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pass over paper #681

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Nov 24, 2022
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Conversation

dpo
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@dpo dpo commented Nov 11, 2022

@amontoison Les exemples Newton et Gauss-Newton sont très semblables. Le GN est un peu plus intéressant puisqu'il utilise un problème rectangulaire. Je n'insiste pas pour en enlever un. On peut y aller et voir ce que disent les arbitres.

@dpo dpo requested a review from amontoison November 11, 2022 23:55
@github-actions
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Contributor

github-actions bot commented Nov 12, 2022

Package name latest stable
CaNNOLeS.jl
DCISolver.jl
FletcherPenaltySolver.jl
JSOSolvers.jl
LLSModels.jl
Percival.jl
RipQP.jl

@codecov
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codecov bot commented Nov 12, 2022

Codecov Report

❗ No coverage uploaded for pull request base (joss-paper@55d464c). Click here to learn what that means.
Patch has no changes to coverable lines.

Additional details and impacted files
@@              Coverage Diff              @@
##             joss-paper     #681   +/-   ##
=============================================
  Coverage              ?   98.19%           
=============================================
  Files                 ?       37           
  Lines                 ?     6600           
  Branches              ?        0           
=============================================
  Hits                  ?     6481           
  Misses                ?      119           
  Partials              ?        0           

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☔ View full report at Codecov.
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@amontoison amontoison left a comment

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À part quelques détails, c'est bon pour moi!

  • Au niveau de l'exemple sur la méthode de Newton, on peut l'enlever si ça fait trop lourd.
    Ça ne me dérange pas si c'est trop redondant.
    L'exemple est dans la documentation de Krylov, on pourrait orienter le lecteur dessus comme alternative.

  • Pour le dernier exemple, est-ce qu'on ne prendrait pas une matrice de SSMC à la place d'une matrice aléatoire? Ça fait un peu de pub pour le module SuiteSparseMatrixCollection.jl et ça utilise un problème réel.

  • Il a un petit espace qui a été ajouté dans la table de la première page. Je sais pas si on peut coller les deux tables sans "bricoler" l'espacement:

Capture d’écran du 2022-11-11 23-58-57

By default, Julia ships with OpenBLAS and provides multithreaded routines.
Since Julia 1.6, users can also switch dynamically to other BLAS backends, such as Intel MKL or BLIS, thanks to the BLAS demuxing library `libblastrampoline`, if a more optimized BLAS is available.
Since Julia 1.6, users can also switch dynamically to other BLAS backends, such as Apple Accelerate, the Intel MKL or BLIS, thanks to the BLAS demuxing library `libblastrampoline`, if an optimized BLAS is available.
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Apple Accelerate est un BLAS 32 bits et on ne peut pas l'utiliser dans Krylov.jl.
Est-ce qu'on le laisse pour malgré tout expliquer LBT?

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Ah ok ; si on ne peut utiliser que des BLAS 64 bits, il faudrait le dire.

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@amontoison amontoison Nov 12, 2022

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Pour l'instant ce n'est pas possible, ils aimeraient l'ajouter mais ils n'ont pas trouvé le dispatch optimal encore.
Le problème est lié au coût au runtime pour utiliser le symbole avec _64 ou sans _64.

paper/paper.md Outdated Show resolved Hide resolved
paper/paper.md Outdated Show resolved Hide resolved
paper/paper.md Outdated Show resolved Hide resolved
paper/paper.md Outdated Show resolved Hide resolved
paper/paper.md Outdated Show resolved Hide resolved
dpo and others added 5 commits November 12, 2022 00:44
Co-authored-by: Alexis <35051714+amontoison@users.noreply.github.com>
Co-authored-by: Alexis <35051714+amontoison@users.noreply.github.com>
Co-authored-by: Alexis <35051714+amontoison@users.noreply.github.com>
Co-authored-by: Alexis <35051714+amontoison@users.noreply.github.com>
Co-authored-by: Alexis <35051714+amontoison@users.noreply.github.com>
@dpo
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dpo commented Nov 12, 2022

Au niveau de l'exemple sur la méthode de Newton, on peut l'enlever si ça fait trop lourd.
Ça ne me dérange pas si c'est trop redondant.
L'exemple est dans la documentation de Krylov, on pourrait orienter le lecteur dessus comme alternative.

En effet, ce serait mieux de renvoyer à la documentation.

Pour le dernier exemple, est-ce qu'on ne prendrait pas une matrice de SSMC à la place d'une matrice aléatoire? Ça fait un peu de pub pour le module SuiteSparseMatrixCollection.jl et ça utilise un problème réel.

Oui pourquoi pas.

Il a un petit espace qui a été ajouté dans la table de la première page. Je sais pas si on peut coller les deux tables sans "bricoler" l'espacement:

Hmm. Je n'ai pas remarqué parce que je n'ai pas essayé de compiler localement. Où est le problème exactement ?

@amontoison
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Il a un petit espace qui a été ajouté dans la table de la première page. Je sais pas si on peut coller les deux tables sans "bricoler" l'espacement:

Hmm. Je n'ai pas remarqué parce que je n'ai pas essayé de compiler localement. Où est le problème exactement ?

Entre les deux tables, j'ai mis un \vspace{-0.85cm} pour les coller mais en fonction du texte en dessous, l'espace est un peu modifié.

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@amontoison amontoison left a comment

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Une nouvelle petite vague de commentaires après une relecture.
Il y a une juste modification que je ne peux pas suggérer:
gauss_newton(F, JF, x₀; itmax = 200, tol = 1e-8) -> gauss_newton(F, JF, x₀::AbstractVector{T}; itmax = 200, tol = √eps(T)) where T

paper/paper.md Outdated Show resolved Hide resolved
paper/paper.md Outdated Show resolved Hide resolved
paper/paper.md Outdated Show resolved Hide resolved
dpo and others added 3 commits November 14, 2022 15:52
Co-authored-by: Alexis <35051714+amontoison@users.noreply.github.com>
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@dpo
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dpo commented Nov 14, 2022

gauss_newton(F, JF, x₀; itmax = 200, tol = 1e-8) -> gauss_newton(F, JF, x₀::AbstractVector{T}; itmax = 200, tol = √eps(T)) where T

Ok!

@amontoison
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J'ai fait une petite synthèse des quelques détails restants:

  • Espacement entre les tables markdown dans le sommaire;
  • ligne 46 broadcast feature ou broadcast features?;
  • ligne 48, références à GPUArrays.jl / CUDA.jl / AMDGPU.jl / oneAPI.jl? On pourrait mettre ces références par exemple;
  • ligne 54 the system matrix -> matrices afin de prendre en compte les préconditionneurs;
  • est-ce qu'on fait deux sections au lieu d'une pour "Performance optimizations and storage requirements"?;
  • ligne 71 "Apple Accelerate", est-ce qu'on le retire parce que c'est un BLAS LP64?;
  • enlever l'exemple sur la méthode de Newton et rediriger vers l'exemple très similaire dans la documentation;
  • utiliser une système linéaire de SuiteSparseMatrixCollection.jl (reproductible) et non aléatoire pour le second exemple sur GPU;
  • faire une release 0.9 après les dernières PRs sur la documentation.

Je propose d'attendre notre prochaine réunion pour finaliser les derniers détails ensemble, on n'est pas à 10 jours près.

@dpo
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dpo commented Nov 20, 2022

Espacement entre les tables markdown dans le sommaire;

Est-ce qu'on peut simplement insérer un <p></p> dans le markdown?

ligne 46 broadcast feature ou broadcast features?;

features

ligne 48, références à GPUArrays.jl / CUDA.jl / AMDGPU.jl / oneAPI.jl? On pourrait mettre ces références par exemple;

Pourquoi pas, mais ça ne me semble pas strictement nécessaire.

ligne 54 the system matrix -> matrices afin de prendre en compte les préconditionneurs;

Oui ok.

est-ce qu'on fait deux sections au lieu d'une pour "Performance optimizations and storage requirements"?;

Les sections sont déjà très courtes. Une section, c'est bien.

ligne 71 "Apple Accelerate", est-ce qu'on le retire parce que c'est un BLAS LP64?;

J'ajouterais plutôt une phrase pour dire qu'on est limités aux BLAS ilp64.

enlever l'exemple sur la méthode de Newton et rediriger vers l'exemple très similaire dans la documentation;

Oui.

utiliser une système linéaire de SuiteSparseMatrixCollection.jl (reproductible) et non aléatoire pour le second exemple sur GPU;

Ok.

faire une release 0.9 après les dernières PRs sur la documentation.

Ok.

@amontoison amontoison merged commit f132cf4 into joss-paper Nov 24, 2022
@amontoison amontoison deleted the dpo-pass branch November 24, 2022 22:20
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