dev-cobiodiv-organisms #330

corentinlange · 2021-08-05T12:47:58Z

ISSUES SOLVED: #291 / #315 / #325 / #326

🇫🇷 Tous les nouveaux ajouts sont modulables avec ORGANISM_MODULE dans le fichier config.py
🇬🇧 All new additions are modulable with ORGANISM_MODULE in the config.py file
🇮🇹 Tutte le nuove aggiunte sono modulabili con ORGANISM_MODULE nel file config.py

🇫🇷 Description / 🇬🇧 Description / 🇮🇹 Descrizioni

🇫🇷 Premiers ajouts de la dimension organisme au sein de l'atlas /
🇬🇧 First adds on organism dimension in the atlas
🇮🇹 Prime aggiunte della dimensione organizzativa nell'atlante

🇫🇷 Pages organismes / 🇬🇧 Organism sheet / 🇮🇹 Pagine di organizzazione :

🇫🇷 A discuter / 🇬🇧 To discuss / 🇮🇹 Da discutere

Couleurs à revoir
Graphe par famille ou autre ?(règne, ...)

🇫🇷 Modification fiche espèce / 🇬🇧 Modifications specie sheet / 🇮🇹 Modifiche al foglio delle specie

🇫🇷 A discuter / 🇬🇧 To discuss / 🇮🇹 Da discutere

Pus d'infos sur l'organisme ?

commit 8d2a2a4 Author: Jean-Pascal MILCENT <jp.milcent@cbn-alpin.fr> Date: Mon Mar 15 16:36:01 2021 +0100 Fix data/migrate: move migration SQL in separate file commit d6701f4 Author: Jean-Pascal MILCENT <jp.milcent@cbn-alpin.fr> Date: Mon Mar 15 16:20:48 2021 +0100 Fix data/ref_geo: add new MV to refresh_materialized_view_ref_geo() commit 1017c5e Author: Jean-Pascal MILCENT <jp.milcent@cbn-alpin.fr> Date: Sun Mar 14 21:53:44 2021 +0100 Feat data: add subdivided territory to improve MV refresh performance

Delete "TEST"

Adrien-Pajot

atlas/templates/organismSheet/topSpecie.html

transform it in

topSpecies.html

Adrien-Pajot

data/gn2/atlas_synthese.sql

T'es sûr qu'on pousse ça ? On doit laisser synthèse eff comme elle est non ?

Adrien-Pajot

Pareil

data/observations_mailles.sql

Attention à ce qu'on pousse, restons génériques.
Le drop n'a rien à faire ici.
Pourquoi la VUE t_mailles_territoires est ici? Elle est ailleurs normalement ?

Pour la transfo dans vm_observations maille en 2154 tu peux la garder

corentinlange · 2021-08-05T15:52:51Z

data/gn2/atlas_synthese.sql

T'es sûr qu'on pousse ça ? On doit laisser synthèse eff comme elle est non ?

Je me pose une question par rapport à ça, est est-ce qu'on développe pour un futur master ou on se coupe pour faire un format de plus grande envergure : beaucoup de données et grand territoire ?

Adrien-Pajot · 2021-08-06T07:03:41Z

Je pense qu'on peut faire un hybride.
Soit tu fais un script qui contient les deux versions (anciennes et nouvelles) soit tu fais deux scripts et dans les noms on s'y retrouve. @TheoLechemia , @camillemonchicourt , @bouttier ?

…ange/GeoNature-atlas into dev-cobiodiv-organisms

corentinlange · 2021-08-06T08:19:37Z

Le dernier commit rajoute les derniers ajouts sur la branch dev-cobiodiv.

camillemonchicourt · 2021-08-06T08:43:21Z

Salut. Je n'ai pas vu les modifications de la VM mais on ne peut pas faire une VM qui fonctionne dans tous les cas ?

jpm-cbna

Il faut clarifier l'utilisation de t_subdivided_territory. Soit on la garde pour l'utiliser dans la vm l_communes, soit il faut la supprimer.

data/update_vm_observations.sql

data/atlas.sql

jpm-cbna · 2021-08-06T07:59:33Z

data/gn2/atlas_synthese.sql

- diffusion_level
-FROM obs_data d
-JOIN atlas.l_communes c ON st_intersects(d.the_geom_point, c.the_geom);
+CREATE OR REPLACE VIEW synthese.syntheseff


Dans la requête actuelle, je ne voie pas l'intérêt de garder le champ "diffusion_level" (et donc la liaison avec la table correspondante) car il est à mon avis utilisé nulle par ailleurs, non ? Mais attention, ce fonctionnement pose quand même problème (données d'absence et données non diffusables => voir plus bas).

En fait, la suppression du "case ... when ..." pose problème uniquement si l'Atlas affiche des les données au point. Si l'affichage par maille est activé c'est "moins" grave.

Par contre, il me semble important de maintenir quand même les conditions suivantes sur 2 nomenclatures:

FROM synthese.synthese d LEFT JOIN synthese.t_nomenclatures dl ON d.id_nomenclature_diffusion_level = dl.id_nomenclature LEFT JOIN synthese.t_nomenclatures st ON d.id_nomenclature_observation_status = st.id_nomenclature WHERE (NOT dl.cd_nomenclature::text = '4'::text OR d.id_nomenclature_diffusion_level IS NULL) AND st.cd_nomenclature::text = 'Pr'::text

De cette façon, nous éliminons de l'affichage les données qui ne doivent absolument pas être diffusé (code "4") et les observations que ne sont pas de la présence mais une indication d'abscence.

data/migrate_subdivided_territory.sql

atlas/templates/organismSheet/mapObs.html

atlas/templates/organismSheet/statsInfos.html

atlas/templates/specieSheet/otherInformations.html

data/gn2/atlas_ref_geo.sql

data/observations_mailles.sql

jpm-cbna · 2021-08-06T09:32:58Z

on ne peut pas faire une VM qui fonctionne dans tous les cas ?

Le changements concernent:

la vm "vm_observations" où l'on ne limite plus les observations à leur présence sur le territoire
la vue "syntheseff" où l'on ne floute plus les données en fonction du niveau de diffusion ou de la sensibilité, ni ne supprime les observations de type "absence" ou avec un niveau de diffusion "4" (= ne pas diffuser).

Concernant la limitation au niveau du territoire, il est envisageable (à tester) de la basculer au niveau de la vm l_communes qui liste les communes du territoire. En effet, la vue syntheseff joint les observations aux communes de la vm l_communes.

Concernant la vue "syntheseff", il me semble nécessaire de garder la suppression des observations avec niveau de de diffusion "4" ou de type "absence". C'est ce que je fais au niveau des SINP et cela fonctionne.
Concernant le floutage, il serait intéressant de l'activer uniquement si l'Atlas affiche les observations aux points. Dans le cas, de l'affichage par maille, c'est moins grave si ce n'est pas maintenu...
Je me demande aussi s'il ne serait pas plus intéressant de flouter la géométrie dans la vm vm_observations plutôt que dans la vue "syntheseff". Cela prendrait juste un peu plus de temps au niveau du rafraichissement de la VM "vm_observations"...

Adrien-Pajot

Attention, la vm_observations dans le fichier atlas.sql a légèrement changé entre ta version et celle d'avant et notamment :
s.the_geom_point::geometry('POINT', 3857) est devenu s.the_geom_point LIGNE 30

et

le geojson n'est plus transformé

et

le deuxième JOIN a été supprimé

Je crois pas qu'on doive le pousser ici, ou alors tu as corrigé un bug ?

Adrien-Pajot

Dans le fichier update_vm_observations.sql :

ton update de vm_observations est différent de l'ancien, normal ?

corentinlange · 2021-08-06T13:48:45Z

Retour sur les scripts SQL de la branch develop effectué.
Les créations pour les organismes restent présents.

corentinlange · 2021-08-06T13:49:13Z

Dans le fichier update_vm_observations.sql :

ton update de vm_observations est différent de l'ancien, normal ?

Je viens de remettre l'ancien, voir la prochaine PR qui se concentre sur les scripts SQLs

corentinlange · 2021-08-06T13:49:40Z

Attention, la vm_observations dans le fichier atlas.sql a légèrement changé entre ta version et celle d'avant et notamment :
s.the_geom_point::geometry('POINT', 3857) est devenu s.the_geom_point LIGNE 30

et

le geojson n'est plus transformé

et

le deuxième JOIN a été supprimé

Je crois pas qu'on doive le pousser ici, ou alors tu as corrigé un bug ?

Version d'avant remise, voir la prochaine PR qui se concentre sur les scripts SQLs

…ange/GeoNature-atlas into dev-cobiodiv-organisms

Corentin Lange and others added 20 commits July 21, 2021 09:30

first implementation of organism without materialized view yet

22626ff

correction d'une faute

d09fc15

specie.sheet button replacement

d97fd99

change badge for specie.sheet button

647da44

route modification in .gitignore

20cd405

changes in .gitignore

1418a2b

Last changement

7345536

Merge branch 'dev-cobiodiv-specie-improve' into dev-cobiodiv

b400376

First add for organisms sheets

c706f03

Added new values to orgnisms pages + translations + config.py infos

cb82886

adding graph on organismSheets + modifications

30b09d7

Amélioration icones organismes fiche espèce,

147cd45

Correction glossaire et traductions

f305bf0

Updated charts

8609e76

Deactivated mapObs in organismSheet

3d777cf

ORGANISM_MODULE activable or not with config.py

61e19fd

move listEspece to the good place

9d630f9

move listEspece.js in the good folder

f260ce7

modifying color on chart_organisms

df74c33

corentinlange marked this pull request as ready for review August 5, 2021 14:53

Adrien-Pajot added 2 commits August 5, 2021 17:01

Update layout.html

52ef286

Delete "TEST"

Update VM_observation SQL

8eb679f

Adrien-Pajot suggested changes Aug 5, 2021

View reviewed changes

t_subdivided_territory minor orthograph correction

b31dd65

Adrien-Pajot suggested changes Aug 5, 2021

View reviewed changes

atlas.vm_observations minor changes

e7a068c

corentinlange added 2 commits August 6, 2021 09:06

Merge branch 'dev-cobiodiv-organisms' of https://github.com/corentinl…

7a25ed9

…ange/GeoNature-atlas into dev-cobiodiv-organisms

Merge remote-tracking branch 'upstream/dev-cobiodiv'

8cb8c6b

fix : topSpecie -> topSpecies

1be6ae2

jpm-cbna reviewed Aug 6, 2021

View reviewed changes

corentinlange added 2 commits August 6, 2021 10:52

fix(DB) : Back to old sql scripts

2cc960d

fix : .gitignore problem

e8e1cf8

corentinlange added 9 commits August 6, 2021 13:19

fix : HTML better format

c78ed62

fix : all organisms variables are now in english

f2e5a94

fix : change 'organisme' files to 'organism'

42926a2

fix : some more fixes about empty lines

8a254e3

fix (DB) : corrected problems with SQL scripts

91ddea1

fix(lang) : added some translations

f63f3a1

fix(lang) : added some translations

ac5b0f6

fix(lang) : added some translations

940d0b7

fix(lang) : added some translations

0520bb8

Adrien-Pajot approved these changes Aug 6, 2021

View reviewed changes

fix(DB): go back to sql scripts from develop branch with organisms VM

ad61e25

Corentin Lange and others added 2 commits August 6, 2021 16:04

Merge branch 'dev-cobiodiv-organisms' of https://github.com/corentinl…

65ba604

…ange/GeoNature-atlas into dev-cobiodiv-organisms

organisme and not organism

8c5069c

Adrien-Pajot merged commit 2e4e53b into PnX-SI:dev-cobiodiv Aug 9, 2021

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