmd, pour finalement compiler la présentation html avec le package rmarkdown. Vous pouvez enfin accéder à la présentation avec le fichier index.html.

Mise en ligne des cours

Notre ami robot, GitHub Actions est en charge de la mise en ligne des cours sur internet. Il y a deux workflows capables d'automatiser la compilation et déploiement des présentation a chaque push. Le première (build.yml) compile les les fichers .Rmd en html, et télécharge les présentations html sur la branche gh-pages. Le deuxième utilise Decktape pour exporter les html en format pdf, et aussi les télécharger sur la branche gh-pages.